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苹果愈伤组织SSR-PCR反应体系优化 总被引：1，自引：0，他引：1
以"嘎啦"苹果组培苗叶片诱导的愈伤组织作为DNA模板提取材料,采用正交设计,摸索了SSR反应体系中Mg~(2+)、Taq DNA聚合酶、引物、模板DNA、dNTP的最适浓度,可为苹果愈伤组织的遗传变异研究奠定基础。结果表明:各因素不同水平变化对反应体系的影响为Taq DNA聚合酶dNTP用量Mg~(2+)用量引物用量=模板DNA浓度。确立了苹果愈伤组织SSR-PCR最佳反应体系总体积25μL,其中4μL 25mmol·L~(-1) Mg~(2+),0.25μL 5U·μL~(-1) Taq DNA聚合酶,3μL 0.01mmol·L~(-1) SSR引物,1μL 30ng·μL~(-1)模板DNA,4μL 2.5mmol·L~(-1)dNTP,2.5μL 10×PCR Buffer,10.25μL超纯水。 相似文献
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以新疆天山樱桃叶片为试材,从NCBI数据库中搜索天山樱桃EST序列,利用SSRHunter 1.3软件查找SSR位点,结合Primer 6.0设计引物,通过正交实验和单因素试验优化天山樱桃SSR-PCR反应体系,并用最佳体系对所开发的引物进行验证,以期为研究天山樱桃遗传多样性、构建遗传连锁图谱奠定基础。结果表明:从58对备选引物中随机挑选30对引物进行试验,有21对引物能够扩增出特异性条带,有效扩增率为70%。20μL天山樱桃SSR-PCR最佳反应体系为dNTP 0.2mmol·L~(-1)、引物0.4μmol·L~(-1)、Taq酶0.75U、模板DNA 60ng。 相似文献
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以新疆野苹果叶片为试材,采取改良CTAB法提取基因组,参照基本PCR反应体系,采用控制变量的方法,研究了各成分不同的浓度梯度对新疆野苹果SSR-PCR扩增的影响,为新疆野苹果的遗传育种奠定基础。结果表明:新疆野苹果SSR扩增的最佳体系为10×PCR buffer 2.5μL,dNTP 0.2mmol·L~(-1),0.2mmol·L~(-1)引物,0.5UTaq DNA聚合酶,100ng DNA模板。并用此优化体系对154份新疆野苹果进行了稳定性、普遍性验证,扩增效果较好。 相似文献
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以大葱嫩叶为试材,采用单因素试验和正交实验探讨了Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、TaqDNA聚合酶用量、模板DNA以及Buffer用量对大葱ISSR-PCR扩增的影响,建立了大葱ISSR反应体系。结果表明:优化后的最佳反应体系为10μL反应体系中,10×Buffer缓冲液1.0μL,Mg~(2+)浓度为2.0mmol·L~(-1),dNTPs浓度为0.3mmol·L~(-1),引物浓度为0.65μmol·L~(-1),Taq酶1.0U,模板DNA为60ng,用灭菌的超纯水补齐体积至10μL。对大葱71份样品材料进行ISSR-PCR扩增体系的检测结果显示,该优化体系扩增的产物条带清晰,稳定性高,为大葱种质ISSR分子标记遗传结构分析提供参考依据。 相似文献
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以苦瓜‘MC9’为试材,采用L16(45)正交实验,对苦瓜SSR-PCR反应体系的Mg2+浓度、dNTPs浓度、模板DNA量、Taq聚合酶量、引物浓度等5个因素的4个水平进行优化试验,并通过正交设计直观分析法对Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq聚合酶量进行了单因素确定。结果表明:最佳反应体系为1μL 10×PCR buffer,Mg2+浓度为1.75mmol·L~(-1),dNTPs浓度为0.25mmol·L~(-1),Taq DNA聚合酶1U,DNA 100ng,引物0.20mmol·L~(-1),ddH2O补足至10μL。 相似文献
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以粉枝莓为试材,以改良CTAB法提取的基因组DNA为模板,从引物、dNTPs、Mg~(2+)浓度以及退火温度4个因素,对SCoT-PCR反应体系进行了优化,以建立适合粉枝莓SCoT-PCR最佳扩增体系。结果表明:SCoT-PCR反应体系的最佳条件为dNTPs 0.125mmol·L~(-1)、Taq DNA聚合酶0.15μL、引物1.0μmol·L~(-1)、Mg2+0.625mmol·L~(-1)、模板40ng、反应体积20μL、退火温度为51℃。该优化体系扩增的产物条带清晰,稳定性高。 相似文献
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为建立适宜新疆野生樱桃李的SSR分子标记技术体系,通过对PCR反应程序、反应体系(DNA模板量、引物浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq酶用量)以及退火温度进行了探索,建立了适宜野生樱桃李的SSR-PCR反应体系。结果表明:在25μL反应体系中,Mg2+1.0 mmol/L、引物0.5μmol/L、dNTPs 0.20 mmol/L、TaqDNA聚合酶1.0 U、模板DNA 30 ng、退火温度为60℃。SSR扩增程序:94℃预变性5 min,35个循环(94℃30 s,60℃1 min,72℃1 min),72℃延伸10 min,可筛选出稳定性好、多态性高的SSR引物。 相似文献
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苹果柱型基因的ISSR分子标记研究 总被引：15，自引：1，他引：15
以普通型苹果品种‘富士’和柱型苹果‘舞姿’以及其杂交后代的柱型与非柱型实生苗为试材, 建立了苹果的ISSR ( Inter-Simple Squence Repeat polymorphic DNA) 分子标记体系, 并将ISSR 标记用于苹果柱型基因Co 的遗传分析。结果表明, 在20μL 反应体系中各组分的用量为Taq DNA 聚合酶1U、Mg2+ 的浓度为2.5 mmol·L-1 、模板DNA 用量20 ng、引物浓度0.2μmol·L - 1及退火温度52 ℃, 80 %引物具有良好的扩增能力。调整模板DNA 的用量、引物浓度及退火温度能够优化苹果ISSR-PCR 扩增体系。从所筛选的65 个引物中获得了35 个ISSR 标记, 其中33 个标记呈现1∶1 分离, 可用于苹果柱型基因的遗传分析。 相似文献
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以2种独行菜种子为试材,采用cDNA-SRAP技术,研究了dNTPs、Mg~(2+)、上下游引物、cDNA模板、Taq DNA聚合酶浓度等5个因素对独行菜cDNA-SRAP反应体系扩增结果的影响,以期得到适合2种独行菜种子的cDNA-SRAP反应体系,并且对cDNA-SRAP扩增条件进行了优化。结果表明:优化的最佳cDNA-SRAP反应体系(20μL)为10×PCR buffer,cDNA模板用量100ng,Mg~(2+)浓度1.75mmol·L~(-1),dNTPs浓度0.275mmol·L~(-1),引物浓度1.0μmol·L~(-1),Taq DNA聚合酶用量0.5U;利用优化的cDNA-SRAP反应体系能够扩增获得清晰、数目多的条带,可用于后续深入研究2种独行菜不同处理下差异表达基因。 相似文献