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【目的】比较SSR和SCoT分子标记在美洲黑杨×青杨派杂种无性系遗传差异性分析上的应用性。【方法】利用SSR和SCoT标记,对9个美洲黑杨×青杨派杂种无性系及3个亲本的遗传差异性进行分析。【结果】筛选出的12对SSR引物对供试杨树材料共扩增出94条清晰条带,其中多态性条带85条,多态性比率达到90%,标记指数为3.19;筛选出的14条SCoT引物对供试杨树材料共扩增出清晰条带127条,其中多态性条带95条,多态性比率达到75%,标记指数为2.72。聚类分析表明,SSR和SCoT分子标记得出12个无性系的遗传相似系数分别为0.44~0.80和0.40~0.87,平均遗传相似系数分别为0.62和0.64;在相似系数平均值处,SSR和SCoT分子标记将12个杨树材料分别分为3大类和5大类。Mantel检测显示,2种分子标记在12个无性系间的遗传相似性显著相关(r=0.501 3,P=0.003)。【结论】这2种分子标记均适合美洲黑杨×青杨派杂种无性系鉴定和遗传多样性研究,但SSR标记的多态性比率和标记效率均高于SCoT标记。 相似文献
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烟草赤星病菌遗传多样性的ISSR和RAPD标记比较分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用ISSR和RAPD 2种分子标记方法对来自不同地区的28份烟草赤星病菌进行遗传多样性分析,筛选后选用10个ISSR引物和10个RAPD引物,ISSR扩增出多态性条带112条,多态性条带百分率为86.82%,菌株间相似性系数为0.53～0.97;RAPD引物扩增出多态性条带70条,多态性条带百分率为81.39%,菌株间相似性系数为0.57～0.94;用SPSS17.0软件对2种标记遗传距离进行相关性分析,发现2种分子标记结果呈显著正相关,表明2种分子标记方法都适合于烟草赤星病菌遗传多样性研究,ISSR是一种多态性优于RAPD的标记技术。根据2种标记的结果,利用NTSYS软件按UPGMA方法进行聚类分析,发现烟草赤星病菌遗传多样性与地理差异没有显著相关性。 相似文献
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野生狗牙根种质资源SRAP与SSR的遗传多样性 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】为指导种质资源的引进和利用及选育优质狗牙根新品种提供科学依据。【方法】采用SRAP和SSR两种分子标记方法相结合,对52份野生狗牙根材料进行遗传多样性分析。【结果】①利用4个表型差异显著的野生狗牙根对SRAP的150对引物组合及SSR的200对引物组合进行扩增,分别筛选出有效引物组合各18对,SRAP和SSR扩增总条带分别为236和346条,多态性条带206和255条,平均每对引物扩增出多态性条带各11.4和14.17条,多态性位点百分率分别为87.29%和73.70%;②两种标记结合进行聚类分析,当GS=0.68时,可将所有供试材料分成5个组群;当GS=0.78时,可将第V个组群分成6个小组,大部分来自相同或相似生态地理环境的材料聚为一类;③基于聚类分析,可将供试材料分为8个生态地理类群,据各类群间的Nei氏遗传一致度和遗传距离的无偏估计值表明,生态地理环境相似的地理类群遗传距离较小;④SRAP和SSR标记之间具有显著的相关性,且相关性较高。【结论】野生狗牙根有丰富的遗传多样性,其聚类和生态地理环境有一定的相关性。 相似文献
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[目的]本研究加强对耐抽薹萝卜种质资源的研究,加快耐抽薹萝卜育种进程。[方法]筛选出16对ISSR和21对SSR分子标记引物,用于64份不同抽薹性萝卜材料进行遗传多样性分析。[结果]ISSR-PCR共扩增出90条带,其中具有多态性的68条,多态性条带百分率为75.56%;SSR-PCR共扩增出86条带,其中具有多态性的62条,多态性条带百分率为72.09%。POPGENE分析结果表明,两类引物扩增结果都反映出供试材料较高的遗传多样性。UPGMA法聚类结果中,均可把供试萝卜材料分为4个类群,7个亚类。其中,ISSR标记聚类结果与供试萝卜材料的根叶类型比较接近;SSR标记聚类结果与材料的地理分布相似;整合ISSR和SSR后的聚类结果能够反映出2种标记的特征。Mantel检验显示,2种分子标记的遗传相似性系数在64份不同抽薹性萝卜材料间相关不显著(R=0.171,P0.05),而ISSR+SSR与ISSR标记(R=0.612,P0.05)以及SSR标记(R=0.894,P0.05)呈显著相关。[结论]2种标记整合后的聚类分析,可检测到更大的遗传变异;而不同抽薹性萝卜材料所表现出的丰富多样性,对萝卜种质资源管理和耐抽薹品种选育具有重要意义。 相似文献
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小白菜种质遗传多样性与亲缘关系的SRAP 和SSR 分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SRAP和SSR标记对小白菜进行遗传多样性分析,从666对SRAP、160对SSR引物中筛选出59对多态性明显、条带清晰、稳定可靠的引物,对41份小白菜材料进行扩增,共扩增出519条带,平均每对引物扩增出6.2条,扩增出多态性条带数171条,多态性比例为32.9%。利用聚类软件进行分析,41份小白菜种间遗传距离在0.58~0.87之间,在遗传相似系数0.58处可将41份小白菜材料分为两大类。研究表明,小白菜品种具有丰富的遗传多样性,大多数小白菜种质资源之间的亲缘关系与其地理来源有较大的相关性。SRAP标记适用于分析种质的遗传距离,从种质资源保存的角度分析,SSR标记能够较全面地保证种质资源遗传多样性。 相似文献
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基于RSAP和SSR的辣椒优良自交系间遗传距离的估计与比较 总被引：1，自引：0，他引：1
作物F1代的杂种优势表现与亲本间的遗传距离直接相关,对自交系间遗传距离的估计可被用来预测杂种优势。针对我国鲜食尖椒的育种目标,利用RSAP和SSR标记系统,对来自国内外的10份尖椒优良自交系间的遗传距离进行估计,并比较了2种标记的结果和效力。结果显示,RSAP标记具有较高的位点和多态性检测能力,平均每次可检测51个位点和13个多态性条带,分别是SSR的17倍和6.5倍;基于RSAP的遗传距离和基于SSR的遗传距离相关性较高(r=0.542 9);2种标记系统的聚类结果基本一致,均将10份尖椒分为3大类,这种分类结果不但反映了果实形状在辣椒分类上的重要地位,而且与辣椒杂种优势育种实践相一致。 相似文献
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利用ITS和SRAP分子标记对中国白灵菇和欧洲侧耳属菌株进行亲缘关系鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
为了评价白灵菇的分类地位,采用内转录间隔区(ITS)序列分析和相关序列扩增多态性(SRAP)两种分子标记技术,系统分析了包括中国白灵菇商业菌株和欧洲Pleurotus nebrodensis菌株在内的34株侧耳属菌株的DNA多态性.ITS序列分析结果显示:供试菌株的ITS序列变异不仅表现在碱基的变异,也表现在区域长度的变异.利用7对扩增条带清晰、多态性较丰富、稳定性较好的引物对34个供试菌株进行SRAP扩增,共得到420条条带,且均为多态性条带.ITS序列分析和SRAP分析结果均显示:白灵菇和Pleurotus nebrodensis具有很近的遗传关系.将ITS和SRAP两种标记联合使用能得到更好的结果. 相似文献
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【目的】探索SCoT、SSR和SRAP 3类分子标记在油菜遗传多样性研究中的应用。【方法】用8份有代表性的油菜资源,从SRAP和SCoT标记中各筛选出40对扩增条带清晰、多态性高的引物和40对SSR核心标记,对43份抗菌核病油菜育种亲本材料的遗传多样性进行分析,比较这3类标记在多态性(PPB)、多态性信息含量(PIC)及标记指数(MI)等方面的差异,最后依据材料两两间遗传相似系数,对43份油菜材料进行聚类分析。【结果】在位点检测能力方面以SCoT最高,每条SCoT引物可检测的平均条带数为9.3,其次为SRAP(8.6),SSR最少(7.3)。但多态性信息含量(PIC)则相反,SSR的PIC值最高(0.76),其次为SRAP(0.69),SCoT的PIC值最低(0.65)。基于SCoT、SSR和SRAP 3种分子标记的材料间遗传相似系数分别为0.43~0.87,0.56~0.84和0.46~0.83。聚类分析表明,SRAP标记聚类结果接近于3种分子标记混合统计的聚类结果。【结论】多态性位点检测能力和标记效率之间并无直接的相关性;3类标记在43份材料间的遗传距离显著不相关,研究每类分子标记在相应物种中的核心标记更为重要。 相似文献
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基因组SSR与EST-SSR标记在杨树不同种间的遗传差异 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨基因组SSR与EST-SSR标记在杨树不同种间的遗传差异,采用两种SSR标记技术对来自5个杨树不同派间不同种的15份材料进行了遗传分析,并对两种不同标记方法进行分析比较.结果表明:EST-SSR标记相比基因组SSR在杨树不同种间具有更好的通用性,而且EST-SSR位点整体揭示的遗传多样度高于基因组SSR位点;同时... 相似文献
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利用杨树28对SSR基本核心引物筛选出符合要求的13对引物,并采用这些引物对来自白杨派、黑杨派和青杨派的32个杨树无性系进行PCR扩增,同时对这些样品进行亲缘关系和遗传多样性分析。结果表明,13对引物共扩增条带58条,其中多态性条带58条,占扩增总带数的100.00%。对32个杨树样品的遗传距离进行分析,得到其遗传距离为0.056~0.741,表明各样品之间具有较丰富的遗传多样性。通过聚类分析可将供试样品分为三大类,即白杨派、黑杨派和青杨派,其聚类结果与传统分类学上的结果一致,说明SSR分子标记技术在杨树品种鉴定中具有一定的可靠性。 相似文献
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陆地棉不同纤维发育突变体及其SSR指纹分析 总被引：6，自引：2，他引：6
本研究对3组不同纤维发育突变体的近等基因系，利用SSR分子标记技术，进行了多态性分析及遗传相似性和聚类分析。3组近等基因系分别是：（1）陆地棉遗传标准系TM-1、无绒有絮突变体光子Nn、光子nn、H-154（n2）和毛子NN2-2；（2）无绒无絮突变体徐州142无絮和徐州142；（3）无绒无絮突变体新乡小吉无絮可能是中棉所12或豫棉4号的突变体。本文SSR分子标记和形态学鉴定表明新乡小吉无絮可能来源于豫棉4号，并从分子标记的角度表明了XZ142w突变体与野生型相比较，具有较多基因突变和遗传差异。研究还表明多态性SSR引物能将相似表现型的突变体聚在一起，这说明种质的表型变异度与SSR聚类分析结果间有很好的吻合度，因而，SSR标记技术是分析种质间遗传差异和遗传多样性的有效方法。 相似文献
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叶绿体基因组为母系遗传,保守性高,因此叶绿体基因组中的简单序列重复（SSR）标记可在更高分类水平上进行种质资源鉴定和群体遗传结构分析。利用TRF软件和SSR Hunter软件相结合对花椒Zanthoxylum bungeanum叶绿体基因组中的SSR位点进行筛选。结果显示:花椒叶绿体基因组中共有144个SSR位点,位点间的平均分布距离为1 100.00 bp。基于检测软件设置参数,SSR重复类型主要集中在一、三核苷酸重复,二者占SSR位点总数的91.67%。此外,随机设计合成30对SSR引物对10份花椒种质、5份竹叶花椒Zanthoxylum armatum种质和1份日本花椒Zanthoxylum piperitum种质进行PCR扩增检测,共筛选出10对多态性引物,其中单核苷酸重复位点的多态性高于多核苷酸重复位点。本研究开发的叶绿体SSR标记可有效区分花椒、竹叶花椒和日本花椒,但在花椒种内并未检测出多态性。表明花椒叶绿体基因组的SSR标记可用于花椒属Zanthoxylum不同种间的遗传多样性分析。 相似文献
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联合利用Illumina 90K SNP芯片和毛细管高通量SSR检测技术，构建75份育成品种384个SNP和42个SSR位点的指纹图谱，比较两种标记在遗传多样性、遗传相似系数和鉴别能力等方面的特征。结果显示，SNP标记揭示的遗传多样性指数明显低于SSR标记，但能较好地反映品种间的遗传多样性；SNP标记揭示的遗传相似系数明显高于SSR标记，但两者呈极显著线性相关；384个SNP位点鉴定近等基因系的能力低于42个SSR位点，但去除近等基因系后，仅需8个SNP或4个SSR位点组合即可区分剩余的74份品种，表明最优位点组合具有较高的鉴定效率，在品种鉴定时可先采用少量标记进行初鉴，对于极近似品种可加大标记密度。首次结合SSR和SNP标记构建指纹图谱，证实了两者之间的一致性，提出了分子身份鉴定技术标记数量的选择思路，为小麦品种DNA身份鉴定技术标准制定提供了重要的参考依据。 相似文献
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利用正交试验设计L16(45)筛选适合葡萄SSR标记的PCR反应体系,对52份葡萄种质进行SSR标记,采用UPGMA聚类法分析葡萄诱变群体和亲本的遗传关系.优化的葡萄SSR-PCR反应体系为:Mg2+1.5 mmol·L~(-1),d NTP 0.2 mmol·L~(-1),Taq酶1.0U,引物0.4μmol·L~(-1),模板DNA 50 ng,总体积20μL.48对引物共扩增出270条带,其中多态性条带249条,多态性百分率为92.2%,有31对引物的多态性百分率达到了100%.每对引物可扩增3~10个等位基因,平均为5.6个.52个葡萄样品的遗传相似系数为0.681~0.889,各诱变单株与‘醉金香’母本的遗传相似系数为0.730~0.859.利用SSR分子标记能将供试验的52份葡萄样品相互区分.在遗传相似系数0.756处将所有葡萄样品分为5个类群,大部分诱变单株与原始母本聚在一起.构建的SSR分子标记体系适用于葡萄种质资源的遗传多样性分析,SSR标记也适合葡萄诱变群体的分子鉴定. 相似文献
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杨树Genomic-SSR与EST-SSR分子标记遗传差异性分析 总被引：5，自引：1，他引：4
利用16个杨树无性系对Genomic-SSR和EST-SSR两种SSR标记的遗传差异性进行分析。统计分析结果表明,Genomic-SSR平均检测到的等位基因数为4.1、Shannon指数为1.0646、观测杂合度为0.4427、期望杂合度为0.5523;EST-SSR平均检测到的等位基因数为2.8、Shannon指数为0.6985、观测杂合度为0.2330、期望杂合度为0.4684。聚类分析结果显示,EST-SSR相对Genomic-SSR能更精准地鉴别基因型。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面EST-SSR与Genomic-SSR均具有显著的遗传差异性。通过对两种分子标记遗传差异的比较分析,可为合理利用SSR标记进行物种遗传多样性等相关研究提供依据。 相似文献
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中国西南地区甘薯主要育种亲本的遗传多样性及群体结构分析 总被引：4，自引：0，他引：4
【目的】探究中国西南地区主要甘薯育种亲本材料的遗传多样性和群体结构,为甘薯亲本材料的保存和利用、甘薯分子标记辅助选择提供参考依据。【方法】利用61个SSR分子标记、13个农艺性状和6个品质性状,对82份中国西南地区主要甘薯育种亲本材料进行遗传多样性分析。利用NTSYS-pc 2.10数据处理软件,分别根据SSR分子标记数据、品质性状、农艺性状计算82份亲本材料的Nei72遗传距离矩阵。利用Mega 6.06数据处理软件,计算82份材料基于SSR分子标记、品质性状、农艺性状的平均遗传距离。利用NTSYS-pc 2.10软件,对供试材料基于SSR标记、品质性状和农艺性状的遗传距离矩阵进行相关性分析。根据遗传距离矩阵,利用Mega6.06软件分别,对82份亲本材料进行基于品质性状的类平均法（unweighted pair group method with arithmetic mean,UPGMA）聚类分析、基于SSR分子标记的邻接法（Neighbor-Joining,NJ）聚类分析和基于农艺性状的类平均法（UPGMA）聚类分析。根据SSR分子标记数据,利用STRUCTURE 2.4对82份供试材料进行群体结构分析。【结果】61对SSR引物共检测出405条多态性谱带,其中,每对引物获得1-17条多态性谱带,平均每对引物检测出6.64条多态性谱带。82份亲本材料基于SSR分子标记、品质性状、农艺性状的Nei平均遗传距离分别为0.3499、0.2210和0.0270。基于SSR分子标记的邻接法（NJ）聚类分析将82份材料聚为7个类群。基于农艺性状、品质性状的类平均法（UPGMA）聚类分析均可将82份材料划分为一个较大的类群和三个较小的类群,但基于农艺性状和品质性状的聚类分析结果差异较大。基于SSR分子标记、品质性状和农艺性状的聚类分析均能将供试材料中来自不同地区的材料聚为同一类群,表明不同地理来源的供试材料间没有明显的遗传差异。遗传距离矩阵之间的相关性分析表明,基于SSR标记、品质和农艺性状的遗传距离矩阵间的相关性很小（r=0.0158）,品质性状与农艺性状间呈负相关（r=-0.0411）。群体结构分析表明,当K等于3时,ΔK说明82份材料可以划分为3个亚群。取得最大值,值其中53份（64.63%）供试材料的Q值大于或等于0.6,分属于3个亚群。29份材料（35.37%）划分为混合亚群。群体结构分析的亚群划分结果与SSR聚类分析结果有一定相似性。【结论】供试亲本材料基因组水平的遗传多样性较为丰富,品质性状有一定差异,农艺性状差异较小。单独利用某一种标记或性状对亲本材料进行衡量都不全面,建议结合分子标记和多种表型性状,进行深入的遗传多样性和群体结构分析。 相似文献