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杜鹃是杜鹃花科（ Ericaeae）杜鹃花属（Rhododendron）植物,具有较高的观赏价值和生态维持价值。该研究采用 EST-SSR标记对湖北龟峰山32个天然杜鹃花样品进行遗传多样性分析,旨在为龟峰山杜鹃的育种研究及新品种选育提供理论基础。7对EST-SSR引物共扩增出31条多态性条带,平均每个位点的等位基因数为4.43个,平均观察杂合度Ho和期望杂合度He的值分别为0.67958和0.72314。该研究开发的 EST-SSR标记不仅丰富了现有的 SSR数据库,也为后续分子标记辅助育种、遗传多样性和遗传结构分析、亲缘关系分析奠定了基础。 相似文献
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小豆SSR分子标记遗传连锁图谱构建 总被引：2，自引：1，他引：1
【目的】以小豆SSR为锚定标记,将公开发表的豇豆SSR、普通菜豆SSR和EST-SSR标记定位整合到小豆遗传连锁群中,构建中国小豆遗传图谱,为小豆基因定位、图位克隆和分子标记辅助选择育种提供更多可用的分子标记。【方法】用1 473对SSR和EST-SSR引物进行PCR扩增,包括906对豇豆SSR、123对普通菜豆和196对小豆SSR引物及248对普通菜豆EST-SSR引物,筛选亲本间多态性标记,验证栽培小豆HB801×AG109及GM892×AG110的F2分离群体。【结果】整合和构建了含有145个SSR和EST-SSR标记小豆遗传连锁图谱,包括59个小豆SSR标记,新增63个豇豆SSR、9个普通菜豆SSR、14个普通菜豆EST-SSR标记和1个茎色标记。紫茎色性状被定位在第9连锁群,离CEDG022和cbess058标记的遗传距离分别为0.9 cM和0.1 cM。图谱全长823 cM,覆盖11个连锁群,每个标记间平均距离为5.64 cM。每个连锁群长度为49.1—125.6 cM,平均长度74.82 cM;每条染色体上的标记数7—26个,平均13.27个。【结论】率先把小豆近缘物种分子标记引入小豆,加密了小豆SSR分子标记遗传连锁图谱。 相似文献
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杨树Genomic-SSR与EST-SSR分子标记遗传差异性分析 总被引：5，自引：1，他引：4
利用16个杨树无性系对Genomic-SSR和EST-SSR两种SSR标记的遗传差异性进行分析。统计分析结果表明,Genomic-SSR平均检测到的等位基因数为4.1、Shannon指数为1.0646、观测杂合度为0.4427、期望杂合度为0.5523;EST-SSR平均检测到的等位基因数为2.8、Shannon指数为0.6985、观测杂合度为0.2330、期望杂合度为0.4684。聚类分析结果显示,EST-SSR相对Genomic-SSR能更精准地鉴别基因型。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面EST-SSR与Genomic-SSR均具有显著的遗传差异性。通过对两种分子标记遗传差异的比较分析,可为合理利用SSR标记进行物种遗传多样性等相关研究提供依据。 相似文献
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基于表达序列标签(EST)的SSR标记因开发简便、快捷等特点,已在植物研究中得到广泛应用。简要列举木本植物中EST-SSR的可利用性和通用性,重点综述EST-SSR的多态性及其在木本植物遗传多样性评价方面的应用,期望为今后的相关研究提供参考。 相似文献
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为了弄清交链格孢菌(Alternaria alternata) EST数据库中的SSR信息资源,并开发可用于研究近缘种细极链格孢(Alternaria tenuissima)遗传多样性的EST-SSR分子标记。从NCBI数据库下载A.alternata表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)共727条,经过研究分析发现,A.alternata EST中SSR含量非常丰富,每5.343 kb含有1个SSR位点。根据SSR两端保守序列,设计合成13对EST-SSR引物,对来自新疆不同地区不同寄主的38株A.tenuissima进行通用性检测。检测结果显示共有5对引物能扩增出多态性条带,扩增多态率为55.56%。因此,基于A.alternata EST数据库开发的SSR分子标记,在开展近缘种A.tenuissima遗传多样性研究时具有较好的通用性。 相似文献
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利用不同分子标记分析烟草种质资源多态性 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]研究烟草种质资源的遗传多样性及亲缘关系。[方法]利用SSR、EST-SSR和In Del这3种分子标记对53份不同类型的烟草材料进行区别与鉴定。[结果]53份烟草材料可分为2大类群,2个亚类;与EST-SSR和SSR分子标记相比,In Del分子标记以其扩增谱带少、特异性强,易于识别和统计,更适合用于烟草种质资源遗传多样性分析与研究。[结论]该研究能够较好地揭示烟草栽培品种类型间的遗传多样性与亲缘关系,可为烟草种质鉴定和遗传连锁图谱构建提供科学依据。 相似文献
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基因组SSR与EST-SSR标记在杨树不同种间的遗传差异 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨基因组SSR与EST-SSR标记在杨树不同种间的遗传差异,采用两种SSR标记技术对来自5个杨树不同派间不同种的15份材料进行了遗传分析,并对两种不同标记方法进行分析比较.结果表明:EST-SSR标记相比基因组SSR在杨树不同种间具有更好的通用性,而且EST-SSR位点整体揭示的遗传多样度高于基因组SSR位点;同时... 相似文献
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草莓EST-SSR标记开发及在品种遗传多样性分析中的应用 总被引：4，自引：0，他引：4
【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签（expressed sequence tag,EST）55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性。【结果】55 750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个。其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占36.17%、26.51%和19.87%。60对引物中有42对引物能在20个草莓品种中扩增出理想的PCR产物,其中36对引物扩增条带具有多态性。利用11对验证的EST-SSR引物分析了20个草莓品种的亲缘关系。【结论】草莓EST-SSR标记的开发对于草莓品种鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。 相似文献
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Development of Soybean EST-SSR Markers and Their Use to Assess Genetic Diversity in the Subgenus Soja 总被引：1，自引：0，他引：1
LIU Yu-lin LI Ying-hui ZHOU Guo-an Uzokwe N CHANG Ru-zhen CHEN Shou-yi QIU Li-juan 《中国农业科学(英文版)》2010,9(10):1423-1429
Developing expressed sequence tag-derived SSR （EST-SSR） markers is imperative in genetic research. In this paper, we reported 37 EST-SSR markers which were developed from 286 unigenes obtained from soybean cDNA library. Among the 286 markers designed for the 4 accessions of Glycine max and 6 of its wild progenitor （G. soja） within the subgenus Soja, 209 markers amplified DNA fragments, taking 73.1% and 37 markers appeared to be polymorphic, which was 12.9% of the total. The 37 loci detected a total of 142 alleles, while the PIC values varied from 0.194 to 0.794. Both the number of alleles per locus and PIC value were significantly related to the SSR motif. Six EST-SSR loci may be fixed for different alleles between G. max and G. soja since they were particularly polymorphic among the 6 G. soja accessions. A neighbor-joining tree placed the G. max accessions together as a group within the G. soja, though the average genetic distance among G. soja accessions was much higher. These new EST-SSRs markers will be useful for genetic diversity analysis, genetic mapping construction and gene discovery in Soja subgenus. 相似文献
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用EST-SSRs研究小麦遗传多样性 总被引：17，自引：3，他引：17
小麦EST-SSRs是从小麦ESTs序列（表达序列标签）中开发的一种新型SSR标记。研究采用35对小麦EST-SSRs标记检测了 96份小麦材料的遗传多样性。结果表明，这些小麦EST-SSRs引物均可获得清晰的预期产物，共检测到129个等位变异，其中87.6%有多态性，大多数引物有2～4个等位变异；其中部分引物可用于普通小麦及其近缘种属的亲缘关系研究，并可根据特征带谱鉴定部分小麦品种；在相似系数为0.745的水平可将人工合成双二倍体小麦材料和一般小麦品种区分开来。与基因组SSR标记相比，EST-SSRs这种新型分子标记来源于表达基因，将其用于小麦遗传研究可直接反映相关基因在不同小麦品种间的表达差异。 相似文献
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利用课题组已开发的80个具有良好多态性的EST-SSR标记对已构建的遗传连锁图进行加密.结果表明,共有16个EST-SSR标记在父母本间具有良好的多态性,多态性标记频率为20%；后代群体基因型数据经x2测验符合1:1分离比例；经连锁分析,16个差异EST-SSR标记被整合到已构建的具有19个连锁群的分子遗传连锁图谱中,... 相似文献
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GONG Ya-ming XU Sheng-chun MAO Wei-hua LI Ze-yun HU Qi-zan ZHANG Gu-wen DING Ju 《中国农业科学(英文版)》2011,10(6):838-844
Faba bean (Viciafaba L.), one of the most important legumes in the world, evolved different types of cultivars due to its partial cross-pollination. The development of simple sequence repeat (SSR) markers from expressed sequence tags (EST) provided a useful tool for investigation of its genetic diversity. The purpose of the present study was to investigate the genetic diversity of faba bean from China and Europe using EST-SSR markers. 5 031 faba bean ESTs from the NCBI database were downloaded and assembled into 1148 unigenes. A total of 107 microsatellites in 96 unigenes were identified, indicating that merely 8.36% of sequences contained SSRs. The most abundant SSR within faba bean was tri-nucleotide repeat motif, and among all the tri-nucleotide repeats, the motif AAG/CTT was the most abundant type. Based on these results, 11 EST-SSR markers were used to assess the genetic diversity of 29 faba bean cultivars from China and Europe with two to three alleles per locus. The polymorphism information content value ranged from 0.0644 to 0.4278 with an average of 0.2919. Principal coordinate analysis (PCA) and phylogenetic clustering based on these 11 EST-SSR markers distinguished these cultivars into different groups. The results indicated that faba bean in China had a narrow genetic basis, and the additional sources of genetic cultivars/accessions should be introduced to enhance the genetic variability. The results of this study proved that the EST-SSR marker is very effective in evaluation of faba bean germplasm. 相似文献
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Genetic Variation in Triticum turgidum L.ssp.turgidum Landraces from China Assessed by EST-SSR Markers 总被引：3，自引：0，他引：3
It was helpful for the wheat improvement to evaluate the genetic resources of Triticum turgidum L. ssp. turgidum landraces. In this study, 68 turgidum landraces accessions, belonging to four geographic populations in China, were investigated by using EST-SSR markers. A total of 63 alleles were detected on 22 EST-SSR loci, and the number of alleles on each locus ranged from 1 to 5, with an average of 2.9. The results of the analysis of molecular variance （AMOVA） indicated that 92.5% of the total variations was attributed to the genetic variations within population, whereas only 7.5% variations among populations. Although the four populations had similar genetic diversity parameters, Sichuan population was yet distinguished from other populations when comparing the population samples in pairs. Significant correlations were detected by the statistic analysis among six genetic diversity parameters among each other. The selection difference between heterozygosty and homozygosty was also observed among different EST-SSR locus. The genetic similarity （GS） ranged from 0.18 to 0.98, with the mean of 0.72, and all accessions could be clustered into 7 groups. The dendrogram suggested that the genetic relationships among turgidum accessions evaluated by EST-SSR markers were unrelated to their geographic distributions. These results implied that turgidum landraces from China had the unique characters of genetic diversity. 相似文献
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亚麻EST-SSR标记开发 总被引：1，自引：0，他引：1
为了进一步开发利用现有亚麻EST-SSR资源,从NCBI公共数据库下载7 947条亚麻EST,去除低质量和冗余序列后,筛选得到含有SSR的序列共239条,检出率为3.0%。其中二核苷酸重复49条,共7个重复类型;三核苷酸重复160条,共41个重复类型;四核苷酸重复30条,共11个重复类型。根据不同的重复类型共设计65对EST-SSR引物,在20份材料PCR扩增检测结果表明,有52对引物有目的扩增产物,其中32对扩增条带清晰且具有多态性,占设计引物的49.2%,通过聚类分析可将20份亚麻材料划分为五大类,验证了EST-SSR分子标记在亚麻遗传多样性分析中应用的可行性。 相似文献