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1.
以山茶基因组DNA为材料,测试山茶ISSR扩增的最适退火温度,并采用单因素试验,测试了模板DNA量,Mg2+浓度,dNTP浓度,BSA浓度,引物用量,Taq酶用量等6个因素对山茶ISSR扩增的影响。结果显示:山茶ISSR扩增的最适退火温度为56.3℃;适宜的扩增体系为:10μL PCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol.L-1Tris.HCl pH 9.0,50mmol.L-1KCl,0.1%Triton X-100),2 mmol.L-1MgCl2,0.6 mmol.L-14×dNTP,2 mg.ml-1BSA,16 ng模板DNA,10 pmol引物,0.5 U Taq酶。 相似文献
2.
分析了ISSR-PCR体系中Mg2+、dNTP和BSA浓度,以及模板DNA、引物和TaqDNA聚合酶用量等6个因素对反应结果的影响,建立了适合于台湾水青冈ISSR-PCR扩增的反应体系:10μL PCR反应液中,含10 ng DNA,1.5 mmol.L-1Mg2+,0.125 mmol.L-14×dNTP,1×TaqDNA聚合酶配套缓冲液(10 mmol.L-1Tris-HCl,pH值9.0,50 mmol.L-1KCl,0.1%Triton X-100),0.6 UTaqDNA聚合酶,2 mg.mL-1BSA和3pmol引物。应用优化的ISSR-PCR体系从100个ISSR引物中筛选出12个稳定性好,重复性高的引物,对22株台湾水青冈个体的DNA进行扩增,结果表明优化的ISSR-PCR体系完全适合于台湾水青冈的ISSR分析。 相似文献
3.
短柄ISSR-PCR反应体系的优化 总被引：1，自引：0，他引：1
以短柄(Quercus glanduliferavar.brevipetiolata)的DNA为材料,对影响PCR扩增效果的一些因素诸如模板DNA用量、Taq酶的用量、镁离子浓度、dNTP的浓度、引物用量和牛血清白蛋白浓度等指标进行筛选和优化。结果显示适合短柄ISSR-PCR分析最适宜的PCR反应条件为:10μL PCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol.L-1Tris-HCl,pH9.0,50 mmol.L-1KCl,0.1%Triton X-100),0.75UTaq DNA聚合酶,2 mmol.L-1MgCl2,0.2 mmol.L-14×dNTP,12 pmol引物,10 ng模板DNA,2 mg.mL-1牛血清白蛋白。短柄ISSR扩增较适宜的退火温度为54.4℃。 相似文献
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香果树RAPD扩增条件的优化及遗传多样性初步分析 总被引：11，自引：0，他引：11
对浙江省天台山自然香果树种群的DNA进行了提取和RAPD扩增条件的优化,分别测试了镁离子、dNTP、模板DNA含量、引物浓度、DNA聚合酶量和牛血清白蛋白浓度对反应结果的影响,通过各因子的组合研究,可知香果树RAPD分析较适宜的扩增条件为:15μLPCR反应体积,1×Taq酶配套缓冲液,1 8mmol·L-1MgCl2,2UTaq酶;10ng模板DNA;20pmol引物;dATP、dCTP、dGTP、dTTP各0 1mmol·L-1。以此适宜条件对12个引物进行扩增,共扩增出51个DNA片段,多态位点百分率为45 1%,种群内遗传多样性较低,进一步研究不同种群香果树的遗传多样性具有一定的意义。 相似文献
5.
龙眼SRAP-PCR反应体系的优化 总被引：1，自引：0，他引：1
为建立龙眼的SRAP-PCR体系,对影响SRAP-PCR的退火温度、引物浓度、dNTP、模板DNA、Mg2+等因素进行优化。确定优化的龙眼SRAP-PCR反应体系为:10×buffer(Mg free)2.5μl,dNTP mixture(10 mmol.L-1)2.0μl,primer(10μmol.L-1)(0.7+0.7)μl,Mg2+(25 mmol.L-1)1.0μl,模板DNA 40 ng,Taq DNA聚合酶1.5 U,以双蒸水补足至25μl。退火温度51℃。利用该优化的体系对来自中国、泰国、印度尼西亚的16份龙眼种质进行SRAP扩增,电泳显示获得了清晰、稳定的扩增结果。 相似文献
6.
利用ISSR标记技术对12份枫香观赏种质进行遗传多样性分析,通过正交实验优化枫香的ISSR-PCR扩增体系,即在20μL体系中加入PCR反应缓冲液2μL、镁离子1.5 mmol.L-1、Taq DNA聚合酶0.75 U、dNTP 0.15 mmol.L-1、引物0.4mmol.L-1、DNA模板80 ng。筛选出的19条ISSR引物共得到131条扩增带,其中多态性条带为94条,多态性条带比率为71.75%。12份种质的有效等位基因数是1.482,基因多样性0.3012,Shannon信息指数0.4674,表明遗传多样性水平相对较高。进一步的聚类将这些种质分成3类,其中4号样本和11号样本的遗传相似度最高。 相似文献
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以刨花润楠(Machilus pauhoi)1.5 a生小苗幼嫩叶片为试材,对影响刨花润楠SRAP-PCR扩增的模板DNA量、引物、dNTP和Mg2+体积摩尔浓度、Taq DNA聚合酶、退火温度6个主要因素进行优化.结果表明,SRAP-PCR的最佳反应体系为:25μL的SRAP-PCR反应体系中,2.5μL 10×PCR buffer、模板DNA量60 ng、Mg2+2.0 mmol/L、dNTP 0.225 mmol/L、引物0.3μmol/L和Taq DNA聚合酶1.25 U.对优化的反应体系和扩增程序的验证结果表明,优化的刨花润楠SRAP-PCR反应体系和扩增程序是稳定可行的. 相似文献
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为确立按树SRAP-PCR反应体系,并对桉树品种进行遗传多样性分析,以巨尾桉GL -9号嫩叶提取的DNA为模板,进行Mg2+、dNTP、引物和Taq DNA聚合酶4个因素3个水平L9(34)正交试验,并比较了不同浓度模板DNA对PCR扩增效果的影响.结果显示:桉树的SRAP-PCR最佳反应体系为Mg2+2.5 mmol/L、dNTP 0.20mmol/L、引物0.4μ mol/L、Taq DNA聚合酶1.5U,DNA模板最佳浓度为10ng.利用最佳反应体系对桉树品种进行引物组合多态性筛选,从40个引物组合中筛选出多态性引物组合17个.挑选12个多态较高的引物组合对11个按树品种进行遗传多样性分析,通过PCR扩增,得到109个谱带.其中多态性条带95条,平均每个引物组合产生7.92个多态性条带,显示了相对较高的多态性.表明SRAP标记可应用于按树分子生物学研究. 相似文献
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在油桐遗传多样性研究中,为了获得清晰可靠、重复性强的ISSR扩增结果,综合采用单因子试验和正交设计两种方法对影响油桐ISSR-PCR反应结果的4个因素(Taq酶、Mg2 、dNTP、引物)进行优化试验.单因子试验分别研究各因素对ISSR-PCR反应的影响,找出最佳反应水平.正交设计选用L9(34)方案,采用直观分析获得影响因素最佳反应水平.通过综合比较分析,最终建立了油桐ISSR-PCR反应的最佳反应体系,即在20 μL反应体系中,Taq DNA聚合酶1.0 U,Mg2 2.0 mmol·L-1,dNTP 0.20 mmol·L-1,引物0.4 μmol·L-1,1× PCR缓冲液,40 ng模板DNA. 相似文献
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利用正交试验L16(45),结合单因素试验对厚朴相关序列扩增多态性(Sequence-related amplified polymorphism,SRAP)标记反应体系的5个因素(Mg2+,dNTPs,引物,Taq酶和模板DNA)进行优化试验,结果表明:各因素水平变化对PCR反应的影响从大到小依次为:dNTPsTaq酶模板DNAMg2+引物;筛选出各反应因素的最佳水平,建立厚朴SRAP-PCR反应的最佳体系(25μL)为:Taq酶1.5 U,Mg2+1.8 mmol.L-1,模板DNA100 ng,dNTP 0.24 mmol.L-1,引物0.40μL。试验表明,该体系重复性好、稳定性强。 相似文献
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樟树ISSR-PCR反应体系优化研究 总被引：3，自引：1，他引：3
以樟树基因组DNA为材料,分析了影响樟树ISSR-PCR的主要参数,确立了适用于樟树的ISSR反应体系和扩增条件。结果表明获得清晰、重复性高的樟树ISSR-PCR扩增条件为:20μL PCR反应体积中,1×PCR Buffer(10 mmol.L-1Tris.HCl,pH8.3,50 mmo.lL-1KCl),2.0 mmo.lL-1MgCl2,200μmol.L-1dNTPs,50 ng模板DNA,200 nmo.lL-1引物,0.5 UTaq DNA聚合酶。在扩增过程中,引物的适宜退火温度比其Tm值平均高3℃。这为今后利用ISSR标记技术开展樟树种间遗传多样性分析提供参考。 相似文献
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为建立思茅松大配子体ISSR分子标记的反应体系,以思茅松种子样本作为供试材料,比较不同思茅松胚乳DNA提取方法的效果,通过紫外分光度计、DNA琼脂糖电泳和PCR扩增分别予以检测并比较。结果表明SDS法优于CTAB法。同时,通过单因子分析法对ISSR-PCR反应体系中的模板DNA用量,Taq DNA聚合酶用量,Mg2＋浓度,dNTP浓度、引物浓度等主要影响因子进行优化,确立适用于思茅松的ISSR分子标记反应体系。对该体系进行稳定性检验,结果表明该反应体系适合思茅松ISSR-PCR扩增。 相似文献