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1.
猪HMGA1基因的组织表达及其多态性与背膘厚的关联分析 总被引：3，自引：1，他引：2
旨在探究HMGA1基因在猪不同组织、不同日龄下不同品种中的表达谱,并对该基因编码区及3′UTR区的多态性与猪背膘厚进行关联分析。本研究利用实时荧光定量PCR检测大白猪HMGA1基因在7种组织的表达情况,及其在60、150和210日龄大白猪和民猪背部脂肪中的差异表达。对576头大白猪×民猪F2代资源群体的基因组DNA重测序进行HMGA1序列分析,筛选其编码区及3′UTR区SNPs,并以屠宰体重为协变量与背膘厚(第6～7肋)进行关联分析。结果表明,HMGA1 mRNA在大白猪不同组织中均有表达,且在组织间存在显著差异(P0.05),其中在肺中的表达量最高,而在心和肌肉中微量表达。在60和150日龄时,HMGA1基因在民猪背部脂肪中的表达量显著高于大白猪(P0.05);210日龄时在两个猪种中的表达差异不显著(P0.05)。通过对F2群体HMGA1序列分析,在编码区检测出13个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,其中包含2个错义突变位点:g.3261GA和g.5818GA,且g.3261GA位点与背膘厚显著关联(P0.05)。在3′UTR区检测到3个SNPs,且位于小RNA(microRNA, miRNA)结合靶点,其中g.7217GC和g.7280TC与背膘厚显著关联(P0.05)。研究结果表明,HMGA1作用于猪背部脂肪组织,且该基因g.3261GA、g.7217GC和g.7280TC位点可作为猪背膘厚选育的潜在分子标记,为猪的分子育种奠定基础。 相似文献
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藏猪和大约克猪ACADM基因表达量与脂肪沉积性状的相关性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探究中链酰基辅酶A脱氢酶(ACADM)基因在不同品种猪组织中的表达水平,并分析其与猪脂肪沉积性状的相关性,采用Sanger测序法对藏猪(58头)和大约克猪(60头)ACADM基因起始密码子上游1 kb区域进行了单核苷酸多态性(SNPs)筛选与基因分型,选取180日龄藏猪和大约克猪各10头屠宰后分别采集肝脏、背脂、心脏和背最长肌组织,利用RT-qPCR技术检测了ACADM基因的表达水平,同时测定其背膘厚和背最长肌组织中肌内脂肪含量。结果显示:在ACADM基因起始密码子上游1 kb区域,存在C-101G和C-569G这2个突变位点,藏猪与大约克猪等位基因频率呈极显著差异(P<0.01);在藏猪与大约克猪的肝脏、背脂、背最长肌和心脏组织中ACADM基因表达趋势完全一致,藏猪极显著高于大约克猪(P<0.01);经ACADM基因表达量与背膘厚、肌内脂肪含量相关性分析发现,ACADM基因mRNA相对表达量与背膘厚和肌内脂肪含量呈显著正相关(P<0.05)。通过以上结果推测这2个突变位点可能是调控ACADM基因表达的重要功能位点,从而导致猪脂肪沉积性状的差异。本研究为进一步开展ACADM基因对猪脂肪沉积的调控机制研究提供了重要支撑。 相似文献
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旨在研究水通道蛋白9(aquaporins9,AQP9)及核糖体蛋白10(ribosomal protein S10,RPS10)基因多态性及其与北京黑猪背膘厚的相关性,以期能够获得北京黑猪背膘厚的有效标记。本研究以413头北京黑猪为研究对象,测定不同部位(肩部、6-7肋间、胸腰结合、腰荐结合)的背膘厚度。PCR扩增AQP9和RPS10基因的启动子区和外显子区序列筛选SNP位点,并将SNPs与各部位背膘厚进行关联分析。运用荧光定量PCR检测基因的差异表达。结果发现,AQP9基因启动子区有4个突变位点,其中1个SNP:rs332699245 A>C与胸腰结合处背膘厚关联显著(P<0.05),且该位点突变预测到了结合转录因子的改变;RPS10基因在3′UTR、CDS区共有8个突变位点,其中5个与背膘厚显著关联：rs80795904 C>G、rs80932213 T>C与6～7肋间背膘厚关联显著(P<0.05),rs3469834461 C>T与肩部背膘厚、四点平均背膘厚关联显著(P<0.05),rs80862457 C>T与胸腰结合处背膘厚、... 相似文献
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《中国兽医学报》2015,(4):655-660
通过实时荧光定量PCR比较了IGFBP-5基因在西藏小型猪、巴马香猪和军牧1号白猪出生、断奶、成年各不同生长发育时期的肝脏、肾脏、脾脏和肌肉组织之间的表达差异,并比较分析了3个猪种IGFBP-5基因5′调控区的突变位点及所引起的转录因子结合位点的改变。从出生到成年阶段,3个猪种中IGFBP-5基因的表达量没有明显的变化规律;在不同生长发育时期3个猪种IGFBP-5均在肾脏和肝脏中高表达;序列同源性比对分析发现,3个猪种中存在多处突变,转录因子结合位点分析发现军牧1号白猪在序列-1 505和-1 497bp的2处突变分别增加了1个GATA-x转录因子结合位点和1个E2F转录因子结合位点。IGFBP-5基因5′调控区在不同猪种间存在的差异可能对IGFBP-5基因在大、小型猪种间的表达差异有影响。 相似文献
6.
本研究旨在利用转录组测序技术鉴定松辽黑猪背最长肌组织中的差异表达基因（DEGs）,找出与猪脂肪沉积相关的潜在候选基因。通过对松辽黑猪进行活体背膘厚测定,选择具有极端背膘厚的3对个体（高、低各3头）为研究对象。取背最长肌组织提取RNA,并对其进行双末端转录组测序,然后,基于edgeR包的配对方法筛选差异基因,并进行生物学功能富集分析。结果鉴定出590个差异表达基因,其中,188个基因在高背膘厚组猪背最长肌组织中高表达,402个基因在低背膘厚组猪背最长肌组织中高表达。通过生物学功能分析发现,有42条显著富集通路,鉴定出的与脂肪沉积相关的通路有脂肪酸代谢、不饱和脂肪酸的生物合成以及PPAR信号通路等,筛选出FABP3、FADS1、FADS2、OLR1、ACSL1、LIPA和PLIN2为脂肪沉积性状的候选基因。该研究结果为进一步探究松辽黑猪肌内脂肪分子调控机制提供了参考。 相似文献
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本试验旨在研究SH2B衔接因子蛋白1（SH2B adaptor protein 1，SH2B1）基因在猪不同组织和生长发育各阶段背部脂肪中的表达情况，预测调控该基因的miR-276-3p对猪背部脂肪表达的影响。应用实时荧光定量PCR技术检测SH2B1基因在猪脂肪、下丘脑等6种组织，以及在30、60、90、120和180 d猪背部脂肪组织中的相对表达量。靶标预测SH2B1基因的调控miRNA，并通过实时荧光定量PCR检测miR-276-3p对该基因的调控作用。结果显示，SH2B1基因在猪的6种组织中均有表达，且在脂肪组织中表达量最高，在肌肉组织中表达量最低。在猪生长发育各阶段背部脂肪中SH2B1基因均有表达，在前期（30和60 d）表达量较低，在中、后期（90、120和180 d）持续高表达，且显著高于前期表达量（P<0.05）。高、低背膘厚组背部脂肪中miR-276-3p与SH2B1基因均呈差异表达，且两者表达呈相反趋势，miR-276-3p在高背膘厚组中的表达量显著低于低背膘厚组（P<0.05），而SH2B1基因在高背膘厚组中的表达量却显著高于低背膘厚组（P<0.05）。miR-276-3p可通过靶向负调控SH2B1基因，影响猪背部脂肪的沉积。本试验结果为进一步深入研究猪背部脂肪沉积和背膘厚差异的分子机制提供参考。 相似文献
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为探究藏猪和大约克猪肌节线粒体肌酸激酶2（creatine kinase,mitochondrial 2,CKMT2）基因多态性位点及其在各组织中的表达差异,试验采用Sanger测序法对藏猪（50头）和大约克猪（60头）CKMT2基因起始密码子上游1 000 bp区域进行单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）筛选与基因分型;180日龄藏猪和大约克猪（各10头）屠宰后分别采集心脏、背脂和背最长肌组织,采用实时荧光定量PCR技术检测CKMT2基因在各组织中的表达水平。结果显示,在CKMT2基因起始密码子上游1 000 bp区域,筛选到5个SNPs位点：G-357A、T-469C、G-649T、A-784G和A-953G,且藏猪与大约克猪等位基因频率差异明显。转录因子预测发现,这些SNPs位点与骨骼肌生长发育、肌肉能量代谢、抗缺氧有关。藏猪CKMT2基因在背最长肌和心脏组织中的mRNA表达量极显著高于大约克猪（P<0.01）,在背脂中的mRNA表达量极显著低于大约克猪（P<0.01）,推测CKMT2基因具有正向调控抗低氧和肌肉组织生成、负向调控脂肪生成的作用,该分析结果与藏猪和大约克猪的品种特性相吻合。本试验结果为进一步探索猪生长发育、脂肪沉积和低氧适应性提供了一定的新思路。 相似文献
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猪肌肉糖原磷酸化酶基因的多态性及其与胴体和肉质性状的相关分析 总被引：1，自引：1，他引：0
试验旨在寻找不同品种猪的差异表达基因,并对其遗传效应进行初步分析。应用抑制消减杂交技术获得了在梅山猪、长白猪和大白猪中差异表达的肌肉糖原磷酸化酶(glycogen phosphorylase,muscle form,PYGM)基因及其全长cDNA序列,序列分析结果表明,猪PYGM基因编码842个氨基酸,与人、牛、狗、小鼠、大鼠和羊的氨基酸序列具有96%、97%、96%、96%、96%和97%的相似性,而且该基因在各组织中表达量均很高。通过序列比对发现,在3′非翻译区(3′UTR)125 bp处存在1个突变。利用PCR-RFLP方法,在大白猪、梅山猪、长白纯种猪和170头大白×梅山F2代资源家系中检测了该突变位点的多态性并进行性状关联分析,结果表明,该位点的多态性与瘦肉率、骨率、肥肉率、平均背膘厚、眼肌面积、胴体长显著相关,尤其是活体瘦肉率AA基因型(大白猪、长白猪优势基因)比BB基因型(梅山猪优势基因)高3%,肥肉率低5%,与外来猪种瘦肉率显著高于本地猪的性状表现是一致的。因此,猪PYGM基因125 bp位点可能是一个潜在的分子标记辅助常规育种位点。 相似文献
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为了探究GADD45A基因在猪肌肉生长中的作用,试验选择180日龄的藏猪和大约克夏猪各8头,采用实时荧光定量PCR法测定和分析两品种试验猪只背最长肌、腿肌和垂体组织中GADD45A基因的mRNA相对表达量;同时选择180日龄藏猪37头和大约克夏猪55头,PCR扩增两品种试验猪只GADD45A基因起始密码子上游3 000 bp左右的序列(5′侧翼区),通过混池测序分析序列的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)位点,同时分析SNPs对GADD45A基因转录的影响。结果表明：在背最长肌和腿肌组织中,藏猪GADD45A基因的mRNA表达量均极显著高于大约克夏猪(P<0.01);在垂体组织中,藏猪GADD45A基因的mRNA表达量显著高于大约克夏猪(P<0.05)。GADD45A基因5′侧翼区存在G1 952A、C1 689T、G1 614T 3个突变位点,并且这3个突变位点在藏猪和大约克夏猪中均差异极显著(P<0.01),且均符合哈迪-温伯格定律(P>0.05);经转录因子预测,在C1 689T位点中,当C碱基突变... 相似文献
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旨在探讨DKK3和CCR1基因多态性及其对北京黑猪背膘厚的影响，以期能够筛选出可用于提高北京黑猪背膘厚性状的分子标记，为北京黑猪优良性状定向选育提供依据。本研究以413头健康的北京黑猪为试验材料，对其进行DNA提取、PCR扩增、基因测序筛选候选基因的SNPs，同时利用SAS 9.2软件对突变位点的不同基因型分别与北京黑猪的六七肋背膘厚和腰荐部背膘厚进行关联分析。结果显示，在北京黑猪DKK3基因的外显子区共检测到10个SNPs，包含1个可变剪切突变、1个错义突变和8个3'UTR突变，其中有4个3'UTR突变位点均与腰荐部背膘厚显著关联(P<0.05)，分别为g.47443779 T>C、g.47444258 C>T、g.47444912 G>T和g.47445304 T>C，其余位点与六七肋背膘厚和腰荐部背膘厚均不显著关联(P>0.05)。在CCR1基因的外显子区共检测到3个SNPs，包含2个同义突变和1个错义突变，其中1个同义突变位点g.29229037 G>A与六七肋背膘厚显著关联(P<0.05)。对DKK3的10个SNPs进行连锁不平衡分析，结果显示，g.47443779 T>C和g.47443783 C>T处于完全连锁状态(D’=1)，g.47443783 C>T和g.47443858 C>T处于完全连锁状态(D’=1)，g.47444258 C>T和g.47444275 C>T呈现高度连锁状态(D’=0.98)。综上所述，DKK3和CCR1基因的SNPs分别与北京黑猪的腰荐部背膘厚和六七肋背膘厚有显著关联性，可为北京黑猪背膘厚的早期分子选育提供参考。 相似文献
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生长抑制素(MSTN)是生长因子β超家族成员,是肌肉生长发育的重要影响因子,是肌肉生长的负调控因子,并与所谓的牛的双肌表型有关。比利时的皮特兰猪是双肌表型的代表猪种,与双肌牛有着共同的肌肉表型,表明生长抑制素基因可能是猪肌肉过度增长的候选基因。本研究对5个品种45头猪的生长抑制素基因的完整序列进行了测定和分析,包括具有特别发达肌肉的皮特兰猪和肌肉欠发达的梅山猪和野猪。经测序,得到了7626 bp的猪生长抑制素基因,包括5′和3′非翻译序列,并且发现了15个多态位点,其中3个位于启动子区,5个位于内含子1内,7个位于内含子2内。大部分的突变位点是在对本试验获得的MSTN基因序列和已发表的猪生长抑制素基因进行比对时发现的。然而,定位于猪生长抑制素基因启动子区447位点处的突变位点在皮特兰猪中有很高的等位基因频率,而不是公认的肌细胞增强因子3结合位点。Sybr Green实时定量PCR检测结果显示,这个突变位点在4周龄猪的背最长肌中表达。 相似文献
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本试验旨在研究金华猪回肠菌群结构和脂肪酸结合蛋白发育性变化及其与脂肪沉积的相关性。试验分别选取45（D45）、90（D90）、150（D150）和270（D270）日龄体重相近的健康金华猪各4头，测定其体重和背膘厚；并采集回肠黏膜及其内容物，通过荧光定量PCR测定回肠黏膜中脂肪酸结合蛋白基因的表达，采用基于16S rRNA基因的高通量测序分析金华猪回肠菌群结构。结果表明：1）随着日龄的增加，金华猪体重和背膘厚均显著增加（P<0.05）。2）回肠黏膜中脂肪酸结合蛋白（fatty acids binding protein，FABP）编码基因FABP1、FABP2和FABP4表达量随着日龄的增加均呈显著增加（P<0.05）。3）厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）为金华猪回肠的优势菌门；在属水平上，狭义梭菌属1（Clostridium sensu stricto 1）、乳酸菌属（Lactobacillus）、土孢杆菌属（Terrisporobacter）、Romboutsia和链球菌属（Streptococcus）为主要优势菌属；随着日龄的增加，狭义梭菌属1（Clostridium sensu stricto 1）和链球菌属（Streptococcus）相对丰度先增加后降低；乳酸菌属（Lactobacillus）、土孢杆菌属（Terrisporobacter）和Romboutsia相对丰度先降低后增加；PCoA分析表明，各日龄有显著不同的聚类。4） Spearman相关性分析表明，金华猪回肠黏膜中脂肪酸结合蛋白FABP1、FABP2和FABP4表达水平与背膘厚的相关性系数分别为0.480 1、0.597 9和0.795 3；金华猪回肠菌属Epulopiscium和Mycoplasma与脂肪酸结合蛋白FABP1、FABP2和FABP4和背膘厚的相关性系数范围分别为0.38~0.76、0.45~0.64。由此可见，金华猪回肠菌群结构和脂肪酸结合蛋白表达水平呈现发育性变化，且与脂肪沉积存在一定的相关性。 相似文献
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近年来,对于背膘厚度性状的强度选择,使猪肉品质变劣。为了研究不同背膘厚度对猪肉品质的影响以及相关脂肪生成基因的表达,本试验以松辽黑猪作为试验动物,利用B型超声波背膘测定仪测定其活体背膘厚度,选出背膘厚度极端高与极端低的个体各6头,屠宰后对背最长肌进行pH24、肉色、滴水损失、剪切力、肌内脂肪含量等肉质性状测定,分析不同背膘厚度的肉质性状是否存在差异。同时,检测了背最长肌内脂肪生成相关基因（FASN、ACACA和ME1）的表达水平,以期初探影响肉质的分子机制。结果表明：高背膘厚度组的肌内脂肪含量显著高于低背膘厚度组(p <0.05),背膘厚度对其它肉质性状影响均不显著(p>0.05)。脂肪酸合成酶(FASN)基因的表达水平在两组之间差异显著(p <0.05),且在高背膘厚度组上调表达。乙酰辅酶A羧化酶(ACACA)基因和苹果酸酶(ME1)基因的表达水平在两组间没有差异性。 相似文献
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小型猪生长激素基因启动子区SNPs分析 总被引：4，自引：1，他引：3
利用PCR-SSCP方法检测4种小型猪（五指山猪、巴马猪、香猪和藏猪）和2种中大型猪（达兰猪和长白猪）生长激素（GH）基因的单核苷酸多态性。发现小型猪中有3处碱基突变发生在5′-调控区,对基因型和等位基因频率进行分析,4种小型猪生长激素5′-侧翼区基因位点中,等位基因A和D为优势等位基因,与达兰猪和长白猪中的分布差异显著（P〈0.05）。以上结果表明猪品种间的体型差异可能与GH基因5′-调控区的基因突变和前导肽中的氨基酸变异有关。 相似文献
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为了探究猪ROCK2基因多态性及其与生产性状的关系,试验采用焦磷酸测序法检测了ROCK2基因编码区145 bp序列中5处潜在的SNP中的3个(A27G、C42T和T61C)在大白猪、长白猪、梅山猪、清平猪4个猪种和大白×梅山F2代资源家系中的基因频率,并进行了遗传变异分析及生产性状关联分析。结果表明:3个SNP的优势等位基因在国外猪种和国内地方猪种间没有差异,分别为A、C和T;A27G位点与皮率和胸腰椎间背膘厚呈显著相关(P0.05),与至第一颈椎背膘厚和至第一肋胸背膘厚呈极显著相关(P0.01);C42T位点与至第一颈椎背膘厚呈显著相关(P0.05),与至第一肋胸背膘厚呈极显著相关(P0.01);T61C位点与皮率、背最长肌和股二头肌大理石纹评分呈显著相关(P0.05),与股二头肌p H值呈极显著相关(P0.01)。说明这3个SNP很可能是影响猪生产性状的分子标记。 相似文献
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瘦素受体（leptin receptor,LEPR）在机体的体质量平衡、造血、生殖、血管生成和免疫过程中发挥着重要作用。为进一步了解LEPR基因在苏钟猪脂肪沉积调控中的作用机制,本研究利用Real-time PCR方法和Western-blot方法分析该基因在12头苏钟猪中5个脂肪易沉积组织（心脏、肝脏、肾脏、背膘和眼肌）RNA和蛋白水平的表达谱信息。结果表明：LEPR的mRNA在这5种组织中均有表达,其在各组织中的mRNA表达丰度表现为：背膘〉眼肌〉心脏〉肝脏〉肾脏,其中在背膘的表达量极显著高于其他几种组织（P〈0.01）;LEPR蛋白在这5种组织中也均有表达,其中在心脏中的表达量最高,显著高于其他组织（P〈0.01）,且在公猪组织的表达量显著高于母猪组织（P〈0.05）;另外,LEPR第18外显子在苏钟猪群中检测到3个高突变率的SNPs。LEPR对苏钟猪的背膘、肌肉、心脏、肾脏、肝脏等组织的脂肪沉积有重要影响,是苏钟猪肉质改良育种中潜在的重要候选基因。 相似文献
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为了探讨G-蛋白偶联受体1(GPR1)基因启动子甲基化对其在陆川猪和杜洛克猪背最长肌组织中差异表达的影响,试验采用实时荧光定量PCR方法检测GPR1基因mRNA在两个品种猪背最长肌中的表达水平,在线预测的方法预测GPR1基因启动子区CpG岛,亚硫酸氢盐测序(BSP)法分析猪GPR1基因启动子区CpG岛的甲基化水平。结果表明:GPR1基因在两品种猪背最长肌组织中的相对表达量差异显著,在陆川猪背最长肌中的相对表达量明显高于杜洛克猪;GPR1基因启动子区存在一个CpG岛,长度为103 bp,位于-1 031~-929 bp处;GPR1基因启动子区CpG岛在两品种猪背最长肌中的整体甲基化水平差异不显著,但在-126,-116,-64,-10位点甲基化水平差异显著。说明GPR1基因启动子甲基化程度与肌内脂肪沉积存在一定关联。 相似文献
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试验旨在研究围脂滴蛋白2（PLIN2）基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况及基因多态性与肉质性状的关联分析。采用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因mRNA在不同月龄（6~60月龄）秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况;选取18~24月龄的健康秦川肉牛536头,采集血样并测定肉质性状指标,研究PLIN2基因单核苷酸多态性（SNP）和氨基酸突变,并与秦川肉牛肉质性状进行关联分析。结果发现,PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达量呈先上升后下降趋势,18月龄时表达量最高。测序共发现9个SNPs位点,其中g.C7919>T位点不同基因型肌内脂肪含量差异显著（P<0.05）,CT基因型显著高于TT和CC基因型;g.C7933>T位点不同基因型背膘厚及肌内脂肪含量均呈显著差异（P<0.05）,CC和CT基因型个体背膘厚显著高于TT基因型,CT基因型个体肌内脂肪含量显著高于TT和CC基因型;g.G8015>C位点CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GG和GC基因型（P<0.05）;3'UTR区域g.T8496>C位点TC基因型个体肌内脂肪含量显著高于CC和TT基因型（P<0.05）;g.C8578>T位点TT基因型个体背膘厚显著高于CT和CC基因型（P<0.05）。综上,PLIN2基因对秦川肉牛肉质性状发育有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。 相似文献
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本试验旨在研究SH2B衔接因子蛋白1(SH2B adaptor protein 1,SH2B1)基因在猪不同组织和生长发育各阶段背部脂肪中的表达情况,预测调控该基因的miR-276-3p对猪背部脂肪表达的影响。应用实时荧光定量PCR技术检测SH2B1基因在猪脂肪、下丘脑等6种组织,以及在30、60、90、120和180 d猪背部脂肪组织中的相对表达量。靶标预测SH2B1基因的调控miRNA,并通过实时荧光定量PCR检测miR-276-3p对该基因的调控作用。结果显示,SH2B1基因在猪的6种组织中均有表达,且在脂肪组织中表达量最高,在肌肉组织中表达量最低。在猪生长发育各阶段背部脂肪中SH2B1基因均有表达,在前期(30和60 d)表达量较低,在中、后期(90、120和180 d)持续高表达,且显著高于前期表达量(P0.05)。高、低背膘厚组背部脂肪中miR-276-3p与SH2B1基因均呈差异表达,且两者表达呈相反趋势,miR-276-3p在高背膘厚组中的表达量显著低于低背膘厚组(P0.05),而SH2B1基因在高背膘厚组中的表达量却显著高于低背膘厚组(P0.05)。miR-276-3p可通过靶向负调控SH2B1基因,影响猪背部脂肪的沉积。本试验结果为进一步深入研究猪背部脂肪沉积和背膘厚差异的分子机制提供参考。 相似文献