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1.
EST-SSR标记与茶树表型性状关联的初步分析 总被引：2，自引：0，他引：2
关联分析是一种利用连锁不平衡(LD)检测自然群体中基因位点及其等位变异,并将等位基因变异与目标性状联系起来的分析方法。本研究利用自主开发的55个EST-SSR标记对112份茶树品种(系)进行了基因分型。在EST-SSR位点连锁不平衡和供试材料群体结构分析的基础上,通过关联分析共鉴定出5个与表型性状显著关联的EST-SSR标记(P0.01),其中标记CS298、CS317、CS84分别与一芽二叶百芽重(BW)、叶片长度(LL)和茶多酚含量(TP)显著关联,对表型变异的解释率分别为0.11、0.15和0.35;标记CS330和CS338均与咖啡碱含量(CAF)显著关联,对表型变异的解释率分别为0.14和0.15。 相似文献
2.
用木薯推广品种KU50为母本,SC124为父本通过杂交得到包含235个单株的F1分离群体,构建了一张包含150个标记的分子遗传连锁图谱,其中EST-SSR有72个位点,SSR有58个位点,SRAP有20个位点,这些位点分布了21个连锁群,总长度为1434.48cM,标记间距为9.56cM.遗传图谱的连锁群的长度在16.89～139.63 cM,标记的间距是0.2～47.0cM,标记位点比较多的是LG1、LG2、LG4、LG9、LG10,分别是17、18、13、14、15个,而标记数最少的是LG20,只有2个标记.用IciQTLMaping3.2软件在LOD=2.5进行QTL分析,检测了块根产量(WCY)、耐寒性分析(CR11、CR12)、干物质含量(DMC11、DMC12)3个木薯数量性状,总共得到34个QTL位点,分布在12个连锁群上.其中关于WCY的QTL位点总共有17个,贡献率为21.70％～55.23％,平均贡献率为40.74％;CR11相关的QTL位点有4个,贡献率为2.97％～33.29％,平均贡献率为18.20％.与CR12相关的QTL定位有3个,贡献率为5.23％～29.85％,平均贡献率为18.28％;与DMC12性状相关的QTL位点有4个,贡献率为15.87％～38.52％,平均贡献率为26.24％;与DMC11性状相关的位点有6个,贡献率为13.84％～22.15％,平均贡献率为17.56％. 相似文献
3.
外引大麦农艺性状SSR关联位点及等位变异表型效应分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了发掘引进大麦携带的优异等位变异,对55份引进大麦材料进行了混合模型（MLM）关联分析和对关联位点等位变异的表型效应进行分析。结果表明,经MLM关联分析,共检测出15个SSR位点与株高、穗长、穗下茎长、千粒重、全生育期等5个农艺性状相关联,其对性状的解释率为3.19%~24.30%,位点GBMS2 和HVM33同时分别与株高、穗长、千粒重等多个性状关联。经表型效应分析,7个位点上的22个有效等位变异中,6个等位变异对穗长、株高和千粒重表现为正向效应,其余对穗长、株高和千粒重表现为负向效应。各等位变异平均效应主要为减效,仅株高、千粒重关联位点的等位变异平均效应为增效。 相似文献
4.
培育灰斑病抗性品种可降低灰斑病对大豆生产的危害。本研究以202份黑龙江省近25年主栽的大豆品种构建关联群体,在人工接种条件下鉴定大豆品种对灰斑病10号生理小种抗病指数。利用187对SSR标记对遗传多样性、群体结构和连锁不平衡位点进行分析,通过GLM 和MLM两种模型对大豆品种的灰斑病抗性与标记进行关联分析,进一步分析抗性关联位点等位变异与抗性表型效应关系。结果表明：202份大豆品种对灰斑病10号生理小种抗性遗传变异系数为14.26%;187个标记在群体中共获得809个等位变异,平均等位变异为4.42个,变幅2~10个,其中17号染色体的平均PIC值最高（0.64）,12号染色体的平均PIC值最低（0.26）;检测到稀有等位变异146个,特有等位变异位点58个;无论共线性组合位点还是非共线性组合位点均存在不同程度LD,连锁不平衡P<0.05支持的对数占总对数的21.65%;202份大豆品种被划分为3个亚群,亚群POP1与POP3之间遗传距离最小（0.03）,亚群POP2与POP3之间遗传距离最大（0.35）;两种模型共同检测到11个SSR标记与灰斑病10号生理小种抗性显著关联,其中位于3号染色体上的Satt549的贡献率最大,可解释表型变异14.74%;具有增效效应的等位变异共有24个,增效效应超过10的等位变异有7个,增效效应最大为Satt703-247（19.62）,典型载体材料为合丰29;其次是Satt587-185（19.58）,典型载体材料为东农50;Satt549位点增效等位变异的平均效应值最高（13.87）,Sat_366位点增效等位变异的平均效应值最低（0.84）。聚合优异等位变异和载体材料可为培育抗灰斑病品种的亲本选配和后代等位条带辅助选择提供依据。 相似文献
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6.
芝麻核心种质株高构成相关性状的遗传变异及关联定位 总被引：1，自引：1，他引：0
以我国216份芝麻核心种质为材料,分析芝麻株高及其构成相关性状的变异、相互关系等,利用79对EST-SSR、AFLP和SRAP引物对供试材料基因组进行检测并进行标记-性状关联分析,检测群体中与株高构成性状相关的DNA变异位点.结果表明,株高及其构成性状的变异均呈现连续变化,变异丰富,变异系数均在10％以上;相关性分析和多元回归拟合株高及其构成因素间的关系表明,主茎始蒴高度、主茎果轴长度是影响株高差异的主要因素.利用GLM(Q)和MLM(Q+K)模型共检测到34个变异位点同时与供试群体两年的株高构成显著关联,对表型变异解释率在1.89％～5.29％,平均为2.82％,其中与主茎始蒴高度显著关联的标记位点M20E12-3被2种模型均检测到.此外,研究发现株高构成因素受基因型、环境和两者互作影响,且均达到极显著水平. 相似文献
7.
基于SRAP分子标记的栽培种花生遗传连锁图谱构建 总被引：4，自引：2，他引：2
采用新型分子标记SRAP(sequence-related amplified polymorphism)技术,以杂交组合(豫花4号×郑8903)的F2群体为材料构建花生栽培种的分子遗传连锁图谱。采用238对SRAP引物对豫花4号和郑8903进行多态性筛选,结果表明用SRAP引物能充分反映两亲本之间的多态性,每个引物组合可产生10~30个左右清晰可辨的条带。筛选多态性较好的78对引物对其F2群体进行分析,共得到287条多态性条带,每对引物组合产生的多态性条带从1~9条不等,平均产生3.68个多态性条带。采用Mapmaker/EXP3.0软件对产生的287个标记位点构建连锁群(LOD≥3.0),共223个标记位点进入到22个连锁群中,总长2 129.4cM,标记间平均间距为9.55cM。标记在整个连锁群中分布相对比较均匀,这是目前首张基于SRAP分子标记建立的花生栽培种遗传连锁图谱。 相似文献
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红麻SRAP、ISSR遗传连锁图构建的初步研究 总被引：10，自引：0，他引：10
应用SRAP、ISSR标记构建红麻分子遗传连锁图,以半野生种Ga42（源自加纳）和栽培种阿联红麻（源自埃及）杂交产生的203株F2代分离群体作为作图群体。筛选出多态性好的27对SRAP引物组合和5个ISSR引物,对F2作图群体进行PCR扩增,共产生108个多态性条带,平均每个引物组合产生3．4个多态性条带。最多的可产生8条多态性条带。应用MAPMAKER／EXP3．0软件对108个多态性条带进行遗传连锁分析,被分为16个连锁群（LOD≥3．0）,初步构建了首张红麻遗传连锁图谱。该图谱总长为1336．6cM,平均两个标记位点间距为17．82cM。本文还讨论了图谱构建存在的偏分离有关问题与对策。可为进一步构建较高密度、分布均匀的遗传图谱及基因定位奠定了良好的基础。 相似文献
9.
一个与马铃薯青枯病抗性连锁的SRAP标记筛选 总被引：23，自引：0，他引：23
以两个马铃薯二倍体分离群体ED和CE共105个基因型为材料,利用群分法(BulkedSegregantAnalysis,BSA)筛选与马铃薯青枯病抗性基因连锁的分子标记。在8个正向引物和11个反向引物组成的88对SRAP引物组合中,筛选获得了一个与马铃薯青枯病抗性紧密连锁的SRAP标记M32,遗传连锁分析表明,该标记在ED群体和CE群体中与抗性位点之间的遗传距离分别为10.2cM和17.3cM。 相似文献
10.
为挖掘控制芝麻产量相关性状的基因位点,本研究利用多态性较高的７２个ＳＳＲ标记,对来自国内外９６ 份芝麻品种资源进行遗传多样性和群体遗传结构分析,在此基础上采用ＴＡＳＳＥＬ３．０软件的ＭＬＭ （ＭｉｘｅｄＬｉｎｅａｒ Ｍｏｄｅｌ）方法对株高、株蒴数、每蒴粒数、蒴长、蒴宽、千粒重、始蒴部位、空稍尖８个产量相关性状进行ＳＳＲ标记的关联分析。结果表明：７２个标记共检测出４４６个等位变异,变异范围为２～１４个,平均６．２个;引物的多态性信息含量（ＰＩＣ）变异范围为０．２４２１～０．８２１０,平均为０．５４０７;基因多样性指数的变异范围在０．５５０４～０．９８９７,平均值为 ０．７４７７。群体遗传结构分析将供试材料分为３个亚群。关联分析结果显示,５１个标记位点与株高、蒴长、每蒴粒数、始蒴部位、空稍尖显著关联,各标记对表型变异的解释率在１３．２９％ ～３２．０８％。有５个位点在多个环境或均值 下被重复检测到,是较为稳定等位变异,如与株高相关联的位点Ｈｓ１７７５－Ａ２、ＳＩＭ２０１－Ａ１;与每蒴粒数、始蒴部位和株蒴数分别关联的标记位点Ｈｓ１５１４－Ａ１、ＳＩＭ００４－Ａ３和ＳＩＭ００２－Ａ１。 相似文献
11.
为合理评价110份青稞品种(系)的农艺性状及遗传特性,对参试种质材料的株高、穗长、穗粒数、分蘖数和千粒重进行了调查统计,同时用分布于大麦全基因组的48对SSR标记进行了遗传多样性分析。结果表明,参试材料各农艺性状变异较大,变异系数为2.92%~42.33%,其中株高、穗长、分蘖数、穗粒数和千粒重变化范围分别为53~122cm、2.5~7cm、2~19个、20~90粒和25.46~60.34g。SSR标记共检测到168个等位变异,变化范围为2~6个。110份青稞种质材料分成三大类群。SSR标记的1 128个位点成对组合中,不论是共线性成对组合还是非共线性成对组合,都存在一定的连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)。D′统计概率(P0.01)支持的LD成对位点438个,占全部位点的38.8%,D′的平均值为0.36,整体LD水平较高。较高水平的LD位点(D′0.5)主要分布在2H、4H、6H和7H连锁群上。 相似文献
12.
应用H21×Mo17、自330×K36、B73×L050这3个F23∶群体为作图材料,利用SSR等分子标记,对株高、穗位高和叶片夹角3个性状进行了数量性状位点(QTL)分析。对株高共检测到18个QTL,对穗位高检测到12个QTL,对叶夹角检测到9个QTL。在这些影响不同性状的QTL中,有一部分处于染色体上的同一区域,有的则是区域间部分重叠或处于邻近区域。此外,有的QTL还与其他研究中发现的影响相应性状的质量性状基因位点处于相同基因组区域。 相似文献
13.
为了给冰草分子标记辅助育种提供依据,以蒙古冰草、航道冰草及其F2群体为试验材料,在已构建的冰草分子连锁遗传图谱的基础上采用多QTL模型法对茎粗、叶长、叶宽、分蘖数、茎叶比、叶片数、小穗长、单株鲜重、单株干重等10个主要农艺性状进行了QTL定位分析.试验共检测到13个QTL,分布在1、2、3、4、5、7共6个连锁群上,其加性效应各不相同,遗传贡献率变化范围为10.1％～33.9％.在13个QTL中,有1个与株高相关QTL、1个叶长相关QTL,1个单株鲜重相关QTL,2个单株干重相关QTL,1个叶宽相关QTL,1个分蘖数相关QTL,2个茎粗相关QTL,1个叶片数相关QTL,2个茎叶比相关QTL,1个穗长相关QTL. 相似文献
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长期施肥对木薯农艺性状、鲜薯产量和淀粉质量分数的影响 总被引：8，自引：0，他引：8
1992—2003年12a间，对2个木薯品种(华南205和华南124)，进行氮、磷、钾和火烧土等4种肥料各4个不同施肥水平组成共16个施肥配方的试验，研究了长期施肥对木薯农艺性状、鲜薯产量和淀粉质量分数的影响。结果表明：淀粉质量分数与收获指数呈显著正相关，鲜薯产量与株高、茎径及单株结薯数呈极显著正相关，单株结薯数与株高、茎径呈极显著正相关，株高与茎径呈极显著正相关。并列出它们的相关回归方程。推荐木薯最佳N，P2O5，K2O的施肥质量配比为2～4：1：2～4，其中，N，P2O5，K2O的施肥质量配比在连作初期以2：1：2为佳，而连作后期则以逐渐过度为4：1：4为佳。 相似文献
15.
应用灰色关联分析法,对近年参加广东省超甜玉米区域试验的8个超甜玉米组合乳熟期鲜穗子粒种皮厚度与其他主要农艺性状间的相关性进行了分析.结果表明;子粒种皮厚度与其他10个农艺性状间的关联度排序为穗行数＞行粒数＞株高＞单苞鲜重＞穗粗＞穗位高度＞穗长＞单穗鲜粒重＞单穗净重＞可溶性多糖含量.这说明穗行数对子粒种皮厚度影响最大;行粒数和株高以及单苞鲜重对子粒种皮厚度影响次之;而可溶性多糖含量对子粒种皮厚度影响最小。 相似文献
16.
Athipong BoonchanawiwatSupajit Sraphet Opas BoonsengDavid A. Lightfoot Kanokporn Triwitayakorn 《Field Crops Research》2011,121(3):343-349
Cassava, Manihot esculenta Crantz subsp. Esculenta was a major food crop across Asia and Africa. The crop was a highly heterozygous perennial woody shrub cultivated from stem cuttings. Cassava improvement for starchy tuberous roots requires about 5-6 years from F1 hybrid seed germination to the selection of superior genotypes. Early selection with DNA markers could increase the number of elite genotypes identified. The aim here was to identify DNA markers associated with loci underlying plant and first branch height. In this study, 640 SSR primer pairs were used to screen for polymorphisms in two parental lines, cv. ‘Huaybong60’ (female) and cv. ‘Hanatee’ (male). There were 235 informative polymorphic markers used to genotype 100 individuals of an F1 mapping population. Genotype data was analyzed by JoinMap® version 3.0 software in order to construct a genetic linkage map. The map consisted of 156 linked SSR markers distributed across 25 linkage groups. The total length of the map was 845.2 cM (Kosambi cM) with 6.2 loci per linkage group, and an average distance between markers of 7.9 cM. Plant and first branch height of stem cuttings from the F1 mapping population were collected from individual lines planted in 2007-2009. Quantitative Trait Loci (QTL) underlying these traits were identified using mapQTL®/version 4.0. A total of seven QTL placed on four linkage groups were found for plant height. Of these, one major QTL was discovered on linkage group 2 near the marker SSRY155 with 17.9% of phenotypic variation explained (PVE). For first branch height, five QTL located on five linkage groups were identified. The two major QTL were located on linkage groups 2, and 20 at the loci SSRY323 and SSRY236 with 23.5% and 22.6% PVE, respectively. The QTL for plant and first branch height will serve as useful molecular markers in a cassava breeding program and may allow identification of the underlying genes in future. 相似文献
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发掘推广品种的农艺和品质性状优异等位变异和载体材料可为培育优质大豆品种提供遗传信息和育种资源。本研究以200份黑龙江省近年大豆推广品种为试验材料,利用187对SSR标记进行全基因组扫描,分析群体结构,采用TASSEL软件的GLM方法对标记与3个农艺性状、蛋白质含量及油分含量进行关联分析。结果表明：10 个SSR标记与百粒重关联,其中表型效应值最大的优异等位变异为Sat-149-192,载体材料为东农57;8个SSR标记 与株高关联,表型效应值最大的等位变异是Satt413-206,载体材料为赤豆1号;13个SSR标记与生育期关联,表型 效应值最大的等位变异是Satt631-180,载体材料为黑农61;5个SSR标记与油分含量关联,表型效应值最大的等位 变异是Satt234-138,载体材料为合丰55;9个SSR标记与蛋白质含量关联,表型效应值最大的等位变异是Satt632- 293,其载体材料为东农43。上述等位变异的信息为培育提供了亲本选配和后代等位条带辅助选择的依据。 相似文献
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籼粳交重组自交系群体主要农艺性状分析 总被引：8，自引：0，他引：8
采用方差分析、相关分析和多元逐步回归分析等方法对籼粳交（Lemont×特青）构建的一套包括265个重组自交系（RIL）群体(F14)的株高、生育期、产量和产量构成因子等10个重要农艺性状进行了研究。结果表明,除株高和有效穗以外,8个农艺性状在双亲之间均存在显著或极显著差异。各性状在RIL群体中呈连续变异,分布频率大致接近正态分布,同时存在双向超亲分离现象。单株产量与结实率、粒数和株高呈极显著相关;除千粒重外,所有性状均与株高具有相关性。对单株产量作用大的性状依次为结实率、有效穗、每穗粒数和千粒重,这4个性状解释了单株产量90.7%的变异。另外还对6份优良株系进行了评价。这些结果可为水稻数量性状基因定位分析提供有用的信息,也为水稻育种改良提供理论依据。 相似文献
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甜高粱主要农艺性状相关性及遗传多样性初析 总被引：6，自引：0，他引：6
在广东湛江地区种植了50份国内外甜高粱种质资源,测定其生育期、单株鲜重、株高、茎粗、锤度5个主要数量农艺性状,并进行了差异显著性、相关性、遗传多样性和聚类分析。结果表明:不同品种间除生育期外,株高、茎粗、单株鲜重和锤度均存在极显著的差异;生育期、株高、茎粗和单株鲜重指标两两之间均存在显著的相关性,而锤度与其它4个主要性状没有显著的相关性;甜高粱具有丰富的遗传多样性,变异系数幅度为0.1039%～0.2931%;各性状遗传多样性指数均较大;50份甜高粱资源可分为4个类群,其中Ⅰ类群5个数量农艺性状均表现良好,产量为90t/hm2,乙醇产量3360L/hm2,可作为今后开发利用的推荐材料。 相似文献