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为了对山杨的幼苗进行早期的性别鉴定,通过寻找与杨属性别染色体相关的分子标记,试着鉴定山杨的雌雄。采用SSR结合BSA技术对96个山杨个体(雌性各48个)进行性别差异标记的筛选,发现1对引物(BPCA90)在雄基因池扩增出差异条带。利用引物BPCA90检测待测样品的微卫星标记基因型,若检测得到长度约550 bp的单一片段为雄性,未检测到长度约550 bp的单一片段为雌性,从而完成对山杨的雌雄性别的鉴别。整个鉴定过程操作简单,方法鉴别率为100%,且得到条带结果清晰、鉴定过程特异性高、重复性好、稳定性强。 相似文献
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基于SSR分子标记对西瓜杂交种早佳8424纯度的高通量鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】建立西瓜杂交种早佳8424纯度SSR分子标记鉴定体系,满足制种单位种子真实性和纯度的高通量快速准确鉴定的需求。【方法】以早佳8424及其双亲为材料,筛选条带清晰扩增稳定的多态性SSR标记,优化DNA提取和PCR扩增体系,并与传统田间鉴定结果进行比较,验证其准确性。【结果】从72对SSR引物中筛选获得4对在早佳8424上表现为双亲互补带型的引物,分布于第5、第6和第9条染色体上,片段大小约100~300 bp。将扩增片段大小不同的引物组合进行双重或多重PCR扩增,获得4个双重PCR组合。将SSR分子标记WS27+MCPI-05组合对192株种植于温室中的早佳8424杂交种纯度进行鉴定,同田间传统鉴定结果一致。【结论】筛选获得的SSR标记及其组合结合碱裂解法提取DNA可用于早佳8424西瓜杂交种纯度鉴定,效率高,操作简便且可高通量流水作业。 相似文献
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【目的】运用SSR( Simple sequence repeat) 分子标记关联分析204份海岛棉种质资源的抗枯萎病性状,为抗枯萎病棉花育种材料的利用、分子标记辅助选择提供参考。【方法】采用前期实验室研究的抗病基因序列,设计出40对SSR分子标记,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测筛选标记引物特异性,并鉴定204份海岛棉种质资源。【结果】(1)从40对引物中筛选出6对引物具有多态性,多次重复后选用CHS-04和CHS-05两个分子标记,均来自类黄酮代谢途径;(2)引物CHS-04扩增条带与群体抗病性一致率介于41.67%~52.94%,平均值为46.67%;引物CHS-05扩增条带与群体材料一致率介于30.39%~54.68%,平均值为35.78%。【结论】引物CHS-04和CHS-05可以作为海岛棉枯萎病抗性的分子标记鉴定指标。 相似文献
4.
【目的】研究与猕猴桃抗溃疡病基因连锁的SSR分子标记,为猕猴桃抗病育种提供早期分子筛选标记。【方法】以易感病的雌株西选二号和抗病的雄株SX45872杂交F1代的198株群体以及40份猕猴桃材料为试材,利用离体接种法进行抗性鉴定。利用SSR(Simple sequence repeat)技术,结合集群分类分析法(Bulked segregation analysis,BSA)进行猕猴桃抗溃疡病基因(PR)分子标记筛选。【结果】抗性鉴定结果表明,猕猴桃溃疡病抗/感病分离比符合由1对主效基因控制的1∶1分离比例。通过对51对SSR引物的筛选,获得了与抗溃疡病基因连锁的SSR分子标记UDK97-428116;将获得的SSR标记在40份猕猴桃材料中进行验证,分子标记结果与离体枝条接种结果一致率达95.5%,从而验证了该标记的可靠性。【结论】SSR标记UDK97-428116可用于猕猴桃材料溃疡病抗性鉴定和分子标记辅助育种。 相似文献
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【目的】分析甘蓝杂交种纯度的SSR分子标记鉴定结果与田间形态学鉴定结果的一致性,寻找一种快速、准确鉴定甘蓝杂交种纯度的方法。【方法】选用SSR分子标记,筛选杂交种具有父母本互补带型的引物,用其鉴定“秦甘50”杂交种的纯度,并与田间常规鉴定结果的一致性进行比较。【结果】300对SSR分子标记引物中,有1对引物SQ1019对“秦甘50”杂交种表现为父母本互补带型;利用引物SQ1019标记鉴定“秦甘50”大田杂交种的纯度为96.3%;“秦甘50”大田杂交种经田间鉴定纯度为96.0%,2种鉴定结果的一致性高达99.7%。【结论】SQ1019是SSR分子标记“秦甘50”杂交种的特异引物,SSR分子标记是一种快速、准确鉴定“秦甘50”杂交种纯度的方法,其结果与田间常规鉴定结果相一致。 相似文献
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甘蓝型油菜“甘杂1号”种子纯度的SSR鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】建立有效的鉴定"甘杂1号"种子纯度的SSR分子标记方法,为提高"甘杂1号"大田制种纯度提供分子辅助工具。【方法】以"甘杂1号"杂交种及其母本3131A和父本3116C种子为供试材料,利用SSR分子标记技术鉴定"甘杂1号"种子纯度,从200对引物中筛选出特异性强、稳定性高的SSR引物,并将SSR引物鉴定的"甘杂1号"种子纯度与田间种植鉴定结果进行比较。【结果】在200对SSR引物中,筛选出了2对在杂交种和父母本之间存在显著差异的引物(CB10569和Na12E03),且条带清晰可辨,即杂交种含有父母本的特异互补带型。将这2个引物在120株"甘杂1号"杂交种群体中进行重复验证,发现CB10569和Na12E03 2对引物鉴定出"甘杂1号"的种子纯度分别为82%,79.5%。SSR标记的鉴定结果与田间种植鉴定结果(83%)基本一致。【结论】得到的2对SSR引物CB10569和Na12E03,可用于甘蓝型油菜品种"甘杂1号"种子纯度的鉴定。 相似文献
8.
采用已知性别的120份山桐子（Idesia polycarpa Maxim.）样品，检验了2个已报道UBC841和STZ分子标记在山桐子性别鉴定中的通用性。同时，分析了大量简单重复序列间区扩增多态性（ISSR）和相关序列扩增多态性（SRAP）标记在山桐子雌雄株中的多态性。结果表明，UBC841标记在24份山桐子样品中可检测到多态性条带，但未检测到雌雄性别特异性条带；STZ标记可在部分样本中扩增出目的条带，但未表现出雌雄株性别特异性；说明这2组标记均未表现出良好的通用性，雌雄性别鉴别准确率较低。此外，筛选了26条ISSR引物和780对SRAP引物组，也未能获得雌雄性别特异标记，说明采用通用型分子标记ISSR和SRAP在山桐子中较难筛选到稳定、可靠的性别特异的标记。 相似文献
9.
【目的】比较SSR和SCoT分子标记在美洲黑杨×青杨派杂种无性系遗传差异性分析上的应用性。【方法】利用SSR和SCoT标记,对9个美洲黑杨×青杨派杂种无性系及3个亲本的遗传差异性进行分析。【结果】筛选出的12对SSR引物对供试杨树材料共扩增出94条清晰条带,其中多态性条带85条,多态性比率达到90%,标记指数为3.19;筛选出的14条SCoT引物对供试杨树材料共扩增出清晰条带127条,其中多态性条带95条,多态性比率达到75%,标记指数为2.72。聚类分析表明,SSR和SCoT分子标记得出12个无性系的遗传相似系数分别为0.44~0.80和0.40~0.87,平均遗传相似系数分别为0.62和0.64;在相似系数平均值处,SSR和SCoT分子标记将12个杨树材料分别分为3大类和5大类。Mantel检测显示,2种分子标记在12个无性系间的遗传相似性显著相关(r=0.501 3,P=0.003)。【结论】这2种分子标记均适合美洲黑杨×青杨派杂种无性系鉴定和遗传多样性研究,但SSR标记的多态性比率和标记效率均高于SCoT标记。 相似文献
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《南方农业学报》2015,(9)
【目的】分析、鉴定茄子杂种F1纯度,为提高茄子杂交育种效率提供参考依据。【方法】在育苗期,采用SSR分子标记技术对栽培茄×栽培茄正、反杂交种和野生茄×栽培茄杂交种进行纯度鉴定及亲缘关系分析。【结果】从124对SSR引物中筛选出15对在亲本间存在差异、扩增稳定、条带清晰的引物;从210株杂种F1单株中共鉴定出208株真杂种,杂种纯度为99.0%,鉴定结果与田间性状调查结果一致;栽培茄×栽培茄正、反交组合的F1与亲本的亲缘关系均较近,遗传关系差别微小;野生茄×栽培茄组合的F1与父本的亲缘关系均较远,且表现出偏母本遗传。【结论】SSR分子标记技术能快速、准确鉴定茄子杂交后代的纯度,可作为分子标记辅助育种手段用于指导选择符合茄子育种目标的优良杂交品种选育。 相似文献
11.
【目的】‘汇丰 2 号’辣椒为杂交一代新品种，具有中早熟、抗病性强、耐储运和品质佳等特性，深受农户和消费者喜爱。为保障种子质量，拟建立一套快速、简便的种子纯度和真实性鉴定方法。【方法】基于辣椒基因组已公开的 SSR 分子标记资源，以‘汇丰 2 号’父、母本为材料，筛选多态明显、条带清晰且扩增稳定的 SSR 标记，对‘汇丰 2 号’杂交种子进行纯度鉴定，并结合田间形态鉴定验证分子标记鉴定的准确性。此外，利用筛选出的 SSR 标记对‘粤红 1 号’、‘汇丰 1 号’、‘汇丰 2 号’和‘汇丰 5 号’4 个品种进行真实性鉴定。【结果】筛选出 2 个 SSR 标记 L0143 和 L0622，其多态明显，且条带清晰、扩增稳定。其中，标记L0143 在母本 W2280 中 PCR 扩增条带为 149 bp，在父本 W2102 中的扩增条带为 141 bp；标记 L0622 在母本和父本中的扩增条带分别为 208 bp 和 196 bp。2 个标记单独使用时均可以准确鉴定‘汇丰 2 号’种子纯度，且 2个标记同时使用可以将‘粤红 1 号’、‘汇丰 1 号’、‘汇丰 2 号’和‘汇丰 5 号’4 个品种区分开，即可鉴定它们的真实性。【结论】筛选出的 SSR 分子标记 L0143 和 L0622 能够快速、准确、低成本、有效的对‘汇丰 2 号’杂交种子进行纯度和真实性鉴定，该鉴定方法操作简单，能够替代传统杂交种子纯度和真实性鉴定的方法，具有较高的商业应用前景。 相似文献
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用于河南省小麦品种特异性和一致性鉴定的SSR分子标记研究 总被引：3，自引：0，他引：3
【目的】研究可用于小麦品种特异性和一致性鉴定的SSR分子标记特点,筛选出适合河南省小麦品种DUS测定的SSR分子标记。【方法】以18份来源于河南省小麦骨干品种周麦13和周麦16亲缘关系较近的小麦品种为试验材料,选用252对SSR标记进行筛选,分析可用于小麦品种特异性和一致性鉴定的SSR分子标记的特点,对鉴别力较高的标记进行稳定性分析,进而确定出可用于河南省小麦品种DUS测定的骨干引物,并以10份来源于周麦13和周麦16亲缘关系较近的高代品系和41份河南省60年以来的大面积推广品种对骨干引物分辨能力作进一步验证。【结果】SSR分子标记对品种的鉴别力与多态位点数之间存在着极显著的正相关,从252对引物中得到6对特异性和一致性测定表现较好的骨干引物：Xwmc679、Xwmc574、Xgwm497、Xwmc388、Xwmc500、Xgwm637,利用这6对SSR引物可以将本试验所采用的69份小麦材料区别开。【结论】SSR分子标记对品种的鉴别力与多态位点数之间存在着极显著的正相关,Xwmc679、Xwmc574、Xgwm497、Xwmc388、Xwmc500和Xgwm637这6对引物具有较好的品种鉴别力和稳定性,可用于河南省小麦品种特异性和一致性鉴定。 相似文献
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利用分子标记技术鉴定“秋白80”大白菜杂种一代的纯度。用41对SSR引物对“秋白80”正反交及其亲本混合池ＤＮＡ模板进行扩增，从中筛选出1对可将亲本和杂交种有效区分开的引物BrID111757,其对杂交种扩增产生亲本互补的特征带，上述条带均在杂种一代中出现。用这对引物对100个“秋白80”的幼苗进行纯度鉴定，发现分子标记鉴定结果与田间调查结果一致。因此，筛选出的SSR 引物BrID111757可用于大白菜品种“秋白80”的纯度鉴定。 相似文献
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多花黑麦草DUS测定中SSR标记品种鉴定比较分析 总被引：7，自引：2，他引：5
【目的】多花黑麦草是具世界栽培意义的牧草,但因异花授粉特性,育种材料的频繁交流导致品种间的遗传差异越来越小,传统农艺性状进行品种鉴定变得越来越困难。高效、快速有效地鉴定品种对实现育种目标具有重要作用,可为辅助多花黑麦草品种DUS测试和品种鉴定、知识产权保护等提供科学依据。【方法】基于SSR标记具有稳定性强、多态性高和共显性特点,对6个国审骨干多花黑麦草品种采用30株混合取样策略,每个品种以不同单株构成的30株混合样本量进行3次重复试验,以重复试验中至少出现2次的频率高的强带进行统计,从165对多花黑麦草SSR引物中,筛选出20对引物用于多花黑麦草品种鉴定。并采用30株单株样本扩增与30株混合样本扩增相结合的方法,加之扩增结果的比对,进行品种的鉴定分析。【结果】利用13-07A、01-06D和15-08C引物对6个多花黑麦草品种进行30株单株和30株混合取样对比性分析表明,混合株的某些条带相对于单株条带更为明显,且条带数更多,但也易出现一些弥散带,单株扩增中出现频率在40%及以上的条带则会在混合样本中出现;3组混合取样结果表明,20对SSR引物共扩增出143条清晰可辨条带,其中多态性条带127条,多态性条带的比率为88.81%,每对引物扩增的条带数为5-11,平均为7.15条,平均多态性条带为6.35条,平均多态性信息含量（PIC）为0.571,有的引物虽多态性信息含量较低,但稳定性好,3组混合样本扩增结果几乎一致;6个多花黑麦草品种的遗传相似系数范围为0.4755-0.7552,遗传相似系数最大的为邦德和阿德纳,遗传相似系数最小的为长江2号和特高。在平均遗传相似系数为0.615时可以将6个多花黑麦草品种划分为三大类：第Ⅰ类包括安格斯1号、邦德、阿德纳、达伯瑞;第Ⅱ类是长江2号;第Ⅲ类是特高。20对引物中有9对引物可以直接进行6个品种的鉴定,而其余的引物只能鉴别其中的3个或4个,则可通过不同引物的组合提高鉴别能力。【结论】对于异花授粉植物,多态性并非衡量引物有效性的唯一标准,引物稳定性也是衡量引物有效性的重要指标;相对于单株取样法,采用混合取样法进行品种鉴定更为有效;筛选出的20对SSR引物可以明确区分供试材料,采用SSR分子标记对多花黑麦草进行品种鉴定分析具有可行性。 相似文献
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【目的】 利用SSR标记技术开展19个葡萄品种(系)的指纹图谱构建,为种苗认证、品种登记和植物新品种保护提供依据。【方法】 以19个葡萄品种(系)为试材,利用16对SSR标记荧光引物,对其进行PCR扩增和毛细管电泳,获得指纹条带,构建指纹图谱,并筛选可以将19个品种(系)区分的引物组合,绘制种质分子身份证数字码。【结果】 从16对SSR标记引物选择了VRZAG67、VVS2、VVMD7、VCHR4a、VVMD5等5对多态性信息量相对较高的SSR标记,完成了品种(系)的指纹图谱构建,并对其进行了赋值编码,形成了身份识别码。【结论】 构建的指纹图谱和分子身份证可以鉴定和区别19个品种(系),但由于葡萄种质较多,如果继续区别更多的品种,需要增加的 SSR 引物数量。 相似文献
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柑橘品种鉴定的SSR标记开发和指纹图谱库构建 总被引：3，自引：0，他引：3
【目的】筛选出一套SSR核心引物,用于构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,为柑橘种苗认证、品种登记和植物新品种保护提供技术支撑。【方法】以柑橘属8个主要栽培种类为试材进行PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测,筛选出多态性丰富、扩增条带稳定的引物对部分参试品种进行PCR扩增,扩增产物通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行进一步的引物筛选;筛选得到的引物进行荧光标记,并选用部分柑橘品种进行PCR扩增,扩增产物利用基因分析仪检测,分别计算各引物的PIC值、等位基因数目,选取一套多态性丰富的适合进行荧光毛细管电泳检测的SSR引物组合,进而对所有参试品种进行分析,构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,同时利用筛选的SSR标记对参试品种进行鉴定。【结果】初期以柑橘属8个种的代表品种(太田椪柑、沙田柚、沅江酸橙、大红甜橙、邓肯葡萄柚、枸橼、费米耐劳柠檬和墨西哥来檬)为材料,用362对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经4%琼脂糖凝胶电泳检测,初步筛选出80对种间多态性高、扩增稳定的SSR引物;进一步从8个种类里选择不同类型的64个柑橘品种,用上述筛选出的80对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,再筛选出60对品种类型间多态性高、扩增稳定、条带清晰的SSR引物,并分别进行荧光标记;另以168份柑橘品种为材料对上述60对SSR引物进行PCR扩增,经荧光毛细管电泳检测,依据各引物的PIC值、等位基因数目、峰图读取难易程度、扩增稳定性及染色体位置等,最终筛选出21对SSR引物作为指纹图谱库构建的核心引物。为消除不同仪器、不同试验批次等引起的误差,为21对SSR引物各主要等位变异选择相应的参照品种。根据各引物标记的荧光颜色及扩增片段大小进行合理组合,21对SSR引物可分成5组进行多重电泳,共采集500份柑橘品种的DNA指纹。利用SSR标记,有111份品种仅用1对引物即可鉴别,86份品种用2对引物组合即可鉴别,24份品种用3对引物组合即可鉴别,另外279份品种虽无法单独一一鉴别,但可分为87个小组,组内品种无法区分,组间品种易鉴别。【结论】利用筛选出的21对SSR核心引物,构建了包含500份柑橘品种的DNA指纹图谱库,筛选出部分品种的特异标记,可以鉴别221份柑橘品种和87个品种组合,构建了基于毛细管电泳平台的柑橘SSR分子标记品种鉴定体系。 相似文献
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基于SSR标记的甜瓜品种（系）DNA指纹图谱库的构建 总被引：6，自引：1，他引：6
【目的】建立甜瓜品种的DNA指纹图谱数据库,实现对甜瓜品种进行快速、准确的鉴定。【方法】应用SSR分子标记技术,首先利用20份具有代表性的甜瓜品种（系）筛选SSR引物,然后对105份不同甜瓜品种（系）进行指纹图谱的构建。【结果】从1 219对SSR引物中筛选出18对引物为105份材料形成了多态性的指纹图谱,其中每对引物可以检测到4-14条数目不等的多态性条带,平均为9条;多态性信息含量（PIC）平均为0.68,变化范围为0.55-0.82。105份材料间的相似系数为0.70-0.99。利用这18对SSR核心引物构建的指纹图谱库能够有效区分所有供试材料,并且为每份材料建立了一份独特的指纹图谱。【结论】SSR标记适于构建甜瓜品种 （系）的DNA指纹图谱库,可为甜瓜品种鉴定提供依据。 相似文献
19.
【目的】利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对取自国家果树种质南京桃资源圃的79份种质进行基因分型和遗传多样性分析,筛选出多态性高的引物可用于桃品种间鉴定、亲缘关系分析,并用于分子标记辅助选种体系建立。【方法】对母本‘中油4号’进行从头测序,以物理距离1 Mb为单位在全基因组范围内开发SSR标记。以79个桃品种为材料进行PCR扩增,扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳检测后筛选目标条带清晰且多态性丰富的标记。对筛选出的标记进行5′端荧光修饰,PCR产物在ABI3730XL测序仪测序,实现对标记的复筛。利用Genemapper 4.0软件对测序结果进行统计,Data Formater 2.1软件将统计得到的bp数据转换成Power Marker v3.25软件所需要的数据格式。对筛选出的引物进行多态性分析,选择多态信息含量（PIC）大于0.45的荧光SSR引物作为79份种质材料的核心引物。以Nei’s为参数,利用NTSYSpc 2.1软件中的UPDM聚类方法分析品种间的遗传多样性。利用基于贝叶斯模型的Structure v2.3.4软件解析79份种质的居群遗传结构。【结果】基于79份种质,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳对覆盖全基因的SSR标记进行初筛,共筛选出207对多态性良好的引物;利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对207对引物进行复筛,最终筛选出26对核心引物,利用其中5对核心引物可将79份品种完全区分开。26对SSR核心引物在79份桃种质中共扩增出174种多态性基因型,每对引物扩增出的基因型为4—13种,平均每对引物扩增出6.69个基因型,每对引物的多态信息含量PIC在0.45以上。基于207对SSR引物在79份种质中扩增出的位点信息,构建了79份种质的遗传关系图谱和居群遗传结构图。207对引物从遗传距离上将79份种质划分为7组,从居群结构上分为2组。79份品种遗传多样性较高,部分品种聚类结果与系谱图相符。【结论】构建了79份材料的聚类分析图和居群遗传结构图,在一定程度上揭示了79份材料的亲缘关系。由于桃复杂的遗传背景,不能依据单一特性对品种间亲缘关系进行判定。本研究筛选出的26对核心引物可用于全基因组范围内连锁性状的鉴定、桃种质资源鉴定、新品种鉴定及保护、分子标记辅助育种体系构建。 相似文献
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沙田柚杂交后代群体的SSR鉴定与遗传多样性分析 总被引：5，自引：0，他引：5
【目的】利用SSR标记对沙田柚杂交后代群体进行杂种鉴定和遗传多样性研究,为柑橘种质创新和遗传改良提供技术、材料和理论支持。【方法】利用SSR技术分析沙田柚两个杂交组合159株后代的杂种性质,采用UPGMA聚类分析法分析后代群体和亲本的遗传关系。【结果】4对引物可以从104株沙田柚×强德勒柚的杂交后代鉴定出103株真杂种,鉴定率达到99.04%,且在引物AGC9的扩增图谱中有70个单株出现了双亲都没有的新条带;5对引物可鉴定出沙田柚×红江橙的全部杂交后代均为真杂种,一个纯合显性标记AAT12被发现,在引物GA18和AGC9的扩增结果中出现了亲本位点的缺失;UPGMA聚类分析结果显示,两个杂交组合后代群体均出现较显著的遗传变异,两个组合的遗传多样性也有较大的差异。【结论】SSR标记适合柑橘杂种的鉴定和遗传多样性分析,杂交是获得柑橘遗传变异株系的有效途径。 相似文献