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1.
在猪业生产中,产仔数高低是评价母猪繁殖性能的重要指标。本研究以738头大白猪群体为研究对象,收集繁殖记录,并计算1～4胎次总的产仔数（Total Number Born,TNB）、总的产活仔数（Number Born Alive,NBA）性状。利用猪80K芯片对个体进行基因分型,采用GCTA软件对TNB、NBA性状进行全基因组关联分析。结果显示,在15号染色体上,共鉴定到7个与NBA性状显著关联的SNP位点,构成1个327kb的单倍型块。与猪QTL数据库比对,这些显著关联的SNP位于3个与繁殖性状相关的QTL区域内,与黄体数、乳头数等性状相关。在显著SNP位点上、下游500 kb区域内共包含7个基因,其中,IRS1、RHBDD1为产仔数性状相关基因。本研究为进一步鉴定猪繁殖性状关键基因提供理论依据。 相似文献
2.
乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关。本试验以Illunima Porcine SNP 60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析。经过严格的质量控制和多重检验之后,共鉴定出全基因组水平潜在关联的SNPs位点4个（P<2.06E-5）;染色体水平显著关联位点3个,潜在关联位点18个;在关联SNP位点可能连锁的上、下游1 cM区间内检索到304个基因,其中Wnt及Fgf信号通路中的候选基因BTRC、FGF5、FGF8和BMP3、RASGEF1B、HMGB3可能影响猪的乳头数性状或繁殖性状。通过全基因组关联分析策略发掘出的关联SNP位点及潜在候选基因,将为可乐猪的选育保种奠定基础。 相似文献
3.
《畜牧兽医学报》2016,(2)
本研究测定了288头来自白色杜洛克×二花脸F2群体的母猪杀婴行为表型,旨在定位出影响母猪杀婴行为的QTL。基于整个家系及已经扫描个体的60KSNP芯片信息推测出本试验288头个体60K的基因型。随后,我们利用R语言GenABEL软件包的广义混合线性模型对母猪杀婴行为表型进行全基因组关联分析,定位影响母猪杀婴行为的显著关联SNP位点。结果,在SSC2和SSC8上共发现50个与母猪杀婴显著关联的SNPs位点,其中有21个SNPs位于SSC8:35.05~47.54 Mb区域达到基因组显著水平,在SSC2上只有1个SNP位点达到染色体显著水平。通过搜寻显著相关SNP所在区域内的注释基因,发现了12个可能影响母猪杀婴行为的重要位置候选基因。该研究为进一步鉴别影响母猪杀婴行为的主效基因和因果突变位点提供了研究基础。 相似文献
4.
《中国畜牧杂志》2015,(5)
试验旨在揭示京海黄鸡翅重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡翅重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了屠宰时的单侧翅重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与翅重相关的SNPs位点。结果表明:共检测到7个与翅重相关的SNPs位点,其中,rs2011502599、rsz26128672、rs1830645和rs475641139 4个SNP位点达到全基因组显著水平(P5.5E-07),rs476249085、rs475679707和rs473712263 3个SNP位点达到全基因组潜在显著水平(P1.1E-05);筛选每个显著SNP周围1Mb区域内的基因,共找到7个可能的候选基因,分别为PGO2、SMARCA2、ZNF302、QDPR、FBXL5、LDB2、PPARGCIA 7个基因;使用G0数据库对7个候选基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析发现,4个SNPs集中分布在4号染色体上的73.71~76.25Mb的区域内。表明PGO2、SMARCA2、ZNF302、QDPR、FBXL5、LDB2、PPARGC1A 7个基因和4号染色体73.71~76.25Mb区域可能为影响京海黄鸡翅重性状的重要候选基因和区域。 相似文献
5.
旨在使用加权一步法全基因组关联分析方法，充分利用群体的表型、系谱和基因型信息，探索与大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚相关的候选基因。本研究收集21 754头大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的表型记录数据，其中基因型数据个体共1 259头。通过方差分析和加权一步法全基因组关联分析，确定性状显著相关的数量性状基因座(quantitative trait locus, QTL)。并进行基因注释、GO(gene ontology)功能和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析。计算结果表明，大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的遗传力分别为0.450 6±0.017 3、0.496 8±0.017 4和0.475 8±0.017 2。利用加权一步法全基因组关联分析，定位到与眼肌面积显著相关的候选QTL区域10个，与估计瘦肉率显著相关的候选QTL区域8个，与背膘厚显著相关的候选QTL区域12个。后续基因注释、GO功能和KEGG通路富集分析显示，与眼肌面积相关的候选基因36个，共富集到7个条目；与估计瘦肉率相关的候选基因29个，共富集... 相似文献
6.
旨在鉴定荣昌猪初产繁殖性状的重要变异位点和基因,为荣昌猪繁殖性状的遗传改良提供重要的分子标记和基因资源。本研究选取429头荣昌母猪进行猪50K芯片基因分型,经过质量控制和基因型填充后,保留35 046个SNPs用于分析。采用主成分分析法研究群体结构,利用混合线性模型(mixed-linear model, MLM)将出生年、出生月作为固定效应,将主成分值作为协变量对总产仔数、活产仔数、死胎数和初生窝重性状进行全基因组关联分析(GWAS)。结果显示,在全基因组显著水平上鉴定出2个影响荣昌猪初生窝重的SNPs和1个影响荣昌猪死胎数的SNP;在潜在显著水平上鉴定到5个影响荣昌猪总产仔数的SNPs, 3个影响荣昌猪活产仔数的SNPs和10个影响荣昌猪死胎数的SNPs。通过全基因组关联分析筛选到1个显著的SNP(SSC17:57 315 180 bp)同时影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重,1个显著的SNP(SSC1:279 214 647 bp)同时影响荣昌猪活产仔数和总产仔数,暗示基因在不同性状间具有一因多效性。本研究根据候选基因的相关分子生物学功能,确定BMP7基因为影响荣昌猪总产仔数... 相似文献
7.
本研究利用全基因组关联分析（GWAS）挖掘与大白猪总产仔数（TNB）、产活仔数（NBA）和健仔数（NHP）相关的候选基因。选择1 100头大白猪为实验材料，通过提取耳尾组织样DNA并利用“中芯一号”芯片进行基因型分型，采用PLINK v1.9对获得的基因型数据进行质控后用于GWAS研究。rMVP软件对每个SNP与性状做关联分析，确定出显著位点。结果表明：对于TNB性状共有3个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著；NBA性状共有4个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著；NHP分析得到18个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著。在上述显著SNPs附近共有23个候选基因，根据基因功能注释推测ESR1、ZP3、YWHAG、HSPB1、MDH2、PCCB是能够影响繁殖性状的重要候选基因。 相似文献
8.
为定位影响猪背最长肌和半膜肌硬实度的数量性状基因座(QTL),本研究测定了白色杜洛克×二花脸资源家系中490头F_2代猪的背最长肌和半膜肌硬实度,检测了3代个体在19条染色体上194个微卫星的基因型,并据此进行了QTL定位分析.共检测到9个QTLs,包括影响背最长肌硬实度的4个QTLs,分别位于SSC1、SSC2、SSC7和SSC10,其中SSC1和SSC7的QTLs达到1%基因组显著水平;影响半膜肌硬实度的5个QTLs分别位于SSC1、SSC7、SSC10、SSC12和SSC14,其中SSC7和SSC14的QTLs分别达到5%和1%基因组显著水平. 相似文献
9.
为寻找与巴马香猪产活仔数相关的分子标记,试验利用全基因组关联分析（GWAS）定位并筛选了影响产活仔数性状的候选基因,采集297头具有多胎产仔记录的巴马香猪耳组织样品,提取DNA并利用猪50K SNP芯片进行基因分型,分型结果经质控与基因型填充后,使用Tassel软件对巴马香猪产活仔数性状进行全基因组关联分析。结果显示,巴马香猪平均窝产活仔数在1~9胎内随着胎次增加逐渐升高;经质控过滤后共获得32 816个SNPs位点,利用全基因组关联分析共筛选到8个与巴马香猪产活仔数相关的SNPs位点,分别在基因组或染色体水平达到显著;对关联显著SNP位点上下游500 kb内的编码基因进行富集分析,并依据猪繁殖性状相关QTL区域及基因功能,最终筛选到4个基因（CAPZB、MSH3、CITED2和HSD17B7）作为影响巴马香猪产活仔数的候选基因。 相似文献
10.
通过检测苏太猪群体和白色杜洛克×二花脸F2资源家系猪群体240日龄血浆血糖(Serum glucose,GLU)和糖基化血清蛋白(glycosylated serum proteins,GSP)含量,应用全基因组关联分析影响猪血糖性状的数量性状位点(QTL),并搜寻QTL区间内与表型相关的位置候选基因,为最终鉴别因果基因奠定前期工作基础。屠宰240日龄苏太群体435头和白色杜洛克×二花脸F2资源家系760头,收集血清并检测血糖和糖基化血清蛋白指标,利用Illumina porcine60K SNP芯片判定个体的基因型,并进行全基因组SNP与两个性状关联性分析,定位影响苏太猪和白色杜洛克×二花脸F2资源家系个体240日龄血糖和糖基化血清蛋白的QTL。在Ensembl(EMBI-EBI)和NCBI(National Center for Biotechnology Information)网站搜寻相应的位置候选基因。在3条染色体上共检测到1个影响GSP和2个影响GLU的QTL,此外在苏太猪中检测到2个影响GSP的QTL,但这两个显著关联SNP的染色体位置目前尚无结论,所以没有定位到哪条染色体上,这些QTL均为5%染色体显著水平。影响不同性状的QTL位于不同染色体上,影响同一性状的QTL也位于不同染色体上,解释表型变异为3.719%和3.724%。 相似文献
11.
母猪的繁殖性状是养猪生产中重要的经济性状之一,其表现直接影响到整个养猪业的经济效益。为筛选出与母猪繁殖性状相关的基因,本研究利用纽勤公司GeneSeek Genomic Profiler(GGP)猪50K SNP芯片对392头法系大白猪进行了基因分型,记录了3个表型性状,包括总产仔数（Total Number Born,TNB）、产活仔数（Number Born Alive,NBA）和出生窝重（Litter Weight Born Alive,LWB）,以进行全基因组关联研究。结果显示,3个性状中一共发现了40个解释遗传变异>1%的基因组区域。所有显著的基因组区域中共有532个基因被注释,其中381个蛋白质编码基因被用于人类表型本体论（Human Phenotype Ontology,HPO）分析。有81个候选基因在7个与生殖系统有关的表型条目中被富集。KEGG分析表明,这些候选基因主要涉及GnRH信号通路、雌激素信号通路和卵细胞成熟通路等。本研究鉴定到了5个重要的候选基因,包括RBP4、DEAF1、IGF2、SIRT6和JARID2。尽管受样本量的限制,但本研究筛选到的候选基因... 相似文献
12.
本研究旨在探索转化生长因子β3(transforming growth factor beta 3,TGFβ3)基因在大白猪×民猪构建的F2代资源群体内的多态性,并分析其多态性与猪脊椎数性状的关系。试验采用PCR技术,以F0代个体的DNA为模板,筛选TGFβ3基因外显子区的SNP,并将筛选到的SNP在F2代群体中进行验证,进而分析SNP与猪脊椎数性状的关联性。结果发现,TGFβ3基因在F0代个体中仅筛选到1个SNP位点,即SSC7:105179474GA,表现为两种基因型GG和GA。TGFβ3基因不同基因型与F2代个体脊椎数性状的关联分析表明,SSC7:105179474GA与猪肋骨数、胸腰椎数之和呈极显著相关(P0.01),与猪腰椎数无显著相关(P0.05)。χ2适合性检验发现,该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。综上所述,TGFβ3基因可能是影响猪脊椎数性状的主效基因或与主效基因连锁,SSC7:105179474GA位点有望作为提高猪脊椎数性状的分子遗传标记。 相似文献
13.
利用GWAS筛选影响野猪被毛表型变异的候选功能基因 《畜牧与饲料科学》2016,37(4):14-14
识别野生动物群体内潜在影响动物表型变异的相关基因是进化遗传学研究的主要目的,而动物毛色是研究动物被毛表型形成遗传机制的最佳模型之一。应用Illumina公司提供的猪60 k SNP基因芯片对选取的62只不同被毛表型的野猪个体进行基因分型,利用SNP分析结果,通过对照全基因组关联分析（GWAS）识别影响野猪被毛表型差异的相关变异。结果表明,识别了6个与野猪被毛表型相关的基因组变异区域,分别位于SSC1（ALGA0001794,ASGA0006416）、SSC2（ASGA0011559）、SSC6（H3GA0018683）、SSC7（ASGA0035535）和SSC14（ASGA0060641）;最显著相关的SNP（ALGA0001794）位于猪1号染色体上（SSC1）的27 899 596-27 899 696 bp区间（P=2.96×10-（-5））。该研究初步鉴定了6个与野猪毛色性状相关的易感位点,为进一步研究野猪不同毛色性状的形成机制提供了基础。 相似文献
14.
《中国畜牧杂志》2015,(21)
肉质性状对于家禽产业来说非常重要。为了获得影响鸡肉质性状的SNPs以及候选基因,本研究使用Illumina公司的鸡60K SNP芯片,对京海黄鸡的4个肉质性状(FLM、FBM、PLM、PBM)进行全基因组关联分析。结果表明:共鉴定出9个与肉质性状显著关联的SNPs位点,其中,有2个SNPs达到5%Bonferroni全基因组显著水平(P1.8E-6),7个SNPs位点达到5%Bonferroni全基因组潜在显著水平(P3.59E-6)。9个SNPs定位于LOC101747478、CBLN2、HPGDS、SETD2、ANKRD46、ZFPM2和GRM4 7个基因的附近或内部,该7个基因可能为影响京海黄鸡4个肉质性状的重要候选基因。构建5 650种单倍型,单倍型分析表明,只有一种单倍型与FLM性状显著相关。以上结果显示,本研究发现的9个SNPs和7个基因可能为影响京海黄鸡4个肉质性状的重要候选标记和基因。 相似文献
15.
FRZB基因通过抑制Wnt信号途径调控细胞生长,ABCF1(也称为ABC50)结合e IF2,在翻译起始中发挥着重要的作用,可作为猪生长性状相关的候选基因。本研究采用直接测序法检测FRZB基因和ABCF1基因5'非翻译区中单核苷酸多态性(SNPs)基因型分布,并分析基因型与生长性状的相关性。结果表明:在美系大白猪中,FRZB基因位点ins(A-532G)多态性与背膘厚呈极显著相关(P0.01),与体长接近显著水平(P=0.05);ABCF1基因254A/G多态性与背膘厚、左乳头数和右乳头数均呈显著相关(P0.05);在法系大白中,ABCF1基因254A/G多态性与初生重呈显著相关(P0.05)。结果表明,FRZB和ABCF1基因是潜在的影响猪生长性状的候选基因。 相似文献
16.
《中国畜牧杂志》2019,(11)
为鉴定与宁海黄鸡和广西黄鸡繁殖性状相关的分子标记及候选基因,本研究利用600K SNP芯片技术对鸡繁殖性状进行了全基因组关联分析(GWAS)。结果显示:4个单核苷酸多态性位点(SNPs)与繁殖性状的相关性达到了Bonferroni校正的5%全基因组显著性水平,其中,rs313221983与死胚蛋数相关,rs314844182与死胚蛋数及受精蛋孵化率相关,rs14758703与受精率相关,rs312721292与入孵蛋孵化率和受精蛋孵化率相关;在每个显著的SNP位点上下游5 kb范围内进行检测,共发现3个可能与死胚蛋数、受精率、入孵蛋孵化率和受精蛋孵化率相关近端基因,即唾液酸转移酶1(ST8SIA1)基因、神经外胚层皮质1(ENC1)基因和LOC101750905。本研究为地方品种鸡标记辅助选择和基因组选择提供了理论依据。 相似文献
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旨在寻找影响京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的SNP位点。本研究采用简化基因组测序的方法,检测京海黄鸡基因组的SNP位点,并对这些位点与新城疫和传染性支气管炎性状进行关联分析。结果表明:在基因组水平上有1个与京海黄鸡新城疫抗病性状显著相关的SNP位点,7个与该性状潜在显著的SNPs位点,并将这些位点定位到5个基因上,分别为EEA1、CARS2、SCML2、GRP20以及TOMIL2基因,这些基因均可能影响或调控机体的抗病及免疫能力,可以考虑作为京海黄鸡新城疫抗病性状的候选基因作为后续研究。没有发现与京海黄鸡传染性支气管炎显著相关的SNP位点,该性状可能是复杂性状,受到多种因素的影响。因此,本研究发现的几个标记位点可能对京海黄鸡的新城疫抗病性状存在一定的影响,可以作为候选基因,为京海黄鸡抗病育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。 相似文献
18.
《养猪》2018,(6)
猪的生长性状是重要的经济性状之一,直接影响到养猪企业的经济效益,同时还间接反映了猪育种工作的现状和进展。为了了解猪生长性状的遗传机制,寻找与生长性状显著相关的位点,进而定位与生长性状有关联的功能基因,研究利用全基因组关联分析(Genome-wide Association Study, GWAS)研究猪的生长性状相关基因。试验选择571头美系大白猪作为研究对象,采用基于线性模型的单标记回归方法,同时借助Illumina猪80 K高密度SNP芯片(共有68 528个SNP位点)对样本个体的基因型进行分型,对大白猪的两个生长性状100 kg体重活体的背膘厚和达100 kg体重的日龄,进行了全基因组关联分析。研究将群体进行全基因组关联分析后使用FDR方法对关联分析的结果进行多重检验校正,发现了4个位于15号染色体上与100 kg体重日龄性状相关的基因组水平显著的SNP位点,分别是WU_10.2_15_142776834、WU_10.2_15_142743420、WU_10.2_15_142698412、WU_10.2_15_142730007。2个位于1号染色体上与活体背膘厚性状相关的基因组水平显著的SNP位点,分别是ALGA0005769、ASGA0004384。进而利用EnseMble在线平台的猪SusScrofa10.2版本数据库,将显著的SNP位点向上下游各扩展1 Mb进行基因富集分析,定位到了可能与生长性状有关联的基因。其中,与100 kg体重日龄相关的基因有9个,分别是SLC19A3、CCL20、DAW1、SPHKAP、RHBDD1、IRS1、COL4A4、TM4SF20、AGFG1;与活体背膘厚相关的基因有16个,分别是ONECUT1、ARPP19、MYO5A、MYO5C、GNB5、BCL2L10、MAPK6、LEO1、TMOD3、SCG3、LYSMD2、TMOD2、DMXL2、GLDN、CYP19A1、TNFAIP8L3。结论,ARPP19可以控制有丝分裂,ONEUT1具有促进细胞分裂和生长发育的功能。因此这两个基因最可能与生长性状存在功能联系。 相似文献
19.
采用全基因组扫描法定位影响猪后腿质量QTL 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究影响猪后腿质量的QTL,采用分布于猪全基因组19对染色体上的183个微卫星标记,对白色杜洛克(♂)×二花脸(♀)资源家系群体1 028头F2代个体及其亲本进行基因型检测,利用最小二乘线性回归分析,通过置换试验确定显著性域值,对影响猪后腿质量的数量性状位点(QTL)进行了定位分析.共检测到10个QTL位点,其中在猪2、4、7、8、18号染色体上检测到5个1%基因组显著水平的QTLs,在5和7号染色体上检测到2个5%基因组显著水平QTLs.影响效应最大的QTL位于7号染色体58 cM处,置信区间仅为5 cM,这些结果为下一步的精细定位和位置候选基因的分离奠定了基础. 相似文献
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为挖掘影响地方鸡肉色性状的有效SNP位点及功能基因，给儋州鸡育种工作提供有效的数据基础和理论支撑，利用10×深度全基因组重测序技术对200只儋州鸡个体的肉色性状数据进行全基因组关联分析。结果显示，与肉色性状相关的全基因组和潜在显著水平的SNP位点分别为6个和13个，分别位于儋州鸡1、2、4、5号和Z染色体。通过KEGG通路分析和GO注释，预测ACAA2、ACSS3基因可作为儋州鸡肉色性状的重要候选基因。这些结果将为儋州鸡的育种提供候选分子标记，为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。 相似文献