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1.
探究不同柑橘类型对柑橘碎叶病毒(Citrus tatter leaf virus,CTLV)变异的影响,为研究寄主-CTLV的互作关系提供基础。将CTLV分离株HH和XLB分别嫁接接种于8种柑橘类植物,对CTLV分离株和获得的亚分离株样品进行CP基因的限制性长度多态性(RFLP)和单链构象多态性(SSCP)分析,以及序列比较。结果表明HH和XLB与其各自在不同柑橘植株上的亚分离株的CP/Hinf I RFLP酶切图谱无明显差异;混合侵染的CTLV分离株HH和其亚分离株之间的SSCP谱型存在差异,株系构成单一的CTLV分离株XLB与其亚分离株间的SSCP谱型差异不明显。通过序列分析进一步证实CTLV在不同寄主上其CP基因有几个核苷酸位点发生了变异。CTLV可能受寄主植物的影响发生了变异。 相似文献
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中国柑橘叶斑驳病毒和碎叶病毒发生状况及其分子特性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
柑橘叶斑驳病毒(Citrus leaf blotch virus,CLBV)和柑橘碎叶病毒(Citrus tatter leaf virus,CTLV)均可侵染柑橘的不同种。为明确CLBV及CTLV在中国柑橘上的发生状况和分子特性,采用RT-PCR技术对来源于中国7个省的342份和346份柑橘样品进行检测,检出率分别为9.6%和11.0%。对14个CLBV分离物和15个CTLV分离物的外壳蛋白(Coat protein,CP)基因部分序列分析显示,CLBV分离物间cp核苷酸和编码氨基酸序列相似性分别为82.1%~100%和88.1%~100%,CTLV分离物的cp核苷酸和编码氨基酸序列相似性分别为89.5%~100%和92.5%~100%。测定的14个CLBV分离物在系统进化树中聚为2个组;而CTLV分离物分组不明显,该病毒的系统进化与寄主来源无明显关系。 相似文献
3.
采用直接组织免疫印迹(Direct tissue blot immunoassay,DTBIA)和常规PCR技术,对采自广东梅州新建‘Cocktail’葡萄柚园内表现疑似黄龙病症状的样品进行检测。DTBIA检测发现疑似样品的韧皮部存在特征性紫红色反应,与黄龙病阳性对照反应一致。PCR检测发现枝条、叶片和果实样品中均检测出了黄龙病菌特异性条带,其中果蒂、中柱和种皮内病菌含量较高。进一步测序分析发现,来自‘Cocktail’葡萄柚病样的16Sr DNA和ef Tu基因与NCBI中的柑橘黄龙病菌亚洲种(Candidatus Liberibacter asiaticus,CLas)对应基因的序列相似性均为100%,证实‘Cocktail’葡萄柚感染了柑橘黄龙病菌亚洲菌株。 相似文献
4.
云南苹果产区苹果茎沟病毒(ASGV)的发现及其分子变异 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】为了查明云南省苹果产区的苹果茎沟病毒病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)的侵染情况和不同来源分离物间的分子变异情况,【方法】以云南昭通、丽江、昆明、曲靖等地采集的325份苹果病毒样品为试材,采用RT-PCR技术对其是否携带ASGV进行检测,运用DNAMAN6.0、MEGA5.0对实验获得的6个分离物和GenBank上已登录的34个分离物进行序列比对分析。【结果】ASGV在云南各大苹果产区的发病率高达48%。序列比对结果显示,这些分离物的核苷酸序列相似性为87.3%～93.8%,氨基酸序列相似性为90.7%～98.7%。系统发育树显示,云南的6个分离物聚为一簇,而陕西省苹果分离物YL06与云南省分离物ZT1、TJX1亲缘关系比较近,聚为一支;ASGV苹果分离物要明显区别于ASGV梨分离物和CTLV柑橘分离物。【结论】云南省苹果产区苹果树的ASGV带毒率高达48%,推测可能是一种发生率比较普遍的病毒病,这是云南省发现的首次报道。系统发育树显示:本研究获得的6个苹果分离物明显区别于其他寄主分离物,并且与其他地区的分离物具有一定差异,推测在我国,ASGV的分子变异与寄主/地域来源存在着一定的相关性。 相似文献
5.
建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CymMV)是危害兰花并造成重要经济损失的病毒之一。为揭示CymMV的遗传变异及其适应性进化特征，新测定了16个CymMV石斛兰(Dendrobium nobile)分离物的外壳蛋白基因(coat protein,CP)序列，并结合已报道的52个CymMV中国分离物CP基因序列进行遗传变异及进化分析。遗传多样性分析结果显示，68个CymMV分离物CP基因的核苷酸多样性(Pi)和单倍型多样性(Hd)平均值分别为0.039和0.992，表明该病毒具有较高的遗传多样性。分子变异分析(analysis of molecular variance,AMOVA)显示，CymMV变异源主要来自于病毒个体，约占总变异的71.72%。群体遗传结构分析显示，该病毒可以分为两个大簇(Cluster),CymMV建兰(Cymbidium ensifolium)分离物独立为一簇(Cluster 1)，其他寄主分离物聚为另一大簇(Cluster 2),Cluster2内相同寄主来源的病毒分离物倾向于相聚成簇。进一步的系统发育与性状关... 相似文献
6.
通过高效筛选法从不同环境采集的土样中分离出44株对黄瓜枯萎病菌有拮抗作用的菌株,通过平板对峙法初筛和复筛得到一株具有较高拮抗活性的放线菌XF-7。研究了菌株XF-7发酵液对黄瓜枯萎病病原菌孢子萌发、菌丝生长及黄瓜种子发芽的影响,以及对苗期枯萎病的生防效果。结果表明：菌株XF-7发酵液对黄瓜枯萎病菌的菌丝生长及孢子萌发均有明显的抑制作用,可促进黄瓜种子发芽,且对黄瓜苗期枯萎病的防治效果显著,防效达79.57%。经16S rDNA序列分析,发现菌株XF-7与毒三素链霉菌（Streptomyces toxytricini）的16S rDNA序列同源性达100%。结合形态特征和生理生化特性,将菌株XF-7鉴定并命名为Streptomyces toxytricini XF-7,在GenBank中该菌株的序列登录号为JN315670。 相似文献
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芋花叶病毒的RT-PCR检测及外壳蛋白基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用RT-PCR技术对采自中国湖北、浙江和山东的91份芋[Colocasia esculenta（L.）Schott]样品的芋花叶病毒（Dasheen mosaic virus,DsMV）进行了检测,检出率为26.4%。对其中14个DsMV分离物的317 bp扩增产物（为外壳蛋白基因的一部分）序列分析的结果显示,各分离物内的核苷酸变异相对较低,而分离物间存在较大的分子变异,相似性为68.3% ~ 97.8%。对来自湖北和浙江的2个DsMV分离物DsMV-SCS和DsMV-JH的外壳蛋白基因（coat protein gene,cp）进行了测序,全长分别为951 bp和987 bp,二者cp核苷酸和氨基酸序列相似性分别为79.0%和82.3%,与已报道DsMV的cp核苷酸和氨基酸序列相似性分别为73.0% ~ 92.1%和74.8% ~ 98.2%,在构建的系统发育树上聚在两个不同的簇,各DsMV分离物的系统进化关系与其寄主和地理来源无显著相关性。 相似文献
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《中国南方果树》2017,(2)
为探究赣南地区柑桔黄龙病菌的遗传多样性,从赣南16个县(市、区)采集32份具典型柑桔黄龙病症状的脐橙叶片样品,运用PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性长度多态性分析)技术研究柑桔黄龙病菌16SrDNA序列、16S/23SrDNA间隔区序列和核糖体蛋白基因的多态性,并对3个基因片段进行测序,分析序列的碱基含量、碱基转换率与颠换率、相似性、核苷酸遗传距离和系统进化特征。结果表明,供试赣南柑桔黄龙病菌样品在3个基因片段上的RFLP指纹图谱均一致,未表现出多态性,且序列相似性均在98%~100%;序列碱基中的GC含量以16SrDNA最大,序列碱基的转换率/颠换率以16SrDNA最小;赣南柑桔黄龙病菌样品与亚洲种Candidatus Liberibacter asiaticus之间的序列相似性最大、核苷酸遗传距离最小,在系统进化中归属亚洲种。 相似文献
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柑橘黄龙病病原菌为韧皮部限制性寄生菌Candidatus Liberibacter,迄今为止尚未成功获得离体纯培养。因此基于特异性抗体的高通量血清学检测技术迄今尚未开发。本实验室前期研究利用异源表达重组黄龙病菌外膜蛋白Omp_(CLas)免疫动物,制备并获得了特异性多克隆抗体(Anti-Omp_(CLas)-Pab)。本研究利用直接组织印迹免疫法(Direct tissue blot immunoassay,DTBIA)技术对获得的多克隆抗体的检测效果进行了初步评价,证实该抗体可以特异性识别中国不同地理来源的柑橘黄龙病菌分离物;柑橘叶柄、叶片中脉、枝条、根部、果梗和种子中均存在黄龙病菌,其中根部和种子中的病菌含量相对较低,枝条和叶片中脉中的含量较高。该多克隆抗体的获得为后续快速检测试剂盒或试纸条的研发奠定了基础。 相似文献
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赣州橘园根系内生丛枝菌根真菌群落多样性鉴定及其受黄龙病菌侵染的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】鉴定赣州橘园黄龙病菌侵染和健康柑橘根系内生丛枝菌根真菌(AMF)的多样性,并明确黄龙病菌的侵染对于AMF群落的影响。【方法】使用AMF 18S小亚基核糖体特异引物AMV4.5NF/AMDGR对黄龙病菌侵染和健康柑橘根系DNA扩增建库,通过454高通量测序和生物信息学分析挖掘赣州橘园根系AMF多样性及其受黄龙病菌侵染的影响。【结果】从赣州橘园的柑橘根系中鉴定到80个AMF种,其中包括44个已知的AMF种和36个新种。进化分析发现,球囊霉属AMF占总AMF数的78.75%,是赣州柑橘根系内生AMF群落的优势菌属。鉴定到类球囊霉属的12个AMF,其中Paraglomus.N2和Paraglomus.N7的丰度位于总AMF的第二和第三,说明类球囊霉属AMF在赣州柑橘AMF群落中占有重要地位。PCoA分析表明黄龙病菌侵染显著改变了柑橘根系AMF的群落结构,而AMF群落的α多样性指数无显著性变化。通过丰度差异分析鉴定到6个在黄龙病菌侵染后丰度差异显著的AMF种,表明黄龙病菌侵染可能通过改变AMF菌种组成和相对丰度来影响其群落结构。【结论】全面揭示了赣州橘园根系内生AMF多样性,并且黄龙病菌侵染可通过改变菌种组成和相对丰度来影响AMF群落结构。 相似文献
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对NCBI基因库黄龙病亚洲种病原菌序列进行拼接, 并根据拼接结果在rplKAJL-rpoBC, 16S/23S rRNA和omp 3个位点上设计引物, 采用基因组步行方法, 在其亚洲种3个位点上共获得了15 168 bp非冗余新序列, 其中, 在rplKAJL-rpoBC位点上5′端上游区和3′端下游区分别获得了3 218和2 653 bp的非冗余新序列; 在16S/23S rRNA 位点上5′端上游区和3′端下游区分别延伸了1 853和2 459 bp的新序列; 在omp基因位点上分别获得了4 014和971 bp的新序列。序列分析表明在rplKAJL-rpoBC位点上的新序列包含2个新基因(suhB和serA); 16S/23S rRNA位点新序列包含4个新基因(膜转运蛋白基因、细胞壁脱氢酶假基因、5S rRNA、tRNAMet ) , omp位点新序列包含6个新基因(rpsB、tsf、pyrH、frr、cdsA2、cds2) 。这些新序列的获得为以PCR为基础的黄龙病相关研究提供了有用的参考依据。 相似文献
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柑橘黄龙病和衰退病的同步PCR和RT-PCR检测 总被引：1，自引：0，他引：1
柑橘黄龙病(HLB)和衰退病(CTV)是2种危害严重的世界性柑橘病害,国内外对其病原检测的研究相当多。研究建立了同时检测HLB和CTV的多重RT-PCR体系,从影响多重RT-PCR扩增的引物浓度、Mg2+浓度、Taq酶浓度、dNTPs浓度、退火温度等方面进行体系优化。结果表明,多重PCR反应的退火温度应优先考虑退火温度高的引物,退火温度高的引物所需浓度要大于相应退火温度低的引物。该体系实现了DNA病原和RNA病原的统一检测,进一步体现了多重RT-PCR的优越性。 相似文献
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从贛州脐橙园脐橙根际土壤中获得192个细菌分离物,通过平板拮抗测试,筛选出对柑桔溃疡病菌Xanthomonas axonopodis pv.citri有较强拮抗作用的6个芽孢菌株,抑菌圈直径达12.0～25.0mm,其中菌株G32对柑桔溃疡病菌抑制效果最好,稳定性高;温室控病试验表明,菌株G32的控病效果最佳,接种溃疡病菌前喷施拮抗菌G32的预防效果达60.7%,接种溃疡病菌后喷施拮抗菌G32的治疗效果为53.2%;根据其形态特征、培养性状、生理生化特性及16SrDNA序列比对分析,将G32鉴定为枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis。 相似文献
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胼胝质由胼胝质合成酶合成,胼胝质沉积是植物对入侵病原的防御反应。为了探索胼胝质合成酶(Callose synthase,CalS)基因在柑橘中对黄龙病的应答情况,从甜橙基因组中筛选并利用生物信息学分析了柑橘胼胝质合成酶(CsCalS)家族的12个基因。这些基因编码的氨基酸序列与拟南芥中的胼胝质合成酶具有较高的同源性。荧光实时定量PCR结果显示,CsCalS5和CsCalS12在柑橘健康叶片中的表达量高于其他胼胝质合成酶基因。比较黄龙病感病材料和健康对照材料,发现CsCalS5、CsCalS7和CsCalS8在感病的‘砂糖橘’和‘强德勒’柚中均上调表达,可能参与柑橘对黄龙病病原的应答反应。 相似文献
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为分析刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)工厂化栽培中发黄腐烂子实体的细菌组成,构建16SrDNA文库,利用限制性内切酶MspI和RsaI分别对随机克隆进行酶切筛选,并测定代表性克隆16SrDNA序列,BLAST分析结果表明刺芹侧耳子实体病状组织中存有两类菌群,分别为假单胞菌和芽孢杆菌属。同时,对刺芹侧耳子实体病状组织中的细菌进行分离培养、致病性测定、16SrDNA鉴定及BLAST分析,病原细菌与恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)的同源性较高,其作为引起刺芹侧耳工厂化栽培细菌性病害的病原菌在国内外尚属首次报道。 相似文献
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对前期在感染黄龙病的‘晚锦橙’中发现的明显差异表达的柑橘乙醇脱氢酶（CsADH1）基因进行克隆测序分析,结果表明,CsADH1 的 CDS 序列长为 1 143 bp,编码 380 个氨基酸。蛋白质结构预测显示,CsADH1 含有乙醇脱氢酶 GroES（ADH_N）和 ADH_zinc_N 保守结构域。进化树分析显示,CsADH1 蛋白与拟南芥、蓖麻和中国莲的 ADH 蛋白亲缘关系最近。亚细胞定位结果显示,CsADH1 蛋白定位在细胞质中。以感病‘晚锦橙’的根和叶脉为材料,qPCR 分析显示 CsADH1 在感病根和叶脉中均上调表达,且根中的表达水平是叶脉中的 10 倍。离子胁迫试验和外源植物生长调节剂诱导试验表明,Zn、水杨酸（SA）、生长素（IAA）和脱落酸（ABA）均显著诱导 CsADH1 上调表达,并且根中的表达水平明显高于叶中。本结果表明,CsADH1 可能在柑橘根响应黄龙病菌侵染中起着重要作用。 相似文献
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黄瓜根际土壤细菌群落的16S rDNA-PCR-DGGE分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR-DGGE技术分析了接种枯萎病菌后黄瓜根际土壤细菌群落的动态变化。对黄瓜种植前、接菌前、接菌后发病、接菌后未发病以及接种清水(对照)共5份土壤样品直接提取其总DNA,用F338-GC/R518引物扩增16Sr DNA基因的V3可变区,结合DGGE电泳条带分析样品的细菌群落组成及变化趋势。结果显示,接种枯萎病菌后,会引起黄瓜根际土壤中细菌数量及种类发生较大的变化,其中,接种枯萎病菌后Rhodococcus phenolicus(E1)、Clostridiumsp.(E3、E6)以及3种未培养细菌(E2、E4、E5)数量增加,另外2种未培养细菌(A1、A2)数量减少。 相似文献