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GHR基因作为产奶性状的候选基因之一,已引起人们越来越多的关注。本文应用生物信息学方法比较分析了人、牛、猪、绵羊等14个物种的GHR基因编码区(CDS)序列,并对其遗传多样性、氨基酸序列的理化性质、信号肽、蛋白质二级结构和结构功能域等进行了预测分析。结果表明,从14个物种的30条序列检测到1 218个多态位点,共生成22种单倍型,物种间GHR基因序列编码区存在较丰富的遗传多样性。GHR蛋白等电点均低于7,呈酸性;大多GHR蛋白N端存在信号肽,均有跨膜结构域;蛋白质二级结构的主要结构元件是无规则卷曲。 相似文献
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GHR基因作为产奶性状的候选基因之一,已引起人们越来越多的关注.本文应用生物信息学方法比较分析了人、牛、猪、绵羊等14个物种的GHR基因编码区(CDS)序列,并对其遗传多样性、氨基酸序列的理化性质、信号肽、蛋白质二级结构和结构功能域等进行了预测分析.结果表明,从14个物种的30条序列检测到1218个多态位点,共生成22种单倍型,物种间GHR基因序列编码区存在较丰富的遗传多样性.GHR蛋白等电点均低于7,呈酸性；大多GHR蛋白N端存在信号肽,均有跨膜结构域；蛋白质二级结构的主要结构元件是无规则卷曲. 相似文献
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为了解不同物种NF-κB1基因编码区（CDS）的遗传变异,本试验使用生物信息学的方法比较分析了小家鼠、褐家鼠、人、黑猩猩、狨、毛猩猩、猕猴、家马、大熊猫、野猪、家短尾负鼠、牛、狼、非洲象和白颊长臂猿NF-κB1基因编码区的遗传多样性,并对该基因的氨基酸序列、跨膜结构域、导肽、信号肽和结构域进行了预测和分析,对有关NF-κB1基因功能的一些研究热点进行了回顾。结果表明：在15个物种36条基因序列中共检测到968个多态位点,生成24种单倍型,NF-κB1基因序列编码区在物种间存在丰富的遗传多样性;理论等电点均低于5.5,NF-κB1编码的蛋白呈酸性,N端无信号肽、导肽,无跨膜结构域,肽链表现为亲水性;这些蛋白均含有1个Rel同源域,6～7个Ankyrin重复,在结构上保守。 相似文献
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吉林省圈养梅花鹿种群遗传资源多样性分析 《畜牧与饲料科学》2015,36(5):73-73
为了探讨吉林省圈养梅花鹿的遗传分化情况,利用DNA直接测序技术测定其线粒体细胞色素mt DNA Cytb基因全序列,结合Gen Bank收录的其他梅花鹿亚种同源序列,利用生物学软件进行分析。结果表明,15头样本mt DNA Cytb基因序列中,共检测到核苷酸多态位点38个,吉林省圈养梅花鹿种群的遗传多样性水平较低,与俄罗斯、韩国、朝鲜亚种亲缘关系较近,与四川亚种亲缘关系较远。 相似文献
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采用PCR-RFLP方法对4个不同品种家兔MHC-DQA基因外显子2的遗传多态性进行检测,并进行聚类分析。结果表明,在家兔MHC-DQA基因外显子2的第103 bp处表现出多态性;χ2适合性检验结果表明,Mbo Ⅱ酶切位点在齐卡大型新西兰白兔和齐卡巨型白兔群体均没有达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05),而在齐兴肉兔和加利福尼亚兔群体均达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05);聚类分析结果表明,齐卡大型新西兰白兔与齐卡巨型白兔亲缘关系最近。试验结果为进一步利用MHC进行抗病育种提供了分子生物学基础。 相似文献
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DGAT1基因作为影响奶牛产奶和肉牛肉质性状的主效基因之一,引起了人们越来越多的关注。本文应用生物信息学方法比较了人、牛、猪、绵羊等24个物种的DGAT1基因编码区(CDS)核苷酸和蛋白质序列,并对该基因的遗传多样性进行了分析。结果表明,DGAT1基因的CDS核苷酸和蛋白质序列长度多样性丰富;具有终止密码子偏爱性,包括牛在内的所有脊椎动物终止密码子都为TGA;在长度为1 187bp的33条基因序列中检测到992个多态位点,共生成26种单倍型。从聚类分析图可以看出,脊椎动物、无脊椎动物、植物和微生物的DGAT1基因之间存在着进化分歧,但界内差异较小。 相似文献
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为了研究不同物种Dock7基因的遗传多样性,采用生物信息学的方法分析了人、倭黑猩猩、大猩猩、毛猩猩、东非狒狒、玻利维亚的灰鼠猴子、虎鲸、家马、白犀牛、雪貂、家牛、大熊猫、佛罗里达海牛、海象、欧洲兔、家猫、家绵羊、星鼻鼹鼠、北美鼠兔、裸鼢鼠、非洲跳鼠、八齿鼠、褐家鼠、小家鼠、袋獾、原鸡、爪蟾27个物种Dock7基因编码区（CDS）,并对该基因的遗传多样性、氨基酸序列、信号肽、跨膜结构域、疏水性／亲水性、蛋白质二级结构进行了分析和预测。结果表明,在27个物种68条基因序列中共检测到1855个多态位点,生成28种单倍型,Dock7基因序列编码区种间存在丰富的遗传多样性,而种内变异极小,只在原鸡中发现一个变异位点。在所研究27个物种中,原鸡Dock7基因的氨基酸序列存在信号肽,其他26个物种Dock7基因的氨基酸序列均无信号肽。27个物种都没有跨膜结构域,表现为亲水性,蛋白质二级结构主要结构元件是自由卷曲和α-螺旋,Dock7蛋白呈酸性。 相似文献
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为了解不同物种干细胞因子（stem cell factor, SCF）基因编码区（CDS）的遗传变异,本研究采用生物信息学方法比较分析了山羊、绵羊、牛、白犀、野猪、虎鲸、马、雪貂、人、鼩鼱、裸鼢鼠、褐家鼠、长尾毛丝鼠、小家鼠和智利八齿鼠SCF基因编码区的遗传多样性,并对该基因的氨基酸序列、跨膜结构域、导肽、信号肽和二级结构特征进行了预测和分析。结果发现,在15个物种55条基因序列中共检测到294个多态位点,生成36种单倍型,SCF基因序列编码区在物种间存在丰富的遗传多样性;理论等电点分布广泛,多数肽链呈酸性,亲水;N端具信号肽、无导肽,可溶型蛋白无跨膜结构域,跨膜型蛋白有1个长23个氨基酸的跨膜结构域;这些蛋白二级结构主要为α-螺旋、无序卷曲、伸展链及β-转角。 相似文献
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Paulauskas A Radzijevskaja J Rosef O 《Comparative immunology, microbiology and infectious diseases》2012,35(2):187-195
The zoonotic rickettsial pathogen Anaplasma phagocytophilum has a broad geographic distribution and a high degree of biological and clinical diversity. To investigate the genetic diversity of A. phagocytophilum strains in the Baltic region and Norway, three species of Ixodidae ticks were examined for A. phagocytophilum infection, and two genes of the pathogen genome were analyzed. Analysis of partial 16S rRNA and partial major surface protein (msp4) gene sequences was accomplished through nested PCR and sequence analysis. Strains identified in this study were compared with those originating from other European countries and the United States. Seven 16S rRNA gene variants and fifteen msp4 gene variants of A. phagocytophilum were detected. Nine sequences had unique nucleotide polymorphisms and therefore differed from other A. phagocytophilum sequences previously submitted to GenBank. The present study represents the first molecular characterization of A. phagocytophum strains circulating in Lithuania and describes the strains detected in Ixodes persulcatus ticks in Latvia and Estonia. This is also the first report describing A. phagocytophilum strains isolated from Dermacentor reticulatus ticks. 相似文献
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为探究鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发育关系,对分离自四川省西昌市的15个鸡蛔虫分离株的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基（cox1）基因部分序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅳ（nad4）基因全序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并用cox1和nad4基因部分序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的NJ树和贝叶斯树。测序结果显示,所获得的鸡蛔虫cox1和nad4基因全序列长度分别为1 152和1 236 bp,分别有33和40个变异位点,碱基变异率分别为0~2.1%和0~2.3%;分别检测到8和11个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.733±0.124和0.933±0.054,核苷酸多样性分别为0.00433±0.00153和0.00541±0.00157,平均遗传距离分别为0.004和0.005。构建的种系发育树均显示15个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且nad4基因比cox1基因更适合作为研究鸡蛔虫分离株遗传变异的分子标记。 相似文献