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1.
为了探究冷刺激对民猪脂肪细胞代谢的影响,试验以体外培养的前脂肪细胞为试验材料,通过添加终浓度为1 000 nmol/L的肾上腺素模拟冷刺激环境,同时设置未添加肾上腺素的对照组,诱导分化7 d后收集细胞进行转录组测序(RNA-seq)分析,筛选出表达水平发生变化的差异基因,对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,最后通过qRT-PCR验证试验检测RNA-seq结果的准确性。结果表明：肾上腺素会改变脂肪细胞中基因的表达模式,引起128个基因显著上调,93个基因显著下调,其中游离脂肪酸受体4(FFAR4)基因上调倍数最大,为4.63倍。对差异表达基因进行GO功能注释,在分子功能注释分析中有8个条目显著富集,在生物过程注释分析中有128个条目显著富集,在细胞组分注释分析中无显著富集的条目。对差异基因进行KEGG信号通路富集分析,仅神经活性配体-受体相互作用通路被富集。说明肾上腺素可以改变脂肪细胞原有的代谢模式,与脂肪酸代谢和糖原合成等相关的基因发生了显著变化,同时细胞内外的信号转导也发生了改变。 相似文献
2.
为了探究与牛骨骼肌发育相关的共表达网络及核心转录本,挖掘牛骨骼肌在发育过程中的调控转录本,试验采用新的fastp+kallisto+Sleuth分析方法对牛骨骼肌转录组测序数据进行分析,通过转录组测序分析筛选出两组肌肉样本差异表达的RNA,对其进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析、WGCNA分析和GSEA富集分析。结果表明：转录组测序共鉴定出32 919个转录本,按照是否满足|lbFC|≥2、P<0.05的条件共筛选出457个差异表达转录本,其中上调转录本303个,下调转录本154个。457个差异表达转录本共涉及106个GO功能注释条目和14个KEGG信号通路,差异表达转录本主要富集在与细胞周期、细胞生长密切相关的基因功能注释和信号通路中。457个差异表达转录本被划分到显著相关的3个转录本模块,棕色模块有83个转录本,蓝色模块有93个转录本,绿色模块有111个转录本,并且筛选出10个核心转录本。核心转录本多数集中在细胞黏附分子、AMPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、肌动蛋白细胞骨架的调节等与细胞周期、细胞生长密切相关的通路中。说明牛骨骼肌发育受基因转录水平调控的影... 相似文献
3.
旨在基于RNA-Seq技术对塔里木马鹿毛色相关基因进行筛选及分析。采用Illumina Hi Seq TM2000测序平台对塔里木马鹿和天山马鹿的皮肤组织进行转录组测序,所得序列经质控、组装后比对到NR、Swiss-Prot、COG、KOG、KEGG、GO和Pfam数据库中注释,并对差异表达基因进行筛选、功能注释和富集分析。结果表明,测序获得25 038个有注释信息的Unigenes,比对分析显示,塔里木马鹿与天山马鹿有922个差异表达基因,其中上调表达基因495个,下调表达基因427个;GO功能富集分析结果显示,568个差异表达基因富集到61个GO条目上,分别参与了生物学过程、细胞组分及分子功能;KEGG代谢通路富集分析发现,在差异表达基因中富集最显著的代谢通路是ECM-受体相互作用。利用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）方法分析与塔里木马鹿毛色相关的7个候选基因的转录水平变化来验证转录组测序结果的准确性和可靠性,这些基因的表达趋势与转录组测序结果相一致。ECM-受体相互作用、蛋白质消化与吸收、PI3K-Akt信号通路及与黑色素合成相关的酪氨酸等通路可能与塔里木马鹿的毛色有关;候选基因MITF、Ggt1、VDR、PTPRF、CⅡTA、ARPC5L、POMC等可能在塔里木马鹿毛色形成过程中发挥重要作用。本研究结果为今后塔里木马鹿毛色相关基因的分子调控机制方面及挖掘潜在的新基因提供了丰富的试验数据。 相似文献
4.
旨在对美国短毛黑水貂快速生长过程中转录组差异表达进行分析。本试验将美国短毛黑水貂45、90日龄各3只健康公貂的胸肌组织作为试验材料,利用Illumina HiSeq~(TM)2500高通量测序平台建立转录组文库,对两个生长阶段差异显著性的基因进行GO功能富集和KEGG Pathway分析,寻找调控水貂快速生长期的相关候选基因和代谢通路,并利用qRT-PCR对转录组测序结果进行验证。结果表明,以P0.05,|log_2FC|1为条件筛选到279个显著差异基因,对这些差异基因进行GO和KEGG分析,筛选到与肌肉生长相关显著富集GO条目有66条、相关差异表达基因44个,其中上调20个,下调24个;与肌肉生长相关显著富集KEGG通路12条,如p53信号通路、PPAR信号通路、FOXO信号通路等。这些差异基因可能在水貂的快速生长过程中起到调控作用,可以作为后续研究水貂生长发育的候选基因。本研究结果为探究水貂生长发育调控机制及培育大体型水貂品种奠定基础。 相似文献
5.
《中国兽医学报》2015,(8)
18头肥育猪按饲粮均分为2组,添加红花籽油组和不添加油脂组(对照组)。试验期60d结束,全部屠宰,分别采集肝脏组织样品,进行高通量转录组测序,找出2处理组间的差异表达基因和差异代谢通路。利用Illumina HiSeqTM2500高通量RNA-seq测序技术对2组肥育猪肝脏RNA测序,使用TopHat2软件将测序得到的reads序列与猪(Sscrofa10.2)参考基因组序列比对,找出差异表达基因,在Nr、GO和KEGG数据库中进行功能注释、富集分析和聚类分析。结果显示,红花籽油组和对照组肝脏中差异表达基因共有1 114个,与对照组相比,红花籽油组表达上调的基因有579个,下调的基因有535个。GO功能分类注释到细胞组成、生物学过程和分子功能数据库中的差异表达基因分别有902,903,857个。注释到KEGG通路中差异表达基因414个,显著富集通路4个(P0.05)。 相似文献
6.
捻转血矛线虫阿苯达唑耐药株给药前后比较转录组学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探明捻转血矛线虫阿苯达唑耐药株给药前后在转录组水平上的差异,本研究采用Illumina Hiseq4000对给药前后的捻转血矛线虫进行转录组测序,筛选得到差异表达基因并通过GO和KEGG数据库对其进行功能注释及富集性分析,并利用荧光定量PCR验证部分差异表达基因。结果显示,共筛选获得851个显著差异表达基因,其中包括584个上调基因和267个下调基因。通过GO功能富集分析显示,有458、418和367个基因分别注释到生物学过程、分子功能和细胞组分三大类;对差异表达基因进行KEGG富集分析显示,有173个差异表达基因参与到75条KEGG通路中,显著富集在核糖体合成、细胞凋亡、过氧化物酶增殖体激活受体(PPAR)等信号通路。本试验初步筛选了阿苯达唑耐药株给药前后的差异表达基因,为深入探索捻转血矛线虫耐药性分子机制、筛选对耐药性检测的分子标记及耐药性早期鉴别诊断方法的建立提供重要数据。 相似文献
7.
【目的】研究不同氧浓度下猪睾丸间质细胞表达谱差异,筛选缺氧导致猪睾丸间质细胞损伤的关键基因。【方法】将猪睾丸间质细胞分为缺氧组(1%氧气,H24组)、正常组(15.75%氧气,N24组),每组3个重复,在相应条件下分别处理24 h,用CCK8法检测细胞存活率;利用转录组测序技术筛选出缺氧组和正常组睾丸间质细胞中的差异表达基因,利用DESeq 2.0软件进行差异表达基因分析,并对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选与氧含量相关的调控基因。【结果】缺氧刺激24 h后,与正常组相比,缺氧组猪睾丸间质细胞存活率极显著降低(P<0.01);转录组测序共获得1 654个差异表达基因,其中1 242个基因上调,412个基因下调。GO功能富集分析发现,共获得富集条目8条,其中生物过程1条,分子功能7条;KEGG通路富集分析发现,共获得10个显著富集的信号通路,包括HIF-1信号通路、JAK-STAT信号通路和糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。通过GO功能和KEGG通路富集分析共获得6个与缺氧应激相关的基因,分别为信号传导及转录激活蛋白5(signal transd... 相似文献
8.
《中国兽医学报》2019,(12):2458-2466
旨在通过对奶牛干奶期和泌乳初期肝脏组织进行转录组测序和生物信息学分析,探明其不同生理阶段的差异表达基因和差异代谢通路。选取305 d产奶量接近、干奶天数一致、怀孕天数接近的中国荷斯坦奶牛3头,分别在干奶期(产前50 d)和泌乳初期(产后15 d)活体采集肝脏组织,利用Illumina Hiseq~(TM)2500高通量RNA-seq测序技术对干奶期和泌乳初期肝脏RNA测序,使用TopHat2软件将测序得到的reads序列与牛(UMD3.1.66)参考基因组序列比对,在GO和KEGG数据库中进行聚类分析和富集分析。结果显示,泌乳初期和干奶期肝脏中差异表达基因共有409个,与干奶期相比,泌乳初期表达上调的基因有235个,下调的基因有174个。GO功能分类注释到生物学过程、细胞组成和分子功能数据库中的GO条目分别有63,41,15条。注释到KEGG的显著富集通路有21条(P0.05)。该研究结果为挖掘奶牛产奶性状的候选基因提供了技术依据。 相似文献
9.
为探明捻转血矛线虫阿苯达唑敏感株和耐药株在转录组水平的差异,挖掘耐药相关基因,本研究采用Illumina HiSeq 4000对敏感虫株和耐药虫株进行转录组测序,构建cDNA文库,通过质控后,对其进行生物信息学分析。结果显示:敏感和耐药虫株相比较共获得218个显著(P≤0.05)差异表达基因,对显著差异表达基因进行GO功能富集,有121、82和102个基因分别注释到生物学过程、细胞组分和分子功能三大类的206个GO terms上。KEGG数据库分析显示,有42个显著差异表达基因参与31条KEGG信号通路,显著富集在药物代谢-细胞色素P450、药物代谢-其他酶等通路。在敏感株和耐药株中,筛选出GST、CYPs和UGT等9个耐药相关基因,这些基因在捻转血矛线虫耐药中发挥重要的作用。本研究利用RNA-Seq预测出敏感虫株和耐药虫株差异表达基因在功能分类和代谢通路等方面的生物学特征,挖掘出耐药相关基因,进一步为捻转血矛线虫药物靶点预测及耐药性早期鉴别诊断的建立提供重要基础。 相似文献
10.
旨在通过转录组测序技术筛选出共轭亚油酸(conjugated linoleic acids,CLA)影响边鸡胸肌脂类代谢的相关基因,为日粮中CLA调控边鸡脂类代谢的作用机制提供理论依据。本试验选取90日龄健康边鸡180只,随机分为5组,每组3个重复,每组日粮中分别添加不同比例的CLA 0%(对照组)、0.5%、1.0%、1.5%和2.0%,预饲期1周,正饲期6周。饲养试验结束后采集胸肌组织进行转录组测序,使用DESeq2软件对测序数据进行差异表达分析,对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,筛选出与胸肌脂类代谢相关的差异表达基因,利用qPCR对差异表达基因进行验证。通过转录组测序数据分析,共筛选出1 229个差异表达基因,其中594个基因上调,635个基因下调。随机选取9个差异表达基因进行qPCR验证,其相对表达量变化趋势与测序结果一致。GO功能分析发现,差异表达基因主要集中在生物学过程中的细胞过程、单一生物过程、生物调节和代谢过程。KEGG通路富集分析发现,各试验组中差异表达基因显著富集在不同的信号通路中,主要富集在ECM-受体相互作用、黏着斑、吞噬体、细胞凋亡、肌动蛋白细胞骨架调节和细胞因子-细胞因子受体相互作用等通路中。通过GO和KEGG功能注释分析,共筛选出MCAT、APOA1、PTGDS、ALDH3A2、PLTP、FABP3、FOXO1、UCP3和FABP4等18个主要的参与脂类代谢相关的差异表达基因,可能在调控边鸡胸肌脂类代谢中发挥重要的作用。本研究通过转录组测序筛选出CLA影响边鸡胸肌脂类代谢过程中的主要调控基因,发现了日粮中CLA影响差异表达基因作用的主要生物学过程和信号通路,为今后研究CLA影响边鸡胸肌脂类代谢的分子作用机制奠定了基础。 相似文献
11.
甘肃岷县不同海拔栽培当归多糖含量比较研究 总被引：2，自引：0，他引：2
目的：对甘肃岷县不同海拔区域栽培当归多糖含量进行测定,探索当归多糖含量与栽培区域海拔之间的关系。方法：加热回流提取当归多糖,苯酚-浓硫酸法比色,在490 nm处以紫外分光光度法测定其吸光度,对照标准曲线计算样品多糖含量。结果：当归多糖在2 300-2 900 m区域内随海拔升高含量逐渐增高,在海拔2 900-3 100 m区域内随海拔升高含量逐渐下降,其中2 600-2 900 m海拔区域栽培当归样品多糖含量明显高于其他海拔区域当归多糖含量。结论：本研究探讨了当归多糖含量随栽培区域海拔的变化规律,对当归最适栽培区域的选择具有一定参考价值。 相似文献
12.
以小叶锦鸡儿(Caragana microphylla)为研究对象,利用ISSR分子标记技术,对不同海拔梯度下小叶锦鸡儿6个居群遗传多样性进行分析。研究发现,8条ISSR扩增引物得到142条清晰的DNA条带,其中多态性条带为126条,多态位点百分率为88.73%。用POPGENE软件计算不同海拔梯度下各居群间和居群内的遗传参数,结果表明,Nei’s基因多样性为0.292 9,香农信息指数为0.441 7,表明在物种水平上小叶锦鸡儿居群具有较高的遗传多样性;低海拔区域居群的所有遗传多样性高于高海拔区域居群,表明海拔高度增加阻碍了居群间的基因交流,导致小叶锦鸡儿居群遗传多样性水平降低。 相似文献
13.
高原低氧环境下大鼠AVP水平与高原习服试验研究 总被引：2，自引：0，他引：2
[目的]研究高原低氧环境下大鼠血浆精氨酸加压素(AVP)水平变化,探讨其与高原低氧习服的关系.[方法]将50只雄性SD大鼠随机分为5组,分别为24,48,72 h和1周、1个月组,即A、B、C、D、E组,同时设立对照组(西安地区,海拔5 m).试验组分别由西安用汽车运至试验地区,A组为耗时24h带到青海格尔木(海拔2 700m),B组为经过48 h带到西藏唐古拉(海拔5 000 m),C、D、E组分剐经72 h、1周和1个月均带到西藏那曲(海拔4 500 m)地区,并在不同时间点处死取材,应用放射免疫法检测血浆AVP的浓度,并与对照组比较.[结果]血浆AVP浓度在初入高原后呈上升趋势,随后下降,在48 h达到最低,后逐渐回升,至1周时已经接近对照组水平,1个月时达到最高水平.[结论]高原慢性低氧环境下,血浆AVP的浓度随着缺氧时间的延长而变化,这可能与机体缺氧程度及高原低氧习服过程有关. 相似文献
14.
[目的]通过改良草地生态环境的试验研究,旨在为合理、持续利用本地区草地提供理论依据。[方法]对云南中海拔地区的昆明小哨1996年建植的改良草地开展了除杂、补播、施维持肥料和放牧控制等方法。[结果]改良草地四年平均干物质产量5 368.84±624.25kg/hm2,载畜量为0.83hm2饲养1头西门塔尔牛;在全放牧条件下,西门塔尔牛的公母牛平均体重初生45.25kg,6月龄245.70kg,12月龄325.03kg,18月龄405.61kg,24月龄465.63kg,36月龄604.33kg,成年793.07kg。群体繁殖成活率85.19%。[结论]改良草地生态平衡可持续利用的关键在于每年施用维持肥料、适时除杂并补播和放牧控制。 相似文献
15.
以分布于祁连山东段的头花杜鹃(Rhododendron.Capitatum)、千里香杜鹃(R.thymifolium)、烈香杜鹃(R.anthopogonoides)和陇蜀杜鹃(R.przewalskii)为对象,研究了其株丛特征与海拔梯度间的关系。随着海拔升高,头花杜鹃、千里香杜鹃和烈香杜鹃的冠基呈降低趋势。随着海拔升高,头花杜鹃与千里香杜鹃的重要值增加,并显著大于其他物种。在海拔3 100m处,杜鹃灌丛群落物种组成和多样性均处于较高水平。随着海拔升高,杜鹃灌丛总盖度逐渐降低。千里香杜鹃的分盖度在海拔3050m较小。头花杜鹃的分盖度在各海拔梯度上均较大。头花杜鹃和千里香杜鹃的植株高度随着海拔升高而逐渐降低。 相似文献
16.
[目的]品种和海拔是影响燕麦草产量和品质的重要因素,高产品种可以提高干草产量20%以上,而且茎叶比也不同,产量越高,叶量越丰富,其干草产量和品质均高。所以,不断进行品种比较试验,引进新品种,对燕麦草生产的效益影响重大。[方法]试验研究了不同品种的燕麦在不同海拔地区的产量及品质的差异。[结果]经研究,青海444在甘南州不同海拔地区表现出良好的适应性,林纳和加燕2号在低海拔区产量较高,但在高海拔地区的产量不及本地燕麦。从茎叶比和营养物质含量分析,林纳和加燕2号的茎叶比较高,ADF和NDF的含量较低,因此,其品质好于青海444和本地燕麦。[结论]综合考虑燕麦草产量与品质2个因素,在甘南州低海拔地区适合推广林纳和加燕2号,高海拔地区适合种植本地燕麦和青海444。 相似文献
17.
选择不同海拔高度（2 900～3 100,3 700～3 800,3 900～4 100,4 500～4 600m）饲养的西藏黄牛,用ELISA法测定不同海拔高度下牛血清中GCK、CK-MB、LDH酶的含量。采血后2h内对血清酶含量进行实地测定,并对结果进行统计分析。结果表明,GCK随海拔高度的升高,酶含量明显降低,呈现负相关性,组间方差分析为F=92.636,P=0.000,差异极显著;CK-MB含量亦随海拔高度的升高表现出显著性降低,呈现负相关性,组间方差分析结果为F=39.238,P=0.000,差异极显著;LDH酶系的含量变化幅度不大,组间方差分析结果F=3.223,P=0.029,差异显著。这表明高海拔对血清GCK、CK-MB酶（系）的含量具有一定的影响。 相似文献
18.
天山北坡不同区域及海拔对天然草地鸭茅群落物种种间关系影响 总被引：1，自引：0，他引：1
以天山北坡不同区域与海拔地段鸭茅群落主要物种为研究对象,采用邻接格子样方法测定鸭茅群落物种优势度,通过方差比率计算、χ2检验、联结指数即秩相关分析种间联结性,分析鸭茅群落主要优势物种在群落中的分布及优势物种鸭茅与其他物种之间的关系,探讨区域与海拔梯度变化对鸭茅群落物稳定性的影响。结果表明,1)东、西两段山地鸭茅群落主要物种种间联结性在海拔1800~2200 m间呈现出由正关联逐渐向负关联过渡,群落稳定性有随海拔升高呈逐渐减弱趋势。2)联结系数及联结指数结果均说明不同区域与海拔梯度对的鸭茅群落物种间的联结程度有一定影响,但均表现不强,而处于弱联结的较多或无联结,群落中各物种间较松散。3)鸭茅种群与群落内其他种之间的相关性有时呈正联结,有时呈负联结,这与区域与海拔地段所处的环境因素存在异质性有关。研究结果为揭示影响鸭茅群落物稳定性因素,预测鸭茅种群动态和种间竞争与共存机制提供重要的理论依据。 相似文献
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选择云南省海拔高度76．4m～3200m不同的5个地、县自然发生的肉鸡腹水综合征（ASB）与同品种的健康鸡进行对比研究。结果证实，同品种肉鸡喂同种饲料并在相同的饲养管理条件下，无论在低海拔地区还是高海拔地区发病相同，肉鸡腹水综合征的发生与海拔高低无关。 相似文献
20.
青南高海拔地区高寒草甸植物群落多样性的研究 总被引：12，自引：3，他引：9
根据 42个样地的实地调查资料 ,采用不同的物种多样性指数、丰富度和均匀度测度指标对达日县建设乡高海拔地区高寒草甸的物种多样性进行了分析 ,结果表现为 :草地物种多样性随海拔的升高总体上呈现下降的趋势 ;“黑土滩”物种多样性指数、丰富度和均匀度指数最低 ,草地生物量也最低。苔草、嵩草和灌丛草甸 ,有着较高的物种多样性指数、丰富度和均匀度指数。单子叶和灌丛植物生物量随海拔梯度的变化较为复杂 ,在一定海拔范围内有较高的生物量。双子叶植物生物量随海拔的升高基本呈现下降趋势 相似文献