基于小RNA深度测序技术鉴定侵染广东辣椒的病毒种类   总被引：1，自引：1，他引：0  

汤亚飞  裴凡  李正刚  佘小漫  于琳  蓝国兵  邓铭光  何自福 《中国农业科学》2019,52(13):2256-2267

【目的】病毒病是广东省辣椒生产上主要病害之一,田间病株率一般为5%—30%,严重时可达100%。本研究旨在探明危害广东辣椒的病毒种类,为辣椒病毒病的防控提供理论依据。【方法】2013—2016年,从广东省广州、佛山、惠州、江门、梅州、湛江、茂名和韶关8市辣椒主要种植区采集疑似病毒病辣椒样品125份,分别提取每份辣椒病样总RNA,对从茂名、梅州、韶关3市采集的病样按地点和症状混合成7份混合病样进行小RNA深度测序分析,根据小RNA深度测序分析结果,对每种病毒分别根据小RNA深度测序拼接的基因片段序列和GenBank数据库中与该拼接序列同源性最高的病毒基因组序列保守区设计2对特异性引物,以小RNA深度测序的病样RNA为模板进行RT-PCR扩增,根据扩增效果对引物进行筛选,进一步应用筛选出的引物,对采集于广东省的125份辣椒病样分别进行RT-PCR检测,根据检测结果明确危害广东辣椒的病毒种类。【结果】从采集于广东省8市的辣椒主要种植区的125份病样中检测到14种病毒,按照检出率从高到低依次为辣椒轻斑驳病毒（Pepper mild mottle virus,PMMoV）(44.0%）、甜椒内源RNA病毒（Bell pepper endornavirus,BPEV）（32.8%）、烟草轻型绿花叶病毒（Tobacco mild green mosaic virus,TMGMV）（31.2%）、辣椒脉斑驳病毒（Chilli veinal mottle virus,ChiVMV）（29.6%）、辣椒黄脉病毒1（Pepper vein yellow virus 1,PeVYV-1）（26.4%）、甜椒斑驳病毒（Pepper veinal mottle virus,PVMV）（25.6%）、黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）（18.4%）、辣椒环斑病毒（Chilli ringspot virus,ChiRSV）（16.8%）、辣椒黄脉病毒6（Pepper vein yellow virus 6,PeVYV-6）（16.8%）、马铃薯 Y 病毒（Potato virus Y,PVY）（15.2%）、辣椒褪绿病毒（Capsicum chlorosis virus,CaCV）（14.4%）、蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus 2,BBWV-2）（9.6%）、辣椒隐症病毒1（Pepper cryptic virus 1,PCV1）（8.8%）、烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus,TMV）（4.0%）。其中,PMMoV、BPEV、TMGMV、ChiVMV、PeVYV-1和PVMV 6种病毒的检出率在25%以上,但PMMoV、ChiVMV和PVMV分布广泛,PMMoV除了茂名外,ChiVMV除了韶关外,其他7市辣椒产区均有分布;PVMV广泛分布于8市辣椒产区,根据检出率和分布范围,得出PMMoV、ChiVMV和PVMV是危害广东辣椒的优势病毒。同时发现,广东辣椒上多种病毒复合侵染现象普遍,在本研究125份病样中病毒复合侵染率达到88.0%,其中2种、3种、4种、5种、6种、7种和8种病毒复合侵染检出率分别为28.0%、25.6%、12.0%、9.6%、6.4%、1.6%和2.4%,由此可知,2种和3种病毒复合侵染是主要侵染形式。【结论】危害广东辣椒的病毒有14种,其中PMMoV、ChiVMV和PVMV为优势病毒,且复合侵染普遍,2种和3种病毒复合侵染是主要侵染形式。  相似文献   

辣椒轻斑驳病毒研究现状   总被引：2，自引：0，他引：2  

王亚南  赵绪生  袁文龙  刘淑香 《安徽农业科学》2010,38(14):7401-7402,7404

阐述了国内外对辣椒轻斑驳病毒（PMMoV）的研究现状,包括病毒的发生情况、基因组结构、致病相关基因研究进展及病毒检测方法的应用现状。  相似文献   

应用RT-PCR方法检测辣椒轻微斑驳病毒   总被引：5，自引：0，他引：5  

黄粤  马荣群  岳文辉 《山东农业科学》2004,(5):56-57

为调查青岛地区侵染辣椒植株的辣椒轻微斑驳病毒 (PMMoV)的情况 ,以健康植株和带病植株为试验材料提取总RNA ,并以此总RNA为模板进行RT -PCR扩增 ,建立了PMMoV的RT -PCR检测体系 ,测序结果和多次试验证明了该反应体系的准确性和可靠性  相似文献   

山东省辣椒主要病毒种类的分子检测与鉴定   总被引：4，自引：3，他引：1  

王少立  谭玮萍  杨园园  代惠洁  孙晓辉  乔宁  竺晓平 《中国农业科学》2017,50(14):2728-2738

【目的】鉴定山东省辣椒上的主要病毒种类,明确该地区辣椒上的主要病毒病原。【方法】2014—2015年,在山东省临沂、日照、青岛、烟台、潍坊、淄博、济宁、菏泽、聊城、德州共10个市(区)采集253份疑似感病的辣椒植株叶片,提取叶片总RNA和总DNA,利用双生病毒的通用引物(PA/PB)、马铃薯卷叶病毒属通用引物(POL-F/POL-R)及已报道侵染辣椒的主要病毒的检测引物对样品进行PCR、RT-PCR分子检测与鉴定,将扩增得到的目的条带经凝胶回收试剂盒回收纯化后连接到pMD18-T载体上,再送至公司进行克隆测序。分别将所得的PMMoV、PeVYV和BWYV序列在NCBI上利用BLAST进行检索,利用DNAStar软件中的Megalign将所得序列与Gen Bank中已登录的世界各地有代表性的序列进行同源性比对,利用软件MEGA 5.05的Clustal W法进行多序列比对分析以及邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统进化树,系统进化树中各分支置信度(Bootstrap)进行1 000次重复分析。【结果】PMMoV、CMV总检出率分别为61.66%、60.08%;TMGMV、BBWV-2、BWYV、TMV发生也比较普遍,检出率为41.90%、34.78%、33.20%和24.90%;PCV-2、ToMV、TYLCV、PVY、MABYV、PeVYV、PCV-1、ChiVMV、AMV发生侵染现象较少,检出率分别为11.86%、9.88%、9.09%、6.72%、5.53%、3.56%、3.16%、0.79%和0.40%;未检测到Ca CV、PSV、Chi RSV、TSWV和To MMV。通过对病毒复合侵染现象进行分析发现,病毒复合侵染率高达89.92%,其中3种病毒复合侵染现象最多,所占比例达28.63%,4种病毒复合侵染率为25.00%,2种病毒复合侵染率为21.77%,5种病毒复合侵染率为13.31%,一个辣椒样品最多可同时感染6种病毒,侵染率为1.21%;对山东省10个地区的辣椒病毒检测,结果表明在辣椒上检出病毒种类最多的为临沂、济宁,检测到12种病毒,其次是烟台、聊城,检测到11种病毒,潍坊、菏泽检测到9种病毒,青岛、德州检测到8种病毒,日照检测到7种病毒,淄博检测到6种病毒,日照地区辣椒病毒复合侵染率最高,为100%,菏泽地区复合侵染率最低,为69.23%。分别根据PMMoV的部分CP基因序列、PeVYV部分Rd Rp、CP、MP基因序列以及BWYV部分CP、MP基因序列构建系统发育树,结果表明本研究PMMoV山东分离物SD60与中国贵州分离物的亲缘关系最近,PeVYV山东分离物SDRZ31-1与意大利IT83分离物的亲缘关系最近,BWYV山东分离物SD与韩国分离物LS的亲缘关系最近。【结论】在山东省采集的253份辣椒样品可被15种病毒侵染,PMMoV、CMV为主要病毒种类;在山东新检测到的病毒有MABYV、PeVYV、BWYV、PCV-1和PCV-2;明确了山东省主要辣椒产区病毒病发生情况以及病毒种类的主次关系。  相似文献   

辣椒种子病毒的检测及防治   总被引：2，自引：0，他引：2  

肖英  彭相儒 《新疆农业科学》1995,(6):257-259

辣椒种子病毒的检测及防治肖英，程秉铨，周俊，孙晓陆，陈璐（新疆农科院中心实验室，乌鲁木齐，８３００００）彭相儒，刘文朴（乌鲁木齐市蔬菜研究所）辣椒是新疆传统的出口商品之一，近年来由于病毒病的蔓延，使辣椒生产严重受损，轻者减产２０％－３０％，重要减产４...  相似文献   

辣椒种子消毒处理的效果   总被引：3，自引：0，他引：3  

彭相儒  程秉铨 《新疆农业科学》1996,(4):173-174

辣椒种子消毒处理的效果彭相儒，刘文朴，郝微丽（乌鲁木齐市蔬菜研究所，乌鲁木齐，８３００１１）程秉铨，孙晓陆，肖英，陈璐（新疆农科院中心实验室）辣椒种子表面的污染病毒主要是ＴＭＶ，可侵染后代植株，为消除和钝化这些病毒，我们于１９９０－１９９年进行了种子...  相似文献   

辣椒杂株类型及品种纯度鉴定方法初探     

涂祥敏  赖卫  刘崇政  杨红  詹永发  余文中 《广东农业科学》2011,38(3):43-44

分析辣椒生产中田间杂株类型,主要有异品种株、本品种变异株、本品种退化株和杂交F1代种子中的亲本株等,针对辣椒杂株的几种类型,分别阐述了辣椒杂株产生的主要原因,并介绍了当前辣椒品种纯度鉴定的基本方法,包括种子形态鉴定法、幼苗鉴定法、田间小区鉴定法、生理生化鉴定法等.  相似文献   

哈茨木霉TC对辣椒促生效果的研究     

胡琼 《安徽农业科学》2013,(21):8941-8941,8943

[目的]明确哈茨木霉（Trichodermaspp．）TC菌剂对辣椒（CapsicumannumLinn．）的促生效果。[方法]应用哈茨木霉TC菌剂对辣椒种子进行拌种和浸种处理,且在移栽时施用不同重量比例的木霉菌剂处理。[结果]二种种子处理方法均能增强辣椒种子的活力,提高发芽率,降低倒伏率,其中以拌种处理的效果最明显。移栽时施用一定比例（木霉：土为1：10）的木霉菌剂,对辣椒后期株高和叶片面积的促进作用最好,且能提前开花、挂果。[结论]木霉对辣椒具有一定的促生作用。  相似文献   

快速诊断土壤中辣椒疫霉菌的诱饵法     

崔春生  彭相儒 《新疆农业科学》1996,(3):130-132

快速诊断土壤中辣椒疫霉菌的诱饵法崔春生，程秉铨，彭相儒，刘文朴（新疆农科院中心实验室，乌鲁木齐，８３００００）（乌鲁木齐市蔬菜研究所）辣椒疫霉病是一种土传病害，是当前辣椒生产中的毁灭性病害［１］，及早查清辣椒田土壤中辣椒疫霉菌情况，有效地加强早期防治...  相似文献   

辣椒植株水浸提液对生菜和大白菜化感作用的研究   总被引：10，自引：0，他引：10  

邓明华  文锦芬  邹学校  杨东  姚娟 《云南农业大学学报(自然科学版)》2007,22(3):452-455

 以生菜和大白菜两种蔬菜为受体，通过测定辣椒植株水浸提液对两种蔬菜作物种子萌发和幼苗生长的影响，对辣椒化感物质的作用进行了研究。结果表明：①低浓度（0.01 g/mL）的辣椒水浸提液对生菜和大白菜种子发芽率、发芽指数、幼苗根长和苗长均表现为促进作用；②高浓度（0.03 g/mL,0.04 g/mL）的辣椒水浸提液对生菜和大白菜种子发芽率、发芽指数、幼苗根长和苗长均表现为抑制作用。随着浓度的加大，抑制作用增强；③浓度为（0.02 g/mL）的辣椒水浸提液对生菜的种子发芽率、发芽指数、幼苗根长、苗长和大白菜的根长有明显的抑制作用，而对大白菜的种子发芽率、发芽指数、幼苗苗长有促进作用。  相似文献   

保定地区一种新辣椒病毒病的鉴定   总被引：5，自引：0，他引：5  

夏惠娟  李志勇  郭京泽  李兴红 《河北农业大学学报》2006,29(6):65-67,86

从保定东郊温室大棚中典型花叶症状的甜椒病株上得到1个病毒分离物(BD),经枯斑三生烟分离纯化3次后,并保存在茄门甜椒上。通过酶联免疫方法、鉴别寄主反应、电镜观察测定等,确定保定分离物是辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus,PMMoV)。用Trizol提取病叶总RNA,反转录为cDNA,通过2对特异性引物,分别扩增出病毒外壳蛋白基因片段和与病毒复制相关蛋白基因片段。保定分离物的病毒外壳蛋白基因,与5个PMMoV分离物核甘酸同源性为94.5%~100%,而与3个TMV分离物核苷酸同源性为65.4%~67.7%,从而进一步验证了保定分离物为PMMoV。  相似文献   

Identification of Viruses Infecting Peppers in Guangdong by Small RNA Deep Sequencing   总被引：1，自引：1，他引：0  

TANG YaFei  PEI Fan  LI ZhengGang  SHE XiaoMan  YU Lin  LAN GuoBing  DENG MingGuang  HE ZiFu 《中国农业科学》2019,52(13):2256-2267

【Objective】 The viral disease is one of the major diseases of pepper production in Guangdong Province. The disease incidence is generally 5%-30% in the field, which can up to 100% in serious field. The objective of this study is to identify virus species infecting pepper in Guangdong Province, and to provide a theoretical basis for the prevention and control of pepper virus disease. 【Method】 From 2013 to 2016, a total of 125 susceptible pepper plant samples were collected from 8 major pepper growing areas of Guangzhou, Foshan, Huizhou, Jiangmen, Meizhou, Zhanjiang, Maoming and Shaoguan in Guangdong Province. Total RNA was extracted respectively from the leaves of 125 pepper samples. The 7 mixed samples collected from Maoming, Meizhou and Shaoguan were analyzed by small RNA deep sequencing. According to the results of small RNA deep sequencing analysis, two pairs of specific primers of each virus were designed to RT-PCR. The first pair of specific primers was designed according to the sequences of spliced gene fragments from small RNA deep sequencing. The second pair of specific primers was designed according to the conserved region sequences of viral genome in the GenBank database with the highest homology to sequences of spliced gene fragments from small RNA deep sequencing. Using disease samples RNA involved in small RNA deep sequencing as a template, the RT-PCR amplification was carried out with the two pairs of primers. Based on RT-PCR amplification results, the better pair of specific primers of each virus was selected. Furthermore, all 125 samples collected from Guangdong Province were subjected to detect viruses with the better pair of specific primers by RT-PCR. 【Result】 Fourteen viruses were identified in 125 samples collected from major pepper growing areas in 8 cities of Guangdong Province. According to the order of detection rate from high to low, they were Pepper mild mottle virus (PMMoV) (44.0%), Bell pepper endornavirus (BPEV) (32.8%), Tobacco mild green mosaic virus (TMGMV) (31.2%), Chilli veinal mottle virus (ChiVMV) (29.6%), Pepper vein yellow virus 1 (PeVYV-1) (26.4%), Pepper veinal mottle virus (PVMV) (25.6%), Cucumber mosaic virus (CMV) (18.4%), Chilli ringspot virus (ChiRSV) (16.8%), Pepper vein yellow virus 6 (PeVYV-6) (16.8%), Potato virus Y (PVY) (15.2%), Capsicum chlorosis virus (CaCV) (14.4%), Broad bean wilt virus 2 (BBWV-2) (9.6%), Pepper cryptic virus 1 (PCV1) (8.8%), Tobacco mosaic virus (TMV) (4.0%). The detection rates of PMMoV, BPEV, TMGMV, ChiVMV, PeVYV-1 and PVMV were over 25%. PMMoV, ChiVMV and PVMV were widely distributed in Guangdong Province. PMMoV (except Maoming), ChiVMV (except Shaoguan) were detected in pepper producing areas of other 7 cities. PVMV was detected in pepper producing areas of 8 cities. According to detection rate and distribution range, it was concluded that PMMoV, ChiVMV and PVMV were the dominant viruses infecting pepper in Guangdong Province. The mixed infection phenomenon was common on peppers in Guangdong Province. The detection rate of mixed infection was up to 88.0% in 125 samples. Among them, the mixed detection rates of 2 kinds, 3 kinds, 4 kinds, 5 kinds, 6 kinds, 7 kinds and 8 kinds of viruses were 28.0%, 25.6%, 12.0%, 9.6%, 6.4%, 1.6%, 2.4%, respectively. So, 2 kinds and 3 kinds of viruses mixed infection were the main infection forms on peppers in Guangdong Province. 【Conclusion】 There are 14 kinds of viruses endangering pepper plants in Guangdong Province, among which PMMoV, ChiVMV and PVMV are the dominant viruses. The phenomenon of mixed infection is common. The main infection forms on peppers are 2 kinds and 3 kinds of viruses mixed infection in Guangdong Province.  相似文献   

甜椒L 3应对辣椒轻斑驳病毒及中椒系列新品种的选育     

张宝玺  王立浩  张正海  曹亚从  于海龙 《中国农业科学》2020,53(18):3846-3855

辣（甜）椒是我国栽培面积最大的蔬菜作物,年播种面积约2.2×10⁶ hm²,其中甜椒约5×10⁵hm²。生产上传统病害如疫病、病毒病等依然严峻,近年来辣椒轻斑驳病毒（PMMoV,烟草花叶病毒属）等新型流行病害爆发,严重制约甜椒生产;同时,消费者对品种的品质、多样性提出更高要求。笔者课题组先后从国内外引进甜（辣）椒种质资源1 400余份,通过鉴定、评价,筛选出具有抗病毒病、白粉病和果大、皮薄、光泽度好、品质优等优良性状的种质资源120余份。构建了与抗TMV（L³、L⁴）、抗番茄斑点萎蔫病毒TSWV（Tsw）等重要性状紧密连锁的分子标记,辅助育种准确率达90%以上。通过常规育种技术和分子标记相结合,创制出含有抗PMMoV（P_0,1,2）L³,且兼具抗TMV、ToMV、PMMoV（P_0,1,2）、CMV和疫病,果大、果实均一度高、光泽度好等综合性状优良、配合力高的甜椒骨干亲本‘0516’,以其为骨干亲本,培育出4个新一代优质、多抗、适应不同生态区的新品种‘中椒105号’‘中椒106号’‘中椒107号’‘中椒108号’。上述系列新品种含有L ³,抗TMV、PMMoV（P_0,1,2),兼抗CMV和疫病;果实形状大小、色泽、整齐度等商品品质,Vc等营养品质显著提高。  相似文献   

基于机器视觉群体鸡蛋尺寸的检测方法   总被引：5，自引：1，他引：5  

邓海霞  刘友明  文友先  王树才 《华中农业大学学报》2006,25(4):452-454

利用机器视觉技术对鸡蛋外形尺寸进行检测,采用区域标记法分割出单个图像区域,然后确定图像区域形心点,求出其长轴、短轴和面积。研究结果表明,软件预测的鸡蛋平面投影面积(像素)长轴和短轴与实测的蛋重、长轴和短轴的相关系数分别为0.92、0.91和0.84。  相似文献   

大豆叶片及种子内大豆花叶病毒(SMV)的生物与免疫测定方法的比較     

葛莘  张明厚 《东北农业大学学报》1985,(1)

用生物测定(局部枯斑反应)、免疫吸附电镜(ISEM)、酶联免疫吸附试验(ELISA)三种方法对大豆叶片及种子内的SMV进行了定性定量测定。结果表明,三种方法均可用来检测叶片及种胚和子叶内的SMV,并可对其定量,结果高度吻合,相关系数达0.97以上。ELISA能测出稀释2430—7290倍病叶中的SMV,测提纯病毒的下限为70ng—20ng/ml,生物测定可测出稀释640—1280倍病叶中的SMV。种皮内含有非侵染性SMV,不能用生物方法测出,而需用免疫方法检测。  相似文献   

SNAP快速检测法与高效液相色谱法测定牛奶中黄曲霉毒素M1的比较分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

付成平  欧阳华学  胡莉 《西南农业学报》2009,22(5)

用SNAP快速检测法与高效液相色谱法对牛奶样品中黄曲霉毒素M1的检测,首先运用SNAP快速法对牛奶样品中的黄曲霉毒素M1进行初筛,其中的阳性样品通过免疫亲和层析柱净化,并用带荧光检测器的高效液相色谱仪进行定性定量检测,从而比较SNAP快速法与高效液相色谱法之间的差异性及相关性.通过比较,SNAP快速法虽然简单、快捷,但检测结果有假阳性现象;液相色谱法前处理、分析过程较复杂,但灵敏度高,检测限低,回收率及线性关系好,结果准确可靠.  相似文献   

检测猪血清口蹄疫病毒非结构蛋白3AB抗体ELISA方法的建立   总被引：1，自引：1，他引：0  

祝秀梅  卢曾军  胡永浩  曹轶梅  马江涛  刘在新 《甘肃农业大学学报》2008,43(1):33-37

用大肠杆菌表达的FMDV NSP 3AB经纯化后作为抗原,建立了3AB间接ELISA方法,该方法可用于判定被检动物是否感染了口蹄疫病毒.重组口蹄疫病毒非结构蛋白3AB作为检测抗原包被酶标板反应孔,以兔抗猪IgG/HRP酶结合物作为第2抗体,建立了抗非结构蛋白抗体检测的方法.用该方法检测了大量不同背景的猪血清,并与3ABC-I-ELISA检测结果进行比较.结果表明:3AB-I-ELISA和3ABC-I-ELISA的总符合率为98.9%,而且3AB-I-ELISA的特异性高于3ABC-I-ELISA.  相似文献