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羊源杀鲑气单胞菌16S rRNA基因的克隆测序及分析 总被引：2，自引：0，他引：2
从重庆市丰都县无菌采集山羊血液,提取全血基因组,用16SrRNA基因的引物进行PCR扩增,得到2条长约1 500bp的扩增片段,将其克隆到pMD19-T载体后进行测序,并与3条豚鼠气单胞菌,3条嗜水气单胞菌,3条中间气单胞菌,4条杀鲑气单胞菌,2条温和气单胞菌,3条维氏气单胞菌和5条舒氏气单胞菌16SrRNA基因序列进行系统发育分析.结果表明:所克隆的基因片段长度均为1 507bp,GenBank登录号为JF823571和JF823572.系统发育分析发现2条序列均被聚类到杀鲑气单胞菌群,并与温和气单胞菌聚类到一个大的分支.同源性比对结果显示所获得的序列与杀鲑气单胞菌法国株(ATCC33658T)X74681和阿根廷株AF134065的同源性最高,均为99.6%,表明重庆地区存在受杀鲑气单胞菌感染的山羊. 相似文献
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应用原核生物16SrRNA基因通用引物对草鱼致病菌株LCCiL90625NA进行16SrRNA基因的克隆、序列分析。核酸序列同源性分析表明,该序列与Plesiomonas shigelloides菌株PIC3的16SrRNA基因序列(NCBI登录号:GQ359957)同源性最高,为99.7%。同时,通过与弧菌科代表菌株16SrRNA基因构建的发育进化树表明,该菌株与已登录的类志贺邻单胞菌聚为一类。设计引物扩增Plesiomonas shigelloides 23SrRNA基因的特异性片段进一步证实分离菌株为类志贺邻单胞菌,同时证明该引物可以用于类志贺邻单胞菌的快速检测。 相似文献
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斑点叉尾鮰烂鳃病病原柱状黄杆菌的分离及鉴定 总被引：4，自引：0，他引：4
[目的]对从斑点叉尾鮰烂鳃病中分离的病原菌进行分类学地位鉴定。[方法]采用人工感染确定其病原性,常规生理生化鉴定和16SrRNA基因序列分析方法进行分析。[结果]该菌株为革兰氏阴性杆菌,滑行运动,无鞭毛,菌体大小为(0.3～0.5)μm×(5～10)μm,过氧化氢酶反应阳性,不能发酵和利用葡萄糖等多糖,不水解酪氨酸,不产生吲哚。所测16SrRNA基因序列经BLAST分析表明,与GeneBank上登录的柱状黄杆菌的16SrRNA序列同源性最高,其相似性达98.2%。基于16SrRNA基因序列构建的系统进化树表明,菌株GHS061212与柱状黄杆菌(AY841899)聚为1个分支,且置信度较高,为71.0%。[结论]菌株GHS061212被鉴定为柱状黄杆菌,这是国内首次报道斑点叉尾鮰烂鳃病病原为柱状黄杆菌。 相似文献
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中华鳖(Trionyx sinensis)细菌性疾病主要由气单胞菌感染引起的,通过脱脂奶平板检测及酶活性试验得出温和气单胞菌TL97528株分泌的胞外蛋白酶为丝氨酸蛋白酶,而丝氨酸蛋白酶是气单胞菌的主要毒力因子。根据已发表的嗜水气单胞菌的丝氨酸蛋白酶基因序列保守区域设计引物,PCR扩增出一长度为809 bp大小的特异片段,该序列在Genbank上的登录号为FJ357446。对该序列进行分析发现,已发表的温和气单胞菌(Aeromonas sobria)丝氨酸蛋白酶基因(GenBank登录号为AF253471)同源性为98%、与其他几株已发表的嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)丝氨酸蛋白酶基因(GenBank登录号分别为AF126213、AY841795、DQ127822、CP000462、CP000644、AF159142)同源性分别为98%、82%、82%、82%、81%、81%,与杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)丝氨酸蛋白酶基因(GenBank登录号为X67043)同源性为80%。用DNAstar软件分析,与鳖源温和气单胞菌TK961010株的同源性为98%,... 相似文献
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温和气单胞菌TL97528株丝氨酸蛋白酶基因片段克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
中华鳖(Trionyx sinensis)细菌性疾病主要由气单胞菌感染引起的,通过脱脂奶平板检测及酶活性试验得出温和气单胞菌TL97528株分泌的胞外蛋白酶为丝氨酸蛋白酶,而丝氨酸蛋白酶是气单胞菌的主要毒力因子。根据已发表的嗜水气单胞菌的丝氨酸蛋白酶基因序列保守区域设计引物,PCR扩增出一长度为809 bp大小的特异片段,该序列在Genbank上的登录号为FJ357446。对该序列进行分析发现,已发表的温和气单胞菌(Aeromonas sobria)丝氨酸蛋白酶基因(GenBank登录号为AF253471)同源性为98%、与其他几株已发表的嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)丝氨酸蛋白酶基因(GenBank登录号分别为AF126213、AY841795、DQ127822、CP000462、CP000644、AF159142)同源性分别为98%、82%、82%、82%、81%、81%,与杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)丝氨酸蛋白酶基因(GenBank登录号为X67043)同源性为80%。用DNAstar软件分析,与鳖源温和气单胞菌TK961010株的同源性为98%,... 相似文献
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锦鲤维氏气单胞菌感染症及其病原生物学特性研究 总被引：4，自引：0，他引：4
[目的]报道锦鲤的发病情况及其病原的主要生物学性状。[方法]对5尾发病及新鲜病死的锦鲤病变组织进行细菌检查及分离,对分离菌进行形态特征、理化特性等表观分类学指征鉴定;同时择代表菌株进行16S rRNA基因的分子鉴定、健康锦鲤的人工感染试验和药敏试验。[结果]根据2株分离菌的形态特征及理化特性,结合16S rRNA序列测定与系统发育分析结果,判定其为气单胞菌属的维氏气单胞菌,其代表菌株HC050630A-1的16S rRNA基因序列长度为1457bp。人工感染试验表明,HC050630A-1株具有较强的致病作用。药敏试验结果显示,HC050630A-1菌株对供试37种抗菌药物中的头孢拉定等16种高度敏感,对头孢唑啉等13种敏感,对青霉素G等8种药物耐药。[结论]该研究为对该病的有效检验与防制等提供参考。 相似文献
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从陕西榆林苟池盐湖水中分离到1株嗜盐古菌GS1并对其进行了系统鉴定.通过形态鉴定、革兰氏染色、生长盐浓度试验、Mg2+浓度试验、生长pH范围、生理生化鉴定、16S rRNA基因序列等分析,确认该菌为1株新型的极端嗜盐古菌,属于盐红菌属(Halorubrum).GS1与Halorubrum saccharozorum(U17346)的16S rRNA基因序列同源性为97%.命名为Halorubrum sp.GS1.其16S rRNA基因序列已被GenBank数据库收录,序列号为FJ793266. 相似文献
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《浙江大学学报(农业与生命科学版)》2015,(1)
通过对从安徽巢湖半汤温泉水中筛选到的首个嗜热菌株CHBT-1721进行初步系统进化研究,为当地政府开发利用温泉水资源以及生物多样性保护提供基础资料和科学依据。采取形态学观察、生理生化测定和16S rRNA基因序列同源性分析相结合的方法,确定该菌株的分类地位。另外,从GenBank数据库下载到22种具有学名且首次发现于中国温泉的嗜热菌的16SrRNA基因序列,通过构建系统发育树、比对16SrRNA基因序列、分析16SrRNA二级结构来研究菌株CHBT-1721在其他22种嗜热菌中的系统分布。结果表明菌株CHBT-1721属于芽孢杆菌属(Bacillus sp.)。系统发育树显示,菌株CHBT-1721与3株嗜热菌(Anoxybacillus vitaminiphilus3nP4T,A.eryuanensis E-112T和A.tengchongensis T-11T)共同形成一个进化分支,且与A.vitaminiphilus 3nP4T具有最近的亲缘关系(94%的相似度)。此外,对同一进化分支上菌株的16SrRNA二级结构分析结果显示:菌株CHBT-1721在16SrRNA二级结构的18号茎上有一个唯一的结构;与另外3株菌在12号与18号茎的16SrRNA基因序列一级结构上完全相同,但它们在二级结构上却不完全相同。总之,本文揭示了菌株CHBT-1721在中国温泉嗜热菌中所处的系统分布地位。此外,半汤温泉水与四川省普格温泉水中的化学、生物参数有一些相似之处。 相似文献
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草鱼细菌性败血症的病原检测 总被引：5，自引：0，他引：5
[目的]分离和鉴定草鱼细菌性败血症的主要致病菌。[方法]首先,采集患病草鱼的肝、脾、肾等器官,分别进行病原菌的分离培养;然后,将各自分离菌种进行镜检、生理生化指标鉴定以及16SrRNA基因序列测定;最后进行人工再感染试验。[结果]分离得到的菌株。经菌体形态、致病性、培养性状、生理生化反应和16SrRNA序列分析鉴定为同一种菌种,即嗜水气单胞菌。人工再感染的草鱼出现了与自然感染草鱼相同的症状。[结论]嗜水气单胞菌是引起草鱼细菌性败血症的主要致病菌。 相似文献
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广东省南美白对虾豚鼠气单胞菌的分离鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
广东省某养殖场南美白对虾于2012年突发传染病,为确定该病病原并对其进行有效防制,特利用分子生物学技术对病原进行了分离鉴定。结果从发病南美白对虾分离纯化到1株优势菌ZHBX12016,将该菌人工浸浴感染南美白对虾,5 d后南美白对虾死亡率达95%,且发病对虾临床症状与自然病例相似,人工注射感染测得其半数致死量LD50为6.43×103cfu/mL。该菌革兰氏染色阴性,短杆状;对半乳糖、蔗糖、甘露醇、葡萄糖产气、精氨酸双水解酶,赖氨酸脱酸酶,葡萄糖酸盐的生化反应性与豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae)(synonym Aeromonas punctata)生化反应结果相同。用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增该菌16S rD NA序列进行测序和生物信息学分析,结果显示:分离菌株与豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae)相似性达97.7%~100%之间,在系统发育树上聚为同一分支。综合该菌形态学、致病性、生理生化和16S rRNA基因分析结果,将其鉴定为豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae)。药敏试验结果表明分离菌株对氯霉素、土霉素、丁胺卡那、呋喃唑酮等高度敏感。 相似文献
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从患病石龟上分离获得1株革兰氏阴性杆菌,菌体细长、无芽孢和荚膜,在山羊血琼脂平板上能形成明显的β-溶血圈。经小白鼠致病性试验、生理生化鉴定及16SrRNA序列分析,确定该分离株为致病性嗜水气单孢菌。经同源性及遗传进化分析发现,该菌株与嗜水气单孢菌B27、HSO2（Genbank登录号：FJ494900．1、FJ562211．1）同源性高达99．5％。而药敏试验表明,该分离株除了对赛福欣（复方恩诺沙星）、肠清（复方乳酸环丙沙星）2种药物高度敏感外,对大部分抗菌素均不敏感。 相似文献
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为鉴定四川省乐山市某池塘养殖患病斑点叉尾鮰的病原菌,从其肝脏组织分离纯化得到一株优势菌,采用形态学观察、生理生化特性鉴定以及16S rRNA、gyrB基因序列检测对该菌株进行了鉴定,并通过人工感染实验和药敏实验对菌株的致病性和药物敏感性进行了分析。结果显示,分离菌株为革兰氏阴性短杆菌,其生理生化特征与气单胞菌相似,结合16S rRNA和gyrB基因序列分析,最终确定该菌株为嗜水气单胞菌。人工感染实验显示,该菌株对斑点叉尾鮰具有较强的致病性,症状主要表现为急性充出血和套肠症,与斑点叉尾鮰发病症状一致,证明该病原为引起斑点叉尾鮰发病的主要病原。药敏实验显示,菌株仅对氧氟沙星和氟苯尼考敏感,而对其他药物低敏感或不敏感。本研究鉴定了可引起斑点叉尾鮰套肠症的病原,并对其当前的致病性和药物敏感性进行了分析,为斑点叉尾鮰该病的防治提供了理论参考。 相似文献
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从患内脏白点病的斑鳢Channa maculata肝、脾、肾组织中分离并筛选出一株致病菌GC1,对该病菌的形态学及生理生化特性进行了测定,结果均符合舒氏气单胞菌Aeromonas schubertii的特性。以细菌16S rRNA基因通用引物进行PCR扩增,得到该菌的部分16S rRNA基因序列,长约1 502 bp。将所测序列与GenBank中序列进行Blast比对并构建系统进化树,结果表明,该序列与舒氏气单胞菌的同源性高达99%。人工感染试验证明,该菌株具有极强的致病力,LD50为104.5CFU/mL。29种药物筛选结果显示：该菌对菌必治、先锋必、头孢氨苄、头孢噻吩、先锋V、萘啶酸、四环素、氧氟沙星、氟罗沙星等18种药物高度敏感;对阿莫西林、红霉素、克拉霉素等7种药物中度敏感;对青霉素G、杆菌肽、苯唑青霉素等不敏感。 相似文献
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三北地区鱼源气单胞菌的分离鉴定与药敏试验 总被引：1，自引：0，他引：1
选取三北地区鲤、鲫、草鱼、大西洋鲑等鱼体内分离到的气单胞菌共16株,结合革兰氏染色、氧化酶反应和分子生物学方法对其进行鉴定后,采用K-B药敏纸片法测定16株菌对10类25种药物的敏感性。结果表明:16株菌均为革兰氏阴性、氧化酶阳性细菌;Blast比对分析发现实验菌株的16S rRNA序列分别与Gen Bank数据库中维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌的不同菌株的16S rRNA基因序列同源性较高,相似性达95%以上;系统发育树显示16株菌分别与维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌的不同菌株聚为一支,而与肠杆菌、志贺菌和弧菌分支较远,从而判定为维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌;16株分离菌中有3株维氏气单胞菌、4株嗜水气单胞菌、3株温和气单胞菌和6株杀鲑气单胞菌;药敏试验中16株气单胞菌对氨苄西林、青霉素G、阿莫西林、三甲氧苄氨啶、复方新诺明、磺胺异噁唑、氯霉素、利福平具有较高的耐药性,耐药率达95%以上,对氟喹诺酮类药物普遍较敏感,不同菌株之间的耐药谱存在很大差异。为气单胞菌的鉴定及三北地区淡水鱼细菌病的药物防治提供科学依据。 相似文献
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[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。 相似文献
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嗜水气单胞菌S蛋白的生化特性 总被引：1，自引：0，他引：1
致病性嗜水气单胞菌(Aerom onashydrophila, Ah) J-1 株具有S层结构。用甘氨酸缓冲液处理AhJ-1 株菌体细胞,离心, 上清即为粗提的S蛋白。用自制兔抗AhJ-1 株S蛋白抗体建立间接ELISA法, 检测结果显示, 20～30 h S蛋白表达量较高。粗提的S蛋白经离心、Sephadex G100 凝胶层析获纯化的S蛋白。经SDS-PAGE电泳分析为单一多肽, 相对分子质量51 500。等电聚焦分析为单一条带, 等电点 (pI) 为5.01。氨基酸组分分析表明, S蛋白由天门冬氨酸等16种氨基酸组成, 其中疏水性氨基酸占42.1% , 不含半胱氨酸。N端序列分析结果为ADFQLNEKSA。 相似文献