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基于SSR标记的100份葡萄资源亲缘关系和群体遗传结构分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《果树学报》2021,(8)
【目的】通过表型性状鉴定分析,从山西太谷国家葡萄种质资源圃内保存的资源中,筛选出不同葡萄种质资源进行SSR分析,揭示这些不同来源的葡萄种质资源之间的亲缘关系和群体遗传结构,为葡萄种质资源的科学管理和分子标记辅助育种提供参考。【方法】以100份葡萄种质为材料,依据基因组DNA测序挖掘出的SSR引物数据,筛选出33对多态性核心引物,根据标准分子质量记录扩增DNA多态性条带,获得数据矩阵。利用每对SSR引物在100份葡萄种质资源中的等位基因组成,计算33对SSR引物的位点多态性信息含量(PIC)、100份葡萄种质资源个体间的Nei’s遗传距离,并利用MEGA 7.0软件构建NJ邻接聚类树,推断葡萄原始集合与核心集合的遗传结构。【结果】100个样本中的33对SSR标记共检测到423个等位基因,每对引物扩增条带数4～26条,平均扩增条带数为12.82条。葡萄种质资源之间的Nei’s遗传距离为0.4～0.8,占资源总量的97.80%。通过遗传结构分析并预测其最佳分组数K为2,即葡萄核心集合主要分为2个亚群,分别为欧亚种群的鲜食葡萄和杂种群,其中杂种群涵盖了欧美杂种、美洲种、中国野生种及欧亚种的酿酒品种。来自国外的美洲种的砧木和来自山西的野葡萄聚在一起,同时与欧美杂种和酿酒品种也聚为一类。可能是由于人为选种和选用目的的不同造成各品种之间遗传背景的混杂。这一结论还需进一步研究证明。【结论】33对引物将100份葡萄分为两个集群,第一集群主要为葡萄亚种鲜食葡萄品种,第二集群主要包含了欧亚种酿酒品种、欧美杂种、美洲种、中国野生种4个亚种群。 相似文献
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铁线莲园艺品种ISSR-PCR反应体系优化与引物筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
以铁线莲的园艺品种Clematis‘Gravetye Beauty’为试材,采用改良CTAB法提取其基因组DNA为模板,采用单因子试验设计,研究模板DNA含量、引物浓度、Master Mix对ISSR-PCR反应的影响,以期构建基于ISSR分子标记技术的铁线莲园艺品种遗传图谱。结果表明:25μL C.‘Gravetye Beauty’ISSR-PCR最佳反应体系的模板DNA用量5ng、引物浓度0.8μmol/L、Master Mix 12μL;利用该体系从38条ISSR引物中筛选出扩增条带清晰、多态性好的11条引物。 相似文献
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贵州砂梨种质资源遗传多样性的ISSR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】探明贵州砂梨种质资源遗传多样性及亲缘关系,为其保护与利用提供理论依据。【方法】采用ISSR标记技术,对贵州59份砂梨种质资源的遗传多样性及遗传结构进行分析。【结果】16条ISSR引物共扩增出155个位点,其中126个是多态性位点,多态百分率为81.29%。POPGENE分析结果表明,贵州砂梨种质资源具有一定的遗传变异(在物种水平上Ne=1.418 0,H=0.251 1,I=0.381 6;在区域品种群上Ne=1.300 2,H=0.177 1,I=0.266 7),以黔西南地区和毕节地区遗传多样性最高,且亲缘关系最近。【结论】贵州砂梨种质资源具有丰富的遗传多样性,区域品种群的较高遗传分化可能与地理隔离以及人为干预等因素有关。ISSR标记可有效揭示贵州砂梨种质资源的遗传多样性、分化程度和亲缘关系,研究结果对梨种质资源的保护利用和遗传改良有重要意义。 相似文献
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《中国南方果树》2017,(4)
为更好地将ISSR标记应用于番石榴种质研究,以"维邦2号"番石榴DNA为筛选体系试验材料,采用单因子试验对ISSR-PCR反应中Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶浓度、DNA浓度进行了优化;选用引物UBC810对9份番石榴种质进行PCR反应,选取"南宁本地番石榴实生2号"DNA作为模板对8条ISSR引物进行PCR反应,对优化扩增体系进行验证。结果表明,番石榴20μL最适ISSR-PCR反应体系为1.0mmol/L Mg~(2+),0.25mmol/L dNTPs,0.8μmol/L引物,0.2U Taq酶,10ng的DNA(2.0μL 10×Buffer,加入适量ddH2O至20μL)。验证试验得到的扩增产物条带多态性丰富,且特异性强、重复性好。试验确立的最适ISSR-PCR反应体系适用于番石榴的ISSR分子标记。 相似文献
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以杜鹃花为试验材料,采用正交实验方法,研究模板DNA浓度、ISSR引物浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶浓度、Mg2+浓度等5个因素对ISSR-PCR反应体系的影响,以建立适合杜鹃花的ISSR-PCR最佳扩增体系。结果表明:杜鹃花ISSR反应体系的最佳条件为模板DNA用量为60ng/20μL,ISSR引物浓度0.60μmol/L,dNTPs浓度0.50μmol/L,Taq DNA聚合酶浓度30U/mL,Mg2+浓度为0.6mmol/L。采用该反应体系可以从10份杜鹃花(R.simsii)基因组内扩增出稳定性高、重复性好ISSR-PCR产物。该研究为杜鹃花的遗传多样性分析、ISSR指纹图谱构建、亲缘关系鉴定等研究奠定了基础。 相似文献
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以14份乌腺金丝桃为试材,采用L_(16)(4~5)正交实验设计,建立并优化乌腺金丝桃的ISSR-PCR反应体系,并利用优化的反应体系分析供试材料间的遗传多样性。结果表明:20μL ISSR-PCR反应体系中应含有Taq DNA聚合酶1.0U,dNTPs 0.2mmol·L~(-1),Mg~(2+)2.0mmol·L~(-1),模板DNA 45ng。从45条ISSR引物中筛选出11条多态性引物,利用筛选的多态引物对14份乌腺金丝桃材料进行了ISSR遗传多样性分析,共扩增出85条带,其中多态性条带57条,占67.06%;4个乌腺金丝桃居群的遗传相似系数介于0.375 1~0.725 2,平均值为0.541 6;通过UPGMA进行聚类分析表明,14份材料可分为3个类群4个亚群。乌腺金丝桃居群间遗传多样性水平明显高于居群内,其遗传距离与地理距离具有一定的相关性。 相似文献
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用采自云南昆明、曲靖和玉溪等地的8份金盏花种质资源为试材,利用改良CTAB法提取DNA,筛选引物,优化PCR反应体系,对其进行遗传多样性RAPD(random amplified polymorphic DNA)和NTSYS2聚类分析,以建立金盏花亲缘关系分析方法,明确分布在云南省各地的金盏花种质资源之间的亲缘关系和遗传多样性。结果表明:优化的PCR反应体系能达到良好的扩增效果,30条RAPD引物在8份金盏花种质资源中共产生165个位点,其中45个位点具有遗传多态性,约占27.28%。CK与7号的相似性最小,用CK和7号作为亲本的后代会有较大的分离。试验表明金盏花种植资源遗传多样性丰富,遗传关系与其地理关系密切相关,但并非严格的限聚在一起,需结合表型更深入地分析。 相似文献
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为进一步利用ISSR分子标记进行铁线莲遗传多样性分析、种质资源鉴定、遗传图谱构建等研究,本试验以卷萼铁线莲DNA为模板,采取L9(34)正交试验设计,对影响扩增反应的模板DNA含量、目标引物浓度、Master Mix、循环数4个主要因素进行优化,从而得出适宜于铁线莲的ISSR-PCR反应体系.并利用筛选出的12条多态性高的引物构建了16种野生铁线莲的指纹图谱.结果 表明,在25 μL反应体系中,各因素的最佳配比为模板DNA用量40 ng,引物浓度6μmol/L,Master Mix用量14 μL,循环数40个.并且利用最优体系构建了16种野生铁线莲的遗传指纹图谱.该体系的建立为ISSR技术在铁线莲遗传多样性研究、遗传指纹图谱构建、分子标记辅助育种等研究提供了理论基础.指纹图谱的构建可以有效的对16种野生铁线莲进行区分和鉴定. 相似文献
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中国枣树干腐病菌(Botryosphaeria dothidea)群体遗传多样性的ISSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《果树学报》2017,(8)
【目的】从分子水平上揭示我国枣树干腐病菌群体的遗传特点,探究其遗传变异的规律。【方法】采用正交实验设计的方法,对影响ISSR-PCR扩增的4个因素进行研究。采用ISSR分子标记,对161株供试病原菌进行PCR扩增,通过Pop Gene和Arlequin软件对其群体遗传多样性和遗传分化情况进行分析。【结果】从40条ISSR引物中筛选到10条扩增多态性良好的引物,建立了适合枣树干腐病菌ISSR-PCR扩增的体系。采用该体系共在132个位点扩增出条带,其中多态性位点129个,多态性位点百分率为97.93%。Pop Gene结果显示,在物种水平上,供试病原菌的基因多样性指数和Shannon信息指数分别为0.256 3和0.397 8。分子方差分析表明,不同地理种群间的遗传变异占总变异量的7.94%,不同地理种群内的各自然种群间的遗传变异占总变异量的24.46%,自然种群内各分离株的遗传变异占总变异量的67.58%。聚类分析结果表明,在遗传相似系数为0.19时,可将9个病原菌自然种群划分为6个不同的聚类群。【结论】我国枣树干腐病菌(B.dothidea)群体具有丰富的遗传多样性,群体内多样性大于群体间多样性。自然种群内各分离株的遗传变异是我国枣树干腐病菌遗传变异的主要来源。我国枣树干腐病菌的各自然种群之间的遗传亲缘关系与其地理来源无明显相关性。 相似文献
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以30个茶花品种为试材,采用5因素4水平正交实验以及单因素优化试验方法,研究Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度和模板DNA浓度对ISSR-PCR指纹图谱条带清晰度的影响,以进行茶花品种ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选。结果表明:茶花品种ISSR-PCR最适扩增条件为25μL反应体系中,Mg2+3.0mmol/L、dNTPs 0.2mmol/L、引物0.3mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U、模板DNA 80ng以及52.1℃退火温度;试验从100个ISSR引物中筛选出12个适用引物;并对12个ISSR引物的多态性和稳定性进行了检验。 相似文献
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几份新选育香蕉种质资源的ISSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用ISSR标记技术对14份香蕉种质的遗传多态性进行了分析。从15个ISSR引物中筛选出12个多态性引物,共扩增出DNA条带126条,其中多态性条带101条,占80.2%。鉴定出4条特异DNA片段和特异缺失DNA片段7条。依据相似系数0.88的水平,将14份香蕉种质划分为4大类,与传统形态学分类结果相同。发现香牙蕉的遗传多样性较低,新选育的抗病突变型与母本之间不具有紧密的亲缘关系,不同香蕉种质对枯萎病的抗性强弱与其遗传相似性之间没有明确的相关性。 相似文献
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姬松茸ISSR特异扩增体系的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了建立稳定的姬松茸(Agaricus blazei Murill)简单序列重复区间(Inter-Simple Sequence Repeats,ISSR)分子标记技术体系,笔者通过单因子试验分别研究了模板DNA、Mg2 浓度、dNTP、引物浓度和Taq酶用量对姬松茸ISSR-PCR扩增的影响,确定了姬松茸ISSR分析的最佳PCR条件为:25μL反应体系中,模板DNA20ng,引物0.75μmol/L,dNTP200μmol/L,Mg2 2.0mmol/L,Taq DNA polymerase 1.5U。并应用该优化体系筛选到6个适合姬松茸ISSR-PCR扩增的引物,为利用ISSR标记技术研究姬松茸的种质资源提供了参考。 相似文献
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应用改良CTAB法提取了无患子基因组DNA,该方法具有操作过程简单、耗时少、能有效降低无患子基因组DNA提取过程中酚类化合物、多糖等杂质的污染。正交试验研究了dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶这3个因素对ISSR-PCR反应的影响,建立并优化了适合于无患子ISSR-PCR的反应体系。优化的反应总体系20μl含1×PCR Buffer,0.4 mmol.L-1dNTP,0.8μmol.L-1引物,0.75 U Taq DNA聚合酶,20 ng DNA模板。使用此ISSR扩增反应体系,获得了部分不同种质无患子DNA的清晰条带,验证了该体系的稳定性。优化的反应体系为后续无患子遗传多样性的研究奠定了基础。 相似文献
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以CTAB法提取的黄绿蜜环菌(Armillaria luteo-virens) DNA为模板,应用L16(45)正交实验设计,对Mg+、dNTPs、引物和Taq DNA聚合酶、模板浓度5种因素进行SSR-PCR反应体系优化,建立了适合黄绿蜜环菌SSR-PCR反应的最佳体系并对退火温度进行检测.结果表明:在15μL反应体系中包括:1×PCR Buffer,100 ng模板DNA,dNTPs 217ìmol/L,引物0.5 μmol/L,Taq DNA聚合酶0.75 U,Mg2+ 1.3 mmol/L.稳定性检测证明,该反应体系具有较高的稳定性和重复性,并从34对引物中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物8对.该体系的建立为今后利用SSR标记对黄绿蜜环菌遗传多样性研究、亲缘关系分析及种质资源鉴定等研究提供了依据. 相似文献
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苹果EST-SSR引物的开发及部分品种亲缘关系分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】开发苹果EST-SSR引物,评价苹果种质资源的多样性与亲缘关系。【方法】利用NCBI数据库中苹果EST的SSR位点开发了35对EST-SSR引物,建立了苹果EST-SSR体系,并利用筛选出的16对引物对苹果品种资源的亲缘关系进行研究。【结果】118份基因组DNA共扩增出等位基因位点138个,位点数的变化从3到13不等,平均每对引物检测到8.62个位点,总的多态性比率为94.2%,各引物的多态性比例分布为81.8%～100%,相似系数为0.48～1.00。利用UPGMA法构建聚类树状图,在相似性系数0.65处可将118个供试材料分为5大组:其中第1组又可分为2个亚组,包含了绝大部分供试材料;第2、3、4和5组包含的品种数目分别为12个、11个、3个和2个;第5组与其他组亲缘关系较远,相似性系数仅为0.48。【结论】筛选出的16对EST-SSR引物可用于评价苹果种质资源间的遗传多样性。 相似文献
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樱桃SRAP-PCR体系优化及其遗传多样性分析 总被引：5，自引：1，他引：4
选取亲缘关系较远的3个不同基因型樱桃资源为试材,对影响SRAP标记PCR反应的模板、Mg2+、dNTPs、Taq酶及引物浓度进行了优化,建立了适合于樱桃SRAP标记的扩增体系。反应体系具体为:模板DNA75ng,dNTPs0.2mmol·L-1,Mg2+2.5mmol·L-1,引物0.3μmol·L-1,Taq酶1.0U,反应总体积20μL。采用优化的扩增体系,对45个樱桃种质材料进行了遗传多样性分析,筛选8对扩增清晰且多态性高的引物组合,检测位点共227个,其中多态性位点192个,占84.6%。应用NTSYS-pc软件进行聚类分析(UPGMA),结果表明45个樱桃品种可分为欧洲甜樱桃和中国樱桃2大类,品种间遗传相似系数在0.52～0.98;其中中国樱桃与甜樱桃种间的相似系数最小,表明2类种质具有不同的遗传背景;而组群内的不同品种资源表现了较高的遗传相似性。SRAP分子标记的聚类分析揭示了樱桃品种间亲缘关系与地理分布以及来源相关。 相似文献