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1.
对28只河南斗鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,并结合Gen Bank中其他品种中国斗鸡D-loop区序列,进行序列比对和进化分析。结果发现,河南斗鸡mt DNA D-loop区全长1232 bp,单倍型多样性(Hd)为(0.542±0.086),核苷酸多样性(Pi)为(0.00236±0.00083),共发现9处单核苷酸多态位点,3种单倍型。品种间进化分歧显示,河南斗鸡和西双版纳斗鸡遗传距离最近(0.0095),与漳州斗鸡遗传距离最远(0.0226)。系统发育分析发现,5个斗鸡品种可以分成A、B、C、D和E 5个分支。研究表明,河南斗鸡mt DNA D-loop区呈中度多态,有2个母系起源,本研究可以为河南斗鸡的遗传资源保护和选育提供一定参考。 相似文献
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【目的】研究苏尼特家养双峰驼的遗传多样性,以全面揭示中国双峰驼的起源进化,为科学保护和利用我国的双峰驼遗传资源奠定基础。【方法】采集15峰苏尼特家养双峰驼(10峰雄驼和5峰雌驼)的血样,提取其DNA,采用PCR方法扩增线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b (Cyt b)基因的全序列及D-loop的671 bp序列,进行遗传多样性分析,并结合GenBank中已有的双峰驼的mtDNA Cyt b基因序列和D-loop序列进行系统发育分析。【结果】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因中存在10个变异位点,共形成了7种单倍型,单倍型多样度为0.857±0.065,核苷酸多样度为0.001 94±0.002 70,平均核苷酸差异数为2.210;在D-loop的671 bp序列中,存在6个变异位点,共定义了6种单倍型,单倍型多样度为0.714±0.116,核苷酸多样度为0.002 53±0.002 75,平均核苷酸差异数为 1.695。基于Cyt b基因和D-loop序列进行的系统发育分析均显示,苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先。【结论】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因和D-loop序列遗传多态性均比较丰富;苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先;家养双峰驼内部存在着一定的遗传分化。 相似文献
3.
基于线粒体DNA D-loop 序列的五华三黄鸡遗传多样性及其品种起源研究 总被引：1，自引：0，他引：1
通过PCR产物直接测序法对五华三黄鸡保种群120个个体进行线粒体DNA(mt DNA)D-loop序列测定,研究该品种的遗传多样性和系统进化。结果显示,五华三黄鸡保留着较高水平的遗传多样性。mt DNA D-loop的C+G含量(42.5%)低于T+A含量(57.5%),核苷酸多样性和核苷酸差异均数分别为0.01298±0.00051和6.750。共检测到33个突变位点,均为转换突变,包括23个TC转换和10个AG转换,占分析位点的6.35%。定义了32种单倍型,其中独享型单倍型19个,单倍型多样性为0.913±0.012,遗传距离为0.013±0.003。单倍型类群主要分布在进化枝A、B、C和E,其中B为优势单倍型类群。系统进化分析和进化枝地理分布特征表明,五华三黄鸡有4个母系来源,可能受北方家鸡南迁的影响。 相似文献
4.
为分析淮北灰驴遗传多样性与母系起源,从大群中随机选择10匹淮北灰驴,对其mtDNA D-loop区部分序列进行测序,与GenBank已公布的一些驴品种的mtDNA D-loop区序列进行比对分析,并探讨淮北灰驴的遗传多样性与母系起源。结果显示,在获得的407 bp D-loop碱基序列中,共检测出28处变异位点,8处碱基对的转换以及1处颠换,其核苷酸多样性（Pi）为0.021 95,单倍型多样性（Hd）为0.778,平均核苷酸差异（K）为8.911,显示淮北灰驴较为丰富的遗传多样性。从D-loop区核苷酸序列的5种单倍型分析,发现淮北灰驴可能有2个母系起源,遗传距离表明,淮北灰驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。研究结果从分子水平上为淮北灰驴的遗传资源保护和开发利用提供了参考。 相似文献
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西畴乌骨鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析* 总被引：2，自引：0，他引：2
为了从母系遗传角度深入阐明西畴乌骨鸡的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了36只西畴乌骨鸡的线粒体DNA D-loop区第I高变区520 bp序列。结果表明：在所分析的西畴乌骨鸡D-loop区序列中,T,C,A和G平均含量分别为30.3%,29.7%,27.4%和12.6%;共检测到核苷酸变异位点26个,核苷酸多样度为0.01452±0.00098;D-loop区序列存在12种单倍型,单倍型多样度为0.884±0.027,表明西畴乌骨鸡遗传多样性较丰富。聚类分析显示西畴乌骨鸡聚为A,B两大支,其中,A世系分为3小支,B世系分为2小支,说明西畴乌骨鸡在母系血统上存在较大遗传分化。 相似文献
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为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列。结果表明：文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位点50个,核苷酸多样度为0.02416;D-loop区序列存在11种单倍型,单倍型多样度为0.822±0.061,表明云南文山黄牛品种的遗传多样性较丰富。聚类分析显示文山黄牛聚为两大支,一支与普通黄牛聚在一起,另一支与瘤牛聚在一起,说明云南文山黄牛同时含有普通黄牛和瘤牛的血统。 相似文献
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通过对云龙矮脚鸡线粒体DNA(mt DNA)D-loop区全序列的测序和比对,并结合Gen Bank已经测出D-loop区全序列的红色原鸡的序列,探讨云龙矮脚鸡的遗传多样性和母系起源。结果显示,云龙矮脚鸡mt DNA D-loop区全长1231~1232 bp,1231 bp单倍型在859 bp处存在C碱基缺失。在19只个体中,共发现25处单核苷酸多态位点,8种单倍型。系统发育分析发现,云龙矮脚鸡8种单倍型可以分为A、B、C和E 4个分支。A和B与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,推测这2个分支可能起源于云南、缅甸的附近地区的红色原鸡滇南亚种。E分支与红色原鸡(Gallus gallus murghi)聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支。D分支与4个原鸡亚种聚为一类,可能有多个母系起源。本研究从分子水平上为云龙矮脚鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。 相似文献
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为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列.结果表明:文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位点50个,核苷酸多样度为0.02416;D-loop区序列存在11种单倍型,单倍型多样度为0.822±0.061,表明云南文山黄牛品种的遗传多样性较丰富.聚类分析显示文山黄牛聚为两大支,一支与普通黄牛聚在一起,另一支与瘤牛聚在一起,说明云南文山黄牛同时含有普通黄牛和瘤牛的血统. 相似文献
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【目的】对蒙古马mtDNA D-loop区247bp序列进行遗传多样性分析,探讨蒙古马的起源。【方法】采用PCR方法、测序技术及生物信息学方法,将本试验所测得的21匹蒙古马的mtDNA D-loop区序列,与GenBank中公布的43条蒙古马的对应序列,及世界范围内家马、普氏野马和内蒙古地区古马的mtDNA D-loop区序列一起进行系统发育分析。【结果】蒙古马具有39种单倍型,37个多态位点,核苷酸多样度(π)为0.02756±0.00967,单倍型多样度(h)为0.979±0.007,表明蒙古马mtDNA遗传多样性非常丰富。引用世界家马、古马、普氏野马和蒙古马共1074条mtDNA D-loop序列及本研究中21条mtDNA D-loop序列,共同进行系统发育分析,结果显示,蒙古马分布于A、B、C、D、E和F支系。【结论】蒙古马为多重母系起源,且与国内古马的母系起源几乎一致,推测蒙古马可能是中国北方家马的重要母系来源。 相似文献
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宁强矮马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性 总被引：2，自引：1，他引：1
【目的】研究宁强矮马线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）D-loop区的遗传多样性及其母系起源进化,为其遗传资源保护提供理论数据。【方法】采用PCR和测序技术分析12匹宁强矮马mtDNA D-loop区的600 bp核酸序列,并基于mtDNA D-loop区序列将宁强矮马和NCBI公布的其它马种进行系统树构建。【结果】宁强矮马群体存在9种单倍型,检测到34处SNP位点,占所分析位点总数的5.67%,各单倍型间的遗传距离为0.002—0.035,单倍型多样性为0.978±0.054,核苷酸多性为0.01988±0.00818。聚类分析表明宁强矮马分布在4个支系中,与胡克尔马、设特兰马、德保马、蒙古马和车巨马亲缘关系较近,与纯血马、云南马和韩国济州岛本土马的亲缘关系较远。【结论】宁强矮马具有比较丰富的遗传多样性,在进化的历史过程中受到其它马种的影响较大。 相似文献
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【目的】定位并注释双峰驼主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)基因序列,为进一步研究双峰驼MHC基因提供科学依据。【方法】运用比较基因组学方法,提取人类MHC(HLA)基因编码序列和牛MHC(BoLA)基因编码序列并分别与双峰驼转录本进行blastn基因序列比对,识别出相似度较高的scaffolds,通过分析HLA、BoLA基因序列比对在这些scaffolds上的位置顺序,对多条scaffolds进行拼接,得到双峰驼MHC的Pseudo chromosome;再分别提取HLA、BoLA全基因组序列与双峰驼已拼接的scaffolds进行基因组共线性分析,利用lastz建立起的Pseudo chromosome与HLA、BoLA全基因组序列的线性关系判断筛选出的scaffolds是否准确;然后通过分析MHC基因在两物种间的线性关系,在双峰驼参考基因组中提取出MHC基因序列,并对这些序列进行基因注释;最后根据得到的双峰驼MHC基因绘制系统进化树,研究其基因间的进化关系。【结果】通过对HLA、BoLA基因编码序列与双峰驼转录本用blastn进行序列比对,识别出了相似度较高的3条scaffolds,即NW_011511766.1(全长4.1M)、NW_011515227.1(全长1.2M)和NW_011514613.1(全长15K),对其拼接得到双峰驼MHC的Pseudo chromosome;利用lastz共线性分析,识别出HLA基因序列和BoLA基因序列并比对出其在双峰驼MHC基因的共线性区域。该区域与拼接得到的Pseudo chromosome一致,证明筛选出的scaffolds是准确的。并且发现Class-Ⅰ类和Class-Ⅲ类基因集中分布在NW_011515227.1上,而Class-Ⅱ类基因集中分布在NW_011511766.1和NW_011514613.1上,进一步分析得知Class-Ⅱ类基因主要分布在NW_011511766.1的3.5—4.1M的位置;将存在共线性区域的序列提取出来,与比对到双峰驼上的MHC基因的编码序列进行blat分析,结果在双峰驼基因组中共识别出24个与牛BoLA基因高度相似的基因,其中Ⅰ类基因1个,Ⅱ类10个,Ⅲ类基因13个。对双峰驼这24个MHC基因进行信息注释并绘制系统进化树,结果显示注释的Class-Ⅰ类和Class-Ⅱ类基因在同一分支。【结论】通过比较基因组学方法定位并注释了双峰驼的MHC基因,将双峰驼MHC基因序列定位到了3条scaffolds上,找到并注释了24个MHC基因,绘制了双峰驼MHC的Pseudo chromosome,为进一步研究双峰驼MHC基因奠定了理论基础。 相似文献
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贵州山羊遗传多样性及其起源研究 总被引：4，自引：0，他引：4
采用DNA测序技术分析了贵州3个山羊品种42个个体的mtDNA D—loop全序列。结果表明，贵州山羊mtDNA D—loop全序列分子长为1212～1213bp，检测到67个变异位点，约占分析位点总数的5．53％，界定了33种单倍型。贵州山羊品种单倍型多样度为0．9615～0．9905，核苷酸多样度为1．5883％～1．9004％，表明贵州山羊品种遗传多样性丰富。根据mtDNA单倍型构建了贵州山羊的NJ分子系统树，聚类表明，贵州山羊存在支系A和支系B两大母系起源。 相似文献
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为研究河南省伏牛白山羊的遗传多样性和系统进化,试验测定了该品种8个个体的线粒体控制区全序列,结果表明,山羊控制区线粒体控制全序列长度为1212bp或1213bp,A T含量占60.1%,其中40个核苷酸位点存在变异(约占3.30%),核苷酸多样度为1.562%,这些差异共定义了7种单倍型,单倍型多样性为0.964,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据伏牛白山羊序列和GENBANK两条野山羊序列构建了NJ分子系统树,聚类表明,伏牛白山羊和角骨羊单独聚在一枝上,二者亲缘关系较近,伏牛白山羊可能起源于角骨羊。 相似文献
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目前家养骆驼在中国最早出自新疆轮台县群巴克墓地,年代在公元前800年左右,可确认最迟在西周晚期中国新疆北部地区已驯养有双峰驼。与中亚地区相比,中国相关考古材料年代明显偏晚,结合国内外已有的考古学证据和分子生物学研究成果,中国家养双峰驼的起源从境外传入的可能性较大。具体传入路线方面,新疆北部可能并非最初传入地点,相反内蒙古和甘青地区值得重点关注。 相似文献
16.
中国绵羊群体mtDNA D-Loop的遗传多样性分析 总被引：12，自引：5，他引：12
为了研究中国家养绵羊的起源和遗传多样性,通过对143只绵羊(9个群体)的线粒体DNA(mtDNA)D-环的部分序列进行PCR扩增,测序获得1个长度为723bp的序列(含5个75bp的重复单元),137个长度为648bp的序列(含4个75bp的重复单元)。5个长度为573bp的序列(含3个75bp的重复单元),因此认为含有4个重复单元是家养绵羊mtDNAD-环的特征,mtDNA序列长度的变异主要是由于重复区重复单元次数的不同造成。对137个含有4个重复单元的序列进行分析,发现157个变异位点,占研究位点的24.22%。A、T、G、C含量分别为35.67%、27.85%、13.84%和22.64%。137个序列共发现96个单倍型,单倍型比例为70.07%,说明中国家养绵羊具有丰富的mtDNAD-环序列多态性。96个单倍型序列的系统发育树呈现出3个明显的分支,网络分析也分为明显的三支,因此认为中国家养绵羊有3个母系起源。从Genebank获得的91个绵羊D-环序列和中国的96个绵羊D-环单倍型序列研究表明,摩佛伦(Mouflon)与单倍型B聚为一类,说明摩佛伦与中国家养绵羊具有很近的亲缘关系。没有发现羱羊(Ovisammonargali)、盘羊(O.vigneibochariensis)和东方盘羊(O.ammonnigrimontana)对中国和蒙古家养绵羊起源有贡献的证据。 相似文献
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涪陵水牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究 总被引：1，自引：1，他引：1
利用测序技术和生物信息学分析技术,对涪陵水牛27个个体的线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化进行分析,检测到16种单倍型,其核苷酸多态位点48个,约占所测核苷酸总长的5.24%,其中有43个转换,5个颠换。涪陵水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0196±0.0020,单倍型多样度(H)为0.9060±0.0460,表明涪陵水牛mtDNA遗传多样性丰富。根据单倍型构建了涪陵水牛的NJ分子系统树,发现存在沼泽型水牛支系A和B,表明涪陵水牛具有2个母系起源。 相似文献