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甘蓝型油菜BAN同源基因片段克隆与序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
参照拟南芥（Arabidopsis thaliana)BAN基因和cDNA的保守序列设计引物，对甘蓝型、白菜型、芥菜型油菜和拟南芥及其它十字花科栽培品种的基因组总DNA进行PCR扩增，均获得与拟南芥BAN基因扩增片段大小极其相似的PCR扩增产物，表明BAN基因可能广泛存在于十字花科植物中。甘蓝型油菜和拟南芥BAN扩增片段测序比较分析显示，拟南芥BAN片段（779bp)与已往的报道完全相同，甘蓝型油菜的BAN片段（780bp)与拟南芥BAN外显子的同源性为90％，但与内含子的同源性仅为74％。甘蓝型油菜BAN氨基酸序列与80多种植物的NADPH还原酶类有不同程度的同源性。 相似文献
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Hajer Ben Hlima Mouna Dammak Aida Karray Maroua Drira Philippe Michaud Imen Fendri Slim Abdelkafi 《Marine drugs》2021,19(2)
Microalgae have been poorly investigated for new-lipolytic enzymes of biotechnological interest. In silico study combining analysis of sequences homologies and bioinformatic tools allowed the identification and preliminary characterization of 14 putative lipases expressed by Chlorella vulagaris. These proteins have different molecular weights, subcellular localizations, low instability index range and at least 40% of sequence identity with other microalgal lipases. Sequence comparison indicated that the catalytic triad corresponded to residues Ser, Asp and His, with the nucleophilic residue Ser positioned within the consensus GXSXG pentapeptide. 3D models were generated using different approaches and templates and demonstrated that these putative enzymes share a similar core with common α/β hydrolases fold belonging to family 3 lipases and class GX. Six lipases were predicted to have a transmembrane domain and a lysosomal acid lipase was identified. A similar mammalian enzyme plays an important role in breaking down cholesteryl esters and triglycerides and its deficiency causes serious digestive problems in human. More structural insight would provide important information on the enzyme characteristics. 相似文献
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木薯蔗糖合酶(SuSy)基因的表达分析及SuSy1和SuSy4编码序列的克隆 总被引：1，自引：0，他引：1
依据拟南芥6个蔗糖合酶基因序列搜索木薯基因组数据库,获得了6个木薯蔗糖合酶基因亚型。将6个木薯蔗糖合酶基因亚型的外显子-内含子结构进行分析,结合其它物种蔗糖合酶基因的氨基酸序列构建进化树,将木薯蔗糖合酶基因可分为三类,分别为Su Sy1/Su Sy4,Su Sy2/Su Sy3和Su Sy5/Su Sy6。以木薯KU50的功能叶和5个不同时期块根的RNA为模板,利用RT-PCR的方法对蔗糖合酶基因家族进行表达分析,确定了Su Sy1和Su Sy4高表达的亚型,克隆并获得了Su Sy1和Su Sy4基因的编码区序列,对获得的序列进行同源性和功能结构域分析表明,2条序列的氨基酸同源性为97%,并且有相同的功能结构域。 相似文献
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拟南芥春化基因vrn2的克隆及相关分析 总被引：2，自引：0，他引：2
进行了拟南芥春化基因vrn2(Vernalization2)在拟南芥和唐菖蒲基因组DNA分子上的定位研究。以拟南芥(Arabidopsis thaliana L．)为材料，根据已报道的vrn2基因序列，设计并合成一对特异引物，通过PCR方法扩增出全长3154bp的特异片段。Southern杂交结果表明，在拟南芥基因组中，用HindⅢ酶切消化的DNA在约9．0Kb处有一条杂交带，用BamHI酶切消化的DNA在约2．5Kb处有杂交信号，在唐菖蒲基因组中，用HindⅢ酶切消化的DNA在约2．7Kb处有杂交信号出现。杂交结果说明vrn2在拟南芥基因组中是单拷贝基因，在唐菖蒲基因组中也含有此基因或是具有与vrn2同源的序列。 相似文献
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无核荔枝MADS box基因LMADS1的表达与转化拟南芥分析 总被引：2，自引：1，他引：1
根据多种植物MADSbox蛋白的MADS域的保守序列设计一对简并引物,采用RT-PCR和3′-RACE的方法,从无核荔枝(Litchi chinensis Sonn cv.Seedless)花蕾中分离出1个687bp的基因,该基因的cDNA序列包含有完整的MADSbox保守区与半保守的K区,是典型的MADSbox家族基因,命名为LMADS1,在Genbank上的登录号为AY705793。Southernblot和Northernblot检测结果表明,LMADS1在无核荔枝基因组中以单拷贝形式存在,并在雌花和雄花中表达。对该基因转化拟南芥的T1代植株检测分析,转化植株未见有生育进程与花器官的改变。 相似文献
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QM gene was originally isolated from human by Dowdy et al during a search for a wilms′ tumor suppressor gene. Researches of QM gene focused mainly on animals and yeasts, little was known about plant QM gene. For better understanding of QM gene in rice, a QM homologous fragment was used as a probe to screen rice (Oryza sativa subsp. indica c.v. Guanglu′ ai 4) genomic DNA library,and two clones were obtained. One of them, OSQM2, encoded a highly basic protein of 184 amino acids, the sequence was about 3.1 kb long with a very special promoter region compared with other known QM genes. Seven potential G boxes could be found between -690 and -230. G box, which contains a ACGT core motif, had been reported in many plants to act as a cis acting DNA element in the regulation of genes in a variety of environmental conditions, such as ABA regulated gene expression, red light, UV light, anaerobiosis, and wounding etc. Two closely linked DRE related motifs (dehydration responsive element) could also be found between -182 and 173, which had a CCGAC conserved sequence and had been identified in many cold and drought responsive genes in Arabidopsis. Six MYC recognition sequences with the conserved motif NCANNTGN were also presented, which might be essential for ABA and drought responsive expression of the plant genes. 相似文献
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水稻基因组测序和分析的研究进展 总被引：5，自引：1，他引：5
综述了水稻基因组测序的工作进展和水稻基因组信息。至2002年,籼、粳稻两个亚种基因组工作“框架图”的测定及粳稻基因组全长序列的精确测定已相继完成。初步得到了水稻非冗余序列389.81~409.76 Mb;预测水稻基因总数达32 000~56 000个,少于30%的基因被功能分类;基因内GC含量梯度明显;外显子变异少、内含子变化大;籼稻和粳稻的序列差异达22%以上;水稻与其他禾谷类基因之间有广泛的共线性,但与拟南芥的共线性是有限的。基因组测序不仅开辟了基因组学这一生命科学的新兴学科,而且带动了生物信息学、蛋白质组学等一批新兴学科和技术的发展。 相似文献
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以热带玉米自交系CML288为供试材料,根据拟南芥ELF4基因保守序列设计引物,采用RT-PCR方法克隆了ELF4在玉米上同源基因的全长cDNA序列(GenBank上的登录号为HQ009862)。序列分析表明,该基因cDNA序列全长683 bp,开放阅读框为432 bp,编码了144个氨基酸,与拟南芥、水稻的氨基酸序列同源性分别高达62%和75%,此外它们还共同包含一个高度保守的DUF1313未知功能结构域。利用基因重组技术分别构建了能够高效表达的过量表达载体pBI-ZmELF4和带有GFP标记的融合表达载体pGIT-ZmELF4-GFP,利用融合表达载体进行洋葱表皮瞬时表达实验,结果将ZmELF4定位于细胞核内,说明该基因在细胞核内起作用。 相似文献
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CRSPR/Cas9 系统可对植物的内源基因进行有效定点编辑,为获得基因缺失突变体提供了新的方向。本研究在双链结合蛋白（dsRNA-binding protein,DRB）DRB3 和 DRB5 两个基因外显子的保守序列设计 2 个靶点,并构建与 tRNA 串联的双靶点 CRISPR/Cas9 表达载体。通过一次转化,获得了 DRB3 或 DRB5 单独被编辑或同时被编辑的拟南芥突变体 dcl2drb4 转基因 T1 代植株,为研究 DRB3、DRB5 是否参与 DCL4 介导的抗病毒 RNA 沉默通路奠定基础。 相似文献
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为鉴定甘蓝型油菜裂角相关基因，基于候选基因途径，利用同源克隆结合RACE方法，在甘蓝型油菜易裂角品系R2中扩增出了两个RPL基因的全长cDNA序列，其中一条序列长度为2 068bp，开放阅读框序列位置为154-1 911位，总长为1 758bp，命名为BnRPL.a。另一条序列全长为2 041bp，开放阅读框序列位置为154-1 887位，总长为1 734bp，命名为BnRPL.c。分析表明利用PCR方法得到的BnRPL基因由3个内含子和4个外显子组成，与拟南芥RPL基因结构相似。氨基酸序列同源性分析表明，BnRPL与拟南芥AtRPL和荒野独行菜（Lepidium campestre）的RPL具有较高的同源性。系统发育进化树显示RPL蛋白在双子叶植物和单子叶植物的分化过程中发生了序列变异。BnRPL基因存在时空表达的组织特异性，在发育的角果表达量最大；成熟后期在角果皮和假隔膜中表达，在种子中不表达。
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甘油-3-磷酸酰基转移酶基因的功能及作用机理在模式植物拟南芥中已经得到了较为充分的研究,但是在花生中还没有关于这类基因的报道,其功能也没有得到证实。本研究通过Bioedit软件在花生cDNA文库中找到了6个可能编码GPAT蛋白的基因片段,其中有3个基因没有包含完整的开放阅读框。我们通过5’-和3＇-RACERT—PCR对这3个基因的全长进行了克隆,得到了包含完整读码框的基因序列,并将序列在GenBank上注册,同时对得到的序列进行了初步分析。 相似文献
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外源诱导提高茶树新梢EGCG含量过程的相关基因分离 总被引：3，自引：0，他引：3
以福鼎大白茶为试验材料,用荧光标记的mRNA差异显示技术,研究外源诱导物ID1在诱导提高茶树新梢EGCG含量过程中基因转录水平的变化,分离相关基因片段。从诱导茶树芽叶及对照中分离出18个差异显示的cDNA片段,反向Northern杂交显示其中5个片段可能是来自差异表达基因的转录产物,其中编号DD2、DD9、DD12、DD16为诱导表达上调片段,编号DD3为诱导表达下调片段。将这5个片段克隆于pGEM T-Easy载体,酶切鉴定结果显示载体以及插入的特异片段。序列测定表明,DD12的cDNA片段出现未识别码。通过NCBI网站(http:/www.ncbi.nlm.nih.gov)作Blast序列同源性分析。结果表明,DD2的差异cDNA片段与烟草的硫氧还蛋白过氧化物酶的基因序列同源;DD3的差异cDNA片段,是茶树一个RAPD产物(AJ516005.1)的一段序列,功能未知;DD9的差异cDNA片段与拟南芥、莲子的NADH脱氢酶具有很高的同源性;DD16的差异cDNA片段未能找到与之同源的基因序列,可能为新基因。 相似文献
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赤霉素负调控因子GhRGL(RGL-LIKE)基因序列与功能预测分析 总被引：1，自引：0，他引：1
海岛棉(Gossypium barbadense L.)的产量与激素相关,根据基因序列的同源性,笔者首次从海岛棉中克隆到1个类似赤霉素(GA)信号途径中的负调控因子DELLA蛋白基因,并对该基因的序列进行分析.结果表明:该基因序列包含有DELLA蛋白所有的保守结构域,如DELLA结构域、VHYNP结构域、多聚Poly S/T保守区、2个亮氨酸拉链、1个GRAS结构域、1个核定位信号和1个VHVID保守区:其蛋白序列与拟南芥中的5个DELLA蛋白GA Insensitive(GAI)、Repressor of gal-3(RGA)、RGLI(RGA-like 1)、RGL2、RGL3氨基酸序列的相似度分别为60.5%、59.8%、63.1%、61.8%和58.1%.特将其定义为GhRGL.对GhRGL基因的5'序列进行克隆并利用Plantcare进行元件预测,发现该基因启动子存在着大量与激素相关的调控元件,暗示该基因的功能可能与激素调控有关.利用ProtScale程序对该蛋白进行疏/亲水性分析,初步确定该蛋白质的抗原决定簇的位置,为该基因的抗体制备奠定了基础. 相似文献
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为阐明油菜miR156基因家族的进化过程和靶基因作用位点,分析了油菜miR156基因家族的序列特征、进化模式和候选靶基因。共获得35个bna-miR156基因,对应44个成熟序列。这些bna-miR156基因分布在油菜的17条染色体上,其中C3染色体上分布着5个bna-miR156基因。bna-miR156基因在产生成熟序列的区域高度保守,而其它其它位置保守性较低,进化分析结果显示bna-miR156家族可以分为5个分支,家族成员分布较为分散,且位于同一条染色体上的bna-miR156基因并没有表现出更近的亲缘关系。另外,系统发育分析结果显示SBP-box基因在双子叶植物油菜、拟南芥中存在相似的进化模式,进一步发现只有部分BnaSBP家族基因拥有bna-miR156的作用位点,其中30个BnaSBP基因的靶位点位于编码区,11个位于3`UTR。一些拥有bna-miR156作用位点的BnaSBP具有组织表达特异性,因此bna-miR156可能与BnaSBP相互作用,调控油菜生长发育过程。 相似文献
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为探索大豆油体蛋白与人bFGF蛋白在植物油体中融合表达的可行性,以大豆总DNA为模板,通过PCR扩增得到大豆油体蛋白基因（Ddoil）及启动子（Ddprm）,构建Ddprm启动的Ddoil基因与植物偏好密码子改造的bFGF基因融合表达载体p1390Ddprm-Ddoil-bFGF,花侵染法转化拟南芥,对T2代拟南芥抗性植株基因组进行PCR检测,对种子总蛋白进行SDS-PAGE分析、Western blot检测、ELISA检测及细胞活性测定,为bFGF在其他油料作物的油体系统的表达提供了参考。 相似文献
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通过生物信息学方法和Genevestigator程序,从拟南芥基因组中筛选了1个叶片特异性表达基因ACD6(at4g14400)和2个角果特异性表达基因AT2FP2(at5g57520)、at1g56100,并通过实时定量PCR分析它们在拟南芥不同组织中的表达模式。从TAIR网站获得各基因的上游序列,利用Plant CARE和Bio Prospector预测各基因的启动子序列,命名为Pat4g14400、Pat5g57520和Pat1g56100。构建启动子驱动报告基因gus的植物表达载体,转化拟南芥。转基因拟南芥GUS染色后发现:ACD6主要在叶片中表达,Pat4g14400为叶片特异性启动子;AT2FP2和at1g56100在角果中的表达量比其他组织高数倍,Pat1g56100和Pat5g57520具有角果特异性。 相似文献
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AtCS25基因是拟南芥中一个功能未知的基因.生物信息学分析发现,该基因可能与花粉和花粉管的发育有关.为了进一步探究该基因的功能,克隆了AtCS25基因的全长CDS序列,并将克隆得到的片段插入到过表达载体pBI121相应的位置,构建了AtCS25基因的过表达载体pBI121 - AtCS25.通过农杆菌GV3101介导将该载体转入拟南芥Col生态型中,获得了5株转基因植株,为进一步研究AtCS25基因的功能奠定了良好的基础. 相似文献