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1.
以胭脂萝卜为试材,采用PCR扩增其ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列,研究了序列同源性并构建系统发育树,以期为胭脂萝卜亲缘关系分析提供参考依据。结果表明:胭脂萝卜ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列总长度为655bp,ITS1(G+C)含量为51.4%,长度为220bp;5.8SrRNA(G+C)含量为53.4%,长度为217bp;ITS2(G+C)含量为55.1%,长度为218bp。胭脂萝卜与台北的Mei-Hwa、南京的Cd-03、台北的Mei-Nong、南京的Yanghua、杭州的Baiyuchun、渥太华的SW77的同源性最高(99%),归为同一种。由系统发育树可得20个样品的总平均遗传距离是0.134,结合形态学特征表明待测胭脂萝卜可能由白皮白心萝卜进化而来。 相似文献
2.
不同丹参种质的rDNA ITS序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为测定丹参核糖体DNA的ITS序列,研究比较了28份不同来源丹参(Salviamiltiorrhiza Bge)种质的ITS序列。结果表明:丹参rDNA的ITS1、ITS2及5.8SrDNA的完全序列(长度范围在600～619bp之间),ITS1为227～228bp,5.8S为166bp,ITS2为206～224bp;ITS区的变异主要发生在内转录间隔区ITS1和ITS2区,其中ITS1、ITS2区的变异位点为31和25,分别占各自区位点的13.5%和11.2%;ITS序列在丹参种内比较保守,有些丹参种质之间有较小的差异,ITS序列可以作为丹参种质分子鉴定的依据。 相似文献
3.
基于ITS序列的中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃种内遗传多样性及种间关系分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对中国樱桃[Cerasus pseudocerasus(Lindl.)G.Don](地方种质35份,野生资源35份),欧洲甜樱桃[C.avium(L.)Moench](18份)和毛樱桃[C.tomentosa(Thunb.)Wall.](7份)共95份材料的核糖体内转录间隔区(ITS,internal transcribed spacer)序列进行了测定和分析,以期从ITS的DNA序列变异角度揭示种内遗传多样性及种间遗传关系。结果表明:(1)96条ITS序列比对后长度为712 bp,G+C含量为58.1%,检测到71个变异位点(9.97%),共定义了37个单倍型;中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃的单倍型多样性和核酸多样性分别为0.840和0.00466、0.928和0.00396、0.905和0.00564,中国樱桃中栽培种质遗传多样性明显低于其野生资源;(2)种间遗传关系显示,中国樱桃与欧洲甜樱桃之间的遗传距离较近(0.019),而与毛樱桃遗传距离较远(0.048);(3)邻接聚类和单倍型网络分析显示3个种分别聚为3个分支,种间具有较大的遗传分化。同时,选择3个种的代表单倍型进行其ITS序列的二级结构预测分析,3个种之间ITS1区、ITS2区的二级结构差异较大,最小自由能差异显著,进一步揭示了3个种间的遗传关系较远。综合分析认为,3个樱桃种内均具有较高的遗传多样性,种间具有较大的遗传分化,遗传关系较远,其中毛樱桃与中国樱桃和欧洲甜樱桃的遗传关系均较远。 相似文献
4.
《中国南方果树》2015,(2)
利用测序方法测定了橄榄品种(系)的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1、5.8S和ITS2)。结果表明,橄榄ITS区序列总长度629~634bp,长度变异仅为5bp。其中ITS1区为232~237bp,ITS2区为234~239bp,5.8SDNA均为165bp,且高度保守无变异位点。橄榄品种(系)间ITS序列变异位点较少,仅有17个变异位点,占总碱基数的5.93%,简约信息位点7个,占总碱基数1.51%,单一信息位点10个,占总碱基数的2.16%,并且ITS1序列较ITS2序列变异丰富。因此,利用ITS序列中变异位点可以作为特异DNA指纹鉴定位点,为部分品种(系)的鉴定依据,但是仅仅利用ITS序列还难以鉴定区别所有橄榄品种资源。 相似文献
5.
比较DNA序列分析不同猪苓菌种的亲缘关系 总被引：2，自引：0，他引：2
对不同形态猪苓(Polyporus umbellata)菌核(猪屎苓、铁蛋猪屎苓和鸡屎苓)的rDNA(18S r DNA,ITS1-5.8S rDNA-ITS2)和β-tub1进行扩增、测序.序列分析表明:所得rDNA和β-tub1序列完全相同.以Neighbor-joining(N-J)方法构建ITS(ITS1-5.8S rDNA-ITS2)序列系统发育树,供试菌株同GenBank中收录猪苓(P. umbellata)类聚于同一分枝且序列完全相同,表明不同形态菌核的猪苓之间亲缘关系较近. 相似文献
6.
提取江苏、云南、江西、湖南、广西、安徽、湖北地区的松乳菇(Lactarius deliciosus)、红汁乳菇(L.hatsudake)、橙色乳菇(L.akahatsu)和鲑色乳菇(L.salmonicolor)共25个子实体样本的基因组DNA,扩增ITS序列,对GenBank下载和本次及以前测序的松乳菇ITS序列的碱基组成、变异位点及碱基替换类型进行分析,从GenBank下载乳菇属其它8个种,构建乳菇系统发育树。结果显示:松乳菇ITS序列共有20 bp长度的变化,碱基C、T含量大于G、A含量。变异位点ITS共有99个(ITS1 58个、5.8S 4个、ITS2 37个),其中主要是T与C的转换,转换与颠换位点数分别为8和5。ITS1、5.8S、ITS2中转换与颠换的比值R分别为2.34、1.95、1.12。基于ITS序列计算不同地区松乳菇间的遗传距离,江西与意大利、西班牙,法国与西班牙序列间的遗传距离最大为0.012,云南和法国序列间遗传距离为0,是同源序列。系统发育树显示:松乳菇和红汁乳菇、橙色乳菇亲缘关系较近。 相似文献
7.
以采自云南昭通的66株野生紫丁香蘑(Lepista nuda,L.nuda)为研究对象,分析了其ITS序列及其单核苷酸多态性(SNP)。结果表明:经结合形态和分子水平的鉴定,确定所采的野生蘑菇为紫丁香蘑;66个紫丁香蘑的ITS序列长度变化范围为666~671bp,ITS1为241~244bp,5.8S为155bp,ITS2为267~275bp,G+C含量的变化范围为41.5%~42.4%,所有样本的平均遗传距离为0.003 0;通过序列比对,共筛选出7个SNP位点,单突变位点3个,简约信息位点4个;转换与颠换的比值R为0.672;该群体的核酸多态性指数Pi为0.002 91,每位点核苷酸多态性指数Theta(per site from Eta)为0.002 36。采用邻接法(neighbour joining,NJ)构建的系统发育树分支支持率低,表明群体内各菌株遗传距离小,该群体的遗传多样性丰度较低。综上说明云南昭通野生紫丁香蘑群体的遗传多样性水平很低,需要加强保护。 相似文献
8.
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龙眼属rDNA的ITS序列分析 总被引：7，自引：1，他引：6
为了讨论龙眼属(Dimocarpus Lour.)的遗传多样性及鉴别技术,运用克隆测序法测定了主产区龙眼(Dimo-carpus longan Lour)品种及其近缘种龙荔[Dimocarpus confinis(Howet Ho)H.S.Lo.]的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1,5.8S和ITS2)。结果表明,龙眼及其近缘种龙荔的ITS区序列的长度范围为618～646 bp,长度变异为28 bp;其中,ITS1和ITS2的长度范围分别为227～235 bp和227～247 bp。龙眼品种间ITS序列变异位点比较丰富,通过单个或组合变异位点可以作为特异位点用于品种之间的鉴别。龙荔的ITS序列变异较大,在609处插入一个19个碱基的片段;系统发育树也表明龙荔自为一单树系,为其是龙眼近缘种提供了新的分子证据。结果还表明龙眼果实香味、流汁程度和质地与基于ITS序列的系统发育树结果表现较多品种的吻合性。 相似文献
10.
以黑木耳为试材,利用PCR技术扩增黑木耳18S rDNA序列并测序,再用生物软件Clustalx 2、MEGA 5.1对测序结果进行分析和RNA二级结构预测。根据18S rDNA序列多样性分析和预测的二级结构,研究来自中国东北的5个黑木耳栽培菌株的遗传多样性,以便为黑木耳栽培引种和新品种选育提供参考。结果表明:扩增的18S rDNA序列长度约为1 700bp,去除两端测序质量不好的区域后长度为1 695bp,GC含量为48.02%~48.32%,其核苷酸变异位点25个,信息位点10个,变异位点主要集中在88~107bp区域,N-J系统进化树中5个黑木耳聚为一支,毛木耳单独聚另一支,18S rDNA序列分支与传统的分类结果基本一致;18S rDNA区序列一、二级结构相结合可为黑木耳分类鉴定提供相关的分子结构信息。 相似文献
11.
参考国内外有关文献,综述了应用荧光原位杂交技术对45S和5S rDNA在果树染色体上的比较定位以及rDNA特异序列在果树系统进化研究中的应用现状,并指出其在果树应用中存在的问题和未来的发展现状。研究表明,果树的45S rDNA位点一般为1~4对,在染色体上多定位于随体处(即核仁组织区,NORs),也常分布于短臂和着丝粒区;5S rDNA为1~3对,在染色体上没有固定的分布模式,且与45S rDNA独立分布。rDNA定位已经用于识别果树染色体,校正传统核型以及研究基因组的进化模式。ITS序列是目前果树系统研究中应用最广泛的序列之一,但应用时需要检验是否存在假基因,未来的关注点应是综合运用多种DNA序列。 相似文献
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C.C. Tsai S.C. Huang C.H. Chen Y.H. Tseng P.L. Huang S.H. Tsai 《The Journal of Horticultural Science and Biotechnology》2013,88(2):234-240
SummaryThe genetic relationships of 20 Rhododendron species in Taiwan was determined based on the sequence of the internal transcribed spacer (ITS) region of ribosomal DNA. Sequences of the complete ITS region including ITS1, 5.8S rDNA, and ITS2, were obtained by direct sequencing of polymerase chain reaction (PCR)-amplified fragments. Gaultheria itoana was used as an outgroup. Aligned sequences of ITS1 and ITS2 from the 21 taxa resulted in 493 characters. According to the dendrogram, six main clusters were classified among the 20 species of the genus Rhododendron in Taiwan. Rhododendron oldhamii, R. nakaharai, R. taiwanalpinum, R. simsii, R. lasiostylum, R. rubropilosum, R. breviperulatum, R. kanehirai, and R. noriakianum were grouped with R. longiperulatum in cluster I. Rhododendron lamprophyllum was grouped with R. ovatum in cluster II. Rhododendron pseudochrysanthum, R. morri, R. hyperythrum, and R. rubropunctatum were grouped with R. formosanum in cluster III. In addition, R. mariesii, R. ellipticum and R. kawakamii formed three independent clusters. In this study, the findings based on ITS sequences are in agreement with the systematics of Rhododendron. 相似文献
13.
Internal transcribed spacer (ITS) sequences of four edible and medicinal fungi belonging to the Russulaceae, collected from the Lishui mountainous area of Zhejiang Province, were cloned and sequenced. Comparisons with sequence data in GenBank were undertaken using BLAST, and the four ITS sequences, together with 15 reference sequences obtained from GenBank, were used to construct a phylogenetic tree. rDNA ITS sequences of the four strains ranged from 673 to 766 bp in length and between 47.4% and 49.48% in GC content. Phylogenetic data indicated strain R57 to be Russula cyanoxantha. Differences in the size and GC content of ITS sequences from strains R32 and R57 (R. cyanoxantha) and strain L37 (Lactarius sanguifluus) were significant, whereas the corresponding differences between strains R32 and R57 were relatively small. A close kinship, with only small detectable differences in their respective ITS sequences, existed between R. mustelina, R. virescens and R. parazurea. A similar situation applied to strains of L. sanguifluus and L. salmonicolor. 相似文献
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基于ITS 序列石斛材料的鉴定及系统进化分析 总被引：5，自引：0，他引：5
以核糖体DNA 内转录间隔区（Internal Transcribed Spacer,rDNA ITS 区）作为DNA 条形码对石斛种进行鉴定,并进行系统进化分析。收集获得43 个石斛样品,其中35 个为已知鲜样品,8 个为待确定种的干样品。从35 个鲜品中获得在GenBank 中未公布的海南石斛、华石斛以及秋石斛中的两个品种‘白花红心秋石斛’和‘紫红条纹秋石斛’ITS 序列。ITS 序列差异与形态特征的关系分析,结果显示,ITS 同源性的高低,与形态的相似性成正相关。以舌唇兰属为外类群,并从GenBank 中获得其他20 个石斛种的ITS 序列,对35 个已知样品和8 个待检测样品进行分析。结果显示,35 个已知样品分为5 支,其中大部分石斛种（24 个）聚在一支。竹叶石斛和苏瓣石斛聚在一支;华石斛、聚石斛和小黄花石斛聚在一支;短棒石斛单独为一支;竹枝石斛与‘白花红心秋石斛’和‘紫红条纹秋石斛’聚在一支;海南石斛和木石斛聚在一支。根据ITS 序列,大多数样品分组与传统分组相同,但按传统分组不在石斛组的重唇石斛、钩状石斛、鼓槌石斛和叉唇石斛分在了石斛组,并确定了檀香石斛分在石斛组。确定了8 个石斛干样品所属的种。 相似文献
15.
基于ITS序列分析探讨我国栽培凤尾菇的分类地位 总被引：5，自引：1，他引：4
针对我国栽培凤尾菇(Pleurotus sajor-caju)及其近缘种共10个菌株的ITS序列,应用特异引物进行PCR扩增,对其产物进行测序,并从GenBank上下载侧耳属(Pleurotus)3个种7条ITS序列、韧伞属(Lentinus)的4条ITS序列和香菇属(Lentinula)的3条ITS序列,以冬虫夏草(Cordyceps sinensis)和蛹虫草(Cordyceps militaris)为外类群,用NJ(Neighbor-joining)法构建系统发育树,结果表明:凤尾菇在侧耳属分支上与侧耳属内种的相似性达98.5%以上,韧伞属和香菇属的属内相似性也均为98%以上,而侧耳属和韧伞属、香菇属的属间相似性仅约80%,故凤尾菇应归于侧耳属;在进一步研究中,将该凤尾菇与其近缘种的ITS1-5.8S-ITS2序列作碱基完全比对,结果发现它与肺形侧耳(Pleurotus pulmonarius)的碱基完全一致,而与其它近缘种均存在较大碱基差异,因此,目前我国广泛栽培的凤尾菇与肺形侧耳可能是同物异名种,建议订正其名称,将其拉丁名统一为P. pulmonarius.本研究首次将ITS序列分析和碱基比对结合对凤尾菇的分类地位及拉丁名进行研究,结果表明ITS序列分析在近缘种的分类鉴定上很有价值. 相似文献
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以核糖体DNA 内转录间隔区（Internal Transcribed Spacer，rDNA ITS 区）作为DNA 条形码
对辣椒进行系统进化分析。利用收集的17 份辣椒资源，提取总DNA，进行PCR 扩增和测序，并从GenBank
下载辣椒属的主要栽培种浆果状椒（Capsicum baccatum）、茸毛椒（C. pubescens）、灌木状辣椒（C.
frutescens）和野生种（C. eximium）、野生种（C. lycianthoides）的ITS 序列，进行系统进化与亲缘关系分
析。结果表明，以野生种（C. eximium）的ITS 序列为参考序列，利用Clustalx 2.1 软件进行比对，发现3
个中华辣椒、茸毛椒和灌木状辣椒在ITS1 区有15 个碱基缺失。以茄科番茄属（lycopersicon）栽培种‘上
海906’作为外类群，在进化树标尺约0.11 处，22 个辣椒属ITS 序列可分为6 个分支。全部一年生辣椒
（14 个）聚在一支。中华辣椒（3 个）和灌木状辣椒聚在一支，表明中华辣椒与灌木状辣椒亲缘关系相
对较近。野生种（C. eximium）、浆果状椒、茸毛椒和野生种（C. lycianthoides）分别单独为一支。 相似文献
18.
以番茄45S rDNA为探针,结合核型分析和荧光原位杂交(FISH)技术,对蓝猪耳染色体的核型以及45S rDNA在染色体上的定位进行了研究。结果表明,蓝猪耳染色体的核型为1A型,核型不对称系数为57.46,染色体相对长度变异范围为4.455% ～ 6.990%,最长染色体与最短染色体的比值为1.57,染色体相对长度组成为 2L + 4M2 + 12M1,核型公式为2n=2x=18=14m + 4sm (2SAT)。在蓝猪耳体细胞有丝分裂中期染色体和间期核中,均发现45S rDNA有2个杂交信号,且信号在有丝分裂中期位于第5对染色体短臂的近着丝粒处。基于上述结果绘制了蓝猪耳染色体的核型图。 相似文献
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基于ITS序列探讨核果类果树桃、李、杏、梅、樱的系统发育关系 总被引：11，自引：1，他引：10
测定了桃属(Amygdalus L. ) 8个野生种的ITS序列, 并结合GenBank中已有的3个近缘属(李属、杏属和樱属) 18个代表种的ITS数据, 组成数据距阵, 应用PAUP程序中的最大简约法构建了核果类果树桃李杏梅樱的系统发育关系。结果表明: 基因树上, 桃李杏梅樱类植物被分成2大分支, 樱属(Cerasus Mill. ) 各个种构成一单系分支(CladeⅠ) , 并与其余各属构成另一单系分支, 形成姊妹群关系位于系统发育树的基部, 自展支持率分别为68%; 而李属( Prunus L. ) 、杏属(Armeniaca Mill. ) 和桃属(Amygdalus L. ) 聚在一起构成另一个单系分支(CladeⅡ) , 得到了Bootstrap值的有力支持(100% ) , 表明它们三属之间可能存在很近的亲缘关系或具有共同的起源。在CladeⅡ分支内又分成两支, 一支为桃属, 一支为李属和杏属, 其自展支持率为100%和54%。最后根据ITS基因树并结合各属的形态特征及地理分布讨论了核果类果树的进化和分类问题。 相似文献