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1.
【目的】分析长春花Catharanthus roseus受黄龙病菌Candidatus Liberibacter asiaticus侵染后多酚氧化酶(PPO)基因的表达及活性变化。【方法】根据不同作物多酚氧化酶基因PPO序列的相似性,筛选出长春花多酚氧化酶基因Pw PPO引物,PCR扩增得Pw PPO基因片段,运用qRT-PCR和生理生化方法分析长春花嫁接黄龙病芽后,不同时间长春花叶、主茎和根中Pw PPO基因的表达量和酶活性变化。【结果】长春花受黄龙病菌侵染后,叶、主茎和根中Pw PPO基因的表达分别在嫁接后30、35和40 d上调表达4.23、12.64和33.80倍,不同组织中Pw PPO基因上调表达的时间和幅度不同。染病长春花的叶、主茎和根中PPO活性分别在嫁接后30、35和45 d为对照的2.87、2.10和1.89倍。【结论】Pw PPO基因表达量与PPO活性成正比,与长春花抵抗黄龙病菌侵染的能力密切相关。 相似文献
2.
为阐明克氏原螯虾(Procambarus clarkii) doublesex(PcDsx)的功能,采用RACE技术克隆获得PcDsx cDNA序列,利用qRT-PCR检测该基因的表达情况。生物信息学分析结果显示,该基因cDNA全长1 584 bp,包括243 bp 5′UTR、765 bp ORF(编码254 aa)和576 bp 3′UTR;PcDsx蛋白包含1个保守的DM结构域,与东方刺龙虾(Sagmariasus verreauxi)SvDsx的DM结构域相似性较高。基因表达分析结果显示,PcDsx广泛表达于成年克氏原螯虾的各组织中,其中克氏原螯虾触角腺中该基因的相对表达量最高,性腺和肌肉中的相对表达量也较高,并且发现该基因在成年雌虾多种组织中的表达与相应雄虾组织中的表达存在显著性差异;克氏原螯虾早期发育不同时期表达分析结果表明,PcDsx的表达水平在出膜后3 d达到一个高峰,而幼虾中PcDsx的最高表达分别出现在出膜后41 d和115 d,此外,该基因在出膜后期雌雄幼虾中的表达亦表现出显著性差异。 相似文献
3.
[目的]获得卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)HSP30基因并探讨其组织表达.[方法]采用RACE的方法从卵形鲳鲹脾组织克隆HSP30基因的cDNA全序列,并用荧光定量PCR分析在健康鱼及哈维氏弧菌感染后HSP30基因的组织表达.[结果]HSP30基因cDNA序列全长913 bp,包含5′非编码区(5′UTR)89 bp、3′非编码区(3′UTR)188 bp,开放阅读框(ORF)636 bp,编码211个氨基酸.预测其氨基酸序列成熟肽的蛋白分子质量为24.1 kD,理论等电点为5.62.HSP30包括N-末端序列(NTS)、α-晶状体蛋白结构域(ACD)、C-末端序列(CTS)和C-末端延伸(CTE).系统进化分析结果显示卵形鲳鲹HSP30与高体鰤(Seriola dumerili)HSP30聚为一支.卵形鲳鲹HSP30基因在各组织中均有不同程度的表达,其中肝组织中表达量最高,其次为皮肤、肌肉、脾、心、肾,其他组织的表达量较低.哈维弧菌侵染卵形鲳鲹后,肝、脾和肾组织中HSP30基因mRNA表达量均升高,肝组织中变化最显著.[结论]成功克隆了卵形鲳鲹HSP30基因,为进一步揭示卵形鲳鲹HSP30的抗菌免疫应答机制提供了理论依据. 相似文献
4.
为初步探究暗纹东方鲀sox9基因在性腺发育和性别分化过程中的作用,通过设计兼并引物、RACE及荧光定量PCR技术,成功克隆出暗纹东方鲀sox9基因的cDNA全长序列,并分析其相应的生物信息学特征及其在雌雄个体的组织表达水平。结果表明:sox9a基因cDNA全长为1 248 bp(NCBI登录号:MH218818),包括684 bp的ORF,编码227个氨基酸,297 bp的5′UTR和267 bp的3′UTR。sox9b基因全长为1 941 bp(NCBI登录号:MH218819),包括1 470 bp的ORF,编码489个氨基酸,306 bp的5′UTR和165 bp的3′UTR。同源性和系统发育分析结果表明暗纹东方鲀sox9基因与红鳍东方鲀同源性最高,亲缘关系最近。氨基酸多重序列比对结果显示两个Sox9氨基酸序列的HMG box结构域在哺乳动物和鱼类中均高度保守。荧光定量PCR分析显示两个sox9基因普遍存在于雌鱼和雄鱼的各个组织中,且均在雌鱼下丘脑中表达量最高,在精巢中有少量表达,卵巢中几乎不表达。总体来说,除少数组织外,两个sox9基因在雌鱼组织中的表达量普遍高于雄鱼。本研究为了解暗纹东方鲀sox9的遗传特性及相关的生理功能,探索性别分化与性腺发育的分子调控机制提供理论依据。 相似文献
5.
二色补血草凝集素（Lectin）序列分析及表达 总被引：2，自引：0，他引：2
从二色补血草cDNA文库中分离出一个凝集素(Lectin)基因全长cDNA序列.该基因全长977 bp.其中:5′非翻译区(UTR)103 bp,3′非翻译区(UTR)208 bp,开放阅读框(ORF)全长663 bp,编码由221个氨基酸组成的蛋白质,该蛋白的相对分子质量为25 kD,理论等电点为8.82.利用实时定量RT-PCT方法进一步研究了二色补血草在植物病原菌(尖孢镰刀菌)侵染条件下不同时间点该基因的表达情况.结果表明,在尖孢镰刀菌胁迫处理的条件下,能诱导Lectin基因在二色补血草的根、叶中表达,说明该基因与植物抗病相关. 相似文献
7.
应用RACE—PCR技术,克隆了全长2743bp的SD-大白鼠催乳素受体基因（gPRLR）cDNA。序列分析表明,cDNA含421bp 5′UTR、1357bp编码区和218bp3′U,UTR。比对奶牛催乳素受体基因并将前217bp看作第1外显子,则gem基因可划分为13个外显子。推导的蛋白序列含763个氨基酸,与奶牛、鸽及猪PRLR的同源性较高,其N末端含23个氨基酸的信号肽,成熟蛋白含789个氨基酸。gPRLRmRNA在成年鼠睾丸、输精管、卵巢、输卵管、肾、大肠、小肠、脾组织中均有表达。 相似文献
8.
【目的】克隆仙湖肉鸭肝脏基础型脂肪酸结合蛋白Lb-FABP基因的cDNA,并进行组织表达谱和蛋白结构分析,为肉鸭的分子育种提供基础资料。【方法】通过比较基因组学,采用RT-PCR和RACE技术,获得了Lb-FABP基因的cDNA序列全长序列;并采用半定量PCR分析了Lb-FABP基因在16个组织的表达;通过生物信息学方法预测了Lb-FABP基因的蛋白结构。【结果】仙湖肉鸭Lb-FABP基因的cDNA全长548bp,包括97bp长的5′非翻译区(5′UTR)和70 bp长的 3′非翻译区(3′UTR)以及381 bp开放阅读框(ORF,含终止密码子)。Lb-FABP基因组序列包括4个外显子和3个内含子,3个内含子分别长为991 bp、292 bp和713 bp。在所检测的16个组织中Lb-FABP基因mRNA均有表达,尤其在肝脏组织中的表达明显高于其它组织。Lb-FABP理化性质表明该蛋白为一偏碱性蛋白,无明显的信号肽和跨膜区域;蛋白二级结构主要由β折叠和少量的α螺旋、loop环构成,预测发现在第5—22氨基酸残基处存在一个细胞溶质脂肪酸结合蛋白活性功能区;其三维结构由反向平行的10条β链及2条短α链组成的有一开口的“蛋白桶”构成。Lb-FABP基因氨基酸序列与鸡的该基因氨基酸的相似性为97.0%,与其它非哺乳脊椎动物的同源性达80%以上,比对尚未发现哺乳动物存在该基因。【结论】成功克隆肉鸭Lb-FABP基因cDNA序列以及基因组序列,该基因在肝脏组织的表达高于其它组织,并获知在5—22氨基酸处存在其蛋白活性功能区。 相似文献
9.
【目的】克隆鲢胰岛素样生长因子结合蛋白1(IGFBP-1)基因,分析其编码蛋白的结构与功能,并分析低氧胁迫下该基因在鲢肝脏中的表达情况。【方法】采用cDNA末端快速扩增技术(Rapid amplification of cDNAends,RACE)扩增鲢IGFBP-1基因的全长cDNA,通过半定量RT-PCR法对鲢肌肉、心脏、脑、肾脏、肝脏、腮和脾等组织器官IGFBP-1mRNA的表达水平进行检测,利用Real-time PCR法检测急性低氧胁迫0,2,4,6,8,10和12h后鲢肝脏组织中IGFBP-1表达量的变化。【结果】鲢IGFBP-1全长cDNA为1 081bp,具有73bp的5′非编码区(Un-translated Regions,UTR)、789bp的开放读码框(Open reading frame,ORF),以及219bp的3′UTR,编码含262个氨基酸的蛋白质。RT-PCR结果表明,IGFBP-1在肌肉、心脏、脑、肾脏、肝脏、腮和脾等7种组织中均有表达,其中在肝脏中的表达量最高,心脏和肌肉次之,在脑中的表达量最低;Real-time PCR结果表明,在低氧胁迫6h时,IGFBP-1cDNA在肝脏中的表达量显著增高,随后略有降低但仍显著高于未进行低氧胁迫处理组。【结论】克隆得到鲢IG-FBP-1全长cDNA,该基因在肝脏组织中大量表达;随着低氧胁迫时间的延长,鲢肝脏中IGFBP-1mRNA表达量升高,达最大值后继续低氧胁迫其表达量略有降低。 相似文献
10.
《西南林业大学学报》2021,(4)
为揭示HbLEA3的序列特征和转录调控模式,研究以橡胶树衰老叶片为材料,利用RT-PCR技术克隆了该基因652 bp的cDNA序列,其中包含173 bp的5′UTR、303 bp的ORF以及176 bp的3′UTR。结果表明:基因编码100个氨基酸,理论分子量为11.61 kDa,等电点为9.07,GRAVY为-0.498,含有一个LEA_3家族特有的保守结构域,线粒体定位;蛋白与木薯、蓖麻、麻疯树和可可树中同源蛋白的相似性均在60%以上,而在拟南芥和水稻中亲缘关系最近为AtLEA3和OsLEA10,相似性分别为36.0%和41.1%;HbLEA3主要在叶片中表达,并随着叶片的成熟而稳步上调,但在衰老早期短暂下调,随后在衰老中期显著上调;此外,基因的表达还受低温、PEG、NaCl、H_2O_2、ABA、乙烯利、茉莉酸甲酯和水杨酸等多种非生物胁迫和逆境相关植物生长调节剂的诱导。因此,HbLEA3是一个与橡胶树叶片发育和胁迫响应相关的胚胎发育晚期丰富蛋白基因。 相似文献
11.
为探索团头鲂(Megalobrama amblycephala)补体因子Bf和C2(complement factor B/C2,Bf/C2)的可能功能,在转录组数据基础上,采用RT-PCR克隆得到Bf/C2A和Bf/C2B基因的cDNA序列;采用荧光实时定量PCR技术检测了两基因在团头鲂早期发育过程、健康成鱼及感染嗜水气单胞菌后各组织中的表达变化。结果显示,Bf/C2AcDNA全长2 520bp,包含5′UTR 42bp、ORF 2 298bp、3′UTR 180bp,编码765个氨基酸。Bf/C2B基因ORF全长2 130bp,编码710个氨基酸。两基因的氨基酸序列分别与鲤B/C2-A2及草鱼Bf/C2B相似性最高。在早期发育阶段Bf/C2A和Bf/C2B均在在出膜后1d表达量最高,肠管形成期次之,其他时期的表达量相对较低;两基因在健康成鱼10个组织中均有表达,肝脏中表达量最高,肾脏、头肾、脾脏次之,其他组织表达量相对较低;在嗜水气单胞菌感染后,两基因在免疫相关组织如肝脏和脾脏中的表达均显著上升。上述结果表明Bf/C2在应对细菌感染的免疫过程中发挥着重要的作用。 相似文献
12.
《大连海洋大学学报》2022,(1)
为评价Claudin-3与Claudin-12基因在珍珠龙胆石斑鱼Epinephelus fuscoguttatus♀×E.lanceolatus♂生长和肠道黏膜屏障中的作用,通过同源克隆及RACE PCR技术克隆珍珠龙胆石斑鱼Claudin-3和Claudin-12基因的全长,采用qRT-PCR技术分析Claudin-3和Claudin-12基因在珍珠龙胆石斑鱼脑、鳃、皮肤、肌肉、肝脏、胃、前肠、中肠、后肠、头肾、体肾、脾和心脏13种组织的表达情况,并通过饲料精氨酸干预评估上述两个基因在肠道的表达情况。结果表明：Claudin-3 cDNA全长序列为1 544 bp,包括一个153 bp的5′末端非翻译区(UTR)和743 bp的3′UTR,Claudin-3的开放阅读框(ORF)为648 bp,可编码215个氨基酸的蛋白,预测该蛋白相对分子质量为23 100;Claudin-12 cDNA全长序列为1 236 bp,包括一个118 bp的5′UTR和92 bp的3′UTR,Claudin-12的ORF为1 026 bp,可编码341个氨基酸的蛋白,预测该蛋白相对分子质量为37 400;系统进化树和氨基酸序列比对显示,珍珠龙胆石斑鱼Claudin-3与斜带石斑鱼亲缘关系最近,同源性最高,一致性高达98.14%,珍珠龙胆石斑鱼Claudin-12与的亲缘关系最近,同源性最高,一致性高达91.75%;Claudin-3和Claudin-12基因在被检测的13种组织中均有表达,Claudin-3 mRNA在鳃和体肾中表达量最高(P<0.05),其次是中肠和肝脏,Claudin-12在脑中表达量最高(P<0.05),其次是中肠和后肠;饲料中精氨酸含量为3.06%时,珍珠龙胆石斑鱼增重率及肠道Claudin-3和Claudin-12基因表达水平显著高于1.96%和3.74%精氨酸组(P<0.05)。研究表明,Claudin-3和Claudin-12基因表达在适宜精氨酸水平的影响下上调,可维护石斑鱼肠道黏膜屏障完整,并促进鱼体生长。 相似文献
13.
【目的】克隆内蒙古白绒山羊乳酸脱氢酶A（LDH-A）基因并分析其基本表达模式。【方法】采用RT-PCR和3′ RACE技术克隆基因,将得到的基因cDNA序列及其编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。利用RT-PCR方法进行组织表达检测。【结果】获得了内蒙古白绒山羊LDH-A基因全长cDNA序列。该基因cDNA全长1 649 bp,包含一个996 bp的ORF和642 bp 的3′ UTR。SMART分析表明ORF编码的蛋白质具有Ldh_1_N domain和Ldh_1_C domain,Psite分析表明有L-乳酸脱氢酶活性位点,PSORT程序分析将其定位于细胞质中。LDH-A基因在脾、肾、睾丸和肌肉组织中均有表达。【结论】内蒙古白绒山羊LDH-A基因编码的蛋白具有典型的乳酸脱氢酶结构,cDNA核苷酸序列与牛的LDH-A基因（NM_174099.2）具有较高的同源性。在脾、肾、睾丸和肌肉组织中均有表达。 相似文献
14.
《福建农林大学学报(自然科学版)》2021,(3)
以奶牛乳腺组织cDNA为模板,采用PCR技术扩增奶牛Klf4基因CDS区和3′UTR,同时构建PMIR-Klf4-3′UTR表达质粒;应用生物信息学方法对Klf4基因CDS区及其编码蛋白的理化性质、亚细胞定位、翻译后的修饰结构和蛋白结构进行生物信息学分析.结果表明:奶牛Klf4基因CDS区长度为1 434 bp,可编码477个氨基酸,分子质量为50 759.17 u,理论等电点为8.76,属于亲水性蛋白.Klf4基因3′UTR长度为366 bp,酶切重组PMIR-Klf4-3′UTR表达质粒得到长度分别为366和6 470 bp的两条带,表明成功构建了重组质粒.同源性和遗传进化分析可知,牛Klf4基因与山羊、绵羊的亲缘性最近,达到98%以上,与斑马鱼的亲缘关系最远.KLF4蛋白有56个磷酸化位点,包含16个苏氨酸磷酸化位点、37个丝氨酸磷酸化位点和3个酪氨酸磷酸化位点.在二级结构和三级结构中,KLF4蛋白α-螺旋占18.03%,无规则卷曲占68.76%,存在3个锌指结构域.本研究为进一步探讨Klf4基因在奶牛乳腺炎表观遗传学调控过程中的作用提供数据支撑. 相似文献
15.
猪TDRP1基因的电子克隆及生物信息学分析 总被引：3，自引：0，他引：3
聂庆华 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2010,36(6):672-677
利用生物信息学和比较基因组学方法,对猪TDRP1基因的结构、表达及功能进行分析,结果表明:(1)电子克隆获得猪TDRP1基因cDNA部分序列共776bp,包括119bp的5′UTR、561bp的编码区和96bp的3′UTR,共编码合成187个氨基酸多肽;(2)猪TDRP1基因CDS序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为85%、76.1%、77.1%.编码合成的猪TDRP1蛋白与人、小鼠、大鼠之间的同源性分别为82.5%、71.1%和70.1%;(3)猪TDRP1蛋白的相对分子质量为20489.8,不含信号肽,为1个可溶性蛋白,同时也是1个非分泌性蛋白,存在4个二级结构区段;(4)基于cDNA及EST数据库的检索显示,猪TDRP1基因至少在卵巢和甲状腺等组织中表达. 相似文献
16.
CIPK是一类Ca2+依赖的蛋白激酶超基因家族。对水稻中该基因家族成员之一CIPK07g进行克隆,并对其编码蛋白的信号肽、跨膜结构、结构功能域、时空表达特性和低温处理的表达特征进行分析。结果表明,CIPK07g基因c DNA全长1 891 bp,包含279 bp 5′UTR及259 bp 3′UTR,编码450个氨基酸组成的多肽链。该基因蛋白N端无信号肽,含跨膜结构域,为亲水蛋白,具有CIPK基因家族特有的保守结构域,在叶片中表达较高,低温刺激后24 h表达达到高峰。 相似文献
17.
为了深入研究猪羰基还原酶1(CBR1)基因的表达调控,通过PCR获得包括猪CBR1基因启动子和外显子、内含子的序列,并进行蛋白结构分析和系统进化关系比较,通过RT-PCR方法检测了CBR1基因在不同组织的表达丰度。结果表明,猪CBR1基因启动子区长度为2 875 bp,具有潜在典型的NFκB等转录因子结合位点;CBR1基因由3个外显子和2个内含子组成,外显子长度分别为289、108和437 bp,其中5′UTR和3′UTR分别为107 bp和242 bp,内含子长度分别为572 bp和3 219 bp,编码区由289个氨基酸组成;该蛋白为亲水性蛋白,无明显的信号肽,有2个跨膜区域;蛋白二级结构和三级结构主要由7个α-螺旋、7个β-折叠以及loop环构成。猪CBR1基因氨基酸序列与人、绵羊氨基酸的相似性较高,为84.48%。q RT-PCR结果表明,怀孕12 d的二花脸子宫内膜中CBR1基因m RNA的表达量极显著高于长大二元母猪;在怀孕12 d母猪9个组织中,CBR1在肾脏中的表达量最高,其次是肝脏和小肠。 相似文献
18.
为探索LEAFY基因在甜樱桃花芽分化过程中的表达及作用,以甜樱桃(Prunus avium)‘红蜜'(Hongmi)为试材,利用同源克隆和RACE方法克隆甜樱桃中LEAFY同源基因cDNA全序列,对其序列进行分析,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对该基因在花芽分化过程中的表达量进行鉴定。结果显示:在甜樱桃中具有3中不同长度类型,分别为1 532、1 498和1 410bp,主要由3′UTR区长度不同所导致,开放阅读框长1 233bp,编码410个氨基酸,推测蛋白分子量约为45.6ku,等电点约为6.88。结构预测NCBI序列比对发现其氨基酸序列与其他植物中同源基因相似性均在70%以上,故命名为PaLEAFY。qRT-PCR分析发现,在果实成熟至成熟后33d,PaLEAFY在花芽中的表达量由高变低,果实成熟后45d,PaLEAFY表达量开始急剧升高并维持至69d,69d之后表达量再次升高,并于果实成熟后99d达到最高。此外,PaLEAFY在甜樱桃花的柱头中的表达量最高,其次是花瓣、雄蕊和花萼,在甜樱桃的茎和叶中的表达量非常低。说明PaLEAFY参与甜樱桃花芽分化及花发育过程。 相似文献
19.
植物过氧化物酶是植物体内活性氧清除过程中的关键酶之一,在植物的抗逆性中发挥着重要作用。以对焦枯病菌高抗品系尾细桉为材料,克隆得到一个 POD 基因序列,并命名为 EuPOD,通过实时荧光定量聚合酶链式反应( qRT￣PCR)检验该基因在尾细桉叶片中的表达。结果表明该基因cDNA长999 bp,其编码蛋白由332个氨基酸组成;基于氨基酸序列的系统进化树分析表明, EuPOD在进化上与蓖麻、可可、苹果的同源基因亲缘关系较近,相似性达到了75％,与拟南芥的相似性达到65％,与水稻的相似性较低,只有48％。 EuPOD在桉树焦枯病菌侵染后不同时间所受诱导表达量不同,在12 h的表达量达到高峰。 相似文献
20.
百子莲CONSTANS同源基因的克隆及表达分析 总被引：1，自引：1，他引：0
根据前期百子莲转录组测序分析的结果,获得了1 个与光周期调控开花途径关键基因CONSTANS(CO)同源
性较高的核心片段。采用cDNA 末端快速扩增(RACE) 方法得到了百子莲CO 基因cDNA 全长序列,命名为
ApCOL,GenBank 登录号为KF683287。序列分析表明,百子莲ApCOL 基因cDNA 全长1 648 bp,5非编码区(5UTR)
和3非编码区(3UTR)分别为126 和355 bp,开放阅读框(ORF,127 ~ 1 293 bp)1 167 bp,编码388 个氨基酸。
ApCOL 具有CO 蛋白典型的结构域:氨基末端有2 个B-box 结构域,羧基末端有1 个CCT 保守结构域。氨基酸同源
性比对发现,ApCOL 与葡萄(XP_002274384.2)、可可(EOX99181.1)和大豆(NP_001241023.1)等植物的CO 蛋白有
很高的相似性,同源性均在50%以上。系统进化树分析表明,ApCOL 与小麦CO(EMS51329.1)聚类关系最近。实
时荧光定量qRT-PCR 结果表明:叶片中ApCOL 的表达量在花芽分化3 个时期均高于花芽中的表达量,且叶片中的
最高表达量和花芽中最低表达量均出现在花芽诱导期;在整个初花期内,各器官中ApCOL 表达量由高到低依次是
花梗、叶片、幼果、子房、花瓣、茎和花葶,花梗中表达量分别为叶片和茎中的2.68 和114.3 倍;不同光周期处理的叶
片中ApCOL 基因表达模式相近,均在暗处理时期呈现高表达。说明该基因的表达具有明显的时空差异性和生物钟
调节特性,推测ApCOL 在百子莲成花过程中以及花发育过程中发挥着一定的作用。 相似文献