香菇编码线粒体中间肽酶的基因片段的克隆及序列测定   总被引：1，自引：0，他引：1  

鲍大鹏  陈明杰  张美彦 《食用菌学报》2007,14(4):1-8

在担子菌中,编码线粒体中间肽酶(mitochondrial intermediate peptidase,MIP)的基因普遍与交配型A因子紧密连锁。通过mip基因来定位和分离交配型A因子将是一种有效的研究食用真菌交配型的途径。本研究通过简并PCR法克隆得到一段531bp的香菇mip基因片段。经序列比对分析,该序列与已知的担子菌的mip基因之间有很高的同源性。  相似文献   

草菇泰国1号菌株交配型A因子分子遗传学及生物信息学解析     

《食用菌学报》2015,(1)

采用简并PCR引物获得mip基因保守片段后,通过长片段PCR技术从草菇(Volvariella volvacea)菌株泰国1号孢子单核体中扩增获得了A1、A2交配型位点的DNA序列,结果表明:每个交配型位点均含2个交配型基因(HD1和HD2),其中A1位点的交配型基因为HD1-A1-TG和HD2-A1-TG,长度分别为1341bp和1450bp,各编码446和429个氨基酸残基;A2位点的交配型基因为HD1-A2-TG和HD2-A2-TG,长度分别为1442bp和1501bp,各编码463和443个氨基酸残基。利用生物信息学方法分析了泰国1号及另外两株草菇代表性菌株V23和屏优的交配型基因编码的HD蛋白序列,结果表明:HD蛋白均含有同源异形结构域。根据系统进化树可以看出,泰国1号与V23、屏优菌株A位点HD1和HD2基因序列所编码的氨基酸序列之间亲缘关系复杂,可能具有不同的起源。  相似文献   

矮牵牛PDS基因的克隆及其在shRNA介导的基因沉默中的应用     

杨莎  张彬  韩垚  杨霞  李名扬  郭余龙 《园艺学报》2017,44(2):315-321

以矮牵牛(Petunia hybrida)自交系‘Mitchell Diploid’(MD)为材料,通过3′RACE和5′RACE获得了其八氢番茄红素脱氢酶基因(PhPDS)的cDNA序列,进而通过PCR扩增出编码区的基因组序列。分析结果显示,PhPDS的cDNA序列全长2 182 bp,编码区序列1 746 bp,编码582个氨基酸。推测的蛋白质序列具有类胡萝卜素脱氢酶的保守结构域特征。编码区的基因组序列长7 609 bp,结构与番茄和拟南芥等PDS基因相似,具有14个外显子和13个内含子。利用博德研究所的小发夹RNA(shRNA)设计程序设计了两个针对PhPDS的shRNA,构建植物表达载体转化矮牵牛后,从其中一个载体的转化子中获得白色愈伤组织和幼枝,对白色幼枝的RT-PCR检测表明,其PDS基因的cDNA累积量减少,表明shRNA基因沉默技术能在矮牵牛中应用。以PDS基因为靶基因比用花色素合成基因研究基因沉默技术能更快地分析基因沉默的效果,全长序列的获得将有助于PDS基因在矮牵牛基因沉默技术研究中的应用。  相似文献   

梨自交不亲和基因克隆及其进化分析     

《果树学报》2021,(10)

【目的】获得梨S-RNase基因全长序列及其进化、遗传多态性情况。【方法】设计特异性引物扩增梨S42-RNase基因组DNA全长序列,利用RT-PCR结合cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术获得其cDNA全长序列。构建梨属植物S-RNase基因编码区和高变区(hyper variable region,HV)内含子的系统发育树。【结果】梨S42-RNase基因编码226个氨基酸,包含由27个氨基酸组成的信号肽,由11、11、6、8、7个氨基酸组成的5个保守区以及HV区插入的335 bp内含子序列。系统进化树显示,梨S-RNase基因编码区和HV区内含子的拓扑结构既相似又有差异。编码区Normalized dN-dS结果显示,除了HV区外还有几个区域存在大量的非同义替换,表明对阳性选择具有很高的敏感性。【结论】梨S-RNase基因编码区和HV区内含子的进化存在一定的关联性,除HV区外还存在其他区域参与梨雌蕊与花粉间特异识别。梨S-RNase基因编码区进化动力源自其编码特异识别蛋白的功能,是平衡选择的结果。HV区的内含子序列表现出很高的长度多态性,进化受到负选择的压力。  相似文献   

萝卜RsCYP86MF 基因cDNA全序列克隆及结构特征分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

王玲平  曹家树  叶纨芝  向珣  余小林 《园艺学报》2005,32(1):127-130

 本研究通过设计保守的基因特异引物, 运用SMART RACE RT - PCR技术从‘圆白’萝卜中获得一个细胞色素P450基因, 命名为RsCYP86M F, 其cDNA全长1818 bp, 含有1581 bp的完整开放阅读框, 编码526个氨基酸, 该基因编码的蛋白序列与白菜的细胞色素P450基因编码的氨基酸序列同源性高达90% , 且有很高的功能区段保守性; 对其可能编码的蛋白质二级结构进行预测发现, 该蛋白质具有细胞色素P450典型的保守结构域FNAGPRLCIG, 及N - 糖基化位点等结构域。  相似文献   

西瓜抗病基因同源序列的克隆与分析     

奚玉培  谢新蕊  高强  张志忠 《中国园艺文摘》2013,(12):32-33

以植物丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶类（STK）抗病基因产物催化结构域l的保守氨基酸序列设计简并引物,以西瓜基因组DNA为模板进行PCR,扩增,得到大约500bp的目的条带。重组质粒经PCPo检测后进行测序,获得1个有效序列,可以编码完整的氨基酸序列。同源性分析表明其具有STK保守结构域,与已经克隆的Pto、LrlO和Lectin等基因在氨基酸水平上的同源性为40．O％～54．O％。  相似文献   

君子兰转化酶基因片段(CMCW1)的克隆和序列分析     

汪琼  王燕  程水源  费永俊  金卫斌 《园艺学报》2004,31(2):256-259

 分析植物酸性转化酶基因的保守区序列，设计一对PCR引物，以君子兰基因组DNA为模板，采用PCR方法扩增出长约500 bp的DNA片段，克隆入pGEM-TEasy载体，测序结果表明获得君子兰酸性转化酶基因家族的一个成员CMCW1，该基因片段长518 bp，不含内含子，编码172个氨基酸。其序列已在GenBank中登记(登记号为AY151269)。在GenBank中进行同源性检索的结果表明，该成员编码的氨基酸与其它植物细胞壁酸性转化酶编码的氨基酸同源性较高。  相似文献   

柑橘酸性转化酶基因片段的克隆   总被引：14，自引：0，他引：14  

安新民  徐昌杰  张上隆 《果树学报》2001,18(4):189-192

分析植物液泡和细胞壁转化酶基因的保守区序列，分别设计一对PCR引物，以柑橘基因组DNA为模板，采用PCR方法分别扩增出长约740 bp和530 bp的DNA片段，分别克隆入pBS－T 和pMD18－T载体，进行测序，结果表明，获得柑橘酸性转化酶基因家族的两个成员，成员A和B基因片段分别长742 bp和524 bp。其序列已在GenBank中登记（登记号分别为AF014925和AF314197）。在GenBank中进行同源性检索，结果表明，成员A编码的氨基酸与植物液泡酸性转化酶的氨基酸同源性较高，与拟南芥的最高，达76％，而成员B编码的氨基酸与植物细胞壁酸性转化酶的氨基酸同源性较高，与豌豆的最高，达71％。两成员核苷酸和氨基酸序列同源性分别为55％ 和50％，推测酸性转化酶基因成员A 和B编码的蛋白分别定位于液泡和细胞壁。  相似文献   

马铃薯花青素转录激活基因stwd40的克隆与表达分析     

罗遵喜  刘仕芸  张树珍  杨本鹏  蔡文伟 《园艺学报》2008,35(9)

根据GenBank中报道的茄属植物矮牵牛花青素wd40类转录激活基因an11及番茄wd40基因113964R的mRNA序列的保守区结构,设计简并引物,从紫色马铃薯皮中克隆了马铃薯wd40类转录激活基因的保守片段,再利用RACE技术分别获得了该基因的3′端和5′端。序列分析表明,该基因核苷酸序列为1292bp,具有完整的编码框,推导其编码362个氨基酸,命名为stwd40。推测的氨基酸序列与GenBank数据库中大量物种的花青素转录激活蛋白wd40有较高的同源性,其中与矮牵牛花青素转录调控基因an11的相似性达86%。RT-PCR表达分析显示stwd40在紫色马铃薯叶、茎、皮、肉及根中都有表达,其中在茎中的表达量最高,肉中表达量最低;其在白色马铃薯的叶、皮和肉中也有表达,推测该基因为组成型表达。  相似文献   

扁桃自交不亲和基因的多态性分析   总被引：7，自引：0，他引：7  

马艳  马荣才 《园艺学报》2006,33(1):137-139

 根据蔷薇科树种S基因的保守序列设计引物, 利用PCR技术对8个新疆扁桃品种S基因进行扩增, 获得了10个大小不同的S基因片段。测序结果表明, 这些DNA片段的核苷酸序列中都具有编码蔷薇科S-RNAase 5个高度保守区域: C1、C2、C3、RC4、C5的序列、编码高变区(RHV) 的序列以及变异度很大的内含子序列, 并且其高变区和内含子序列具有扁桃S基因特异性。同源性分析表明, 获得的10个氨基酸序列与蔷薇科中李亚科S2RNase的氨基酸序列同源性达67% ～96% , 扁桃与樱桃、杏应同属于李亚科。  相似文献