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已知感染猪群的冠状病毒有猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)、猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)、猪呼吸道冠状病毒(PRCV)、猪血凝性脑脊髓炎病毒(PHEV);本研究拟建立针对这6种病毒的通用荧光定量PCR检测方法。依据NCBI公布的这6种猪冠状病毒序列，利用MEGA软件进行全基因序列比对，通过分析在ORF1b中找到1段长为196 bp的保守序列，设计兼并引物，建立了用于检测猪冠状病毒的通用荧光定量PCR检测方法；结果显示，该检测方法能扩增出6种猪冠状病毒，对PDCoV、PRCV、PHEV、SADS-CoV、TGEV的灵敏性均可达到101拷贝/μL,对PEDV的灵敏性可达到100拷贝/μL;与CSFV、PRRSV、PPV、PCV、PRV无交叉反应，特异性良好；组内和组间变异系数均小于2.2%,重复性良好。利用建立的检测方法对62份病料进行检测，检测出27份样品呈现猪冠状病毒阳性，而利用普通RT-PCR方法共检测出24份阳性样品。选择2份猪冠状病毒阳性样品进行克隆测序，在NCB... 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2020,(15)
为了同时检测引起猪只腹泻的猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、猪丁型冠状病毒(Porcine deltacoronavirus, PDCoV)和猪急性腹泻冠状病毒(Swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV)这三种主要肠道冠状病毒,试验设计3对特异性引物,建立PEDV、PDCoV和SADS-CoV的三重RT-PCR方法,同时进行特异性、敏感性、重复性试验,并检测临床样品对方法进行验证。结果表明:采用建立的三重RT-PCR方法对PEDV、PDCoV和SADS-CoV进行扩增,分别扩增出大小约为486 bp、329 bp和628 bp的特异性片段;该方法对猪瘟病毒、猪传染性肠胃炎病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒不能扩增出任何片段,特异性好;对PDCoV、PEDV和SADS-CoV的最低检测量分别为1×10~6,1×10~3,1×10~4 copies/μL,具有较好的敏感性;在196份临床样品中,PEDV的阳性检出率为13.27%,PDCoV为12.24%,SADS-CoV为0,同时多重RT-PCR与单项RT-PCR检测方法的符合率均为100%。说明建立的三重RT-PCR方法能够同时特异敏感、高效廉价检测出猪群中PDCoV、PEDV及SADS-CoV这三种肠道冠状病毒,具有快速、便捷和经济的特性,可用于临床大规模流行病学调查和诊断。 相似文献
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冠状病毒(Coronaviruses)在分类地位上属于套式病毒目(Nidovirales)冠状病毒科(Coronaviridae)正冠状病毒亚科(Orthocoronavirinae),包括α、β、γ和δ等4个属,可感染包括人类在内的多种动物。其中,α冠状病毒属主要感染人和猪、犬、猫、蝙蝠等,β冠状病毒属主要感染人和牛、马、猪、鼠、蝙蝠等哺乳动物,γ冠状病毒属主要感染鸡、火鸡、鸭、鹅等禽类,δ冠状病毒属主要感染野禽和猪。引起此次新型冠状病毒肺炎疫情的病毒(2019-nCoV)属于冠状病毒科β冠状病毒属。可感染禽类的冠状病毒主要来自γ冠状病毒属和δ冠状病毒属。鸡传染性支气管炎病毒(IBV)等家禽中分离到的冠状病毒均为γ冠状病毒属。家禽冠状病毒感染危害较大的是IBV。此外,鸭冠状病毒、鹅冠状病毒和鸽冠状病毒等在家禽中也有检出。一些野禽可感染δ属冠状病毒(如鹅口疮冠状病毒HKU12等)。2013年以来,中国动物卫生与流行病学中心对全国17省份共计5 249份家禽样品进行了禽源冠状病毒检测,共检测到IBV 446株,新型鸭冠状病毒和新型鸽冠状病毒等新型禽冠状病毒共277株,IBV、新型鸭冠状病毒、新型鸽冠状病毒的检出率分别为8.50%、2.04%、3.24%。对2019-nCoV与禽源冠状病毒的亲缘关系进行分析发现,2019-nCoV与已知的禽源冠状病毒核苷酸同源性较低;基于冠状病毒1ab基因保守区域的进化分析表明,2019-nCoV与禽源冠状病毒亲缘关系较远。基于上述分析,初步排除2019-nCoV来源于已知家禽冠状病毒的可能性。 相似文献
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《畜牧与兽医》2020,(9)
旨在建立快速准确检测与猪腹泻相关的猪Delta冠状病毒(PDCoV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PRoV)多重PCR检测方法。针对PDCoV、PEDV、TGEV、PRoV的基因组序列设计了4对特异性引物,分别扩增PDCoV N基因(447 bp)、PEDV M基因(204 bp)、TGEV M基因(612 bp)、PRoV VP6基因(329 bp),经过对反应条件的优化,成功建立了能同时特异性检测PDCoV、PEDV、TGEV、PRoV的多重RT-PCR,且特异性好。应用该检测方法对上海及周边地区养殖场临床猪腹泻病料进行检测,结果检出PEDV阳性样品16份,其中PEDV和TGEV混合感染1份,PDCoV和PRoV均未检出,与单一RT-PCR检测结果完全吻合。该快速检测方法的成功建立,将有助于提高对PDCoV、PEDV、TGEV、PRoV的病原学调查和疾病监测,为生态养殖提供技术储备。 相似文献
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为掌握广西地区导致猪群腹泻的主要病毒性病原的流行态势,为养殖场猪病毒性腹泻的综合防控提供依据,用实时荧光RT-PCR检测方法,对2017年1月—2021年6月广西14个地市489个猪场1 206份临床腹泻样品进行猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪轮状病毒（PoRV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）、猪丁型冠状病毒（PDCoV）等病原检测,并分析其阳性检出率在不同年份、季节、地区、年龄段猪群之间的差异以及病原混合感染情况。结果显示,2017—2021年,PEDV、PDCoV、PoRV、TGEV样品阳性检出率分别为49.67%、7.63%、4.56%和0.33%,场阳性检出率分别为53.37%、8.18%、8.18%和0.61%;病毒性腹泻病原有一定的季节性流行特征,多表现为冬、春季流行加重;PEDV、PDCoV普遍流行,PoRV局部流行,TGEV散发流行;4种病原对不同年龄段腹泻猪群的感染率存在差异,其中对哺乳仔猪危害最为严重;猪群以单一感染为主,主要为PEDV单一感染,阳性检出率为47.93%,混合感染均为二重感染且感染率较低。结果表明,导致广西地区猪群腹泻的主要病毒性病原主要为PEDV、PDCoV和PoRV,其中PEDV为最主要病原,其他病原也呈流行加重趋势,需进一步加强病原监测和疫病综合防控。 相似文献
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猪Delta冠状病毒、猪传染性胃肠炎病毒和猪流行性腹泻病毒多重RT-PCR检测方法的建立及应用 总被引：1，自引：0，他引：1
猪Delta冠状病毒(PDCoV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)均是能引起仔猪腹泻的冠状病毒,通过临床症状和剖检很难鉴别诊断,建立同时检测且能够鉴别诊断这3种疾病的快速检测方法对于临床诊断具有重要的意义。参照GenBank中登录的PDCoV,NPEDV M和TGEV N基因的基因序列,利用Primer5.0设计合成3对能扩增特异性目的片段的引物,构建重组质粒,并对RT-PCR反应条件进行优化,建立了检测PDCoV,PEDV和TGEV的多重RT-PCR诊断方法,并对所建立的方法进行敏感性、特异性和重复性分析。利用该方法对河南176份临床样品进行检测,并与普通RT-PCR检测方法对该检测方法进行比较分析。结果表明,所建立的三重RT-PCR方法对PDCoV的最低检测量是3.14×103拷贝/μL;PEDV的最低检测量是3.88×104拷贝/μL和TGEV的最低检测量是3.68×104拷贝/μL。所建立的方法具有较好的特异性,对猪博卡病毒(PboV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟(CSFV)和猪圆环病毒(PCV)等猪常见病毒的扩增结果均为阴性。应用所建立的三重RT-PCR方法对176份临床收集的仔猪腹泻样品进行PEDV,PDCoV和TGEV检测,并将检测结果和单重RT-PCR检测方法比较,结果显示,多重RT-PCR检测结果与常规单一RT-PCR的结果符合率均为100%。综上,本试验建立了能同时检测PDCoV,PEDV和TGEV的三重RT-PCR方法,为临床上这3种疫病的快速检测和流行病学调查奠定了基础。 相似文献