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1.
克隆滩羊脂肪肥胖相关基因(FTO)的编码区序列(CDS),采用生物学软件和在线预测工具对FTO基因进行分子特征分析,通过实时荧光定量PCR检测FTO基因mRNA在滩羊各组织以及不同绵羊群体背最长肌中的表达水平,为研究FTO基因在滩羊及其杂交后代的生产性能以及新品种选育提供参考数据。结果表明：滩羊FTO基因CDS全长1 560 bp,编码519个氨基酸,存在1个错义突变,导致缬氨酸突变为蛋氨酸;滩羊FTO蛋白为亲水性蛋白,不存在跨膜结构,在第33～34氨基酸残基处具有信号肽;构建的系统发育进化树显示,滩羊与山羊的亲缘关系最为接近。FTO基因mRNA在滩羊背最长肌中的表达水平最低,在不同绵羊群体背最长肌中的表达水平存在显著差异,表达水平表现为：杜泊羊>杜滩寒杂交一代>滩羊>小尾寒羊;肉用绵羊(杜泊羊)FTO基因mRNA的表达水平相对高于其他非肉用品种。 相似文献
2.
为探究绵羊代谢型谷氨酸受体1基因(GRM1)多态性及其对绵羊肉质性状的影响，以期为绵羊肉质性状选育提供有效的遗传分子标记。采用液相捕获测序技术对滩羊(T)、小尾寒羊(XH)、杜泊羊(D)3个绵羊群体共91只绵羊的GRM1基因进行测序，筛选出2个多态位点rs403075278和rs415006419。利用飞行质谱检测技术对滩羊(T)、小尾寒羊(XH)、杜泊羊(D)和杜滩寒三元杂交羊(DTH)共30只绵羊进行基因分型，对筛选出的位点与肉质性状进行关联分析。结果显示：不同基因型绵羊的肉质性状存在显著差异，GRM1基因rs415006419位点的CT基因型绵羊肾的质量显著(P<0.05)大于TT基因型，TT基因型绵羊肌肉的酪氨酸含量显著(P<0.05)高于CT基因型。rs403075278位点TT基因型绵羊的宰前活重、胴体重、净肉重、十二指肠长度，以及心、肺和肾的质量均极显著(P<0.01)大于CT基因型；TT基因型绵羊的背膘厚、净肉重、脾的质量、肌肉的脂肪、钙含量、苯丙氨酸和组氨酸含量显著(P<0.05)高于CT基因型；CT基因型绵羊的pH值、剪切力和失水率极显著(P... 相似文献
3.
旨在探究不同营养水平及不同生长阶段脂尾型绵羊NELL1和FMO3基因mRNA的组织特异性表达模式。选择健康、体质量相近的9月龄滩羊、同羊、哈萨克羊和西藏羊(羯羊)各3只,活体采集尾部脂肪样品。选择健康4月龄滩羊112只随机分为4组,公母各半,每组4个重复,每个重复7只羊。根据体质量增加目标分为3个阶段:22~28kg,28~35kg,35~40kg,每个阶段各组分别饲喂不同营养水平的日粮。每个生长阶段结束时采集肝脏、肾周脂肪、尾脂、皮下脂肪的组织样品,提取样品总RNA,采用实时荧光定量PCR的方法分析NELL1和FMO3 mRNA的表达差异。结果表明,FMO3 mRNA在哈萨克羊尾脂中的表达量最高,在同羊、滩羊、西藏羊尾脂中依次下降,且差异显著;NELL1 mRNA在西藏羊尾脂中的表达量最高,在滩羊、同羊、哈萨克羊中的表达量依次下降;营养水平和月龄对尾脂和肝脏中NELL1和FMO3 mRNA的表达水平有显著影响,而对皮下脂肪和肾周脂肪中NELL1和FMO3 mRNA的表达影响不显著。表明FMO3mRNA的表达水平与脂肪沉积呈正相关,而NELL1 mRNA的表达水平与脂肪沉积呈负相关;NELL1与FMO3对绵羊尾脂和肝脏中的脂肪沉积起调控作用,为进一步揭示脂尾型绵羊体内脂肪沉积的调控机制提供理论基础。 相似文献
4.
【目的】通过分析西门塔尔牛肌内脂肪和皮下脂肪差异表达miRNA,及对重要的候选miRNA-27b进行靶基因预测及相关生物信息学分析,探索miRNA在动物肌内脂肪生长、发育过程中的作用及其调控机制。【方法】利用miRNA微阵列芯片技术对肌内脂肪和皮下脂肪miRNA表达谱进行检测和分析以筛选差异表达miRNA;qRT-PCR方法验证4个在肌内脂肪显著高表达的候选miRNAs;采用Targetscan生物信息学计算方法预测目标miR-27b（对肌内脂肪沉积可能起重要调节作用）的靶基因,并对靶基因进行GO注释描述、富集分析及KEGG富集。【结果】miRNA芯片分析发现肌内脂肪和皮下脂肪共有88个差异表达极显著miRNA（P＜0.01）。候选的4个在肌内脂肪高表达miRNAs（miR-140、miR-145、miR-143、miR-27b）的qRT-PCR检测结果与芯片分析结果具有很好的一致性。KEGG富集显示,目标miR-27b的预测靶基因在MAPK、Wnt、Hedgehog、TGF-beta、GnRH等信号通路中显著富集,其中在MAPK信号通路中富集度最高。【结论】牛肌内脂肪和皮下脂肪组织中确实存在一些差异表达的miRNAs,某些重要的在差异高表达miRNA（如miR-27b）可能以独特的通路（如MAPK信号）来调节牛肌内脂肪的形成过程。 相似文献
5.
【目的】通过识别影响绵羊尾部脂肪沉积的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),深入研究lncRNA参与绵羊尾部脂肪沉积的规律。【方法】采集大尾寒羊和小尾寒羊2个品种各3只公羊的尾部脂肪组织样本，通过Illumina NextSeq500高通量测序技术对样本RNA进行转录组测序，对所获得的reads进行lncRNA分析，筛选出差异表达lncRNA,通过GO和KEGG富集分析挖掘lncRNA靶基因参与的生物学过程和代谢途径。【结果】研究共筛选获得22个差异表达的lncRNA,对其进行靶基因预测，获得20个顺式靶基因。通过对靶基因功能分析，检测到包括调控血管生成、细胞迁移、胰岛素反应和MAPK级联反应正调控的4条生物学过程，以及胞外区、细胞外间隙的2条细胞组分。KEGG富集分析筛选到20个靶基因参与脂肪细胞因子信号通路、进入脂质代谢、代谢途径、AMPK信号通路和磷脂酶D信号通路等19条信号通路。【结论】本研究鉴定了影响绵羊尾部脂肪沉积的差异表达lncRNA及其靶基因，为进一步研究绵羊尾部脂肪沉积过程的作用机理奠定基础。 相似文献
6.
为进一步优化4-甲基辛酸和4-甲基壬酸的测定参数和比较不同地域不同绵羊膻味物质的差异,分别采集约6月龄蒙古羊、滩羊、小尾寒羊、同羊皮下脂肪样品,用气相色谱对其分析测定.采用同时蒸馏萃取方法,设定30、45、60、75、90、105、120 min 共7个梯度的蒸馏时间以及0.05、0.10、0.25、0.50、1.0、2.0 mL 6个脂肪酸样品的加入量,来确定最佳蒸馏时间和最低脂肪酸添加量对同时蒸馏萃取灵敏度的影响.结果表明,蒸馏时间为90 min、最低脂肪酸加入量为0.5 mL时,4-甲基辛酸和4-甲基壬酸的回收率最高.4个绵羊品种中,小尾寒羊的4-甲基辛酸含量最高,显著高于蒙古羊和同羊(P<0.05);滩羊的4-甲基辛酸含量显著高于蒙古羊(P<0.05);小尾寒羊与滩羊、滩羊与同羊、同羊与蒙古羊的4-甲基辛酸含量差异不显著(P>0.05).不同地域的绵羊品种对4-甲基壬酸含量的影响差异不显著(P>0.05).说明,在采用同时蒸馏萃取-气相色谱方法分离测定4-甲基辛酸和4-甲基壬酸时,蒸馏时间为90 min、最低脂肪酸加入量为0.5 mL时,4-甲基辛酸和4-甲基壬酸的回收率效果最好,且不同地域绵羊品种膻味物质含量有一定差异,小尾寒羊脂肪组织中4-甲基辛酸的含量最高. 相似文献
7.
山羊绒毛与绵羊奶化学成分研究 总被引：2，自引：0，他引：2
山羊绒主要成分是角蛋白,角蛋白舍有丰富的硫,而且山羊绒中的硫主要存在于胱氨酸中。山羊绒中含有18种氨基酸和少量游离氨．不同类群和性别绒山羊绒毛中同一种氨基酸含量基本一致。研究了4个品种绵羊泌乳中期奶中主要化学成分,结果表明：萨福克羊和特克萨尔羊奶中干物质、脂肪含量显著高于滩羊和小尾寒羊,乳糖含量显著低于滩羊和小尾寒羊,这是萨福克羊和特克萨尔羊泌乳期生长发育速度高于滩羊和小尾寒羊的主要物质基础。 相似文献
8.
利用结构基因座分析小尾寒羊、滩羊群体遗传分化水平 总被引：4，自引：1，他引：4
采用中心产区典型群随机抽样方法和多种电泳技术检测60只小尾寒羊、73只滩羊编码血液蛋白17个结构基因座上的变异,引用国内外14个绵羊群体相同资料进行比较分析,探讨其遗传分化水平。研究表明：(1) 小尾寒羊、滩羊结构基因座平均杂合度分别为0.2360和0.2587;平均多态信息含量分别为0.1974、0.2102;平均有效等位基因数分别为1.5723和1.5751。(2) 4个组合（分别为4个、6个、13个及16个绵羊群体）的基因分化系数分别为0.049323、0.059987、0.1728和0.201256,说明湖羊、同羊、小尾寒羊和滩羊4个绵羊群体结构基因座的基因分化程度低;这4种绵羊与蒙古国绵羊的基因分化程度次之;蒙古羊系绵羊和南亚羊及欧洲羊之间基因传分化程度较高。(3) 前人关于小尾寒羊、滩羊由蒙古羊分化而来的考证得到遗传学实验的进一步证明,湖羊、同羊、小尾寒羊和滩羊受蒙古羊血统的影响递减。群体间亲缘关系远近与其所处地理位置远近并未表现出紧密相关。 相似文献
9.
为研究Izumo1基因多态性及与产羔数关系,本研究利用PCR和直接测序法对小尾寒羊和苏尼特羊的Izumo1基因DNA序列进行扩增、测序和BLAST分析,并和本课题组前期绵羊重测序数据进行比对,筛选出Izumo1基因SNP位点。同时,采用Sequenom MassARRAY~?技术进行基因分型,并对其SNP位点的基因型和等位基因频率在各群体中的分布进行研究。结果表明:小尾寒羊Izumo1基因DNA全长序列3 385 bp,苏尼特羊Izumo1基因DNA全长序列3 382 bp;筛选出8个Izumo1基因SNP位点,经过初步筛选,将在小尾寒羊、苏尼特羊、滩羊、萨福克羊、杜泊羊、草原藏羊这6个绵羊品种中位点分布没有差异的SNP位点排除,最终筛选获得的g.54412135AG和g.54412107CA 2个位点。Izumo1基因g.54412135AG位点在多羔和单羔绵羊品种中存在GG、GA和AA 3种基因型,G基因为优势等位基因;g.54412107CA在多羔品种中存在CC和CA 2种基因型,而在单羔品种中存在CC、CA和AA 3种基因型,C基因为优势等位基因,其基因型频率和基因频率在单、多羔绵羊群体间的分布差异均极显著(P0.01);群体遗传学分析得出g.54412135AG多态位点在6个品种中的多态信息含量(PIC)都属于低度多态(PIC0.25);g.54412107CA多态位点在杜泊羊中属于中度多态(0.25PIC0.5),在其他5个品种中都属于低度多态(PIC0.25),然而,关联分析发现Izumo1基因g.54412135AG和g.54412107CA位点的不同基因型与小尾寒羊不同胎次产羔数之间不存在显著关联(P0.05)。 相似文献
10.
【目的】筛选出高肌内脂肪(Intramuscular fat,IMF)沉积的关键基因并进行表达验证,为揭示猪肌内脂肪沉积的分子调控机制提供理论依据。【方法】根据NCBI-GEO数据库中高、低肌内脂肪巴克夏群体的转录组数据,利用DESeq2进行差异表达基因筛选(|log2Fold Change|≥1,FDR<0.05),采用Metascape对差异表达基因进行功能富集分析,通过MCODE筛选及鉴定出高肌内脂沉积的关键基因,并采用实时荧光定量PCR在地方猪(柯乐猪)和外种猪(杜长大猪)上进行关键基因表达量验证。【结果】从高、低肌内脂肪巴克夏群体6个文库中共鉴定出7661个基因,高肌内脂肪群体样本的脂质代谢相关基因总表达量显著高于低肌内脂肪群体样本(P<0.05,下同),其中差异表达基因有133个[110个上调(在高肌内脂肪群体高表达),23个下调(在低肌内脂肪群体高表达)]。上调差异表达基因主要富集于胶原蛋白绑定、细胞外基质组装、脂肪酰辅酶A生物合成过程、固醇代谢过程和脂质代谢调控过程等GO功能条目,以及脂肪乙酰辅酶A生物合成、ChREBP激活代谢基因、脂肪酸代谢等信号通路上;下调基因主要富集于线粒体组装、多细胞生物学过程、辅酶绑定和缺氧反应等GO功能条目,以及基于NFKB的TNFA信号、白细胞介素4和白细胞介素13信号和干扰素信号等信号通路上。通过MCODE分析共筛选获得5个关键基因,分别是SLC25A5、FN1、FASN、ACACA和PRKDC基因;挑选SCD、FASN和ACACA基因进行表达量验证,结果发现这3个基因的相对表达量均表现为柯乐猪高于杜长大猪,其差异达显著或极显著(P<0.01)水平,进一步佐证SCD、FASN和ACACA基因在高肌内脂肪猪群体中高表达。【结论】在巴克夏猪高肌内脂肪群体中高表达的SCD、FASN和ACACA基因,在高肌内脂肪的柯乐猪中也呈显著或极显著高表达,因此这3个关键基因有望作为筛选和培育高肌内脂肪猪品种的分子标记,同时为研究肌内脂肪沉积的分子调控机制提供技术支撑。 相似文献
11.
利用30个微卫星DNA标记对乌珠穆沁羊、苏尼特羊、内蒙古细毛羊、宁夏滩羊、小尾寒羊和无角多赛特羊共237个体进行遗传距离分析,结果表明：（1）苏尼特羊和乌珠穆沁羊遗传距离为0．0833最小,无角多赛特羊与其它5个绵羊品种的遗传距离在1．0146-1．2876之间,滩羊、内蒙古细毛羊和小尾寒羊彼此之问及与乌珠穆沁羊和苏尼特羊的遗传距离为0．3623-0．6020;（2）聚类图将6个绵羊品种划分为4个分支,即苏尼特羊和乌珠穆沁羊,内蒙古细毛羊和小尾寒羊,宁夏滩羊,无角多赛特羊。（3）6个绵羊品种间遗传距离和聚类图与品种的历史演化和资料记载基本符合,为绵羊种质资源的利用和保护提供了科学依据。 相似文献
12.
【目的】比较滩羊、蒙古羊和小尾寒羊的肉质性状及其发育性规律,为选育优质肉羊品种提供理论基础。【方法】选取80,120,160和200日龄的雄性滩羊33只、蒙古羊31只、小尾寒羊34只,屠宰后取其背最长肌测定剪切力、失水率、大理石纹评分和pH。【结果】3个供试绵羊品种背最长肌的剪切力随日龄增加而增大;大理石纹评分和失水率随日龄增加而减小;pH值在滩羊和小尾寒羊背最长肌中呈波动变化,在蒙古羊背最长肌中则随日龄增加而减小。3个绵羊品种中,蒙古羊背最长肌的肉嫩度、失水率、大理石纹评分及pH最高,滩羊的肉嫩度和pH在3个品种中最低,小尾寒羊的失水率和大理石纹评分在3个品种中最低。供试绵羊背最长肌的肉嫩度在品种间差异显著(P<0.05),在不同日龄间差异不显著(P>0.05);供试绵羊背最长肌的失水率、大理石纹评分及pH在不同日龄和品种间均差异显著(P<0.05)。整体而言,绵羊背最长肌的剪切力与失水率呈强负相关(r=-0.535,P<0.01),大理石纹评分与失水率(r=0.403,P<0.02)、pH值(r=0.369,P<0.05)间均呈正相关。【结论】滩羊、蒙古羊和小尾寒羊背最长肌肉质性状的发育性变化规律基本相同,蒙古羊背最长肌的肉嫩度和多汁性在3个品种中最优;大理石纹评分、失水率和pH对肉嫩度均具有正效应。 相似文献
13.
超数排卵效果不同绵羊卵巢卵泡促卵泡素受体的分布 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】探讨在具有不同超数排卵效果的绵羊品种中,进行超排处理后其卵巢上促卵泡素受体(FSH receptor,FSHR)的分布情况,为进一步研究二者的相关性及据此改进超排效果奠定基础。【方法】根据超数排卵效果优劣依次选择3个中国地方品种的绵羊：小尾寒羊、白滩羊和乌珠穆沁羊。在常规超排最后一次注射FSH后的8、16和24 h分别各取3只绵羊的卵巢,并采用免疫组织化学法观察3种绵羊卵巢上FSHR的分布情况。【结果】FSHR主要分布于3个品种绵羊卵巢的颗粒细胞上;小尾寒羊最后一次注射FSH后8、16和24 h的各时期卵泡中FSHR的表达都显著高于另外两个品种绵羊(P＜0.05),在早期卵泡和中期卵泡中,白滩羊的FSHR表达量也高于乌珠穆沁羊;3个品种绵羊在最后一次注射FSH后第8、16、24小时,其晚期卵泡FSHR表达阳性率都显著高于各自相应的早期和中期卵泡(P＜0.05)。【结论】推测出3个不同地方品种绵羊的卵巢对FSH处理的敏感性应该依次为：小尾寒羊＞白滩羊＞乌珠穆沁羊,表明绵羊超数排卵效果与其卵巢上FSH受体分布存在一定联系。 相似文献
14.
1月龄五指山猪与长白猪骨骼肌miRNA转录组比较 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究microRNA(miRNA)在五指山猪和长白猪肌肉生长发育中的差异和探究差异miRNA对骨骼肌发育转录后调控的影响,以1月龄的五指山猪和长白猪背最长肌为材料,通过转录组测序和生物信息学分析筛选与骨骼肌发育相关的差异miRNA。结果显示,从2个文库中共鉴定获得318种己知的猪miRNA,五指山猪和长白猪分别鉴定出312个和306个已知miRNA,同时分别发现了83个和88个新的miRNA。获得17个差异显著的miRNA,其中16个miRNA表达上调,1个miRNA表达下调。靶基因预测和生物学功能预测发现17个差异miRNA,共预测到535个靶基因,靶向作用于mTOR信号通路和肌动蛋白细胞骨架调控的ssc-miR-486,ssc-miR-204,ssc-miR-338和ssc-miR-885-3p 4个miRNA可能参与骨骼肌生长发育过程。 相似文献
15.
湖羊、小尾寒羊与肉用杜泊羊杂交试验 总被引：3，自引：0，他引：3
以引进优质杜泊绵羊为父本与湖羊和小尾寒羊进行杂交,湖羊和小尾寒羊母羊群采用激素诱导同期发情后,以杜泊绵羊鲜精进行人工授精。分析不同羊群受胎率、产羔率以及F1代杂交羔羊生长速度与体尺变化。结果表明 湖羊和小尾寒羊群体受胎率和产羔率没有显著差异（P﹥0.05） 杜湖杂交羊与湖羊初生重、1月龄、2月龄体重差异不显著,3月龄、6月龄、日增重差异极显著（P﹤0.01） 杜寒杂交羊与小尾寒羊初生重差异不显著,1月龄、2月龄、3月龄、6月龄、日增重差异极显著（P﹤0.01） 杜湖杂交羊与杜寒杂交羊初生重差异极显著（P﹤0.01）、1月龄、6月龄体重和日增重差异显著（P﹤0.05）,2月龄和3月龄体重差异不显著 湖羊与小尾寒羊初生重差异不显著,1月龄、6月龄体重和日增重差异显著（P﹤0.05）,2月龄、3月龄体重差异极显著（P﹤0.01）。初步杂交试验认为杜泊羊与湖羊或小尾寒羊杂交均可分别作为理想的父、母本组合,用于进一步培育优质肉用杂交绵羊新品系（种）研究。 相似文献
16.
【目的】比较滩羊、蒙古羊和小尾寒羊INHA基因的多态性,分析不同基因型对产羔数的影响,为绵羊繁殖力标记的辅助选择提供理论依据。【方法】利用PCR-SSCP方法检测和分析3个绵羊品种INHA基因的多态性,通过最小二乘分析方法研究不同基因型对产羔数的影响。【结果】(1)滩羊和蒙古羊INHA基因在5′调控区282核苷酸处发生1处A→G突变(P1位点),在第2外显子的第470核苷酸处发生1处A→T突变(P2位点),3个绵羊品种在第2外显子第903核苷酸处发生G→A突变(P3位点)。(2)滩羊、蒙古羊和小尾寒羊P1位点C、D基因频率分别为0.840和0.160,0.852和0.148及0.162和0.838,均处于中度多态;P2位点E、F基因频率分别为0.784和0.216,0.787和0.213及1.000和0.000,滩羊和蒙古羊在该位点均处于中度多态;引物P3扩增片段中,滩羊和蒙古羊表现为A、B和C 3种单倍体基因型,而小尾寒羊仅表现出A和B 2种基因型。滩羊、蒙古羊和小尾寒羊的A、B、C基因型频率分别为0.136,0.037和0.147;0.800,0.926和0.853及0.064,0.037和0.000,B基因在3品种中均为优势基因型。(3)P1位点DD型小尾寒羊产羔数较CD型提高0.636只,CD型滩羊产羔数较CC型提高0.332只,差异均显著(P0.05),CD型蒙古羊产羔数较CC型有提高的趋势;P2位点EF型滩羊产羔数较EE型降低0.387只,差异显著(P0.05),EF型蒙古羊产羔数较EE型提高0.053只,差异不显著(P0.05);P3位点,滩羊B基因型平均产羔数较A、C基因型分别多0.215只和0.200只,蒙古羊B基因型平均产羔数较C基因型多0.250只,小尾寒羊B基因型平均产羔数较A基因型多0.620只,差异均显著(P0.05)。【结论】3个绵羊群体在INHA基因P1、P2位点均表现一定的多态性;滩羊和蒙古羊P2位点可能为控制产羔数的"不利"突变位点,3个绵羊群体INHA基因P1、P3位点可能为控制产羔数的"有利"突变位点。 相似文献
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基于全转录组测序的绵羊胚胎不同发育阶段 骨骼肌circRNA的分析与鉴定 总被引：1，自引：1，他引：1
【目的】肉用性状是家养动物的重要性状,尤其是产肉性能与骨骼肌的发育密切相关,对多数动物而言,骨骼肌的生长取决于肌纤维的早期发育。本研究将揭示绵羊（Ovis aries）胚胎期骨骼肌组织发育重要节点、肌纤维的形成及转换机制,探究骨骼肌在动物胚胎期的生长对后续发育潜力的影响。【方法】在前期绵羊胚胎期组织结构试验的基础上,选择肌纤维发育及类型转换的3个重要时间节点：胎龄85 d（D85）、105 d（D105）、135 d（D135）,并对处于这些节点期的中国美利奴绵羊胚胎背最长肌进行全转录组测序。通过生物信息学分析和功能预测筛选出差异表达显著的circRNA,采用实时荧光定量 PCR（qRT-PCR）对其进行验证。【结果】通过条件筛选（|log2| ≥1且P≤0.05）获得差异表达circRNA 1 126个。将3组进行比较,在各时间节点都发现较多的特异性表达circRNA。在D85 vs D135比较组中,特异性差异表达数量最多：共发现差异表达circRNA 374个,上调表达201个,下调表达173个,其中具有4倍以上差异的基因167个,占差异基因的44.7%。对这些差异性表达的circRNA进行GO和KEGG功能分析和靶向预测,富集到与肌肉分化和肌纤维发育相关的能量代谢和信号转导通路,包括MAPK、PI3K-Akt、Ras、Regulation of actin cytoskeleton等。结果表明：在D85至D105期间富集到的差异circRNA多与肌细胞发育调控、细胞增殖和存活、细胞周期等相关,而在D105至D135期间富集到的通路则主要与能量转换、物质运输、RNA转运和DNA修复有关。靶向预测结果通过Cytoscape软件绘制出可视化共表达网络,筛选到circRNA8239、circRNA19073,circRNA2765、circRNA1616等核心调控转录物,并在D105找到调节快慢肌类型转换的关键因子circRNA7527,其靶向作用于bta-miR-135a、bta-miR-615、chi-miR-133a-5p进而调控MEF2C基因。通过3个时间节点的差异表达情况和功能预测描述选取了与肌肉发育相关的4个核心circRNA和其靶向的4个miRNA进行qRT-PCR分析,其基因表达趋势与测序数据一致。【结论】本试验在转录水平上验证了绵羊胚胎发育D85至D105是肌纤维数量的稳定发生期,而D105至D135则是肌纤维的肥大期,由此推断D105可能是绵羊胚胎发育的关键时间窗口。本研究首次基于全转录组测序构建了绵羊胚胎期骨骼肌发育的circRNA图谱,揭示了不同发育阶段的转录组差异,并对绵羊胚胎骨骼肌发育期间重要的调控因子进行挖掘和验证,发现了以MEF2C为靶基因的多个circRNA和miRNA参与MAPK信号通路,为绵羊肌纤维发育分子机制以及其它家畜非编码RNA的研究提供了参考。 相似文献
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为探讨TPH1和TPH2基因在绵羊不同繁殖状态下的表达差异及TPH2基因多态性与小尾寒羊产羔数的关系,利用实时荧光定量PCR技术检测该2个基因在不同繁殖状态下成年苏尼特羊(短光照3只,长光照3只)和小尾寒羊(卵泡期3只,黄体期3只)的大脑、小脑、下丘脑、松果体、垂体、卵巢、输卵管、子宫、肾脏和肾上腺等10种组织中的相对表达量;同时采用Sequenom MassARRAY?SNP技术检测TPH2基因单核苷酸多态位点SNP在常年发情绵羊品种(小尾寒羊、湖羊和策勒黑羊)和季节性发情绵羊品种(滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊)的多态性,并将基因多态性与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明:该2个基因在2个绵羊品种各组织广泛表达,TPH1基因在苏尼特羊下丘脑和松果体中短光照表达量极显著高于长光照(P0.01),在苏尼特羊垂体中短光照表达量显著高于长光照(P0.05),在小尾寒羊垂体和卵巢中卵泡期显著低于黄体期(P0.05);TPH2基因在苏尼特羊卵巢组织长光照下的表达量显著高于短光照(P0.05),TPH2基因在小尾寒羊下丘脑组织中卵泡期的表达量极显著高于黄体期(P0.01)。小尾寒羊中TPH2基因g.107854166CT和g.1078541669CT 2个SNP位点关联分析表明,该2个位点与季节性发情性状和小尾寒羊第1、2以及第3胎产羔数均无显著关联(P0.05)。综上,TPH1和TPH2基因在苏尼特羊绵羊下丘脑和松果体中呈季节性光照节律差异表达,暗示其可能参与季节性发情上游基因的调控,而TPH2基因可能参与调控小尾寒羊下丘脑中激素分泌和卵巢发育,但g.107854166CT和g.1078541669CT不是调控季节性发情和小尾寒羊产羔数的关键位点。 相似文献
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为解析南阳黑猪种群中脂肪表型极端差异个体之间的遗传变异基础,本研究以南阳黑猪种群中体重相近但脂肪表型差异明显的6月龄全同胞或半同胞个体为研究对象,分别对其进行胴体性状和肉质性状统计分析,采用高通量测序技术对高脂肪组和低脂肪组的样品进行全基因组重测序,整合课题组前期转录组数据分析南阳黑猪脂肪沉积相关的遗传位点和功能基因。结果表明:1)高脂肪组肌内脂肪含量((4.96±0.62)%)显著高于低脂肪组((3.61±0.11)%)(P<0.05),高脂肪组平均背膘厚((43.74±2.33)mm)极显著高于低脂肪组((28.36±4.17)mm)(P<0.01),与肌内脂肪含量相关的性状(剪切力、pH45 min、蒸煮损失和48 h滴水损失)在两组之间均存在显著差异,其余各项性状指标在两组之间无显著差异;2)本次测序共得到208.00 Gb有效序列数据,测序覆盖度达98.68%以上。在高-低脂肪组共检测到25 827 091个单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)、5 802 822个小片段插入和缺失(Insertion-deletion,InDel)、56 358个染色体结构变异(Structural variation,SV)及1 898个拷贝数变异(Copy number variation,CNV)。通过对SNP非同义突变和InDel移码突变进行功能注释,发现所鉴定到的209个组间差异基因主要参与到mTOR信号通路、甲状腺信号通路以及ABC 转运蛋白信号通路等与脂肪沉积相关的通路中;3)与课题组前期转录组数据联合分析后筛选到2个与脂肪分化相关的关键基因(PLP1和ITGA6),这些基因的多态性变化可能是影响南阳黑猪肌内脂肪沉积出现差异的关键。综上,本研究从全基因组水平上筛选到了南阳黑猪群体内影响脂肪沉积相关的基因和位点,为进一步研究猪脂肪沉积调控机制及品种选育奠定基础。 相似文献
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为揭示GnRH基因在小尾寒羊下丘脑-垂体-卵巢轴(Hypothalamic-pituitary-ovarian axis,HPOA)中的表达规律、多态性及其与产羔数的关系,深入了解其对小尾寒羊多羔的作用,采用实时荧光定量PCR技术对6只小尾寒羊(FecB++型单、多羔母羊各3只)的生殖组织及脑组织中GnRH基因的表达谱进行分析,同时采用Sequenom MassARRAY~?SNP技术对380只小尾寒羊和共380只的小尾寒羊、滩羊、苏尼特羊、策勒黑羊、湖羊和草原型藏羊GnRH基因2个单核苷酸多态性位点(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)的进行多态性检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果显示,GnRH基因在下丘脑、卵巢和子宫组织均有表达,其中在下丘脑高表达。在小尾寒羊多羔群体中,GnRH基因在卵巢、大脑、下丘脑、垂体的表达均极显著高于单羔群体(P0.01),暗示其可能参与了小尾寒羊多羔性状调控。分型发现GnRH基因2个位点基因型频率和等位基因频率在单、多羔品种间差异均不显著(P0.05)。关联分析表明,GnRH基因的2个SNPs位点的多态性与小尾寒羊各胎产羔数差异均不显著(P0.05);2个SNPs在所有绵羊品种中均表现为低度多态(PIC0.25);卡方适合性检验表明,2个SNPs在各个绵羊品种中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。 相似文献