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1.
牙鲆（Paralichthys olivaceus）不仅是研究鱼类变态的模式生物,也是我国的重要水产养殖对象。从变态前牙鲆cDNA文库中的42个单一序列表达标签(ESTs)中筛选到46个微卫星分子标记,从中选择21个微卫星并在一个养殖牙鲆群体共30个样本中测试,结果表明其中有20个微卫星标记具有多态性,其等位基因数为2到6个,观察杂合度从0.06到1.00,期望杂合度从0.059 7到0.825 2变化不等,平均多态信息含量是0.457 5,可用于牙鲆连锁图的构建和分子标记辅助选育。其中,有3个微卫星位点的三核苷酸重复序列在基因编码区内,可能和基因功能有关。 相似文献
2.
利用磁珠富集法构建了鲮鱼的(CA)n微卫星富集文库,所建文库共包含252个阳性克隆,从中随机选取60个进行测序,得到56个(93.3%)含有微卫星序列的克隆.其中,完美型微卫星49个(87.5%),非完美型微卫星2个(3.6%),复合完美型微卫星5个(8.9%).从所得序列中分离和鉴定了18对微卫星标记.采用20个鲮鱼养殖个体分析其多态性,发现其中12对为多态性标记,等位基因数变动范围为2～20,期望杂合度变动范围为0.261 5～0.950 0.本研究对以后鲮鱼基因组资源的开发利用起到一定的促进作用,并为鲮鱼养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础. 相似文献
3.
利用磁珠富集法构建了鲮鱼的(CA)n微卫星富集文库,所建文库共包含252个阳性克隆,从中随机选取60个进行测序,得到56个(93.3%)含有微卫星序列的克隆.其中,完美型微卫星49个(87.5%),非完美型微卫星2个(3.6%),复合完美型微卫星5个(8.9%).从所得序列中分离和鉴定了18对微卫星标记.采用20个鲮鱼养殖个体分析其多态性,发现其中12对为多态性标记,等位基因数变动范围为2～20,期望杂合度变动范围为0.261 5～0.950 0.本研究对以后鲮鱼基因组资源的开发利用起到一定的促进作用,并为鲮鱼养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础. 相似文献
4.
利用磁珠富集法分离微卫星序列,以开发三角鲂(Megalobrama terminalis)微卫星分子标记。将三角鲂基因组DNA经限制性内切酶RsaⅠ酶切、回收后构建三角鲂基因组PCR文库。用生物素标记的微卫星探针(CA)10与PCR文库杂交,通过磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段,将洗脱所得片段进行PCR扩增、克隆及筛选后,共获得15对有效引物。利用获得的15对引物对36尾三角鲂进行多态性分析,15个微卫星标记的观测杂合度范围为0.000 0~0.818 2,期望杂合度范围为0.081 8~0.922 6,多态信息含量范围为0.078 9~0.899 9。其中,6个微卫星标记达到Hardy-Weinberg平衡。本研究制备的15对微卫星标记可用于评估三角鲂种群的遗传参数,为三角鲂种质资源的开发、保护提供有用的遗传标记。 相似文献
5.
微卫星序列包含有多种重复单元,在其两碱基重复的类型当中,CT／GA重复类型在功能基因组中比例较高。三疣梭子蟹是重要的养殖品种,对遗传种质的分析需要开发大量的分子标记,本文利用5’锚定引物PCT筛选三疣梭子蟹的CT／AG微卫星分子标记,测序的41个克隆子中,35条序列含有微卫星DNA序列,阳性克隆比率达到85．4％,共检测到55个微卫星位点,分布于20条序列中,其中19条序列检测到2个或2个以上微卫星位点。对所有筛选到的微卫星位点进行分类统计后表明,核心序列为（CT／AG）的有27个（50％1,27个位点为其他类型的重复。结果表明三疣梭子蟹CT／AG微卫星标记在三疣梭子蟹基因组中含量较丰富,5’锚定引物法在筛选特定标记的同时,还筛选了其他类型的微卫星标记,具有较强的筛选效率。 相似文献
6.
济宁青山羊微卫星标记多态性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
《山东农业科学》2017,(2)
选择位于不同染色体上、具有较高多态性的12个微卫星标记,对济宁青山羊群体的遗传多样性进行研究。结果表明,CSRD247等12个微卫星标记共检测到97个等位基因,每个标记都检测到5个以上的等位基因,平均为8.08个,有效等位基因数为3.1957~6.2113个,基因频率最高的是CSRD247标记的235 bp片段(0.4583);12个微卫星标记多态信息含量(PIC)都在0.630以上,均为高度多态标记,遗传多样性丰富,其中SRCRSP5标记的多态信息含量(PIC)最高,为0.828,各标记的观测杂合度在0.4286~0.9048之间,期望杂合度在0.5981~0.8397之间,平均期望杂合度为0.7574,属于高度杂合标记和高度杂合品种,遗传变异大。本研究可为济宁青山羊品种的选种、选育及保种工作奠定基础。 相似文献
7.
牙鲆微卫星分子标记与生长性状的相关性分析 总被引：3，自引：1，他引：2
研究利用30对牙鲆微卫星标记,对牙鲆雌核发育家系91个个体基因组DNA进行检测,在30对微卫星标记中,共检测到124个等位基因。其中,各座位的等位基因数3～8个,等位基因片段大小为80～170bp,平均有效等位基因数3.257。其中poli11座位的等位基因数目最多为8。平均多态信息含量为0.6197,平均杂合度为0.6672。利用SAS8.2中的一般线性模型(GLM)对30个微卫星标记与牙鲆的生长性状进行连锁显著性检验。发现在30个微卫星座位中,有8个座位分别与体重、体长、体高显著相关。其中,poli6TUF位点与体重相关;poli30TUF、poli107TUF、poli108TUF、poli116TUF、poli123TUF、poli130TUF6个座位与体长显著相关;poli145TUF与体重、体长显著相关,而与体高相关性不显著。poli9-8TUF与体重、体长、体高3个性状均显著相关(P<0.05)。将基因型与生长性状进行Duncan多重比较,找到4种与生长性状相关的基因型。 相似文献
8.
为了解波尔山羊群体的遗传多样性,选择了位于不同染色体上、具有较高多态性的10个微卫星标记对波尔山羊群体进行研究。结果表明:在BM1329等10个微卫星标记上共检测到145个等位基因,每个标记都检测到至少10个等位基因(平均每个标记检测出14.5个),有效等位基因数为6.4～14.9个,基因频率最高的是OarAE101标记的95 bp片段(0.239 1);10个微卫星标记的多态信息含量都在0.95以上,均为高度多态标记,遗传多样性丰富,其中BMS1591标记的多态信息含量最高,为0.995 5;各标记的观测杂合度在0.616 7～0.984 4之间,期望杂合度在0.8441～0.932 8之间,平均期望杂合度为0.894 0,属于高度杂合标记和高度杂合品种,遗传变异较大。 相似文献
9.
为了明确性腺性状和分子标记之间的关系,在海胆选育工作中提高性腺性状,利用微卫星标记对海胆各生长性状及性腺颜色进行相关分析。选用28个虾夷马粪海胆多态性微卫星分子标记对虾夷马粪海胆自交F1代家系群体的进行了检测分析,结果表明:共检测到80个等位基因,平均等位基因数为2.857 1个;平均有效等位基因数为0.827 0个; 观测杂合度平均值0.515 0,期望杂合度平均值为0.530 4;平均多态信息含量（PIC）为0.402 6,卡方检验显示其中有9个位点发生了偏离(P<0.01)。采用一般线性模型(GLM)进行连锁显著性检验,发现与壳高、体重和体积显著相关（P<0.05）的微卫星标记各1个,分别为TS131、TS38和TS105;与海胆颜色L*值（暗-亮）显著和极显著相关的微卫星标记分别为4个 (TS38、TS85、TS105、TS108)和1个(TS41);与海胆颜色a*值（绿-红）显著和极显著相关的微卫星标记各1个(TS101 TS41);与海胆颜色b*值（蓝-黄）显著相关的微卫星标记3个(TS41、TS114和TS128);与海胆口器重显著和极显著相关的微卫星标记各1个(TS114和TS46)。该研究结果可以为虾夷马粪海胆的相关性状进一步QTL定位提供参考数据,并为虾夷马粪海胆的养殖和选育提供理论指导。 相似文献
10.
分子遗传标记是建立遗传连锁图谱的基础 ,也是探索动物遗传的分子机理及克隆未知基因的基础。未来将是以基因组为基础的生命科学 ,而分子遗传标记是进行基因组研究的向导和路标。微卫星(Ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ)是指以少数几个核苷酸 (一般为 2～ 4ｂｐ)为单位多次串联重复的ＤＮＡ序列。微卫星具有十分丰富的多态性[1] ,杂合度最高可达 1 0 0 % ,每代变异超过 2 % [2 ] 。微卫星分析可以提供分辨率达一个碱基对差异的信息[3 ] ,且等位基因的条带易于识别和解释 ,能够比当前所有的分子标记带来更多的信息量[4 ] 和信息质量 ,非常适用… 相似文献
11.
微卫星分子标记技术在鱼类遗传连锁图谱构建中的应用 总被引：6，自引：0，他引：6
分子遗传标记是建立遗传连锁图谱的基础 ,也是探索动物遗传的分子机理及克隆未知基因的基础。未来将是以基因组为基础的生命科学 ,而分子遗传标记是进行基因组研究的向导和路标。微卫星(Ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ)是指以少数几个核苷酸 (一般为 2～ 4ｂｐ)为单位多次串联重复的ＤＮＡ序列。微卫星具有十分丰富的多态性[1] ,杂合度最高可达 1 0 0 % ,每代变异超过 2 % [2 ] 。微卫星分析可以提供分辨率达一个碱基对差异的信息[3 ] ,且等位基因的条带易于识别和解释 ,能够比当前所有的分子标记带来更多的信息量[4 ] 和信息质量 ,非常适用… 相似文献
12.
大菱鲆微卫星标记的分离及其多态性位点检测 总被引：2，自引：0，他引：2
以生物素标记的（CA）12为探针进行杂交,借助磁珠筛选出含微卫星的Mbo I酶切片段,构建了大菱鲆Scophthalmus maximus微卫星富集文库,用同位素γ-^23P标记的探针（CA）12进行二次筛选,获得1600个阳性克隆,占59．3％。测序347个序列,得到335个（96．54％）含有微卫星序列的克隆,其中含有微卫星座位378个。完美型的微卫星序列有236个（62．4％）,非完美型的有121个（32．0％）,复合型的有21个（5．6％）,从所得序列中分离和鉴定了32对微卫星标记。利用31尾大菱鲆养殖个体评价微卫星位点,分析表明,10个位点具有多态性。不同位点等位基因数目为3～11不等,期望杂合度（He）和多态信息含量（PIC）变动范围分别为0．5061—0．8995和0．4133～0．8742。本研究中开发的微卫星多态性较高,将为大菱鲆养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础。 相似文献
13.
利用5’锚定引物PCT筛选刺参的CT/AG微卫星分子标记,测序的43个克隆子中,42条序列含有微卫星DNA序列,阳性克隆比率达到97.7%。去除重复序列后,共检测到56个微卫星位点,分布于26条序列中,其中25条序列检测到2个或2个以上微卫星位点。对所有筛选到的微卫星位点进行分类统计后表明,核心序列为（CT/AG）的有51个（91.1%）,5个位点为其他类型的重复。结果表明：刺参CT/AG微卫星标记在刺参基因组中含量较丰富,5’锚定引物法在筛选特定标记的同时,还筛选了其他类型的微卫星标记,具有较强的筛选效率。 相似文献
14.
水稻基因组中的微卫星标记及其应用 总被引：8，自引：3，他引：5
何风华 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2004,30(5):488-492
微卫星又叫简单重复序列,是指以少数几个核苷酸(多数为2～4个)为重复单位组成的串联重复序列,微卫星的两侧为保守的单拷贝序列．不同品种间微卫星基序重复次数的不同而形成了多态性,这种多态性可以通过设计PCR引物扩增检测出来,此即为简单序列长度多态性．微卫星标记具有共显性、高多态性、实验操作简单、快捷和检测结果稳定可靠等优点,是一种理想的分子标记．微卫星标记在水稻基因组中非常丰富,且分布均匀,水稻微卫星标记已发展了2740多个．微卫星标记在水稻分子标记连锁图的构建、基因(QTL)定位、系谱分析和分子标记辅助选择、遗传多样性研究和种质鉴定等许多方面得到了广泛应用． 相似文献
15.
缢蛏微卫星多态性分析及其在亲子鉴定中的应用 总被引：1，自引：1，他引：0
利用磁珠富集法,构建了缢蛏(Sinonovacula constricta)微卫星富集文库。开发并筛选出18对微卫星引物,其中8对微卫星引物亲缘排除率较高,选取这8对引物对家系进行了亲子鉴定。结果表明,18对微卫星引物在12个个体中等位基因为2~6,平均等位基因为3.00;观测杂合度在0~1.000之间,平均值为0.581 3;期望杂合度0.290~0.779,平均值为0.528 4;多态信息含量为0.239~0.703,平均值为0.432 2。当两个亲本基因型未知时,8对微卫星引物在整个家系中单个亲本排除率(E-1P)为0.583~0.916,平均值为0.790 0;当一个亲本基因型已知时,另一个亲本的排除率(E-2P)为0.406~0.830,平均值为0.653 9。同时可知在子代个体数量不断增加的情况下,排除率仍在较高范围,因此可以作为亲子鉴定的分子标记。这对于缢蛏规范化养殖、家系选育的开展具有重要意义。 相似文献
16.
为研究西藏藏马种群的微卫星多态性,应用生物素标记的微卫星探针与藏马基因组酶切片段杂交,通过链霉亲和素包被的磁珠捕获150～1 000 bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pEASY-T1载体中,构建藏马基因组微卫星富集文库。结果表明:从2 380个转化子中随机挑取112个阳性克隆进行测序后,经筛选比对发现,从62个微卫星中筛选出39个在马属基因组卫星库中未被检测到的微卫星;成功设计了10对藏马微卫星引物,经聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法检测到3个具有多态性的微卫星标记,其中有2个多态性信息含量(PIC)值均大于0.5。因此,这3个微卫星标记可应用于藏马遗传多态性检测、种群遗传结构等方面研究,为藏马遗传连锁图谱的构建、辅助育种、群体遗传学分析、基因组结构分析以及分子进化研究等提供依据。 相似文献
17.
烟草SSR分布特征与开发利用 总被引：1，自引：0，他引：1
EST-SSR标记与gSSR标记是2种重要的分子标记,烟草EST序列数量与基因组序列数量的迅速增加为开发新的烟草分子标记提供了宝贵的数据资源。对GenBank上公布的158 098条EST序列及10 647条GSS序列进行大规模微卫星位点搜索,在EST中发现了8 088个微卫星位点(检出率为5.1%),在GSS中发现了2 020个微卫星位点(检出率为18.9%)。在EST中搜索到的重复单元共有176种,其中二核苷酸占主导地位,占到总SSR的近66%,出现次数在1～100之间的基序超过所有基序的90%;在GSS中搜索到重复单元81种,出现次数大部分在1～50之间,占88%。研究还挑选了烟草的150条EST序列,并对其进行了引物的设计。 相似文献
18.
黄鳝微卫星标记筛选及其在不同性别表型群体中的遗传多态性 总被引：2，自引：1，他引：1
采用FIASCO(Fast isolation by AFLP sequences containing repeats)法进行黄鳝微卫星标记筛选并将其应用于黄鳝性别差异群体的遗传变异分析.黄鳝基因组DNA经酶切、微卫星核心序列探针杂交、T载体连接并转化至DH5a中,构建黄鳝基因组微卫星富集文库.随机挑选75个阳性克隆测序,结果发现其中20个含有微卫星序列,利用软件成功设计了15对微卫星引物,经过黄鳝基因组DNA的PCR扩增及电泳检测,筛选8对多态性微卫星引物并对黄鳝3种不同性别表型群体的基因组DNA进行PCR扫描,结果显示:在8个微卫星座位中,共检测到51个等位基因,平均每个座位的等位基因数为6.375个,等位基因频率分布为0.001 2～0.603 3;黄鳝雌性表型群体、间性表型群体、雄性表型群体的平均遗传杂合度分别为0.637 1、0.696 9、0.734 5;平均多态信息含量分别为0.565 6、0.641 6、0.685 8,表明这些微卫星标记在黄鳝不同性别表型群体的遗传多态性发生了改变,它们可作为黄鳝遗传背景分析的分子标记. 相似文献
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微卫星标记多态性与文昌鸡蛋品质性状的相关分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】筛选与蛋品质紧密连锁的微卫星标记,为蛋品质分子辅助育种提供参考。【方法】应用20对微卫星标记,对40周龄文昌产蛋母鸡基因座位进行多样性检测,并对每个个体所产鸡蛋的品质(哈氏单位、蛋质量、蛋壳强度)进行测定,通过相关分析,筛选与哈氏单位、蛋质量、蛋壳强度相关的分子遗传标记。【结果】20个微卫星座位的平均多态信息含量为0.617,杂合度为0.190～0.784,各位点的杂合度均较高,其中最高的是LEI0086,最低的是LEI0229。影响40周龄文昌鸡哈氏单位的标记有2号染色体上的标记MCW0239和4号染色体上的标记ADL0260;2号染色体上的标记LEI0086与40周龄文昌鸡蛋质量有关;Z染色体上的标记LEI0121与40周龄文昌鸡蛋壳强度有关。【结论】研究结果为文昌鸡蛋品质的间接选择提供了理论依据。 相似文献
20.
褐牙鲆耐热相关分子标记筛选及遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
通过高温刺激(32℃)获得褐牙鲆的耐热群体和热敏感群体,利用扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)和微卫星技术筛选与褐牙鲆耐热性相关的分子标记,并分析了两个群体的遗传多样性。采用81对AFLP引物组合和42对微卫星引物进行耐热相关分子标记的筛选,结果表明:1个AFLP位点(A3)在热敏感群体中出现的频率显著高于耐热群体,与耐热性存在显著的负相关(P<0.01),相关系数达到-0.453;4个AFLP位点在耐热群体中出现的频率显著高于热敏感群体,与耐热性存在显著正相关性(P<0.01);微卫星引物Po25A和205TUF扩增出的位点S1和S2与耐热性存在显著负相关性(P<0.01),相关系数分别为-0.408和-0.398。群体遗传多样性分析表明耐热群体与热敏感群体的遗传变异水平较高,两个群体的遗传多样性水平相当。研究的结果不仅为褐牙鲆的耐高温选育提供技术支持,而且可以为鱼类抗逆性研究提供参考数据。研究亮点:利用AFLP和微卫星技术筛选褐牙鲆耐热相关的分子标记并分析其群体的遗传多样性。研究的结果不仅为褐牙鲆的耐高温品系选育提供技术支持,而且可以为鱼类抗逆性研究提供参考。 相似文献