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1.
为研究烟草PPO的理化特性,采用PROTPARAM、SMART和NPSA-PRABI工具解析烟草PPO成员的生理特性、结构域和二级结构。结果表明:烟草PPO为酸性氨基酸,NtPPO1、NtPPO2和NtPPO3属于不稳定的蛋白,其中以NtPPO1的耐热性相对较强,三者共同含量较高的氨基酸为亮氨酸和脯氨酸;NtPPO1、NtPPO2和NtPPO3均含有Tyrosinase、PPO1_DWL和PPO1_KFDV结构域,且NtPPO1和NtPPO2含有信号肽;烟草PPO成员的二级结构主要为无规则卷曲,其次是α-螺旋,各二级结构排列较为分散。 相似文献
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烟草多酚氧化酶生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为对烟草多酚氧化酶进行生物信息学分析,利用ProtScale、PhyML和Meme工具读取烟草多酚氧化酶,进行疏水性、进化树和保守基序分析。结果表明,烟草多酚氧化酶各成员均为亲水性氨基酸;多酚氧化酶成员的进化树被划分为三类,其中烟草和番茄聚为一类,第二类中的成员最多;NtPPO1、NtPPO2和NtPPO3均含有相同的保守基序,NtPPO1和NtPPO2分布位置较为相似,而NtPPO3与其存在一定的差异。 相似文献
3.
为从生物信息的角度研究烟草泛素激活酶E1,使用Sopma、Swiss model和Meme工具分析烟草泛素激活酶E1序列的二级结构、空间结构和保守基序。结果表明:烟草泛素激活酶E1的各成员中,以NtUAE2的α-螺旋含量最大,空间结构较为稳定;烟草泛素激活酶E1空间结构的主体结构具有3个分支,功能域位于其间,NtUAE1和NtUAE2空间结构模板为6dc6.2.A;NtUAE3的模板为3cmm.2.A;烟草泛素激活酶E1的保守基序中,Motif 3和Motif 4为泛素激活酶的催化半胱氨酸结构域。 相似文献
4.
【目的】克隆得到柴达木盆地梭梭AQP基因并预测其结构.【方法】以柴达木盆地梭梭同化枝为材料,RT-PCR扩增其AQP基因并进行序列测定.【结果】所得柴达木盆地梭梭AQP基因的碱基数为481个,编码160个氨基酸.AQP亲水性、二级结构、跨膜螺旋区、三级结构预测显示柴达木盆地梭梭AQP二级结构主要为α螺旋和无规则卷曲.AQP有1个N-糖基化位点,2个蛋白激酶C磷酸化位点,4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,2个N-端豆蔻酰化位点,1个微体细胞C端靶信号和1个白细胞介素10家族信号.此外AQP蛋白的亲水性较弱,具有3个跨膜螺旋区.柴达木盆地梭梭AQP三维结构预测结果显示其主要由α螺旋和无规则卷曲互相盘绕而成,含有少量β折叠.【结论】研究结果为下一步柴达木盆地梭梭AQP基因的表达特性及功能研究提供了依据. 相似文献
5.
《西北林学院学报》2016,(3)
对柴达木盆地梭梭的NHX基因进行扩增,并利用生物软件对NHX基因序列进行分析,对蛋白结构进行预测。结果表明:柴达木盆地梭梭NHX基因长度1 677bp,编码559个氨基酸。NHX蛋白预测显示柴达木盆地梭梭NHX蛋白定位于液泡膜,二级结构主要为α螺旋和无规则卷曲,具有4个N-糖基化位点,1个cAMP、cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点,8个蛋白激酶C磷酸化位点,8个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,9个N-豆寇酰基化位点及1个亮氨酸拉链模型。此外NHX蛋白的亲水性较弱,具有12个跨膜螺旋区。三维结构预测显示NHX蛋白三维结构均主要由α螺旋和无规则卷曲互相盘绕而成,含有少量β折叠,研究结果为下一步柴达木盆地梭梭NHX基因的表达特性及功能研究提供了依据。 相似文献
6.
烟草β-1,3-葡聚糖酶的蛋白序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
葡聚糖酶是分布较为广泛且参与植物生理活动的一类蛋白,研究烟草葡聚糖酶蛋白序列,对掌握其作用机制具有重要的意义。分别采用NETPHOS,SMART,MEM,CLUSTAL和MEGA工具检测并分析烟草葡聚糖酶的磷酸化位点、蛋白结构、保守基序和进化树。结果表明,Nt BGl均含有丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸的磷酸位点,其中Nt BGl-2磷酸位点最多(分别为25,8,4个);Nt BGl均含有信号肽和O-糖基水解酶结构域,能够参与多种碳水化合物代谢过程,具有水解酶活性和水解O-糖基化合物的功能;Nt BGl具有的核心保守基序区为Motif-1—Motif-2—Motif-7—Motif-5—Motif-3—Motif-4—Motif-6,Nt BGl-1和Nt BGl-2含有特异的Motif-8,Motif-9和Motif-10;烟草的葡聚糖酶与拟南芥聚为一类,且Nt BGl-1和Nt BGl-2属于亚组Ⅰ,Nt BGl-3属于亚组Ⅱ。 相似文献
7.
烟草的抗性与其组织的木质素含量具有一定的关系,而咖啡酸3-O-甲基转移酶影响木质素的合成。为清楚地认识烟草咖啡酸3-O-甲基转移酶,本研究采用Interpro、NetPhos和TNT工具对烟草咖啡酸3-O-甲基转移酶成员的结构域、磷酸化位点和进化树进行分析。结果表明,烟草咖啡酸3-O-甲基转移酶具有相同的植物甲基转移酶二聚化结构域和O-甲基转移酶结构域,前者位于烟草咖啡酸3-O-甲基转移酶序列的第33～85位之间,后者位于序列的第128～358位之间;NtCOMT1和NtCOMT2的丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸数目较为相似,而NtCOMT3的磷酸化位点数目明显大于NtCOMT1和NtCOMT2的数目,且三者均以酪氨酸数目最少;NtCOMT3属于进化树的第一类,而NtCOMT1和NtCOMT2属于进化树的第二类,烟草与马铃薯的咖啡酸3-O-甲基转移酶进化程度较为相似。 相似文献
8.
【目的】对玉米中长链酰基辅酶A合成酶1(ZmLACS1)基因及其蛋白磷酸化位点进行鉴定,为研究玉米脂肪酸的降解及其利用机制奠定基础。【方法】通过结构域分析查找质谱鉴定到蛋白中的长链酰基辅酶A合成酶1,通过系统发育树分析判断玉米中长链酰基辅酶A合成酶1与拟南芥超家族中长链酰基辅酶A合成酶的同源性,通过质谱分析鉴定该蛋白的磷酸化修饰位点。通过3D建模模拟长链酰基辅酶A合成酶1的结构以及磷酸化位点所在位置。【结果】玉米长链酰基辅酶A合成酶1(ZmLACS1)与拟南芥中的长链酰基辅酶A合成酶1(AtLACS1)具有高度同源性;通过质谱分析鉴定到3个该蛋白的磷酸化位点分别为S360、Y365和S366,同时鉴定到的磷酸化位点位于长链酰基辅酶A合成酶的保守结构域(AMP-binding domain)中,3个磷酸化位点位置一致,位于两个α螺旋中间,处于蛋白结构的关键位置。【结论】磷酸化修饰可能是调节长链酰基辅酶A合成酶1功能的关键性方式之一,ZmLACS1可能与AtLACS1在功能上具有相似性。 相似文献
9.
利用RT-PCR技术从马铃薯普通栽培品种‘陇薯3号’试管苗根部扩增得到StSnRK2.4基因的cDNA序列,并对其编码蛋白进行特性和结构分析.结果表明:该基因序列全长1 083bp,编码360个氨基酸,与烟草SnRK2家族基因具有较高的同源性,达95.56%,已注册该基因到GenBank(No.JX280914);该蛋白分子量为41.49kU,理论等电点为5.52,是一个不跨膜的膜内蛋白,主要存在于细胞核中,含有依赖cAMP/cGMP蛋白激酶磷酸化、蛋白激酶C磷酸化、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化、酪氨酸蛋白激酶磷酸化和豆蔻酰化位点,丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性位点信号序列和蛋白激酶ATP结合区域信号序列,推测该基因功能与植物抗逆境胁迫有关. 相似文献
10.
对稻瘟病菌一个假定的α-1,2-甘露糖苷酶MgManⅠ生物信息学进行分析的结果表明,该蛋白与海枣曲霉、桔青霉等丝状真菌的已知α-1,2-甘露糖苷酶(EC 3.2.1.113)氨基酸序列具有高度同源性,并具有其相同的活性中心位点.基序分析表明,该蛋白可能含有4个N-糖基化位点、3类19个磷酸化位点和12个N-肉豆蔻酰位点.该蛋白的相对分子质量预测为58.2 ku,理论等电点pI为5.17,并且为细胞外分泌蛋白,信号肽剪切位点为21A和22S之间.系统发育分析表明:MgManⅠ与丝状真菌中的海枣曲霉、桔青霉α-1,2-甘露糖苷酶之间亲缘关系最近,形成一大类;动物的α-1,2-甘露糖苷酶与植物的α-1,2-甘露糖苷酶分别聚成二大类;酿酒酵母α-1,2-甘露糖苷酶ScManⅠ与丝状真菌不同,单独成为一类.进一步以已知结构的PcManⅠ为模板,通过同源建模得到的三维结构图形基本反映了MgManⅠ的空间构象,为深入研究该蛋白的生化特性和生物学功能奠定了基础. 相似文献
11.
为了在基因水平上给动物的营养代谢研究提供基础性资料,为系统研究剑白香猪这一优质猪种提供参考,以剑白香猪肌肉组织中的总RNA为模板,克隆了剑白香猪的GLUT-4cDNA序列,并对其序列进行了分析。结果表明:克隆片段总长为1 616bp,包含一个长1 530bp的开放阅读框(ORF),编码509个氨基酸残基的蛋白;该蛋白的相对分子质量为54.809 4kDa,等电点为6.98,包含30个功能位点,即3个N-糖基化位点、1个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、2个酪氨酸激酶磷酸化位点、4个蛋白激酶C磷酸化位点、2个酰胺化位点、12个N-豆蔻酰化位点、1个糖转运蛋白signature 1位点和1个糖转运蛋白signature 2位点;剑白香猪与牛、兔、小家鼠、人、马、黑猩猩、褐家鼠、非洲爪蟾GLUT-4基因编码序列的同源性分别为91.76%、90.52%、87.91%、90.52%、92.29%、90.46%、87.52%和65.82%,氨基酸序列的同源性分别为94.7%、95.68%、94.11%、95.09%、94.89%、95.28%、94.5%和68.31%。 相似文献
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《福建农林大学学报(自然科学版)》2021,(3)
以奶牛乳腺组织cDNA为模板,采用PCR技术扩增奶牛Klf4基因CDS区和3′UTR,同时构建PMIR-Klf4-3′UTR表达质粒;应用生物信息学方法对Klf4基因CDS区及其编码蛋白的理化性质、亚细胞定位、翻译后的修饰结构和蛋白结构进行生物信息学分析.结果表明:奶牛Klf4基因CDS区长度为1 434 bp,可编码477个氨基酸,分子质量为50 759.17 u,理论等电点为8.76,属于亲水性蛋白.Klf4基因3′UTR长度为366 bp,酶切重组PMIR-Klf4-3′UTR表达质粒得到长度分别为366和6 470 bp的两条带,表明成功构建了重组质粒.同源性和遗传进化分析可知,牛Klf4基因与山羊、绵羊的亲缘性最近,达到98%以上,与斑马鱼的亲缘关系最远.KLF4蛋白有56个磷酸化位点,包含16个苏氨酸磷酸化位点、37个丝氨酸磷酸化位点和3个酪氨酸磷酸化位点.在二级结构和三级结构中,KLF4蛋白α-螺旋占18.03%,无规则卷曲占68.76%,存在3个锌指结构域.本研究为进一步探讨Klf4基因在奶牛乳腺炎表观遗传学调控过程中的作用提供数据支撑. 相似文献
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[目的]研究不同浓度紫杉醇对A549细胞周期、凋亡和4EBP1分子磷酸化的影响。[方法]采用不同浓度紫杉醇处理A549细胞,建立凋亡和G2／M期阻滞模型;分别用流式细胞术分析细胞凋亡和细胞周期;用免疫印迹方法分析4EBP1的表达与磷酸化。[结果]G2／M期细胞百分率随紫杉醇浓度的增加而增加,但细胞凋亡率随紫杉醇浓度的增加而下降。随G2／M阻滞的增加,4EBP1分子3组丝／苏氨酸位点磷酸化均增强。[结论j紫杉醇在G2／M期上调A549细胞内4EBP1分子多位点的磷酸化。 相似文献
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利用RACE技术首次从荸荠中克隆得到PPO基因全长cDNA序列,并分析其在鲜切荸荠贮藏过程中的表达变化。克隆得到的荸荠PPO基因cDNA序列全长为2 006 bp,开放阅读框长度为1 734 bp,编码577个氨基酸,命名为CwPPO(登录号:MG702489)。预测分析表明,CwPPO编码蛋白质的分子量为64.86 ku,分子式为C_(2891)H_(4417)N_(795)O_(873)S_(18),理论等电点为6.50,属亲水性蛋白。CwPPO蛋白可能定位于线粒体基质空间,具有3个典型的保守结构域和2个铜离子结合域。此外,预测发现CwPPO有20个丝氨酸磷酸化位点、7个苏氨酸磷酸化位点及6个酪氨酸磷酸化位点,其二级结构以不规则卷曲为主。系统发育分析显示,CwPPO蛋白与菠萝、油棕有较近的亲缘关系。荧光定量分析发现,CwPPO在鲜切荸荠中的初始表达水平较低,但在贮藏后期表达量快速提高。 相似文献
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兴奋性氨基酸转运载体EAAC1是肠道内谷氨酸的主要载体.本研究根据人的基因编码区设计一对特异性引物,以藏猪空肠总RNA为模板,通过RT-PCR获得一长约1600 bp的cDNA片段,T/A克隆后测序,并进行序列分析;将该基因片段连接到原核表达载体pET-32a(+)中构建融合表达质粒,转化到E.coli BL21(DE3)中进行表达.测序结果显示,获得的cDNA全长为1575 bp,编码524个氨基酸;EAAC1分子量为57 kD,等电点为5.34,GenBank登录号为GQ375513;该蛋白质具有3个N-糖基化位点、8个蛋白激酶C磷酸化位点和1个cAMP/cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点,含有7个跨膜结构域和一个信号肽序列;SDS-PAGE电泳检测结果表明,表达蛋白质与预期蛋白质大小一致.上述结果为进一步研究EAAC1的功能及其调控奠定了基础. 相似文献
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《江西农业学报》2022,(9)
对9种不同植物的无色花青素还原酶及其基因进行生物信息学分析,探索该蛋白的结构并预测LAR的功能。通过生物信息学软件对Gen Bank中已经登录的不同植物LAR基因和氨基酸序列进行分析,对其组成成分、理化性质、翻译后修饰位点、功能域、二级结构、亚细胞定位、分子进化等进行预测和推断。结果表明,9种植物无色花青素还原酶基因全长在1.01.2 kb,编码3421.2 kb,编码342391个氨基酸,不具有信号肽;9种植物LAR都具有蛋白激酶C磷酸化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和N-端肉豆蔻酰化位点,个别植物LAR具有N-端糖基化位点、酪氨酸激酶磷酸化位点和c AMP和c GMP依赖蛋白激酶磷酸化位点;二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主;进化分析表明禾本科的玉米与其他科植物亲缘关系较远。 相似文献
18.
黄淮麦区小麦品种PPO活性基因等位变异的检测及分布 总被引：1，自引：0，他引：1
《扬州大学学报(农业与生命科学版)》2016,(3)
以黄淮麦区254份小麦品种资源为材料,利用PPO16、PPO18和PPO29等3个PPO活性相关的分子标记,对供试材料中PPO-2A和PPO-2 D位点的等位变异进行检测。结果表明:在PPO-2A位点,等位变异PPO-A1a(高PPO活性)和PPO-A1b(低PPO活性)的比例分别为59.1%和40.9%;在PPO-2 D位点,等位变异PPO-D1a(低PPO活性)和PPO-D1b(高PPO活性)的比例分别为56.7%和43.3%。4种等位变异组合类型PPO-A1a/PPO-D1a(中等PPO活性)、PPO-A1a/PPO-D1b(最高PPO活性)、PPO-A1b/PPO-D1a(最低PPO活性)和PPO-A1b/PPO-D1b(中等PPO活性)的分布频率依次为33.8%、24.8%、22.8%和18.6%。黄淮麦区不同地区小麦品种中PPO活性等位变异组合类型的分布频率不同。低PPO活性组合PPO-A1b/PPO-D1a在河南地区小麦品种的分布频率最低,该地区小麦品质改良应加强对低PPO活性的选育。 相似文献
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以烟草根尖组织cDNA为模板,RT-PCR结合电子克隆得到NtWRKY-R1基因的完整ORF,序列分析显示,NtWRKY-R1具有WRKY转录因子家族典型的WRKYGQK保守结构域及C2H2的锌指结构,属于WRKY转录因子家族第Ⅱ类。采用生物信息学方法对NtWRKY-R1蛋白的理化性质、进化关系和磷酸化位点进行预测和分析,结果表明,NtWRKY-R1与茄科植物保守结构域的同源性及系统进化关系最近;磷酸化位点分析显示该蛋白可能通过磷酸化作用修饰,进而对其相应的代谢活动进行调节。通过构建真核表达载体、建立瞬时表达分析体系,结果显示,NtWRKY-R1基因的过表达导致JA信号途径标记基因PDF1.2及烟碱合成关键酶基因PMT1表达量降低,推测NtWRKY-R1基因影响JA信号途径,进而调控烟碱合成。 相似文献
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【目的】本文系统分析了谷子e IF5A基因家族在谷子中如何发挥作用。【方法】利用谷子基因组数据库,运用生物信息学方法,鉴定谷子e IF5A基因家族的基因结构、染色体定位、编码蛋白和磷酸化位点预测,通过序列比对进行进化和分类分析。【结果】谷子含有4个e IF5A基因,均含有4个内显子,分布于谷子的3条染色体上。MEME保守基序分析显示,谷子e IF5A蛋白均含有1个保守的DNA结合寡核苷酸结合结构域(PF01287)。磷酸化位点预测分析表明谷子e IF5A蛋白均含有大量潜在磷酸化位点。【结论】以上结果将为今后揭示谷子e IF5A蛋白功能提供重要的线索。 相似文献