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苜蓿基因组DNA提取和RAPD反应条件优选 总被引：24，自引：7，他引：17
采用CTAB法、N2-SDS法、SDS法和改进的CTAB法,提取苜蓿基因组DNA,比较其分离效果.结果表明,改进的CTAB法为最佳提取法.对RAPD反应程序中的一些重要参数进行摸索和优化试验,建立适合苜蓿RAPD分析应用的体系组成为:反应液总体积25μL,14ng/μL模板DNA,2.5μL10x反应缓冲液,10碱基引物浓度0.1μmol/L,TaqDNA聚合酶1U,dNTP浓度0.3mmol/L,Mg2+浓度2.5mmol/L.PCR反应循环为:94℃4min,36℃30s,2℃1min;94℃30s,36℃30s,2℃1min,45个循环;2℃延伸10min. 相似文献
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以"中苜一号"、"大西洋"、"渭南"3个苜蓿品种为材料,对RAPD反应条件中的MgCl2浓度、dNTP浓度、随机引物浓度、模板DNA用量、TaqDNA聚合酶用量以及扩增缓冲液浓度分别进行梯度试验.结果表明,该反应体系的体积为25 μL,MgCl2浓度为2.7 mmol/L,dNTP浓度为150 μmol/L,随机引物浓度为0.192 μmol/L,TaqDNA聚合酶用量为每一反应体系2 U,扩增缓冲液浓度(以KCl浓度为指标)为50 mmol/L,模板DNA用量为120 ng.通过试验建立了一套稳定的RAPD反应体系.该反应体系扩增效果好. 相似文献
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以CTAB法提取的本氏针茅(Stipa bungeana Trin.)基因组DNA为模板,采用正交试验设计和单因素分析相结合的方法,对影响本氏针茅ISSR-PCR反应体系中的DNA、Taq酶、dNTPs、引物和Mg2+进行优化,旨在建立适合本氏针茅ISSR-PCR分析的最佳反应体系。结果表明,在20μL的反应体系中各组分的浓度分别为:DNA(20ng/μL)2.5μL、Taq DNA酶(5U/μL)0.1μL、dNTPs(2.5mmol/L)1.6μL、引物(10μmol/L)2.3μL、Mg2+(25mmol/L)1.4μL、10×Buffer 2.5μL、ddH2O 9.6μL。经过体系验证和引物筛选试验表明该体系适于本氏针茅遗传多样性分析,该体系的建立为本氏针茅种质资源遗传多样性研究提供了理论基础。 相似文献
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紫花苜蓿RAPD反应条件优化 总被引：8，自引：3，他引：5
以"中苜一号"、"大西洋"、"渭南"3个苜蓿品种为材料,对RAPD反应条件中的MgCl2浓度、dNTP浓度、随机引物浓度、模板DNA用量、TaqDNA聚合酶用量以及扩增缓冲液浓度分别进行梯度试验.结果表明,该反应体系的体积为25μL,MgCl2浓度为2.7mmol/L,dNTP浓度为150μmol/L,随机引物浓度为0.192μmol/L,TaqDNA聚合酶用量为每一反应体系2U,扩增缓冲液浓度(以KCl浓度为指标)为50mmol/L,模板DNA用量为120ng.通过试验建立了一套稳定的RAPD反应体系.该反应体系扩增效果好. 相似文献
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桑天牛遗传多样性研究中AFLP反应体系的建立 总被引：1，自引：1，他引：0
建立适合的AFLP反应体系研究桑树主要害虫桑天牛(Apriona germari)的遗传多样性,有助于从分子水平分析桑天牛不同地理种群的遗传多样性以及开辟害虫防治新途径。对提取的桑天牛成虫基因组DNA预扩增中的Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、TaqDNA聚合酶的用量以及选择性扩增中的预扩增产物稀释倍数、dNTP浓度、引物浓度、Mg2+浓度和Taq酶的用量等进行单因素试验,优化反应体系。确定预扩增反应体系中的Mg2+终浓度为1.50mmol/L,dNTP终浓度为0.15mmol/L,引物浓度为10.0×10-7mol/L,Taq酶用量为1.00U;确定选择性扩增反应体系中的预扩增产物稀释倍数为40倍,dNTP终浓度为0.15mmol/L,引物浓度为5.00×10-7mol/L,Mg2+终浓度为1.50mmol/L,Taq酶用量为1.00U。用优化后的反应体系扩增得到了条带清晰的桑天牛AFLP图谱。 相似文献
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柱花草SRAP-PCR体系优化及其遗传多样性分析 总被引：5，自引：2，他引：3
以热研2号、热研13号柱花草为试验材料,对影响SRAP标记PCR反应的模板、Mg2+、dNTPs、酶及引物浓度进行了优化,建立了适合于柱花草SRAP标记的扩增体系。反应体系具体为:模板DNA 40 ng, Mg2+ 2.5 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,Taq酶1.0 U,引物0.3 μmol/L,反应总体积为25 μL。采用优化的扩增体系,对9份柱花草种质材料进行了遗传多样性分析。从48对SRAP引物中筛选出14对扩增清晰且多态性高的引物,共扩增出154条谱带, 其中有150条多态性谱带。多态性比率(PPB)达97.36%。应用NTSYSpc 2.1数据分析软件计算各品种间的遗传相似系数(GS),结果表明这些材料间的遗传相似系数的变化范围为0.386~0.882,平均遗传相似系数为0.631,平均遗传距离(GD)为0.369。通过UPGMA分子系统聚类法,将9份柱花草种质分为3个类群,有钩柱花草是第Ⅰ类,西卡柱花草是第Ⅱ类,热研5号、热研10号、热研13号、白花库克、热研2号、格拉姆、Tardio为第Ⅲ类。从遗传聚类图可以很明确地看出9份种源间的遗传距离及亲缘关系。对聚类结果分析显示,大部分具有亲缘关系的品种及形态学、生物学特征相近的品种聚在一类,说明聚类分析结果与系谱及生物学特征具有一定的相符性。 相似文献
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以裸果木新鲜叶片为材料,采用改进CTAB法提取基因组DNA,在参考一般RAPD分析反应程序的基础上,研究了裸果木RAPD分析过程中的影响因素Taq酶、Mg2+、dNTP、引物、模板DNA浓度、变性时间等,建立了适于裸果木RAPD反应的PCR体系:模板DNA为4ng/μL,引物浓度为0.3μmol/L,dNTP浓度为0.5mmol/L,Mg2+浓度为2.0mmol/L,Taq酶用量为1U,ddH2O补足25μL;94℃预变性5min,94℃变性45s,36℃退火40s,72℃延伸1min,共30个循环,最后72℃延伸10min,扩增结果稳定。 相似文献
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皖北黄牛随机扩增多态DNA研究 总被引：1，自引：0，他引：1
选取10条随机引物对皖北黄牛进行RAFD分析，从中筛选出3条可得到稳定扩增产物的多态性引物。根据RAPD结果分别计算了两两个体间的带纹相似率、平均带纹相似率、带纹的平均等位基因频率和平均带纹杂合度及遗传多样性指数，作亲缘关系的类平均聚类并绘制了相关关系聚类图。结果表明，皖北黄牛的基因杂合度较高，带纹总的平均等位基因频率、平均杂合度分别为0．55和0．57，群体内存在着较高的遗传变异。 相似文献
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The purposes of this study were to assess the genetic variability between Taoyuan (T) and Duroc (D) pigs using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprints and to evaluate the genetic relationship to a commercial synthetic line-Taiwan Black (TB) pig (75% D, 25% T). To assess the genetic variability between T and D, 71 random primers (Operon) were used for RAPD fingerprinting by polymerase chain reaction (PCR). The evaluation of the genetic relationship was based on band sharing frequency and band frequency. Thirty-five of the 71 primers (49%) could generate polymorphisms in RAPD fingerprints of T or D pigs. Twenty-two primers produced polymorphic bands from only T genomic DNA, and 14 primers could produce polymorphic bands from only D genomic DNA. These results indicated that there was some genetic difference between T and D pigs. The within-population genetic similarity (WGS) for T, D, and TB populations were 0.742, 0.747, and 0.745, respectively, the between-population genetic similarity (BGS) was 0.946 between T and TB; 0.953 between D and TB; and 0.934 between D and T. The parameters of genetic distance between T and TB; D and TB, T and D were 0.080, 0.064, and 0.096, respectively. When the values of genetic similarity and genetic distance between populations estimated as frequency of occurrence of bands showed lower genetic similarities between pig populations, but indicted similar relationship. TB was genetically more related to D than to T. It provided evidence of the usefulness of the RAPD technique to determine genetic relatedness among T, D, and TB. 相似文献
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淮南猪遗传特异性的RAPD分析 总被引：1，自引：1，他引：0
试验用150个10碱基随机引物对引入品种杜洛克猪、长白猪、大约克猪及河南地方品种淮南猪4个猪种基因组池DNA进行了RAPD分析。电泳检测结果发现,其中72个引物扩增出明显的多态性条带,共检测到911条扩增片段,其中多态性片段462条,占50.71%。统计分析结果表明,大约克猪与长白猪之间的遗传距离指数为0.0064,遗传关系最近;淮南猪与杜洛克猪、大约克猪遗传距离指数相近,分别为0.0068、0.0069,遗传关系较近;淮南猪与长白猪遗传距离指数为0.0072,遗传关系最远。结果显示,河南省地方品种淮南猪与其他引入品种之间有遗传的相似性,也存在差异,同时也证明了RAPD技术可以作为分子标记,很好地检测猪种群内的遗传变异及区分不同猪种的遗传检测方法。 相似文献
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不同秋眠性苜蓿SRAP体系优化及遗传多样性分析 总被引：10，自引：4，他引：6
用改良CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法提取苜蓿基因组DNA,用L16(45)正交设计,研究了模板DNA、dNTPs、Mg2+、Taq酶和引物的浓度对扩增迁移率重现性的影响,结果表明,在20 μL体系中含有50 ng DNA、1.4 mmol/L Mg2+、1.2 U Taq酶、0.4 mmol/L dNTPs和0.25 μmol/L浓度的引物最为稳定,重现率达到100%。利用最佳体系从100对引物中筛选出8对在34个苜蓿上扩增效果好的引物,共扩增出87个SRAP标记,有84个多态性位点。聚类分析结果表明,来自安徽和江苏两地的野生南苜蓿和其他栽培苜蓿的遗传差异最大,单独聚为一类;其他32个苜蓿品种在相似系数0.68附近聚为3个亚群,秋眠型苜蓿品种主要分布在第2个亚群中,半秋眠和非秋眠型苜蓿品种分布散乱,并不表现出成族分布,表明秋眠性与苜蓿的亲缘关系不完全一致。 相似文献
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利用SCoT标记分析不同秋眠型苜蓿的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
用L16(45)正交实验设计研究模板DNA、dNTPs、Mg2+、Taq酶和引物5个因素的浓度对SCoT扩增迁移率重现率的影响。结果表明,在20 μL反应体系中,2.5 ng/μL DNA、1.00 mmol/L Mg2+、1.20 U Taq酶、0.40 mmol/L dNTPs和0.30 μmol/L浓度的引物最为稳定,重现率达到100%。利用最优反应体系从50条引物中筛选出13条扩增效果好的引物,将它们分别扩增34个苜蓿品种,共检测到103个SCoT标记,其中92个位点具有多态性。聚类分析表明,从安徽和江苏两地收集的野生南苜蓿和栽培苜蓿的遗传距离最远,单独聚为一类;其余32个品种苜蓿在相似系数0.757附近分为3个亚群,秋眠型苜蓿品种主要分布在第Ⅱ亚群中,半秋眠型在3个亚群中都有分布,而非秋眠型苜蓿分布在第一和第二亚群中,表明SCoT标记的聚类结果在一定程度上能够反映苜蓿的秋眠型,但并不完全一致。 相似文献
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苜蓿假盘菌ISSR反应体系优化及指纹图谱构建 总被引：4，自引：1，他引：3
以北京苜蓿假盘菌(Pseudopeziza medicaginis (Lib.) Sacc.)菌株为试材,用ISSR-23引物[序列为(AC)8T]研究PCR反应体系的主要成分及退火温度对假盘菌ISSR扩增的影响,以期为苜蓿假盘菌的深入研究奠定基础。结果表明:Primer、Mg2+、Taq酶和dNTP浓度对扩增均有影响,以Primer影响最为明显;优化的反应体系为:20μL反应体系中含0.1 ng模板DNA,2.0mmol/L MgCl2、0.5μmol/L Primer、1U Taq DNA聚合酶、0.2 mmol/LdNTP,2μL 10×PCR Buffer和2.5%去离子甲酰胺;在此基础上,建立6个不同地理来源苜蓿假盘菌菌株的指纹图谱并分析其亲缘关系;对44条ISSR引物进行筛选,22条可产生清晰稳定的多态性条带,其中16条可将6个供试菌株完全分开,建立了苜蓿假盘菌指纹图谱;经聚类分析,在0.55遗传相似水平下,6个供试菌株分为两个遗传谱系,菌株的遗传谱系与其地理来源之间不表现相关性。 相似文献