共查询到20条相似文献，搜索用时 375 毫秒
1.
《中国家禽》2016,(12)
试验以禽白血病病毒感染汶上芦花鸡和正常汶上芦花鸡肝脏为研究对象,利用RNA-Seq技术对其进行高通量转录组测序,分析基因组结构信息及挖掘新转录本及新基因的功能,6个样品共获得254 413 928条有效数据(Clean Reads),总计32.05 Gb。得到可靠的SNP位点673 689个,其中位于基因区的SNP位点469 160个,基因间的SNP位点204 544个。6个样品中平均8 249个基因涉及可变剪接,其中外显子跳跃事件比例最大,其次为第一个外显子可变剪接事件,并对6 283个基因结构进行了优化,修正基因的边界。与所选鸡的参考基因组序列进行对比,共发掘新基因1 446个,其中1 058个新基因得到功能注释。研究进一步完善汶上芦花鸡的基因结构信息,为发掘潜在的新抗白血病基因提供分子水平依据。 相似文献
2.
鸡及许多物种的全基因组测序及相关基因图谱都已宣告完成,但由于注释方法的局限性,还存在许多遗漏的新基因及对现有基因的误差注释。RNA-Seq技术是基于第2代测序技术的转录组学研究方法,该研究利用高通量测序技术对8只（高产组4只、低产组4只）300日龄体重一致、饲养条件相同、产蛋数存在差异的京海黄鸡的卵巢组织所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序,通过分析RNA-Seq获得的京海黄鸡卵巢组织转录组数据,共发现4 431个新转录本,并将所有新转录本与GO、NR、Swiss-Prot、KEGG数据库进行比对和分析,发现了很多潜在的新基因并进行功能注释,为鸡基因组的进一步完善及功能基因的挖掘提供了数据基础。 相似文献
3.
4.
5.
6.
试验旨在进一步完善高邮鸭基因组结构信息,探索高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制。通过高通量测序技术对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织转录组进行RNA-Seq测序,对测序数据进行质控和注释,筛选与高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关的SNP位点。测序获得的初始数据（raw reads）进行系列质控筛选,6个高邮鸭卵巢组织分别获得84 540 140~87 479 660个有效数据（clean data）,70.79%以上的测序数据被已注释的鸭基因组数据覆盖;在所覆盖的基因组数据中,检测到位于基因外显子区域的108 260~116 478个SNP位点（转换和颠换类型）,转换类型总数极显著高于颠换类型总数（P<0.01）。利用KEGG数据库对筛选出的SNP位点所在基因进行信号通路分析,筛选出前20条信号通路,其中包括核糖体信号通路、碳代谢信号通路和氨基酸生物合成信号通路等。试验对双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢进行了RNA-Seq测序分析,为发掘高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关SNP位点提供了基础,为进一步研究高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制提供了新的数据支撑。 相似文献
7.
试验旨在研究参与激素调节并调控卵巢功能的可能基因,挑选候选基因G蛋白偶联受体1（G protein-coupled receptor 1）,深入研究其是否参与激素调节。根据转录组测序获得的京海黄鸡GPR1基因的CDS序列设计一对引物,利用实时荧光定量RT-PCR方法,检测GPR1基因在高、低产京海黄鸡卵巢组织中的表达情况,并与生物信息学进行关联,使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析GPR1基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因所编码蛋白质的二、三级结构。结果显示,京海黄鸡与GenBank中原鸡、人、牛、野猪、黑猩猩、家兔、马、绵羊、藏羚羊、大鼠、小鼠、斑马鱼的同源性分别为100.0%、69.0%、69.1%、69.3%、68.9%、69.6%、69.2%、68.8%、68.9%、67.5%、69.0%和50.3%;氨基酸分析发现GPR1蛋白为疏水性蛋白,分子质量为40.41 ku,理论等电点为6.91,为7次跨膜蛋白;亚细胞定位显示,该蛋白属于非分泌蛋白;预测该蛋白含有25个潜在的磷酸化位点,1糖基化位点;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构为7次跨膜螺旋结构;组织表达分析显示,GPR1基因在低产组的表达情况极显著高于高产组（P<0.01）。本试验结果将有利于GPR1基因功能的进一步分析,为研究该基因对京海黄鸡产蛋性状的调控机理提供理论依据。 相似文献
8.
《中国畜牧兽医》2019,(12)
试验旨在进一步完善高邮鸭基因组结构信息,探索高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制。通过高通量测序技术对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织转录组进行RNA-Seq测序,对测序数据进行质控和注释,筛选与高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关的SNP位点。测序获得的初始数据(raw reads)进行系列质控筛选,6个高邮鸭卵巢组织分别获得84 540 140～87 479 660个有效数据(clean data),70.79%以上的测序数据被已注释的鸭基因组数据覆盖;在所覆盖的基因组数据中,检测到位于基因外显子区域的108 260～116 478个SNP位点(转换和颠换类型),转换类型总数极显著高于颠换类型总数(P0.01)。利用KEGG数据库对筛选出的SNP位点所在基因进行信号通路分析,筛选出前20条信号通路,其中包括核糖体信号通路、碳代谢信号通路和氨基酸生物合成信号通路等。试验对双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢进行了RNA-Seq测序分析,为发掘高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关SNP位点提供了基础,为进一步研究高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制提供了新的数据支撑。 相似文献
9.
旨在寻找影响京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的SNP位点。本研究采用简化基因组测序的方法,检测京海黄鸡基因组的SNP位点,并对这些位点与新城疫和传染性支气管炎性状进行关联分析。结果表明:在基因组水平上有1个与京海黄鸡新城疫抗病性状显著相关的SNP位点,7个与该性状潜在显著的SNPs位点,并将这些位点定位到5个基因上,分别为EEA1、CARS2、SCML2、GRP20以及TOMIL2基因,这些基因均可能影响或调控机体的抗病及免疫能力,可以考虑作为京海黄鸡新城疫抗病性状的候选基因作为后续研究。没有发现与京海黄鸡传染性支气管炎显著相关的SNP位点,该性状可能是复杂性状,受到多种因素的影响。因此,本研究发现的几个标记位点可能对京海黄鸡的新城疫抗病性状存在一定的影响,可以作为候选基因,为京海黄鸡抗病育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。 相似文献
10.
本研究利用DNA直接测序技术对9个地方鸡种(北京油鸡、白耳鸡、溧阳鸡、河南斗鸡、泰和乌骨鸡、大骨鸡、狼山鸡、仙居鸡、茶花鸡)和1个引进品种(白来航蛋鸡)鸡Toll样受体1(chTLR1-1、chTLR1-2)、Toll样受体2(chTLR2-1、chTLR2-2)基因的全部外显子、部分内含子及5′调控区的序列进行单核苷酸多态性(SNPs)检测。结果共发现了27个SNP位点,96%的SNPs位于编码区,其中33%的SNPs为错义突变。chTLR2-1基因在所有品种中均未发现SNP位点,chTLR1-1、chTLR1-2和chTLR2-2基因在9个地方品种中突变位点较为丰富,且不同品种间SNP数量差别较大,但在白来航蛋鸡中均未发现SNPs位点。本试验为进一步开展地方鸡种chTLR1和chTLR2基因多态性与抗病研究提供了理论依据。 相似文献
11.
12.
试验旨在寻找影响京海黄鸡禽流感抗病性状的分子标记.本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了血清中的禽流感(H5亚型)抗体滴度,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS),检测与禽流感抗体滴度相关的SNP位点.结果发现2个在染色体水平上与禽流感抗病性状显著相关的SNPs位点,分别位于4号和10号染色体上,其中10号染色体上的SNP位于RNA甲基转移酶家族基因Nsun7内部.该基因与细胞增殖和分化、蛋白质的生物合成密切相关,具有重要的生物学功能,推断其可作为影响京海黄鸡禽流感抗病性状的新的候选基因. 相似文献
13.
采用PCR-SSCP方法检测京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡4个鸡品种STAT5b基因5′调控区部分序列的多态性,并分析其对京海黄鸡生长和繁殖性状的遗传效应,利用PHASE软件对2个多态位点进行单倍型分析。在5′调控区检测到C-1591T、G-250A 2个SNPs;单倍型分析产生4种单倍型H1(CG)、H2(TG)、H3(CA)、H4(TA),单倍型组合H1H4对初生重有极显著影响(P0.01);单倍型组合H3H4与8、16周龄体重存在正相关(P0.05),单倍型组合H1H2对开产蛋重有极显著影响(P0.01);单倍型组合H3H4的开产体重极显著高于其他单倍型组合(P0.01);在300日龄体重上,单倍型组合H1H1和H1H3显著高于H4H4(P0.05)。京海黄鸡STAT5b基因5′调控区的多态性对其生长和繁殖性状有一定影响,但是否可以作为影响京海黄鸡生产性状的遗传标记需进一步研究。 相似文献
14.
本研究旨在寻找甲状腺激素应答蛋白Spot14α(thyroid hormone responsive Spot14α,THRSPα)基因的多态位点,并分析其对京海黄鸡屠体和腹脂性状产生的影响。针对THRSPα基因外显子区,利用PCR-SSCP结合测序技术对379只140日龄京海黄鸡进行SNP检测,结果发现,该基因第1外显子区存在9 bp插入缺失多态位点,形成3种基因型：AA、AB和BB,2种等位基因：A、B,基因频率分别为0.4485、0.5515。相关分析结果表明,该位点对京海黄鸡140日龄活重、屠体性状（包括屠体重、头重、脚重、翅重、胸肌重、腿肌重、全净膛重、半净膛重）和腹脂性状均没有显著影响(P>0.05)。因此推断该多态位点在京海黄鸡分子辅助标记育种中不能作为屠体和腹脂性状筛选的候选分子辅助标记。 相似文献
15.
IGF-I与IGFBP-1基因对京海黄鸡生长性状的遗传效应分析 总被引：1，自引：0，他引：1
旨在对IGF-I和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析。试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应。结果表明,IGF-I基因外显子3序列的60bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21bp处有A→T的点突变,104bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442。IGF-I基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P<0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P<0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P<0.01)。因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程。 相似文献
16.
同源异型盒基因（homeobox genes,HOX）是在酵母乃至人类等几乎所有的真核细胞中均表达的一类基因。为了探究HOXC10基因表达规律及其生物信息学,采用qRT-PCR方法研究HOXC10基因在8周龄京海黄鸡心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸肌、腿肌、下丘脑和卵巢组织中的表达规律,检测其在300日龄高、低产组卵巢组织的表达差异,并通过多种在线软件对原鸡HOXC10基因进行生物信息学分析。结果显示,HOXC10基因在京海黄鸡腿肌中表达丰度极显著高于其他组织（P < 0.01）,且300日龄高产组中HOXC10基因表达丰度显著低于低产组（P < 0.05）。原鸡HOXC10基因序列与火鸡、野鸽、绿头鸭、人、小鼠、牛、猪、山羊及非洲爪蟾的同源性分别为77.4%、94.8%、98.6%、68.3%、67.9%、66.0%、59.0%、68.1%和79.4%;HOXC10基因共编码354个氨基酸,其中丝氨酸的含量最高,潜在的磷酸化位点有24个,在280~342的氨基酸序列内存在一个同源结构域,蛋白质亚细胞主要定位在细胞核中,且不包含跨膜结构。HOXC10基因在京海黄鸡生长和繁殖的基因调控网络中发挥了重要作用。 相似文献
17.
ZHANG Xiang-qian DONG Xin-long LING Jiao-jiao HAN Kun-peng ZHANG Tao WANG Jin-yu WANG Yong-juan 《中国畜牧兽医》2016,43(7):1702-1708
HOX genes express in nearly all eukaryotic cells such as yeast and human.To study tissue expression and bioinformatics of HOXC10 gene,the samples of heart,liver,spleen,lung,kidney,chest muscle,leg muscle,hypothalamus and ovary tissues were collected from 6 Jinghai Yellow chicken with 8-week-old to analyze the expression pattern of HOXC10 gene in different tissues by qRT-PCR method,and the different expression level were detected in ovary of 300 days old chickens in high yield group and low yield group.The bioinformatics of HOXC10 gene were analyzed by a variety of online softwares of Gallus gallus.The result showed that the expression level of HOXC10 gene in leg muscle was extremely significantly higher than that in other tissues of Jinghai Yellow chicken (P < 0.01);And it's expression level in low yield group was significantly higher than that in high yield group (P < 0.05);HOXC10 gene of Gallus gallus shared 77.4%,94.8%,98.6%,68.3%,67.9%,66.0%,59.0%,68.1% and 79.4% with Meleagris gallopavo,Columba,Anas platyrhynchos,Homo sapiens,Mus musculus,Bos taurus,Sus scrofa,Capra aegagrus hircus and Xenopus laevis,respectively;HOXC10 gene encoded 354 amino acids in which serine was the most abundant;There were 24 potential phosphorylation sites and a HD in 280 to 342 position of amino acid sequence;The subcellular of the encoding protein was mainly located in the cell nucleus,and it had no cross membrane structure.HOXC10 gene might play an important role in regulation network of growth and reproduction in Jinghai Yellow chicken. 相似文献
18.
DUAN Lian WANG Wen-hao LI Ting-ting WANG Jin-yu HAN Kun-peng WANG Yong-juan 《中国畜牧兽医》2016,43(5):1140-1147
The study was conducted to reveal the genetic basis of abdominal fat weight trait and scan molecular markers which could be used to improve the abdominal fat weight.The abdominal fat weight of female Jinghai Yellow chicken in core group were measured after being slaughtered.Genome-wide association study was carried out using specific-locus amplified fragment sequencing technology to detect SNPs associated with abdominal fat weight.Finally, five SNPs that associated with abdominal fat weight and reached suggestive genome-wide significance (P<1.1×10-5) were found, and four of them (rs18144674, rs18144680, rs12246236 and rs12257795) reached chromosome significance level.Three SNPs (rs18144674, rs18144680 and rs19745739) located in a 1.6 Mb area of chromosome 2, and two SNPs (rs12246236 and rs12257795) located in a 12 kb area of chromosome 14.Genes in the candidate regions with 0.1 Mb windows were screened.Finally, eleven candidate genes of VIM, TRDMT1, AXIN1, PDIA2, ARHGDIG, gga-mir-1763, gga-mir-1564, CLCN7, ECL1, DNASE1 and SDOS were obtained.The molecular function and biological processes were analyzed using GO database.The results showed that those genes might be candidate genes affecting abdominal fat weight in Jinghai Yellow chicken. 相似文献
19.
试验旨在揭示京海黄鸡腹脂重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡腹脂重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为研究对象,测定屠宰时的腹脂重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与腹脂重相关的SNPs位点。结果显示,共检测到5个在全基因组水平上与腹脂重存在潜在显著关联的SNP位点(P<1.1×10-5),并且4个处于染色体水平显著,分别为rs18144674、rs18144680、rs12246236、rs12257795。其中rs18144674、rs18144680、rs19745739位于2号染色体上一个1.6Mb区域内,rs12246236、rs12257795位于14号染色体上1个12kb区域内。筛选这2个区域0.1Mb范围内的基因,共找到11个可能的候选基因,分别为VIM、TRDMT1、AXIN1、PDIA2、ARHGDIG、gga-mir-1763、gga-mir-1564、CLCN7、ECL1、DNASE1和SDOS基因。使用GO数据库对该基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析,由结果推断出这些基因可能为影响京海黄鸡腹脂重性状的候选基因。 相似文献