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1.
本试验旨在通过16S r RNA基因测序技术研究饲料中添加丁酸梭菌对番鸭后期回肠和盲肠菌群结构的影响。试验选取49日龄番鸭360羽，随机分为两个组，每组9个重复，每个重复20羽。对照组饲喂基础饲粮（C组），试验组饲喂基础饲粮添加2×109CFU/kg丁酸梭菌（CB组），试验期为21 d。试验结束后，每个重复随机取1羽番鸭进行屠宰并测定腹脂、胸肌、腿肌重量，采集回肠和盲肠内容物，采用16S rRNA基因测序技术分析其菌群结构。结果表明：与C组相比，CB组番鸭的体重无显著变化（P> 0.05），腹脂率与C组相比显著上升19.5%(P <0.05)。16S rRNA基因测序结果表明，α多样性中各组差异并不显著。在门水平上，厚壁菌门（Firmicutes）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）为番鸭回肠和盲肠的优势菌门；与C组相比，CB组回肠中厚壁菌门、梭杆菌门相对丰度增加，而拟杆菌门相对丰度减少；此外，在盲肠中变形菌门丰度有减少的趋势。在属水平上，回肠优势属... 相似文献
2.
病、健仔猪不同肠段菌群的研究 总被引：11，自引：0，他引：11
对30例5个日龄的下痢仔猪和同窝健康仔猪,从空肠、直肠无菌采集肠内粪便各1克,通过稀释,选择不同的稀释度,定量接种在12种选择性培养基上,用需氧和厌氧培养,发现需氧菌与厌氧菌,大肠杆菌与双歧杆菌等在病、健仔猪肠内定居有以下特性: 一、空肠、大肠杆菌等6个需氧菌属,与双歧杆菌等6个厌氧菌属,对数均值之比由正常时的1:100,下痢时下降为1:1。直肠,6个需氧菌属与6个厌氧菌属对数均值之比由1:1000下降为1:100。表明仔猪下痢出现菌群比例失调。 二、空肠,大肠杆菌(P<0.01),拟杆菌(P<0.01),双歧杆菌(P<0.05)。直肠,大肠杆菌(P<0.05),拟杆菌(P<0.05),乳酸杆菌(P<0.05)。表明仔猪下痢时大肠杆菌在空肠繁殖很快,由正常时的第六位一跃而为第一位。乳酸杆菌、双歧杆菌和拟杆菌显著降低,而肠球菌、葡萄球菌、沙门氏杆菌、酵母菌、需氧芽胞杆菌、真杆菌、消化球菌和小梭菌均无显著差异。 相似文献
3.
试验旨在研究试验兔腹泻与粪便菌群之间的关系,通过16S rRNA基因测序对腹泻试验兔和健康试验兔的粪便菌群组成及丰度进行了研究。结果显示：共测得369 888条有效序列,得到1 738个OTUs,隶属于14个门、21个纲、53个目、97个科及217个属。腹泻晚期试验兔的粪便菌群α多样性指数显著降低（P<0.05）,微生物丰富度显著下降（P<0.05）。腹泻粪便中厚壁菌门（Firmicutes）、梭状芽孢杆菌纲（Clostridia）、颤螺目（Oscillospirales）、毛螺目（Lachnospirales）、毛螺旋菌科（Lachnospiraceae）、瘤胃球菌科（Ruminococcaceae）及瘤胃球菌属（Ruminococcus）丰度明显下降,变形菌门（Proteobacteria）、γ变形杆菌纲（Gammaproteobacteria）、拟杆菌目（Bacteroidales）、肠杆菌科（Enterobacteriaceae）及埃希氏-志贺氏菌属（Escherichia-Shigella）丰度明显升高。腹泻兔和健康兔粪便中有309个OTUs存在显著差异（P<... 相似文献
4.
为调查正常水貂和腹泻水貂肠道菌群差异及发病原因，本试验采集了正常和腹泻水貂的粪便进行16S rRNA测序，并展开微生物物种的分布和丰度聚类差异分析。结果显示，与正常水貂相比，腹泻水貂中厚壁菌门所占比例显著增多(P<0.05),变形菌门和丙型变形菌纲所占比例显著减少(P<0.05);梭菌纲、梭菌目、巴氏杆菌目、巴氏杆菌科、链球菌科、梭菌科、巴氏杆菌属、梭菌属、链球菌属、放线杆菌属所占比例均极显著增多(P<0.01),肠杆菌目、肠杆菌科、肠球菌科、沙雷氏菌属、肠球菌属所占比例均极显著减少(P<0.01)。由此可知，水貂肠道微生物中巴氏杆菌属、梭菌属、放线菌属、链球菌属等多种致病菌群占比及相对丰度显著增加是导致水貂腹泻的原因之一。本试验通过分析得出正常和腹泻水貂肠道内菌种的差异，对疾病的诊断和治疗有一定的意义，并对微生态制剂的发展提供了数据支持。 相似文献
5.
本试验旨在研究断奶马驹十二指肠、空肠和回肠菌群的多样性，为全面评价断奶后马属动物小肠发育、健康、功能等提供参考依据。选取6匹平均体重为（147.08±4.86） kg的哈萨克断奶马驹为研究对象，在相同的饲养管理和饲粮营养水平条件下饲养60 d。采集断奶马驹十二指肠、空肠和回肠的内容物，采用16S rRNA高通量测序技术检测各肠段内容物中菌群的多样性。结果显示：1）断奶马驹十二指肠菌群的ACE指数和PD＿whole＿tree指数均显著高于空肠（P<0.05）。2）在门水平上，厚壁菌门是十二指肠、空肠和回肠中最主要的优势菌，其次是变形菌门和拟杆菌门，其中空肠中厚壁菌门的相对丰度比回肠提高了26.98%(P<0.05)，回肠菌群中变形菌门和梭杆菌门的相对丰度显著或极显著高于十二指肠和空肠（P<0.05或P<0.01）。在科水平上，回肠中肠杆菌科和巴斯德氏菌科的相对丰度均显著高于空肠（P<0.05），且巴斯德氏菌科的相对丰度还显著高于十二指肠（P<0.05）；十二指肠中瘤胃球菌科的相对丰度较空肠提高了156.04%(P<0.05)。在属水平上，回肠中肠... 相似文献
6.
成年鸡盲肠正常菌群的初步研究 总被引：2，自引：1，他引：1
采用定量分析方法，对成年鸡盲肠内７个菌属正常菌群进行了测定，结果表明，乳酸杆菌数量最高，其对数值为８．６±０．５其次是双歧杆菌，对数值为８．１±１．０，肠球菌的数量最低，为５．９±０．７，乳酸杆菌和双歧杆菌的数量极显著的地高于基它菌类（Ｐ〈０．０１），为成年鸡盲肠内优势菌群。 相似文献
7.
试验将采自广西地区不同冷藏时间（24、48 h）的散户和牧场中新鲜生水牛乳进行宏基因组测序，分析生水牛乳在存储过程中嗜冷菌多样性。结果表明，在属和种水平上，冷藏24、48 h生水牛乳主要的优势嗜冷菌组成相同，但相对丰度存在差异。主坐标分析表明，不同冷藏时间嗜冷菌在种水平上菌群结构相似。聚类分析结果表明，生水牛乳样品中嗜冷菌在属和种水平上构成在组内个体差异较大。生水牛乳中具有潜在危害的嗜冷菌包括荧光假单胞菌、霉实假单胞菌、隆德假单胞菌、韩国假单胞菌、鲍曼不动杆菌、约翰不动杆菌、Acinetobacter guillouiae和蜡样芽孢杆菌等。研究表明，试验有助于发现广西地区生水牛乳中嗜冷菌污染的现状，可为控制生水牛乳中主要嗜冷菌提供参考。 相似文献
8.
为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物... 相似文献
9.
试验旨在研究复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响。选取12头梅花鹿，随机分为2组，对照组饲喂基础饲粮，试验组饲喂基础饲粮+10 g/（头·d）复方中草药添加剂，预试期7 d，正式饲喂49 d。结果表明：(1)试验组瘤胃pH显著高于对照组（P<0.05），而丙酸浓度显著低于对照组（P<0.05）。(2)试验组Chao1和Ace指数显著低于对照组（P<0.05）。(3)在门水平上，试验组厚壁菌门和广古菌门的相对丰度显著高于对照组（P<0.05），而未分类细菌和放线菌门的相对丰度显著低于对照组（P<0.05）；在属水平上，试验组克里斯滕森菌科＿R-7菌属、醋酸菌属、瘤胃球菌属和瘤胃球菌科＿NK4A214菌属的相对丰度显著高于对照组（P<0.05）。综上所述，添加10 g/（头·d）的复方中草药添加剂能够提高生茸期梅花鹿瘤胃p H，降低瘤胃菌群丰富度并改变菌群结构。 相似文献
10.
为探讨初产荷斯坦母牛乳汁菌群的多样性及其演变规律，本实验选取6头（24±3）月龄健康产犊的初产荷斯坦母牛，分别在生产当天（MTA）以及产后第3天（MTB）、第5天（MTC）、第7天（MTD）、第15天（MTE）、第21天（MTF）、第30天（MTG）、第60天（MTH）获取母牛的乳样，利用16S rRNA技术检测分析初产荷斯坦奶牛乳汁微生物的多样性，筛选初产荷斯坦母牛乳汁中的优势菌群，确定其变化规律。结果表明：所测样本都具有特异性OTU;MTA和MTB的乳汁样本具有独特的微生物区系，其他6个采样时间的样本微生物区系结构相似。厚壁菌门（Firmicutes）、畸形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）为初产荷斯坦母牛8个采样时间的乳汁中的优势菌门；MTA的优势菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、嗜盐古生菌属（Halogranum）,MTB的优势菌属为金黄杆菌属（Chryseobacterium），其余6个时间点的优势菌群为UCG-005、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单胞菌属（Pseudomonas）。实验结果证明，在8个采样时... 相似文献
11.
本研究旨在利用16S rRNA高通量测序技术分析不同年龄奶水牛瘤胃菌群多样性,探究其随年龄增长变化的规律。选择4个年龄组,即Y组(12月龄,胎次=0)、M组(3~5岁,胎次=1)、E组(6~8岁,胎次=2)和O组(9岁及以上,胎次≥3),各组奶水牛分别为9、7、4和5头,采集瘤胃液并提取总DNA,经PCR扩增后对16S rDNA的V3~V4区进行高通量测序。结果表明:alpha多样性分析结果发现,随着年龄增长,奶水牛瘤胃菌群数量呈现显著下降的趋势(P=0.07),菌属相对丰度显著减少(P<0.05);beta多样性分析发现,不同年龄奶水牛的瘤胃菌群结构存在明显的不同,并随年龄增加个体间的瘤胃菌群结构差异逐渐增大。门水平下,本试验所有年龄奶水牛瘤胃的优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);属水平下,普雷沃氏菌属_1(Prevotella_1)相对丰度在4个年龄组均最高,优势菌属和次级优势菌属的相对丰度随奶水牛年龄的增长呈现相互聚拢的趋势。不同年龄奶水牛瘤胃中存在着差异显著的特征性菌属,12月龄奶水牛瘤胃中以乳酸菌属(Lactobacillus)和糖酵菌属(Saccharofermentans)为主,其相对丰度随着年龄增长而显著减少(P<0.05);3~5岁奶水牛瘤胃中则以未分类梭菌目菌属(unclassified_o_Clostridiales)和未排位双歧杆菌科菌属(norank_f_Bifidobacteriaceae)为主,相对丰度显著高于12月龄和9岁及以上年龄(P<0.05);9岁及以上年龄奶水牛瘤胃中的未分类普雷沃氏菌科菌属(unclassified_f_Prevotellaceae)和候选单胞生糖菌属(Candidatus_Saccharimonas)相对丰度高于12月龄和3~5岁。共性网络物种关联分析结果显示,奶水牛瘤胃菌群间的相关性和紧密性随着年龄增加而逐渐下降。综上所述,随着奶水牛年龄增长,其瘤胃菌群数量和相对丰度显著减少,优势菌群和亚优势菌群呈现一定的年龄特征变化;奶水牛瘤胃存在着一些年龄特征菌属,其菌群结构紧密性随年龄增加而减弱,表明宿主年龄增长可影响瘤胃菌群结构和功能的稳定。 相似文献
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试验旨在了解林蛙养殖场地土壤菌群组成和结构特征、喷洒益生菌后的土壤菌群变化和潜在致病菌的种类与数量。试验设置3个组：养殖场地组、益生菌喷洒组和半人工养殖组,用高通量测序技术进行检测。3个试验组共获得191 588条有效序列,1 369个操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）,经分类学鉴定分属于438个属,29个门。3组样本菌群数量较大,多样性水平也相对较高。优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、蓝细菌门（Cyanobacteria）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）、绿弯菌门（Chloroflexi）、放线菌门（Actinobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）;优势菌属为黄杆菌属（Flavobacterium）、热单胞菌属（Thermomonas）、Sphingopyxis、紫杆菌属（Porphyrobacter）、蓝细菌纲中未定种类（norank_c__Cyanobacteria）。各分组之间菌群多样性差异不显著,各组菌群结构相似度高。土壤中潜在的红腿病致病菌在属的水平有气单胞菌属（Aeromonas）、柠檬酸杆菌属（Citrobacter）、金黄杆菌属（Chryseobacterium）、假单胞菌属（Pseudomonas）。喷洒益生菌后土壤菌群变化不明显。本研究为全面了解东北林蛙养殖场地土壤微生物组成及变化、发掘有益微生物种类和东北林蛙疾病的预防和治疗提供理论依据。 相似文献
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为探究谷氨酰胺对安哥拉兔肠道菌群结构和多样性的影响，本试验选取8月龄体重、产毛量相近的安哥拉兔12只，随机分为2组，每组6个重复，每个重复1只兔。对照组饲喂基础饲粮，谷氨酰胺组在基础饲粮中添加0.9%谷氨酰胺，饲喂1个剪毛周期后，采集各试验兔新鲜粪便样品，采用Illumina MiSeq测序平台进行肠道菌群16S RNA高通量测序分析。结果表明：与对照组相比，饲粮中添加0.9%谷氨酰胺后，安哥拉兔肠道菌的Chao指数、Shannon指数显著提高（P<0.05）。在门水平上，家兔肠道中优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、髌骨细菌门（Patescibacteria）和放线菌门（Actinobacteria）；与对照组相比，饲粮中添加谷氨酰胺能显著降低厚壁菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上，家兔肠道内优势菌属为g＿norank＿f＿Muribaculaceae、瘤胃球菌属（Ruminococcus）和瘤胃球菌科NK4A214群（Ruminococcaceae＿NK4A214＿group）；与对照组相比，饲粮中添加谷氨酰胺显著... 相似文献
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不同饲养模式对哈萨克马肠道菌群有何影响鲜有报道,本文通过对比自由放牧和圈养状态下哈萨克马粪便菌群组成和标志物种,揭示哈萨克马肠道菌群在不同饲养模式下的波动性变化。采集自由放牧和圈养条件下各5匹哈萨克马的新鲜粪便,利用高通量测序技术分析哈萨克马肠道菌群组成、功能途径等。结果显示,放牧组肠道菌群多样性显著高于圈养组（Shannon指数,P<0.05;Simpson指数,P<0.01）;放牧组标志物种显著多于圈养组。在门水平上,放牧组和圈养组的厚壁菌门（76.10%;78.08%）和拟杆菌门（17.16%;15.72%）丰度较高,均占总菌群的93%以上。在科水平上,放牧组以分解/发酵纤维素的菌群（瘤胃球菌科,30.44%;毛螺菌科,21.96%;艰难杆菌科,4.86%）为主;圈养组中分解/发酵纤维素的瘤胃球菌科（28.73%）和毛螺菌科（14.51%）以及消化淀粉类碳水化合物的链球菌科（15.08%）为优势菌科,且链球菌科的丰度显著高于放牧组（P<0.05）。对功能基因序列进行功能注释时,77.44%的序列被注释为“代谢”。结果表明,由不同饲养模式介导的两组中,自由放牧组菌群多样性高于圈养组,且菌群消化类型更为统一,两组肠道菌群组成存在整体性差异,这些为进一步研究哈萨克马肠道菌群奠定了理论基础。 相似文献
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《蚕业科学》2015,(4)
家蚕肠道菌群与蚕体对营养物质的消化吸收及健康性密切相关。为了解家蚕肠道细菌的多样性及雌、雄个体间肠道细菌类群的差异,通过应用454焦磷酸测序技术检测细菌16S rRNA基因序列的方法分析家蚕5龄第3天雌、雄幼虫中肠内容物中的细菌类群,共发现5 578个分类操作单元(operational taxonomic units),包括14个门、21个纲、30个目、71个科、120个属的细菌,雌、雄个体在上述分类阶元共有的肠道细菌菌群分别为8、9、20、38和46种。在属水平上对细菌菌群构成的分析显示,雄蚕肠道中的主要优势细菌为代尔夫特菌属Delftia、橙单胞菌属Aurantimonas、肠球菌属Enterococcus、嗜糖假单胞菌属Pelomonas、青枯菌属Ralstonia、台湾温单胞菌属Tepidimonas、假单胞菌属Pseudomonas、阿斯普罗单胞菌属Aspromonas、甲基杆菌属Methylobacterium和葡萄球菌属Staphylococcus;雌蚕肠道中的主要优势细菌为代尔夫特菌属Delftia、橙单胞菌属Aurantimonas、假单胞菌属Pseudomonas、嗜糖假单胞菌属Pelomonas、佩特罗菌属Petrobacter、肠球菌属Enterococcus、台湾温单胞菌属Tepidimonas、狭义的梭菌属Clostridium sensu stricto、阿斯普罗单胞菌属Aspromonas。其中,雄蚕肠道中有23个属的细菌丰度是雌蚕的1.5倍以上,在雌蚕肠道中有7个属的细菌丰度是雄蚕的1.5倍以上,表明雌性与雄性家蚕肠道细菌类群的组成和比率存在明显差异。基于16S rRNA基因序列的聚类分析显示,家蚕肠道中的优势细菌属可分为2个大类。家蚕肠道细菌的多样性研究结果可作为探讨雌蚕和雄蚕经济性状差异的新线索。 相似文献
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为了探究娟姗牛应激条件下肠道菌群结构的调控机制,本研究选择非应激期（JR1）和应激期（JR2）各6头牛作为实验组进行测定,2组间肠道微生物多样性采用微生物16S r RNA基因测序技术对差异微生物功能进行初步预测。结果显示：Alpha多样性对2组样品6种指数检测结果均明显降低（P>0.05）,说明夏季高温高湿的环境对肠道微生物的丰富度无明显影响,但可降低其物种多样性。厚壁菌门和拟杆菌门为门水平上的2个优势菌门,属水平上有瘤胃球菌属UCG-005、理研菌科-RC9菌属和瘤胃球菌属UCG-010为3个优势菌属。组间差异性分析得出,在属水平上JR2组粪便微生物中的Christensenellaceae R-7 group、Lachnospiraceae AC2044 group、Ruminococcus 2、普雷沃氏菌属Prevotellaceae UCG-004的丰度高于JR1组（P<0.05）。代谢通路富集预测分析显示,主要参与氨基酸代谢、碳水化合物代谢、消化系统、内分泌系统、环境改变、能量代谢、代谢疾病、免疫系统等。采用STAMP差异分析比较2组样品之间功能的丰度,JR2组... 相似文献
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健康鸡嗉囊和盲肠内容物正常菌群的分离与鉴定 总被引：8，自引：0，他引：8
用血琼脂平板和乳清琼脂平板，采用集性没食子酸厌氧培养法，从健康非免疫产蛋母鸡的嗉囊和盲肠内容物中分离出正常菌群，地其中２１株瘘性厌氧的无芽胞杆菌和球菌，从革兰氏染色特性、形态特性、需氧生长条件和生化反应等方面进行了初步鉴定。结果其中有类肠膜明串珠菌１株，肠膜明串珠菌１株，粪链球菌３株，屎锭球菌１株，鸡肠链球菌１少酸链力３株，乳链球菌１株，假长双歧杆菌１株，星状双歧杆菌１株，嗜酸乳杆菌１株，嗜粪乳杆 相似文献
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《饲料工业》2019,(6):35-43
运用高通量测序方式,对两种模式养殖大黄鱼(Larimichthys crocea)幼鱼消化道菌群的结构与功能特征及其与环境菌群的相关性进行分析,结果发现:大黄鱼幼鱼消化道主要由变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)组成。工厂化养殖大黄鱼消化道优势菌属组成比较稳定,包括乳杆菌属(Lactobacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)等。优势菌属中,发光杆菌属(Photobacterium)、乳杆菌属、弧菌属(Vibrio)等18个物种为两种模式养殖大黄鱼消化道的共有优势菌属;而假单胞菌属(Pseudomonas)、气单胞菌属(Aeromonas)和Escherich-ia_Shigella为主要差异菌属(P0.05)。通过相关性分析得出,饵料中菌群对消化道菌群影响较大。并且,在菌群基因参与功能方面,两种模式下幼鱼消化道菌群基因参与的主要功能相似,但工厂化养殖幼鱼消化道菌群基因参与这些功能的基因丰度高于网箱养殖的,这可能是对幼鱼的生长代谢在环境胁迫中的一种补偿作用。研究结果将为大黄鱼幼鱼消化道功能菌群的筛选与菌群调控提供理论参考。 相似文献
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不同日龄兔肠道正常菌群的研究 总被引：6，自引：0，他引：6
用稀释滴种的方法对３个不同生长阶段（未哺乳、哺乳、断乳）的比利时家兔大、小肠部位正常菌群进行了研究。结果表明，肠道中以消化球菌、梭杆菌、双歧杆菌、乳杆菌等厌氧菌占绝对优势。断乳兔与哺乳免正常菌群比较，大、小肠部位的韦荣氏球菌、小肠部位的肠杆茵差别极显著（Ｐ＜０．０１）；大肠部位的优杆菌、双歧杆菌、类杆菌、肠杆菌差别显著（Ｐ＜０．０５）；其余菌差别不显著（Ｐ＞０．０５）。 相似文献