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1.
利用基因重组技术将苹果茎痘病毒Applestempittingvirus(ASPV)完整cp基因在大肠杆菌中表达,以纯化蛋白为抗原免疫新西兰兔制备其抗血清,并采用ACP-ELISA法测定其效价和应用PAS-ELISA法对其抗血清的有效性进行初步鉴定。结果显示,cp基因获得了高效表达,表达产物与Anti-His抗体产生特异性免疫反应。制备的抗血清具有较强的特异性,效价为1:800。PAS-ELISA检测结果显示,9个苹果样品中有8个样品与RT-PCR检测结果一致,仅1个样品RT-PCR检测为阳性,而PAS-ELISA检测为阴性。表明所制备的抗血清具有一定的应用潜力。 相似文献
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新疆野苹果Malus sieversii (Ledeb.) Roem.是苹果的祖先, 也是重要的育种遗传资源, 常用作砧木。近年来, 新疆野苹果的分布面积骤减, 对其的保护越来越重要。本研究采用高通量测序技术, 对采自新疆伊犁天山野果林的26份样本进行病毒检测, 检测到苹果褪绿叶斑病毒(apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV)和苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus, ASPV)。通过RT-PCR检测所有样品(127份), 检测到ACLSV、ASPV和苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus, ASGV), 检出率分别为22%、19.7%和11%。结合RACE PCR技术扩增得到ASGV新疆野苹果分离物基因组全长序列, 暂时命名为ASGV-XJ。去除3′末端poly(A)后的长度为6 506 bp, 有两个彼此重叠的开放阅读框(open reading frame, ORF), ORF1(47-6 364 nt)编码一个241 kD的多聚蛋白, 包含甲基转移酶(methyltransferase)、木瓜蛋白酶(papain-like-protease)、解旋酶(nucleotide triphosphate-binding helicase)、RNA 依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase)和C端的外壳蛋白(coat protein, CP)等; ORF2(4 798-5 760 nt)编码一个36 kD的运动蛋白(movement protein, MP)。系统发育分析表明, 分离物间没有表现出寄主专一性和地理分布规律。上述结果对新疆野苹果的保护工作有重要的参考意义。 相似文献
3.
苹果茎沟病毒外壳蛋白基因的克隆、原核表达及抗血清制备 总被引：1，自引：0，他引：1
利用原核系统表达病毒编码的结构蛋白为抗原制备多克隆抗体是提高检测灵敏度和降低检测成本的重要途径。根据已报道的苹果茎沟病毒Apple stem grooving virus(ASGV)外壳蛋白(coatprotein,CP)基因的核苷酸序列设计合成引物,利用RT-PCR方法克隆了ASGV的cp基因(命名为ASGV cp BJ),该基因由714个核苷酸组成,与GenBank中已报道的ASGV的cp基因核苷酸相似性为86%~96%。将ASGV的cp基因克隆到原核表达载体pET-28a上,转化大肠杆菌BL21(DE3),筛选得到阳性克隆pET-ASGVcp。SDS-PAGE电泳分析发现,经IPTG诱导,ASGVcp在大肠杆菌中得到高效表达,获得的融合蛋白的分子量约为33kD。利用Ni珠吸附法纯化原核表达的目的蛋白,并以此蛋白为抗原制备了抗血清,ACP-ELISA检测结果显示,此抗血清效价为1∶4 096。Western blot分析结果显示,该抗血清具有高度特异性,能够用于ASGV的快速检测。 相似文献
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山楂是我国重要的果树,但山楂病毒的相关研究较少。本研究通过高通量测序及生物信息学分析首次在山楂样品中发现苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)。利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术对ASPV山楂分离物全长序列进行扩增,结果表明,ASPV山楂分离物基因组全长由9 290个核苷酸组成,包含5个开放阅读框(open reading frames,ORFs)。ORF1编码与病毒复制相关的蛋白-RNA依赖的RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp),其在氨基酸水平上与ASPV苹果和梨分离物的RdRp序列相似性分别为72.8%~80.9%和81.7%~92.8%;ORFs 2~4表达与病毒移动相关的三基因块(triple gene block 1~3,TGB 1~3),其与印度苹果N分离物(LM999967)的氨基酸序列相似性最高,为92.9%~98.2%;ORF5编码外壳蛋白(coat protein,CP),与苹果和梨分离物CP的序列相似性较低,分别为64.8%~88.4%和69. 8%~92.2%,高于目前凹陷病毒属病毒新种的划分界限。将ASPV山楂分离物的全长核苷酸序列与其他ASPV分离物的全长序列进行比对,构建系统发育树,结果表明,ASPV山楂分离物与巴西苹果分离物BR-Brae2的亲缘关系最近,但两者核苷酸序列相似性较低(81.5%),说明与其他分离物相比该分离物具有较大的变异性。综上,本研究初步验证了山楂是ASPV的重要自然寄主,并首次获得了ASPV山楂分离物的全长基因组序列,为山楂病毒病诊断和防控策略的制定提供参考。 相似文献
5.
甘薯潜隐病毒外壳蛋白基因的克隆、表达及其抗血清的制备 总被引：2，自引：0，他引：2
根据已报道的甘薯潜隐病毒(Sweet potato latent virus,SPLV)外壳蛋白(CP)基因的核苷酸序列合成引物,利用RT-PCR方法克隆了SPLV河南分离物(SPLV-HN)的CP基因及部分3'端非编码区序列,序列分析表明,SPLV-HN CP基因由879个核苷酸组成(GenBank登录号为DQ399862),编码293个氨基酸残基。与GenBank中SPLV-CH(X84011)和SPLV-T(X84012)分离物的核苷酸序列相似性分别为96.8%和93.0%;与日本分离物(E15420)的核苷酸序列相似性为83.6%。将CP基因克隆到原核表达载体pET-30a(+)上,SDS-PAGE分析表明,经IPTG诱导,CP基因在大肠杆菌BL21(DE3)pLysS中得到了高效表达。以表达的蛋白为抗原,免疫家兔,制备了SPLV外壳蛋白的特异性抗血清。ACP-ELISA检测结果表明,制备的抗血清可用于田间甘薯样品的检测。 相似文献
6.
为实现草莓镶脉病毒(Strawberry vein banding virus,SVBV)的简单和快速检测,应用生物信息学方法分析了SVBV外壳蛋白的线性抗原表位及其理化性质,以大肠杆菌的优势密码子对所预测的优势抗表原位进行设计并合成,同时进行了最佳异源表达条件优化。结果表明,第218~238位的氨基酸残基序列为SVBV外壳蛋白的优势抗原表位,其编码片段为5-AE。十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)检测结果表明,重组融合蛋白的分子量约为24.8 kD,与其理论分子量20.5 kD基本一致。异源表达优化的结果表明,当IPTG浓度为0.5 mmol/L、温度为40℃、诱导时间为4 h时,重组融合蛋白的表达量最高,为23.6 mg/L。Western blot结果表明重组融合蛋白能与His多克隆抗体起特异性反应。串联质谱结果表明,5-AE肽段氨基酸残基序列正确。 相似文献
7.
甘薯脉花叶病毒外壳蛋白基因在大肠杆菌中的表达及其抗血清的制备 总被引：1，自引：1，他引：0
根据已报道的甘薯脉花叶病毒(Sweet potato vein mosaic virus,SPVMV)外壳蛋白（CP）基因的核苷酸序列合成引物,利用RT-PCR方法克隆了SPVMV河南分离物（SPVMV-HN）基因组3′端1.8 kb的基因片段,包括部分NIb 基因序列和完整的CP基因及3′端非编码区序列(3′UTR)。序列分析表明,SPVMV-HN的CP基因由996个核苷酸组成（GenBank登录号为FJ687211）,编码332个氨基酸残基。与已发表的SPVMV其他分离物相比,其推导的氨基酸序列一致性为95.2%～98.5%,与 SPVMV广东分离物的氨基酸序列一致性为97.9%。将CP基因克隆到原核表达载体pET-28a（+）上,SDS-PAGE分析表明,经IPTG诱导,CP基因在大肠杆菌BL21(DE3) pLysS中得到了高效表达。以表达的蛋白为抗原,免疫家兔,制备了SPVMV外壳蛋白的特异性抗血清。ACP-ELISA检测结果表明,制备的抗血清可用于田间甘薯样品的检测。利用SPVMV的抗血清,对采自全国14个省（市）的田间甘薯样品以及嫁接的巴西牵牛样品进行了检测,结果表明,SPVMV在我国甘薯上普遍存在。 相似文献
8.
樱桃病毒A北京分离物外壳蛋白的原核表达及抗血清制备 总被引：3，自引：0，他引：3
根据前期研究获得的樱桃病毒A北京分离物(Cherry virus Aisolate Beijing,CVA-BJ)外壳蛋白基因序列设计引物,将此基因克隆到原核表达载体pET-28a后转化大肠杆菌BL21(DE3),以终浓度为1 mmol/L的IPTG进行诱导表达。Ni珠吸附法纯化表达产物后免疫家兔制备抗血清。间接ELISA测得抗血清效价为1∶2048。以纯化后的蛋白和樱桃叶片总蛋白为检测材料,Western blot分析表明抗血清具有高度特异性。间接ELISA方法检测樱桃病叶,结果呈阳性,与RT-PCR检测结果一致。表明制备的抗血清可用于感病樱桃样品中CVA的检测。 相似文献
9.
为建立一种检测苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法,根据ACLSV外壳蛋白基因(coat protein,cp)保守序列设计了特异性引物和Taq Man探针,以构建的ACLSV-cp重组质粒为阳性标准品绘制标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性进行检验。结果显示,以ACLSV-cp重组质粒为标准品建立的标准曲线相关系数达0.999,扩增效率为103.7%;建立的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法特异性好,与苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)、苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)均无交叉反应;灵敏度为100拷贝/μL,比常规RT-PCR高100倍;批内和批间变异系数均小于0.84%。表明Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法具有特异性强、灵敏性高、重复性好的优点,适用于实际样品中ACLSV的快速准确检测。 相似文献
10.
辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus,PMMoV)属于烟草花叶病毒属,是辣椒的重要病毒种类之一。将PMMoV的外壳蛋白(cp)基因克隆至原核表达载体pET32a(+)中,转化大肠杆菌BL21(DE3),经IPTG诱导,重组PMMoV CP蛋白以可溶形式表达,纯化后获得分子量约35 kDa的融合CP蛋白。以该重组蛋白为抗原免疫新西兰兔制备了PMMoV CP特异性抗血清。Western blot检测结果表明该抗血清与重组CP蛋白发生强烈的免疫反应,间接酶联免疫吸附测定(ID-ELISA)结果显示该抗血清针对重组CP蛋白的效价达1∶25 600,针对PMMoV病汁液的效价达1∶4 000,检测灵敏度为1∶3 200,且该抗血清不与PMMoV同属或不同属的其它6种病毒汁液发生免疫反应,具有较好的特异性。利用该抗血清对42份田间辣椒病样进行检测,阳性率达38%,与进口商品化试剂盒检测结果一致,说明该抗血清可用于PMMoV的ELISA诊断。 相似文献
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亚洲玉米螟Ostrinia furnacalis是我国玉米最重要的害虫，了解亚洲玉米螟表皮形成的机制将有助于对其开展生物防治。表皮蛋白和几丁质是构成昆虫表皮的两种主要成分，因此研究两者的相互作用对于阐明昆虫表皮形成机制具有关键意义。CPR9是亚洲玉米螟体壁表皮转录组中相对丰度最高的表皮蛋白基因。序列分析发现CPR9属于CPR家族中RR-1亚家族的表皮蛋白，含有R&R结构域，可能是通过结合几丁质来发挥功能。为了研究CPR9与几丁质的相互作用，本研究利用pET-SUMO载体实现了SUMO-CPR9融合蛋白的可溶表达，并通过SUMO蛋白酶处理及两次金属螯合亲和层析纯化了CPR9，平均收率为5 mg/L。几丁质结合试验发现，CPR9对不同类型的几丁质的结合具有选择性。CPR9对α-几丁质结合能力很强，对胶体几丁质结合能力较强，但不与β-几丁质结合。脱乙酰几丁质（壳聚糖）结合试验发现，CPR9能与脱乙酰几丁质结合并使其发生团聚。圆二色光谱分析表明，CPR9在结合脱乙酰几丁质后，其二级结构中平行β折叠和β转角比例上升，反平行β折叠及无规卷曲比例下降。本研究发现了CPR家族表皮蛋白与不同类型几丁质的结合存在特异性，而且在结合过程中会发生结构变化，有助于进一步了解昆虫表皮的形成机制。 相似文献
12.
疫霉是世界关注的一类植物病原真菌。以疫霉属80个种122个菌株为研究材料,以ITS、CO1、EF-1α和β-tubulin 4个基因片段为候选DNA条形码,分析表明ITS、CO1基因的PCR扩增和测序成功率最高,分别为100%和96.7%;ITS、CO1和β-tubulin存在明显的条码间隔,但种间、种内距离频率分布存在较小重叠;种间、种内遗传距离Wilcoxon秩和检验结果认为各基因对种内遗传距离的效力相等,对种间遗传距离的区分能力为ITS>CO1>β-tubulin。CO1基因和ITS片段可同时作为11种检疫性疫霉的首选DNA条形码,β-tubulin基因可作为辅助DNA条形码。 相似文献
13.
To elaborate the molecular diversity of pear-infecting ASPV in China, partial RNA dependent RNA polymerase (RdRp) fragments (P1 and P2) of four ASPV isolates were analyzed. We sequenced 17 P1 sequences and 14 P2 sequences of RdRp from 4 different isolates. Phylogenetic trees analysis based on these sequenced clones from our study and related sequences retrieved from the GenBank suggested that: 1) ASPV grouping in phylogenetic trees were related to their hosts; 2) ASPV isolates could be divided into five evolu-tionary divergent subgroups (A-E) based on partial RdRp fragments (P1 and P2), wherein one new subgroups (D) was identified in our study based on partial RdRp fragments P1. Recombination events were detected in RdRp sequences in our study. Results from our study provide important information for studying molecular characteristics of ASPV. 相似文献
14.
β-环糊精（β-CD）与中性红（NR）在碱性缓冲溶液中形成包合物（β-CD-NR）,使中性红的荧光强度F增大,而加入梨小食心虫性诱剂主要成分顺-8-十二碳烯醇乙酸酯（Z8-12：Ac）后,β-CD-NR的荧光发生猝灭,以此建立了测定Z8-12：Ac含量的新方法：在含有1.0 mL 1.0×10-3 mol/L中性红、5.0 mL 1.0×10-2 mol/L的β-CD、7.0 mL 0.2 mol/L的NaH2PO4-Na2HPO4缓冲溶液（pH 7.4）的荧光体系中,加入Z8-12：Ac,以双蒸水定容至25.0 mL,超声反应20 min后,将其放置在4℃的环境下冷却,得待测液。在激发波长为460 nm、发射波长为580 nm的条件下测定待测液的荧光强度F和β-CD-NR体系的荧光强度F0,计算荧光猝灭值ΔF（ΔF＝F0—F）。比较分析不同浓度的Z8-12：Ac标准溶液与相应的荧光猝灭值ΔF的关系,结果表明：在Z8-12：Ac浓度为1.0×10-4～4.0×10-4 mol/L范围内,荧光猝灭值ΔF与Z8-12：Ac的浓度c呈现良好的线性关系,线性方程为：ΔF＝28.3 c—16.8,R2＝0.9978。对2.0×10-4 mol/L的Z8-12：Ac溶液进行11次平行测定,得出方法检出限为1.25×10-5 mol/L（S/N＝3）,RSD为±1.5%,方法灵敏度和精密度良好。加标回收率在98.0%～103.0%,说明方法准确度良好。利用新方法测定了田间梨小诱芯中Z8-12：Ac随时间的残留量,统计了不同残留量对应的诱虫量。结果表明,本方法可以成功测定不同天数下诱芯中Z8-12：Ac的残留量,掌握了诱芯中Z8-12：Ac的衰减趋势,而且与实际诱虫量变化趋势基本吻合。本方法可为确保田间虫情监测预报的精确性以及保持性诱芯的诱杀效果提供技术支撑。 相似文献
15.
研究经比基尼链霉菌(Streptomyces bikiniensis)HD-087发酵产物脂肽处理后的稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)菌丝体内的几丁质酶活性和β-1,3葡聚糖酶活性的变化情况,分析chit基因和β-1,3 glu基因的表达量变化,旨在探究脂肽抗稻瘟病菌的作用机理。采用HPLC分析法鉴定了S. bikiniensis HD-087产生的脂肽种类,利用荧光定量PCR技术检测稻瘟病菌菌丝中chit基因和β-1,3 glu基因mRNA的表达情况。结果表明S. bikiniensis HD-087产生的脂肽主要是伊枯草素。经EC90浓度的脂肽提取物处理6 h后,稻瘟病菌菌丝中几丁质酶活性和chit基因的mRNA表达量分别比对照组上调了6.77倍和51.27倍;处理12 h后,β-1,3葡聚糖酶的活性和β-1,3 glu基因的mRNA表达量分别比对照组上调了2.44倍和14.13倍。表明脂肽能够诱导稻瘟病菌菌丝体chit基因和β-1,3 glu基因的大量表达,从而破坏细胞壁结构,推测脂肽阻遏了稻瘟病菌的细胞自噬进程。 相似文献
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鉴定昆虫嗅觉相关蛋白基因并对其序列和时空表达进行研究,可为阐明昆虫与寄主间的化学通讯机制提供依据。本文新克隆并鉴定获得一个西花蓟马OBP基因FoccOBP3（GenBank登录号：MT682352）,cDNA序列全长1226 bp,读码框全长432 bp,编码143个氨基酸残基。氨基酸序列中六个保守的半胱氨酸位点排列方式为C1—X26—C2—X3—C3—X37—C4—X10—C5—X8—C6,完全符合典型气味结合蛋白所具有的六个保守的半胱氨酸位点结构模型。氨基酸序列中有5个亲脂性区域,其中第62～75位的氨基酸残基形成明显的亲脂性口袋。预测该蛋白分子量为15.50 kD,等电点为5.24,N—末端包含21个氨基酸组成的信号肽序列。FoccOBP3与横缝茧蜂Diachasma alloeum的DallGOBP（GenBank登录号为XP_015125081.1）、赤拟谷盗Tribolium castaneum 的TcasPBP（GenBank登录号为XP_015835846.1）和TcasOBP07（GenBank登录号为EFA04593.1）的氨基酸序列一致性较高。FoccOBP3与埋葬甲虫Nicrophorus vespilloides的NvesGOBP（GenBank登录号为XP_017781594.1）聚在最小的一个分支,表明与该基因亲缘关系最近。FoccOBP3蛋白含有组成α—螺旋的氨基酸残基127个,形成β—折叠的氨基酸残基58个,形成β—转角的氨基酸残基15个。FoccOBP3蛋白骨架是由 6 个α—螺旋和连接这些螺旋的回折构成,其中5个α—螺旋形成一个结合口袋。FoccOBP3在西花蓟马1龄若虫中高表达,其次是羽化5 d的雌虫,其余发育阶段的表达量均较低;且在雌、雄性成虫中的表达量亦有差异,除了羽化10 d的,羽化1、5、15 d雌虫的表达量均比同发育阶段雄虫的高。该基因在西花蓟马成虫触角中高表达,其次是头部,在腹、足中的表达较低,在胸部微表达。本研究克隆获得西花蓟马气味结合蛋白基因FoccOBP3,明确了其核苷酸、氨基酸序列特征,预测了该蛋白的二级、三维结构,测定了FoccOBP3在西花蓟马中的时空表达,推测该基因可能在西花蓟马气味识别、寄主定位等方面发挥重要作用。 相似文献
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细胞自噬是真核生物中一类包含多种进化保守的Atgs蛋白参与的蛋白质降解途径,该途径也参与多种植物病原真菌的产孢、孢子萌发和致病性过程。本研究利用模式物种已知的Atgs,通过生物信息学分析在假禾谷镰孢菌中鉴定到29个Atgs,分属29种不同蛋白类型。细胞自噬核心调控机制相关蛋白Atg1、Atg6、Atg8和Atg9的氨基酸序列系统进化分析结果显示,Atgs在丝状真菌间非常保守,符合物种进化的特点。通过假禾谷镰孢菌跟亲和与非亲和寄主转录组数据分析发现,与菌丝阶段相比26个Fp Atgs在侵染阶段的表达发生改变,其中Fp Atg1、2、3、4、5、7、8、9、13、22、23、28和Fp Vps34在侵染初期和中后期均诱导表达;Fp Atg6、14、17、20、24、29和Fp Vps15在侵染初期和中后期表达量均降低;Fp Atg10、11除在非亲和互作中后期表达量略有上调,其余阶段均显著下调表达;Fp Atg15、16在亲和互作初期诱导表达,其余阶段均下调表达;Fp Atg26、27在亲和互作初期下调表达,中后期诱导表达,而在非亲和互作初期表达量升高,到中后期下调表达。推测细胞自噬参与调控假禾谷镰孢菌的侵染过程。 相似文献
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甘薯褪绿斑病毒(Sweet potato chlorotic fleck virus,SPCFV)是侵染甘薯的主要病毒之一。本研究利用RT-PCR方法克隆了SPCFV中国4个分离物的外壳蛋白(CP)基因。序列分析表明,cp基因全长900 bp,编码299个氨基酸残基。4个分离物cp基因的核苷酸序列一致性为78.3%～89.9%,推导的氨基酸序列一致性为91.3%～95.7%,存在较大的分子变异。不同分离物CP氨基酸序列N末端的第3-32位氨基酸为多变区。将四川分离物的cp基因克隆到原核表达载体pET-28a(+)上,SDS-PAGE分析表明,经IPTG诱导,cp基因在大肠杆菌BL21(DE3)中得到了高效表达。以表达的蛋白为抗原免疫家兔,制备了SPCFV CP的特异性抗血清。ACP-ELISA检测结果表明,制备的抗血清效价达1∶128 000,可用于田间甘薯样品的检测。 相似文献
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苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是危害梨(Pyrus spp.)和苹果(Malus spp.)的重要病毒。本研究采用小RNA深度测序技术获得了ASPV基因组的部分序列,在此基础上设计引物对该病毒基因组进行RT-PCR扩增,通过序列拼接得到1个来源于玉露香(Yuluxiang)梨的ASPV分离物(YLX)长度为9 291个核苷酸(nt)(不包括基因组5'末端约30个核苷酸)的基因组序列,该序列与已报道的13个ASPV分离物的基因组核苷酸序列相似性为71.6%~80.7%,与多个来自苹果的ASPV分离物系统进化关系较近。首次分析了来源于ASPV基因组的干扰性小RNA(siRNA),发现来源于ASPV基因组链和互补链的siRNA长度均以21 nt和22 nt为主,siRNA的5'端具有一定的碱基偏好性。本研究结果为深入了解ASPV的分子特性提供了重要信息。 相似文献