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从患病缢蛏（Sinvnovacula constricta）中分离到一株病原菌,暂命名为12#菌。对该菌株的16S rDNA的全序列进行PCR扩增并测序,然后用NCBIBLAST对测序结果进行比对。16S rDNA序列分析表明：12#菌与多株气单胞菌的16S rDNA的同源性均在95%以上。在细菌系统分类学中应归属于气单胞菌属。从构建的系统发育树中可以看出：12#菌与点状产气单胞菌（Aeromonas punctata）共同构成一个分支,且该菌株与点状产气单胞菌（Aeromonas punctata）的16S rDNA同源性达到99%以上,由此可以初步认为该菌为点状产气单胞菌（Aeromonas punctata）。 相似文献
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对分离自新疆棉花地土壤的一株拮抗放线菌菌株111A202进行了形态特征、培养特征、生理生化特征、细胞壁组分分析及16S rDNA序列分析。结果表明该菌基内菌丝无横隔、不断裂, 气生菌丝分枝、孢子丝波曲,孢子椭圆形,表面光滑。细胞壁化学组分Ⅰ型。以16S rDNA序列为基础构建了包括7株相关种属菌在内的系统发育树, 111A202与变铅青链霉菌(Streptomyces lividans)、微白黄链霉菌(S. albidoflavus)的16S rDNA序列的相似性达到99.5%和99.6%。根据以上多相分类结果,放线菌111A202的形态培养特征及其细胞组分与链霉菌一致,且与微白黄链霉菌近似性很高,因此,可以将放线菌111A202定名为微白黄链霉菌111A202(S. albidoflavus 111A202)。 相似文献
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非培养方法解析烟草根部内生细菌的群落结构 总被引：2，自引：0，他引：2
为了解烟草根部内生细菌多样性,采用改进的CTAB法提取烟草根部总DNA,利用细菌16 S rDNA基因通用引物对烟草根总DNA进行16 S rDNA扩增,构建烟草根部内生细菌16 S rDNA克隆文库;挑取具有不同酶切谱型的克隆进行测序、比对并构建16 S rDNA基因系统发育树。构建的烟草根部内生细菌16 S rDNA克隆文库中,155个克隆分属于36个不同的分类单元,Blast结果表明,大部分克隆与已知细菌的16 S rDNA序列相似性较高,分别属于变形菌门(Proteobacteria)的Alpha、Gamma、Beta亚群,放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),厚壁菌门(Fir-micutes)中的肠杆菌属(Enterobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、寡养食单胞菌属(Stenotrophomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、嗜甲基菌属(Methylobacillus)、食酸菌属(Acidovorax)、芽孢杆菌属(Bacillus)等16个属,其中13.5%的克隆序列与非可培养细菌(Uncultured bacteria)的相似性在93%～99%之间,假单胞菌属细菌是烟草根部内生细菌的优势种群。这些研究结果说明烟草根部存在较为丰富的内生细菌系统发育多样性,并且潜藏着未知的内生细菌资源。 相似文献
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柑橘皮内生细菌分离及柑橘青霉病菌拮抗菌筛选研究 总被引：1，自引：1，他引：0
柑橘青霉病是柑橘贮藏期的主要病害,为利用拮抗内生菌进行生物防治,本研究选取3个品种柑橘的橘皮,采用研磨液培养法分离纯化得到26株内生细菌。通过对峙培养法,发现5株内生细菌对柑橘青霉病菌有明显拮抗作用,占菌株总数的19.2%。对这5株细菌进行初步鉴定,分属于气芽孢杆菌属（Aerobacillus sp.）、芽孢杆菌属（Bacillus sp.）、气单胞菌属（Aeromonas spp.）、假单胞杆菌属（Pseudomonas spp.）和黄单胞杆菌属（Xanthomonas spp.）5个属。不同的柑橘品种橘皮内的内生拮抗细菌的出现频次不同。抑菌结果表明,培养3天时,H-3抑菌圈直径最大,达到了15.3 mm,H-18抑菌圈最小,只有5.6mm;4天时,各抑菌圈直径均有缩小,但缩小幅度不大;5天时H-3拮抗作用仍十分明显,抑菌圈直径为10.3 mm。根据H-3的菌体形态特征、生理生化测定及其16S rDNA序列分析,鉴定该菌为枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）,该菌的发现对柑橘青霉病的生物防治有较好的应用价值。 相似文献
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南美白对虾养殖系统中弧菌为主的致病菌群的分子比较 总被引：3，自引：0，他引：3
弧菌是最常见、最重要的细菌性病原菌,采用16 S rDNA克隆文库法对南美白对虾(Litopenaeus vannarnei)养殖系统中水体和底泥的弧菌为主的致病群落的组成进行分析研究。从水体和底泥16 S rDNA克隆文库中各随机挑选55个克隆子进行测序(约114 bp),对测序结果进行了BLAST比对。结果表明:水体样品有16个OTU,主要Vibrio(弧菌,33.3%)、Chloroflexi(绿屈挠菌,18.5%)和Pantoea(泛菌属菌,7.41%);底泥样品有14个OTU,主要是Vibrio(弧菌,50.0%)和Chloroflexi(绿屈挠菌,13.6%);2个文库比较来看,proteobacterium(变形细菌)仅在水体样品中,Aeromonas(气单胞菌)仅在底泥样品中。用MEGA 4从测序的克隆子中选出30个OTU进行系统发育分析。 相似文献
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为了探究福寿螺消化纤维素的生理机制,本研究采用PCR-DGGE技术分析了福寿螺胃肠内容物的菌群结构。无菌条件下采集福寿螺胃、肠内容物,提取细菌总DNA;以通用引物扩增细菌16S rDNA V3区;DGGE电泳,回收、克隆、测定DGGE优势条带。结果表明,雌雄福寿螺胃肠菌群结构相同,均为22种细菌;10个明显条带的序列分别与气单胞菌属（Aeromonas sp）、希瓦氏菌属（Shewanella sp）、粘质沙雷菌（Serratia marcescens）、肠杆菌属（Enterobacter）、铁单胞菌属（Ferrimonas sp）和5个不可培养的细菌的16S rDNA V3区序列高度相似。分离到2株细菌,其中1株为腐败希瓦氏菌。 相似文献
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含羞草、山蚂蟥等几种豆科植物根瘤菌的数值分类及16S rDNA PCR-RFLP分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为揭示云南省豆科植物根瘤菌的资源多样性,采用数值分类、16S rDNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析技术对云南省8个地区含羞草、山蚂蝗等几种不同豆科植物分离的48株根瘤菌菌株进行了遗传和表型多样性研究。16S rDNA PCR产物经HinfⅠ、MspⅠ、RsaⅠ和HaeⅢ4种内切酶消化后产生22种遗传图谱类型;数据经MVSP3.0软件聚类后,所有供试菌株在70%的相似性水平上分为4个分支,经16S rDNA全序列分析,确定分支Ⅰ为伯克霍尔德属(Burkholderia)类群,含1株菌株;分支Ⅱ为贪铜菌属(Cupriavidus)类群,含5株菌株;分支Ⅳ为根瘤菌属(Rhizobium)类群,包括29株菌株;而分支Ⅲ没有和参比菌株聚在一起,经测序为狭长平胞属(Stenotrophomonas)类群。通过对菌株的抗生素抗性、耐盐性、生长温度范围、BTB产酸产碱反应以及对3-酮基乳糖利用情况共计28个表型性状测定,结果显示所有菌株耐盐性较强,多数菌株可耐受60℃的高温。实验表明,分离自云南省的这些菌株具有丰富的遗传和表型多样性。 相似文献
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