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近日,我国一些畜牧业专家会聚江苏省家禽科学研究所,对该所承担的“中国地方禽种资源调查、濒危鸡种抢救及遗传多样性研究”项目进行鉴定。该项目实施近5年来,为我国鸡、鸭、鹅三大家禽业带来新增产值195.65亿元。鉴定结果认为,这项研究成果填补了我国鹅微卫星研究领域的一项空白,对世界鹅的遗传标记研究作出了重要贡献。研究人员利用微卫星技术对中国126个地方禽种遗传多样性的系统研究、鹅微卫星遗传标记的研究和家禽DNA库建设的规模等方面达到国际领先水平,对我国家禽品种资源评价、保护和开发利用具有科学指导作用,也为中国地方家禽遗… 相似文献
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微卫星DNA在核桃属近缘种同源性分析上的应用 总被引：7，自引：0，他引：7
为了选择适合核桃遗传多样性研究的分子标记,运用woeste[1]等开发的30对黑核桃微卫星引物扩增核桃属(JuglansL.)26个样品,72.78%黑核桃微卫星引物能够在核桃属近缘种产生有效扩增。选取其中扩增条带清晰、有效性高、多态性高的17对引物分析核桃属12种。黑核桃微卫星在近缘种扩增位点等位基因数、期望杂合度和多态性信息含量比在黑核桃中有显著的下降趋势,但仍具有较高的多态水平,能够用于近缘种遗传多样性研究、品种指纹分析和核桃属种间关系研究。 相似文献
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用磁珠富集法筛选的19对微卫星引物和从GenBank搜索12个微卫星引物检测广东4个地方鹅品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离(DA),分析其遗传多样性。结果表明,31个微卫星引物中有25个微卫星引物在4个鹅群体中的多态信息含量均为中度多态,可作为有效的遗传标记用于各鹅品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。4个广东地方鹅品种的平均杂合为0.611 9-0.672 7,均较高,最高的是乌棕鹅(0.672 7),最低的是阳江鹅(0.611 9),且杂合度的高低与PIC的大小体现了较高的一致性,表明广东4个地方鹅品种均具有丰富的遗传多样性;4个鹅品种被聚为2类:狮头鹅和乌棕鹅聚为第1类,阳江鹅和马冈鹅聚为第2类。 相似文献
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西藏披碱草属野生牧草种质资源的遗传多样性分析与分子聚类研究 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】了解西藏披碱草属野生牧草的遗传多样性及其数量、分布规律。【方法】以披碱草基因组DNA为模板,利用微卫星(Microsatellite)分子标记对搜集到的9份西藏披碱草属野生牧草及8份对照材料进行遗传多样性研究,统计了不同引物对供试材料的扩增结果,分析了西藏的9个披碱草居群间的遗传距离、遗传相似系数,并对所有17个居群进行了UPGMA聚类。【结果】试验共筛选32对引物,其中14对引物有扩增条带,具有多态性且扩增效果较好的引物有8对。用筛选出的8对引物对供试的17份材料进行微卫星分析,共检测出69个等位基因,平均每对引物所产生的等位基因数为8.6个;西藏9个居群间的遗传相似系数为0.273~0.900。UPGMA聚类分析表明,在相似系数阈值为0.58时,9份材料可大致分为3类。【结论】西藏披碱草属野生牧草种质资源具有较高的遗传多样性。 相似文献
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为了对长江中长吻鮠的遗传多样性和遗传结构进行深入的分析,同时为长江三峡大坝建成后鱼类资源保护提供有效的遗传背景资料,选用8对长吻鮠微卫星引物对长江上游及长江中下游的长吻鮠4个群体进行遗传多样性分析。8对长吻鮠微卫星引物在长吻鮠4个群体共86个样本中扩增出清晰稳定的条带,且个体间表现出不同程度的多态性;长吻鮠4个群体(重庆、石首、武汉、九江)的平均等位基因数分别为7.3、5.6、4.8、3.3,观测杂合度分别为0.732、0.312、0.681、0.877。同时基于遗传距离所进行的聚类分析显示:长江中下游的石首、武汉和九江群体关系较近,而长江上游的重庆群体与中下游的3个群体关系较远。综合来看,长江水系中长吻鮠群体的遗传多样性较贫乏。 相似文献
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本研究对微卫星标记分析畜禽遗传多样性的方法、步骤、度量指标与影响因素及解决对策进行分析讨论,并对微卫星标记在绵、山羊遗传多样性上的应用与研究进展作了概述,为遗传育种工作提供参考依据。 相似文献
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以位于北回归线穿越的广西中部西江流域的来宾市五里塘285份普通野生稻样本为材料,利用平均分布于水稻12条染色体上的24个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示：24对微卫星标记引物共检测到73个等位基因,平均每对引物得到3个,平均多态信息含量（PIC）为0．4177,平均遗传杂合度（H）为0．4245,说明这些普通野生稻材料中有丰富的遗传多样性。通过逐步聚类分析,从285份材料中选出30份作为核心种质,该核心种质包含了24个微卫星标记能够检测到的所有基因突变位点,基本上可以代表该居群的遗传多样性。研究结果对居群的种质评估、遗传多样性保护和资源利用提供了参考依据。鉴于广西来宾市五里塘普通野生稻遗传多样性较丰富,建议对该原生地的现有居群进行重点保护和利用。 相似文献
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选用10个微卫星引物对四川白鹅、豁眼鹅、莱茵鹅、朗德鹅、扬州鹅5个鹅品种进行遗传多样性分析。结果表明:5个鹅品种的10个微卫星座位共检测到272个等位基因,平均基因数为5.4个,5个鹅品种在10个微卫星座位上的基因频率存在一定差异,其平均基因杂合度为0.708 1,平均多态信息含量为0.661 8。其中,扬州鹅平均基因杂合度最高,为0.756 8,遗传多样性最丰富;朗德鹅平均遗传杂合度最低,为0.670 7。 相似文献
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[目的]探讨种群遗传研究中微卫星数据分析方法。[方法]详细阐述了4个微卫星数据处理常用软件FSTAT、ARLEQUIN、BOT-TLENECK和STRUCTURE的原理、功能和使用方法。并介绍了3个数据转换软件,指出其可与上述分析软件进行数据文件的转换,便于研究种群遗传和入侵生态的相关人员进行数据分析。[结果]这些分析软件可便捷、科学地揭示种群遗传变异和分化、影响种群遗传的因素以及解决种群来源和进化等关键问题。[结论]该研究为快速简便地进行种群遗传研究的微卫星数据分析提供了方法。 相似文献
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荧光标记多重PCR技术的优化研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了增强微卫星标记检测遗传多样性的图谱清晰度;同时,增强不同引物之间扩增条件的一致性和提高工作效率,我们建立并优化了荧光标记多重PCR技术.结果证明:通过这种方法可以显著提高条带的判别效率;增强图谱的清晰度;由于减小了不同引物之间扩增条件的差异,可使不同的引物扩增图谱放在一起进行综合分析.另外用ABI 3100序列分析仪来分析微卫星扩增产物,大大减少了工作量,提高了判断基因型的准确性.本文以中国黄牛的遗传多样性检测为例,比较了荧光多重PCR技术的优缺点和限制因素. 相似文献
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为了对极小种群野生植物富民枳(Poncirus polyandra)采取合理有效的保护措施,采用SSR分子标记作为遗传完整性检测标记,研究不同梯度的有效样本量对微卫星分析中遗传多样性指标的影响。本研究利用5对SSR引物,对65份富民枳种质材料进行遗传完整性检测,并对富民枳种植资源遗传多样性的微卫星数据进行分析。结果表明:随着有效样本量的增加,有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态性信息量和Shannon信息指数等遗传指标均随之增加,有效样本量与遗传多样性指标呈显著正相关。当以有效等位基因数、多态性信息量(PI,C)和Shannon多样性指数等来衡量时,有效样本量29株为曲线的拐点,此时代表了95%以上的遗传多样性水平;而以观测杂合度和期望杂合度来衡量时,有效样本量为25株时,便达到了该总体遗传多样性水平的95%以上。综合分析表明,富民枳的有效样本量以25~29株较为合适,目前富民枳的种质保存是合理有效的。 相似文献
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用红鳍东方(Takifugu rubripes)微卫星标记对两个不同群体红鳍东方的DNA多态性进行分析。经20对引物的扩增,得到每个个体的微卫星片段,其中16对引物能扩增出较好的谱带。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析。计算得到两个群体的平均等位基因数分别为1.875 0和2.437 5;多态信息含量(PIC)平均值分别为0.275 1和0.379 4;平均杂合度观测值分别为0.025和0.200。统计结果初步表明两个不同群体平均杂合度较低,遗传多态性不高。 相似文献
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采用扩增稳定且谱带清晰的18对SSR引物,对360份山葡萄资源进行遗传多样性分析.用逐级压缩法选择核心种质,比较了样本数不同的5个核心样本群的等位基因数、等位基因频率、有效等位基因数、Nei's 遗传多样性和Shannor's信息指数等参数,最终选择了79个样本组成的样本群作为核心种质.用DPS软件对初始种质和核心种质... 相似文献
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红鳍东方鲀微卫星DNA多态性初步分析 总被引：5，自引：0，他引：5
用红鳍东方(Takifugu rubripes)微卫星标记对两个不同群体红鳍东方的DNA多态性进行分析。经20对引物的扩增,得到每个个体的微卫星片段,其中16对引物能扩增出较好的谱带。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析。计算得到两个群体的平均等位基因数分别为1.875 0和2.437 5;多态信息含量(PIC)平均值分别为0.275 1和0.379 4;平均杂合度观测值分别为0.025和0.200。统计结果初步表明两个不同群体平均杂合度较低,遗传多态性不高。 相似文献
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基于SSR标记的楸树遗传多样性及核心种质构建 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SSR标记对192个楸树种质资源进行遗传多样性和亲缘关系研究。试验筛选出13对引物对192份供试材料进行扩增,共获得89个等位基因位点,有效等位基因平均为3.795 9,Shannon’s多样性指数平均值为0.506 6;Nei’s遗传多样性平均值为0.667 7。用MEGA6.0软件对192份楸树材料进行遗传距离分析,通过聚类分析构建出供试材料楸树种质资源间的聚类图。利用SSR分子标记,采用多次聚类结合位点优先的取样策略,比较了样本数不同的4个核心样本群的等位基因数、有效等位基因数、Shannon’s指数和Nei’s遗传多样等参数,初步构建了192份楸树种质材料的46份核心种质。核心种质保留了初始种质23.96%的样品。 相似文献
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【目的】分析我国不同省(区)的薄皮甜瓜种质资源遗传多样性,为今后薄皮甜瓜的种质资源收集及遗传改良和高效利用提供理论依据。【方法】以来自我国不同省(区)的133份薄皮甜瓜种质为材料,从98对SSR引物中筛选得到12对多态性较高的引物,利用TP-M13-SSR分子标记技术对133份薄皮甜瓜种质材料进行遗传多样性分析,并根据Nei’s遗传距离(D)进行聚类分析,以Structure软件的混合模型聚类法分析其群体遗传结构。【结果】利用12对引物从133份薄皮甜瓜种质材料中共扩增出的等位基因数(Na)为54个,平均每对引物4.5个,有效等位基因数(Ne)为1.120~2.234,平均为1.533;观测杂合度(Ho)为0.023~0.466,平均为0.217;期望杂合度(He)为0.107~0.552,平均为0.319,香农信息指数(I)范围为0.267~1.237,平均为0.642;各位点的多态性信息含量(PIC)为0.104~0.531,平均为0.295,大多数位点表现为中度多态性。聚类分析结果显示,133份薄皮甜瓜种质材料被分为两大类群,第Ⅰ类群为4份厚薄皮甜瓜材料,第Ⅱ类群为129份薄皮甜瓜材料。群体遗传结构分析结果显示,当K=4时,△K出现明显的峰值,说明133份薄皮甜瓜种质材料分为4个组群较合适;133份材料中大部分材料的Q值大于0.6。【结论】供试的12对SSR引物表现为中度多态性,需要用更多的分子标记才能有效鉴别薄皮甜瓜材料。133份薄皮甜瓜种质材料遗传结构较为单一,遗传多样性较低,可能存在同物异名的材料,今后应加强对遗传背景差异大、亲缘关系远的种质资源的发掘利用。 相似文献
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HE Xin-hua GUO Yong-ze LI Yang-rui OU Shi-jin 《中国农业科学(英文版)》2007,6(2):137-142
Chloroplast inter-simple sequence repeat markers in mango were developed and used to analyze the genetic relationship and diversity of mango and its relatives. Thirty-six mango cultivars （Mangifera indica L.） and its relative species collected from the fruit germplasm collection in the Guangxi Academy of Agricultural Sciences, China, were examined by ISSR-PCR with chloroplast DNA （cpDNA）. Eight better primers for chloroplast DNA that provided reproducible, polymorphic DNA amplification patterns were screened from 50 ISSR primers and used for UPGMA analysis. According to the band patterns with 8 primers for chloroplast DNA, all cultivars tested were distinguished from each other and these showed ample genetic diversity; the average percentage of polymorphism was 77.2%. The 36 samples could be clustered into four groups by UPGMA analysis at the coefficient 0.74. The results indicated that the cplSSR marker was a new powerful tool for the identification of mango cultivars or its relative species, and their genetic relationship analysis and diversity evaluation. 相似文献
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微卫星标记在人工养殖小体鲟种群的数据分析方法比较和遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为获得可用于小体鲟Acipenser ruthenus种群遗传多样性分析的微卫星分子标记,采用跨种PCR扩增的方法从已发表的近缘种微卫星DNA标记引物中筛选得到13个具有多态性的位点,同时为了探讨更适合多倍体样品的微卫星数据读取方法,分别采用比例法和补齐法对微卫星数据进行分析。结果表明:两种数据读取方法的分析结果无显著性差异(P0.05);本研究中选用补齐法对小体鲟种群遗传多样性进行分析,结果显示,小体鲟种群等位基因数(Na)从5个到30个不等,表观杂合度(H_O)范围为0.089 6~0.940 3,平均为0.648 0,期望杂合度(H_e)范围为0.085 2~0.912 6,平均为0.719 3,种群Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数(d)平均为-0.098 0,种群多态信息含量(PIC)平均为0.702 8;筛选得到的13个微卫星位点是适用于小体鲟种群遗传研究的具有多态性的良好分子标记。研究表明,被检测的小体鲟养殖种群存在一定程度的近交现象,建议通过引进不同来源亲本加以改善,以增加种群遗传多样性的丰富度。 相似文献
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中国8个地方驴种遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析 总被引：17，自引：0，他引：17
【目的】为分析我国驴品种的遗传多样性和系统发生关系。【方法】利用24对微卫星标记，采用PCR扩增，用非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳、银染法显色，对中国8个大、中型驴品种遗传多样性进行了检测，统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数（E），利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）和群体间的遗传距离（DA）。利用DISPAN软件，采用邻接法构建系统发生树，并进行了系统发生分析。【结果】结果表明，24对微卫星座位在8个驴品种中的多态信息含量除NVHEQ18为中度多态外，其余23对微卫星均为高度多态；8个驴种的平均PIC（0.6940）、h(0.7119)和E（3.94），基因多态性和遗传多样性相对较高；大型品种关中驴、晋南驴、广灵驴、德州驴和中型品种庆阳驴聚为一类，中型品种泌阳驴、淮阳驴和佳米驴聚为另一类，各驴种的分子系统发生关系与其育成史和地理分布基本一致。【结论】24对微卫星座位可作为有效的遗传标记用于各个驴品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。 相似文献