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1.
【目的】建立基于线粒体COⅠ和COⅡ基因序列的沙果小食心虫、梨小食心虫分子鉴定方法。【方法】田间采集试虫,利用PCR和基因测序技术,扩增2种食心虫的线粒体COⅠ和COⅡ基因,将获得的COⅠ和COⅡ基因序列在GenBank中进行BLAST比对,并通过GeneDoc软件分析基因序列相似性,利用Mega 5.05软件分别计算基于COⅠ和COⅡ基因序列的遗传距离,并分别构建COⅠ和COⅡ基因的系统发育树。【结果】在分析的2种食心虫样本中,沙果小食心虫COⅠ基因的种内相似度在99.4%以上,梨小食心虫COⅠ基因的种内相似度在99.6%以上,2种食心虫COⅠ基因的种间相似度为95.0%~95.6%;沙果小食心虫COⅡ基因的种内相似度在99.0%以上,梨小食心虫COⅡ基因的种内相似度在99.3%以上,2种食心虫COⅡ基因的种间相似度为94.6%~95.5%;2种食心虫COⅠ基因种间存在30个稳定变异位点,COⅡ基因种间有26个稳定变异位点。2种食心虫种内遗传距离为0.001~0.006(COⅠ)和0.001~0.010(COⅡ),种间遗传距离为0.046~0.052(COⅠ)和0.047~0.057(COⅡ),基于COⅠ和COⅡ基因的种间遗传距离均显著大于种内遗传距离。分别构建COⅠ和COⅡ基因单倍型的系统发育树,结果显示,在2个基因的系统发育树上,2种食心虫的基因序列分别位于不同的进化支,且置信度均达到100%,同种食心虫的基因序列位于相同的进化枝。【结论】可以根据本研究所用的COⅠ和COⅡ基因序列的差异性,进行沙果小食心虫和梨小食心虫的分子鉴定。 相似文献
2.
以mtDNA-COⅠ基因作为分子标记,研究了中国分布秆野螟属(Ostrinia)8种螟虫的分子系统学和系统进化。结果表明:秆野螟属昆虫COⅠ基因全长1 545 bp,编码514个氨基酸,COⅠ基因全部核苷酸位点中多态性位点占6.08%,氨基酸突变率为3.11%。碱基转换数(Ts)明显高于颠换数(Tv)。总体上,秆野螟属COⅠ基因序列相似度较高,种内差异明显小于种间差异,种内不同地理种群遗传距离在0.000 6～0.005 2之间,种间遗传距离为0.007 1～0.050 5。分别采用UPGMA法、NJ法和MP法构建秆野螟属分子系统树,结果显示,物种间进化关系基本一致:8种螟虫明显分为2个大群,即虎杖螟(O.latipennis(Warren))与其他种亲缘关系最远,单独形成一个大群,亚洲玉米螟(O.furnacalis(Guenée))等7个物种聚在一起形成另外一个大群。在第2大群中,刺菜螟(O.zealis(Guenée))与其他种类亲缘关系最远,单独形成一支,为一亚群,而亚洲玉米螟等6个种聚在一起形成一大丛,为另一亚群。在第2亚群中,亚洲玉米螟不同地理种群首先聚在一起形成一亚亚群;而欧洲玉米螟(O.nub... 相似文献
3.
本研究利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因的遗传学方法分析了浙江省8个不同抗性水平二化螟地理种群的遗传多样性及种群遗传结构。种群遗传多样性分析表明:PCR 扩增测序分别获得长度为627 bp的COⅠ基因片段和长度为455 bp的Cytb基因片段。355条同源COⅠ序列监测出了68个多态性位点,其中单突变位点22个,简约突变位点46个,共定义了85个单倍型,每个群体的平均单倍型为18.25个,其中瑞安(RA)种群中单倍型最多,为27个单倍型。326条Cytb同源序列监测出了45个多态性位点,其中单突变位点19个,简约突变位点26个,共定义了64个单倍型,每个群体的平均单倍型为14.375个,其中乐清(YQ)种群中单倍型最多,为25个单倍型。此外,各群体中最高的单倍型多样度h分别为0.896 3和0.934 4,反映出二化螟群体较低的遗传多样性水平。种群遗传结构分析表明:二化螟不同地理种群间遗传变异大多数来自于群体内个体间,占80.30%(COⅠ基因)和78.16%(Cytb基因)。较少部分的遗传差异来自于组间,仅占19.43%(COⅠ基因)和21.22%(Cytb基因)。单倍型网络关系图未表现出显著的地理谱系结构,Mantel相关性检测显示,遗传距离与地理距离之间无显著相关性。单倍型邻接树也没有明显分支,未呈现出地域性差异。该研究结果为浙江省不同抗性水平二化螟种群间交流和二化螟的防控提供了基础资料。 相似文献
4.
《浙江农业学报》2021,(8)
红螯螯虾原产于澳大利亚,是一种具有优良养殖前景的淡水虾类。基于线粒体COⅠ基因序列,对中国5个养殖群体的遗传多样性和结构进行评估,旨在为红螯螯虾的科学引种、良种选育和种质资源保护提供基础数据。结果显示,红螯螯虾线粒体COⅠ区全序列长1 534 bp,包含24个变异位点,占分析位点的1.6%,变异位点中含有22个简约信息位点,平均转换与颠换的比值为6.14,序列中(A+T)的含量(58.7%)明显高于(G+C)的含量(41.3%),在143个个体中定义了35种单倍型,来自浙江、海南和台湾的养殖群体具有较多的共享单倍型(COⅠ-01、COⅠ-02和COⅠ-03),这3种单倍型同时也是优势单倍型。来自江苏的养殖群体的单倍型多样性最低(0.739),来自安徽的养殖群体的单倍型多样性最高(0.881)。全部样本的单倍型多样性指数为0.896,核苷酸多样性指数为0.004 65。5个养殖群体间的遗传距离为0.002 63～0.006 81,其中,来自浙江与海南的养殖群体的遗传距离最近,来自海南与安徽的养殖群体的遗传距离最远。5个养殖群体间的遗传分化系数为0.342 1(P0.01),说明5个养殖群体间存在一定程度的遗传分化。综上,5个红螯螯虾养殖群体的遗传多样性存在差异,群体间存在着一定的基因交流。研究结果可为红螯鳌虾种质资源的合理开发利用提供分子生物学依据。 相似文献
5.
笔者采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对6个地理种群(微山湖、洪泽湖、太湖、龙感湖、洪湖、珠江)的日本沼虾各30个个体进行了遗传多样性分析.在筛选出的18个引物中共检测到201个位点,大小在100～2000bp之间.多态位点141个,多态位点比例70.15%;各种群的多态位点数为30～99不等,多态位点比例为21.13%～55.93%.日本沼虾中国不同地理种群的平均遗传杂合度为0.2446,各种群内平均遗传杂合度为0.1132～0.2071.Shannon信息指数(Ⅰ)为0.1695～0.2950.日本沼虾6个地理种群的两两地理种群间遗传分化指数Gst值在0.2116～0.4442之间.种群间总的遗传分化指数Gst0值为0.4858,Nm值在0.6257～1.8628之间,表明日本沼虾种群间已经发生显著或重要分化.同时发现OPX-830bp、OPI-360bp为珠江种群区别于其他种群的特征标记.聚类分析结果表明,洪湖种群与龙感湖种群,洪泽湖种群与微山湖种群分别先聚在一起,再与太湖种群聚类.最后与珠江种群聚合在一起. 相似文献
6.
为了研究闽桂地区尖凹大叶蝉不同地理种群的遗传分化程度,对闽桂地区尖凹大叶蝉5个不同地理种群的线粒体COⅡ基因部分片段进行了扩增、测序及序列分析。结果表明,获得的COⅡ基因590bp的序列中,碱基A,T,C,G平均含量分别为38.8%、33.8%、16.4%和11.1%,A+T含量明显高于G+C含量,表现出强烈的A、T偏向性,密码子第3位点的A+T含量高达87.6%。碱基替换主要发生在密码子第3位,转换大于颠换,且转换多发生在T-C间。尖凹大叶蝉群体内COⅡ基因具有丰富的遗传多态性,且各地理种群间已产生不同程度的遗传分化。中性检测显示尖凹大叶蝉进化遵循中性模型,且在过去呈现种群扩张趋势。尖凹大叶蝉不同地理种群之间的遗传距离在0.002~0.042。种群系统发育树显示出尖凹大叶蝉各地理种群的遗传距离符合所处的地理区划,与地理距离间不具有明显的相关性,推断遗传分化的产生主要取决于所处的生态环境。 相似文献
7.
采用DNA条形码技术,对采自广东清远、惠州、韶关、广州与广西河池、南宁、崇左的7个掌肢新米虾(Neocaridinapalmata)野生群体的97个样本的线粒体COⅠ基因片段进行PCR扩增和测序分析,研究掌肢新米虾自然群体的遗传多样性及遗传结构。结果表明:掌肢新米虾在624 bp的COⅠ基因序列中A、T、C、G碱基的平均含量分别为26.98%、33.17%、20.99%、18.85%,AT含量(60.15%)高于CG含量(39.84%),表现出较强的AT偏倚性;基于COⅠ基因序列的总群体中共检测到4个核苷酸变异位点,定义了5种单倍型,平均核苷酸差异数(K)、单倍型多样性指数(Hd)以及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.611、(0.557±0.025)、(0.00098±0.00007),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性;7个自然群体的群体内遗传距离为0.000～0.001,群体间的遗传距离为0.000～0.002;分子方差分析(AMOVA)和遗传分化系数(F_(st))结果揭示,掌肢新米虾的遗传变异主要来自于群体间;中性检验和核苷酸错配分布表明,掌肢新米虾7个自然群体遵循群体扩张模式,发生了历史扩张事件;系统发育分析显示,广东4群体与广西3群体形成姐妹支,表明不同地理区域具有一定的种群特征,可作为单独的管理单位进行保护,Hap1与Hap4分别是广东4群体与广西3群体和惠州群体的共享单倍型,其余单倍型为各群体所独享。 相似文献
8.
为探讨DNA条形码技术在苹果园鳞翅目昆虫鉴定中的适用性,采用DNA条形码通用引物,扩增并分析采自陕西7个苹果园的鳞翅目昆虫的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COⅠ)片段,基于扩增的COⅠ序列计算种间和种内遗传距离,并构建NJ树(Neighbor-Joining tree)和ME树(Minimum-Evolution tree)。经通用的DNA条形码技术鉴定显示,采集的鳞翅目昆虫隶属于7个属的9种昆虫;基于p-distance模型的种内和种间遗传距离分析显示,种间遗传距离为8.4%~69.4%,种内遗传距离为0~0.6%,种内最大遗传距离与种间最小遗传距离无重叠;同时,基于种间和种内遗传距离构建NJ树和ME树均显示,同种昆虫在系统树上都各自在同一进化支;因此,基于DNA条形码的鉴定方法可区分这些苹果园的不同鳞翅目害虫。 相似文献
9.
利用PCR技术扩增山东境内的3个克氏原鳌虾地理群体(济南小清河、东平湖和微山湖)COⅠ基因片段,得到长度约为874bp的片段,分析比较了3群体87尾克氏原螯虾COⅠ基因序列的变异和遗传结构。结果显示,87条序列共检测到8个变异位点,存在6种单倍型。单倍型多样性(H)为0.174,核苷酸多样性(Pi)为0.0036,单倍型多样性(H)以东平湖群体最高(0.243),微山湖群体其次(0.204),小清河群体最低(0.000);3群体的核苷酸多样性(H)均较低(0.001)。分子变异等级分析(AMOVA)表明,3群体间总的遗传分化指数(Fst)为0.023 85(P0.05),群体间的遗传变异仅占总遗传变异的2.38%,而97.62%的遗传变异源于群体内,群体间遗传分化指数与遗传距离均较低。表明山东克氏原鳌虾野生群体的遗传多样性较低,具有较低的遗传分化水平。 相似文献
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2021年9月在贵州省都匀市甲登村一池塘内发现一种仙女虾，采用PCR扩增技术和DNA测序技术对该仙女虾进行鉴定。结果显示，都匀仙女虾COI、16S rRNA基因序列与鹄沼枝额虫(Branchinella kugenumaensis)相似度分别为98.71%、98.96%。结合GenBank中无背甲目部分科物种的同源序列，开展遗传距离和系统发育关系分析，基于COI、16S rRNA基因遗传距离显示，都匀仙女虾与鹄沼枝额虫的遗传距离分别为0.017、0.000。系统发育树显示，都匀仙女虾与鹄沼枝额虫聚在一起形成单支系，COI-based树和16S rRNA-based树的支持率分别为100%和99%。鉴定结果表明，贵州省都匀市甲登村的仙女虾是钗额虫科(Thamnocephalidae)枝额虫属(Branchinella)的鹄沼枝额虫。 相似文献
11.
为了寻求松毛虫属昆虫分类的新方法,利用COⅠ基因为分子标记针对松毛虫属(Dendromilus)10个地理种群的昆虫进行了分子系统学的研究。结果表明,COⅠ序列中,共有248个变异位点、219个简约信息位点,A+T平均含量为71.5%,大部分碱基改变为颠换。不同地理种群松毛虫的遗传距离为0.007～0.319,平均遗传距离为0.175。利用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最小进化法(ME)构建了系统发育树,系统树显示10个地理种群聚为2支:梓潼、长沙、古田、玉溪、石林、禄丰6个种群聚为1支;墨江、思茅、安宁、曲靖种群聚为1支。 相似文献
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三个群体罗氏沼虾线粒体COI基因的遗传多样性分析 总被引：10，自引：0，他引：10
运用PCR方法,扩增罗氏沼虾缅甸原种F1代、广西选育群体和江苏养殖群体的线粒体DNA上的细胞色素氧化酶(Cytochrome oxidase subunit I,COI)基因,在此基础上选用10种限制性内切酶对扩增产物进行限制性片段长度多态(RFLP)分析。三个群体共发现2个多态位点,11种酶切图谱,3种基因型。三群体的多态座位比例、平均杂合度和基因型多样性指数分别为:缅甸原种F122.2%、0.0556、0.0472,广西选育群体22.2%、0.0400、0.0398,江苏养殖群体11.1%、0.0106和0.0083,群体间遗传差异未见显著。根据群体间遗传距离构建UPGMA聚类关系图,显示广西选育群体和江苏养殖群体间的遗传关系较近,而与原种F1群体的遗传关系较远。 相似文献
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运用PCR方法,扩增罗氏沼虾缅甸原种F1代、广西选育群体和江苏养殖群体的线粒体DNA上的细胞色素氧化酶(Cytochrome oxidase subunit I,COI)基因,在此基础上选用10种限制性内切酶对扩增产物进行限制性片段长度多态(RFLP)分析。三个群体共发现2个多态位点,11种酶切图谱,3种基因型。三群体的多态座位比例、平均杂合度和基因型多样性指数分别为:缅甸原种F122.2%、0.0556、0.0472,广西选育群体22.2%、0.0400、0.0398,江苏养殖群体11.1%、0.0106和0.0083,群体间遗传差异未见显著。根据群体间遗传距离构建UPGMA聚类关系图,显示广西选育群体和江苏养殖群体间的遗传关系较近,而与原种F1群体的遗传关系较远。 相似文献
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利用ISSR分子标记技术对江苏长江和太湖2个地区青虾(Macrobrachium nipponense)群体的遗传多样性进行了分析.结果显示,77个ISSR引物中有6个引物能扩增出清晰条带,6个引物对2个群体各24个样品扩增出44个位点.青虾长江和太湖两群体的多态位点比率均为63.64 0A,Shannon's指数分别为0.348 0、0.346 5.Shannon's指数估算和AMOVA分析均显示日本沼虾的遗传变异主要来自于群体内个体间.日本沼虾UPGMA系统树表明:两个地区日本沼虾群体的遗传多样性均处于较高水平;日本沼虾江苏长江和太湖两个群体间存在一定的遗传分化. 相似文献
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对鳗鲡属（Anguilla）的美洲鳗鲡（A. rostrata）、欧洲鳗鲡(A. anguilla)、太平洋双色鳗鲡(A. bicolor pacifica) 、花鳗鲡(A.marmorata)、澳洲鳗鲡(A. australis )、日本鳗鲡（A.japonica）6种鱼类54个体COⅠ和COⅡ基因片段中1 179 bp和633 bp的序列特征、分子分类的有效性、以及构建的系统关系进行了比较分析,结果表明：（1）COⅠ和COⅡ基因可变位点、简约信息的百分比分别为17.98%、16.45%和12.16%、10.11%,COⅠ较COⅡ基因的变异率高;（2）两种基因序列均表现出明显的反G偏倚(在COⅠ和COⅡ中G的百分含量分别为18.45%,16.67%);（3）基于COⅠ基因种间遗传距离均高于COⅡ基因,且均大于2%（欧洲鳗鲡和美洲鳗鲡基于COⅡ基因序列的种间遗传距离为1.8%除外）,种内遗传距离都小于1%;（4）以两序列构建的系统树,各物种所有个体均形成独立、高支持率单系,但两序列构建的系统关系并不完全一致。由此说明,COⅠ和COⅡ都能对鳗鲡属鱼类进行有效的物种分子鉴定,但在探讨鳗鲡属鱼类系统进化关系上还需要联合其它基因。 相似文献
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湖南省稻水象甲的遗传多样性及入侵扩散特点 总被引：1，自引：0，他引：1
为全面了解湖南省稻水象甲的入侵扩散特点,运用简单重复序列间区(ISSR)分子标记方法及对比COⅠ基因、ITS2片段的序列信息,探讨全省17个地理种群的遗传多样性和扩散模式。结果表明:湖南省稻水象甲种群COⅠ基因、ITS2片段的序列非常保守,不能提供有效的多态性位点信息,而ISSR的多态性信息非常丰富,其多态性位点百分率可达93.24%;基于ISSR的数据分析发现,湖南省稻水象甲的Nei’s基因多样性指数为0.363 0,各地理种群间基因分化系数为0.414 3,种群之间的遗传距离与地理距离无相关性。湖南省稻水象甲地理种群分化不符合地理隔离模式,以人为因素导致的扩散为主,自然扩散为辅。 相似文献
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[目的]从分子水平探究不同鲤群体的遗传进化差异,明确金边鲤线粒体基因的遗传进化多样性,为深入开展其遗传资源保护及综合利用提供理论依据.[方法]采用PCR直接测序分析金边鲤、晒江鲤、太湖鲤、福瑞鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等7个鲤群体的线粒体COⅠ基因和D-Loop区序列,通过MegAlign 7.0和DnaSP 5.0对多态位点数(S)、单倍型数(H)、核苷酸多样度(Pi)、单倍型多样度(Hd)、平均核苷酸差异(K)及群体内和群体间的遗传距离等遗传信息进行分析,运用Arlequin 3.5进行基因AMOVA分析,并以MEGA 7.0的邻接法(NJ)构建遗传进化树.[结果]获得7个鲤群体的COⅠ基因序列长787 bp和D-Loop区序列长878 bp.7个鲤群体间的COⅠ基因平均遗传距离为0.0035,其中金边鲤与晒江鲤的群体遗传距离最大(0.0011),与建鲤的群体遗传距离最小(0.0004);D-Loop区序列平均遗传距离为0.0292,其中金边鲤与黑龙江野鲤的群体遗传距离最大(0.0269),与福瑞鲤和建鲤的群体遗传距离最小,均为0.0102.在161份样品中,COⅠ基因共检测到12种单倍型,以单倍型HAP2最多;D-Loop区序列共检测到41种单倍型,其中HAP1、HAP2、HAP3、HAP4、HAP6、HAP7、HAP13和HAP15为金边鲤的特有单倍型.COⅠ基因的群体间变异贡献率为19.27%,群体内变异贡献率为80.73%;D-Loop区序列的群体间变异贡献率为20.29%,群体内变异贡献率为79.71%.从基于K2P遗传距离构建的遗传进化树可看出,建鲤、福瑞鲤和太湖鲤3个群体的亲缘关系最近,且同时与金边鲤聚为一小支.[结论]金边鲤的遗传多样性处于较高水平,可进一步选育获得金边鲤独有的优良性状品系,或通过基因辅助技术与其他鲤品种进行杂交而获得更优秀的新品系. 相似文献
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应用聚丙烯酰胺凝胶电泳法对罗氏沼虾浙江养殖群体和缅甸新引进的野生群体的11种同工酶进行生化遗传分析.结果表明,11种同工酶由25个基因位点所编码.养殖群体中G 6 PDH-1,MEP-1和EST-3位点具有多态性;而缅甸新引进的野生群体中除上述3个基因座位外,还检测到GDH-1基因座位具有多态性.缅甸新引进的野生群体的多态基因座位比例(16%)和群体平均杂合度(0.0501)都明显高于浙江养殖群体(12%和0.0431).2群体的遗传相似度和遗传距离分别为0.9963和0.0037. 相似文献
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利用PCR技术扩增我国3个不同海域(渤海湾、东海的舟山海域、南海的广东沿海)银鲳(Pampus argenteus)线粒体CO Ⅰ的基因片段,得到长度为604 bp的片段,比较分析了3个不同地区48尾银鲳线粒体CO Ⅰ基因序列的变异和遗传结构.结果显示,48条序列共检测出多态性位点30个,其中简约信息位点6个,各群体内的多态性位点分别为渤海8个、舟山26个、广东1个;48个个体具有18个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.662 2和0.002 8.AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的-1.03%,而101.03%的遗传变异源于群体内,3群体总的遗传分化指数(FST)为-0.010 3 (P>0.05).此外,研究结果还显示,群体间遗传分化指数与遗传距离均非常低.分析得出:基于银鲳线粒体CO Ⅰ基因的序列分析,单倍型多样性以东海群体最高(0.800 9)、渤海群体其次(0.700 0)、南海群体最低(0.200 0),而3群体核苷酸多样性则均较低(<0.005);分子变异分析未检测出我国3个野生银鲳群体间存在遗传分化现象. 相似文献
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为了研究罗非鱼群体的遗传多样性及其系统进化关系,以尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、奥利亚罗非鱼(O.aureus)、莫桑比克罗非鱼(O.mossambicus)、吉富罗非鱼(GIFT)和3种红罗非鱼(中国台湾红罗非鱼、马来西亚红罗非鱼、以色列红罗非鱼)7个群体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的序列进行PCR扩增和序列比对,分析7个罗非鱼群体的遗传变异情况。在324个样品中检测出180个多态性位点和98个单倍型,平均单倍型多样性为0.944,核苷酸多样性为0.036。中性检验Tajima’s D值显示GIFT、莫桑比克罗非鱼和奥利亚罗非鱼群体在经历瓶颈效应和/或纯化选择后种群规模扩大。7个罗非鱼群体间的遗传距离为0.000～0.071,种群遗传分化指数(Fst)值为0.016～0.994。AMOVA分析显示,大多数遗传变异来自群体间(70.78%)。研究还发现,本实验中的奥利亚罗非鱼遗传多样性最低,其余6个群体的遗传多样性较丰富。利用COⅠ基因对7个罗非鱼群体的遗传结构进行分析,丰富了罗非鱼种群特别是红罗非鱼的遗传背景数据,对其种质资源利用具有一定的指导意义。 相似文献