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1.
根据不同长度或不同碱基序列的DNA片段的熔解温度（Tm）不同的原理,将酶切扩增多态性序列（cleaved amplified polymorphic sequence,CAPS）与熔解曲线（melting curve,MC）技术相结合,建立了CAPS-MC技术,从而实现SNP分子标记基因分型。通过菜薹‘L58’和紫菜薹‘ZCT095’的基因组重测序数据与白菜基因组的参考序列（‘Chiifu-401-42’的基因组序列）的比对,预测了719个HindⅢ内切酶识别碱基序列的SNP位点,并将其设计成CAPS-MC分子标记,从中随机选择10对标记进行体系建立与优化,结果显示本体系有灵敏度强、精准性高、快速、高通量、经济实用等优势。 相似文献
2.
以福建无核酸橙资源‘抛橘’为研究对象，运用 cpSSR（叶绿体 SSR）标记鉴定其母系亲本，nSSR（核 SSR）标记鉴定其父系亲本，并构建 UPGMA 聚类树。7 对 cpSSR 引物扩增出 22 个条带，平均每个位点 3.14 个条带，平均期望杂合度（He）和 Shannon 信息指数（I）分别为 0.47 和 0.81。13 对nSSR 引物扩增出 65 个条带，平均每个位点 5 个条带，He 和 I 分别为 0.66 和 1.27。根据 UPGMA 聚类分析结果推测‘抛橘’是以柚类（Citrus maxima）× 酸橙类（Citrus aurantium）杂交而来，并与代代酸橙有密切联系。以甜橙为参考基因组对‘抛橘’进行基因组重测序的分析结果显示：‘抛橘’与酸橙的基因组序列相似度在 85%以上，进一步证明‘抛橘’可能是酸橙的一种类型。 相似文献
3.
【目的】分析贵州地方柑橘品种‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征及分子标记,为研究该品种的系统进化关系、丰富柑橘类果树叶绿体分子标记奠定基础。【方法】提取‘惠水金橘’成熟叶片总DNA,构建小片段插入文库并测序,以甜橙叶绿体基因组为参考,筛选叶绿体基因组相关序列组装,开展SSR(simple sequence repeat,简单重复序列)预测、SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)/InDel(insertion-deletion,插入缺失)分析以及聚类分析。【结果】组装后获得叶绿体基因组全长为160 698 bp,GC含量为38.42%,共有117种基因被注释;检测到92个SSR位点,大部分的SSR位点都偏向于A/T组成;检测到417个SNPs位点、149个InDels位点、InDel的标记密度约为每kb 0.927个。进化树显示该品种与其他宽皮柑橘聚为一大类。【结论】利用高通量测序技术挖掘柑橘叶绿体基因组DNA分子标记是可行的。 相似文献
4.
将番茄红果材料‘OH 88119’与棕果材料‘Black Cherry’杂交获得F2分离群体。通过对成熟果实外果皮、中果皮/内果皮和胎座颜色的观察,在不考虑番茄红素颜色的情况下,外果皮和中果皮/内果皮的颜色分别由一个基因控制,且独立遗传。用gf位点特异引物经PCR和RT-PCR扩增和测序,获得了‘Black Cherry’和‘紫色圣女果’的基因组DNA序列以及8个棕果番茄的cDNA序列,与红果材料中对应的GF位点序列相比,‘Black Cherry’、‘黑番茄（9T）-h’、‘黑番茄–2012’和‘紫果（圆）’的编码区出现了一个T与C替换,‘紫果（椭圆）’编码区缺失了两个核苷酸AT,而‘紫色圣女果’、‘紫玉（F1）-h-h’和‘Chocolate Cherry’则在编码区插入了一个A,这些突变分别属于gf 4、gf 3和gf 2类型,都形成新的终止密码子。根据序列差异建立了可用于鉴定gf 3和gf 4的dCAPS（Derived Cleaved Amplified Polymorphic Sequence）标记,为棕果番茄的标记辅助选择提供工具。 相似文献
5.
随机扩增多态性DNA(Random AmplifiedPolymorphism DNA,RAPD),是Williams等于1990年发展起来的以PCR为基础的新型分子标记技术。基本原理是:利用一系列(通常数百个)不同碱基序列的随机引物(8～10bp)对基因组DNA进行PCR扩增,通过凝胶电泳分析扩增产物DNA片段的多态性。其中,每个扩增片段代表基因组上的一个位点,这些扩增片段多态性反映了基因组相应区域DNA多态性。RAPD所用一系列引物DNA序列各不相同,每一特定引物,在基因组DNA上都有其特定的结合位点;如果基因组在这些区域发生DNA片段插入、缺失或碱基突变,特定结合位点的… 相似文献
6.
以两份具有不同耐寒性的甘蓝自交系341和21-3为试材,根据已有拟南芥CBF1基因序列及甘蓝基因组测序拼接出的Scaffold信息,获得了甘蓝BoCBF1和BoCBF2基因编码区的全长序列。经PCR产物直接测序发现BoCBF1基因在自交系341和21-3间的变异表现为4个单核苷酸多态性（SNP）,而BoCBF2基因则表现为16个SNP及1个18 bp碱基的插入缺失（InDel）。为简便快捷地鉴定两个自交系间BoCBF1和BoCBF2基因序列的变异,开发了BoCBF1和BoCBF2基因的CAPS标记,分别命名为BoCBF1-TaqαⅠ和BoCBF2-BstUⅠ。利用这两个CAPS标记对两个自交系、F1、F2群体的基因型与耐寒性进行相关性分析,发现这两个基因的变异与材料的耐寒性极显著相关,可用该标记进行甘蓝耐寒育种的分子标记辅助选择。 相似文献
7.
采用从其他作物转移与利用自身EST序列设计两种方法为高羊茅（Festuca arundinacea L.）开发EST-SSR分子标记,并利用所开发标记对高羊茅品种（系）进行遗传多样性分析。利用来自小麦、大麦、玉米、高粱和水稻的732对EST-SSR在高羊茅上进行通用性分析,得到406个有效的扩增引物对（55.46%）。利用高羊茅EST数据库（GenBank/dbEST）中63 853条EST序列进行微卫星序列的查找,共发现包含微卫星的EST序列420条,占整个EST总数的0.658%。其中三核苷酸基序出现频率最高（43.33%）,次之为二核苷酸基序（33.57%）。二核苷酸基序以CT/GA出现频率最高（16.90%）,三核苷酸基序以CAG/GTC出现的频率最高（10.63%）。进一步运用Primer 5.0软件设计了108个引物对,并交上海桑尼公司合成。PCR检测表明,92个引物对（85.19%）在高羊茅中均可以扩增出稳定清晰的带型。从498对（其中5种作物的406对,高羊茅的92对）有效扩增的EST-SSR引物中随机选取81对引物,对12个高羊茅品种（系）进行扩增。79个引物对显示出多态性（97.53%）。共检测到133个等位变异,平均每对引物有1.68个等位变异;多态性信息含量（PIC）值最高为0.66,最低为0.14,平均为0.48。聚类分析结果表明,12份材料在相似系数为0.61处可分为5大类：第Ⅰ类为‘爆发力’和‘法思’;第Ⅱ类为‘强劲’、‘家园’和‘翠碧A’;第Ⅲ类为‘可其思3号’和‘凌志’;第Ⅳ类为‘雅典娜2号’、‘美洲虎3号’、‘火凤凰’和‘TF160’;‘球道’单独为第Ⅴ类。 相似文献
8.
选取4份圆茄(Solanum melongena L.)高代自交系进行全基因组重测序,鉴定出145 407个InDel,12号染色体InDel数最少(7 752),1号最多(19 738)。筛选出7 959个长度大于10bp的InDel位点,挑选均匀分布在基因组上的144个设计InDel引物并进行验证。利用26份茄子材料对144对InDel引物进行筛选,63对表现出稳定的多态性,比例为43.75%;主要等位基因频率为0.4038～0.9808,平均为0.7659;基因多样性指数(Hs)为0.0377～0.6501,平均为0.3217;多态性信息含量(PIC)为0.0370～0.5750,平均为0.2663,42个标记多态性信息含量大于0.200,多态性较好。当遗传距离为0.235时,将26份不同类型的茄子材料划分为2个类群。利用多态性信息含量高的前10个InDel标记构建了26份茄子材料DNA指纹图谱。另外,选择在亲本间具有多态性的InDel标记用于4个杂交组合的F1代真实性鉴定,鉴定结果表明3个为真实杂交种,与田间鉴定结果吻合。 相似文献
9.
以‘籽银桂’桂花叶片DNA为材料,以2 × Es TaqMasterMix 预混液为基本体系,针对影响SCoT-PCR反应的退火温度、模板DNA用量、引物浓度等因素进行优化,建立了适于桂花SCoT分子标记的反应体系。12 μL反应体系含有30 ng模板DNA,引物浓度为0.4 μmol ? L-1,不同的引物退火温度分别为48、49.9、54.3或56 ℃。利用该体系对12个桂花品种进行分析,扩增条带清晰,扩增产物在150 ~ 2 200 bp之间。12 条引物共扩增出244条带,其中多态性条带238条,多态性比率为97.47%。在相似系数0.57水平处,‘九龙桂’形成第Ⅰ组,其余11个品种形成第Ⅱ组。第Ⅱ组中‘柳叶桂’、‘香云’、‘早籽黄’、‘大花金桂’、‘桂冠籽金桂’、‘鹅黄’、‘籽金桂’和‘醉云’8个花色不完全相同的品种聚在一起;‘金桂’、‘早银桂’和‘籽银桂’3个不同花色的品种聚在一起,说明品种间的亲缘关系与花色不完全相关,这与其它分子标记结果一致。 相似文献
10.
基于重测序进行金兰柚全基因组InDel标记开发。利用二代测序技术对‘金兰柚’进行全基因组重测序,运用BWA软件将测序得到的片段与参考基因组序列进行比对,利用严格的参数筛选杂合InDel,结合Primer 3.0设计扩增引物,进行PCR扩增并利用琼脂糖凝胶电泳验证,以重测序材料‘金兰柚’和47份柚品种检测其有效性。在全基因组范围内共筛选出81对扩增条带清晰的引物。筛选出的多态性标记涵盖了整个‘金兰柚’基因组,平均每条染色体上9个。选取的24对InDel标记可以将48份柚品种有效区分,最少使用2对引物就可将‘金兰柚’与其他47份柚品种完全区分。利用UPGMA构建48份柚品种的聚类树状图,在遗传相似系数为0.611的阈值处可将48个柚品种分为3大类群。本研究中的InDel标记带型简单易读,适宜柚DNA指纹图谱构建和品种鉴定,可为柚名优品种保护、原产地溯源管理等提供科学依据。 相似文献
11.
利用两个对炭疽菌叶枯病高抗的苹果品种（系）‘富士’和‘QF-2’及两个高感品种‘金冠’和‘嘎拉’为亲本配制了4个杂交群体‘富士’ב金冠’,‘金冠’ב富士’,‘嘎拉’ב富士’,‘富士’בQF-2’。以F1群体植株为试验材料,对苹果炭疽菌叶枯病的抗性进行鉴定评价和遗传分析。结果表明,4个群体中抗、感植株的分离比分别符合1︰1,1︰1,0︰1和1︰0的理论比值,初步推测苹果抗炭疽菌叶枯病性状受隐性单基因控制,抗病基因型为rr,感病基因型为RR和Rr。以‘金冠’ב富士’F1群体为试材,采用分离群体分组分析（BSA）方法,通过对均匀覆盖苹果染色体组的500对SSR引物的筛选,获得了一个与抗病性状相关的分子标记S0506206-24,该标记与抗性基因位点的连锁距离为9.8 cM。 相似文献
12.
普通白菜高Zn胁迫耐性及Zn积累特性研究 总被引：1，自引：1，他引：0
采用温室砂培盆栽的方法,选用苏州青、黄心乌、瓢儿菜、抗热605、南农矮脚黄5种不同基因型的普通白菜,研究不同供Zn水平(0.43、100、200、400、800mg·L-1)对其高Zn胁迫耐性和Zn积累特性的影响。结果表明:不同供Zn水平处理均提高了5个普通白菜品种的地上部生物量,除800mg·L-1Zn处理显著抑制抗热605根系生长外,对其他品种根系生长影响不显著。5个普通白菜品种的根系耐性指数在0.82～1.90之间,抗热605相对较低,可见普通白菜对Zn胁迫具有较强的耐性,抗热605相对较弱。不同器官的Zn含量和积累量均随供Zn水平的提高而大幅增加,根系Zn含量最高,积累量最低。根系吸收的Zn60%以上被转移到地上部,苏州青、黄心乌、抗热605、南农矮脚黄富集的Zn主要贮存在叶柄中,瓢儿菜富集的Zn更多贮存在叶片中。相对而言,苏州青根系富集Zn的能力最强;南农矮脚黄根系富集Zn能力最弱,但转运能力最强。 相似文献
13.
以乌塌菜品种上海小八叶、薹菜品种平度薹菜及变种间杂交后代6-1和6-5为试材,采用高效液相色谱法(HPLC)分析叶片及叶柄中硫代葡萄糖苷的组分与含量,以期了解不结球白菜变种间杂交后代的硫苷变化。结果表明:4份材料的叶片、叶柄中均检测到组分相同的脂肪族硫苷、吲哚族硫苷各4种,而芳香族硫苷只在变种间杂交后代6-1的叶片和叶柄中检测到;参试各材料叶片中总脂肪族硫苷含量、总吲哚族硫苷含量和总硫苷含量均高于叶柄。变种间杂交后代6-1叶片、叶柄中有益人体健康的2-苯乙基硫苷(NAS)和吲哚-3-甲基硫苷(GBC)含量均高于亲本上海小八叶和平度薹菜,表明变种间杂交可以用于改良不结球白菜硫苷组分及含量。 相似文献
14.
不同黄瓜品种苗期耐盐性指标筛选与评价体系构建 总被引：1，自引：0，他引：1
为了比较不同黄瓜品种的耐盐性差异,同时构建黄瓜苗期耐盐性筛选的指标评价体系,在日光温室内采用细砂和珍珠岩（2 V∶1 V）混合基质进行育苗,浇灌不同盐浓度的1/2 园试配方营养液,利用黄瓜幼苗叶片盐害指数对15 个黄瓜品种的耐盐性进行聚类分析,并采用主成分分析法分析了黄瓜幼苗各生长指标和生物量指标在耐盐评价体系中所占的比重。结果表明：地下部干质量、壮苗指数和根冠比能较好地反映黄瓜幼苗对盐胁迫的响应,可以作为黄瓜苗期耐盐性的评价指标;依据3 g·L-1 盐浓度下各黄瓜品种的盐害指数,将供试黄瓜品种分为5 类：耐盐品种（绿冠1 号和宁星欧美水果黄瓜）、较耐盐品种（中农12 号、中科958、荷兰迷你黄瓜、中农21 号和中农16 号）、盐敏感中等品种（津优1 号、优胜和中农8 号）、盐较敏感品种（京棚密刺和新4 号）、盐敏感品种（春棚5 号、绿优和中农大41 号）。 相似文献
15.
大白菜黑腐病鉴定的湿度试验及其苗期与成株期抗病性的相关分析 总被引：2，自引：1，他引：1
对北京新4号、北京新1号、北京大牛心、京翠70号、京翠60号、京秋65号6个大白菜品种进行苗期黑腐病鉴定的湿度试验及其苗期和成株期抗病性的相关性分析。结果表明：试验材料之间对黑腐病的抗性存在显著差异,其中北京新1号抗性最强。比较不同保湿处理下的病情指数,表明湿度是影响黑腐病发病的关键因素。用DPS软件对6个大白菜品种的苗期和成株期抗性的相关性进行回归分析,表明苗期人工接种（接种前不保湿,接种后保湿24 h）和成株期的病情指数存在显著线性相关,说明用苗期人工接种鉴定大白菜黑腐病抗性的方法是可靠的。 相似文献
16.
甘蓝叶色黄化突变体YL-1的光合生理特性及其叶绿体的超微结构 总被引：2，自引：0，他引：2
以甘蓝叶色黄化突变体‘YL-1’及其叶色正常近等基因系‘WT708’为试材,对比发现：‘YL-1’从子叶期开始表现出叶色黄化现象,并一直持续整个生活周期,叶片小,植株矮小,可以结球,但生长势和叶球显著小于‘WT708’,单球质量只有‘WT708’的39.0%;光合色素含量显著降低;叶绿体数较少,叶绿体内部基粒数少,基粒片层垛叠数少,基粒排列不整齐;‘YL-1’的Fo、Fm、Fv /Fm、Fo′、Fv′/Fm′、ФPSⅡ、QP、QN和ETR均显著低于‘WT708’,说明光合色素含量的降低导致了PSⅡ反应中心捕光能力和光化学转化效率的降低。随着温度的降低,‘YL-1’与‘WT708’之间的光合色素含量差异逐渐加大。 相似文献
17.
采用喷雾法与浸根法,分别对99份国内外甘蓝种质资源(83份自交系、16份杂交种)进行黑腐病与枯萎病苗期人工接种抗性鉴定。共筛选出26份抗黑腐病的材料,其中2份表现高抗,即99-192和20-2-5(病情指数10);同时还筛选获得引162、奥奇娜、96-100-919等54份高抗枯萎病的材料(病情指数10)。其中,秋德、99-192、HB34、JS119、ZL66为高抗或抗黑腐病兼高抗枯萎病的材料,且JS119和ZL66为早熟、圆球类型材料。进一步对抗性材料的地理来源及主要农艺性状进行分析,发现83份自交系材料中高抗枯萎病的材料多来自日、韩等国家,且多为早熟、圆球类型;而高抗黑腐病材料多为晚熟、扁球类型,早熟类型中对黑腐病有较强抗性的材料较少。分别对不同抗性材料配制的16份杂交种进行遗传分析,结果表明甘蓝黑腐病、枯萎病的抗性分别符合隐性和显性遗传。 相似文献
18.
不同大白菜品种对根肿病的抗性鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
采用Willimas 鉴别系统对采自云南省安宁、玉溪地区的2 份根肿病菌菌样进行鉴定。结果表明：4 个鉴别寄主均为阳性,说明这2 份菌样均为根肿病菌4 号生理小种。采用菌土置入法对从国内外引进的18 个抗根肿病大白菜品种进行抗病性鉴定。结果表明：CR-惠民、康根51 和泰能舒根对该生理小种均具有抗性,发病率分别为0、0 和4%,可利用其作为抗源转育抗病新材料。对CR-惠民和康根51 的田间调查结果表明,这2 个品种的经济性状优良,可以作为云南省安宁、玉溪地区大白菜抗根肿病育种的抗源材料。 相似文献