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1.
本研究旨在克隆新吉细毛羊和小尾寒羊的角蛋白关联蛋白2（keratin-associated protein 2,KAP2）基因并对其进行生物信息学分析,并初步探讨KAP2基因与羊毛毛用性状分子的关系。分别提取新吉细毛羊和小尾寒羊皮肤组织中总RNA,用RT-PCR方法扩增KAP2基因,将PCR产物克隆于pMD19-T载体,转入大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆。提取扩增后的重组质粒pMD19-T-KAP2并进行PCR扩增、双酶切鉴定、序列测定及蛋白质结构预测。结果表明,试验成功克隆了大小为463 bp的KAP2基因,开放阅读框架（ORF）长414 bp,编码137个氨基酸。测序结果比对发现,与小尾寒羊KAP2基因相比,新吉细毛羊的KAP2基因中存在1个由G→A的碱基突变,编码氨基酸由精氨酸（Arg）变为谷氨酰胺（Gln）,属于错义突变。新吉细毛羊和小尾寒羊的KAP2蛋白的分子质量分别为14.81和14.84 ku,等电点分别是9.67与9.82,两种绵羊KAP蛋白的基本理化性质无明显差异,同属于碱性疏水性、跨膜蛋白;预测到蛋白二级结构均由α螺旋、延伸链、无规则卷曲等构成,新吉细毛羊和小尾寒羊KAP2蛋白三级结构中存在一个由α螺旋引起的空间结构的差异位点。综合以上结果推测KAP2基因可能是影响羊毛性状的差异基因,本试验结果可为探讨两种绵羊毛用性状表型差异的分子遗传奠定理论基础。 相似文献
2.
《中国畜牧杂志》2015,(23)
本文旨在克隆绵羊角蛋白关联蛋白8-1(KAP8-1)基因c DNA并分析该基因在不同组织器官的表达分布。提取小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤及不同组织总RNA,RT-PCR法克隆KAP8-1基因,定量RT-PCR方法分析2个品种间KAP8-1基因的表达谱差异。结果表明:已成功克隆出绵羊KAP8-1基因,该基因片段长225 bp,其中ORF区189 bp,编码62个氨基酸,分析显示该KAP8-1基因属于典型的HGT KAP家族,甘氨酸和酪氨酸含量分别为22.6%和17.7%;小尾寒羊与新吉细毛羊间存在丰富的多态性,且多态位点均引起关键性氨基酸的突变;组织表达谱检测表明KAP8-1基因为多组织表达基因,小尾寒羊与新吉细毛羊中不同组织表达谱丰度存在显著差异,表现为小尾寒羊脾脏、肝脏中高表达,而新吉细毛羊则皮肤、心脏中高表达。结果显示,小尾寒羊与新吉细毛羊KAP8-1基因在基因多态性还是组织表达分布上存在显著差异,提示该基因可能与毛表型性状密切相关。 相似文献
3.
《中国畜牧兽医》2015,(12)
本研究旨在克隆绵羊角蛋白关联蛋白8.2(keratin-associated protein,KAP8.2)基因mRNA并分析该基因在不同组织器官的表达分布。首先提取小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤及不同组织总RNA,RT-PCR方法克隆KAP8.2基因并进行两个品种间的比较分析,实时荧光定量PCR方法分析两个品种间KAP8.2基因的表达谱差异。结果表明已成功克隆出绵羊KAP8.2基因mRNA,该片段长574bp,其中ORF区192bp,编码63个氨基酸,甘氨酸(Gly)和酪氨酸(Tyr)含量依次为23.8%和20.6%,属于典型的HGT-KAP家族。多态性分析显示新吉细毛羊与小尾寒羊KAP8.2基因间存在丰富的多态性,多态位点多位于CDS区两侧,其中小尾寒羊KAP8.2基因3′UTR区c192+19-39出现一个疑似fru-let-7j的作用靶位。不同组织表达谱分析显示该基因为多组织表达基因,但两个品种羊不同组织表达谱存在较大差异,表现为小尾寒羊在脾脏、肝脏和皮肤中高表达,而新吉细毛羊则在皮肤和心脏中高表达。本研究提示小尾寒羊与新吉细毛羊KAP8.2基因在基因多态性还是组织表达分布上存在显著差异,提示该基因与毛表型性状相关。 相似文献
4.
《黑龙江畜牧兽医》2016,(11)
为了克隆小尾寒羊与新吉细毛羊血管内皮生长因子D(VEGF-D)基因,检测其多态性及组织表达分布规律,探讨两个品种绵羊毛用性状差异是否与该基因存在必然联系,试验提取小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤及不同组织总RNA,采用RT-PCR方法克隆VEGF-D基因并进行生物信息学分析,定量PCR方法分析两个品种间该基因的表达差异。结果表明:成功克隆出小尾寒羊与新吉细毛羊VEGF-D基因,该基因全长1 487 bp,含有完整的开放阅读框(ORF),长度为1 065 bp,编码354个氨基酸。绵羊VEGF-D基因无论在核苷酸还是氨基酸水平上与亲缘关系更近的牛具有较高同源性。小尾寒羊及新吉细毛羊品种间VEGF-D基因存在较多的多态位点,且相应突变位点均引起氨基酸的改变,提示该基因在品种间存在较大的选择压力,上述突变位点主要位于PDGF结构域两侧,提示其可能通过影响VEGF-D蛋白的水解过程来调控其功能。绵羊VEGF-D基因为各组织广泛表达基因,但其主要在肺脏与脾脏中高表达。不同季节绵羊皮肤组织VEGF-D基因表达模式不同,主要表现为寒冷季节高表达,而气温升高表达量逐渐降低。说明小尾寒羊与新吉细毛羊两个品种中VEGF-D基因存在较高的多态性,不同组织器官与不同季节皮肤组织表达分布相类似。 相似文献
5.
本研究旨在克隆绵羊角蛋白关联蛋白8.2(keratin-associated protein,KAP8.2)基因mRNA并分析该基因在不同组织器官的表达分布。首先提取小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤及不同组织总RNA,RT-PCR方法克隆KAP8.2基因并进行两个品种间的比较分析,实时荧光定量PCR方法分析两个品种间KAP8.2基因的表达谱差异。结果表明已成功克隆出绵羊KAP8.2基因mRNA,该片段长574 bp,其中ORF区192 bp,编码63个氨基酸,甘氨酸(Gly)和酪氨酸(Tyr)含量依次为23.8%和20.6%,属于典型的HGT-KAP家族。多态性分析显示新吉细毛羊与小尾寒羊KAP8.2基因间存在丰富的多态性,多态位点多位于CDS区两侧,其中小尾寒羊KAP8.2基因3'UTR区c192+19-39出现一个疑似fru-let-7j的作用靶位。不同组织表达谱分析显示该基因为多组织表达基因,但两个品种羊不同组织表达谱存在较大差异,表现为小尾寒羊在脾脏、肝脏和皮肤中高表达,而新吉细毛羊则在皮肤和心脏中高表达。本研究提示小尾寒羊与新吉细毛羊KAP8.2基因在基因多态性还是组织表达分布上存在显著差异,提示该基因与毛表型性状相关。 相似文献
6.
《黑龙江畜牧兽医》2016,(1)
为了解角蛋白关联蛋白(KAP)24.1基因在新吉细毛羊群体中的多态性与其毛用性状的关联性,试验采用DNA测序法对新吉细毛羊基因组编码区进行测序,找出基因突变位点,然后采用PCRSSCP技术对497只新吉细毛羊KAP24.1基因编码区序列进行多态性分析,并利用最小二乘模型对其多态性与产毛量、纤维直径、拉伸长度进行关联性分析。结果表明:在编码区有两处突变点,一处在348 bp处发生C→T的突变,脯氨酸突变为亮氨酸;另一处在414 bp处发生T→C的突变,丝氨酸突变为脯氨酸,均属于错义突变,KAP24.1基因的AA、AB、BB和CC基因型与纤维直径不相关(P0.05),BB基因型的产毛量和拉伸长度显著大于AB基因型、CC基因型(P0.05)。说明KAP24.1基因可以作为新吉细毛羊产毛量和拉伸长度主要候选基因之一,BB基因型可以作为分子标记用于预测绵羊产毛量和拉伸长度。 相似文献
7.
《吉林畜牧兽医》2016,(7)
为了探究KAP2基因在不同绵羊群体的多态性,本次试验利用PCR-SSCP的方法,分析新吉细毛羊、道赛特羊和小尾寒羊的基因型和突变位点,并对KAP2基因编码区序列进行多态性分析。结果:新吉细毛羊基因序列第292位点处发生T→C的突变,绵羊群体基因型可分为AA、AB、BB基因型;A基因频率中新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.3261、0.3696、0.5217,B基因频率中新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.6739、0.6304、0.4783,AA基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.2609、0.3043、0.3913,AB基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.1304、0.2174、0.2609,BB基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.6087、0.4783、0.3478。结论:绵羊群体分为AA、AB、BB基因型,BB基因型为优势基因型。 相似文献
8.
《中国兽医学报》2014,(12):2022-2026
本试验采用DNA测序和PCR-SSCP技术,对176只新吉细毛羊KAP13.1基因编码区序列进行多态性分析,并利用最小二乘模型对其多态性与其产毛量、细度、拉伸长度、体质量的关联性进行系统分析。测序表明KAP13.1基因在291bp处发生T→C的突变,在469、528bp处发生C→T的突变,均属同义突变,在T291C位点,CC基因型拉伸长度显著高于TT基因型(P<0.05),而与CT型无显著差异。在C469、528T位点NN基因型的产毛量和拉伸长度显著高于MM型(P<0.05),而与MN基因型无显著差异,其他性状在2个位点的不同基因型间差异不显著。结果表明KAP13.1基因可作为影响新吉细毛羊产毛量和拉伸长度性状的分子标记。 相似文献
9.
《中国畜牧杂志》2017,(9)
为进一步验证小尾寒羊与新吉细毛羊毛用性状与毛囊性状差异。本研究选择9月龄小尾寒羊与新吉细毛羊母羊各8只,在相同饲养环境下测定毛用性状及毛囊性状并分析两者间的差异,最后用定量PCR方法检测不同月份2个品种绵羊毛囊周期分子的表达变化趋势。结果表明:小尾寒羊在主要毛用性状,包括产毛量(GFW)、毛细度(FD)、拉伸长度(SL)、卷曲度及油脂率等大部分指标均极显著低于新吉细毛羊(P0.01);组织切片法测定小尾寒羊与新吉细毛羊毛囊制表显示,小尾寒羊毛囊密度、S/P值等极显著低于新吉细毛羊(P0.01),但在皮肤厚度、初级毛囊、次级毛囊毛乳头直径等显著高于新吉细毛羊;毛囊周期标记分子定量PCR显示,不同季节小尾寒羊与新吉细毛羊LEF1和TGF-β1基因总体变化趋势相同,但小尾寒羊变化更为剧烈,说明气候等外界因素对小尾寒羊毛囊周期影响大于新吉细毛羊。本研究证明小尾寒羊与新吉细毛羊的毛用性状、毛囊性状存在极显著差异,TGF-β1为进一步探讨小尾寒羊与新吉细毛羊毛用性状表型差异分子遗传基础研究奠定基础。 相似文献
10.
《中国兽医学报》2015,(12)
以供试羊皮肤组织中提取的总RNA为模板,根据Gen Bank中登陆的绵羊LHx2基因序列设计引物,通过PCR方法扩增RT-PCR合成的LHx2基因编码区第一链c DNA,回收、纯化反应产物,将目的基因与p MD18-T载体连接、转化,获得阳性重组质粒,成功克隆新吉细毛羊LHx2基因c DNA序列,测序长为1 215 bp。基因同源性分析结果显示各物种间同源性均在80%以上。该基因编码405个氨基酸残基,蛋白同源性分析结果显示各物种间同源性差异较大;蛋白二级结构分析显示LHx2蛋白为疏水性蛋白、柔韧性较高;蛋白结构域分析结果表明克隆的基因较为完整。研究结果为深入研究新吉细毛羊LHx2基因提供理论基础。 相似文献
11.
根据绵羊毛囊角蛋白关联蛋白(KAP)6.1(登录号为AY483218.1)基因序列设计合成2个特异性引物,以新疆细毛羊为研究对象,从采集的皮肤组织中提取RNA进行RT-PCR反应,扩增出长度为320 bp的特异性片段,回收目的片段并连接至pMD18-T载体后转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,检测阳性克隆、测序并进行分析。结果表明:试验成功克隆了新疆细毛羊KAP6.1基因,得到的长度为320 bp序列中包含252 bp的编码区序列。新疆细毛羊与绵羊亲缘关系最近,同源性为99.2%,与山羊同源性为94.8%,有13处核苷酸差异与人和兔的同源性分别为80.8%、75.1%。 相似文献
12.
本研究旨在鉴定细毛羊主要经济性状相关的分子标记,以462只1岁鄂尔多斯细毛羊母羊为实验动物,联合DNA混池测序和Snapshot技术,检测KAP15-1基因和KAP27-1基因多态性。采用SAS 9.2对非同义突变位点和鄂尔多斯细毛羊羊毛性状进行相关性分析,利用DNASTAR软件预测蛋白质二级结构。结果显示：KAP15-1基因的SNP1突变位点对羊毛纤维直径标准差和纤维直径变异系数有显著影响;SNP1突变位点对蛋白质二级结构的影响集中在60～80号氨基酸之间。KAP27-1基因的SNP3突变位点对羊毛平均纤维直径有显著影响,对纤维直径标准差和剪毛前体重影响极显著;SNP3突变导致的蛋白质二级结构变化分布在整个氨基酸序列上,但是集中在Beta、Turn、Coil Regions和Antigenic Index部分。综上,KAP15-1基因的SNP1突变和KAP27-1基因的SNP3突变影响鄂尔多斯细毛羊羊毛纤维直径,在实际育种中可作为该性状的潜在分子标记。 相似文献
13.
为克隆绵羊血管内皮生长因子B(VEGF-B)基因,探寻该基因与毛囊发育及毛用性状形成的潜在关系,本文利用RT-PCR从小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤组织克隆出VEGF-B基因mRNA并对不同组织中VEGF-B基因表达进行分析。扩增显示存在2条扩增条带,克隆测序发现均为VEGF-B基因,大小为978 bp和877 bp。分析发现片段中间部位缺失导致编码氨基酸序列改变,但并未破坏PDGF功能结构域,仅引起一端蛋白酶切位点改变。不同组织器官中两突变体表达检测发现具有组成型表达的特点。定量检测发现VEGF-B在肺脏和卵巢组织中较心脏组织表达升高,脾脏、肾脏与心脏表达持平。肠道、肝脏、脑及肌肉组织则表达降低。本研究成功克隆了绵羊VEGF-B基因并对其进行了系统的鉴定分析,为进一步研究绵羊VEGF家族功能奠定基础。 相似文献
14.
为克隆不同品种绵羊血管内皮生长因子C(VEGF-C)基因,探寻该基因与绵羊毛囊发育及毛用性状形成的内在关系,本实验利用RT-PCR方法从小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤组织克隆出VEGF-C基因mRNA并进行生物信息学分析。以皮肤组织cDNA为模板,RT-PCR扩增显示存在多个扩增条带,克隆测序结果发现所有条带均为VEGF-C基因序列。除最长片段为全长VEGF-C基因外,其他均为VEGF-C异构体,片段长度依次为1 318、1 298、1 197、890、732、604 bp。所有异构体均表现为序列中间部位的缺失,分析显示各异构体由不同类型的可变剪切方式组合加工产生。氨基酸分析发现大部分异构体造成移码突变,编码类VEGF-C蛋白小肽,推测可能参与VEGF-C蛋白成熟或功能调节。本研究首次证明VEGF-C基因在绵羊皮肤组织存在复杂的转录后加工过程,为进一步研究VEGF家族在绵羊皮肤组织中的功能奠定基础。 相似文献
15.
《中国畜牧杂志》2020,(8)
本研究旨在了解CD200基因与延边半细毛羊毛用性状的相关性,为延边半细毛羊群体育种奠定理论基础。实验选择相同条件下饲养的体重相近的10月龄雌性延边半细毛羊20只,首先测定延边半细毛羊的细度,然后根据NCBI中绵羊CD200基因(登录号:XM_012190412)的CDS区序列设计引物,通过RT-PCR扩增并克隆CD200基因,采用生物信息学软件进行序列分析;通过免疫组化方法说明CD200在皮肤毛囊中的定位表达。结果显示:延边半细毛羊的羊毛纤维直径为(19.26±2.69)μm;实验成功克隆出CD200基因,长度为729 bp,编码242个氨基酸残基,预测到蛋白二级结构由α螺旋、延伸链、无规则卷曲构成,蛋白质三级结构为球形;免疫组化结果显示CD200在毛囊的外根鞘、毛囊干细胞及表皮层表达。本研究结果表明延边半细毛羊的羊毛细度较细,可用于细毛羊的育种;CD200可能参与调控羊毛细度的表达。 相似文献
16.
17.
《饲料工业》2016,(16)
KAP6.4是角蛋白关联蛋白KAP基因家族中的一员。为探究小尾寒羊中KAP6.4基因是否存在多态性,试验通过提取小尾寒羊血液样品DNA,利用PCR-SSCP技术检测KAP6.4基因的SNP多态。试验检测到2种基因型,其中AA(基因型频率为0.778)为优势基因型,A(等位基因频率为0.889)为优势等位基因。测序结果显示,AA型基因和Gen Bank登陆序列相一致,AB型基因在编码区发生了7处碱基突变和增添36 bp片段。分析表明,AB型变异造成了3个氨基酸残基的变化。以上结果表明,KAP6.4基因在小尾寒羊群体中存在多态性,这为进一步在小尾寒羊群体中开展绒毛性状与KAP6.4基因多态性的关联分析提供依据。 相似文献
18.
《中国畜牧兽医》2019,(12)
为了探究小尾寒羊富含半胱氨酸酸性分泌蛋白类似物1(secreted protein acidic and rich in cysteine like 1,SPARCL1)基因结构及其各组织间表达差异,试验提取小尾寒羊肝脏组织总RNA,根据GenBank中公布的绵羊SPARCL1基因序列设计引物,应用PCR技术扩增SPARCL1基因编码区(CDS)。将扩增产物连接到pMD18-T载体进行测序,获得小尾寒羊SPARCL1基因完整CDS区序列信息,应用生物信息学软件分析序列及蛋白结构。以小尾寒羊心脏、肝脏、肌肉、胃、十二指肠、小肠组织mRNA为模板,通过实时定量荧光PCR技术检测SPARCL1基因在小尾寒羊各组织间的表达差异。结果显示,试验成功获得小尾寒羊SPARCL1基因CDS 1 962 bp,编码653个氨基酸;分子质量为74.39 ku,理论等电点为4.64,为亲水性蛋白质;SPARCL1基因具有信息肽切割位点,为分泌蛋白;小尾寒羊SPARCL1基因序列与NCBI中绵羊序列同源性为99.80%,SPARCL1基因CDS区出现4处突变位点,但未引起氨基酸改变;SPARCL1蛋白存在77个蛋白磷酸化位点和3个糖基化位点;SPARCL1蛋白表达预测主要定位在细胞质;SPARCL1蛋白二级结构中α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲分别占31.9%、6.4%、28.7%和33.0%,三级结构预测结果与其一致。SPARCL1基因在小尾寒羊皮下脂肪组织中相对表达量明显高于其他组织。本研究成功克隆获得小尾寒羊SPARCL1基因CDS区完整序列,并对其序列、蛋白理化特性、结构及各组织间表达差异进行了详细分析,为研究小尾寒羊SPARCL1基因功能,探究其在小尾寒羊脂肪代谢过程中可能发挥的作用提供参考依据。 相似文献
19.
《黑龙江畜牧兽医》2020,(3)
为了探究毛囊KIF2.9基因对半粗毛型地方品种绵羊羊毛品质和性状的影响,试验以山区型和田羊为试验动物,提取毛囊总RNA,反转录成cDNA,PCR扩增毛囊KIF2.9基因,并定向插入pMD18-T克隆载体中构建pMD18-T-KIF2.9克隆质粒,经双酶切、PCR鉴定及测序分析正确后,将山区型和田羊毛囊KIF2.9基因连接到原核表达载体pET-28a(+)中,构建毛囊KIF2.9基因的pET28a(+)-KIF2.9原核表达重组质粒,检测其正确性,并运用DNAMAN、ProtParam、ExPASy、MEGA 5.0等软件对其核苷酸和氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明:山区型和田羊毛囊KIF2.9基因编码序列大小为1 527 bp,编码509个氨基酸。与GenBank中美利奴羊比较,毛囊KIF2.9碱基序列有20处碱基发生突变,但仅造成第292位丙氨酸→缬氨酸,第414位谷氨酰胺→谷氨酸,第466位色氨酸→苏氨酸这3处氨基酸的变异。与美利奴羊毛囊KIF2.9基因的序列比对,其碱基同源性为98.69%,但氨基酸序列同源性高达99.41%。与美利奴羊毛囊KIF2.9基因蛋白结构比对,蛋白质一级结构中原子总数、分子质量、脂肪酸系数略高于美利奴,氨基酸数目、等电点、平均疏水性等无明显差异;蛋白质二级结构中α-螺旋、β-转角、无规则卷曲和延伸链所占比例没有明显差异;蛋白质三级结构中某些肽段结构发生了变化。KIF2.9基因分子系统进化树反映山区型和田羊与美利奴羊亲缘关系较近。说明山区型和田羊与美利奴羊的羊毛类型有差异,但毛囊KIF2.9基因在氨基酸水平上高度相似,亲缘关系较近。 相似文献
20.
试验采集新疆细毛羊皮肤组织,提取RNA,采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术扩增出KAP6.1基因,并通过DNA重组技术将该基因片段重组于pEGFP-C2真核表达载体上,构建pEGFP-C2-KAP6.1重组质粒,并进行PCR、酶切鉴定。结果表明,本试验成功构建了新疆细毛羊的pEGFP-C2-KAP6.1真核表达重组质粒,为进一步研究该基因所编码的蛋白与毛品质的关系,以及培育超细羊毛等经济性生物学性状相互关系提供理论依据。 相似文献