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1.
【目的】研究妊娠期小鼠灌喂鼠李糖乳杆菌至分娩前对小鼠粪便中菌群多样性和物种丰度的影响。【方法】选择体重相近(23.33±1.55) g,配种日期相同的昆明妊娠小白鼠30只,将30只妊娠小鼠随机分为2组,每组15只,分别为对照组和试验组。在相同的饲养条件和日粮营养水平下,对照组饲喂基础日粮,试验组饲喂基础日粮的基础上灌喂0.5 mL含有0.125 g鼠李糖乳杆菌的灭菌生理盐水,试验期21 d。【结果】(1)灌喂鼠李糖乳杆菌对小鼠粪便菌群多样性无显著性影响(P>0.05),但降低了试验组Simpson指数。(2)在门水平上,厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门的丰度之和在90%以上,厚壁菌门试验组显著高于对照组(P<0.05),但拟杆菌菌门和变形菌门试验组分别比对照组降低了21.95%(P<0.05)、26.15%(P<0.05)。在科水平上,毛螺菌科、乳酸细菌科和韦荣球菌科试验组显著高于对照组(P<0.05)。在属水平上,乳酸杆菌属、未确定毛螺菌科属与Lachnoclostridium试验组显著高于对照组(P<0.05)。【结论】妊娠期小鼠灌喂鼠李糖乳杆菌,对小鼠粪便菌群多样性无显著性影响,但可以提高小鼠肠道细菌物种丰度,对厚壁菌门、毛螺菌科、乳酸细菌科、韦荣球菌科、乳酸杆菌属、未确定毛螺菌科属和Lachnoclostridium丰度具有显著性影响。 相似文献
2.
【目的】采用高通量测序技术研究放牧与舍饲条件下夏洛莱牛肠道微生物多样性及差异。【方法】选取新疆塔城地区健康的舍饲夏洛莱牛(CB组)和放牧夏洛莱牛(CG组)各5头,分别采集CB、CG组每头夏洛莱牛的直肠粪便,提取微生物总DNA,通过Illumina HiSeq 测序技术,分析10个粪便样品的菌落结构及多样性。【结果】所有样本共检测出1 089个OTUs(CB:1 044、CG:1 087),归属于12门24纲33目57科170属的细菌。在门水平,厚壁菌门和拟杆菌门在2组中均为优势菌门,其次为疣微菌门、放线菌、广古菌门和变形菌门,在科水平的优势菌依次为瘤胃球菌科、理研菌科、毛螺菌科、消化链球菌科、普雷沃氏菌科、克里斯滕森菌科、拟杆菌科等;其中CB组中拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、理研菌科、消化链球菌科丰度显著高于CG组(P<0.05),CG组中厚壁菌门、瘤胃球菌科的丰度显著高于CB组(P<0.05)。【结论】舍饲夏洛莱牛和放牧夏洛莱牛肠道微生物结构与组成存在显著性差异,放牧夏洛莱牛肠道微生物具有更强的纤维消化的能力。 相似文献
3.
从云南昆明西郊野外捕捉6只成年野生树鼩,于中国科学院昆明灵长类研究中心人工驯养6个月。于刚捕捉回(野生组)和人工驯养6个月(驯养组)时,收集新鲜粪便样本,共12份,运用IlluminaMiSeq测序平台,以16S rRNA的V3–V4区域为目标进行高通量测序,比较分析树鼩在人工驯养前后粪便菌群的多样性及组成。结果表明:树鼩粪便菌群的OTU多样性Shannon指数和Simpson指数组间的差异均无统计学意义,野生组树鼩粪便菌群的OTU丰富度Chao指数、Ace指数、Sobs指数均显著高于驯养组的;PCo A主成分分析结果显示,野生树鼩与人工驯养树鼩的粪便菌群具有明显的差异,但同组内个体间的菌群差异不明显;在门水平上,树鼩粪便的优势菌门主要有厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门,但其在不同组树鼩粪便菌群的相对丰度不同;在纲水平上,野生组菌群主要有芽孢杆菌纲和拟杆菌纲,驯养组菌群主要有拟杆菌纲、梭菌纲和厌氧菌纲,γ–变形菌纲、厌氧菌纲相对丰度在2组间的差异有统计学意义(P0.05);在目水平上,野生组菌目主要有乳杆菌目和拟杆菌目,驯养组菌目主要有拟杆菌目和梭菌目,驯养组的Selenomonadales相对丰度显著高于野生组的(P0.05);在科水平上,野生组菌科主要有链球菌科和普雷沃氏菌科,驯养组菌科主要有普雷沃氏菌科和韦荣氏球菌科,驯养组的韦荣氏球菌科相对丰度显著高于野生组的(P0.05);在属水平上,野生组菌属主要有链球菌属和乳球菌属,驯养组菌属主要有普雷沃菌属和巨单胞菌属,野生组的链球菌属相对丰度极显著高于驯养组的(P0.01),驯养组的巨单胞菌属相对丰度显著高于野生组的(P0.05)。可见,野生树鼩经过人工驯养后,粪便微生物区系中的一些菌群发生了变化,菌群结构与野生组有差异,但不显著,粪便菌群结构变化呈简单化的趋势。 相似文献
4.
【目的】探究复合益生菌对超早期断奶（7 d）杜藏乳仔猪肠道微生物多样性及物种丰度的影响,以减轻乳仔猪断奶应激,为微生物饲料添加剂的研发提供科学依据。【方法】选取7日龄杜藏乳仔猪30头,随机分为3组,每组10头。对照组（ZM组）随母猪哺乳,试验I组（ZD组）哺喂代乳粉,试验II组（ZY组）哺喂代乳粉+复合益生菌,试验周期21 d。试验结束当天（28日龄）收集乳仔猪粪便,采用Illumina高通量测序分析粪便样品的菌群结构组成。【结果】Illumina高通量测序获得ZM组、ZY组和ZD组杜藏乳仔猪粪便样品共有OTU为327个,ZM组的特有OTU为247个,ZD组的特有OTU为84个,ZY组的特有OTU为96个。在门分类水平上,ZM组杜藏乳仔猪粪便样品中相对丰度最高的菌门为厚壁菌门,ZY组和ZD组为拟杆菌门;ZY组和ZD组的厚壁菌门/拟杆菌门比值分别为0.77和0.92,较ZM组（1.76）分别下降56.25%和47.73%。在属分类水平上,ZD组和ZY组杜藏乳仔猪粪便样品中的优势菌属为普氏菌属_9,ZM组则为乳杆菌属;ZD组杜藏乳仔猪粪便中布劳特氏菌属、肠球菌属和吉氏副拟杆菌属的相对丰度较其他2个处理组显著上升（P<0.05,下同）;而ZY组杜藏乳仔猪粪便中普雷沃氏菌科_NK3B31群、普雷沃氏菌科_UCG-003、厌氧弧菌属、罕见小球菌属、瘤胃菌科_NK4A214群、瘤胃菌科_UCG-005、未明确普雷沃氏菌科及Family_XIII_AD3011_group的相对丰度显著高于ZD组。【结论】在杜藏超早期断奶仔猪代乳粉中添加复合益生菌能有效提高其肠道菌群结构多样性,同时提高与碳水化合物代谢和产短链脂肪酸相关菌群的相对丰度,即复合益生菌具有潜在促进营养物质代谢和抗炎症的功能,可缩短消化道微生物区系由哺乳型向饲料型的转变历程。 相似文献
5.
【目的】探究藏猪和DLY猪结肠的消化酶活性、菌群结构和短链脂肪酸含量的差异,为2种猪的生产和理论研究提供参考。【方法】分别选取5头同一天分娩的藏仔猪和杜洛克×长白×约克三元杂交猪（DLY猪）,饲养至210日龄,称量藏猪和DLY猪的体质量,并计算2种猪的平均日增质量。将藏猪和DLY猪屠宰后采集结肠粪便样品,分别利用Elisa试剂盒、高通量测序技术和气相色谱法测定藏猪和DLY猪结肠消化酶（纤维素酶和半纤维素酶）活性、菌群结构和短链脂肪酸（乙酸、丙酸、异丁酸、丁酸、异戊酸和戊酸）含量,分析2种猪结肠中以上差异指标之间的相关性。【结果】DLY猪的平均日增质量显著高于藏猪（P＜0.05）。藏猪与DLY猪结肠中纤维素酶和半纤维酶的活性均无显著差异（P＞0.05）;藏猪结肠的6种Alpha多样性指数均显著高于DLY猪（P＜0.05）。在门分类水平上,相较于DLY猪,藏猪结肠中拟杆菌门、疣微菌门和蓝细菌门的相对丰度显著升高,而厚壁菌门、梭杆菌门和浮霉菌门的相对丰度显著降低（P＜0.05）;在科分类水平上,藏猪的普雷沃氏菌科、月形单胞菌科、红螺菌科、弯曲菌科、阿克曼氏菌科和紫单胞菌科相对丰度显著高于DLY猪,而瘤胃球菌科、梭菌科、消化链球菌科、肠杆菌科和浮霉状菌科相对丰度显著低于DLY猪（P＜0.05）。在属和种分类水平上,共有8个菌属和4个菌种在藏猪和DLY猪中存在显著差异,其中藏猪的月形单胞菌属、阿克曼氏菌属、弯曲杆菌属、马赛菌属、布劳特氏菌属以及纤维杆菌、普拉梭菌和罗伊氏乳杆菌相对丰度显著高于DLY猪,而梭菌属、艰难梭菌属、埃希氏菌属和大肠埃希氏菌相对丰度显著低于DLY猪（P＜0.05）。藏猪结肠中乙酸、丙酸和丁酸含量显著低于DLY猪（P＜0.05）。在藏猪和DLY猪结肠中,拟杆菌门与厚壁菌门相对丰度和丁酸含量存在极显著负相关性,而厚壁菌门相对丰度与丁酸含量存在极显著正相关性（P＜0.01）;厚壁菌门和梭菌属相对丰度与乙酸含量具有显著正相关性,而月形单胞菌属相对丰度与丙酸含量具有显著负相关性（P＜0.05）。【结论】在本试验条件下,藏猪和DLY猪结肠菌群结构及短链脂肪酸含量均存在差异,表明藏猪和DLY猪结肠微生物对营养物质消化影响可能不同。 相似文献
6.
为分析肠道菌群结构变化对大黄鱼Pseudosciaena crocea生长速度的影响,采用高通量测序的方法,对生长条件相同、生长速度不同的两组大黄鱼肠道菌群结构进行了研究。结果表明:生长缓慢组鱼肠道内菌群OTUs和菌群多样性指数Chao1显著高于生长正常组(P0.05),但两组间Shannon指数差异不显著(P0.05);变形菌门Proteobacteria、厚壁菌门Firmicutes、梭杆菌门Fusobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes为大黄鱼肠道内的优势菌群,其中变形菌门在两组鱼肠道内的相对丰度超过50%;两组大黄鱼肠道菌群结构变化主要集中在变形菌门、放线菌门Actinobacteria和蓝细菌门Cyanobacteria;科水平上的细菌相对丰度比较结果显示,变形菌门内的鞘脂单胞菌科Sphingomonadaceae、柄杆菌科Caulobacteraceae、丛毛单胞菌科Comamonadaceae、假单胞菌科Pseudomonadaceae和莫拉氏菌科Moraxellaceae在两组鱼肠道内的相对丰度差异显著(P0.05),其中莫拉氏菌科在生长缓慢组鱼肠道内的含量显著高于生长正常组(P0.05)。研究表明,不同生长速度的大黄鱼肠道菌群结构存在差异,生长缓慢组鱼肠道内菌群种类多于生长正常组;变形菌门内菌群变化与大黄鱼生长密切相关,莫拉氏菌科在鱼肠道内含量的变化可能是引起大黄鱼生长变慢的主要原因。 相似文献
7.
【目的】miR-146a作为抑炎因子,仍然不清楚其是否参与宿主与微生物间的互作,进而影响肠道稳态,因此本文旨在研究miR-146a对小鼠肠道菌群的影响。【方法】以肠道miR-146a特异性敲除小鼠(CKO鼠)及对照小鼠(Flox鼠)为研究对象,利用16S rRNA高通量测序法检测2组空肠段的微生物菌群分布。【结果】测序共获得1 134个用于物种分类的OTUs,包括37门、80纲、161目、198科、261属、117种的细菌;Flox组和CKO组小鼠的空肠微生物中共有46个相同的OTUs;各组肠道微生物中厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteroidota、疣微菌门Verrucomicrobiota、变形菌门Proteobacteria和脱硫杆菌门Desulfobacterota是优势菌门;2组肠道微生物群落组成整体相似,但CKO组梭状芽孢杆菌纲Clostridia的平均相对丰度高于Flox组(P=0.067),毛螺菌目Lachnospirales平均相对丰度显著高于Flox组(P<0.05),其他层级组成无显著差异。【结论】miR-146a敲除可改变宿主肠道梭状芽孢杆菌... 相似文献
8.
【目的】分析犏牛、黄牛和娟姗牛瘤胃微生物多样性的差异,并对菌群功能进行预测。【方法】选取甘南藏族自治州合作市同一牧场放养的生理状态正常、年龄相近（1.5岁左右）的犏牛、黄牛和娟姗牛各6头,抽取瘤胃液于冻存管,放入液氮保存。基于16S rRNA测序技术,对供试牛瘤胃液样本基因组DNA进行V3~V4区扩增及测序,对所得序列处理后进行OTU聚类分析和物种分类,并利用Tax4Fun对菌落的16S rRNA基因序列进行KEGG功能注释。【结果】Alpha多样性分析显示,犏牛瘤胃微生物多样性和丰富度显著高于黄牛和娟姗牛（P＜0.05）。门分类水平上,犏牛瘤胃液中厚壁菌门、脱硫杆菌门、疣微菌门、髌骨细菌门和纤维菌门显著高于黄牛（P＜0.05）,脱硫杆菌门和疣微菌门显著高于娟姗牛（P＜0.05）。属分类水平上的差异主要表现在厚壁菌门与拟杆菌门所属的各菌群中,犏牛瘤胃液中普雷沃菌属、瘤胃球菌属和解琥珀酸菌属丰度显著低于黄牛（P＜0.05）;理研菌科_RC9菌群丰度显著高于黄牛（P＜0.05）;犏牛和娟姗牛瘤胃中克里斯氏菌科_R-7菌群、瘤胃菌科_NK4A214菌群、g_norank_f_UCG-011和未分类毛螺菌科显著高于黄牛（P＜0.05）。瘤胃菌群功能预测发现,犏牛富集在碳水化合物代谢、核苷酸代谢和翻译二级通路上的功能丰度显著高于黄牛（P＜0.05）,但与娟姗牛差异不显著（P＞0.05）;黄牛二级通路中辅助因子和维生素的代谢功能丰度显著高于犏牛和娟姗牛（P＜0.05）。【结论】犏牛和黄牛间瘤胃菌群组成差异较大,娟姗牛菌群组成介于犏牛和黄牛之间;犏牛瘤胃菌群发酵最具优势,可能为其适应高原地区严酷的生存环境发挥了重要作用。 相似文献
9.
为揭示白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)感染克氏原螯虾(Procambarus clarkii)后对其肠道菌群的影响,运用16SrDNA基因的高通量测序技术分析健康与人工感染WSSV的克氏原螯虾的肠道菌群的组成及多样性。结果显示,感染组与对照组在肠道丰度及多样性无显著差异,但其优势菌群组成发生变化。对照组优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)和软壁菌门(Tenericute),分别占75.42%和19.17%;感染组肠道优势菌门为变形菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别占78.14%和17.38%。利用LEfSe分析差异菌属发现,感染组与对照组相比,Candidatus bacilloplasma丰度显著减少(P0.05),拟杆菌科(Bacteroidaceae)和黄杆菌科(Flavobacteria)的丰度显著上升(P0.05)。此外,部分潜在病原菌如黄杆菌属(Flavobacterium)、气单胞菌属(Aeromonas)的丰度在感染后显著升高(P0.05)。以上结果说明WSSV感染导致克氏原螯虾肠道菌群发生变化,提示WSSV或可通过干扰肠道稳态致病。 相似文献
10.
《西南农业学报》2021,(9)
【目的】本文旨在研究饲粮精粗比例对藏羔羊小肠细菌多样性的影响。【方法】选取210只早期断奶藏羔羊,随机分为7组,每组30只,分别给以精粗比例为80∶20、70∶30、60∶40、50∶50、40∶60、30∶70、20∶80的基础饲粮,预饲期10 d,试验期90 d。试验结束后,每组随机选择3只试验羊屠宰,采集小肠食靡样品,通过ITS高通量测序技术测定空肠细菌丰度及多样性指数。【结果】(1)Ace、Chao1指数变化趋势相似,精粗比40∶60组显著高于其余各处理组;各处理组间和组内Beta多样性没有明显差异(P0.05)。(2)对门水平细菌分布前十菌群门类进行显著性分析,各处理组优势菌门均为变形菌门,其丰度均大于30.7%,且60∶40组远高于其余各组(P0.05);酸杆菌门有随着精粗比降低而降低的趋势,但无显著性差异(P0.05);30∶70组厚壁菌门丰度显著高于其余各处理组(P0.05);80∶20、50∶50组软壁菌门丰度显著高于其余各组(P0.05);芽单胞菌门和绿弯菌门分布趋势相似,均为60∶40组显著高于其余各组(P0.05),且随着精粗比变化有先升高后降低的趋势。(3)科水平下:鞘脂单胞菌科为优势菌科,且60∶40组丰度高于其余各处理组(P0.05);支原体科各处理组无显著差异(P0.05),但80∶20、70∶30组分别有个体支原体菌科占据小肠细菌90%以上;80∶20组Pyrinomonadaceae最高(P0.05),且有随精粗比降低而丰度下降的趋势;黄色杆菌科30∶70组显著高于其余各处理组(P0.05);毛螺旋菌科40∶60组高于其余各组(P0.05),芽单胞菌科和噬几丁质菌科的丰度随着精粗比的增高,且在60∶40组时达到最高值(P0.05)。(4)小肠细菌功能基因集中于46个代谢途径,多集中于氨基酸代谢方面、碳水化合物代谢、生物膜转运等方面。【结论】探索了不同精粗比饲粮肠道微生物的组成和结构变化。在本试验条件下,随着饲粮精粗比变化,小肠微生物多样性和丰度均呈现不同程度变化,群落组成与结构也有相应的变化;当饲粮精粗比为60∶40时小肠微生物更适合定植生长。 相似文献
11.
基于MiSeq分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及群落结构 总被引：2，自引：0，他引：2
采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰度为拟杆菌门的(占总序列数的40.87%),其次为厚壁菌门的(27.19%),样品F最高相对丰度为拟杆菌门的(47.12%),其次为变形菌门的(19.99%),再次为厚壁菌门的(18.05%),样品A厚壁菌门的相对丰度极显著高于样品F的(P0.01);4)在属水平上,样品A与样品F的最高相对丰度均为普雷沃氏菌属的(样品A的为25.54%,样品F的为27.67%),样品A中月形单胞菌属、丁酸弧菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸弧菌属、琥珀酸菌属等的相对丰度显著高于样品F的(P0.05)。试验结果表明,川中黑山羊瘤胃中相对丰度最高的菌门为拟杆菌门,相对丰度最高的菌属为普雷沃氏菌属,且两瘤胃样品中部分细菌相对丰度间的差异显著。 相似文献
12.
研究添加来源于迪庆藏猪消化道的6种益生菌组合的复合益生菌对猪生长性能、粪便菌群微生物多样性及其代谢产物影响。采集不同处理的12头(每组6头,对照组,试验组)猪的粪便,利用高通量测序技术对粪便菌群多样性进行分析,利用非靶向代谢组学技术对粪便的差异代谢产物进行分析。结果表明:1)添加复合益生菌对猪的生长性能无显著影响;2)试验组粪便菌群的α多样性指数中ACE指数和Chao1指数显著提高(P0.05)。3)优势菌群分析发现:门水平上,拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度极显著上升(P0.01)。属水平上,理研菌科_RC9肠群(Rikenellaceae_RC9_gut-group)的相对丰度极显著提高(P0.01)。4)多级物种差异判别分析(LDA Effect Size,LEfSe)发现:两组粪便菌群的相对丰度差异显著(P0.05),LDA值大于2.0时,获得16个生物标记物,其中试验组获得6个生物标记物,对照组获得10个生物标记物。对照组和试验组LDA值最大的分别是毛螺菌科AC2044群(Lachnospiraceae_AC2044_group)和瘤胃球菌科_UCG_014(Ruminococcaceae_UCG_014)。5)偏最小二乘法判别分析(Partial least squares discrimination analysis,PLS-DA)发现,两组代谢物质差异显著(P0.05),添加复合益生菌后雌马酚(P0.05)和香豆素K(P0.01)的含量上调。综上,添加复合益生菌后,丰富了肠道菌群的物种丰度,提高了抗病菌(瘤胃球菌科_UCG_014和理研菌科_RC9肠群)的相对丰度,提高了与抗病(雌马酚)和抗真菌(香豆素K)相关代谢产物的相对含量,具有潜在的益生功能。 相似文献
13.
饲喂高蛋白饲粮对雏鹅盲肠微生物菌群的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】研究饲喂不同蛋白质质量分数的饲粮对雏鹅盲肠微生物菌群结构和数量的影响。【方法】选取1日龄雁鹅72只,随机分成3组:A、B和C组分别饲喂质量分数为16%、20%和24%的粗蛋白。在第14天每组取6只雁鹅盲肠内容物,进行细菌培养、分离和计数;另每组取3只雁鹅盲肠内容物,根据细菌16S rDNA的保守性设计引物,采用IlluminaHiSeq测序平台对细菌16S rDNA的V4区基因进行测序,根据序列进行微生物物种多样性分析。【结果】A、B和C组共获得1 066 175条高质量的细菌16S rDNA序列,3组共有操作分类单元(OTU)数目为1 013个,主成分1(PC1)对检测到的总微生物的贡献率为46.64%,主成分2(PC2)的贡献率为16.46%。门水平上的优势菌群为放线菌门Actinobacteria、拟杆菌Bacteroidetes、厚壁菌门Firmicutes、变形菌门Proteobacteria和疣微菌门Verrucomicrobia等;科水平上的优势菌群为拟杆菌科Bacteroidaceae、肠杆菌科Enterobacteriaceae、毛螺菌科Lachnospiraceae、疣微菌科Ruminococcacea和理研菌科Rikenellaceae;属水平上的优势菌群为艾克曼菌属Akkermansia、拟杆菌属Bacteroides、棒状杆菌Corynebacterium和乳酸菌属Lactococcus。与A组相比,C组双歧杆菌Bifidobacterium的数量显著降低(P0.05),C组大肠埃希菌Escherichia coli和沙门氏菌Salmonella数量显著升高(P0.05)。【结论】饲喂高蛋白饲粮使雏鹅盲肠微生物菌群多样性和丰度发生变化,使双歧杆菌和乳酸杆菌的数量减少,使大肠埃希菌和沙门氏菌数量增加。 相似文献
14.
《西南农业学报》2021,(9)
【目的】研究云南香蕉枯萎病和健康植株根际土壤细菌群落结构组成差异,探索香蕉枯萎病发生的微生态机制,优化根际土壤微生物群落结构为其后续生态防控提供新策略。【方法】在云南香蕉枯萎病发生的蕉园,分别采集发病和健康植株的根际土壤,利用高通量测序技术研究细菌群落多样性、结构和组成的差异。【结果】香蕉植株根际土壤细菌多样性存在显著性差异,香蕉枯萎病植株的土壤细菌群落多样性高于健康植株。变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)等4个菌门是香蕉植株根际土壤中的优势门菌群。2种类型香蕉植株根际土壤中有厚壁菌门(Firmicutes)、棒状杆菌门(Rokubacteria)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)等5个门菌群差异显著。其中,厚壁菌门(Firmicutes)丰度健康植株较发病植株高,棒状杆菌门(Rokubacteria)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)丰度发病植株较健康植株高。属水平上,健康植株的优势属依次为芽胞杆菌属(Bacillus)、朱氏杆菌属(Chujaibacter)、芽单胞菌属(Gemmatimonadaceae)和鞘脂单胞菌属(Sphingomonas);发病植株的优势属依次为:芽胞杆菌属(Bacillus)、芽单胞菌属(Gemmatimonadaceae)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)和朱氏杆菌(Chujaibacter);芽胞杆菌属(Bacillus)、朱氏杆菌属(Chujaibacter)和土壤链霉菌属(Streptomyces)等5个菌属在2种类型香蕉植株根际土壤中差异显著,其中,芽胞杆菌属、朱氏杆菌属和土壤链霉菌属的丰度健康植株明显高于枯萎病植株。【结论】香蕉枯萎病和健康植株根际土壤细菌群落结构在一定程度上具有同源性,但部分菌群在2种类型植株根际土壤中的组成丰度有显著差异;差异菌群的功能多样性及与香蕉枯萎病病原菌的互作关系尚待明确。 相似文献
15.
采用PCR–DGGE和Q–PCR技术,分析黑眉锦蛇空肠、回肠和直肠中菌群的结构。结果显示:黑眉锦蛇空肠、回肠和直肠中菌群的多样性指数分别为2.84、3.14、2.69,均匀度分别为0.78、0.86、0.74,丰富度分别为17.20、23.40、14.80,且各肠段中均以厚壁菌门细菌和拟杆菌门细菌居多,总菌和厚壁菌门细菌、拟杆菌门细菌的丰度分别达10~(8.07)、10~(6.82)和10~(6.30) CFU/g以上,梭菌属细菌、乳酸菌属细菌和Akkermansia细菌的丰度均达10~(5.05)CFU/g以上,且其丰度均随肠道沿头部向尾部的方向呈先增加后降低的趋势,直肠中的丰度低于空肠中的;肠球菌属细菌和肠杆菌科细菌的丰度均在10~(6.11) CFU/g以上,其在直肠中的丰度高于空肠中的。结果表明:黑眉锦蛇肠道中拟杆菌门细菌和厚壁菌门细菌为优势菌群;菌群的丰度随肠道沿头部向尾部的方向呈先增加后降低的趋势;益生菌在直肠中的丰度低于在空肠中的,有害菌在直肠中的丰度高于在空肠中的。 相似文献
16.
《甘肃农业大学学报》2020,(2):1-8
【目的】通过高通量测序的方法探究在犬日粮中添加黄芪多糖对犬盲肠菌群数量、多样性及群落组成结构的影响.【方法】选取18只一岁龄比格犬,体质量10 kg左右,随机分为3组,分别为对照组,低剂量组(基础日粮、以生药计1%的黄芪多糖)和高剂量组(基础日粮、以生药计2%的黄芪多糖).第14天,犬处死后取盲肠内容物进行肠道菌群数量、多样性和群落组成分析.【结果】通过样本内多样性分析和主成分分析可发现,添加黄芪多糖可影响犬盲肠菌群的多样性,增加菌群数量.且黄芪多糖组微生物群落组成发生改变,主要表现为放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)数量增加,梭杆菌门(Fusobacteria)与变形菌门(Proteobacteria)数量减少.放线菌纲(Actinobacteria)与芽孢杆菌纲(Bacilli)数量增加,梭杆菌纲(Fusobacteriia)与β-变形菌纲(Betaproteobacteria)数量减少.双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)与乳杆菌科(Lactobacillaceae)数量增加,梭杆菌科(Fusobacteriaceae)数量减少.普氏菌属(Prevotella)与乳酸杆菌属(Lactobacillus)数量增加,梭杆菌属(Fusobacterium)数量减少.【结论】在日粮中添加黄芪多糖可使犬盲肠菌群数量增加,多样性上升,增加有益菌群所占比例,降低条件致病菌比例. 相似文献
17.
《甘肃农业大学学报》2019,(5)
【目的】利用ITS rDNA高通量测序,研究不同饲养方式对滩羊瘤胃真菌菌群的影响.【方法】试验采用随机区组设计,将体况相近的24只4月龄滩羊随机分为两组,每组12只,分别采用放牧和舍饲的饲养方式.于9月龄屠宰取样,运用ITS rDNA技术研究瘤胃真菌菌群的变化.【结果】放牧组滩羊瘤胃真菌物种多样性高于舍饲组,舍饲组滩羊瘤胃真菌物种丰度的均匀度高于放牧组.在门水平上,壹菌门为舍饲组特异性菌门.与放牧组相比,舍饲组新丽鞭毛菌门的丰度显著降低(P0.05),未注释菌门和担子菌门的丰度有提高的趋势(P0.075),子囊菌门的丰度提高75.10%,但差异不显著.在属水平上,与放牧组相比,舍饲组未注释属丰度极显著提高(P0.01),梨霉属的丰度显著降低(P0.05),节担菌属和新丽鞭毛菌属的丰度显著提高(P0.05),广义酿酒酵母菌属丰度提高47.20%,但差异不显著.【结论】舍饲降低了滩羊瘤胃真菌的多样性,提高了真菌物种丰度的均匀度;优势菌比例发生变化,对纤维素、半纤维素降解菌和葡萄糖降解菌的影响明显. 相似文献
18.
【目的】研究卷心菜浆液对肉鸡肠道菌群的影响,为卷心菜浆液作为天然绿色饲料添加剂的安全性评估提供参考。【方法】选取健康、体质量相近的1日龄肉仔鸡150只,随机分为3组,每组5个重复,每个重复10只鸡。对照组鸡饲喂基础日粮,试验Ⅰ、Ⅱ组鸡分别饲喂添加15和20 g/kg卷心菜浆液的基础日粮,试验期42 d。于试验42 d屠宰,采集各组鸡肠道和盲肠内容物,分析卷心菜浆液对肉仔鸡生产性能、肠道发育和肠道菌群的影响。【结果】①与对照组相比,试验Ⅱ组肉仔鸡的平均日采食量、结束体质量和平均日增重均显著增加(P0.05)。②与对照组相比,试验Ⅰ、Ⅱ组肉仔鸡的十二指肠绒毛长度和回肠平滑肌厚度显著提高(P0.05)。③与对照组相比,试验Ⅰ组肉仔鸡肠道菌群α多样性指数升高,试验Ⅱ组肉仔鸡α多样性指数降低,但差异均不显著(P0.05)。④门水平上,与对照组相比,试验Ⅱ组变形菌门菌群的相对丰度显著升高(P0.05),试验Ⅰ、Ⅱ组放线菌门和软壁菌门的相对丰度显著降低(P0.05)。属水平上,与对照组相比,试验Ⅰ组粪球菌属的相对丰度显著升高(P0.05),柔嫩梭菌属、Ruminococcaceae_UCG-014和双歧杆菌属的相对丰度显著降低(P0.05);试验Ⅱ组的拟杆菌属、Ruminococcaceae_UCG-005和Anaerofilum的相对丰度显著升高(P0.05),柔嫩梭菌属、Ruminococcaceae_UCG-014和Ruminiclostridium_9的相对丰度显著降低(P0.05)。⑤多样品比较分析表明,对照组、试验Ⅰ组和试验Ⅱ组的菌群结构存在差异。【结论】饲粮中添加20 g/kg卷心菜浆液能够显著提高肉仔鸡生产性能,促进其肠道的发育,改变盲肠的菌群结构。 相似文献
19.
【目的】研究锦鲤（Cyprinus carpio var.koi）肠道的菌群组成结构及多样性,为深入研究锦鲤肠道菌群的功能及肠道不同部位的生理功能的分化提供参考。【方法】收集锦鲤前肠、中肠和后肠的肠道细菌,通过传统培养技术,采用细菌微量生化鉴定管对肠道细菌进行各项生理生化指标的测定;分别提取3个肠段的肠道菌群基因组DNA,进一步采用16S rDNA高通量测序技术,分析3个肠段的菌群组成和生物多样性。【结果】前肠、中肠和后肠样本测序后分别得到48659、47013和47819条有效序列,按97%相似性水平划分OTU后,分别得到1555、1294和1423个OUTs。α多样性分析结果显示,后肠菌群样本的Shannon指数、Chao1指数最高。在门水平上,前肠、中肠和后肠丰度最高的5个菌门均是变形菌门（Proteobacteria）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和黏胶球形菌门（Lentisphaerae）,推测这些菌门是锦鲤肠道的核心细菌类群,但各菌门在不同部位的相对丰度有差异。构建的物种丰度热图显示相对丰度最高的前10类菌属相同,但某些菌属在肠道不同部位的相对丰度有较大差异,如代尔夫特菌属（Delft）、弓形菌属（Toxoplasma）。UniFrac分析显示中肠和后肠的肠道菌群聚为一支,表明这2个部位菌群组成结构相似度较高。【结论】锦鲤肠道不同部位具有独特的菌群结构,可能会影响肠道不同部位功能的分化。 相似文献
20.
《南京农业大学学报》2020,(3)
[目的]本试验旨在研究日粮中添加可溶性玉米纤维(Fibersol-2,Fib2)对仔猪盲肠微生物多样性、有机酸及肠道屏障功能的影响。[方法]选用28日龄、初始体质量为(9.65±0.44)kg的杜×长×大三元杂交仔猪448头,随机分为4组,每组8个重复,每个重复14头,分别饲喂4种日粮:基础日粮分别加0(对照组)、1、2和4 g·kg~(-1) Fib2。预试期7 d,正试期28 d。[结果]在门水平上,日粮中添加Fib2显著降低软壁菌门和放线菌门的相对丰度(P0.05,线性),提高拟杆菌门而降低厚壁菌门和变形菌门的相对丰度(P0.05,线性和二次)。在科水平上,Fib2显著提高普雷沃氏菌科、拟杆菌科和紫单胞菌科的相对丰度而降低瘤胃菌科、毛螺菌科、梭菌科、丹毒丝菌科和unclassified Mollicutes RF9的相对丰度(P0.05,线性),提高Bacteroidales S24-7 group的相对丰度(P0.05,二次),提高乳杆菌科而降低消化链球菌科的相对丰度(P0.05,线性和二次)。在属水平上,Fib2显著提高普氏菌属、拟普雷沃氏菌属、拟杆菌属和紫单胞菌属的相对丰度而降低瘤胃球菌属、Lachnospiraceae NK4A136 group、梭菌属和unknown genus的相对丰度(P0.05,线性),提高unclassified Bacteroidales S24-7 group的相对丰度(P0.05,二次),提高乳杆菌属和Prevotellaceae UCG的相对丰度,降低Eubacterium coprostanoligenes group、罕见小球菌属和地孢子菌属的相对丰度(P0.05,线性和二次)。Fib2显著提高乳酸、乙酸、丙酸、戊酸、总挥发性脂肪酸(P0.05,线性)、异丁酸和异戊酸含量(P0.05,线性和二次)。在14 d时,Fib2显著降低血清D-乳酸、内毒素含量(P0.05,线性)和二胺氧化酶活性(P0.05,线性和二次)。Pearson相关性分析表明:盲肠微生物与有机酸及肠道渗透性之间存在相关关系。[结论]在本试验条件下,日粮中添加Fib2改变仔猪盲肠微生物菌群结构,提高有机酸浓度,降低肠道渗透性,最终改善仔猪肠道健康。 相似文献