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本实验室从水产养殖池防污附钢片的微生物黏膜中分离到一株菌DL3,为了明确该菌株的活性及作为有益菌进行应用的可能,通过细菌分离培养、16S rRNA测序和系统发育分析对其做了初步鉴定,并采用牛津杯法、平板法分别测定了菌株的抑菌活性和群体感应淬灭活性。基于菌株DL3 16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,该菌株与解肽假交替单胞菌(Pseudoalteromonas peptidolytica)NBRC 101021T的相似性最高,亲缘关系最近,为99.64%;抑菌试验显示,该菌株对鳗弧菌(Vibrio anguillarum)和铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)的抑制作用最强,对金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、大肠埃希菌(Escherichi coli)、沙门氏菌(Salmonella)、链球菌(Streptococcus)、志贺氏杆菌(Shigella)、河弧菌(V.fluvialis)、东方弧菌(V.orientalis)、哈维氏弧菌(V.harveyi)和短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus... 相似文献
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[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。 相似文献
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N-酰基高丝氨酸内酯(AHL)在许多植物病原细菌中作为群体感应信号分子调控致病因子的表达。在淬灭群体感应系统中,AHL可控制依赖于群体感应的植物细菌病害。以实验室保存的4个群体淬灭酶产生菌为研究对象,对β-半乳糖苷酶活性进行测定,结果表明菌株3-59对信号分子降解能力最强。根据16SrDNA相似性,将该菌株鉴定为不动杆菌(Acinetobactersp.)3-59。采用PCR法从菌株3-59中克隆到AHL淬灭酶基因aciJ,该基因全长1 491bp,编码496个氨基酸,预测分子量约为55.69ku,估测等电点为9.52。氨基酸序列比对结果显示,其与不动杆菌的单加氧酶相似性在90%以上。AciJ蛋白有跨膜结构域,N端无信号肽,有1个糖基化位点位于285位,有43个磷酸化位点均匀分布于整个多肽链中。 相似文献
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鸭疫里氏杆菌广西分离株16S rRNA基因序列的测定和系统进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
选取3株不同血清型的鸭疫里氏杆菌广西分离株GXRA 01、GXRA 07和GXRA 09,利用细菌通用引物,通过PCR方法成功扩增出16S rRNA的部分基因片段,通过克隆、序列测定获得3个分离株16S rRNA基因的核苷酸序列,并与G enB ank中注册的一些菌株的16S rRNA基因序列进行比较、系统进化关系分析发现:3株RA分属两个基因群,I群(GXRA 01)与AY 871818和AY 871819的16S rRNA序列的同源性达99.9%,Ⅱ群(GXRA 07、GXRA 09)与G enB ank中16S rRNA序列的同源性达99.3%-99.6%,GXRA 07与GXRA 09之间的同源性为100%,表明这3株菌株应为鸭疫里氏杆菌。 相似文献
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从南海红树林木榄(Bruguiera gymnorrhizo)根际土壤中分离到一株具有拮抗杉木致害菌尖孢镰刀菌萎蔫专化型SF2(Fusariumoxysporum f.sp.vasinfectum)活性的海洋细菌3728菌株,对分离菌株的形态特征、培养特征、生理生化特征和16S rRNA基因序列进行了系统的研究。发现细菌3728与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)序列相似性最高,达到100%,在系统进化树中与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis AJ276351)处于同一分支上,结合形态和生理生化分析结果,将其鉴定为枯草芽孢杆菌。 相似文献
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《南京农业大学学报》2017,(6)
[目的]依据群集运动表型和16S rRNA基因序列信息研究黄瓜根际芽孢杆菌亲缘辨识能力,进而形成直接合作的多细胞行为,找到解淀粉芽孢杆菌SQR9的近亲菌株。[方法]采用高温处理和稀释涂布的方法从黄瓜根际筛选芽孢杆菌,得到菌株后分析其16S rRNA基因测序结果,结合swarming平板对峙表型对芽孢杆菌类群进行亚家族分类。最后通过24孔细胞培养板静置培养、salkowski比色法分析吲哚乙酸(IAA)产量和植酸酶活性测定的方法评价SQR9近亲菌株的促生潜力。[结果]初筛共选出118株芽孢杆菌,复筛后确定为21株。菌株swarming对峙后表现融合、半融合和对峙3种表型。在融合的27组菌株里,25组有100%相同的16S rRNA基因,而其余2组的基因相似度较低。产生边界的组合中只有10%(142对中只有15对)的16S rRNA基因相似度大于99%;半融合的基因相似性为99.5%~100%。菌株SQR9的亲近菌株P2、W-4和N-2在生物膜形成、IAA分泌和植酸酶活性等方面都接近SQR9。[结论]初步证明swarming表型与16S rRNA有一定的相关性,菌株SQR9近亲菌株P2、W-4和N-2都是潜在的根际促生菌。 相似文献
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从网箱患柱形病的斑点叉尾鮰病灶中分离到一株细菌(YZ130310),经回归感染试验证实其具有高度致死性.经形态学观察、生理生化特性和16S rRNA基因序列分析鉴定,其主要特征为:革兰氏阴性,菌体细长、两端钝圆、弯曲或直的杆状,菌落浅黄色,边缘不整齐呈根须状;氧化酶、过氧化氢酶阳性,分解酪素和明胶,不分解纤维素、几丁质、酪氨酸、七叶灵和淀粉,硝酸盐还原阳性,吲哚和葡萄糖产气阴性.菌株的16S rRNA基因序列分析结果表明,菌株YZ130310与GenBank上登录的柱状黄杆菌(Flavobacterium Columnare)ATCC 49512株的16S rRNA序列同源性最高,其相似性达99.6％;在基于16S rRNA基因序列构建的系统发育树中,菌株YZ130310与柱状黄杆菌(AY095342)聚为一支.综合形态及生理生化特点和分子生物学的分类鉴定结果,菌株YZ130310可鉴定为柱状黄杆菌(F Columnare).16种抗菌药物的敏感性试验结果表明,菌株YZ130310对头孢哌酮等7种药物敏感,对阿米卡星和氧氟沙星2种药物中度敏感,对头孢氨苄等7种药物存在不同程度的耐药性. 相似文献
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柿树根际嗜铁细菌地衣芽孢杆菌CAS20的分离鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
采用CAS检测平板法,从柿树根际土壤中分离获得一株具有较强产嗜铁素能力的细菌菌株CAS20。根据菌株在LB固体培养基上的培养特征和生理生化特性,将其初步鉴定为芽孢杆菌(Bacillus);经16S rDNA序列分析,CAS20的16S rDNA基因序列(KY199559)与地衣芽孢杆菌(Bacillus.licheniformis)代表菌株ATCC14580的16S rDNA序列(NR_074923)具有99.93%的相似性,并且位于系统进化树的同一分枝。据此,将菌株CAS20鉴定为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)。 相似文献
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16S rRNA鉴定乳酸片球菌分离株 总被引：2，自引：1，他引：2
根据乳酸片球菌的16S rRNA基因序列,设计2条特异性引物,以PCR方法扩增从酸白菜中分离得到的具有抑制单核细胞增多症李氏杆菌作用的乳酸片球菌菌株的16S rRNA基因序列,经克隆和测序后,与以往发表的基因序列进行比较,同源性99%,从基因水平上进一步证明该菌株为乳酸片球菌。 相似文献
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利用16S rRNA序列鉴定分离自开菲尔粒的一株乳杆菌 总被引：2，自引：0，他引：2
对菌株 H13 的 16S rRNA 序列进行克隆和测序,并以此为基础构建菌株 H13 的系统发育树,对菌株 H13 进行鉴定.应用 PCR 技术,扩增 H13 菌株的16S rRNA 基因,将其与 pEASY-T 裁体相连接,用 Sanger 双脱氧链终止法测定序列并将16S rRNA 序列与 GenBank 所选择的同属及非同属的菌进行同源性比较.结果表明H13 菌株16S rRNA基因序列同源性与乳杆菌属 10 株菌均在89%以上,与所选的植物乳杆菌和类植物乳杆菌的同源性高这99.5%和99.2%,与其他8株乳杆菌属菌株的同源性都小于97%,可进一步确定其为植物乳杆菌或类植物乳杆菌.系统发育进化树结果表明,H13 与植物乳杆菌的同源性最为接近.H13 最终鉴定为植物乳杆菌,该菌株现在已被中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心收录保存,编号为 CGMCC 1357. 相似文献
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对菌株H13的16S rRNA序列进行克隆和测序,并以此为基础构建菌株H13的系统发育树,对菌株H13进行鉴定。应用PCR技术,扩增H13菌株的16S rRNA基因,将其与pEASY-T载体相连接,用Sanger双脱氧链终止法测定序列并将16S rRNA序列与GenBank所选择的同属及非同属的菌进行同源性比较。结果表明：H13菌株16S rRNA基因序列同源性与乳杆菌属10株菌均在89%以上,与所选的植物乳杆菌和类植物乳杆菌的同源性高达99.5%和99.2%,与其他8株乳杆菌属菌株的同源性都小于97%,可进一步确定其为植物乳杆菌或类植物乳杆菌。系统发育进化树结果表明,H13与植物乳杆菌的同源性最为接近。H13最终鉴定为植物乳杆菌,该菌株现在已被中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心收录保存,编号为CGMCC 1357。 相似文献
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[目的]鉴定苯酚降解菌SW34。[方法]通过分析苯酚降解菌SW34的形态、生理生化性状及16S rRNA基因序列,鉴定该菌的种类。[结果]从焦化厂污水处理曝气池泥样中分离出具有降解苯酚能力的SW34菌株,根据其形态、生理生化性状初步鉴定属于短杆菌科(Brevibacteriaceae),其16S rRNA基因序列(在GenBank中的登录号为GU576981)与表皮短杆菌同源性高达99%以上。结合形态、生理生化特性以及16S rDNA序列分析,鉴定SW34菌株为表皮短杆菌(Brevibacterium lowffii),具有降解苯酚特性的表皮短杆菌此前未见报道。该菌株能够降解3.0 g/L浓度的苯酚,是处理高浓度苯酚废水的良好菌种资源。[结论]该研究为高浓度苯酚废水的处理提供了新的方法。 相似文献
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对从海南大学薯蓣种质资源圃的不同大薯根部土壤中分离的产纤维素酶细菌X-6进行鉴定及产酶条件研究.采用细胞学染色、生理生化指标、16S rRNA基因序列同源性分析测定等方法对菌株进行鉴定,并采用正交试验研究培养时间、温度、pH值和碳氮比等因素对菌株产纤维素酶活力的影响,初步确定其产纤维素酶的最优条件组合.菌株X-6鉴定为蜡状芽孢杆菌、革兰氏阳性菌,菌株芽孢着生在细菌中部位置,淀粉酶、明胶水解酶阳性.GenBank中X-6菌株的16S rRNA基因序列与HQ844479 Bacillus cereus strain JSYM28相似性最高(99％).菌株的最优培养条件为:培养基碳氮比为2:4,pH 7.0,42℃培养72 h,在此条件下CMC酶活力和滤纸酶活力分别为137.10、171.07 U/mL. 相似文献
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[目的]对具有抗菌开发前景的放线菌Q13菌株进行分子鉴定和抗菌谱测定,为其进一步开发和利用提供理论依据。[方法]以Q13基因组为模板,分别利用大肠杆菌和链霉菌属16S rRNA基因特异引物,扩增其16S rRNA基因序列并测序,利用Blast、MEGA等软件进行序列与系统发育树分析,鉴定其分类地位;进一步利用平板对峙试验,测定Q13菌株对玉米小斑病菌等14种植物病原真菌、胡桃肉状菌等2种食用菌病原真菌和双孢蘑菇等10种食用菌的抑菌活性。[结果]获得3条16S rRNA基因序列,GenBank登录号分别为JN593095、JN593096和JN5930957;根据序列分析的结果,确定Q13菌株为Streptomyces flavotricini;Q13菌株对小麦赤霉病菌、稻瘟菌、油菜菌核和绿色木霉具有显著抗性,而对双孢蘑菇、蛹虫草、灰树花、香菇、姬菇和平菇等食用菌菌丝生长无抑制作用。[结论]为开发植物和食用菌病害生防菌提供了理论和试验支持。 相似文献
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[目的]分离和鉴定狼山鸡消化道乳酸菌,为开发新型禽用微生态制剂提供依据。[方法]利用厌氧菌分离技术,从狼山鸡肠道中分离乳酸菌,通过形态、生理生化特性、16S rRNA基因序列测定以及同源性分析对其进行鉴定,并对菌株进行耐酸性、抗菌活性等筛选。[结果]分离到5株乳酸菌LCr-01、LCr-02、LCe-01、LCe-02、LCe-03,经过生理生化试验、16S rRNA基因序列测定以及同源性分析,初步鉴定植物乳杆菌、卷曲乳杆菌、德氏乳杆菌以及嗜酸乳杆菌。其中,LCr-02具有较强的耐酸性和抗菌活性。[结论]筛选到的5株菌乳杆菌中LCr-02具有较强的耐酸性与抗菌活性。 相似文献
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对大庆盐碱土中分离到的菌株20-13进行表型特征、生理生化特性和系统发育学研究表明,菌株20-13为革兰氏阴性、能运动的杆菌,末端形成膨大的芽孢,嗜碱且中度嗜盐,能在NaCl浓度为1%~25%(W/V)的改良S-G培养基中生长,最佳生长发生在3%NaC(lW/V);生长的温度范围20~50°C,最适为30~32°C;pH范围8.0~11.0,最适pH 10.0。16S rRNA基因序列的系统进化分析表明,该菌株与厚壁菌门、碱杆菌属Alkalibacillus haloalkaliphilus的成员亲缘关系最近,相似性达99.4%,菌株20-13与Alkalibacillus haloalkaliphilus的表型特征与生理生化特性基本一致。综合分析,确定该菌株与碱杆菌属Alkalibacillus haloalkaliphilus为同一种,且与模式菌株不同的菌株。 相似文献
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1株嗜热性羽毛降解菌的分离鉴定及其酶学性质 总被引：1，自引：0，他引：1
《江苏农业科学》2017,(10)
为从环境中得到1株嗜热高效角蛋白降解菌,用以羽毛粉为唯一碳源、氮源的培养基进行筛选。经筛选得到1株嗜热降解羽毛角蛋白的Y6菌株,通过对该菌株菌落、菌体形态特征、生理生化特性测定和16S rRNA分析,使用美国国立生物技术信息中心(NCBI)的BLAST进行16S rRNA的相似性比对。相似性比对结果显示,Y6菌株与地衣芽孢杆菌Xmb047(Bacillus licheniformis Xmb047)的同源性99%,初步认定该菌株为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis),命名为Y6(Gen Bank登陆号KY082766)。采用该菌降解完整羽毛,发酵72 h后,完整羽毛仅剩下羽轴,羽枝被完全降解,说明Y6菌株有着较强的羽毛降解能力;用不同浓度硫酸铵溶液盐析发酵产物上清液,筛选出硫酸铵浓度为70%时,分离的粗酶液总活性最高。酶活性试验表明,Y6所产蛋白酶最适反应温度为70℃,最适pH值为8.0,Fe~(3+)、Zn~(2+)对蛋白酶活性有较强的抑制作用,阴离子表面活性剂十二烷基硫酸钠(SDS)、金属蛋白酶抑制剂乙二胺四乙酸(EDTA)能较强地抑制蛋白酶活性,表明该蛋白酶属于金属蛋白酶。 相似文献