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1.
为挖掘甜瓜抗枯萎病相关基因,本研究以高抗枯萎病自交系YN为母本,高感枯萎病自交系CG为父本构建F2群体,基于F2群体分别构建极端高抗混池和高感混池,对子代混池和双亲池开展30×覆盖深度的全基因组重测序,通过计算2个子代池的SNP-index,比较SNP-index在高抗池与高感池染色体各区段的差异,定位与抗病性的关联区域,根据基因注释信息,预测候选基因。结果表明4个样本获得的SNP位点和InDel分别在91万～250万个之间和17万～45万个之间。基于SNP-index关联分析,在99%的置信区间内将候选区域定位到甜瓜染色体Chr.9的1个区间,总长度为1.37 Mb,位于1～1 370 000 bp区间,包含197个基因,SNP-inDel位点数7 442个。通过对候选区域内的基因进行KEGG、GO数据库分析发现,候选基因分别被注释到18个生物学进程、9个细胞组分和6个分子功能中;主要参与氨基酸生物合成、氨基酸代谢、酯类代谢、糖类代谢等,经分析在候选区域内与抗病性相关的基因共有22个,3个与F-box基因相关,3个水解蛋白相关基因,4个乙烯... 相似文献
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本研究以甘蓝型油菜黄色花株系16G097和桔黄色花株系J为亲本,回交获得BC1F1世代花色分离群体。对该分离群体的花色差异单株,通过混池分离分析法(BSA)与全基因组重测序(QTL-seq)技术,对桔黄色花性状调控基因进行初步的遗传分析。结果表明,一个主要的候选区域位于甘蓝型油菜的C09染色体区域(C09:4.64~8.28 Mb)。根据该区域的插入/缺失(InDel)变异位点,开发InDel分子标记,经过筛选获得与桔黄色花性状连锁的共显性分子标记2个(BnaC0919, BnaC0934),这个结果也验证了桔黄花色调控基因的候选区域。这些研究结果有利于进一步分离桔黄花色调控基因的候选区段,并为甘蓝型油菜遗传学研究和分子育种提供有价值的资源。 相似文献
3.
《作物学报》2021,(8)
豆卷叶螟(Lamprosema indicata Fabricius)是重要的大豆食叶性害虫,挖掘大豆抗豆卷叶螟相关基因对大豆抗虫品种选育和遗传改良至关重要。本研究用大豆高抗豆卷叶螟材料赶泰-2-2和高感豆卷叶螟材料皖82-178进行杂交构建F2代分离群体,从303个F2代单株中挑选出高抗豆卷叶螟和高感豆卷叶螟的单株各30株,分别构建2个极端性状的DNA混合池用于全基因组重测序以分析控制豆卷叶螟相关的候选基因。结果表明, 4个样本中共有11,963,077个单核苷酸多态性(SNPs)标记,根据SNP-index方法关联分析,共有329个基因位于99%置信区间外,这些基因主要集中在7号染色体5,601,065～5,865,237bp区间(总长为0.26Mb)、16号染色体2,975,110～6,336,096bp区间(总长为3.36Mb)、18号染色体44,366,115～54,297,600bp区间(总长为9.93Mb)等区域内。将BSA-Seq结果与转录组测序结果进行联合分析发现,有12个基因相关联;最后,结合生物信息学分析、候选基因的表达模式和基因的同源注释,锁定CNGC4、WRKY16转录因子、AAP7、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶、ZPR1B等12个基因为控制豆卷叶螟性状相关的候选基因。本研究结果不仅为解析大豆抗豆卷叶螟的分子机理奠定重要的基础,也将为大豆抗虫基因的克隆奠定坚实的理论基础。 相似文献
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甘蓝型油菜结角高度与荚层厚度的全基因组关联分析 总被引：1，自引：0，他引：1
角果是油菜重要的光合作用和种子存储器官,对油菜产量具有重要贡献。本研究以412份具有代表性的甘蓝型油菜品种(系)为材料,利用芸薹属60K Illumina Infinium SNP芯片对其基因型分析,并对油菜结角高度和角果层厚度进行全基因组关联分析。结果共检测到16个显著关联的SNP,其中重庆环境下分别检测到2个和4个SNP与结角高度和结角层厚度显著关联,单个SNP解释的表型变异为5.61%~5.69%和5.94%~6.31%。云南环境下分别检测到5个和1个显著关联的SNP,单个标记解释的表型变异为12.66%~13.97%和22.43%。对2个环境的结角高度差和结角层厚度差共检测到3个和1个与性状显著相关的SNP,它们对表型变异的解释率分别为17.33%~20.32%和29.05%。其中,环境间结角厚度差的关联SNP与重庆环境结角层厚度的1个显著关联SNP位于同一LD区间。各显著关联标记LD区段的多个基因调节植物细胞组织发生、花分生组织发育、角果数目和多器官发育,如NSN1、TPST和SAC1等,它们可能通过上述功能影响油菜花序或角果的生长发育,导致结角高度或结角层厚度差异。本研究发掘的这些位点和候选基因可作为影响油菜结角高度和角果层厚度的重要候选区域和基因,为揭示油菜结角性状的遗传基础和分子机制,提高油菜单位面积产量奠定了基础。 相似文献
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《分子植物育种》2021,19(15):5071-5076
荚粒数是食用豆产量性状的构成因子,是食用豆遗传改良的育种目标之一。目前,调控绿豆荚粒数形成的遗传网络和分子基础尚不清楚。通过构建绿豆突变体库,本研究筛选获得了荚粒增加突变体snpp1,遗传分析发现该突变体受半显性基因控制。通过构建F2代分离群体,筛选群体中的极端单株构建2个DNA混池(每个池包含35个极端单株),利用全基因组重测序结合集团分离分析法,将SNPP1基因初步定位在绿豆5号染色体上3.49 Mb (92 640～3 584 000 bp)区域,包含233个注释基因。本研究将为进一步克隆SNPP1基因提供参考,为绿豆高产品种培育提供新的基因资源。 相似文献
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碱基插入/缺失(InDel)是基因组上广泛分布的遗传变异形式。但甘蓝型油菜白花基因InDel连锁标记还未见有关研究报道。本研究以甘蓝型油菜双单倍体(doubledhaploid,DH)纯系黄花Y05和甘蓝型油菜纯系白花W01杂交构建F2群体。在F2群体中选取30株极端纯白花和30株极端纯黄花构建叶片DNA子代池,对亲本和DNA子代池进行30×重测序。以法国甘蓝型油菜Darmor-bzh为参考序列, QTL-seq流程和PoPoolation2流程相互结合鉴定白花基因候选区间, 2种方法均将白花基因定位于法国甘蓝型油菜Darmor-bzh C03染色体52～54 Mb区间。利用IGV软件可视化白花基因候选区间插入缺失(InDel)变异位点,依据候选区间序列信息设计InDel引物,聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选到8个与白花基因连锁共分离的InDel标记。上述研究为甘蓝型油菜白花基因精细定位和分子标记辅助选育以及白花基因功能标记开发奠定了研究基础和工作思路。 相似文献
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干旱胁迫严重限制了甘蓝型油菜种植面积的扩大和产量的提升。耐旱性是由多基因控制的复杂数量性状,将QTL定位与转录组测序相结合,是鉴定甘蓝型油菜耐旱候选基因的有效手段。本研究对甘蓝型油菜干旱敏感品系三六矮和耐旱品系科里纳-2构建的F2:6和F2:8重组自交系群体幼苗进行正常灌溉和干旱胁迫处理,测定地上部鲜重、地上部干重、叶片相对含水量、丙二醛和可溶性糖含量,利用SSR和SNP多态性分子标记构建遗传连锁图谱,鉴定耐旱相关QTL和候选区间,结合耐旱材料No11和干旱敏感材料No28的转录组测序,筛选耐旱相关候选基因。研究结果表明:干旱胁迫使甘蓝型油菜幼苗地上部鲜重、地上部干重和叶片相对含水量下降,使叶片丙二醛和可溶性糖含量上升;耐旱相关QTL和候选区间分布于A01、A02、A06、A08、A09、A10、C02、C03、C04、C06和C09染色体;对耐旱材料和干旱敏感材料正常灌溉、干旱24 h、36 h和48 h进行转录组分析,主要差异表达基因显著富集到光合作用、脂肪酸代谢、氨基酸代谢、植物激素信号转导、核糖体、昼夜节律及角质、木栓素和蜡质的生物合... 相似文献
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白粉病是油用亚麻的主要病害之一，但由于抗病资源缺乏及相关基因挖掘与利用目前还较为欠缺，严重制约了油用亚麻抗白粉病育种。鉴于此，以前期EMS诱变所获得高抗白粉病材料H98-1与极感白粉病材料D367为亲本，采用混池分组分析法（bulked segreant analysis,BSA）对亲本和抗感F2混池开展全基因组重测序，通过关联分析方法确定了抗病基因的候选区域；进一步采用BLAST软件对候选区间内的编码基因进行深度注释，鉴定出抗白粉病候选基因。结果表明，H98-1抗白粉病性状相关的候选区域主要位于油用亚麻2号染色体12 436 438～12 438 246、12 475 667～12 476 462、12 478 211～12 479 109区间及4号染色体上14 120 916～18 541 859区间内，总长度4.43Mb，包含844个基因，这些基因主要参与次生代谢物生物合成、运输和分解代谢、蛋白质转运、信号转导等过程。经基因注释、代谢通路分析及文献分析，筛选出11个可能与油用亚麻抗白粉病相关基因。 相似文献
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甘蓝型油菜盐胁迫下幼苗鲜重和干重QTL定位及候选基因分析 总被引：3，自引：0，他引：3
盐胁迫是非生物胁迫中影响作物产量的一个主要因素,利用分子标记方法选育油菜耐盐品种对提高油菜产量具有重要意义。选用来自GH06与P174杂交后通过单粒传法连续自交获得的高世代重组自交系群体,以含16 g L–1Na Cl的Hoagland溶液培养幼苗进行盐胁迫处理25 d后,分别测定叶和根的鲜重及干重,根据已构建的高密度SNP遗传连锁图谱进行QTL定位,在QTL物理区间筛选耐盐相关基因并以极端表型材料进行q RT-PCR分析。采用复合区间作图法(CIM),在对照和盐胁迫处理中共检测到19个QTL,其中与盐胁迫相关的有6个,可解释的表型变异7.16%~16.15%,分布在A02、A04和C03染色体上,将QTL置信区间序列和拟南芥中与盐胁迫相关的基因比对分析,共找到8个候选基因。对其中4个候选基因在极端表型材料中的表达分析表明,BnaA02g14680D与BnaA02g14490D基因在盐胁迫处理后的48 h或72 h表达量均高于对照组,即基因的表达由盐胁迫引起,而BnaC03g64030D在敏感型材料中的相对表达量高于在耐盐型材料中,BnaC03g62830D在敏感型材料中没有明显变化,但在耐盐型材料中呈现先升高后降低的表达特征,其表达可能会增强植株对盐胁迫的耐受力。本研究为油菜耐盐基因功能挖掘和油菜耐盐品种选育奠定基础。 相似文献
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In this paper 60 doubled haploid lines of oilseed rape (Brassica napus L.) were studied. Genetic parameters as additive and epistasis effects were estimated for nine quantitative traits. The results indicate the importance of both additive and epistasis gene effects of number of branches per plant, number of siliques per plant, number of seeds per silique and silique length in this study. 相似文献
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随着人们对作物产量的需求不断提高,氮肥被过量施用,而作物的氮素利用率(NUE)却在不断降低。本研究从低氮胁迫下油菜的生理变化入手,结合高通量的数字基因表达谱测序技术,分析了油菜在低氮0、3、72h下的转录组差异响应,鉴定了氮的吸收﹑转运﹑分配和转录因子等方面的差异表达基因。结果表明,甘蓝型油菜在低氮处理后,氮优先分配到地上部,硝酸还原酶(NR)活性显著降低,而谷氨酞胺合成酶(GS)活性升高,油菜植株总氮浓度降低, NUE升高。基因基因本位论(GO)功能与京都基因和基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析表明,地上部差异表达基因主要是参与代谢过程、蛋白结合、离子结合、阴离子结合等,根中差异表达基因主要是参与分子功能、初级代谢过程、离子结合、阴离子结合等。基因表达谱分析表明,低氮胁迫72 h后,根中BnaGLNs家族基因表达大部分升高;根中BnaWRKY33s和BnaWRKY70s的基因表达量降低;BnaMYB4s、BnaMYB44s和BnaMYB51s亚家族中的大部分基因的表达量降低;BnaNIAs家族中的大部分基因表达上调;在BnaNRT2.1s和BnaNRT3.1s亚家族中,根中BnaA6NRT2.1 (BnaA06g04560D)、BnaA6NRT2.1 (BnaA06g04570D)、BnaA2NRT3.1 (BnaA02g11760D)、BnaC2NRT3.1(BnaC02g16150D)的表达上调。同时,地上部和根发生外显子跳跃(SE),外显子选择性跳跃(MXE)类型的可变剪接积极加强对低氮的适应。总而言之,在低氮处理下,甘蓝型油菜可以通过调控BnaNRTs、BnaGLNs、BnaNIAs家族基因提高NUE,以及调控BnaMYBs、BnaWRKYs家族和可变剪接积极适应低氮胁迫。 相似文献
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Summary Hybridization between radish and oilseed rape has been cumbersome, requiring elaborate embryo rescue techniques. With a modified flower culture method, we have achieved successful hybridization between radish and (transgenic) oilseed rape without the laborious and technically demandingin vitro ovule or embryo rescue techniques.The hybrid nature of the intergeneric hybrids was demonstrated using morphological traits, and DNA analyses. The described method will facilitate the generation ofRaphanobrassica hybrids useful for biosafety studies of the potential for transgenes to spread in weedyCruciferae as well as for breeding programs aimed at introducing useful radish genes, e.g. nematode resistance genes, into oilseed rape. 相似文献
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本研究2016年-2017年以生态休眠状态下的‘夏黑’葡萄冬芽为试材,经单芽扦插处理、用转录组方法辅以生理指标测定,探讨了影响葡萄冬芽休眠解除的关键因子。单芽扦插7 d (EB1)和扦插14 d (EB2)后冬芽转录组测序均得到45 Mb以上的Clean Reads,经过滤、拼接、数据库比对均得到25 000以上转录本。从基因表达分析看EB2与EB1相比,1 051个基因上调表达,587个基因下调表达。差异表达基因(DEGs) GO富集分析发现葡萄冬芽自然休眠解除过程中DEGs主要富集在催化活性、结合、代谢过程和单有机体过程,进一步KEGG代谢途径分析发现植物信号转导途径是休眠解除的重要参与环节,尤其赤霉素(gibberellin,GA)和脱落酸(abscisic acid, ABA)代谢与休眠解除关系密切,芽子休眠解除过程中的内源激素变化和信号转导路径上相关基因qRT-PCR也验证了这一点。因此本研究认为内源激素和植物信号转导是调控葡萄冬芽自然休眠解除的重要因子之一。 相似文献
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杜仲(Eucommia ulmoides)的果实是提取杜仲胶和杜仲籽油的重要原材料,在工业、医疗、食品等领域开发前景广阔。为了揭示雌蕊原基发育相关基因的表达情况,本研究以杜仲果用良种‘华仲6号’(Huazhong No.6)为材料,利用lllumina Hiseq X-10高通量测序平台,分别对花序原基分化期和雌蕊原基分化期的花芽进行转录组测序,通过生物信息学对2个发育时期的雌花芽转录组进行比较分析,筛选出与杜仲雌蕊原基发育相关的差异基因。结果显示,转录组测序共获得68.11 Gb数据,各样品的Clean reads与杜仲基因组进行序列比对,比对效率为91.59%~92.05%,同时2个发育时期共筛选出485个差异表达基因,其中219个差异基因在雌蕊原基分化期表达上调,266个表达下调。差异基因GO富集结果表明,花的发育、光周期现象、激素生物合成以及蛋白结合转录因子活性等相关的生物途径被富集。KEGG富集结果表明淀粉和蔗糖代谢、碳代谢、昼夜节律和植物激素信号转导等代谢通路被富集。结果表明光周期途径是诱导杜仲成花的重要途径,且雌蕊原基发育受碳水化合物、植物激素和其他代谢物质调控。本研究为杜仲花器官发育调控基因的挖掘提供了基础数据,也为果用杜仲的分子育种提供了参考。 相似文献
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本研究以木薯花芽与叶芽为材料,通过Illumina HiSeqTM4000测序平台对其进行转录组测序,结果获得高质量序列45 010 506个、碱基数13.46 Gb,GC含量在43.5%以上、比对效率在78%以上。筛选得到3 782个差异表达基因(DEGs),其中上调2 409个、下调1 373个。DEGs涉及的主要功能有一般功能预测,翻译,复制、重组与修复,信号传导机制,次生产物合成、运输与代谢,翻译后修饰、蛋白质周转和分子伴侣,氨基酸运输与代谢,碳水化合物运输与代谢。DEGs显著富集的KEGG通路主要有植物激素信号传导、苯丙烷类生物合成、淀粉和蔗糖代谢、苯丙氨酸代谢、氨基酸的生物合成和碳代谢。获得植物开花相关基因47个,其中39个上调表达、8个下调表达。研究结果在一定程度上解析了木薯花芽分化的分子机制,并为后续的深入研究提供了基础数据。 相似文献
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The genotypic variability in nectar secretion among 71 genotypes of winter oilseed rapes was tested for floral nectar volume, sugar composition and concentration. Differences were found between seed quality genotypes: double low [99] oilseed rape varieties tended to secrete much more nectar than single low [0 +] and double high [++] varieties. Male-sterile lines (Ogura CMS) secreted one-half to one-third the amount of their isogenic male-fertile counterparts. Restored lines behaved as conventional rape varieties. On average, amounts of nectar were 2 μl/flower and ranged from 0.7 to 6 μl/flower. Among the genotypes under test, the male-sterile lines were not the least productive. The analysis of (Samourai) winter oilseed rape showed that total sugar concentrations in nectar were highest at the beginning of the flowering period (30g/100 ml) and lowest towards the end (10g/100 ml). At a given date, total sugar contents in nectar of [0 +] varieties were significantly higher than those of [++] varieties and were due to higher fructose contents. Differences between genotypes within the same type also occurred, depending on the day of sampling. Oilseed rape nectar was confirmed to be predominantly composed of hexose (glucose and fructose). From the results of these investigations, it is concluded that the opportunity exists to select oilseed rape genotypes, including male-sterile lines, that secrete sufficient amounts of nectar to attract honey-bees to ensure pollination of male-sterile lines for hybrid seed production. 相似文献