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1.
王森森段启栋鲍慧玮田健 《人参研究》2022,(5):2-6
目的利用网络药理学研究方法,探讨药对柴胡-黄芩治疗高血压的的活性成分、作用靶点及相关通路,探究其作用机制。方法利用中药系统药理学数据库(TCMSP)获取柴胡和黄芩的主要活性成分,利用Uniprot数据库将靶点信息进行基因标准化处理,通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库查找高血压的疾病靶点,与Uniport数据库进行对比与筛选,取药物和疾病的交集靶点,将交集靶点导入STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络图,借助Cytoscape3.7.0靶点可视化软件对蛋白质互作网络图进行构建通过网络图筛选药物中的核心作用靶点,构建药物-有效化合物-作用靶点网络,通过Metascape生信在线分析网站对筛选出的靶点进行GO分子函数、GO生物过程、GO细胞组分以及KEGG通路富集分析。结果通过KEGG通路富集分析共获得201条信号通路,GO Molecular Functions富集分析中共得到188条GO功能条目,GO Biological Processes富集分析中共得到1700条GO功能条目,GO Cellular Components富集分析中共得到100条GO功能条目,通过筛选最终得到PI3K-Akt、JAK-STAT、Wnt、cGMP-PKG、AMPK、Hippo、CaN6种关键治疗靶点。结论柴胡-黄芩药对中有多个有效成分和作用靶点,对高血压有治疗效果。 相似文献
2.
王森森周林峰鲍慧玮田健 《人参研究》2022,(6):25-28
目的 利用网络药理学的方法探讨百合治疗肺癌多靶点,多成分,多通路的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索出百合化学成分,筛选出化学成分的蛋白靶点,从UniProt数据库获得蛋白靶点的简称,Gene Cards数据库、DisGe NET数据库查找到疾病靶点。利用Venny2.1.0数据库,筛选药物和疾病的交集,并将交集靶点导入STRING网站分析,STRING数据库构建PPI靶点互作图,将数据导入Cytoscape靶点构建蛋白质相互作用网络(PPI),确定出核心靶点,借助Cytoscape3.7.0软件构建药物-成分-作用靶点网络。通过Metascape分析网站进行KEGG和GO富集分析。结果在TCMSP共获得化学成分84个,甄别后确定16个化学成分、80个靶点蛋白。通过GeneCard和DisgeNeT检索得到疾病靶点5702个。得到57个药物和疾病的交集靶点。构建药物-成分-靶点网络图,进行分析得到degree值较高的四个成分,分别是西多糖苷、大黄素、β-谷甾醇,豆甾醇。筛选得到TNF、TP53、MYC、JUN、ESR1等核心靶点。获得p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Ras信号通路、TNF信号通路、NF-kappa B信号通路等。结论 网络药理学分析结果表明百合可通过多通路以及作用于多靶点来治疗肺癌,西多糖苷、大黄素、β-谷甾醇、豆甾醇等核心成分可能调节TNF、TP53、MYC、JUN、ESR1核心靶点来发挥作用。 相似文献
3.
宋张婕洪玉书李琪刘婧李玉梅 《人参研究》2023,(2):6-12
目的基于网络药理学和分子对接验证探讨黄芪-丹参药对治疗糖尿病溃疡(Diabetic Ulcer)的作用机制。方法利用中药系统药理平台(TCMSP)和Uniprot数据库对人类已验证的黄芪-丹参药物作用靶点及有效成分进行筛选;通过检索人类基因数据库(GeneCards)和人类孟德尔遗传研究平台(OMIM)获取糖尿病溃疡的疾病靶点;筛选药物与疾病交叉靶点,应用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点”网络图;利用STRING平台搭建蛋白质互作网络(PPI);利用微生信平台进行KEGG通路分析和GO功能富集分析。基于Autodock和Pymol软件进行主要活性成分和关键靶点分子对接验证。结果本次研究包括46个化合物和152个关键作用靶点。通过拓扑分析得出主要活性成分槲皮素、山奈酚和木犀草素等治疗糖尿病溃疡可能与AKT1、TP53、TNF、IL6和VEGFA等蛋白密切相关,并通过血脂与动脉粥样硬化信号通路、TNF信号通路和IL-17信号通路等信号通路发挥主要作用。分子对接表明其主要活性成分与关键靶点具有良好的稳定性。结论通过网络药理学及分子对接验证了黄芪-丹参药对具有治疗糖尿病溃疡的效果,并对其治疗的作用机制进行了预测。 相似文献
4.
目的 使用网络药理学方法探讨黄芪-大黄药对治疗糖尿病肾病的关键靶点基因及其潜在作用机制。方法从TCMSP数据库中筛选出黄芪-大黄药对有效组分及相应靶点,通过GeneCards、OMIM、Drugbank数据库得到糖尿病肾病靶点,使用Cytoscape3.7.0软件构建“药对-有效组分-交集靶点”网络图,将交集靶点上传至STRING数据库构建PPI网络图,利用Cytoscape3.7.0软件筛选关键靶点。在Metascape数据库分别进行GO和KEGG富集分析,使用在线作图网站微生信将结果可视化,并进行分子对接验证。结果 筛选得到黄芪-大黄药对中活性成分23种,对应潜在作用靶点354个,药对治疗糖尿病肾病可能与槲皮素、山奈酚、7-O-甲基异丙醇胺、β-谷甾醇、芒柄花黄素等有效成分有关,其发挥重要作用的交集靶点可能为AKT1、TP53、TNF等。KEGG富集表明主要与糖尿病并发症中的衰老信号通路、IL-17信号通路有关。分子对接表明其主要活性成分与关键靶点具有良好的稳定性。结论 本研究初步揭示了黄芪-大黄药对多种成分、多个靶点和多条通路相互作用治疗糖尿病肾病的机制,为糖尿病肾病治疗提供理论基础。 相似文献
5.
目的 运用网络药理学方法系统研究五味子治疗心力衰竭（HF）的作用机制。方法 通过检索TCMSP数据库筛选五味子化学成分,构建药物-成分-靶点网络图。通过GeneCards数据库收集HF疾病靶点,将五味子与HF相关的靶点取交集,得到五味子治疗HF的靶点。通过STRING数据库构建交集基因的蛋白互作网络（PPI）,应用Cytoscape3.9. 2软件分析PPI网络中核心靶点,然后进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,构建“成分-靶点-疾病-通路”网络。结果发现五味子中8个化学成分,包括当归酰基戈米辛、五味子乙素、五味子醇乙、戈米辛R、五味子丙素、戈米辛R等和11个潜在作用靶点,ACHE、CHRM2、PTGS2、CHRM1、AR、KCNMA1、NR3C2、F2R、DPP4、NOS3、F10参与治疗HF作用。GO功能和KEGG通路富集分析结果显示这11个作用靶点主要涉及95个生物过程通路,与8条代谢通路相关。结论 基于网络药理学对五味子治疗心力衰竭（HF）的初步研究表明,五味子可通过多成分、多靶点干扰多条信号通路发挥治疗HF的效果,为阐述五味子治疗HF潜在作用机制提供理论依据。 相似文献
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目的 使用网络药理学方法预测虎眼万年青治疗癌症（Cancer）的药理作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库检索虎眼万年青活性成分,使用SwissADME数据库对其活性成分的靶点进行分析预测,使用PharmgKb、OMIM、DrugBank数据库获取与癌症相关的靶点基因,采用Cytoscape3.7.0软件构建“成分靶点网络”及“蛋白质互作网络”,对关键活性组分进行筛选。通过Metascape数据库,对关键靶点的GO及KEGG通路进行富集分析;最后探讨“活性成分-靶点-信号通路”的关系。结果 预测到虎眼万年青的活性成分靶点430个,Cancer相关靶点476个,相互作用的交集靶点蛋白74个,研究得到虎眼万年青化学成分对癌症的治疗作用主要是通过如下信号通路：Pathways in cancer、PI3K-Akt signaling pathway、Prostate cancer、Focal adhesion、Ras signaling pathway、MicroRNAs in cancer、Chemical carcinogenesis-receptor activation、Lipid... 相似文献
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目的利用网络药理学的研究方法探究人参、红参、黑参、人参叶、西洋参和三七治疗心力衰竭的作用机制及不同药性的药物治疗心力衰竭的差异性。方法利用TCMIP v2.0、Swiss Target Prediction数据库并结合文献挖掘筛选各药物的成分及作用靶点;GeneCards、OMIM等数据库筛选有关心力衰竭靶点;取交集后将交集靶点通过String数据库构建靶点蛋白互作网络;运用GO、KEGG数据库对靶点基因信号通路分析;由Cytoscape.v3.7.2构建网络并挖掘人参、红参、黑参、人参叶、西洋参和三七治疗心力衰竭的作用机制并赋值法比较不同药性的药物治疗心力衰竭的差异。结果人参活性成分64种,红参活性成分30种,人参叶活性成分27种,西洋参活性成分26种和三七活性成分40种;各药物治疗心力衰竭潜在靶点分别为157、108、96、80、93、106个。GO功能富集显示各药物生物功能主要集中在炎症反应的调节、蛋白激酶活性等方面;KEGG通路富集显示各药物治疗心力衰竭主要涉及蛋白多糖、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性通路、PI3K-AKT等信号通路。对各药物成分、靶点、通路赋值得到温热性药物治疗心力衰竭的主要成分为人参皂苷Rh3等,主要靶点为CDK8、AGTR1、GYS1、MMP1,主要通路为脂质与动脉粥样硬化通路;寒性药物治疗心力衰竭的主要成分为人参皂苷Rh6等,主要靶点为CYP1A2、EPAS1、ATP1A3、ATP1A,主要通路为受体活化通路。结论通过构建“活性成分-靶点-信号通路-疾病”网络和赋值分析法,从多成分、多靶点、多通路角度阐释人参、红参、黑参、人参叶、西洋参和三七治疗心力衰竭的作用机制,分析比较不同药性治疗心力衰竭的的差异性,为后续研究中药传统功效提供了新的思路与基础。 相似文献
8.
目的 基于网络药理学探究人参、红参与黑参治疗气虚的药效物质基础与机制。方法 通过查阅文献,筛选三种人参的有效成分和靶点。采用Swiss target prediction等平台预测其有效成分与靶点信息。结合GeneCards数据库检索与气虚相关的靶点,运用Cytoscape 3.7.2软件,构建药物-活性成分-靶点-疾病网络图。在String平台上构建靶点蛋白互作网络,利用R软件对关键靶点基因进行KEGG通路富集分析,揭示三种人参治疗气虚的作用机制与潜在信号通路。结果 经条件筛选,人参中kaempferol(山奈酚)、Ginsenoside Rk2(人参皂苷Rk2)、20(S)-protopanaxatriol(原人参三醇)等23个核心成分可通过VEGFA(血管内皮生长因子A)、HPSE(乙酰肝素酶)、HSP90AA1(热休克蛋白90AA1)等19个核心靶点作用于115条通路上;红参中Panaxytriol (人参三醇)、20 (R)-Ginsenoside Rh1 (人参皂苷Rh1)、Ginsenoside Rk2 (人参皂苷Rk2)等17个核心成分可通过VEGFA(血管内皮生长因子A)、HPSE(乙酰肝素酶)、HSP90AA1(热休克蛋白90AA1)等11个核心靶点作用于83条通路上;黑参中Ginsenoside Rk3(人参皂苷Rk3)、Ginsenoside Rh3(人参皂苷Rh3)、Ginsenoside Rh4 (人参皂苷Rh4)、Ginsenoside Rk1 (人参皂苷Rk1)4个核心成分可通过VEGFA(血管内皮生长因子A)等5个核心靶点作用于33条通路上。三种人参主要涉及抑制细胞分裂周期、调节胰岛素代谢、控制炎症反应等方面,发挥多靶点、多通路治疗气虚的作用。结论 人参、红参与黑参及其活性成分可通过VEGFA (血管内皮生长因子A)、HPSE (乙酰肝素酶)、HSP90AA1(热休克蛋白90AA1)等多个关键靶点干预PI3K-Akt信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等。进一步揭示了三种人参可通过多个靶点、多条通路发挥治疗气虚的作用。预测三种人参对于气虚的治疗作用为:人参>红参>黑参。 相似文献
9.
《人参研究》2021,(3)
目的通过网络药理学的方法,研究豨莶精醇对免疫性血小板减少症的作用及作用机制,并通过细胞实验对其作用进行初步探究。方法通过SwissTargetPrediction数据库绘制豨莶精醇结构,预测豨莶精醇作用的靶点,通过GeneCards数据库,以"Immune Thrombocytopenia"为关键词获取疾病相关靶点,通过Cytoscape 3.5.0软件绘制化合物-靶点-疾病网络图,获得豨莶精醇与免疫性血小板减少症共有靶点,使用David 6.8数据库进行GO生物学过程分析和KEGG通路分析,STRING数据库分析获得关键靶点;通过刀豆蛋白A诱导脾细胞增殖,使用豨莶精醇进行干预,检测细胞增殖变化。结果网络药理学分析显示,豨莶精醇与血小板减少性紫癜共有靶点56个,发挥治疗作用的生物学过程与调节多个蛋白通路的磷酸化、调节一氧化氮的合成、调控JAK-STAT级联、调控细胞的增殖凋亡和迁移等相关,涉及的通路有癌症的途径、催乳素信号通路、PI3K-Akt信号通路、ErbB信号通路、胶质瘤、白细胞跨内皮迁移、FoxO信号通路、GnRH信号通路等,关键靶点有STAT3、EGFR、ESR1、HSP90AA1、MAPK8;细胞实验显示豨莶精醇对刀豆蛋白A诱导的脾细胞增殖具有一定的抑制作用。结论豨莶精醇对免疫性血小板减少症具有一定治疗作用,主要的作用机制是通过影响多个基因表达,调节多通路,来影响免疫相关细胞的增殖及凋亡。 相似文献
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利用高效液相色谱（HPLC）对不同产地雨花茶中儿茶素组分进行分析与评价，并基于中药网络药理学探讨雨花茶抗肿瘤的潜在作用机制。采用HPLC法建立12批雨花茶的指纹图谱并对其进行含量测定。基于TCMSP、Swiss Target Prediction、PubChem和UNIPROT数据库获取雨花茶中7个成分的靶点信息并导入Cytoscape软件构建成分-靶点网络，借助蛋白互作网络得到核心靶点，对核心靶点进行GO生物过程富集、KEGG通路富集，构建雨花茶抗肿瘤的主要成分-核心靶点-主要通路的网络。结果表明，不同产地雨花茶中儿茶素组分具有一定差异，表没食子儿茶素没食子酸酯为含量最高成分。网络药理学结果显示雨花茶中7个成分主要作用于134个靶点、165条通路发挥抗肿瘤作用，包括转录与凋亡相关的JUN、STAT3、MAPK3、TP53、MAPK1、FOS、ESR1、SP1及血管生成相关的HIF1A和炎症相关的RELA。本研究建立了不同产地雨花茶HPLC指纹图谱和多成分含量测定方法，可为雨花茶等的质量评价提供参考。雨花茶中多成分主要通过促凋亡、抗炎、抗氧化、抗缺氧等多种机制，产生抗肿瘤效应。 相似文献
11.
《人参研究》2021,(1)
目的探讨西洋参预防病毒性肺炎的可行性。方法以西洋参的主要入血活性成分为研究对象,通过文献检索及TCMSP、GeneCard、SwissTargetPrediction、String和DAVIDE工具,基于网络药理学方法构建中药-成分-靶点-通路-疾病网络图,分析重点靶点和主要的作用通路。结果得到西洋参的14个入血活性成分及313个靶点,皂苷类化合物的靶点重合度高,主要药理学作用包括提高免疫、抗炎、抗癌、调节内分泌和调节中枢神经系统等;西洋参的靶点中有120个与病毒性肺炎相关,占全部靶点的39%。重点靶点有STAT3、MAPK3、EGFR、VEGFA、BCL2L1、CASP3、HIFIA等,大多与免疫、炎症或病毒感染相关。富集分析的条目包括病毒感染、癌症、免疫和炎症相关的通路。结论癌症和病毒感染激活的生物合成途径相似,综合分析西洋参以往的抗病毒机制研究、癌症和病毒感染代谢途径改变的相似性及西洋参提高免疫的药理作用,认为西洋参在抗病毒感染、抗炎和调节免疫方面具有防治病毒性肺炎的潜力,本研究将为开发西洋参防治免疫疾病的功能产品提供理论依据。 相似文献
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目的:通过网络药理学的方法探究茶叶抗癌的作用机制,为揭示茶叶抗癌的科学内涵提供新思路.方法:通过中国知网进行文献研究,收集茶叶中主要的化学成分;利用化源网检索进一步确定各个化学成分的化学结构式,并使用ChemBioDraw软件手动画取;将取得的化学结构式导入SwissTargetPrediction数据库预测成分的作用靶点;利用Genecards和Drugbank两个数据库获取癌症相关靶点;通过String数据库构建PPI网络,并根据Degree值的大小筛选核心靶点;采用Metascape数据库对核心靶点进行GO及KEGG富集分析.结果:通过文献研究最终纳入茶叶中13个化学成分,共预测出165个作用靶点;纳入癌症相关靶点3350个;通过PPI确认IL6、VEGFA、TNF等40个核心靶点;GO生物功能富集分析发现,积极调控细胞迁移、调节平滑肌细胞增殖、对氧气水平的反应等生物过程;膜筏、细胞质核周区域、转录因子复合体等细胞组成;细胞因子受体结合、内肽酶活性、蛋白磷酸酶结合等分子作用;KEGG信号通路结果显示,主要涉及多种癌症的相关通路、PI3K-Akt信号通路和NF-κB信号通路等.结论:茶叶中儿茶素及其酯类衍生物可能是起抗癌作用的主要成分,多成分多靶点的综合调控是茶叶发挥药效物质基础的主要优势. 相似文献
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《人参研究》2021,(4)
目的运用网络药理学的方法探讨人参相关活性成分治疗心肌纤维化(myocardial fibrosis,MF)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库和文献挖掘获取人参的主要活性成分,利用人类基因数据库GeneCards预测和筛选人参活性成分的作用靶点。采用String数据库和Cytoscape 3.8.2软件绘制蛋白相互作用网络(PPI),借助DAVID 6.8数据库进行潜在基因的基因本体(GO)分析和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果筛选得到人参与MF相关的17个活性成分,涉及38个作用靶点。GO分析结果显示,人参治疗MF潜在基因的生物功能主要涉及影响核受体的活动,配体激活的转录因子活性,半胱氨酸型内肽酶活性参与凋亡信号通路,半胱氨酸型内肽酶活性参与凋亡过程,转录辅激活结合,G蛋白偶联的神经递质受体活性,类固醇结合,神经递质受体的活动,转录辅因子结合,G蛋白偶联胺受体活性等方面;KEGG通路富集分析结果显示,人参治疗MF在基因的通路主要涉及肿瘤坏死因子信号通路,弓形体病通路,流体剪切应力与动脉粥样硬化通路,前列腺癌通路,糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路,乙型肝炎通路,甲型流感通路,细胞凋亡通路,麻疹通路,军团病通路等。结论人参治疗MF是多成分、多靶点、多通路的复杂过程,主要通过参与抑制心肌炎症反应、NF-κB结合、多种受体的结合及磷酸化等发挥治疗MF的作用。 相似文献
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目的 探讨人参、红参、黑参抗癌的作用机制及活性成分.方法 ①采用TCMSP、Swiss target prediction并结合相关文献对各药材的化学成分、靶点进行发掘、预测.②通过Gene Cards数据库获取癌症的靶点,得到的疾病靶点分别与人参、红参、黑参的靶点取交集得到各自抗癌的潜在靶点.③将得到的抗癌的潜在靶点... 相似文献
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用已知的52个抗病基因的全长蛋白质序列在GenBank中对大豆（Glycine max L.）ESTs进行tblastn检索,得到的ESTs具备Score≥100和E-value≤10-10作为侯选的抗病基因同源ESTs (R-gene-like ESTs),利用Phrap软件进行聚类拼接,聚类后的unigene在GenBank数据库中通过Blastx来证实其可能的抗病功能。通过该方法,得到403条与抗病基因同源的ESTs,其中有33个推导编码产物含有NBS-LRR 或TIR-NBS-LRR结构域;102条推导的编码产物含有LRR或PK/LRR结构域;254条推导的编码产物含有PK结构域;其它结构域有14条。证明了应用全长序列进行数据库检索的方法是一种快速高效的基因预测方法,得到的RGA数量多类型丰富,为R基因的克隆提供了一种新思路。 相似文献
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1 人参的历史和发展现状人参 (ＰａｎａｘｇｉｎｓｅｎｇＣ .Ａ .Ｍｅｙ)为五加科人参属植物 ,是我国传统中药 ,被誉为百草之王 ,东北三宝之首 ,人参在世界上也是特别驰名的中药 ,应用历史相当久远 ,早在两千多年之前 ,我们的祖先就发现并利用人参治疗疾病。我国历史上的第一部药学名著《神农本草经》就明确记载 :人参 ,“主补五脏、安精神、定魂魄、止惊悸、除邪气、明日、开心、益智 ,久服轻身延年”〔1〕。该书中阐述的人参扶正固本 ,也就是当今医药界所称的“适应原样药物”和“双向调节药物”。人参的作用特点 ,已逐渐为现代药理学和… 相似文献