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旨在利用覆盖全基因组和与性状相关的SNPs标记分析西门塔尔牛和地方黄牛两个亲本群体的遗传结构,通过亲本种群之间的遗传距离预测不同杂交组合在生长、胴体和肉质性状上的杂种优势。本研究选择来自内蒙古锡林郭勒盟乌拉盖管理区牧场的1 222头西门塔尔牛和8个地方黄牛品种190头共组成8个杂交组合,对亲本群体进行遗传结构分析。利用牛770K SNP芯片对两个亲本群体进行基因型分型,通过牛QTL数据库筛选与目的性状对应的QTLs,对全基因组SNP位点进行映射分析得到与性状相关的SNP标记。利用两种SNP标记构建状态同源矩阵,计算各杂交组合亲本间的遗传距离。结果,所有亲本群体聚成3类,西门塔尔牛聚成一类,北方黄牛（蒙古牛、西藏牛和柴达木牛）聚成一类,南方黄牛（昭通牛、平武牛、南丹牛、文山牛和凉山牛）聚成一类。西门塔尔牛与北方黄牛在PCA图上的距离较近,说明两者之间亲缘关系相对较近,遗传背景差异较小。在各性状中,遗传距离最大的亲本组合都是西门塔尔牛与南丹牛杂交组合。除了大理石花纹评分性状是西门塔尔牛与昭通牛之间的遗传距离最小,其余性状遗传距离最小的亲本组合都是西门塔尔牛与平武牛杂交组合。据此推测,各性状杂种优势较优的可能组合是西门塔尔牛与南丹牛杂交组合。 相似文献
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为探究黄牛生长激素受体（GHR）基因多态性，筛选出对贵州地方黄牛生长性状有显著影响的SNPs位点，本研究以150头贵州地方黄牛（关岭牛、思南牛、威宁牛各50头）为研究对象，以GHR为候选基因，根据GenBank收录的黄牛GHR基因外显子序列设计引物，提取贵州地方黄牛血液基因组DNA并构建混池；通过PCR扩增测序法验证GHR基因SNPs和分型，运用DNAStar、SPSS 19.0软件对GHR基因SNPs进行遗传学分析，并与贵州地方黄牛生长性状进行关联性分析，寻找各位点不同基因型间贵州地方黄牛生长性能差异，同时使用生物信息学分析GHR突变前后mRNA二级结构的变化，预测分析贵州地方黄牛GHR蛋白的结构与功能。结果显示，贵州地方黄牛GHR基因共检测出8个SNPs，分别为Exon9-C162T、Exon9-C201T、Exon9-G243C、Exon9-G383A、Exon9-A495T、Exon9-C622T、Exon9-C642T和Exon9-A650C，其中思南牛无Exon9-G243C。遗传学分析表明，除Exon9-G243C位点在威宁牛中偏离Hardy-Weinberg平衡外，其余SNPs均未偏离Hardy-Weinberg平衡。相关性分析发现，GHR基因突变位点在关岭牛和思南牛中均未检测到显著性差异，但在威宁牛中，Exon9-G243C基因型GC个体胸围显著低于GG和CC基因型（P<0.05），Exon9-A650C基因型AA个体的体斜长、坐骨端宽均显著高于CC基因型（P<0.05），而胸深显著低于AC和CC基因型（P<0.05），其余6个SNPs差异均不显著（P>0.05）。生物信息学分析发现突变前后，除Exon9-G383A mRNA二级结构未发生改变外，其余SNPs mRNA二级结构均发生了改变，Exon9-G243C、Exon9-A650C会影响蛋白质二级结构的变化，但突变不影响蛋白质三级结构的变化。此外，贵州地方黄牛GHR蛋白是一种分泌蛋白，具有信号肽剪切位点且具有6个N-糖基化位点，证实该基因变异程度高。本研究提示GHR基因Exon9-G243C、Exon9-A650C这2个SNPs对贵州地方黄牛生长性状具有显著影响，可作为贵州地方黄牛生长发育的候选分子标记。 相似文献
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《上海畜牧兽医通讯》2017,(4)
<正>近年来,思南县通过采用牛人工授精技术,改良了思南黄牛的生产性能和肉用性能,促进了肉牛产业的发展,加快了养殖户的脱贫攻坚步伐。本文在分析思南县牛人工授精技术发展现状、存在问题的基础上,提出了改进对策,以期为肉牛产业发展提供参考。1思南县肉牛发展现状思南县是思南黄牛的中心产区,据统计,2015年末全县存栏思南黄牛8.95万头(其中能繁母牛 相似文献
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《中国畜牧杂志》2019,(8)
为分析贵州地方黄牛GH基因多态性,筛选出对本地黄牛生长性状有显著影响的SNPs位点,本研究以贵州4个地方牛种(关岭牛、思南牛、威宁牛、黎平牛)为研究对象,采用直接测序法检测贵州地方黄牛GH基因多态性,利用生物信息学软件对贵州黄牛GH基因进行分析。结果显示:4个地方牛种中共发现2个SNPs,分别为Exon5-G1570C和Exon5-A1720C,Exon5-G1570C为错义突变,Exon5-A1720C为同义突变;其中黎平牛仅存在1个SNPs位点(Exon5-A1720C),其余3个品种均有2个SNPs位点;生物信息学分析表明,牛GH蛋白相对分子质量为27 385.45,理论等电点为6.90,疏水值最大为3.133,亲水值最小为-2.767,属于跨膜蛋白,稳定性较高;突变前后GH基因mRNA二级结构发生改变,Exon5-G1570C位点mRNA自由能升高,稳定性降低;Exon5-A1720C位点mRNA自由能降低,稳定性升高。本实验成功筛选出贵州地方黄牛GH基因的多态位点,可为筛选贵州地方黄牛与生长相关的分子遗传标记奠定理论基础。 相似文献
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微卫星标记对4个贵州地方牛品种遗传多样性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
选用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的23对微卫星引物,采用荧光标记-多重PCR技术,检测了4个贵州地方黄牛品种的遗传多样性。结果显示,关岭牛和思南牛之间遗传距离最小,黎平牛和思南牛之间遗传距离最大;贵州4个地方黄牛品种两两间基因型一致的概率在关岭牛和思南牛之间的概率最大(2.892×10-23),在黎平牛和思南牛之间的概率最小(1.001×10~(-24));贵州地方黄牛品种71.3%的遗传分化发生在品种间,28.7%的遗传变异发生在品种内。贵州地方黄牛品种遗传多样性程度较高,开展品种选育的选择潜力较大。 相似文献
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为研究CIS基因启动子区SNP与黄牛生长相关性状关联性,选择106头威宁黄牛作为研究对象,利用PCR-SSCP分析CIS基因启动子区SNP与不同个体生长相关性状的相关性。结果表明:A-726G位点在威宁黄牛中有不同分型,母畜群体中,该SNP位点与体直长、胸围、胸宽、腰高、坐骨端宽有显著关联(P0.05),其中对胸宽的影响达到极显著水平(P0.01),AA型个体多项性状均值均最高;在公畜群体中,A-726G位点与胸宽有显著关联,A-726G可能作为影响黄牛生长性状的重要功能性SNP,研究结果为进一步阐明CIS基因功能奠定试验基础。 相似文献
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[目的]研究中国黄牛Y染色体STRs的遗传多样性及父系起源。[方法]利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,选择2个牛Y-STRs位点INRA189和BM861,分析16个中国地方黄牛品种284头公牛与4头缅甸黄牛公牛的Y染色体遗传多样性。[结果]在中国16个黄牛品种中,2个Y-STR位点可以区分中国黄牛中的普通牛和瘤牛类型,表明中国黄牛有普通牛和瘤牛两种父系起源。4头缅甸黄牛均为瘤牛类型。在中国16个黄牛品种中,普通牛和瘤牛分布频率分别为57.0%和43.0%,其中普通牛频率在北方黄牛中占优势(98.3%),瘤牛频率在南方黄牛中占优势(76.1%),中原黄牛中普通牛频率较高为63.8%,瘤牛频率为36.2%。[结论]中国黄牛存在普通牛和瘤牛两种父系起源;普通牛频率自北向南逐渐减少,瘤牛频率自北向南逐渐增加,中原地区为普通牛和瘤牛的交汇处。 相似文献
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[目的]脂肪酸合成酶(Fatty acid synthase,FASN)是影响哺乳动物脂肪酸合成的关键酶,但有关水牛FASN基因的群体遗传组成特征还不清楚。[方法]本研究采用PCR产物直接测序法和PCR-SSCP方法对88头河流型和122头沼泽型水牛、54头牦牛和40头大额牛FASN基因外显子37进行群体变异检测,并结合已发表的牛科物种序列进行生物信息学分析。[结果]结果表明,仅在水牛中发现2个SNP位点,为c.6363CT和c.6372CT,均为同义替换。河流型和沼泽型水牛共享这2个SNP位点,但它们在两类水牛中的群体遗传组成不同。确定水牛特有的核苷酸位点3个,即c.6183A,c.6255T和c.6394A,其中c.6394A导致水牛FASN蛋白第2132位氨基酸与其它牛科物种不同,在水牛中为M而其它牛科物种中为V;山羊特有的位点2个,为c.6189A和c.6267T。普通牛、山羊和绵羊中具有异义替换SNP位点,分别为1个、3个和7个。普通牛的异义替换SNP位点c.6365GA对蛋白质功能影响不显著(subPSEC-3);山羊的这些异义替换SNP位点c.6296TC、c.6301CT和c.6341TC对其蛋白质功能影响均有显著影响(subPSEC-3);绵羊7个异义替换SNP位点中的2个,即c.6286AC和c.6406AG对FASN功能有显著影响(subPSEC-3)。[结论]这些核苷酸差异引起的氨基酸差异可能引起不同牛科物种间FASN功能的差异。 相似文献
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《贵州畜牧兽医》1984,(3)
思南黄牛,素以短小精干,体质结实,肢蹄强健,行动灵活,善于登山,耐劳、耐旱、抗湿及耐粗饲等特性著称。是群众喜爱乐于饲养的地方牛种。产区概况:思南黄牛主产于贵州省思南、石阡、沿河、务川、德江、道真及正安等七县。按牛的体质外貌和历史流向,本品种分布于省内绥阳、湄潭、风岗、余庆、遵义、瓮安、玉屏、铜仁、印江、江口、松桃及万山等十二县和特区;湖南湘西的部分县和四川省涪陵县接近贵州省边境的黄牛,也多属此品种。在我省分布的县区,一九八一年共有黄牛六十余万头,占全省黄牛总数的百分之二十四点七。产区内思南、沿河、正安等十一个县,是全国商品牛生产基地县。产区内部分草场较宽的山区,一九八一年有一户养牛4—5头的兴旺 相似文献
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为了筛选华西牛和雪龙黑牛背最长肌重量相关的遗传标记和候选基因,试验以1 478头华西牛和452头雪龙黑牛为研究对象,对其背最长肌重量性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS),即测定其屠宰后背最长肌重量表型数据,利用Illumina Bovine-HD(770K)芯片对其基因组进行基因分型,采用FarmCPU模型和GEMMA模型对质控后的芯片数据进行GWAS,挖掘与华西牛和雪龙黑牛背最长肌重量显著相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点和候选基因。结果表明：华西牛与雪龙黑牛群体背最长肌重量表型性状均符合正态分布,且二者芯片数据经过质控后分别得到607 198,511 320个SNP位点,这些SNP位点在二者各个染色体上的分布比较均匀;利用FarmCPU模型在华西牛与雪龙黑牛群体分别检测到12个和9个与其背最长肌重量显著相关的SNP位点,且华西牛群体的显著SNP位点分别位于1,5,7,11,12,13,15,16,22,23号染色体上,鉴定到KCNAB1、PFN2、RNF13... 相似文献
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《中国畜牧杂志》2018,(12)
为揭示乙醛脱氢酶1A1(ALDH1A1)基因多态性对延黄牛体尺和肉质性状的影响,实验以ALDH1A1基因作为体尺和肉质性状的候选基因,以16月龄的99头延黄牛母牛为研究对象,采用PCR扩增产物Sanger直接测序的方法对延黄牛ALDH1A1基因13个外显子的单核苷酸多态性(SNP)进行研究,利用SSPS19.0软件分析ALDH1A1基因SNP位点与体尺和肉质性状的关联性。结果表明:在延黄牛ALDH1A1基因第4外显子处检测到T/G突变,且引起编码氨基酸的改变;经卡方适合性检验,该SNP位点在延黄牛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,但T/G突变位点的杂合度(He)相对较低,在延黄牛群体中的变异较小,属于低度多态(PIC0.25),仅能提供少量遗传信息;关联分析结果表明,ALDH1A1基因第4外显子不同基因型与延黄牛体尺性状中的十字部高、胸围、腹围和管围存在显著相关(P0.05),与肉质性状中的背膘厚存在显著相关(P0.05),与肌内脂肪具有一定的相关性(P0.05)。综上所述,ALDH1A1基因外显子在延黄牛中存在多态性,且与延黄牛体尺和部分肉质性状存在显著性差异,能否作为延黄牛肉质和体尺性状的遗传标记有待于扩大样本数量进一步验证。 相似文献
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试验旨在研究乙醛脱氢酶1A1（acetaldehyde dehydrogenase 1A1，ALDH1A1）基因内含子4多态性及其对延黄牛肉用性状的影响。选取99头18月龄延黄牛母牛，采用PCR扩增产物Sanger直接测序法测定99头延黄牛ALDH1A1基因内含子4的单核苷酸多态性（SNP），运用SPSS 19.0软件分析ALDH1A1基因内含子4 SNP与延黄牛肉用性状（体高、体斜长、十字部高、胸围、腹围、管围、体重、背膘厚、眼肌面积和肌内脂肪）的关联性。结果显示，延黄牛ALDH1A1基因内含子4存在C/T突变位点，共发现3种基因型：TT、TC和CC，2种等位基因：T和C，其中TC为优势等位基因型，C为优势等位基因。卡方适合性检验结果发现，该SNP在延黄牛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。群体遗传参数分析发现，该突变位点的杂合度（He）相对较低，表明其在延黄牛群体中的变异较小，该位点属于中度多态（0.250.05）。结果表明，ALDH1A1基因内含子4在延黄牛中存在突变，能否作为延黄牛肉用性状的遗传标记有待于扩大样本数量进一步研究。 相似文献
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喻强 《畜牧兽医科技信息》2008,(1):94
思南黄牛,素以短小精悍,体质结实,肢蹄强健,行动灵活善于登山;耐劳、耐旱、抗湿及耐粗饲等特性显著.是群众喜爱乐于饲养的地方牛种,思南牛是一个适宜山区耕作和放牧,有较好的挽力和产肉性能,数量多、商品率高的地方品种,但目前存在母牛繁殖率低,体重增长较慢等问题,只有今后加强品种选育,进行重点改良后,思南黄牛的品质和生产性能将有所提高. 相似文献
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青海本地黄牛及引进良种牛β-Lg多态性的研究 总被引：6，自引：3，他引：3
采用醋酸纤维素薄膜和聚丙烯酰胺凝胶圆盘电泳法对364头青海本地黄牛和924头引进良种牛的乳样进行β-乳球蛋白分型。结果发现:①青海本地黄牛和引进良种牛的β-Lg位点均有β-LgA和β-LgB两种变异体,组成β-LgAA、β-LgAB和β-LgBB三种基因型。②青海本地黄牛的β-LgA基因频率和基因杂合度低,而引进良种牛的β-LgA基因频率和基因杂合度均高。③柴达木黄牛β-Lg位点的多态性特征与青海其它黄牛相似。 相似文献
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本研究采用PCR方法扩增牛过氧化物酶增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptors,PPAR-α)基因的内含子3,获得589 bp的片段,利用DNA测序技术发现1个新SNP位点,即44087(G/A);同时利用PCR-RFLP技术对这该SNP位点进行基因型分型,分别分析了771头中国荷斯坦牛、136头鲁西黄牛和37头渤海黑牛PPAR-α基因该位点的多态性。结果表明,在这3个群体中PPAR-α基因44087(G/A)位点普遍表现为GG基因型频率最高,优势等位基因为G;χ2适合性检验结果表明,该位点在中国荷斯坦牛和鲁西黄牛群体中都未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05),在这个基因座位上均有丰富的多态信息含量。对中国荷斯坦奶牛44087(G/A)位点不同基因型与SCS、产奶性能及耐热性能进行最小二乘均值显著性检验结果表明,在PPAR-α基因该位点GA基因型是优良基因型,其个体的SCS值显著低于GG基因型(P<0.05),并且GA基因型乳蛋白率显著高于GG基因型(P<0.05),在炎热环境中产奶下降率显著低于GG基因型(P<0.05)。由此分析GA基因型可能有利于提高中国荷斯坦奶牛的产奶性能。在人工选择的过程中,选择GA基因型的个体,可以降低热应激给奶牛带来的危害,同时又能够提高牛奶品质和产量。 相似文献
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张才骏 《青海畜牧兽医杂志》1987,(6)
本文论述了青海黄牛以及引进青海的良种牛的血红蛋白(Hb)多态性特征。试验采用醋酸纤维素薄膜电泳法对182头青海黄牛、297头新疆褐牛、392头黑白花牛、41头西门塔尔牛和40头杂种牛的血样进行了Hb分型。结果表明:①青海黄牛和新疆褐牛的Hb多态性由Hb~A、Hb~B和Hb~C三个复等位基因组成,显现出HbAA、HbAB和HbAC三种基因型,其中Hb~A和HbAA分别为优势基因和优势基因型。这似是亚州东部黄牛Hb位点上多态现象的共同特征;②青海黑白花以及引入的西德和丹麦黑白花都只有一种Hb~A基因,显现出HbAA一种基因型;③青海西门塔尔牛的Hb多态性由等位基因Hb~A和Hb~B组成,显现出HbAA和HbAB两种基因型,其中Hb~A和HbAA分别为优势基因和优势基因型;④新疆褐牛犊牛的Hb~A基因频率低于成年牛以及青海西门塔尔牛的Hb~A基因频率较其它地区为低,提示高原低氧环境对个Hb型有选择作用。 相似文献