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为了利用生物信息学方法筛选绵羊微卫星标记,利用SSRIT和SSRFinder软件对绵羊UniGene数据库的4 081个簇进行搜索,筛选绵羊EST-SSRs标记。结果表明,从绵羊UniGene数据库中搜索到微卫星136个,含有微卫星的序列121个,占整个EST序列数据库的3.0%,其中双碱基重复47个,三碱基重复54个,四碱基重复3个,五碱基重复4个,六碱基重复28个。在这些微卫星序列中,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,CTG重复在三碱基类型中最常见,分别占双碱基和三碱基微卫星序列总数的64%和29%。根据筛选到的微卫星序列设计并合成引物30对,在设计的30对引物中,20对引物有扩增产物,且条带清晰,其中有2对引物在小尾寒羊品种内呈现多态。 相似文献
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【目的】通过磁珠富集法构建柑橘全爪螨（Panonychus citri）微卫星富集文库,发掘柑橘全爪螨基因组微卫星（gSSR）序列。同时,利用柑橘全爪螨转录组数据库,筛选其功能微卫星（EST-SSR）分子标记,设计柑橘全爪螨微卫星（SSR）引物并验证其适用性。【方法】在提取柑橘全爪螨高质量基因组DNA的基础上,使用链霉亲和素偶联的磁珠与生物素标记的微卫星探针结合,亲和性捕捉由限制性内切酶酶切产生的含SSR的单链基因组DNA目的序列,经PCR扩增为双链后,克隆并构建SSR富集文库,测序筛选SSR序列。另一方面,基于柑橘全爪螨转录组数据,利用msatcommander软件发掘其功能微卫星标记。采用Primer Premier 5软件设计SSR引物,并进行验证。【结果】构建了柑橘全爪螨AC、TC和ATG共3个SSR富集文库,阳性克隆率分别约为30%、28%和25%。对文库的测序结果表明,AC文库的冗余率最高,TC文库次之,而ATG文库未发现相同微卫星位点的克隆。同时,在AC文库中,大部分AC重复类型的SSR为多拷贝微卫星位点,其中有相当一部分SSR的一侧侧翼序列完全相同或高度相似。从3个SSR富集文库中获得了可用于设计引物的gSSR单一序列44条（GenBank登录号为JF776418-JF776461）,共合成了20对SSR引物,其中能够稳定扩增的引物有11对。柑橘全爪螨gSSR中完美型SSR占54.5%,非完美型和复合型SSR分别占27.3%和18.2%。在完美型的gSSR中,两碱基重复SSR的核心重复次数（13-42次）大于三碱基重复SSR（5-9次）。从柑橘全爪螨转录组数据库中共获得8 023个EST-SSR位点,其中2 540个SSR可用于引物设计,共合成了35对引物（GenBank登录号为KT261306-KT261340）,其中能够稳定扩增的引物有8对。柑橘全爪螨EST-SSR的平均分布频率为1/3.55 kb。其中,三碱基为优势核心重复类型,占总数的53.86%;其次为两碱基核心重复类型,占总数的43.36%;而四、五、六碱基重复类型以及复合型的SSR数量均较少,且数量差异不大,共占EST-SSR总数的2.78%。柑橘全爪螨EST-SSR核心重复次数主要集中在5-10次。【结论】采用磁珠富集法,并将酶切、接头连接一步化,可提高个体微小的螨类及微小昆虫SSR的富集效率。柑橘全爪螨gSSR核心重复次数要远多于从转录组数据库获得的EST-SSR。总体而言,gSSR和EST-SSR中的三碱基重复SSR具有更好的优化率。此外,柑橘全爪螨gSSR具有微卫星家族现象。 相似文献
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利用5’锚定引物PCT筛选刺参的CT/AG微卫星分子标记,测序的43个克隆子中,42条序列含有微卫星DNA序列,阳性克隆比率达到97.7%。去除重复序列后,共检测到56个微卫星位点,分布于26条序列中,其中25条序列检测到2个或2个以上微卫星位点。对所有筛选到的微卫星位点进行分类统计后表明,核心序列为（CT/AG）的有51个（91.1%）,5个位点为其他类型的重复。结果表明：刺参CT/AG微卫星标记在刺参基因组中含量较丰富,5’锚定引物法在筛选特定标记的同时,还筛选了其他类型的微卫星标记,具有较强的筛选效率。 相似文献
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微卫星序列包含有多种重复单元,在其两碱基重复的类型当中,CT／GA重复类型在功能基因组中比例较高。三疣梭子蟹是重要的养殖品种,对遗传种质的分析需要开发大量的分子标记,本文利用5’锚定引物PCT筛选三疣梭子蟹的CT／AG微卫星分子标记,测序的41个克隆子中,35条序列含有微卫星DNA序列,阳性克隆比率达到85．4％,共检测到55个微卫星位点,分布于20条序列中,其中19条序列检测到2个或2个以上微卫星位点。对所有筛选到的微卫星位点进行分类统计后表明,核心序列为（CT／AG）的有27个（50％1,27个位点为其他类型的重复。结果表明三疣梭子蟹CT／AG微卫星标记在三疣梭子蟹基因组中含量较丰富,5’锚定引物法在筛选特定标记的同时,还筛选了其他类型的微卫星标记,具有较强的筛选效率。 相似文献
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赤点石斑鱼微卫星DNA的筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
提取赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)基因组DNA,经BamH I和Hind III双酶切并电泳回收300~1 000 bp的片段与经BamH I和Hind III双酶切的pUC18质粒重组,转化感受态大肠杆菌JM109,以α互补法筛选重组阳性克隆,建立赤点石斑鱼部分基因组文库。应用PCR混合池法筛选含核心序列为(CA)n和(GA)n微卫星位点的阳性克隆,经DNA测序,得到61个含微卫星序列的克隆,占总克隆数的2.89%。61个用于测序的克隆中共有111个不同类型的微卫星序列,其中(CA/TG)n重复类型57个,占51.4%;(AG/TC)n重复类型35个,占31.5%;其他重复类型19个,占17.1%。完美型、非完美型及复合型序列分别占48.7%、41.4%和9.9%。并在GenBank上注册了22个微卫星序列。 相似文献
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通过磁珠富集法筛选鲢(Hypophthalmichtys molitrix)的三、四核苷酸重复微卫星分子标记。提取鲢血液大片段基因组DNA,用限制性内切酶Sau3AI进行酶切,蔗糖密度梯度离心收集400~900 bp长度的片段,构建鲢全基因组PCR文库,用生物素标记的微卫星探针(TGA)8、(CAG)8以及(AGAT)6进行筛选,磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段,获得含有微卫星的单链序列;将这些序列通过PCR扩增,连接pMD 18-T载体,转入感受态大肠杆菌(Escherichia coli)DH5α,获得微卫星文库;再用γ-32P标记的放射性同位素探针进行二次杂交筛选,获得1 758个阳性克隆,选择测序348个克隆序列中,共含有280个微卫星座位,其中完美型167个(59.64%),非完美型28个(10%),混合型85个(30.36%)。Primer 3.0软件设计60对引物,并用珠江水系的野生鲢群体对引物进行多态性位点检测。统计软件分析显示其中22对具有较高的筛选效率和多态性,可作为鲢种质评价等遗传分析的工具。研究亮点:首次利用多碱基(三、四核苷酸重复)探针筛选出微卫星分子标记结合同位素探针进行两次筛选... 相似文献
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采用磁珠富集法筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星序列。经Sau3AI酶切后的200~1000bp DNA纯化片段,与两端已知序列的人工接头连接,用含有生物素标记的(CA)12和(GA)12探针杂交,根据磁珠的链酶亲和素与生物素特异结合的特性,捕获含微卫星序列的单链DNA,以此为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增,随后将获得的片段连接到PMD18-T载体上,转化至DH5α感受态细胞中,成功构建了微卫星富集文库。测序其中的60个阳性克隆,得到42条微卫星序列(基因登录号为:HQ283153-HQ283194),除探针使用的CA/GT、GA/CT重复外,还得到GAGT重复序列。42条微卫星序列中,完美型31个(占73.8%),非完美型9个(占21.4%),混合型2个(占4.8%)。完美型的比例显著高于非完美型,这与其他真核生物微卫星序列的特征相一致。39条微卫星序列的重复次数大于10(占92.9%),其中,重复次数在10~19次之间的有27个,20次以上的有12个。筛选出的微卫星位点可为今后三疣梭子蟹遗传多样性评价、种群遗传结构鉴定及资源保护研究提供一套有用的分子标记。 相似文献
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利用磁珠富集法构建了鲮鱼的(CA)n微卫星富集文库,所建文库共包含252个阳性克隆,从中随机选取60个进行测序,得到56个(93.3%)含有微卫星序列的克隆.其中,完美型微卫星49个(87.5%),非完美型微卫星2个(3.6%),复合完美型微卫星5个(8.9%).从所得序列中分离和鉴定了18对微卫星标记.采用20个鲮鱼养殖个体分析其多态性,发现其中12对为多态性标记,等位基因数变动范围为2～20,期望杂合度变动范围为0.261 5～0.950 0.本研究对以后鲮鱼基因组资源的开发利用起到一定的促进作用,并为鲮鱼养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础. 相似文献
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利用磁珠富集法结合放射性同位素杂交方法分离乌鳢Ophiocephalus argus的微卫星分子标记,共获得阳性克隆1 200个,从中挑选466个进行测序,得到400个含有微卫星的序列（占86.6%）。结果表明：完美型微卫星座位325个,占76.11%;非完美型微卫星座位75个,占17.57%;复合型微卫星座位27个,占6.32%。在得到的微卫星序列中,重复单元除CAG/GTC外,还观察到二碱基重复单元。根据侧翼序列设计引物139对,选择合成50对,通过优化PCR反应条件,结果有27对引物可扩增出清晰可重复的目的条带,19对引物在黑龙江群体、山东群体乌鳢的DNA样本中表现出多态性。 相似文献
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利用磁珠富集和放射性杂交相结合构建了中华绒螯蟹基因组微卫星文库.并利用生物素标记的(GA)12探针进行微卫星片段的富集.将得到的片段与pGEM-T载体连接后转入DHSα大肠杆菌中,然后利用γ-32P同位素标记的(GA)12:探针进行第二次筛选.结果共获得微卫星基因组文库1 500个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为62.5%;杂交后得到的阳性克隆为447个,占29.8%.经测序,有248个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列.在得到的微卫星序列中,重复单元除GA/CT外,还观察到三碱基、四碱基重复单元.根据侧翼序列没计引物164对,选择合成50对,通过优化PCR反应条件,结果有21对引物可扩增出清晰可重复的目的条带,15对具有多态性.本研究对中华绒螯蟹基因组资源的开发利用提供了相关资料. 相似文献
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利用磁珠富集法构建了鲮鱼的(CA)n微卫星富集文库,所建文库共包含252个阳性克隆,从中随机选取60个进行测序,得到56个(93.3%)含有微卫星序列的克隆.其中,完美型微卫星49个(87.5%),非完美型微卫星2个(3.6%),复合完美型微卫星5个(8.9%).从所得序列中分离和鉴定了18对微卫星标记.采用20个鲮鱼养殖个体分析其多态性,发现其中12对为多态性标记,等位基因数变动范围为2～20,期望杂合度变动范围为0.261 5～0.950 0.本研究对以后鲮鱼基因组资源的开发利用起到一定的促进作用,并为鲮鱼养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础. 相似文献
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大鼠全基因组微卫星分布特征研究 总被引：2，自引：0，他引：2
《江西农业大学学报》2015,(4)
大鼠(Rattus norvegicus)一直是医学和药学研究中良好的模式生物,其全基因组是继人和小鼠之后第3个被测定的哺乳动物。利用生物信息学软件对大鼠全基因组1~6 bp不同类型重复微卫星进行搜索及统计,表明大鼠全基因组微卫星序列共1 483 525个,其序列长度占全基因组的1.41%。大鼠全基因组微卫星分布频率以12号染色体最高,其次是10号染色体,最低的是X性染色体。大鼠微卫星数量与染色体DNA序列长度具有相关性(r=0.978,P0.000 1),微卫星分布具有随机性。大鼠全基因组不同重复类型微卫星表现为二碱基(46.9%)单碱基(22.6%)四碱基(17.7%)三碱基(8.4%)五碱基(2.4%)六碱基(2.0%),单碱基、二碱基、三碱基、四碱基、五碱基、六碱基优势微卫星类型分别是A、AC、AGG、AAAC、AAACA、ACAGAG。本研究为大鼠全基因组微卫星筛选及进一步的研究提供数据支持。 相似文献
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采用磁珠富集法(Fast isolation by AFLP sequences containing repeats,FIASCO)构建"光合1号"新品种中华绒螯蟹Eriocheir sinensis基因组微卫星文库。用PCR法对225个单菌落进行鉴定,共获得168个阳性克隆,测序发现有94个含有微卫星座位,其准确率为55.95%,其中单元重复次数为5～10的序列占34.04%,重复次数为10～20的序列占20.21%,重复次数大于20的序列占45.75%,重复次数最高达到92次;完美型微卫星座位69个(占73.40%),非完美型微卫星座位17个(占18.09%),混合型微卫星座位8个(占8.51%);根据微卫星侧翼序列设计并合成53对引物,检测结果显示,有31对(占58.50%)引物能够扩增出特异性条带;选择其中14对多态性良好的引物用于中华绒螯蟹辽河野生群体的遗传多样性分析,共检测到148个等位基因,单个位点等位基因数为7～13个,平均为10.6个,观测杂合度为0.214 3～0.666 7,期望杂合度为0.825 4～0.910 1,多态性信息含量为0.766 3～0.865 4。 相似文献
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根据铜藻转录组测序数据来进行微卫星标记的发掘,共获得2 800个微卫星位点。二碱基重复出现的次数最多,占32.82%,其次是三碱基重复,占25.21%;在所有重复单元类型中,AC/GT出现频率最高,占9.18%;重复序列的长度则主要集中在12～20 bp,占72.79%;重复次数主要集中在5～10次,占74.14%。随机选取74对引物进行验证,最终获得18个具有多态性的微卫星标记。对31株铜藻个体进行检测和评价,共扩增得到43个等位基因,每个位点平均等位基因数为2.39,平均有效等位基因数为1.91,平均观测杂合度(H_o)为0.318,平均期望杂合度(H_e)为0.449,平均多态信息含量(PIC)为0.365,在18个位点中有11个显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。开发的微卫星标记为后续铜藻多样性、起源和迁移等遗传学问题研究提供了有力支撑。 相似文献
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磁珠富集法开发长臀鮠微卫星分子标记 总被引：1，自引：0，他引：1
为长臀鮠遗传育种、种质鉴定和种苗流放等提供理论依据,采用磁珠富集法开发长臀鮠(Cranoglanis bouderius)微卫星分子标记,筛选获得阳性克隆进行分析,选取侧翼较长的序列,用Primer Premier 5.0设计合成引物。结果表明:从596个白斑中筛选获得80个阳性克隆,测序获得微卫星序列47个,其中完美型31个(66%),非完美型14个(30%),复合型2个(4%)。设计合成32对引物,通过优化反应条件,得到27对引物能扩增特异条带,其中多态性引物24对。 相似文献
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通过磁珠富集法筛选鲢(Hypophthalmichtys molitrix)的三、四核苷酸重复微卫星分子标记。提取鲢血液大片段基因组DNA,用限制性内切酶Sau3AI进行酶切,蔗糖密度梯度离心收集400~900 bp长度的片段,构建鲢全基因组PCR文库,用生物素标记的微卫星探针(TGA)8、(CAG)8以及(AGAT)6进行筛选,磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段,获得含有微卫星的单链序列;将这些序列通过PCR扩增,连接pMD 18-T载体,转入感受态大肠杆菌(Escherichia coli)DH5α,获得微卫星文库;再用γ-32P标记的放射性同位素探针进行二次杂交筛选,获得1 758个阳性克隆,选择测序348个克隆序列中,共含有280个微卫星座位,其中完美型167个(59.64%),非完美型28个(10%),混合型85个(30.36%)。Primer 3.0软件设计60对引物,并用珠江水系的野生鲢群体对引物进行多态性位点检测。统计软件分析显示其中22对具有较高的筛选效率和多态性,可作为鲢种质评价等遗传分析的工具。 相似文献
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《西北林学院学报》2016,(1)
利用Illumina HiSeq2500高通量测序技术对枸杞大麻叶品种进行简化基因组测序,对得到的序列利用生物信息学手段进行拼接后查找SSR。结果表明:共获得14 733个重复单元长度为2~6碱基的微卫星重复序列。其中3碱基重复的微卫星单元最为丰富,共9 799个,占66.5%;其次是2碱基重复类型(4 042个)和4碱基重复类型(519个),分别占重复序列总数的27.4%和3.5%;另外5碱基重复281个,6碱基重复92个,分别占重复序列总数的1.9%和0.6%。通过分析发现3碱基重复类型丰度最高,优势序列为GTT/CAA、ACA、ATC;而6碱基重复丰度最低,其优势序列为TGTGTA、CATATA、AGCACC;在枸杞基因组微卫星序列中,A和T碱基含量相对较丰富。分析还发现,当枸杞基因组重复次数增加时,微卫星的丰度呈现出下降的趋势,随着基序长度的增加,下降的趋势越快,这意味着枸杞基因组中重复单元较短的微卫星变异速率比重复单元较长的微卫星变异速率快。 相似文献
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大黄鱼群体遗传多样性的微卫星DNA分析 总被引：1，自引：0，他引：1
通过建立大黄鱼部分基因组文库,应用PCR法筛选到55个含微卫星DNA位点的阳性克隆,选择其中8个序列设计微卫星引物,在这8个微卫星位点中得到91个等位基因片段,各位点等位基因数6～22个,平均观测杂合度Ho为0.404 7,平均期望杂合度He为0.775 6,多态信息含量(PIC)平均值为0.754 5,结果显示,所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性.利用这些微卫星引物对大黄鱼不同群体进行遗传多样性分析,结果表明,大黄鱼种群中仍存在较高的遗传变异,但微卫星等位基因频率大多偏离了Hardy-Weinberg平衡,且不同群体间存在较高的基因流(Nm=2.699 8),表明大黄鱼种群存在较严重的近亲繁殖且各群体间有着较频繁的基因交流.对不同地理群体的聚类分析结果支持了中国沿海大黄鱼种群大致划分为3个不同地理种群的论证. 相似文献