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《江苏农业学报》2014,(4)
为分析茄子的遗传多样性,并挖掘与茄子农艺性状和品质性状相关的分子标记位点,选用18对高多态性SSR引物对70份国内外茄子材料进行多态性扫描、遗传多样性分析和群体结构分析。在此基础上采用Tassel2.1 GLM方法进行标记位点与农艺性状和品质性状的关联分析。结果显示,18对SSR引物共检测到130个等位变异位点,平均每个引物7.2个等位变异。各种质遗传相似系数为0.56~0.93,平均0.68。基因多样性指数和Shannon指数变幅分别为0.070 0~0.404 4和0.103 6~0.584 8。通过群体遗传结构分析将供试材料分为5个亚群。与农艺相关性状显著相关(P0.05)的位点有17个。供试材料之间存在一定的遗传差异,但遗传基础比较狭窄。 相似文献
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燕山板栗集中产于燕山山麓长城沿线的河北省迁西、遵化、迁安、兴隆、宽城、青龙等县(市)及北京市怀柔、密云等县(区)。栽培面积约为17.4万公顷,产量7.68万吨,出口创汇近l亿美元。近年来,随着生产规模不断扩大,出现了栗农忽视质量管理,增产措施中用药、施肥等技术不规范问题,造成板栗品质下降、效益滑坡,课题组通过三年试验及各项技术组装配套和三年示范、推广,总结出提高燕山地区板栗品质的关键技术措施。 相似文献
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【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。 相似文献
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广西野生大豆种质资源SSR引物筛选 总被引：1，自引：1，他引：0
【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为 3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为 1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。 相似文献
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《四川农业大学学报》2017,(3):309-316
【目的】旨在了解自20世纪50年代以来我国花生品种更替所引发的SSR位点遗传多样性变化,以期为花生育种提供参考。【方法】选用154对SSR引物对68个大面积推广种植品种进行检测。【结果】共获得173个位点,检测到872个等位变异,平均为5.04个等位变异/位点,遗传多样性指数的变化范围为0.014~0.881,平均0.477。20条染色体中,b07遗传多样性最高,染色体a04最低。品种更替过程中,20世纪80年代品种更替对SSR位点遗传多样性影响最为显著,与20世纪70年代及以前品种相比,表现为等位基因遗传丰富度增加、多样性指数增加、品种间遗传距离略有降低。20世纪80年代以后,SSR位点的等位基因丰富度增加、多样性指数和品种间遗传距离均无明显变化。检测到5个等位变异数随年代增加减少的SSR位点。聚类分析结果显示类群分布与系谱及地理来源相关,与品种更替年代无关。【结论】本研究结果表明,在花生品种更替过程中,主栽品种等位基因丰富度增加,而等位基因分布均匀度尚未产生显著性改变。 相似文献
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利用41对SSR引物对82份春小麦种质资源进行遗传多样性分析。供试引物的平均等位位点数为10.93个,引物多样性指数(Hi)变异为0.251 2～2.995 8,多态性信息量(PIC)为0.676 534～0.950 860;选用Xgwm、DP、Wmc和Xbarc 4个系列的SSR引物,不同类型SSR引物的多态信息含量、多样性指数、平均等位位点数间有较大差异。表明,选用合适的引物类型,对遗传多样性研究有重要的意义;在遗传距离0.39处,供试材料通过SSR标记聚类分析可被分成7个大类19个亚类。 相似文献
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利用荧光SSR分子标记评估中国栗属植物遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】利用SSR分子标记研究中国栗属植物遗传多样性、亲缘关系和群体遗传结构的特点,为栗属植物的资源改良、种质创新与利用提供理论依据。【方法】利用不同产区的12个板栗品种对330个SSR分子标记进行筛选,获得高质量的12对SSR引物。随后在高分辨率的毛细管电泳上对栗属4个种的96份资源进行位点信息检测。用Power Marker 3.25、GenAlEx 6.51、FigTree v1.4.3和Structure 2.3.3对全部资源进行群体遗传多样性的相关分析。【结果】对96份资源进行检测,共获得129个等位变异,每个标记平均有10.750个位点变异。位点多样性（GD）变幅为0.656（CmSI0396）—0.877（CmSI0930）,平均为0.800;观察杂合度（Ho）变幅为0.329（CmSI0742）—0.769（CmSI0702）,平均为0.615;期望杂合度（He）变幅为0.489（CmSI0742）—0.789（CmSI0922）,平均为0.672;多态信息含量（PIC）变幅为0.586（CmSI0396）—0.868（CmSI0930）,平均为0.774。从不同栗属植物种群间的遗传多样性来看,茅栗种群的观察位点数（Na）、有效等位变异（Ne）和Shannon多样性指数最高,其次是板栗种群,最低是日本栗种群。从两两群体间的遗传分化指数（Fst）可知,栗属植物种间的遗传分化值在0.077—0.180,整体种群间存在中等以上程度的分化,板栗种群、锥栗种群与日本栗种群间的遗传分化值分别为0.165和0.180,表现出较大的遗传分化。同时,栗属植物种群的基因流（Nm）为1.580>1,也说明种群间存在较频繁的基因交流,由此降低了由基因遗传漂变所引起的各种群间遗传分化程度。分子方差分析（AMOVA）结果表明,变异主要发生在种群内,占总变异量的73%,种群间的变异占27%。UPGMA聚类分析、主坐标分析和群体遗传结构结果较一致,各资源的遗传背景存在明显的种间界限,部分资源在世代遗传中继承了不同祖先种的遗传信息。例如,资源65、71和82号为混合类型资源,包含有茅栗和日本栗的遗传背景,而现在的两种间存在地理隔离。在相同生态区域的栗属植物种间存在一定的基因交流,没有形成完全的生殖隔离。48号资源‘广东矮生’同时含有板栗和茅栗的遗传背景,在地理分布上该资源原生地正处于板栗和茅栗资源的重叠生态区。【结论】筛选的12对SSR引物能够准确地评估中国栗属植物的遗传多样性,综合聚类分析可确定栗属植物的类群划分与种间信息高度一致且种间存在一定的基因交换。 相似文献
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《天津农业科学》2015,(5):1-6
为探明由山西不同生态型大豆品种组成的自然群体的遗传多样性,为优异种质资源的筛选和应用提供理论依据,以102个大豆品种组成的自然群体为研究材料,采用59对SSR引物对该群体进行遗传多样性分析。结果表明:59对引物最终筛选出50对多态性好的引物,共检测出157个等位变异,不同位点的等位变异数为2~7个,平均等位变异数为3.14个,其中等位变异数最多的为Satt263,有7个。香农指数变幅为0.097 3~1.668 4,香农指数平均值为0.844 9,多态性信息量的变幅为0.038~0.761,平均每个引物的多态性信息量为0.431。标记将102个大豆材料在遗传距离GD=0.805处聚为3个群组,群组1有52个材料,群组2由48个材料组成,群组3仅有2个材料。 相似文献
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利用30个SSR位点,考察由50份地方种和298份自交系组成的玉米初级核心种质的遗传多样性,并进行核心种质的构建。结果表明,该初级核心种质有较高的遗传多样性,平均每个SSR位点上有6.1个等位变异,遗传多样性指数为0.65。通过遗传结构分析发现将玉米分为甜玉米、糯玉米、甜糯玉米及普通玉米等传统分类不能代表玉米资源的真实遗传结构。通过比较随机取样、聚类取样的效率,等位变异保留比例、基因多样性指数与群体大小之间的关系,确定以遗传结构分组,采用聚类取样,取样比例为40%,构建核心种质。核心种质包含139份材料,等位变异保留比例为96.4%,基因多样性指数为0.66。 相似文献
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利用33对多态性SSR引物对84个茶树品种进行亲缘关系和遗传多样性分析,并基于SSR数据,对供试品种进行UPGMA遗传相似性聚类分析.结果表明:参试品种具有较高的遗传多样性(共检测到94个等位位点,每个引物2～4个,平均2.85个;引物多态性信息含量为0.20～0.79,平均值为0.56;可观测等位位点数最多9个,最少... 相似文献
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以不同地区嫁接引种至河北迁西的39份板栗种质资源为研究对象(共计7个群体),对与其叶片相关的8个功能性状进行了双因素巢式设计方差分析、相关性分析、聚类分析。结果显示:板栗叶片8个功能性状群体内和群体间均存在显著差异,说明叶片功能性状在群体内和群体间呈多态性,多样性丰富;板栗叶片8个功能性状平均变异系数在6.91%~27.57%之间,其中叶片DSPA的平均变异系数最小,其余7个性状的平均变异系数均在10%以上,表明叶片DSPA的遗传稳定性较好,育种改良潜力较小;不同群体内性状多态性丰富程度最高为江苏群体,最低为安徽群体,表明在遵化板栗群体中选育出新品种的可能性较大;群体间的平均变异与群体内的平均变异比约为6∶7,说明就板栗叶片8个功能性状呈多态性的主要来源是群体内变异;相关性分析结果表明板栗叶片面积与叶片DSPA对板栗坚果的单粒质量显著的影响,因此板栗叶片面积及叶片DSPA可以作为迁西地区引种及选育工作的一个重要参考指标;通过系统聚类可将7个板栗群体居聚为2大类群,反映不同地理群体板栗叶片功能性状的多样性,结果与地理分布格局基本相吻合。 相似文献
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25个油棕SSR标记的开发及应用这些标记评估油棕资源的遗传多样性 总被引：2，自引：2，他引：0
应用NCBI网站上公布的EST序列,挖掘SSR位点,并根据SSR位点的侧翼序列设计引物,对18份油棕资源的DNA进行了PCR扩增,扩增结果显示,在72对引物的PCR扩增中,25对引物具有多态性特征,并且其杂合度在0.1049和0.6605之间,平均杂合度为0.4702,这暗示了这些标记具有中度的多样性。同时,应用这些有多态性的标记评估了这些油棕资源的遗传多样性和群体结构,分析结构显示:椰子研究所油棕资源圃的遗传多样性最为丰富,此外,聚类分析表明不同位置来源的油棕资源展现了显著的遗传差异。本研究开发的SSR标记将能被应用到油棕的遗传育种研究中。 相似文献
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为科学利用现有板栗种质资源并对其进行高效管理和保存。本研究利用简单重复序列(SSR)标记,采用非加权算数平均聚类法(UPGMA)对来自12个省(市或自治区)的279份板栗种质进行多次聚类抽样。聚类抽样时将2种遗传相似系数(SM系数和Dice系数)和2种取样方法(随机取样法和位点优先取样法)分别组合获得不同样本群,再比较不同样本群的有效等位基因数(Ne)、Nei’s多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I),研究构建板栗初级核心种质的适宜方法,并采用t检验和主坐标分析评价初级核心种质的代表性,结合表型特征对其进行确认。结果表明:应用位点优先取样法取得的种质比随机取样法具有更高的Ne、H和I;应用SM相似性系数构建的核心样本,其遗传多样性指标要优于Dice相似性系数;根据主坐标结合形态学指标分析,利用位点优先取样法和SM相似性系数经过3次聚类构建了68份板栗初级核心种质,保留了原种质24.37%的样品,Ne、H和I分别为1.539、0.329和0.502,均高于原种质各遗传多样性指标,能够较全面的代表整个板栗资源的遗传多样性。综上,基于SSR标记利用SM系数聚类,并结合位点优先取样法是构建板栗初级核心种质较适宜的方法。 相似文献
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为了对极小种群野生植物富民枳(Poncirus polyandra)采取合理有效的保护措施,采用SSR分子标记作为遗传完整性检测标记,研究不同梯度的有效样本量对微卫星分析中遗传多样性指标的影响。本研究利用5对SSR引物,对65份富民枳种质材料进行遗传完整性检测,并对富民枳种植资源遗传多样性的微卫星数据进行分析。结果表明:随着有效样本量的增加,有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态性信息量和Shannon信息指数等遗传指标均随之增加,有效样本量与遗传多样性指标呈显著正相关。当以有效等位基因数、多态性信息量(PI,C)和Shannon多样性指数等来衡量时,有效样本量29株为曲线的拐点,此时代表了95%以上的遗传多样性水平;而以观测杂合度和期望杂合度来衡量时,有效样本量为25株时,便达到了该总体遗传多样性水平的95%以上。综合分析表明,富民枳的有效样本量以25~29株较为合适,目前富民枳的种质保存是合理有效的。 相似文献
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[目的]研究广西邕宁普通野生稻种群的遗传多样性和核心种质构建,为普通野生稻种群保护提供依据。[方法]从水稻12条染色体上均匀选取24对SSR标记对243份样本进行遗传多样性分析。[结果]结果表明,24对引物均表现出多态性,多态位点比率为100%;24个多态位点共检测出103个等位变异,平均等位基因数A为4.291 7,平均有效等位基因数E是2.511 2,平均期望杂合度He为0.573 2,平均多态信息含量PIC为0.572 0。根据聚类结果分析,从243份材料中筛选出31份核心种质,包含了24个SSR位点检测到的所有的遗传变异,其平均期望杂合度He是0.595 8,平均多态信息含量PIC是0.586 3,基本上可以代表广西邕宁普通野生稻种群的遗传多样性。[结论]广西邕宁普通野生稻资源具有丰富的遗传多样性,建议对该地区普通野生稻种群的遗传多样性进行重点保护和利用 相似文献
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新疆核桃8个天然群体遗传多样性的SSR评价 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]为进一步建立新疆核桃种质资源的分子指纹鉴定体系奠定基础,为制定新疆核桃资源的有效保育和利用策略提供科学依据,并为深入研究新疆栽培与野生核桃资源间的系统关系提供实验数据.[方法]应用12对稳定、适用性好的SSR引物对新疆南北疆核桃的8个栽培及野生群体的230份样品进行扩增,研究其遗传多样性.[结果]12对SSR标记揭示了新疆核桃丰富的遗传多样性:等位基因93个,平均多态性带比率96.77;,平均Nei多样性指数(H)0.315 1,平均Shannon多样性指数(Ⅰ)0.382 0.8个新疆核桃群体的变异主要来源于群体内,群体间分化较小,遗传分化系数仅为0.172 0.估测的群体间基因流(Nm)为1.712 6,表明新疆8个核桃群体之间存在适度的基因交流,种子的传播或人为实生选种以及杂交育种可能是基因交流的主要原因.对新疆核桃8个群体的Nei多样性指数(H)与Shannon多样性指数(Ⅰ)及多态位点百分比进行分析,表明和田实生核桃的遗传多样性最高,伊犁霍城野生核桃的遗传多样性最低.采用UPGMA方法进行供试核桃的遗传距离聚类分析,8个群体被聚为两大类:和田、叶城及温宿等3个群体聚为一大类;而巩留、霍城、吐鲁番、哈密、鄯善等5个群体聚为另一大类,Mantel检测与UPGMA聚类均表明群体间的遗传距离与群体的地理距离之间具有较高的相关性.[结论]新疆核桃有着较高的遗传多样性水平,同时揭示了新疆核桃属植物的遗传变异、群体扩散及其地理系统发育进化等方面的规律,在此基础上,认为在进行遗传多样性保护和种质资源的保存时,应充分重视群体内不同类型个体的保存,同时也要在分布区不同区域内保存不同的群体. 相似文献
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【目的】利用NCBI数据库中桃的EST信息开发SSR引物,分析成都平原主栽桃品种的遗传多样性,探讨各遗传相似系数在桃SSR分析中的适用性,以期为桃种质资源的研究提供参考。【方法】利用来自NCBI-EST数据库的100对SSR引物对12个不同形态的桃品种进行PCR扩增,分析筛选20对多态性好、稳定性高且均匀分布于桃8个连锁群的引物对40个桃品种进行PCR扩增,并采用5个遗传相似系数分别对扩增结果进行分析。【结果】使用20对引物共检测出68个多态性等位基因位点,每对引物的等位基因数在2~5之间,平均为3.4。多态信息含量在0.36~0.73间变化,平均为0.54。Jaccard相似系数为0.106~1.000;Jaccard系数的共表型相关系数rc最高,为0.772;Dice系数次之,为0.719;Jaccard和Dice系数的系统树一致性最高,CI_c为1。Nei’s基因多样性指数在种级水平上和类群水平上分别为0.603和0.374,相应的Shannon’s信息指数分别为1.041和0.591。40个桃品种在聚类中首先分为观赏桃和食用桃2大类,再细分为各类群,聚类结果与传统系谱基本吻合。【结论】基于NCBI数据库中桃的EST信息开发的SSR引物多态性较好,可用于桃的SSR分析。Jaccard和Dice系数适合桃的SSR分析。桃品种总体遗传多样性较丰富,但水蜜桃品种仍需加强种质创新。 相似文献
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【目的】 基于猕猴桃全基因组数据,开发、筛选一批多态性高、通用性强的SSR引物,为猕猴桃属种质资源遗传多样性分析、品种鉴定等奠定基础。【方法】 基于‘红阳’猕猴桃全基因组序列,设计并合成435对SSR引物,采用荧光标记毛细管电泳进行等位变异检测。首先,采用遗传差异较大的5份猕猴桃种质资源对引物进行有效性筛选;其次,选择9个物种或杂交组合的16份猕猴桃种质资源开展引物复筛;最后,利用所选引物对国家猕猴桃种质资源圃内猕猴桃属51个类型共225份种质资源进行基因分型及亲缘聚类分析。【结果】 从435对引物中初筛到216对有效性引物,经复筛确定分布于29条染色体上的67对引物为最终核心引物。67对引物在16份种质中共得到842个等位变异,每个位点检测到等位变异6—18个,平均等位基因数（Na）为12.57个;有效等位基因数（Ne）为3.27（A-Geo-149）—13.84（A-Geo-407）个,平均为8.18个;观测杂合度（Ho）为0.60（A-Geo-073）—0.93（A-Geo-158）,平均为0.77;期望杂合度（He）为0.72（A-Geo-149）—0.92（A-Geo-101、A-Geo-158）,平均为0.85;多态性信息含量（PIC）为0.67（A-Geo-149）—0.92（A-Geo-158）,平均为0.84;Shannon’s信息指数（I）为1.47（A-Geo-149）—2.73（A-Geo-101）,平均为2.22,说明引物的多态性极高,适用于猕猴桃属种质资源的亲缘关系及遗传多样性分析,225份种质资源聚类结果能明确揭示猕猴桃属植物的亲缘关系。【结论】 筛选出的SSR引物稳定、可靠,多态性与通用性高,可作为核心引物用于猕猴桃属植物种质资源鉴定、指纹图谱构建、核心种质挖掘和遗传多样性分析等研究。 相似文献
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为了更好的保护并促进优异葡萄种质资源的有效区分和合理利用,利用SSR标记技术对酿酒葡萄品种(系)材料中选取的15份特异性资源进行亲缘关系的分析、分类、种质识别。从44对SSR引物中筛选出15对用于供试葡萄种质的SSR扩增,共扩增出74条带,其中多态性条带71条,多态性百分率为95.9%。根据SSR扩增结果,分析表明15份葡萄材料遗传距离的变异范围为0~1.092 4。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数0.63处,可将15份供试材料分为2个类群,准确地检测出基因型之间的遗传背景与遗传关系。通过多态性谱带的有序编码转换,构建了15个葡萄品种的分子身份证系统,结果表明,利用SSR标记进行酿酒葡萄种质资源的鉴定和保护是可行的。 相似文献
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