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DNA微阵列技术是近年来发展起来的一种功能基因组学研究技术。利用DNA微阵列技术,可以从基因组水平上鉴定出相关的功能基因及其表达调控网络,有助于阐明这些基因的生物学功能及其机理。结合文本挖掘的相关研究结果,探讨了DNA微阵列技术的原理和特点,数据的分析和解释,基因的聚类方法和基于文献的DNA微阵列分析。通过基于文献的微阵列分析方法,找出隐含的、具有语义关联的生物概念,并进行推理,发现隐性的新知识。具体阐述了基于统计、基于自然语言处理、基于关联规则挖掘,基于模式识别的4种分析方法。基于文本挖掘的DNA微阵列技术,有利于发现基因或蛋白质之间的相互作用关系,自动识别生物学名词,提高数据分析效率等。 相似文献
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采用CTAB法、SDS法、吸附柱法对辣椒及其制品中的基因组DNA进行提取,分别通过核酸蛋白测定仪、琼脂糖凝胶电泳、实时荧光PCR扩增检测。结果表明,CTAB法、SDS法、吸附柱法均能从鲜辣椒、干辣椒、油辣椒、辣椒酱中抽提得到DNA,从核酸蛋白测定仪检测得到的DNA提取物OD260/OD280值可看出,CTAB法和SDS法提取的DNA纯度较吸附柱法的低;DNA样品的琼脂糖凝胶电泳发现,各样品均无大范围明显拖尾,说明DNA提取完整度较好;实时荧光PCR检测分析3种提取方法的不同样品基因组DNA均出现PCR扩增曲线。经试验比较确定,提取方法的效率由高到低依次为吸附柱法>SDS法>CTAB法。可见,吸附柱法最适用于辣椒及其制品中核酸提取。 相似文献
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《江西农业学报》2022,(5)
为探究不同保存温度和反复冻融次数对鸭疫里默氏杆菌DNA的影响,研究了不同保存温度和反复冻融次数对不同浓度梯度组鸭疫里默氏杆菌DNA样品浓度及荧光定量Ct值的影响。根据OmpA基因保守序列设计了鸭疫里默氏杆菌荧光定量PCR特异性引物,产物大小为112 bp,退火温度为56℃。荧光定量循环阈值Ct值随DNA浓度的下降而升高。常温保存的DNA样品7 d后出现明显降解,保存温度为4、-20、-80℃时则对荧光定量PCR检测效率影响不大。较高浓度的A、B组DNA样品Ct值未受冻融次数的影响,而浓度较低的C、D组则在冻融21次后Ct值明显升高。研究建立了鸭疫里默氏杆菌荧光定量PCR鉴定方法,Ct值随DNA浓度的下降而升高,DNA样品应低于4℃保存,低浓度DNA应避免反复冻融。 相似文献
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为探究不同保存温度和反复冻融次数对鸭疫里默氏杆菌DNA的影响,研究了不同保存温度和反复冻融次数对不同浓度梯度组鸭疫里默氏杆菌DNA样品浓度及荧光定量Ct值的影响.根据OmpA基因保守序列设计了鸭疫里默氏杆菌荧光定量PCR特异性引物,产物大小为112 bp,退火温度为56℃.荧光定量循环阈值Ct值随DNA浓度的下降而升高.常温保存的DNA样品7 d后出现明显降解,保存温度为4、-20、-80℃时则对荧光定量PCR检测效率影响不大.较高浓度的A、B组DNA样品Ct值未受冻融次数的影响,而浓度较低的C、D组则在冻融21次后Ct值明显升高.研究建立了鸭疫里默氏杆菌荧光定量PCR鉴定方法,Ct值随DNA浓度的下降而升高,DNA样品应低于4℃保存,低浓度DNA应避免反复冻融. 相似文献
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基因芯片技术及其应用前景 总被引：5，自引：1，他引：5
基因芯片(DNA芯片，微阵列)是20世纪后期在杂交理论基础上发展起来的又一个分子生物学技术，将大量的核苷酸探针以点阵列方式排列于特定的固相支持物上，与放射性或荧光标记的样品靶DNA杂交，通过激光共聚焦等技术来分析靶DNA的存在和量的方法-基因芯片技术已基本实现了自动化，应用于功能基因研究．杂交测序、药物筛选诊断、基因表达、基因多态性和突变检测等，在生物学、医学、制药学、环境保护学和农林业等领域上都有极为广阔的应用前景。 相似文献
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[目的]采用实时荧光定量PCR技术比较手提方式和OMEGA微量土壤DNA提取试剂盒获得土壤中真菌DNA的差异。[方法]接种5个梯度稀释的辣椒疫霉菌（Phytophthora capsici）菌丝到灭菌土壤中,并设置不接种的样品为阴性对照。采用手提方式和OMEGA土壤微量DNA提取试剂盒分别提取制备的土壤样品,采用实时荧光定量PCR方法和辣椒疫霉菌的特异性引物对土壤样品中的辣椒疫霉菌进行定量,并对结果进行比较,分析两种方法的特点。[结果]手提方式和试剂盒方式获得的土壤真菌DNA受土壤中杂质的影响较小,并且均能获得适合实时荧光定量PCR技术的模板DNA。采用试剂盒方式获得的辣椒疫霉菌定量结果比手工提取方式获得的辣椒疫霉菌定量结果平均高2.78倍。[结论]采用OMEGA微量土壤DNA提取试剂盒方法获得的菌体基因组DNA的量较多,定量结果更精确;手提方法所需试剂均为常用生化试剂,方便获得且价格低廉。因此,两种方法各有优势,可以根据实际情况选择。 相似文献
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[目的]介绍一种适于拟南芥PCR检测的DNA快速提取方法。[方法]通过对常规DNA提取方法的改进,获得可以快速大批量地提取拟南芥DNA样品的方法,并以随机抽取的拟南芥转基因株系和突变株系为样品进行验证。[结果]经过琼脂糖凝胶电泳及紫外吸收检测,DNA样品完整且污染少,PCR扩增目的片段结果良好,适于作为PCR反应的模板。经过对随机抽取的拟南芥转基因株系和突变株系的PCR检测,阳性植株目的基因扩增条带清晰,无假阳性,试验结果理想。[结论]该方法适用于拟南芥DNA样品的快速提取、PCR检测及拟南芥突变体筛选工作。 相似文献
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梅花基因组AFLP银染反应体系的建立和优化 总被引：13，自引：7，他引：13
采用改进的SDS DNA提取方法从梅花的嫩叶和老叶中提取获得总DNA .所得DNA样品的OD2 6 0 OD2 80 值在1 7～ 1 9之间 ,琼脂糖凝胶上主带清晰、较少降解、样品纯度高、蛋白去除干净且得率高 .该体系对原提取程序作了多处简化 ,使操作简便、快捷、高效 ,适合于梅花DNA提取 ,所提取的DNA样品不含PCR反应抑制剂及其他酶反应抑制剂 ,可被限制性内切酶MseⅠ和EcoRⅠ完全酶切 ,适合AFLP PCR反应应用 ,得到清晰的指纹式样 . 相似文献
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[目的]制备出一套针对港口航道致病性细菌检测的基因芯片,为港口航道基因芯片检测技术的研究及应用打下基础.[方法]采用常规方法提取目标菌株基因组DNA,以16S rDNA通用引物和gyrB基因保守区引物进行PCR扩增,使用AlleleID 6.0和Array Designer 4.25对扩增获得的目的片段进行寡核苷酸探针设计,经PCR筛选验证,目标探针以氨基化修饰后通过芯片点样仪点制在醛基玻片上;优化芯片杂交固定条件,并用于港口航道的水样检测,以验证微阵列基因芯片的检测效果.[结果]优化后的芯片杂交固定条件为探针点样浓度10μmol/L、紫外交联时间2.0 h、杂交温度65℃,有效提高了基因芯片检测的灵敏度,与传统检测方法相比可实现快速、高通量、准确的目标.研制的微阵列基因芯片可特异性检测出港口航道中含有的霍乱弧菌(Vibrio cholerae)、阴沟肠杆菌(Emterobacter cloacae)、溶藻弧菌(V.alginolytivus)、哈氏弧菌(V.harveyi)、副溶血弧菌(V.parahemolyticus)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)和创伤弧菌(V.vulnificus)等7株致病性细菌,且均未出现非特异性杂交.[结论]针对港口航道致病性细菌建立的微阵列基因芯片检测技术具有特异性强、灵敏度高、快速便捷的特点,可用于港口航道及周边地区的海洋环境监测和海产品质量安全检测. 相似文献
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高通量基因芯片在压载水中检测致病菌的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
在口岸压载水检测中发现有多种食源性致病菌的存在,给公共卫生和口岸生态环境带来极大风险。目前对食源性致病菌的检测主要是通过细菌的培养及生化鉴定、荧光PCR等方法,但是不能同时检测多种致病菌。本研究针对一种能检测12种食源致病菌的芯片进行了应用研究,用参比菌株和实验室自分离的菌株检测该芯片的特异性,结果表明该芯片的特异性良好,在所检测的菌株之间无交叉反应。在DNA水平上可以检测到110~7 000 copy的DNA分子,在菌裂解液的水平上可以检测到104~105copy数目的菌体,样品添加实验证明1 cfu/m L的菌浓度就可以通过增菌后芯片检测到。该芯片可鉴别金黄色葡萄球菌、阪崎肠杆菌、肠出血性大肠杆菌O157∶H7、霍乱弧菌、志贺氏痢疾杆菌、空肠弯曲杆菌、单增李斯特菌、副溶血性弧菌、弯曲肠杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌、蜡样芽孢杆菌和产气荚膜杆菌等。研究证明该芯片的灵敏度比PCR水平略低,但是其具备高通量、快速、准确,简单易操作等优点,可以应用于口岸压载水中携带食源致病菌的快速检测。 相似文献
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借助纳米珠制作单分子DNA芯片 总被引：1，自引：1，他引：0
传统的单分子DNA芯片制作技术主要依靠稀溶液铺设,有很大的随机性,即有许多DNA分子重叠而无法观察,还有一部分基片上没有样品,造成浪费,为克服上述缺点,作者采用了一种新的单分子芯片铺设技术,纳米珠作为单分子DNA的连接载体,利用其空间位阻作用将DNA分子沉降到经过表面化学处理的基片表面,纳米珠的直径和DNA长度控制芯片上样点间距,去除纳米珠后,获得单分子DNA纳米阵列芯片。为单分子、高通量DNA芯片的制作做了新的探索。这个技术的完善将为今后单分子DNA研究开辟新的途径。 相似文献
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为筛选得到何首乌(Fallopia multiflora)种特异DNA探针,通过何首乌gDNA和其近缘植物毛脉蓼(F.multifora var.cillinerve)gDNA之间的的抑制消减杂交(Suppression subtraction hybridization,SSH)得到何首乌的差减片段,再将标记的差减片段和多物种gDNA阵列杂交筛选得到了4条何首乌DNA探针,探针通过反向斑点杂交检测,能很好地区分何首乌及其混伪品.获得的探针在中药鉴定基因芯片的制备及何首乌种质和生药鉴定方面具应用前景. 相似文献
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长期直接冻存猪肉样中基因组DNA提取方法的改进与PCR分析 总被引：4，自引：0，他引：4
以新鲜猪耳组织作为对照 ,比较了用经典方法从新鲜猪耳组织和长期直接冻存猪肉样中提取的DNA ,提出了从长期直接冻存肉样中提取高质量DNA的改进方法。结果表明 ,采用改进方法可得到大量的、较完整的基因组DNA ,即对于基因组DNA降解较严重的样品是行之有效的方法。对提取到的DNA进行扩增 ,并分析了影响PCR反应的因素。 相似文献
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为了解磁性纳米颗粒在DNA分离纯化中的应用，采用文献综述和归纳总结的方法，阐述了1997—2021年以铁氧化物为核心的磁性纳米材料的研究进展，同时比较了材料结构和表面相关活性官能团的修饰对DNA提取效率的影响。结果表明:1)应用磁性纳米颗粒的固相萃取有着安全无毒、操作简单、可重复使用、能够实现自动化与高通量操作等多种优势，提取DNA效率相比于商业化试剂盒也有优势。2)目前磁性纳米材料已有比较全面的研究。磁性纳米颗粒的尺寸、孔径大小、磁化强度及引入的活性官能团不同等性质均对DNA的提取效率有影响，改变这些性质研发新型且高效的功能化磁性纳米颗粒或改变磁性纳米材料的制备方法、所提取DNA的形态性质、溶液的pH或盐浓度等试验条件，以提高DNA与材料的解吸率，不断优化磁性分离过程，提高DNA分离效率和质量。3)发展高通量商业化的核酸提取程序，是磁性固相萃取可观的发展前景。4)磁性纳米颗粒除了在核酸提取中的应用，在其他生物医学应用中也有着广泛的研究。以上结果均表明磁性纳米材料有着极强的研究发展前景。 相似文献
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16S rRNA高通量测序技术筛选牦牛瘤胃细菌基因组DNA提取方法及菌群结构 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】确定理想的牦牛瘤胃细菌基因组DNA提取方法及初步分析牦牛瘤胃细菌的群体结构。【方法】采用物理法(珠磨法、反复冻融法)、化学法(CTAB、SDS)及酶解法(溶菌酶、蛋白酶K)三者与瘤胃细菌特点相结合的方法,组合生成9种不同方法,即方法 1(CTAB+SDS+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 2(CTAB+SDS+Lysozyme+反复冻融法)、方法 3(CTAB+SDS+Lysozyme+珠磨法)、方法 4(CTAB+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 5(CTAB+Lysozyme+反复冻融法)、方法 6(CTAB+Lysozyme+珠磨法)、方法 7(SDS+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 8(SDS+Lysozyme+反复冻融法)、方法 9(SDS+Lysozyme+珠磨法),同时以QIA amp DNA Stool Mini Kit(方法 10)为对照,以这10种方法来提取瘤胃微生物基因组DNA,并通过DNA浓度、纯度、DNA电泳图等基本性质及16S r RNA高通量测序结果对其进行分析比较,同时通过测序结果初步分析牦牛瘤胃细菌群体结构。【结果】不同DNA提取方法效率比对结果显示,同样的化学及生物酶裂解条件下,结合珠磨法及反复冻融法能够显著地增强细胞裂解效率,提高DNA产量。其中方法 3及方法 6提取的DNA具有较高的浓度及纯度,方法 7—10缺乏CTAB阳离子去污剂,提取的DNA量显著低于其他方法(P0.05),除方法 2和8所提取的样品经多次试验,PCR产物目的条带太弱或未检测到外,其余8种方法提取的样品PCR产物目的条带大小正确,浓度合适,符合高通量测序的要求。16S r RNA高通量测序共生成了191 349条原始数据,质控后得到有效序列171 231条。稀释性曲线分析表明,数据量合理并达到饱和,能够完整反映样品的菌群种类。OTU聚类数据统计、分类学和多样性指数分析显示方法 6和10包含的细菌较丰富。不同提取方法对革兰氏阳性菌提取效果比对结果表明方法 6裂解革兰氏阳性菌细胞壁的能力比其他方法相对较高。综上,方法 6(CTAB-Lysozyme-珠磨)提取的DNA产量、样品多样性指数及革兰氏阳性菌破壁能力均优于其他方法。菌群结构分析表明牦牛瘤胃细菌菌群结构包括21门、35纲、75科、112属,丰度较高的菌群依次是拟杆菌Bacteroidtes(64%)、厚壁菌Firmicutes(20%)、螺旋体Spirochaetae(2.3%)和变形菌Proteobacteri(1.8%),纤维杆菌Fibrobacter(1.7%)。牦牛瘤胃细菌群体结构与黄牛相比存在着一定的差异,这可能归因于饮食及环境的不同。【结论】利用16S r RNA高通量测序筛选出了牦牛瘤胃细菌基因组DNA理想提取方法,即方法 6(CTAB-Lysozyme-珠磨),并初步分析了牦牛瘤胃细菌群体结构,为研究牦牛瘤胃微生物群体特殊性及挖掘牦牛体内的基因资源奠定了基础。 相似文献
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为克服从小麦叶片提取DNA用于PCR受季节的限制以及氯仿不易购买等问题,研究以从叶片中提取的以及用氯仿从小麦籽粒中提取的DNA为对照,用无氯仿方法提取小麦籽粒中的DNA,并用多重PCR进行检测。结果表明,用无氯仿方法提取的DNA浓度比从叶片中提取的和用氯仿提取的DNA浓度要低,而且用无氯仿方法提取的DNA扩增效果稍差,但该问题可通过增加上样量或采用聚丙稀酰胺凝胶电泳等途径来解决。因此,无氯仿小麦籽粒DNA提取方法可在对DNA质量要求不高以及氯仿无法及时得到时使用。 相似文献