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1.
本研究利用DNA直接测序技术对9个地方鸡种(北京油鸡、白耳鸡、溧阳鸡、河南斗鸡、泰和乌骨鸡、大骨鸡、狼山鸡、仙居鸡、茶花鸡)和1个引进品种(白来航蛋鸡)鸡Toll样受体1(chTLR1-1、chTLR1-2)、Toll样受体2(chTLR2-1、chTLR2-2)基因的全部外显子、部分内含子及5′调控区的序列进行单核苷酸多态性(SNPs)检测。结果共发现了27个SNP位点,96%的SNPs位于编码区,其中33%的SNPs为错义突变。chTLR2-1基因在所有品种中均未发现SNP位点,chTLR1-1、chTLR1-2和chTLR2-2基因在9个地方品种中突变位点较为丰富,且不同品种间SNP数量差别较大,但在白来航蛋鸡中均未发现SNPs位点。本试验为进一步开展地方鸡种chTLR1和chTLR2基因多态性与抗病研究提供了理论依据。 相似文献
2.
猪MSTN基因的多态性和生长性状关联分析 总被引：2，自引：0，他引：2
基于肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因结构及功能研究报道,将其作为猪生长发育性状的候选基因进行多态性检测与关联分析,旨在为猪分子遗传标记提供依据。本研究以长白猪、大白猪、杜长大、通城猪、莱芜猪、五指山猪6个不同猪种基因组DNA为模板,通过克隆测序鉴定MSTN基因启动子区、第1内含子区、第2内含子区、第1外显子区、第2外显子区及3′UTR区SNPs位点;以长白猪和杜长大2个试验猪群为材料,利用基质辅助激光解吸飞行时间质谱法对MSTN基因进行SNP分型。建立最小二乘法分析模型,利用SAS软件分析数据。结果表明:在6个猪种76个个体中,共筛选出16个SNPs,其中有4个位于启动子区,5个位于第1内含子,7个位于第2内含子,在外显子1、外显子2和3′UTR区域并未检测到SNP位点。对MSTN基因的4个SNPs位点(P1、P3、P4、P5;其中P1、P3、P4位于启动子区,P5位于内含子1区)的生长性状关联分析显示,P4和P5 2个位点的多态性与猪生长性状显著相关(P<0.05)。P4和P5 2个位点具有作为分子标记辅助猪育种的潜在应用价值。 相似文献
3.
以高脚鸡、威宁鸡、乌蒙乌骨鸡(含白壳蛋鸡和绿壳蛋鸡)3个贵州地方鸡种为研究对象,构建品种DNA池,扩增NKX2-5基因第1外显子全部序列及第2内含子部分序列,采用直接测序法对3个品种(4个群体)的NKX2-5基因进行单核苷酸多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构的影响.结果表明,在3个品种(4个群体)中共检测到G108A、T288C、C400T、T420G和G429A 5个SNPs位点,其中,G108A位于非编码区;T288C、C400T位于第1外显子区;T420G和G429A位于内含子区.T288C和C400T均为错义突变,T288C突变导致丝氨酸(Ser)变为脯氨酸(Pro)、C400T突变导致丙氨酸(Ala)变为缬氨酸(Val),SNPs位点对于NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构有一定影响. 相似文献
4.
以丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡的基因组DNA为模板,采用PCR产物直接测序的方法进行鸡lmbr1基因部分内含子的克隆、单核苷酸多态性检测。结果表明,试验克隆了鸡lmbr1基因的10～14及16内含子序列,共计4 610 kb,从丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡中检测到67个单核苷酸多态位点（SNPs）。将提交序列与NCBI上公布的红色原鸡基因组序列比较,在这6个内含子内发现40个变异位点,其中20个为新的SNPs。基因组结构分析表明,鸡lmbr1基因约60 kb,为人类lmbr1基因的28%,内含子外显子的剪接方式符合GT-AG法则。 相似文献
5.
贵州白香猪为贵州特有的地方品种,为了研究贵州白香猪apoA5基因多态性,试验采用直接测序法对贵州白香猪apoA5基因全序列2 473 bp进行单核苷酸多态性(SNPs)检测.结果表明:在apoA5基因的内含子2和外显子3中分别检测出1个、11个变异位点;有4个突变发生在氨基酸编码区内,其中3个突变为同义突变,而G1 1... 相似文献
6.
野猪生长激素基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
参考家猪GH基因序列[M17704.1],设计1对特异引物,用PCR方法从野猪基因组中扩增出1条长约1.8kb的DNA片段。PCR产物经PMD18-TVector载体转化感受态DH5α株大肠杆菌,获得重组克隆子。结果表明:野猪生长激素基因DNA序列长1792bp,含完整的5个外显子和4个内含子,与家猪、牛、山羊、河马、狗、小鼠和恒河猴的GH基因cDNA序列同源性分别为99.19%、89.6%、89.7%、94.6%、92.9%、86.9%、77.3%。其cDNA所编码氨基酸与牛、山羊、河马、狗、小鼠和恒河猴同源性分别为98.74%、83.9%、83.9%、92.5%、90.7%、81.6%、65.5%。所测野猪生长激素基因序列与13个家猪品种的GH基因序列比较,检出54个核苷酸变异位点(外显子12个,内含子36个,侧翼区6个),其中24个为各家猪品种内所不具有的新变异位点,即野猪种群特有变异位点。在外显子的12个变异位点中,有8个可导致氨基酸残基的改变。这些结果,表明了野猪GH基因在进化过程中的保守性和多态性。 相似文献
7.
为揭示中国家驴 MSTN 基因的遗传多样性,以新疆驴和青海驴为研究对象,根据GenBank上公布的马的 MSTN 序列,设计9对特异性引物,利用驴混合DNA池为模板对该 MSTN 基因部分序列进行PCR扩增和测序分析。结果显示,扩增出的驴 MSTN 基因部分序列长度为3242 bp,包括5'-UTR区(671 bp)、第一外显子(373 bp)、第一内含子(1825 bp)和第二外显子(373 bp)。在该基因中共发现4个SNPs,分别为65 bp处T→Ｃ（5'-UTR）,872 bp处A→G（第一外显子）,2017 bp处G→A (第一内含子),2395处C→G突变（第一内含子）。利用PCR-RFLP技术对新疆驴和青海驴共计80个样本进行基因分型,4个突变位点共检测到6种单倍型（H1-H6）,其中H1是最主要的单倍型。两个家驴品种 MSTN 基因的遗传多样性很丰富（H=0.6044）,这对中国驴的遗传资源保护具有重要作用。 相似文献
8.
紫花苜蓿耐盐种质资源的遗传多样性分析 总被引：5，自引：4，他引：1
利用RAPD技术分析了25个紫花苜蓿耐盐品种的遗传结构和遗传多样性。结果表明,30条引物在25个紫花苜蓿耐盐品种单株DNA间的多态性位点比率(P)为81.52%,在各品种混合DNA间的多态性位点比率为61.65%,说明采用单株DNA样品比采用混合DNA样品能更好地揭示紫花苜蓿品种内和品种间的遗传变异水平。基因分化系数(Gst)主要反应品种间变异占总变异的比例,中国18个耐盐紫花苜蓿品种和美国7个耐盐紫花苜蓿品种的基因分化系数分别为0.271和0.152,表明中国耐盐紫花苜蓿种质资源品种间基因交流机会比美国品种间交流机会多。紫花苜蓿作为典型的异交植物,其生物群体的遗传结构与其繁育体系具有直接的联系。依据遗传距离(GD)分析结果,25份材料从遗传结构上可以分为9个组群,其中图牧1号和图牧2号遗传距离最小(GD=0.148),捷达和图牧1号遗传距离最大(GD=0.786)。紫花苜蓿耐盐种质遗传多样性分析为紫花苜蓿耐盐核心种质库构建和耐盐新品种选育提供了理论依据。 相似文献
9.
结缕草肌动蛋白基因全长cDNA的克隆及序列分析 总被引：6，自引：0，他引：6
根据植物肌动蛋白(Actin)基因编码区的保守序列设计引物,提取结缕草叶片的总RNA,进行RT-PCR。并采用RACE技术扩增出1560bp的Actin基因全长cDNA序列。序列分析表明,该基因的开放阅读框(ORF)为1134bp,编码377个氨基酸,5′非编码区117bp,3′非编码区309bp。所得序列与GenBank中收录的其他植物肌动蛋白核苷酸序列的一致性均在85%以上,氨基酸序列的一致性高达97%以上。将其命名为ZjACT,GenBank登录号为GU290545。根据高等植物肌动蛋白相似性构建的系统进化树显示,结缕草肌动蛋白与大麦和圆锥小麦肌动蛋白之间的亲缘关系最为密切,在进化中分化时间最为接近。进一步分离克隆了结缕草Actin基因的基因组DNA序列(登录号GU290546),它由4个外显子和3个内含子组成。本研究有助于揭示植物Actin基因家族的进化历史,为研究植物Actin基因家族功能和进化上的多样性奠定理论基础,同时也为开展草坪草和牧草Actin基因的功能分析和利用研究提供参考。 相似文献
10.
本研究旨在分离苜蓿多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白2（MsPGIP2）基因的基因组序列全长,分析序列变异。首先采用引物热不对称PCR的基因组DNA步移法分离其基因组序列全长,然后通过克隆测序分析了MsPGIP2基因在3个苜蓿品种（‘润布勒’、‘苏普斯坦’与‘公农1号’）中的多态性。结果显示,MsPGIP2基因的基因组DNA序列全长1 126 bp,可分为信号肽、内含子和LRR区3部分。MsPGIP2基因的基因组序列中共有46个变异位点（频率>0.02）。在信号肽区,没有变异位点;在内含子区,有5个SNP位点和2个InDel变异位点;而在LRR区,共发现了39个SNP位点,其中非同义突变占61.5%。在3个苜蓿品种中共发现了15个等位基因（即单倍型）,通过对LRR区核苷酸的系统发育分析将他们分成3类。结论认为,MsPGIP2基因具有较大的变异,各等位基因间发生了频繁的重组交换,是一个为适应病原微生物PG的进化而快速进化的基因。 相似文献
11.
Kathiravan Periasamy Kataria Ranjit S. Mishra Bishnu P. Dubey Praveen K. Selvakumar M. Tyagi Neetu 《Tropical animal health and production》2010,42(5):1021-1026
The present study aimed at identifying single-nucleotide polymorphic (SNP) sites in different coding and non-coding regions
of lactoferrin gene in Indian riverine buffaloes. A total of 102 animals from six different river buffalo breeds were screened
at six bubaline lactoferrin gene loci. Single-strand conformation polymorphism (SSCP) analysis revealed monomorphic patterns
at three loci LtfE2, LtfE11, and LtfE14 while a total of eight distinct patterns were observed in the other three loci viz.
LtfE5, LtfE10, and LtfE16 which correspond to respective exons and their flanking regions. Sequence analysis of different
SSCP variants revealed the presence of two SNP sites within the coding (exon 16) region and five SNP sites in flanking non-coding
regions (intron 4 and intron 9). Both SNPs within exon 16 were found to be synonymous. The SNPs and haplotypes identified
in the present study could serve as potential markers for association with susceptibility/resistance to mastitis in buffaloes. 相似文献
12.
Vacca GM Pazzola M Pisano C Carcangiu V Diaz ML Nieddu M Robledo R Mezzanotte R Dettori ML 《Veterinary journal (London, England : 1997)》2011,190(1):60-65
The solute carrier family 11 member A1 (SLC11A1) gene is associated with resistance to infectious diseases. Chromosomal localisation, genomic regions corresponding to functional domains and the genetic variability of microsatellites in the 3' untranslated region (3'-UTR) of this gene were investigated in 427 goats (Capra hircus) of six breeds. Using dual colour fluorescence in situ hybridisation, SLC11A1 was localised to goat chromosome 2. Single strand conformation polymorphism was used to screen for polymorphisms in SLC11A1 exons 2, 10 and 15. There was no variation among goat breeds in the sarcoma homology 3 (SH3) binding motif, the protein kinase C phosphorylation site or the two N-linked glycosylation sites. Exon 15 exhibited variability due to the presence of two polymorphic microsatellites. Genotyping of the upstream guanine-thymine repeat (GTn) at 3'-UTR revealed eight alleles (GT11, GT12, GT14-GT19) in goats, whereas GT13 (present in cattle) was absent. Most goats carried the GT16 allele and no allele was found to be exclusive to only one breed. The coefficient of genetic differentiation value (G(ST)) was 0.084. This microsatellite appears to be an informative DNA marker for genetic linkage analysis in goats. 相似文献
13.
X.L. Li Zh.L. Wu Y.F. Gong Y.Q. Liu Z.Z. Liu X.J. Wang T.R. Xin & Q. Ji 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2006,123(2):141-144
Polymerase chain reaction (PCR) products of MSTN gene amplified from 35 goats representing 17 Chinese indigenous goat breeds and five imported goat breeds were sequenced to identify the single‐nucleotide polymorphisms (SNPs) of a 379‐bp fragment including part of intron 2 and exon 3 of MSTN gene. A total of eight SNPs (A1980G, G1981C, A1982G, G1984T, A2121G, T2124C, G2174A and A2246G) were identified among the sequenced goats. The SNPs found are all located in intron 2 except for A2246G, which was a synonymous mutation in exon 3. Four haplotypes were sorted from these eight SNPs, of which, haplotype I (AGAGATGA) and haplotype II (GCGTGTAA) are the two main haplotypes with the frequency of 77.8% and 14.8% respectively. The SNPs found at positions 1980, 1981, 1982, 1984 and 2121 might be linked to inheritance completely. 相似文献
14.
本研究以从江香猪为研究对象,二元杂交猪(从江香猪×野猪)、外三元杂交猪(杜×长×大)为对照,采用DNA池和直接测序技术对3个群体的SIM1基因7个外显子、部分内含子以及3'非翻译区序列进行多态性检测;利用生物信息学软件预测多态位点对SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构的影响。结果表明,在3个群体的SIM1基因中筛查到12个SNPs,C77T位于第5外显子,T29186C、A29195C位于第9内含子,C63T、C225T位于第10外显子,C107T、A426G、T583C、A586C、A605C、A615C位于第11外显子,G267T位于3'非翻译区。其中C77T、T29186C、A29195C、C63T、C225T、C107T、G267T为同义突变,A426G、T583C、A586C、A605C、A615C为错义突变;5个错义突变分别导致异亮氨酸(Ile)变为缬氨酸(Val)、亮氨酸(Leu)变为脯氨酸(Pro)、谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala)、谷氨酸(Glu)变为天冬氨酸(Asp)、天冬酰胺(Asn)变为组氨酸(His);根据在线软件预测,突变前后的SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构均会发生改变。 相似文献
15.
In this study, Congjiang pig was served as a research object, crossbred pigs (Congjiang pig×boar), outside crossbred pigs (Duroc×Landrace×Yorkshire) as controls.Using DNA pools and direct sequencing detected polymorphism of 7 exons, part of introns and 3'untranslated region (3'-UTR) sequences of SIM1 gene for three groups.Bioinformatics software predicted what impact polymorphic loci had to mRNA secondary structure and protein primary, secondary structure of SIM1 gene.The results showed that 12 SNPs were screened in SIM1 gene of three groups, C77T located in exon 5, T29186C and A29195C located in intron 9, C63T and C225T located in exon 10, and C107T, A426G, T583C, A586C, A605C and A615C located in exon 11, G267T located in 3'-UTR. C77T, T29186C, A29195C, C63T, C225T, C107T and G267T were silent mutations, A426G, T583C, A586C, A605C and A615C were missense mutations.The five missense mutations respectively led to isoleucine (Ile) into valine (Val), leucine (Leu) into proline (Pro), glutamate (Glu) into alanine (Ala), glutamic (Glu) into aspartic (Asp), asparagine (Asn) histidine (His), and according to online software forecast, mRNA secondary structure and protein primary, secondary structure of SIM1 gene changed in mutations before and after. 相似文献
16.
PANG Chun-ying DENG Ting-xian LU Xing-rong ZHU Peng DUAN An-qin LIANG Xian-wei 《中国畜牧兽医》2016,43(9):2418-2424
This study was aimed to detect the polymorphisms of Leptin gene in buffalo that provided a fundamental for further study on marker assisted breeding in buffaloes.The single nuclease polymorphisms (SNP) of Leptin gene were identified and genotyped by using DNA pooled sequencing and high-resolution melting (HRM) method in three buffalo breeds with 182 buffalo individuals,respectively.The results showed that seven SNPs of Leptin gene were identified in studied population that were located in the intron 1,intron 2 and exon 3 regions,respectively.All the SNPs loci were moderate polymorphism except for the SNP5 and SNP6.The χ2-test indicated that all the SNPs loci were in agreement with Hardy-Weinberg equilibrium in Nili-Ravi population (P>0.05).Our findings revealed that seven SNPs of Leptin gene in buffalo were identified and genotyped in population,which provide the data support for further analyzing the associations between these polymorphism and production traits in buffaloes. 相似文献
17.
试验旨在检测水牛瘦素（Leptin）基因序列的多态性,为进一步开展水牛标记辅助育种研究奠定基础。运用DNA混合池结合直接测序及高分辨熔解曲线（HRM）法在182头奶水牛个体中进行Leptin基因SNP位点的筛选和分型。结果表明,在试验群体中Leptin基因共发现7个SNPs,位于内含子1、内含子3和外显子3区域,分别是A3123G、A3776G、A4154G、A5228G、A5524C、G5573T和A5751C。除了SNP5和SNP6位点在尼里－拉菲水牛群体中的多态信息含量（PIC）属于低度多态之外,所有SNPs位点在3个水牛群体中均属于中度多态。经χ2检验,所有SNPs位点的突变在尼里－拉菲水牛群体均达到Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。本研究成功筛查7个水牛Leptin基因SNPs位点并进行了基因分型,为下一步开展奶水牛Leptin基因的标记－性状关联分析奠定基础。 相似文献
18.
贵州地方猪脂肪特异蛋白27基因SNPs筛查与生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以3个贵州地方猪种(可乐猪、贵州白香猪、黔北黑猪)为试验素材构建品种DNA池,采用直接测序技术对猪脂肪特异蛋白27(fat-specific protein 27,Fsp27)基因的第4~5外显子区域进行SNPs快速筛查,共检测出4个SNPs位点:intron3-T2169C,exon4-G5A,intron4-G21C和exon5-C5G,其中exon4-G5A和exon5-C5G使编码氨基酸发生Arg→Gln,Thr→Ser的改变。进一步的生物信息学分析显示,exon4-G5A位点的变异导致mRNA的二级结构改变,exon5-C5G多态位点使蛋白质的二级结构发生变化,且当exon4-G5A和exon5-C5G位点的碱基分别为A和G时蛋白质三级结构与其它3种碱基组合(G与G,G与C,A与C)的三级结构明显不同。 相似文献
19.
本研究旨在探讨甘南藏系绵羊(欧拉羊、甘加羊和乔科羊)及滩羊DGAT1基因16-17外显子多态性,为开展藏系绵羊遗传分化、藏系绵羊与其他绵羊的亲缘关系、藏系绵羊DGAT1基因与肉质性状关联等方面的研究提供参考.采用PCR-RFLP方法,检测501只绵羊DGAT1基因16-17外显子SNP,并对主要遗传参数进行统计学分析.结果表明:①藏系绵羊DGAT1基因16-17外显子均具有Alu Ⅰ酶切多态性,存在TT、TC、CC 3种基因型,其中CC基因型频率最高,为优势基因型;C等位基因频率高于T等位基因频率,为优势等位基因.②欧拉羊在DGAT1基因16-17外显子处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),而甘加羊、乔科羊在DGAT1基因16-17外显子处于Hardy-Weinberg不平衡状态(0.01＜P＜0.05).③独立性检验结果表明:各藏系绵羊间基因型分布差异不显著(P＞0.05),而滩羊与乔科羊之间差异极显著(P＜0.01),滩羊与欧拉羊、滩羊与甘加羊之间差异显著(0.01＜P＜0.05).④藏系绵羊在DGAT1基因16-17外显子Alu Ⅰ酶切位点均表现为中度多态.结果提示:在DGAT1基因16-17外显子Alu Ⅰ酶切位点上藏系绵羊之间基因型分布差异不显著(P＞0.05),而滩羊和藏系绵羊差异显著(0.01＜P＜0.05)、亲缘关系较远. 相似文献
20.
本研究旨在了解酪氨酸酶相关蛋白1（tyrosinase related protein 1，TYRP1）基因在中国地方绵羊群体内的遗传变异，以及TYRP1基因突变与不同毛色表型绵羊群体的相关性。通过直接测序法和PCR-RFLP技术对10个中国地方绵羊群体进行单核苷酸多态性（SNP）检测，利用Beagle、PLINK和POPGENE等软件对突变位点数据进行单倍型构建、连锁不平衡分析和遗传变异研究。突变位点检测结果表明，在绵羊TYRP1基因内识别了13个SNPs，其中位于TYRP1基因外显子上的10个SNPs位点，除个别位点在大尾寒羊、中国美利奴羊和岷县黑裘皮羊中没有发生突变外，其他突变位点在所有绵羊品种中均出现不同程度变异，说明中国地方绵羊群体具有较高的遗传多样性。单倍型分析结果表明，所有样本中共有42个单倍型，优势单倍型0000000000（245/918）、0100000001（91/918）在所有绵羊群体中均存在，除单倍型0101100000（93/918）在中国美利奴羊中没有出现，单倍型0001000001（69/918）在岷县黑裘皮羊、哈萨克羊群体中没有出现外，在其他群体中均存在。连锁分析结果表明，10个SNPs在所有样本中均存在2个连锁模块。群体遗传变异分析表明，中国地方绵羊群体具有较高水平的群体内遗传变异，各绵羊品种间存在明显的遗传分化模式，且各品种遗传关系与其品种传统分类结果基本一致。本研究为进一步研究TYRP1基因对绵羊毛色遗传性状的影响提供了参考依据。 相似文献