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为了探究SSR标记对凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体遗传结构的影响,为凡纳滨对虾种质资源的遗传改良提供基础信息。实验利用MISA软件对凡纳滨对虾全基因组SSR位点进行搜索,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳获得多态性高的SSR标记,基于POPGENE 1.32、PIC-CALC和Mega 6.0软件分析6个不同来源的凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体结构特征。在凡纳滨对虾全基因组数据中共鉴定出10 453 975个微卫星,约占基因组序列总长度的18.56%,其中,二碱基微卫星最丰富,占总数的82.15%。利用具有多态性的14个SSR标记分析3个国内群体[桂海1号(CG)、海兴农2号(CH)和山东养殖群体(CT)],及3个国外群体[厄瓜多尔1号(FO)、厄瓜多尔2号(FT)和墨西哥群体(FM)]的遗传特征。结果显示,14个SSR标记在6个群体中共检测到208个等位基因变异,等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态性信息含量的范围分别为6～25、0.112～0.994、0.234～0.925和0.226～0.918;遗传多样性丰富程度为CH>FO>FM>CT>FT>... 相似文献
3.
为了在遗传分析研究中提高效率并节约成本,本研究从已报道的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)微卫星位点中选取多态性较高的位点,基于各位点的扩增片段大小及退火温度等因素进行微卫星位点的组合.通过不断优化位点组合、反应体系及反应程序,成功建立了1个五重、2个四重和1个三重PCR反应体系,并将其应用于11个凡纳滨对虾家系的亲权鉴定.结果显示,四组多重PCR体系中的16个微卫星位点在11个凡纳滨对虾家系中的平均等位基因数(Na)为6,平均多态信息含量(PIC)为0.5813,平均观测杂合度(Ho)为0.513,平均期望杂合度(He)为0.636.利用Cervus3.0软件,对已知系谱关系的11个凡纳滨对虾家系进行亲权分析,其第一亲本累积排除率(CE-1P)、第二亲本累积排除率(CE-2P)和双亲累积排除率(CE-PP)分别为0.99525487、0.99990862和0.99999986.进一步分析表明,当同时使用四组多重PCR体系进行亲权分析时,其模拟配对率和亲权鉴定准确率均为100％,全同胞和半同胞家系鉴别效果良好,表现出准确的鉴别能力.本研究所建立的四组凡纳滨对虾微卫星多重PCR体系均可为后续的凡纳滨对虾遗传多样性分析和亲权鉴定提供高效、准确的检测手段. 相似文献
4.
《淡水渔业》2021,51(4)
本研究利用10个微卫星标记对广东和台湾红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)养殖群体进行遗传多样性分析,并对2个红螯螯虾群体的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)等进行计算。结果显示:在2个红螯螯虾群体中共检测到83个等位基因,广东群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.619、0.438、0.505,台湾群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.829、0.492、0.592。广东群体和台湾群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.465和0.538。红螯螯虾2群体的Shannon指数(H)均大于1,群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.0969。研究结果表明:红螯螯虾广东和台湾养殖群体的遗传多样性较丰富,且2个群体的遗传分化较大,通过群体间的杂交可有效避免近亲繁殖。 相似文献
5.
为明晰中国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)引进群体子一代的遗传多样性特征,于广东的3个对虾主产区采集7个养殖群体的种苗样品,其均为国外引进亲虾繁育的子一代。将之分别命名为TH-A1、TH-A2、THB、US-C1、US-C2、US-C3和US-C4,以微卫星标记检测其遗传多样性。结果显示,7个群体在12个位点呈现不同程度的多态性,其平均等位基因数(Na)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)分别为3.333～6.167、0.477～0.670、0.370～0.505和0.414～0.623;44个群体位点显著偏离哈迪-温伯格平衡,和文章中He大于Ho的结果对应。聚类分析显示7个群体共分为3支,其中TH-A1为一支,US-C1、US-C2和TH-A2为一支,其余的聚为一支。结果表明此次采集的养殖群体种苗样品存在一定的遗传差异。该结果可为后续挖掘种苗遗传背景与其养殖性能的关联性提供参考。 相似文献
6.
《渔业科学进展》2016,(3)
为了在遗传分析研究中提高效率并节约成本,本研究从已报道的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)微卫星位点中选取多态性较高的位点,基于各位点的扩增片段大小及退火温度等因素进行微卫星位点的组合。通过不断优化位点组合、反应体系及反应程序,成功建立了1个五重、2个四重和1个三重PCR反应体系,并将其应用于11个凡纳滨对虾家系的亲权鉴定。结果显示,四组多重PCR体系中的16个微卫星位点在11个凡纳滨对虾家系中的平均等位基因数(Na)为6,平均多态信息含量(PIC)为0.5813,平均观测杂合度(Ho)为0.513,平均期望杂合度(He)为0.636。利用Cervus3.0软件,对已知系谱关系的11个凡纳滨对虾家系进行亲权分析,其第一亲本累积排除率(CE-1P)、第二亲本累积排除率(CE-2P)和双亲累积排除率(CE-PP)分别为0.99525487、0.99990862和0.99999986。进一步分析表明,当同时使用四组多重PCR体系进行亲权分析时,其模拟配对率和亲权鉴定准确率均为100%,全同胞和半同胞家系鉴别效果良好,表现出准确的鉴别能力。本研究所建立的四组凡纳滨对虾微卫星多重PCR体系均可为后续的凡纳滨对虾遗传多样性分析和亲权鉴定提供高效、准确的检测手段。 相似文献
7.
本研究选取了来自国内6个不同育苗场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)群体,对8个SSR位点的基因型信息进行分析。结果显示,观察等位基因数(Na)平均值为3.67~9.33,有效等位基因数(Ne)平均值为2.20~5.67,观察杂合度(Ho)平均值为0.12~0.71,期望杂合度(He)平均值为0.41~0.81,多态性信息含量(PIC)平均值为0.36~0.76。聚类分析结果显示,来自于同一个育苗场的对虾聚在一个分支。不同品牌来源的对虾分别聚在几个不同分支。6个群体间的遗传一致度为0.4229~0.8265,遗传距离为0.1905~0.8607。遗传分化系数(FST)是0.1837,群体内近交系数(FIS)是0.2514,Ho相似文献
8.
随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。 相似文献
9.
凡纳滨对虾引进群体和2个养殖群体遗传变异的微卫星分析 总被引：4，自引：1，他引：3
利用8个微卫星标记对引进的SPF凡纳滨对虾G0和两个养殖群体(G1,G2)进行遗传多样性分析。8个座位共获得64个等位基因,位点的等位基因数在5~l3之间。多态信息含量PIC在0.405 2~0.869 3之间,其中有6个位点为高度多态位点,适合于多态性分析。8个座位丢失的和新产生的等位基因共30个,占总数的47%。3个群体的平均观测杂合度分别为0.193 8、0.196 1、0.232 5,说明3个群体的遗传多样性较低。对近交系数Fis分析显示3个群体中存在近交,通过对哈迪温伯格平衡检验,显示所有座位均显著偏离平衡,存在杂合子缺失。通过配对Fst和Ne i遗传距离分析,显示3个群体之间有明显的遗传分化,说明种群结构发生了明显的遗传变异,变异可能来自于突变、随机漂变和选择的共同作用。实验结果能够很好地解释经过若干群体选育后,子代群体发生种质退化的现状,由此建议综合采用遗传育种的方法从引进的亲虾中筛选出性状优良稳定的仔虾作为虾苗。 相似文献
10.
为研究我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)商业苗种的遗传多样性特征,于河北、山东、广东、海南等地采集了6个有代表性的凡纳滨对虾品牌苗种,分别命名为黄骅R、东营M、广州P、广州Z、海南S和海南Z,以8个微卫星标记检测其遗传多样性。结果显示,6个品牌的凡纳滨对虾在8个位点呈现不同程度的多态性,其平均等位基因数(Na)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)分别为4.5~9.5、0.516~0.733、0.346~0.550和0.472~0.700,各品牌遗传多样性丰富程度从高到低分别为黄骅R>广州Z>广州P>海南Z>东营M>海南S。哈迪–温伯格平衡(HWE)检验显示,4.17% (2/48)的检测结果表现为显著的偏离(0.01相似文献
11.
选取连续3年选育的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)群体作为选育群体(SP),选育群体与引进的凡纳滨对虾群体的杂交F1代群体(HP),探究了这2个群体在低温条件下的生长性能及遗传多样性的差异.结果显示,在生长性能方面,HP群体与SP群体的平均体重分别为(13.18±3.65)g和(12.20±3.14)g,变异系数(CV)分别为27.69％和25.74％.HP群体的体重和其他可测量性状的平均值均大于SP群体.单因素方差分析(One-way ANOVA)表明,2个群体体重(BW)和第3腹节宽(TASW)存在极显著差异(P＜0.01).HP群体的特定增长率(SGR)和绝对增重率(AGR)分别为(5.09±0.61) ％/d和(0.26±0.60) g/d,SP群体的SGR和AGR分别为(4.94±0.57) ％/d和(0.24±0.63) g/d,HP群体的SGR和AGR均极显著高于SP群体(P＜0.01),表明HP群体相对于SP群体有着明显的生长优势.在遗传多样性方面,HP群体的平均等位基因数(Na=7.9)略高于SP群体(Na=7.6).HP群体和SP群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.63和0.62,均为高度多态.2个群体的平均观测杂合度(Ho)分别为0.492(HP群体)和0.483(SP群体),平均期望杂合度(He)分别为0.675(HP群体)和0.663(SP群体),HP群体的He和Ho均略高于SP群体,表明HP群体相比SP群体有着更加丰富的遗传多样性.遗传分化分析表明,2个群体间遗传分化指数(Fst)为0.1556,表明群体间遗传分化水平显著. 相似文献
12.
为了深入了解引进溪红点鲑种质遗传结构状况,本研究利用溪红点鲑转录组数据设计四核苷酸重复微卫星引物1 081对,选择其中200对进行引物合成,经过筛选鉴定共获得111个特异性好且扩增效率高的微卫星标记,用其中27个多态性标记比较分析了溪红点鲑引进群体和养殖群体的遗传多样性。结果显示,27个微卫星位点在2个群体中共检测到171个等位基因,多态性信息含量(PIC)为0.426 0～0.877 4,平均为0.673 1,其中23个位点高度多态(PIC≥0.5)。引进群体和养殖群体的平均等位基因数(Na)分别为5.555 6和4.444 4;平均有效等位基因数(Ne)分别为3.914 5和3.108 2;平均观测杂合度(Ho)分别为0.356 2和0.265 0;平均期望杂合度(He)分别为0.700 2和0.621 0;平均PIC分别为0.640 9和0.555 5。引进群体和养殖群体的遗传参数t检验结果显示,养殖群体的5项遗传多样性参数均显著或极显著低于引进群体,表明尽管溪红点鲑养殖群体的PIC仍处于高度多态水平(PIC≥0.5),但是经过多代群体自繁,已经出现等位基因严重富集的现象。经Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验显示,在引进群体和养殖群体中分别有8个和4个位点尚未偏离平衡,且多数位点表现为杂合子缺失。2个群体间具有高度遗传分化(Fst=0.164 2),遗传相似系数为0.582 2,遗传距离为0.540 9,表明引进和养殖溪红点鲑群体间存在显著遗传分化。 相似文献
13.
对凡纳滨对虾亲本和子一代进行线粒体控制区扩增,经测序共获得53个样本(亲虾15个,子一代38个)的线粒体D-loop区序列,长为530 bp,序列有24个变异位点,总变异为4.53%,1个插入和(或)缺失位点,共13种单倍型,13个单倍型T、C、A、G的平均含量分别为48.8%、10.6%、33.6%和7.0%,(A+T)%为82.4%,远大于(G+C)%的17.6%。亲本群体与子一代群体碱基含量相同,没有差异。凡纳滨对虾亲本15个个体有5个单倍型,单倍型多样性为0.695,核苷酸多样性为0.010 26,子一代单倍型多样性为0.772,核苷酸多样性为0.01038。凡纳滨对虾亲本群体与子一代群体的遗传距离为0.001,其中亲本群体内个体间的平均遗传距离为0.0145,子一代群体内平均遗传距离为0.0120。亲本和子一代间的遗传分化系数为-0.036 44,AMOVA分析显示,变异主要来自于群体内,亲本与子一代间无分化。 相似文献
14.
用微卫星标记分析不同形态变异类型日本囊对虾的遗传多样性 总被引：3，自引：1，他引：2
选用9个多态性微卫星分子标记,分析我国近海浙江舟山(ZS)、福建厦门(XM)、广东惠来(HLQ及HLB)、海南陵水(LS)及广西北海(BH)日本囊对虾6个群体2种形态变异类型群体间的遗传变异,探讨了日本囊对虾的种质资源状况。结果显示,9个位点在6个日本囊对虾群体中均为高度多态(PIC>0.5),共检测出235个等位基因;6个群体平均等位基因数在13.2～17.7;PIC平均值在0.851 2～0.903 5;平均观测杂合度(Ho)在0.729 6～0.788 9,平均期望杂合度(He)在0.880 5～0.925 1;表明群体遗传多样性水平较高。Hardy-Weinberg平衡检测显示,6个群体普遍存在杂合子缺失现象。分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异6.94%来自群体间,93.06%来自群体内。由ZS、XM和HLQ群体组成的形态变异类型Ⅰ与由HLB、LS和BH群体组成的形态变异类型Ⅱ之间的Fst均大于0.05,发生了中等程度的遗传分化;相同形态变异类型各群体间的Fst均小于0.05,遗传分化不明显。日本囊对虾群体间的遗传距离(DA)为0.178 5～0.621 8;UPGMA聚类分析表明,聚类关系符合距离隔离模式,BH群体和LS群体遗传距离最小,亲缘关系最近,它们首先聚在一起,然后与HLB群体聚为一支;XM群体和HLQ群体先聚在一起,再与ZS群体聚为另一支。 相似文献
15.
从广西地区引进5月龄和7月龄的凡纳滨对虾10000对,从中选出健康无病的成虾作为后备亲虾8000对,放入工厂化车间培育4个月,探索亲虾在北方地区越冬培育技术和性腺发育过程,分析理化因子对亲虾性腺发育的影响.此外,总结提出凡纳滨对虾幼体生产技术. 相似文献
16.
凡纳滨对虾野生群体F1与近交群体杂交和自交子代的抗逆、生长性状比较 总被引：1，自引：0，他引：1
为了探究野生群体的引入对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)近交群体子代性状的影响,利用源自厄瓜多尔海区的野生群体群选F_1(EC)与自建的全同胞兄妹近交群体(ZG)双列杂交,构建了EC♂×EC♀(EE)、ZG♂×ZG♀(GG)、EC♂×ZG♀(EG)、ZG♂×EC♀(GE) 4个子代群体,并对4个群体的仔虾进行了急性低盐度、亚硝酸盐暴露下的存活率和急性微囊藻毒素(MC-LR)暴露下的抗氧化酶活性分析,同时进行了养殖生长性状测试。结果显示:4个群体仔虾急性低盐度暴露下的存活率、急性MC-LR暴露下的抗逆性和生长性状都表现为EEGEEGGG,急性亚硝酸盐暴露下的存活率GEEEEGGG;杂交群体GE在急性低盐度、亚硝酸盐暴露和生长性状的杂种优势率分别为31.83%、77.01%和2.77%;而EG群体的杂种优势率分别为-19.21%、-8.01%和-8.14%,性状弱于双亲中值。4个群体的抗逆、生长性状总体表现为EEGEEGGG。研究发现:凡纳滨对虾杂交群体的性状以母本遗传占主导优势,近交群体的性状衰退可能是导致以其为母本的杂交子代性状退化的主因;凡纳滨对虾选育工作可能需要每年补充外源基础群体,才能保持选育群体的优势性状。 相似文献
17.
18.
西南大西洋阿根廷滑柔鱼遗传多样性的微卫星分析 总被引：1，自引：0，他引：1
西南大西洋阿根廷滑柔鱼(Illex argentinus)是重要的经济大洋性头足类,其种群结构较为复杂。本研究采用8个微卫星标记,对西南大西洋阿根廷滑柔鱼群体的遗传多样性进行了检测。8个基因座位上,共检测出172个等位基因,每个基因座位检测到10～30个等位基因不等。8个位点的平均观测等位基因数为21.500 0,平均有效等位基因数为12.074 1。各位点的观测杂合度(Ho)变化范围为0.300 0～0.775 0,期望杂合度(He)为0.484 2～0.977 0,平均观测杂合度为0.504 6,平均期望杂合度为0.873 4。8个微卫星位点的多态信息含量(PIC)平均值为0.853 6。以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡,发现8个基因座位均不符合Hardy-Weinberg平衡。Fst分析显示该群体无明显的遗传分化。研究结果揭示:西南大西洋阿根廷滑柔鱼种群显示了高水平的微卫星多态性,该海域阿根廷滑柔鱼群体的遗传多态性水平在经历了近十年的密集捕捞压力后没有明显的变化,同时证明微卫星分子标记是研究该物种自然种群的有利工具。 相似文献
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为了解引进群体与国内养殖凡纳滨对虾群体遗传多样性水平,提高我国凡纳滨对虾种质改良效果,应用AFLP标记技术对国外引进群体和国内养殖凡纳滨对虾群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对7个群体(4个引进群体,3个养殖群体)210个个体进行扩增,结果发现,7个群体在100~500 bp共检测到105个位点,其中多态性位点为90个,多态位点比例为85.71%。4个引进群体(KONABA、SISMAN、OI、CHAI)的多态性位点百分率分别为62.5%,57.29%,61.21%,61.46%;3个国内养殖群体(ZX、ZK、GDOU)的多态性位点百分率分别为65.63%,61.46%,54.17%。7个群体的平均期望杂合度为0.202,表明所检测的7个群体均具有较高的遗传多样性。AMOVA分析显示,51.79%的变异来源于群体间,群体的平均ΦST值为0.518,表明凡纳滨对虾群体内遗传多样性非常丰富,群体间相似性较大,且存在较强的基因交流。本研究可为我国凡纳滨对虾种质改良提供基础资料。 相似文献