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为了分析绵羊KAP11-1基因的核苷酸序列变异,采用PCR-SSCP方法和DNA测序技术检测了欧拉羊、甘肃高山细毛羊、滩羊、湖羊和青海细毛羊5个群体(749只个体)KAP11-1基因的单核苷酸多态性,同时分析了等位基因频率、遗传杂合度、有效等位基因数和多态信息含量等群体遗传特征。结果表明,5个绵羊群体的KAP11-1基因中共检测到c.93C/T、c.240G/A、c.285C/G/A和c.331A/G 4个单核苷酸多态位点,且c.331A/G为非同义突变。等位基因A在5个群体中出现的频率最高(87.70%),为优势等位基因,其次为等位基因B(基因频率为11.03%),等位基因C和D的频率最低(分别为0.53%和0.74%)。群体遗传学分析结果表明,滩羊KAP11-1基因的遗传杂合度、有效等位基因数和多态信息含量均高于其余4个群体。KAP11-1基因作为羊毛经济性状的主要候选基因之一,其核苷酸序列的变异导致KAP11-1中相应氨基酸的改变,最终可能会影响羊毛纤维的结构和羊毛主要经济性状。 相似文献
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棉花抗卷叶病RAPD和SCAR标记研究 总被引：3，自引：0，他引：3
J.AMUDHA G.BALASUBRAMANI C.D.MAYEE 《棉花学报》2003,15(3):168-173
利用RAPD对抗卷叶病品系CNH
123、CNH 1012和感病品系CNH 1020、CNH 120分别建立了抗、感病多态带,用80个引物进行PCR扩增.引物OPC
02在抗病品系CNH 123和CNH 1012中得到1700 bp的特征片段,建立了10个抗病及感病DNA库并进行混合分组分析,在F2群体用OPC
02重现了上述特征片段,并将该片段改造为SCAR标记,设计引物对为5'-GT-GAGGCGTCAGAGGGAT-3'(正向)and
5'-GTTGCCGTGCACTAGGCT-3'(反向).利用Mapmaker软件得到10个F2分离群体的RAPD分离图谱. 相似文献
4.
与黄瓜抗黑星病相关基因紧密连锁的SSR标记 总被引：3，自引：0，他引：3
本研究以黄瓜抗黑星病母本Q6和感黑星病父本F51及其F2代分离群体为试材,采用BSA法和SSR技术建立了对黑星病的抗病组和感病组,SSR引物CSWCTT02D在抗感组间表现多态性,且呈共显性.经162个F2单株验证,在高抗单株和高感单株中分别仅扩增出246 bp和256 bp的特异片段,而在中间类型个体中同时扩增出了两个特异片段.连锁分析结果表明,该标记与黄瓜黑星病抗病相关基因紧密连锁,距离为3.1 cM.测序结果显示,两个片段的差异在于10个碱基的插入或缺失. 相似文献
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太湖鲢鱼mtDNA D-loop区遗传多样性 总被引：2，自引：0，他引：2
采用聚合酶链式反应(PCR)技术对太湖鲢鱼的mtDNA D-loop序列进行扩增,获得了大小约为500 bp的扩增产物。PCR产物经纯化后克隆到pMD19-T Vector进行序列鉴定测序,得到了520 bp的核苷酸片段(除去引物及部分端部序列)。用CLUSTAL X(1.83)软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到52个变异位点,包括1个碱基缺失、36个转换位点、15个颠换位点及1个转换与颠换同时存在的位点。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了NJ系统树。用DNASP软件计算出的多态位点数(S)为52、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为1.24%±0.35%和6.368。研究结果表明,太湖鲢鱼的mtDNA D-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富。 相似文献
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《华北农学报》2021,36(4)
为了准确高效的筛选抗根肿病材料,提高甘蓝型油菜根肿病抗性育种效率。通过对甘蓝型油菜抗病亲本的Crr1基因与感病亲本中相应的同源基因LOC103834349进行测序,寻找SNP位点,针对第1 486-1 487上的非同义突变位点,开发了一套精准检测抗感根肿病基因型的竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR,KASP)标记。利用该KASP标记对来自42个F_2群体的771个单株进行分型检测,其中315个单株含有纯合感病基因型GG,322个单株含有纯合抗病基因型AA,134个单株含有杂合等位基因型GA。其中对编号为2033的F_2群体中125株材料的KASP分型情况进行χ~2检测,其中纯合抗病基因型AA 30株,纯合感病基因型GG 33株,杂合基因型GA 62株,经χ~2检测,抗病材料与感病材料符合3∶1理论值,抗病纯合基因型、抗病杂合基因型与感病纯合基因型的比值符合1∶2∶1理论值,说明该抗病位点为显性单基因抗病位点。结合田间表型检测鉴定,AA分型和杂合的GA分型单株田间检测均为抗病表型,GG分型均为感病表型,KASP分型结果与田间鉴定结果一致。比对结果说明该KASP标记对根肿病抗、感植株进行正确分型,表明基于Crr1基因和LOC103834349的SNP位点开发的KASP标记可以准确高效的应用于油菜抗根肿病材料的分子标记辅助选择育种。 相似文献
7.
《分子植物育种》2017,(2)
Pita是一个对稻瘟病生理小种具有广谱抗性的基因,通过对Pita抗病等位基因与感病等位基因编码区进行PCR扩增、测序与序列比对,在编码区的+2 001 bp即内含子中鉴定到一处特异性编码序列(抗、感病等位基因分别为GCC和CTAT),针对该目标位点,本研究利用两对交叉引物PCR(PCR with confronting two-pair primers,PCR-CTPP)方法开发出一套鉴定该目标位点的共显性标记用于鉴定Pita等位基因类型,结果表明该标记特异性强、稳定、结果准确、耗时少、成本低廉,可广泛应用于分子标记辅助选择育种或水稻资源中对Pita基因型鉴定、筛选的应用。 相似文献
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利用微卫星标记分析建鲤种质资源的研究 总被引：2，自引：1，他引：1
为了评估和合理利用建鲤种质资源。从建鲤繁育群体中随机选取185尾鱼,用20个微卫星位点进行遗传多样性分析。结果表明：20个微卫星位点在该群体中所检测到的等位基因片段长度在114~316 bp,共检测出156个等位基因和402种基因型,各位点等位基因数为5~13个,平均7.8个,基因型数10~44种,平均20.1种;各位点观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别在0.346~0.978和0.619~0.880之间,平均分别为0.6434和0.757;所检测的20个位点多态信息含量(PIC)在0.552~0.868之间,平均为0.7253,都属于高度多态位点(PIC>0.5)。实验结果表明,该建鲤繁育群体多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高,具有较大的选育潜力。群体内平均固定系数(FIS)为0.1479,说明该建鲤群体存在杂合子缺失现象。根据个体间的遗传距离构建的聚类图可以清楚地显示每个个体之间的遗传差异,这可为建鲤保种和繁殖配组提供依据,避免近交现象。 相似文献
9.
本研究利用微卫星技术,对中间球海胆（Strongylocentrotus intermedius）的放流群体与养殖群体进行了遗传学比较。共用7对微卫星引物,分别对每个群体所有个体进行了扩增分析。[结果]每对引物分别扩增出了1-5个等位基因。所有引物在养殖群体中共扩增出22个等位基因,而在放流群体中扩增出了17个等位基因。所得数据经Popgene32软件分析,结果表明,两个群体Nei指数,Shannon氏指数,多态位点比例等遗传学指标没有显著差异,说明本研究所涉及的中间球海胆养殖群体与放流群体之间尚未产生明显的遗传分化。6个等位基因在养殖群体中出现,而在放流群体中缺失,1个等位基因在放流群体中出现,而在养殖群体中缺失。说明养殖群体与放流群体之间仍存在着一定的遗传结构差异。以上研究结果表明,该放流群体尚未达到对中间球海胆进行种质资源保护的最初目的。该研究结果对中间球海胆养殖、增殖放流状况进行了初步的遗传学评价,为海胆养殖、增殖途径及策略的选择奠定了理论基础。 相似文献
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长江下游铜鱼遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析 总被引：3，自引：1，他引：2
用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长江下游铜鱼(Coreius heterodon)20个个体的遗传多样性进行了检测,从4O个随机引物中筛选出19个对每个铜鱼的DNA进行扩增。结果表明,19个引物共检测到95条清晰且重复性好的条带,分子量在100～1500 bp之间,其中多态位点为30个,占31.58%;群体的Shannon多样性值为0.1940;个体间最大遗传距离为0.0976,最小遗传距离为0.0003。通过与其他鱼类的遗传多样性的研究结果比较可初步判断,长江下游铜鱼群体的遗传多样性较低。由于没有以前的遗传多样性分析资料,因此不能评判过度捕捞和自然环境的破坏等因素对铜鱼遗传多样性的影响程度。 相似文献
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从尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)脑垂体中分离其总RNA,经反转录合成为第一条cDNA链,再以第一条cDNA为模板,经过RT-PCR,克隆得到全长785bp的生长激素基因,序列分析表明：GH开放阅读框为615bp,共编码204个氨基酸;其中含有17个氨基酸的信号肽和187个氨基酸的成熟GH序列。同时我们将其插入到载体启动子下游,与增强型绿色荧光蛋白(enhanced green fluorescent protein,EGFP)报告基因融合,重组质粒经菌液PCR、限制性内切酶酶切和测序进行鉴定。通过脂质体转染分别将pEGFP-GH重组表达载体、pEGFP-N1转到293T细胞中,以检测尼罗罗非鱼GH基因表达的活性。结果显示,阳性对照组pEGFP-N1,有荧光表达的细胞占90%以上;pEGFP-GH可见绿色荧光,但是有荧光表达的细胞较少,强度较弱。上述实验现象表明,所获得的尼罗罗非鱼GH基因具有较好的表达活性,能够在真核细胞中表达。 相似文献
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大豆胞囊线虫病是严重危害大豆生产的重要病害之一,根据抗病候选基因发掘标记可以为分子标记辅助选择抗病材料提供标记资源。本研究通过对大豆胞囊线虫抗病候选基因rhg1的序列比对分析,发现4个插入/删除位点,针对其中3个多碱基插入/缺失位点开发了InDel标记。应用开发的3个InDel标记对33份栽培大豆进行基因型鉴定,共检测到等位变异11个,平均每个位点3.67个。其中rhg1-I1位点有等位变异5个,rhg1-I2位点有等位变异2个;rhg1-I4位点有等位变异4个。各等位变异发生频率范围为0.8%~77.3%。InDel标记与大豆胞囊线虫抗性间的关联分析表明,rhg1-I4为抗性相关标记,对抗病资源的检出效率为88.2%,对感病资源的检出效率为100%。该标记的288 bp等位变异和294 bp等位变异为抗病相关等位变异,269 bp等位变异和272 bp等位变异为感病相关等位变异。此标记与常用于标记辅助选择的Satt309配合鉴定可以提高SCN抗病资源的检测效率。 相似文献
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巴西橡胶树钙调蛋白基因的克隆及表达分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了进一步研究橡胶生物合成的分子机制,根据巴西橡胶树（Hevea brasiliensis）cDNA文库中的EST序列,利用cDNA末端快速扩增（RACE）技术分离了一个巴西橡胶树钙调蛋白基因,命名为HbCAM1。分析结果显示,该基因cDNA全长775 bp,含有完整的阅读框架,编码区为450 bp,编码149个氨基酸,5’非编码区26 bp,3’非编码区299 bp。通过序列比对以及结构预测分析,HbCAM1编码的氨基酸序列与蓖麻、毛葡萄、烟草、麻风树中相应基因氨基酸序列的一致性分别达到100%、100%、99%、99%。半定量RT-PCR分析显示,HbCAM1基因可能通过对相关代谢基因表达调节参与了乙烯利刺激橡胶树增产的分子调控。 相似文献
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为研究不同亲本组合的罗非鱼的繁殖性能及对其子代雄性率的影响,以尼罗罗非鱼为母本,奥利亚罗非鱼为父本进行2次杂交试验。第一次实验选择尼罗900尾,奥利亚310尾进行杂交制种,结果每尾尼罗罗非鱼平均产苗量为139.5尾,杂交苗雄性率为93.3%。第二次实验在原亲本中选出尼罗270尾,奥利亚195尾,按不同雌雄比例(A组2:1,B组1.5:1和C组1:1)进行杂交制种,结果：C组平均每尾尼罗罗非鱼的产苗量(166.2尾)多于B组(137.0尾)和A组(109.7尾)(P<0.01)。C组杂交组合后代雄性率(97.1%)与B组(95.2%)和A组(94.1%)差异极显著(P<0.01)。雌雄比例1:1是生产高雄性尼奥苗的最佳组合,本实验结果对尼奥杂交罗非鱼苗制种有重要指导意义。 相似文献
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Dwinita Wikan Utami Puji Lestari Sri Koerniati 《Journal of Crop Science and Biotechnology》2013,16(1):1-7
Discovery of new alleles at important gene loci through allele mining could support the rice improvement program to sustain national food security. Evaluation of the existing Indonesian local rice landraces is an important point to detect the potential of functional alleles. One of the bacterial leaf blight (BLB) resistance alleles, Xa7 was detected in Indonesian rice landrace germplasm, Parekaligolara. To validate this potential allele, field evaluation on the segregating population, expression analysis using real time RT-PCR, and sequencing were carried out. Two selected Parekaligolara progenies lines (F4 and F6) from double crosses with other selected landraces were clearly more resistant to a dominant Indonesian BLB, Race IV. Specific primers of Xa7-LD40 successfully amplified the alleles of F4 and F6 lines approximately 300 bp in length. The amplicon sequenced using vector-targeted primers, resulting 264 bp which were flanked between 602 and 866 bp sites. The translated sequence which produced 60 amino acids (open reading frame) ORF, showed homology with the encoding gene associated with the defense system to biotic stress, BTB/POZ. As integrated researches for many potential biotic and abiotic stresses alleles on Indonesian landraces germplasm, this outcome expectedly supports rice landraces utilization for developing of elite cultivars which survive on global changed conditions and benefiting to national food security. 相似文献
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根据测序获得的1条261 bp cDNA片段,通过电子延伸、设计引物,从小麦Mardler/7*百农3217(Pm2)的cDNA中扩增获得1条651 bp的cDNA片段,通过同源比对发现其包含小麦LTP1 完整的编码序列.该片段包含基因的5'非翻译区42 bp,3'非翻译区261 bp,开放阅读框348 bp,编码115个氨基酸.预计蛋白的分子量为11.2 kD,等电点为9.46.此基因有8个位置保守的半胱氨酸(C)残基及25个氨基酸的信号肽,为典型的植物脂质转运蛋白基因.其基因序列数据库(GenBank)登录号为AY796184(基因)和AAV65513(蛋白).通过疏/亲水性分析,发现肽链分子具有较大范围的疏水面. 相似文献
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为了研究木薯(Manihot esculenta Crantz)的抗逆境胁迫机制,从水稻低温诱导及抗旱基因OsLTI6A出发,同源克隆了木薯的抗逆基因MeLIT6A,并对其序列和功能进行了分析研究。MeLIT6A的基因组序列全长为273 bp,其中ORF长度为173 bp,内含子长度为99 bp;编码1个含有57个氨基酸残基的蛋白,含有1个与Pmp3超级家族同源性极高的保守区域。该基因推导蛋白MELTI6A与蓖麻的、拟南芥的、水稻的、玉米的低温诱导蛋白基因6A (LTI6A)的推导蛋白的同源性分别为：89.7%。81.0%、74.1%和87.9%。蛋白功能分类预测MELTI6A是1个非酶类的、疏水性较高的、有2个透膜区域的蛋白,可能有转运蛋白和作为受体蛋白的功能,与拟南芥的AtLTI6A的功能相似。 相似文献
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采用PCR-SSCP及克隆测序技术对大白、长白、杜洛克共210头仔猪SLA-DQA基因第4外显子进行多态性检测,以探讨猪SLA-DQA基因的遗传特性。结果显示:共获得4种等位基因(A、B、C、D),6种基因型(AA、AB、CC、CD、BB、BC)。6种基因型在杜洛克猪中都被检测到,而在大白猪中只检测到AA、AB、CC 3种基因型,在长白猪中未检测到BC基因型。A等位基因和AA基因型的频率在3个群体中最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现3个核苷酸突变位点(5 126 bp A→G,5 158 bp A→T,5 233 bp G→A),其中,5126 bp处A→G导致氨基酸由异亮氨酸变为缬氨酸。经χ2适合性检验,3个猪品种在此位点上都偏离了Hardy-Wein-berg平衡状态(P<0.05)。群体遗传学分析发现:长白猪、大白猪多态信息含量(PIC)分别为0.3233,0.4548,属于中度多态(0.250.5);各基因型在三品种中的分布差异显著。研究结果证实,猪SLA-DQA基因第4外显子具有丰富的遗传多态性。 相似文献
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以琯溪蜜柚果肉为材料,运用cDNA克隆的方法,克隆得到了琯溪蜜柚果肉过氧化物酶的cDNA的全长,并对得到的序列进行了一些分析,从分子生物学角度对粒化的研究做了初步的探索。结果表明:琯溪蜜柚果肉PODcDNA全长1263bp,有完整的阅读框,编码351个氨基酸。另外5'非翻译区42bp,3'非翻译区168bp(不包含终止密码子TAA),其中包括一个多聚腺苷酸化信号AATAAA,以及一个含24个腺苷酸的poly(A)尾。由琯溪蜜柚果肉PODcDNA推导的氨基酸序列与无花果(Fi-cuscarica)、陆地棉(Gossypiumhirsutum)、杨属植物(Populus)等同源性较高,分别为:58.6%,67.61%,65.24%,67.14%等。 相似文献