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1.
应用ITS2序列片段对木瓜及其近缘属植物的分子鉴定研究 总被引：1，自引：0，他引：1
运用ITS2序列对木瓜及其近缘属植物进行DNA条形码分子鉴定,探讨利用ITS2条形码序列对木瓜及近缘物属植物鉴定的可行性。对试验样品进行DNA提取纯化、PCR扩增并双向测序得到22条ITS2序列,将所得22条序列和GenBank数据库下载的8条木瓜及其近缘植物的ITS2序列用Clustal X软件进行比对,BioEdit软件人工校正;利用MEGA5.05软件计算种内、种间遗传距离,并采用K2P距离法构建NJ和ML树,评价序列的鉴定效果。木瓜及其近缘属植物种内遗传距离变异区间为0 ~ 0.0274,平均0.0029,木瓜及近缘属植物种间遗传距离变异区间为0.011 ~ 0.112,平均0.075,种间距离明显大于种内距离;构建木瓜及其近缘属各物种NJ和ML系统进化树,二者结果一致,各物种均聚为一支,形成单系类群,支持率均在50%以上。ITS2条形码序列能够快速准确地鉴定木瓜属及其近缘属植物。 相似文献
2.
长江上中游地区是世界李的原产地,李品种资源丰富,传统主栽品种为江安大白李。为了快速甄别重庆地方李与江安大白李之间的亲缘关系,加快重庆地方良种李新品种培育,采用DNA条形码技术,运用分子鉴定方法,从分子水平对重庆开州区选择的开州晚熟李与江安大白李进行matK、rbcL、ITS序列测定和比对,构建物种NJ进化树,快速鉴定两者之间的亲缘关系,指导地方李新品种培育。通过对开州晚熟李和江安大白李叶片样品的matK、rbcL、ITS序列测定,发现两种地方李的3种序列中,ITS、rbcL序列NJ进化树均表现为梳子状,差异不明显,两者之间达不到区分"种"的程度;matK序列NJ进化树之间有明显的差异。研究表明,开州晚熟李与江安大白李亲缘关系较近,属同种植物,但两者存在品种间遗传差异,通过进一步的培育有望育成新品种。 相似文献
3.
以7份猕猴桃资源为试材,结合GenBank数据库中已有的猕猴桃属植物相关序列,采用叶绿体基因标记matK和rbcL构建K2P遗传距离矩阵及NJ系统发育树,研究了猕猴桃属植物种间亲缘关系,以期为猕猴桃属植物属下分类研究提供参考。结果表明:叶绿体序列系统发育分析结果与现行的"四组四系"分类系统不符,净果组与其余3组K2P遗传距离较远,组内实髓系与片髓系之间遗传差距较大,支持净果组分为实髓系与片髓系两系的分类方法;星毛组、糙毛组及斑果组物种相互混杂,难以划分,建议3组合并为"非净果组",原有三组分别降级为"星毛系、糙毛系和斑果系",建立"二组五系"的猕猴桃属植物属下分类系统。 相似文献
4.
采用去雄、套袋、人工授粉方法对7种枇杷属植物及2种枇杷近缘属植物共14份材料配置的91个种间、21个属间共112个杂交组合进行研究,结果发现：91个种间杂交组合中有28个坐果率为零,即杂交不亲和,约占30%;杂交组合大多为部分亲和,仅少数为完全亲和。枇杷属与其近缘属植物（石斑木、石楠）的正交基本不亲和,反交有5个组合能结果,但杂种胚中途败育,需要进行胚挽救。不同的种类作为父本或母本时,坐果率相差较大,以大渡河枇杷,栎叶枇杷、野生普通枇杷和‘解放钟’作母本,平均坐果率高达36.2% ~ 58.2%;而以台湾枇杷及其两个变型和椭圆枇杷作母本,平均坐果率仅为2.9% ~ 16.3%,作父本时,平均坐果率较高,达22.4% ~ 43.1%。花粉管生长的荧光观察显示,台湾枇杷恒春变型作母本与栎叶枇杷杂交为孢子体不亲和。 相似文献
5.
以鸡血藤及其4种常见混伪品为试材,采用植物基因组DNA提取试剂盒提取鸡血藤样品总DNA,并采用matK基因通用引物扩增和测序,从GenBank获取鸡血藤4种混伪品的matK基因序列,采用DNAMAN、MEGA等生物软件比对分析序列差异,计算遗传距离并构建聚类树,研究matK基因对鸡血藤及其混伪品的鉴别效果。结果表明:获得的鸡血藤及其混伪品matK序列长度为690bp,平均GC含量为31.1%,共发现236个差异位点,占总碱基数的34.2%。8个鸡血藤样品matK序列在41bp处存在A-G碱基差异。鸡血藤与混伪品之间的种间变异大于鸡血藤样品内的变异。基于matK基因序列建立的聚类树能够明显地鉴别鸡血藤及其混伪品。matK基因可作为鉴别鸡血藤及其混伪品的标准DNA序列。 相似文献
6.
枇杷属植物及其近缘属植物亲缘关系的RAPD分析 总被引：6，自引：0，他引：6
利用RAPD分子标记技术对中国20份枇杷属植物种质资源及其近缘属植物(石楠和石斑木)进行了遗传亲缘关系及分类研究。从300条10碱基随机引物中筛选出24条引物对20份枇杷种质资源的基因组DNA进行扩增,共产生232条谱带,全部为多态性谱带(多态率为100%),表明枇杷属植物种质之间具有丰富的多态性。各种质间的相似性系数为0.33~0.77,并根据相似性系数,利用UPGMA构建了亲缘关系树状图。在相似性系数为0.485时,20份枇杷属植物及其近缘属可分为3大类:所有的枇杷属植物聚在一起构成第1类,而石楠和石斑木分别构成其余2类,这与传统的分类方法一致;但18份枇杷属种质可分为5个亚类,这与枇杷属植物的传统分类法有所不同。初步推论,开花时间和老叶叶背的茸毛可能不是判断枇杷属植物亲缘关系的必要条件,而且枇杷属植物的进化与其生存的地理环境的变迁有着密切联系。 相似文献
7.
基于ITS序列分析探讨我国栽培凤尾菇的分类地位 总被引：5，自引：1，他引：4
针对我国栽培凤尾菇(Pleurotus sajor-caju)及其近缘种共10个菌株的ITS序列,应用特异引物进行PCR扩增,对其产物进行测序,并从GenBank上下载侧耳属(Pleurotus)3个种7条ITS序列、韧伞属(Lentinus)的4条ITS序列和香菇属(Lentinula)的3条ITS序列,以冬虫夏草(Cordyceps sinensis)和蛹虫草(Cordyceps militaris)为外类群,用NJ(Neighbor-joining)法构建系统发育树,结果表明:凤尾菇在侧耳属分支上与侧耳属内种的相似性达98.5%以上,韧伞属和香菇属的属内相似性也均为98%以上,而侧耳属和韧伞属、香菇属的属间相似性仅约80%,故凤尾菇应归于侧耳属;在进一步研究中,将该凤尾菇与其近缘种的ITS1-5.8S-ITS2序列作碱基完全比对,结果发现它与肺形侧耳(Pleurotus pulmonarius)的碱基完全一致,而与其它近缘种均存在较大碱基差异,因此,目前我国广泛栽培的凤尾菇与肺形侧耳可能是同物异名种,建议订正其名称,将其拉丁名统一为P. pulmonarius.本研究首次将ITS序列分析和碱基比对结合对凤尾菇的分类地位及拉丁名进行研究,结果表明ITS序列分析在近缘种的分类鉴定上很有价值. 相似文献
8.
以青海省11个地区的中国沙棘以及祁连县的西藏沙棘和肋果沙棘为试材，采用叶绿体基因标记rbcL构建遗传距离矩阵及系统发育树，研究了青海省不同地区中国沙棘的遗传变异，以期为沙棘植物分类研究提供参考依据。结果表明：3种沙棘属植物的rbcL区长度均为1 501 bp,不存在长度变异；3种沙棘属植物的rbcL基因序列存在不同的变异位点，不同地区中国沙棘的rbcL基因间也存在少量变异位点；与NCBI上的部分rbcL基因序列共同聚类分析发现形态手段与分子手段对沙棘进行系统分类具有基本一致性。该研究为未来利用rbcL序列进行沙棘系统进化研究提供了新的思路与方法，为沙棘的开发与利用奠定了基础。 相似文献
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10.
苹果属植物的耐旱性与耐热性 总被引：8，自引：0，他引：8
供试苹果属植物３０个种类，用ＰＥＧ脱水剂模拟干旱处理，测定了细胞膜的损伤率，排列了３０个种类的耐旱性序列，并进行了耐旱性的分组归类。细胞膜的损伤率与叶片持水率，气孔阻力和蒸腾强度有极显著的相关性。苹果属植物的耐旱性与耐热性无相关性，并进一步论证了苹果属植物的耐旱性鉴定与耐热性鉴定具有同等重要的意义。 相似文献
11.
基于ITS和matK序列探讨新疆野苹果与中国苹果的系统演化关系 总被引：1，自引：0，他引：1
以新疆地区不同居群的52份新疆野苹果[Malus sieversii（Ledeb.）Roem.]、9份中国苹果品种（Malus × domestica subsp. chinensis Li.）、1份森林苹果（M. sylvestris Miller）种质为试材,进行核糖体DNA内转录间隔区（ribosomal DNA internal transcribed spacers,ITS）和叶绿体成熟酶K（matK）基因的测序分析。从GenBank中获取了11个苹果栽培品种、14个塞威士苹果、26个苹果属其它种及1个外类群欧洲梨（Pyrus communis）的ITS及matK序列。利用MEGA（ver. 4.0）计算不同序列间的碱基组成频率、简约信息位点数、转换/颠换比率、序列间成对距离,以最大简约法与邻接法进行系统发育分析。结果表明,采集的“新疆野苹果”与“中国苹果”的ITS序列长度在589 ~ 594 bp,含有148个简约信息位点,转换/颠换比率（R）为1.029;MatK序列长度为1 451 ~ 1 461 bp,没有复制子Ⅱ序列,含有16个简约信息位点,转换/颠换为1.442。ITS分析将中国苹果、新疆野苹果（来自中国新疆）和塞威士苹果（来自GenBank）聚类于一个大的发育枝内,新疆野苹果5个居群的系统演化按新源、巩留、霍城和塔城的先后次序发生。MatK序列的系统发育分析将中国苹果和新疆野苹果聚类在一个大的发育枝内,但自展支持率低。由此说明,中国苹果由新疆野苹果驯化而来。matK不适于栽培苹果种内的系统发育分析。 相似文献
12.
金柑属及其近缘属植物亲缘关系的SSR分析 总被引：3，自引：1，他引：3
用SSR标记分析了金柑属(Fortunella)及柑橘属(Citrus)植物的亲缘关系。选取的22对柑橘属SSR引物中,有14对能在所有材料中扩增出带纹,表明柑橘属SSR引物在金柑属植物上具有一定的通用性。在18个材料中扩增得到275个位点,平均每对引物扩增出19.7个位点。用NTSYS-PC软件进行分析,结果表明,金柑属植物与宽皮柑橘的亲缘关系很近;SSR聚类结果支持长寿金柑种的地位;支持宁波金弹、融安金弹、蓝山金柑均为金弹的栽培种的结论。为金柑属种质的保存、育种和分类提供了分子水平上的依据。 相似文献
13.
基于叶绿体DNA分析的辽宁省梨属种质遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
从32 对叶绿体DNA 通用引物中筛选出8 对引物用于评价辽宁省梨属种质的遗传多样性,其中4 对引物所扩增的叶绿体DNA 片段存在突变位点。合并后的叶绿体基因片段（3 688 bp）含有单一突变位点9 个、简约信息性位点3 个以及插入/缺失（INDEL）2 个。在37 个样品中,trnL-trnF-487 区域、trnL-trnF-413 区域、rbcL 区域和trnS-psbC 区域的单倍型分别为2 个、4 个、2 个和3 个,合并之后的叶绿体基因片段的单倍型为4 个。非编码区trnL-trnF-413 多态性最高,具有最高的单倍型数、最高的单倍型（基因）多样性、最高的核苷酸多样性、最高的单倍型多样性方差和最高的单倍型多样性标准差。辽宁省37 份梨种质的单倍型（基因）多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）分别为0.577、0.00055。Tajima’s D检验中除了rbcL 区域的D 值在P < 0.05 水平上显著外,其余区域的D 值未达显著水平,表明自然选择对rbcL 区域的突变位点产生了作用。秋子梨和白梨种质共有单倍型HAP_1、HAP_2 和HAP_3,显示出一定的亲缘关系;西洋梨则单独共享HAP_5。运用中介邻接网络（Median-Joining network,MJ）算法绘制的中介网络图显示HAP_1 与HAP_2、HAP_3 的亲缘关系较远,而HAP_5 则与上述3 个单倍型的亲缘关系较远。 相似文献
14.
选取5个叶绿体DNA非编码区trnL-trnF-1、trnL-trnF-2、trnS-psbC、accD-psaI、rps16-trnQ和1个基因区域rbcL,对中国秦岭淮河以南地区的梨（Pyrus L.）资源进行遗传多样性和演化分析。将188份梨资源的测序结果整合得到长度为5 612 bp（包含缺失片段）,共检测出13个单倍型、4个单一突变位点、16个简约性信息位点和14个插入/缺失片段（InDels）,单倍型多样性Hd为0.7178,核苷酸多样性为0.35 × 10-3。accD-psaI区域的分析结果显示该区域的Hd值最高,为0.7177;rbcL区域的Hd值最低,为0.0317。其中162份梨资源检测出12个单倍型,Hd为0.713,核苷酸多样性为0.29 × 10-3;梨的不同地理群体中湖南省的10个梨地方品种的Hd最高,为0.889;来自贵州省的8个品种的Hd最低,为0。138份砂梨地方品种共检测出8个叶绿体单倍型,其中单倍型H2、H4和H5在130份砂梨和37份白梨品种中检测到,单倍型H6、H10、H11、H12和H13在8份砂梨地方品种‘青皮钟’、‘甜宵梨’、‘细花红梨’、‘惠阳红梨’、‘麝香梨’、‘塘湖青’、‘红粉’和‘横县浸泡梨’中检测到。Median-joining Network图显示单倍型H6和H11为古老单倍型,H1、H4和H5为较进化的单倍型。根据叶绿体DNA序列变异信息可推测秦岭淮河以南地区的砂梨和白梨亲缘关系较近,同时来自湖南地区的砂梨种质资源具有丰富的遗传多样性。 相似文献
15.
应用cpSSR和EST-SSR标记进行柑橘特异种质资源遗传背景研究 总被引：7，自引：1，他引：6
将叶绿体SSR 和EST-SSR 标记用于揭示柑橘及其近缘属的系统发育关系,并阐明保存在重庆国家果树种质柑橘圃内一些特异种质资源的遗传背景。其中50 份材料和44 份材料分别用cpSSR 和EST-SSR 分析。22 对cpSSR 引物产生146 个多态性条带,平均检测到6.64 个多态性条带,平均Shannon’s多样性指数为0.32;18 对EST-SSR 引物产生240 个多态性条带,平均检测到 13.3 个多态性条带,平均多态信息含量（PIC）为0.73,平均期望杂合度为0.78。根据cpSSR 和EST-SSR 分析,结合形态学证据,阐明一些特异柑橘种质资源的遗传背景,同时证明莽山野橘、元橘、宜昌橙有较近的亲缘关系。 相似文献
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柑橘SCoT分子标记技术体系的建立及其在遗传分析中的应用 总被引：8，自引：0，他引：8
采用正交设计方法,对影响柑橘SCoT-PCR反应的Mg2+ 、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量等因素进行优化,建立了适于柑橘的SCoT标记分析体系。20 μL反应体系中含有：Mg2+ 1.5 mmol · L-1,dNTPs 0.35 mmol · L-1,引物0.625 μmol · L-1,TaqDNA聚合酶0.25 U,模板DNA 10 ng。最适退火温度为49 ℃。利用该体系对Wan2橘橙 × Li2甜橙的杂交后代及沙田柚四倍体进行分析,扩增条带清晰,扩增产物在150 ~ 2 100 bp之间。7个引物在Wan2橘橙、Li2甜橙及其18株杂交后代中共扩增出74条带,多态性条带48条,多态性比率为64.9%,在相似系数0.85处,18株杂交后代可聚为5类,表明其具有较丰富的遗传多样性;11个引物在4株沙田柚四倍体及其二倍体亲本中共扩增出84条带,其中多态性条带46条,多态性比率为54.8%,聚类分析显示5株沙田柚遗传相似系数在0.785 ~ 0.880,在相似性系数0.825处可分为3类,3株同源四倍体分别聚在不同的位置,四倍体材料均发生了不同程度的遗传变异。研究结果表明建立的柑橘SCoT体系结果稳定,重复性好,可为柑橘遗传育种提供新的技术支持。 相似文献
17.
《Scientia Horticulturae》2005,103(4):489-498
Amplified fragment length polymorphism (AFLP) and partial rbcL gene sequencing were used to investigate genetic diversity among various longan (Dimocarpus longan Lour) accessions as well as a presumed closely related species Dimocarpus confinis How et Ho and litchi (Litchi chinensis Sonn). No significantly shared AFLP fragment was found between the three species, indicating that D. confinis and litchi are very far in genetic distance from any longan accession studied. Partial rbcL sequences of 501 bp from the first coding site in these species were obtained, which revealed several substitutes. One such DNA base pair substitute resulted in an amino acid difference between longan and litchi. Furthermore, another 4 bp resulted in a two amino acid difference between longan and D. confinis, which was consistent with AFLP results and indicated that D. confinis should be excluded from the longan genus, Dimocarpus. Within the longan species, no DNA substitute was found. Using nine primer combinations, a total of 66 AFLP markers were obtained from 41 longan accessions. One non-Chinese longan accession ‘Miaoqiao’ was distinctly different from all other longan cultivars collected in China, indicating that more genetic resources of longan might be collected also from longan production regions outside of China. AFLP markers might be developed to identify longan cultivars as well as expedite progeny screening in breeding programs of this perennial fruit tree. 相似文献
18.
Inter simple sequence repeats (ISSR) polymorphism in Citrus indica Tanaka (Rutaceae), an endemic and threatened wild species, was examined along with three other closely related wild taxa (C. medica L., C. latipes (Swingle) Tanaka, and C. sp. ‘Memang athur’) by analyzing 53 representative accessions sampled from North-east India. Jaccard's similarity values among 53 accessions of Citrus ranged from 0.46 to 0.97 (average = 0.75). Genetic similarity values among all the 34 accessions of C. indica were found in the range of 0.82 to 0.97 with an average of 0.90. Heterozygosity (Ht = 0.123) and Shannon's information index (I = 0.188) values estimated for C. indica revealed significantly low level of genetic variation within the species. UPGMA dendrogram grouped all 53 accessions of Citrus into four major clusters: Cluster I – C. latipes; Cluster II – C. medica; Cluster III – ‘Memang athur’ and Cluster IV – C. indica. The dendrogram placed all the 34 accessions of C. indica in five sub-clusters under Cluster IV. The placement of C. indica accessions in various sub-clusters and groups in the dendrogram was based on molecular differentiation of individual accessions rather than their geographical origin. Very low genetic diversity and destruction of its natural habitat pose serious threat to C. indica even in the Citrus Gene Sanctuary in Nokrek Biosphere Reserve (NBR) in Meghalaya. Low genetic variability, heterozygosity and Shannon's information index in C. medica, C. latipes and ‘Memang athur’ are also concerns that need to be addressed for developing appropriate strategies to conserve the genetic diversity extant in these valuable genetic resources. 相似文献
19.
The taxonomy and phylogeny of Indian Citrus is revisited using PCR-RFLP of the trnD-trnT and rbcL-ORF 106 regions as well as sequence data analysis of the trnL-trnF intergenic spacer region of cpDNA. The study was based on 50 accessions of Citrus genotypes, collected from wild, semi-wild and domesticated stocks. Of the 13 restriction enzymes (RE) used for restriction digestion of the polymerase chain reaction (PCR) amplicons, four (Hinf I, Msp I, Alu I, Hae III) generated 47 restriction fragments, of which 24 (51%) were polymorphic. PCR-RFLP data showed a genetic distance ranging from 0 to 0.79 among 50 accessions of Citrus, and a cluster analysis, based on Neighbor-Joining (NJ) method, placed all the accessions in eight major clusters. Analysis of trnL-trnF sequences from 23 representative accessions of Citrus showed a pair-wise sequence divergence rate in the range of 0–0.064. NJ, minimum evolution (ME) and maximum parsimony (MP) analyses of trnL-trnF sequences produced phylogenetic trees, which placed all the 23 accessions in five clusters. PCR-RFLP analysis resulted in a well resolved phylogenetic tree with branches supported by moderate to high bootstrap values, while the trnL-trnF sequence-based trees showed only moderate to low bootstrap support for the internal tree branches, indicating uncertain origin of some Citrus genotypes. This study shows that the trnL-trnF spacer sequence data can detect genetic variation in Indian Citrus genotypes, but the utility of the data in inferring phylogeny at intra and inter-specific levels is limited probably by factors such as hybridization, bud mutations, apomixis and polyploidy. However, PCR-RFLP and trnL-trnF data supported the recognition of C. maxima, C. medica, and C. reticulata as the basal species of edible Citrus. 相似文献
20.
几种芸香科植物花粉形态观察 总被引：9，自引：2，他引：9
应用扫描电子显微镜对佛手、代代、柚、柑橘和金橘等芸香科植物花粉进行形态观察。发现这几种植物的花粉在形态、大小、外壁纹饰、网孔等方面均有差异,其中3个佛手品种的花粉具网状纹饰,白衣秀士佛手和青衣童子佛手的网脊连续,而赤金王子佛手的网脊不连续,其他4种芸香科花粉具穴状纹饰,代代和柚的花粉比柑橘和金橘的花粉大,而代代和金橘的花粉表面孔穴密度比柚和柑橘的花粉表面孔穴密度大。这些花粉表面微观形态的差异将为上述品种鉴定提供依据。 相似文献