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1.
[目的]克隆长丝裂腹鱼的MyoD1基因,并对其进行序列分析。[方法]根据鲤鱼(Cyprinus carpio)的MyoD1基因序列设计引物,采用RT-PCR方法对长丝裂腹鱼MyoD1的全长cDNA序列进行扩增,并对该基因编码氨基酸的理化性质及同源性进行预测和分析。[结果]试验获得了包括完整ORF的长丝裂腹鱼MyoD1基因,该序列长957 bp,编码274个氨基酸,具有MRFs家族基因的典型性碱性bHLH结构;该MyoD1序列与齐口裂腹鱼、鲤鱼、斑马鱼和虹鳟等的MyoD1序列同源性较高,与人、猪、牛等哺乳动物的同源性较低。[结论]该研究为长丝裂腹鱼的肌肉发育和肉质特性形成的分子机制研究提供了基础数据,同时为青藏高原冷水鱼资源的利用与保护提供了指导意义。 相似文献
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采用生物信息学结合RT-PCR的方法,克隆民猪的冷诱导RNA结合蛋白(Cold inducible RNA-binding protein,CIRP)基因,获得3个变异体序列。猪CIRP变异体1基因cDNA长1 278 bp(GenBank登录号:HQ908794),编码172个氨基酸;变异体2基因cDNA长1 653 bp(GenBank登录号:HQ908795),编码182个氨基酸;变异体3基因cDNA长1 765 bp(Genbank登录号:HQ908796),编码144个氨基酸。CIRP变异体2与变异体1相比,在其编码区的第501碱基处,出现了一段375 bp的插入片段,该插入片段的第46～48个碱基为TAG,使翻译提前终止;变异体3与变异体2相比,在其编码区的第428碱基处,出现一段115 bp插入片段,该插入片段的第5～7个碱基为TGA,使翻译提前终止。3种转录变异体的核苷酸序列同源性为86.45%,氨基酸序列同源性为87%。冷诱导后,CIRP基因在肌肉中的表达水平出现显著升高(P<0.05)。 相似文献
3.
[目的]为开展唐鱼转自源基因研究提供基本构架。[方法]采用RT-PCR和RACE技术分离唐鱼生长激素基因(GH)全长cD-NA序列,同时利用PCR克隆了唐鱼生长激素基因的基因组(gDNA)序列。[结果]序列分析表明:唐鱼GH cDNA的5非编码区为64bp,3非编码区为448 bp,开放阅读框(ORF)633 bp,共编码210个氨基酸,包括22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽。应用MEGA 3.1软件进行序列同源性比较分析的结果显示,唐鱼GH cDNA所编码的氨基酸序列与近缘鱼种(草鱼、青鱼、鳙鱼、鲤鱼、斑马鱼等)的生长激素氨基酸序列有很高的同源性,其中与草鱼和鳙鱼的同源性高达98%。该研究获得的唐鱼生长激素基因的gDNA序列共有1403 bp,包括4个外显子和3个内含子,外显子大小分别150、117、162、204 bp;3个内含子都以GT开头、AG结尾,符合GT-AG法则。[结论]该研究为下一步构建自源GH基因构件,进行唐鱼的转自源GH基因研究,培育出生长快、体型大的唐鱼新品系奠定了基础。 相似文献
4.
鹅MyoG基因外显子1的克隆及序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
肌细胞生成素(myogenin, MyoG)是生肌调节因子MRFs (MyoD、MyoG、Myf5和MRF4)家族的一员,它的表达具有控制成肌细胞融合的起始,促使成肌细胞增殖的作用,使单核成肌细胞转变成为多核的肌纤维,在MyoD家族中具有中心地位.本试验克隆了鹅MyoG外显子1序列,得到其片段长度为438 bp,与鸡MyoG基因的同源性为91.9%,与人、牛、猪等哺乳动物同源性为68%～70%,其氨基酸序列与鸡的同源性达到93.8%.核酸进化树显示,鹅、鸡较早地与哺乳类动物分化开来.分析了该区域编码氨基酸的亲水性、相应区域位于表面可能性和平均电荷,以及密码子的使用策略. 相似文献
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6.
[目的]克隆鉴定地熊蜂非视觉相关beta-arrestin基因并分析其在蜂王不同发育时期及特定组织中的表达差异,以期为该基因的功能研究奠定基础。[方法]利用PCR扩增和基因克隆技术获得地熊蜂非视觉相关beta arrestin基因的cDNA全长序列;利用生物信息学技术对该基因编码的氨基酸序列进行比对和进化树分析;运用Real-time PCR技术分析该基因在地熊蜂蜂王出房前1天、出房第1天、交配后5天、越冬3个月、越冬5个月、产卵第1天和饲养3个月后的脑、卵巢、中肠和脂肪体表达情况。[结果]beta-arrestin基因CDS序列长1 248bp,编码的蛋白大小为415aa。该蛋白氨基酸序列中第27～182个氨基酸残基为Arrestin-N superfamily的保守结构域;第201～354个氨基酸残基为Arrestin-Csuperfamily的保守结构域。相似性分析表明,地熊蜂beta-arrestin基因氨基酸序列与NCBI中收录的地熊蜂转录组数据的氨基酸序列一致性高达97%。Real-time PCR结果表明,beta-arrestin基因在地熊蜂所有检测的发育阶段及特定组织均有所表达,但表达量差异很大(P0.05)。其中在头部和中肠表达量较高的时期是越冬3个月蜂王,在卵巢和脂肪体表达量较高的时期是出房第1天蜂王。[结论]本研究克隆了地熊蜂beta-arrestin基因的CDS序列,确定了beta-arrestin基因CDS序列编码的氨基酸序列,分析了该基因的序列特征和表达谱,推测其与蜂王越冬期间生理代谢过程和蜂王性成熟阶段激素分泌活动有关。 相似文献
7.
根据GenBank中脂肪酸延长酶基因fae1序列(AY888037)设计了PCR扩增引物,以甘蓝型油菜品种湘油15号总DNA为模板进行扩增,得到了扩增产物.测序结果表明,该片段长度为1 642 bp,经序列分析表明,其氨基酸编码序列为1 425 bp,共编码475个氨基酸.BLAST分析结果表明,湘油15号中的fae1基因与其他芸薹属品系的fae1基因核苷酸同源性在66%～99%之间.氨基酸序列比对结果表明,高芥酸油菜品种fae1在第206位缺失了1个Thr,且甘蓝型油菜比白菜型油菜在羧基末端要多出7～16个氨基酸,这些核苷酸序列差异以及某些关键氨基酸的改变有可能是导致不同油菜品种中芥酸含量变异的原因. 相似文献
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石蒜捕光叶绿素a/b结合蛋白基因的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据捕光叶绿素a/b结合蛋白基因(Cab)家族中的保守序列设计PCR引物,扩增出的约350bp cDNA小片段为分子杂交探针,对构建的石蒜全长cDNA文库进行杂交筛选,并结合PCR分析对阳性克隆进行测序分析验证,克隆了石蒜中1个Cab基因全长cDNA,命名为LrCab(GenBank 登记号:GU362887).LrCab长为1073 bp,从第50 bp开始至847bp含有1个开放阅读框和1个终止密码子,编码 265个氨基酸.LrCab编码的蛋白质预测的等电点和分子量分别为5.14和28 010.00 u.通过比较分析,LrCab DNA序列(GU362887)和编码的氨基酸序列与其他种属的Cab基因编码氨基酸序列相似性很高,表明Cab家族基因在进化过程中保守性高. 相似文献
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采用RT-PCR技术和RACE-PCR技术,从毛竹(Phyllostachys edulis)中分离了捕光叶绿素a/b结合蛋白基因cDNA编码区全长,命名为cab-PhE11(GenBank登记号:EU327783)。该基因全长1154 bp,编码区cDNA全长753 bp,编码250个氨基酸。生物信息学分析表明,在cab-PhE11编码的蛋白第62~239位包括典型的捕光叶绿素a/b结合蛋白功能域,还包含1个N-糖基化位点、1个酪氨酸激酶Ⅱ磷酸化位点、5个N-肉豆蔻酸化位点以及1个丙氨酸富集区。序列相似性分析结果表明,cab-PhE11编码的氨基酸序列与玉米、绿豆、拟南芥、烟草等的cab基因有较高的相似性,都在80%以上,该基因属于lhcb6类基因。 相似文献
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神经调节素受体降解蛋白1(neuregulin receptor degradation protein-1,Nrdpl)是一种新的E3泛素连接酶,可调节细胞增殖和凋亡等。研究采用RACE方法从草鱼(Ctenopharyngodon idella)肝脏中克隆了Nrdpl的全长cDNA序列;采用半定量RT-PCR方法分析该基因在草鱼不同组织中表达情况。结果表明:该序列全长cDNA大小为1 865 bp(GenBank登录号:JX864048),其中开放阅读框为954 bp,编码318个氨基酸,预测分子量大小为36.09 ku,pH为7.0时理论等电点为5.83;5’和3’非翻译区的长度分别为291 bp和620 bp,在3’非翻译区发现2个mRNA不稳定信号(ATTTA)和1个多聚腺苷酸加尾信号(ATTAAA)。该蛋白序列没有信号肽和跨膜结构,其二级结构主要以α-螺旋为主,不含β-折叠。氨基酸序列保守性分析表明,草鱼Nrdp1与斑马鱼、虹鳟及人的同源性分别为98%、94%和89%;该基因在心脏和脑中的表达量较多,在肌肉和血液中表达很少。 相似文献
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通过实时荧光定量PCR(RT-PCR)法从草鱼肝脏中首次克隆获得草鱼JAK2基因的片段序列。该片段序列长671 bp,编码223个氨基酸,氨基酸序列分析表明草鱼JAK2基因片段与其他物种的相似性在70%～91%之间;系统进化树显示,鱼类的JAK2独立聚成一支,草鱼与斑马鱼聚成一支,与鳜鱼和墨绿凹鼻鲀聚成的一支再聚成一支。实时荧光定量PCR分析表明,草鱼JAK2基因在肝脏、肌肉、脑、心脏、脾脏和肠系膜脂肪组织中均有表达,其中在肝脏组织中表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05),其次是肌肉、脑、脾脏和肠系膜脂肪组织,在心脏组织中表达量最低,且显著低于其他组织(P<0.05)。本研究为进一步研究草鱼JAK2基因的结构和功能奠定了基础。研究亮点:JAK2基因在鱼类上的研究报道甚少。本研究首次克隆了草鱼JAK2基因片段序列;且发现JAK2基因在肝脏组织中表达量最高,心脏组织中表达量最低,为草鱼JAK2基因的结构及其信号转导等生理功能的深入研究奠定了基础。 相似文献
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钙网蛋白是一种高度保守的分子伴侣蛋白,作为内质网主要的钙结合蛋白,广泛存在于真核生物细胞中,在病毒、寄生虫感染以及温度、氧气胁迫等情况下对细胞起保护作用。本试验中采用RACE方法首次克隆获得草鱼Ctenopharyngodon idellus钙网蛋白cDNA全序列,其全长为1 389 bp,开放阅读框为1 263bp,编码为421个氨基酸。将获得的草鱼钙网蛋白编码氨基酸序列与其它物种分别进行同源性比较,发现草鱼与斑马鱼Danio rerio、虹鳟Oncorhynchus mykiss的同源性较高,分别为86.26%、76.78%,而与人Homo sapiens、小家鼠Mus musculus的同源性为69.67%、69.19%。通过半定量RT-PCR检测可知,钙网蛋白在草鱼的肌肉、肠道、皮肤、肝胰脏、肾脏、脾脏、鳃和鳍中均有表达,其中在肝胰脏、鳍条中的表达量最高,除与皮肤中的表达量无显著差异外（P〉0.05）,均显著高于其它5个器官组织（P〈0.05）。 相似文献
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利用草鱼C-反应蛋白(CRP)的EST序列(CK233056)设计引物,采用快速扩增cDNA末端(SMART-RACE)的方法克隆CRP基因的5′末端,获得1个约520 bp的cDNA片段.将该片段与EST拼接,得到CRP基因全长cDNA,长度为889 bp,含有1个672 bp的开放阅读框,两侧分别有74 bp和143 bp的5′和3′非翻译区域(open reading frame, ORF),CRP基因编码224个氨基酸残基,N端含有15个氨基酸残基的信号肽.利用RT-PCR半定量法对健康及被嗜水产气单胞菌人工感染的草鱼的心脏、脑、前肠、肾脏、肝胰脏、肌肉、脾等组织CRP的mRNA表达水平进行检测,结果表明,CRP基因在7种组织中均有表达,表达水平差异不明显.在人工感染24 h后,各组织中CRP的mRNA水平平均升高5倍左右,与哺乳动物和一些鱼类在炎症反应中血清CRP水平升高一致,而人工感染48 h后,除心脏和肌肉组织中有显著降低外,其他组织没有明显变化,仍维持较高水平. 相似文献
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草鱼细胞凋亡抑制蛋白基因cDNA的克隆与表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用快速扩增cDNA末端(rapid amplification cDNA end, RACE)技术获得草鱼细胞凋亡抑制蛋白基因全长cDNA序列为2 093 bp,含有1个1 944 bp的开放阅读框,5′非编码区长25 bp,3′非编码区长124 bp,可编码647个氨基酸.生物信息学分析表明,在IAP的N端无氨基酸残基组成的信号肽;与斑马鱼的同源性最好,其次是斑猫鲿;在系统进化上,与斑马鱼、斑猫鲿共聚为1支.用半定量RT-PCR分析正常及细菌诱导下草鱼细胞凋亡抑制蛋白基因在不同组织中的表达分布,正常情况下,凋亡抑制蛋白基因在所取的7种组织中均有表达,其中脑、肠和肾表达最高,肝和心脏次之,鳃和肌肉最低,但差异不显著;用嗜水气单胞菌人工感染24 h后,所有组织中的IAP mRNA水平平均降低约26%,以肝脏和肌肉降低较为明显,在感染48 h后,所有组织中的IAP mRNA水平平均升高约4%,其中心脏、肝脏和鳃分别升高8%、16%、19%,这表明草鱼细胞凋亡抑制蛋白可能参与了机体对嗜水气单胞菌感染的免疫应答. 相似文献
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为比较草鱼和赤眼鳟正交(草鱼(♀)×赤眼鳟(♂))的子一代F1(下文中简称"正交F1")与同龄草鱼、赤眼鳟的肌肉营养特性,评价正交F1肌肉的营养价值,选取18月龄的健康正交F_1、草鱼及赤眼鳟各12尾,采用生化方法分析3种鱼背肌中水分、粗脂肪、粗蛋白和粗灰分的含量以及氨基酸和脂肪酸的组成,并进行氨基酸营养价值评价。结果显示:正交F_1肌肉中的水分含量显著低于草鱼的(P0.05),显著高于赤眼鳟的(P0.05);粗蛋白含量显著高于草鱼的(P0.05),显著低于赤眼鳟的(P0.05);正交F_1肌肉中的总氨基酸(AA)含量、必需氨基酸(EAA)含量和鲜味氨基酸(DAA)含量分别为156.45、62.81、61.32 mg/g,其中AA含量和DAA含量均显著高于草鱼的(P0.05),且低于赤眼鳟的(P0.05);对试验结果进行氨基酸评分(AAS)和化学评分(CS)分析,发现赖氨酸为3种试验鱼共有的评分最高的氨基酸;正交F1不饱和脂肪酸(UFA)占总脂肪酸的67.67%,显著高于赤眼鳟的(P0.05),显著低于草鱼的(P0.05),其ω6族多不饱和脂肪酸与ω3族多不饱和脂肪酸族的比值为5.88。结果表明,正交F_1较草鱼具有更好的肌肉营养品质。 相似文献
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在前期经LR 型微囊藻毒素（MC-LR）处理后建立鲢鱼肝脏组织抑制差减杂交文库的基础上,利用RACE 方法克隆了经MC-LR 处理后差异表达明显的鲢鱼磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶PEPCK 基因cDNA 全长,并对其进行了序列分析,然后通过半定量分析了经MC-LR 投与1、5、10 h鲢鱼肝脏组织PEPCK 表达水平。结果显示：鲢鱼PEPCK 基因cDNA 全长2 605 bp,包括101 bp 的5'' 端非翻译区、564 bp 的3'' 端非翻译区、1911 bp 的开放阅读框,编码636 个氨基酸。将鲢鱼PEPCK 基因cDNA 核酸及氨基酸序列与GenBank 中已发表的其他几种鱼类的相应序列进行比对,表明鲢鱼PEPCK 与翘嘴红鲌的同源性最高,其核酸及氨基酸序列的相似性分别达到97%和99%;其次为斑马鱼,同源性均达到90%以上;与星斑川鲽的同源性最差,但核酸及氨基酸序列的相似性也分别达到77%和84%,说明鱼类PEPCK 在长期的进化过程中具有很高的保守性。鲢鱼PEPCK 具有与草酰乙酯结合的特有结构域以及与GTP 三磷酸链结合的激酶1 和激酶2 基序。另外,鲢鱼投予MC-LR 后,肝脏组织PEPCK 经过1、5、10 h 的表达量均有显著升高,说明鲢鱼投予MC-LR 1 h内该基因即被诱导表达,且在10 h内皆维持较高的表达水平。这与微囊藻毒素作用有关,推测与微囊藻毒素解毒过程相关。 相似文献
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在前期经LR型微囊藻毒素(MC-LR)处理后建立鲢鱼肝脏组织抑制差减杂交文库的基础上,利用RACE方法克隆了经MC-LR处理后差异表达明显的鲢鱼磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶PEPCK基因cDNA全长,并对其进行了序列分析,然后通过半定量分析了经MC-LR投与1、5、10 h鲢鱼肝脏组织PEPCK表达水平.结果显示:鲢鱼PEPCK基因cDNA全长2 605 bp,包括101 bp的5 '端非翻译区、564 bp的3 '端非翻译区、1 911 bp的开放阅读框,编码636个氨基酸.将鲢鱼PEPCK基因cDNA核酸及氨基酸序列与GenBank中已发表的其他几种鱼类的相应序列进行比对,表明鲢鱼PEPCK与翘嘴红鲌的同源性最高,其核酸及氨基酸序列的相似性分别达到97％和99％;其次为斑马鱼,同源性均达到90％以上;与星斑川鲽的同源性最差,但核酸及氨基酸序列的相似性也分别达到77％和84％,说明鱼类PEPCK在长期的进化过程中具有很高的保守性.鲢鱼PEPCK具有与草酰乙酯结合的特有结构域以及与GTP三磷酸链结合的激酶1和激酶2基序.另外,鲢鱼投予MC-LR后,肝脏组织PEPCK经过1、5、10 h的表达量均有显著升高,说明鲢鱼投予MC-LR 1 h内该基因即被诱导表达,且在10 h内皆维持较高的表达水平.这与微囊藻毒素作用有关,推测与微囊藻毒素解毒过程相关. 相似文献
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运用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplication ofcDNA Ends,RACE)技术获得草鱼(Ctenopharyngodon idellus)hepcidin基因全长cDNA,为774 bp,包括ORF 282 bp、5’UTR 117 bp和3’UTR 383 bp,3’UTR存在1个多聚腺苷酸加尾信号(AATAAA)和1个mRNA不稳定基序(ATTTA)。推定编码93个氨基酸,与其它鱼类hepcidin的序列同一性为27.9%～51.6%;SignalP 4.0软件预测信号肽位于1～24位。在邻接(neighbor-joining,NJ)法构建的系统进化树中,草鱼hepcidin前体肽和其他已报导的鱼类hepcidin前体肽聚为一枝。实时定量PCR(quantitative real-time polymerasechain reaction,qPCR)检测结果显示hepcidin基因mRNA主要表达于肝脏、脾脏、头肾和眼等组织;柱状黄杆菌注射后4～48 h,hepcidin基因在肝脏、脾脏和头肾中表达均显著上调。研究亮点:克隆到草鱼抗菌肽hepcidin一个新基因的全长cDNA,阐明了其所编码的hepcidin与其它脊椎动物hepcidin具有类似的结构与功能;证明其广泛分布于各组织中,参与了对细菌的免疫应答,是固有免疫的重要组成部分。 相似文献
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投喂皇竹草和配合饲料对草鱼生长及肌肉营养成分的影响 总被引：2，自引：0，他引：2
为探究短期内投喂优质牧草对大规格草鱼生长及肌肉营养成分的影响,分别以皇竹草、配合饲料在半径为5 m的圆形室内水泥池中饲养初始体质量为(2.0±0.1)kg的草鱼Ctenopharyngodon idellus(分别记为牧草组与配合饲料组),每天于8:30和16:30投喂两次,试验时间为3个月,试验结束时对其生长、体型和肌肉营养成分等指标进行了测定。结果表明:牧草组草鱼的增重率、肥满度、脏体指数和肝体指数均显著低于配合饲料组(P0.05),而空壳率显著高于配合饲料组(P0.05);两组草鱼肌肉中普通营养成分、矿物元素和氨基酸含量均无显著性差异(P0.05),除月桂酸外其余脂肪酸含量均无显著性差异(P0.05);牧草组和配合饲料组草鱼氨基酸组成基本一致,均含有16种氨基酸,氨基酸总量分别为19.53%和19.33%;牧草组必需氨基酸指数为83.85,配合饲料组必需氨基酸指数为83.67,其组成均符合FAO/WHO的标准;牧草组与配合饲料组草鱼肌肉中均含有19种脂肪酸,其中主要脂肪酸为棕榈酸、油酸和亚油酸,∑n-3 PUFA/∑n-6 PUFA值分别为25.80%和22.56%。研究表明,与配合饲料组相比,在不降低肌肉营养物质含量前提下,摄食牧草的草鱼具有出肉率高、体型好等优点,更符合商品鱼市场要求。 相似文献
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大眼Si鲈含肉率及肌肉营养成分的初步研究 总被引：9，自引：0，他引：9
对池塘养地大眼Ｓｉ鲈含肉率和肌肉营养成分含量进行了测定分析。结果表明,大眼Ｓｉ钙含肉率为６８．４１％;肌肉营养成分中;蛋白质含量为１９．８０％,脂肪为０．９３％,水分为７７．０４％,灰分为１．０％。 相似文献