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1.
豌豆ISSR-PCR反应体系的建立和优化 总被引：1，自引：0，他引：1
以豌豆(Pisum sativum L.)DNA为材料,对影响其ISSR-PCR反应体系中的5种主要因素(模板DNA量、引物浓度、dNTPs浓度、Taq酶量、退火温度)进行优化,最终确定了豌豆ISSR-PCR反应的最佳体系(20 μL)为:15 ng模板DNA, 0.15 mmol·L-1dNTP, 0.5 μmol·L-1ISSR引物, 1 U Taq DNA聚合酶,引物842号的最适退火温度为50℃。该体系的建立为今后利用ISSR技术进行豌豆属种质资源的遗传多样性分析、遗传图谱构建和基因定位奠定了技术基础。 相似文献
2.
三角紫叶酢浆草ISSR反应体系的建立与优化 总被引：3，自引：0，他引：3
采用正交设计直观分析法,对影响三角紫叶酢浆草ISSR-PCR反应较大的5个因素(Mg2+、Taq酶、引物、模板DNA、dNTP)在5个水平上进行优化实验;从100个随机引物中筛选出适宜的引物,并筛选出其最佳退火温度;最后对反应程序进行优化。由此首次建立了适合三角紫叶酢浆草的ISSR-PCR反应体系:25 μL反应液中含10×buffer 2.5 μL,Mg2+ 1.25 mmol/L,Taq酶0.9 U,引物0.3 μmol/L,模板DNA 60～100 ng,dNTP 0.25 mmol/L。反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性50 s,退火时间60 s(根据不同引物选择对应最佳退火温度),72℃延伸1.5 min,循环40次;72℃延伸7 min,4℃保存。这一优化系统的建立为今后利用ISSR标记技术研究酢浆草属植物提供理论依据和技术参考。 相似文献
3.
采用正交试验与单因素、双因素设计结合的方法,对白羊草ISSR-PCR反应体系的Mg2+、dNTP、模板DNA、Taq DNA聚合酶及引物5种主要因素进行优化。确立了白羊草最佳反应体系及扩增程序:25μL体系中dNTP 0.2mmol/L、Taq酶1.0U、引物0.6μmol/L、Mg2+2.5mmol/L、DNA模板30ng、10×PCR Buffer 2.5μL;扩增程序:94℃预变性5min,94℃变性45s,50～60℃(退火温度随引物不同而定)退火60s,72℃延伸90s,共35个循环,72℃后延伸5min。 相似文献
4.
东方蜜蜂ISSR反应体系的建立及优化 总被引：1，自引：0，他引：1
以东方蜜蜂(Apis cerana)为材料,对影响ISSR-PCR扩增结果的因素如模版DNA、Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物的浓度及退火温度进行了研究.确立了适合东方蜜蜂ISSR扩增的反应体系:25IX L反应体系中最适含量为:10×PCR buffer 2.5μL,2.5mmol/L MgCl2,0.2 mmol/L dNTPs,1UTaqDNA聚合酶,0.4 pmol/μL引物,20～40 ng模板DNA.PCR反应程序为:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,52.3℃(引物UBC811优化后的退火温度,退火温度随引物不同而定)退火30 s,72℃延伸30 s,35个循环,72℃再延伸5 min,在4℃保存.优化体系的建立为进一步利用ISSR分子标记技术进行东方蜜蜂遗传多样性研究奠定了基础. 相似文献
5.
鹰嘴豆(Cicer arietinum)ISSR反应体系的建立可以为鹰嘴豆种质资源遗传多样性分析、遗传图谱构建和基因定位提供理论依据和技术参考。本研究以CTAB法提取的鹰嘴豆DNA为模板,采用L16(45)正交设计直观分析法,对鹰嘴豆ISSR-PCR反应中的4个主要因素(Mg2+浓度,引物浓度,TaqDNA聚合酶浓度,dNTPs浓度)在4个水平上进行优化,并在最优ISSR-PCR反应体系的基础上对引物UBC826的最适退火温度进行筛选。结果表明:Mg2+和引物浓度对PCR扩增结果有显著影响,dNTPs和Taq酶的浓度变化对PCR扩增结果无显著影响。鹰嘴豆ISSR-PCR优化反应体系(25 μL)为:3 mmol·L-1 Mg2+,0.2 mmol·L-1 dNTP,0.24 μmol·L-1引物,2 U Taq DNA聚合酶。UBC826最适退火温度为56℃。 相似文献
6.
马蔺ISSR-PCR反应体系的建立与优化 总被引：6，自引：3，他引：3
根据正交试验设计原理,设计探索正交试验和细调正交试验以确定马蔺(Iris lacteal Pall.var.chinensis(Fisch.)Koidz)ISSR-PCR反应体系中各成分的浓度,从dNTP、Taq酶、Pri mers、Mg2+4种因素对马蔺ISSR反应体系进行了优化,得到适合马蔺的ISSR-PCR最佳反应体系,即25μl的反应体系中含有dNTP 0.3 mmol/L、Taq酶1.5 U、Pri mers 0.4μmol/L、Mg2+2.5 mmol/L以及1×buffer和50 ng模板DNA。通过对马蔺ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火试验,得到这条引物的最佳退火温度为52℃。这一体系的建立为今后利用ISSR标记技术研究马蔺遗传多样性奠定了基础。 相似文献
7.
用单因素设计法对影响杨桃SCoT-PCR反应体系的主要因素Mg2+, dNTPs,引物, Taq DNA 聚合酶及DNA 模板浓度进行优化。结果表明,适于杨桃研究的SCoT-PCR最佳反应体系为：总体积为20μL的反应体系中,含2.5mmol/L Mg2+,0.3mmol/L dNTPs,30mg/L模板DNA,1.00μmol/L引物和0.4U Taq DNA聚合酶。用不同引物及杨桃DNA对该体系进行验证,扩增条带清晰,结果稳定可靠,证明该反应体系适用于杨桃SCoT-PCR扩增。 相似文献
8.
22个虉草基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,采用单因素试验方法,对影响PCR扩增体系中dNTP、引物浓度、Taq酶和模板DNA用量4个因素及引物退火温度进行梯度试验,优化得到最佳的ISSR-PCR反应体系,即20μL反应体系中分别加入0.3μL Taq DNA聚合酶(5U/μL),2μL 10×PCR Buffer(mg2+plus),1.5μL dNTP(2.5mmol/L),1.5μL引物(10pmol/μL),50ng模板DNA,ddH2O补足体积。以此体系对24条引物进行筛选,最终获得了多态性高,重复性好的引物12条。引物UBC808、809、811、815、818、820、826的适宜退火温度为55℃,引物835,841和842的适宜退火温度为56℃,而引物810和834的适且退火温度分别为52℃和54℃。12条引物共扩增总条带数192条,其中,多态性条带数173条,多态位点百分率89.81%。 相似文献
9.
以CTAB法提取的本氏针茅(Stipa bungeana Trin.)基因组DNA为模板,采用正交试验设计和单因素分析相结合的方法,对影响本氏针茅ISSR-PCR反应体系中的DNA、Taq酶、dNTPs、引物和Mg2+进行优化,旨在建立适合本氏针茅ISSR-PCR分析的最佳反应体系。结果表明,在20μL的反应体系中各组分的浓度分别为:DNA(20ng/μL)2.5μL、Taq DNA酶(5U/μL)0.1μL、dNTPs(2.5mmol/L)1.6μL、引物(10μmol/L)2.3μL、Mg2+(25mmol/L)1.4μL、10×Buffer 2.5μL、ddH2O 9.6μL。经过体系验证和引物筛选试验表明该体系适于本氏针茅遗传多样性分析,该体系的建立为本氏针茅种质资源遗传多样性研究提供了理论基础。 相似文献
10.
以崇明白山羊基因组DNA为模板,利用正交试验设计L16(45),对影响崇明白山羊SSR-PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP及引物的浓度)进行优化。结合单因素完全随机试验筛选各因素的最佳水平,针对MCB3224引物建立了崇明白山羊SSR-PCR的最佳反应体系。结果表明:在20μL的反应体系中,5个因素的最佳水平分别为Taq DNA聚合酶0.5 U、Mg2+2.5 mmol/L、模板DNA 30 ng、dNTP 0.20 mmol/L,引物0.8 mol/L;引物的最佳退火温度为57.3℃。利用16份崇明白山羊的DNA模板和2个微卫星引物验证此反应体系,聚丙烯酰胺凝胶电泳,结果显示该体系稳定可靠且普适性较好。 相似文献
11.
百脉根ISSR-PCR反应体系的建立与优化 总被引：1，自引：0，他引：1
运用L16(45)正交设计对百脉根ISSR反应的5个因素,即DNA模板浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶浓度在4个水平上进行优化实验,通过不同反应体系扩增效果比较,最终确定在20uL体系中各反应物的最适含量为:40ng模板DNA、2μL 10×PCR Buffer、0.15mmol/LdNTPs、0.75μmol/L ISSR引物、1.5mmol/L MgCl2、1UTaqDNA聚合酶。该体系的建立为今后利用ISSR技术进行百脉根属种质资源的遗传多样性分析奠定了技术基础。 相似文献
12.
槲树DNA SSR-PCR反应体系的正交优化 总被引：1，自引：0，他引：1
利用正交设计L16(45)对槲树(Quercus dentata Thunb.)基因组DNASSR-PCR反应体系的5个因素(Tap酶,Mg2+,,模板DNA,dNTP,引物)在4个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了槲树模板DNASSR-PCR反应的最佳体系(20μL):60ng模板DNA,2mmol/LMg2+,0.075U/μLTaq酶,0.4mmol/L dNTP,引物浓度0.1μmol/L。对槲树DNASSR-PCR最佳反应体系的退火温度进行了梯度试验,最佳退火温度为51.3℃。 相似文献
13.
不同秋眠性苜蓿SRAP体系优化及遗传多样性分析 总被引：10，自引：4，他引：6
用改良CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法提取苜蓿基因组DNA,用L16(45)正交设计,研究了模板DNA、dNTPs、Mg2+、Taq酶和引物的浓度对扩增迁移率重现性的影响,结果表明,在20 μL体系中含有50 ng DNA、1.4 mmol/L Mg2+、1.2 U Taq酶、0.4 mmol/L dNTPs和0.25 μmol/L浓度的引物最为稳定,重现率达到100%。利用最佳体系从100对引物中筛选出8对在34个苜蓿上扩增效果好的引物,共扩增出87个SRAP标记,有84个多态性位点。聚类分析结果表明,来自安徽和江苏两地的野生南苜蓿和其他栽培苜蓿的遗传差异最大,单独聚为一类;其他32个苜蓿品种在相似系数0.68附近聚为3个亚群,秋眠型苜蓿品种主要分布在第2个亚群中,半秋眠和非秋眠型苜蓿品种分布散乱,并不表现出成族分布,表明秋眠性与苜蓿的亲缘关系不完全一致。 相似文献
14.
假俭草ISSR-PCR反应体系的建立与优化 总被引：6，自引：4，他引：2
以假俭草为材料,对影响ISSR—PCR扩增结果的因素进行了探讨,建立了适合假俭草ISSR—PCR分析的最佳反应体系。表明在20弘L总体积中,包含40ng模板DNA、ISSR引物0．4umol／L、dNTPs0．1mmol／L、Mg^2＋1．0mmol／L、0．1U TaqDNA聚合酶和10×buffer 2．0uL。扩增条件为．94℃预变性5min;94℃变性45s,55℃退火45s,72℃延伸1．5min,35个循环;72℃延伸7min。 相似文献
15.
以裸果木新鲜叶片为材料,采用改进CTAB法提取基因组DNA,在参考一般RAPD分析反应程序的基础上,研究了裸果木RAPD分析过程中的影响因素Taq酶、Mg2+、dNTP、引物、模板DNA浓度、变性时间等,建立了适于裸果木RAPD反应的PCR体系:模板DNA为4ng/μL,引物浓度为0.3μmol/L,dNTP浓度为0.5mmol/L,Mg2+浓度为2.0mmol/L,Taq酶用量为1U,ddH2O补足25μL;94℃预变性5min,94℃变性45s,36℃退火40s,72℃延伸1min,共30个循环,最后72℃延伸10min,扩增结果稳定。 相似文献
16.
采用L9(34)正交试验设计方法,对草地早熟禾(Poa pratensis)基因组DNA SRAP PCR反应体系中的Taq DNA聚合酶、Mg2+、引物及dNTP四因素的用量进行优化,并比较不同模板DNA用量对扩增的影响,建立草地早熟禾SRAP PCR最佳反应体系,同时,利用该体系对SRAP引物进行筛选。结果表明,草地早熟禾SRAP PCR最佳反应体系为Taq DNA聚合酶1.0 U、Mg2+ 1.75 mmol·L-1、引物0.25 μmol·L-1、dNTP 220 μmol·L-1、40 ng模板DNA、2 μL 10×PCR buffer,总体积20 μL。运用该体系从100对SRAP引物中筛选出43对引物能够产生清晰稳定的扩增条带且多态性丰富。优化体系的建立及引物的筛选可为今后利用SRAP标记技术对草地早熟禾进行遗传多样性分析、图谱构建、种质资源鉴定奠定技术基础。 相似文献