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1.
本研究旨在对黔北麻羊肌细胞增强因子2D（myocyte enhancer factor 2D，MEF2D）基因的多态位点进行筛选及生物信息学分析。根据GenBank中山羊MEF2D基因序列（登录号：NC_030810），应用Primer Premier 5.0软件设计引物，运用混合DNA池结合PCR产物直接测序分析黔北麻羊MEF2D蛋白第2~6外显子序列多态性，构建系统进化树，并利用生物信息学软件对黔北麻羊MEF2D蛋白进行理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽和二级结构分析。结果显示，共筛选出3个SNPs：Exon3-G17617A、Exon5-C20180A和Exon5-C20259T。系统进化树分析显示，黔北麻羊和黄牛的亲缘性最近，与野猪和人的亲缘关系较近，与褐家鼠和小家鼠的亲缘关系较远。蛋白理化性质分析显示，黔北麻羊MEF2D蛋白理论等电点为7.74，亲水值最小为-2.867，疏水值最大为1.933，为非跨膜蛋白，无信号肽。二级结构显示，Exon5-C20180A突变导致黔北麻羊MEF2D蛋白质二级结构中α-螺旋和延伸链增加，β-转角和无规则卷曲减少。本研究成功筛选出黔北麻羊MEF2D基因多态位点，为研究黔北麻羊育种的分子遗传标记辅助选择奠定基础。 相似文献
2.
本研究旨在对黔北麻羊胸腺素β4（thymosin beta 4,Tβ4）基因的多态位点进行筛选及生物信息学分析。根据GenBank中山羊Tβ4基因序列（登录号：NC_030810和NW_017189516）,应用Primer Premier 5.0软件设计引物,运用混合DNA池结合PCR产物直接测序获得黔北麻羊Tβ4基因X染色体第1、2、3外显子和3号染色体第1外显子序列进行多态性分析,利用生物信息学分析软件对黔北麻羊Tβ4基因进行同源性、系统进化树、理化性质、疏水性、卷曲螺旋、跨膜结构、信号肽、亚细胞定位、结构域、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构和三级结构分析。结果显示,共筛选出10个SNPs,分别为：G55C、C82T、G112A、C129T、G216A、G431A、G551T、T579A、A609G和A619G。同源性比对分析结果显示,黔北麻羊与黄牛、马、野猪、人、裸滨鼠、褐家鼠、小家鼠和原鸡Tβ4基因核苷酸序列同源性分别为97.8%、96.3%、95.6%、94.1%、94.8%、91.1%、92.6%和86.7%。蛋白理化性质分析显示,黔北麻羊Tβ4蛋白理论等电点为5.02,亲水值最小为-3.011,无疏水性氨基酸,无卷曲螺旋,不是跨膜蛋白,无信号肽存在,分布在细胞核（60.9%）、线粒体（4.3%）、细胞骨架（17.4%）和细胞质（17.4%）,有1个THY结构域,有1个苏氨酸磷酸化位点,无N糖基化位点,有4个O糖基化位点。二级结构分析显示,C129T突变使其蛋白质二级结构中α-螺旋增加,无规则卷曲减少。本研究成功筛选出黔北麻羊Tβ4基因多态位点,为研究黔北麻羊育种的分子遗传标记辅助选择提供了参考依据。 相似文献
3.
本研究旨在对黔北麻羊胸腺素β4(thymosin beta 4,Tβ4)基因的多态位点进行筛选及生物信息学分析。根据GenBank中山羊Tβ4基因序列(登录号:NC_030810和NW_017189516),应用Primer Premier 5.0软件设计引物,运用混合DNA池结合PCR产物直接测序获得黔北麻羊Tβ4基因X染色体第1、2、3外显子和3号染色体第1外显子序列进行多态性分析,利用生物信息学分析软件对黔北麻羊Tβ4基因进行同源性、系统进化树、理化性质、疏水性、卷曲螺旋、跨膜结构、信号肽、亚细胞定位、结构域、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构和三级结构分析。结果显示,共筛选出10个SNPs,分别为:G55C、C82T、G112A、C129T、G216A、G431A、G551T、T579A、A609G和A619G。同源性比对分析结果显示,黔北麻羊与黄牛、马、野猪、人、裸滨鼠、褐家鼠、小家鼠和原鸡Tβ4基因核苷酸序列同源性分别为97.8%、96.3%、95.6%、94.1%、94.8%、91.1%、92.6%和86.7%。蛋白理化性质分析显示,黔北麻羊Tβ4蛋白理论等电点为5.02,亲水值最小为-3.011,无疏水性氨基酸,无卷曲螺旋,不是跨膜蛋白,无信号肽存在,分布在细胞核(60.9%)、线粒体(4.3%)、细胞骨架(17.4%)和细胞质(17.4%),有1个THY结构域,有1个苏氨酸磷酸化位点,无N糖基化位点,有4个O糖基化位点。二级结构分析显示,C129T突变使其蛋白质二级结构中α-螺旋增加,无规则卷曲减少。本研究成功筛选出黔北麻羊Tβ4基因多态位点,为研究黔北麻羊育种的分子遗传标记辅助选择提供了参考依据。 相似文献
4.
筛选150只黔北麻羊(0.5岁、1岁、1.5岁各50只)FTO基因的SNPs,为进一步开展FTO基因多态性与山羊肉质性状相关性研究提供参考。通过构建DNA混合池结合PCR产物直接测序技术,对黔北麻羊FTO基因外显子区域进行多态性分析,采用生物信息学软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构分析及对SNPs突变位点峰高进行等位基因频率估算,并应用相应软件对FTO基因编码的蛋白质结构、理化性质、信号肽、跨膜结构、亚细胞定位等结构进行生物信息学分析。在FTO基因外显子区域共筛选出8个SNPs,分别为Exon2-C139T、Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C、Exon9-C1615G、Exon9-G1718A。分析表明,Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C位点的突变在CDS区内,其中Exon3-A242G(Gln-His)、Exon3-G387T引起m RNA二级结构的改变,Exon3-C339T、Exon3-G387T突变导致其m RNA二级结构最小自由能增大,即二级结构稳定性降低。对FTO基因序列进行生物信息学分析,得出FTO是一种非分泌型的亲水性蛋白,不存在跨膜区域,发挥生物学作用的主要场所是细胞质,有7个Ser位点,5个Thr位点,5个Tyr位点,二级结构中ɑ螺旋结构数量最多。 相似文献
5.
黔北麻羊TYR基因多态性及生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究黔北麻羊毛色形成的遗传机制,本实验对黔北麻羊哺乳动物酪氨酸酶(TYR)基因外显子区域运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法进行多态性分析,在TYR基因外显子区域共筛选出5个SNPs,分别为Exon1-G617A、Exon1-G685T、Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-C1578T(Gly-Glu)、Exon5-T1862C;进而利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构及蛋白质二级结构和三级结构分析,发现Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-C1578T(Gly-Glu)引起m RNA二级结构的改变,其中Exon1-G685T、Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-T1862C突变导致其m RNA二级结构最小自由能增大,即二级结构稳定性降低,其错义突变位点Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-C1578T(Gly-Glu)均引起蛋白质二级结构和三级结构的改变。 相似文献
6.
《中国兽医学报》2020,(9)
以单、多羔黔北麻羊为试验对象,采用PCR法扩增克隆获得黔北麻羊CTSB、CTSD基因CDS区序列,生物信息学方法分析黔北麻羊CTSB、CTSD的理化性质、蛋白质高级结构、亚细胞定位情况和信号肽位点,并进行氨基酸同源性分析构建系统进化树;应用qRT-PCR法对目的基因在单、多羔黔北麻羊下丘脑、垂体、子宫、输卵管和卵巢5个性腺组织中的表达量进行差异分析。结果表明:黔北麻羊CTSB、CTSD基因编码序列全长为1 008和1 239 bp,共编码335和412个氨基酸。其蛋白相对分子质量分别为36 780和44 590,理论等电点为5.65和7.03,不稳定系数为65.16和37.82。CTSB、CTSD蛋白二级结构均主要由无规则卷曲构成;三级结构预测结果与二级结构一致,且CTSB蛋白属于亲水性蛋白,信号肽剪切位点位于第17～18号氨基酸,亚细胞定位发现CTSB蛋白有66.7%的可能定位于细胞外;而CTSD属于疏水性蛋白,信号肽剪切位点位于第22～23号氨基酸,亚细胞定位表明其有44.4%的可能定位于细胞外(包括细胞壁)。与其他动物相比,黔北麻羊CTSB、CTSD编码氨基酸序列与绵羊的亲缘性最近。qRT-PCR结果显示,CTSB、CTSD基因在单、多羔黔北麻羊下丘脑、垂体、子宫、输卵管、卵巢5个性腺组织中均有表达,且在卵巢中的表达量最高,极显著高于其他组织(P0.01),CTSB基因mRNA在多羔黔北麻羊垂体、子宫中的表达量极显著高于单羔黔北麻羊(P0.01),CTSD基因mRNA在多羔黔北麻羊垂体、输卵管、卵巢中的表达量极显著高于单羔黔北麻羊(P0.01)。本试验揭示了CTSB、CTSD基因在单、多羔黔北麻羊的表达差异并初步分析了其生物学功能,为进一步探究CTSB、CTSD基因的功能与调控机理奠定了基础。 相似文献
7.
钙调磷酸酶(CaN)对于肌纤维类型的转化起关键作用,所以其调节亚基(CnB)编码基因(PPP3R1)对于畜禽肉质性状有着重要影响。该试验以江口萝卜猪为研究对象,采用混合DNA池测序的方法研究钙调磷酸酶调节亚基基因(PPP3R1)外显子多态性。运用生物信息学分析软件预测了SNPs突变位点对基因编码的mRNA二级结构、蛋白质的理化性质、蛋白质二、三级结构的影响。结果表明,在江口萝卜猪PPP3R1基因中共检测到6个SNPs位点,分别为Exon2-T23G、Exon3-G41A、Exon3-T52G、Exon3-C116T、Exon4-A35G、Exon6-T56C。其中,Exon2-T23G、Exon3-T52G为错义突变,会导致氨基酸序列第9位和第32位的亮氨酸变为色氨酸。生物信息学分析发现,所有突变位点均不改变mRNA二级结构,但Exon3-T52G和Exon3-C116T突变会使二级结构最小自由能增加,导致稳定性降低。蛋白理化性质分析发现,CnB蛋白为较稳定的亲水性蛋白,不是分泌蛋白,两个位点突变后会增加其稳定性和亲水性。Exon3-T52G位点对蛋白二、三级结构无影响,Exon2-T23G位点则会导致蛋白二、三级结构的改变,稳定性略微降低。 相似文献
8.
《黑龙江畜牧兽医》2020,(17)
为了研究核受体辅激活蛋白1(NCOA1)对黔北麻羊繁殖性能的影响,试验采用DNA测序技术,利用SeqMan软件分析测序结果初步筛选SNP位点,根据筛选出的SNP位点应用RNA在线二级结构预测软件中的RNA secondary structure prediction、ProtScale、DNAStar软件中的EditSeq分析NCOA1基因突变位点的二级结构、理化性质、亲疏水性、结构域,运用SPSS 20.0软件分析NCOA1基因型与产羔数的关联性;再应用实时荧光定量PCR方法检测NCOA1基因在黔北麻羊子宫、输卵管、垂体、下丘脑、卵巢5个器官中mRNA的表达水平。结果表明:在外显子7处发现2个SNP位点,命名为G144A和G155A,其中G144A属于同义突变,编码的氨基酸未发生改变,G155A属于错义突变,编码的精氨酸突变为赖氨酸,导致外显子7所编码的氨基酸自由能升高,稳定性降低,分子质量变大,等电点升高,疏水性增强,但未发现保守结构域和特殊结构域,即NCOA1基因外显子7编码的蛋白无特异结构和独立功能;对G155A位点进行基因分型,发现GG基因型个体产羔数分别比GA、AA基因型个体多0.249只(P0.05)和0.377只(P0.05);NOCA1基因mRNA在黔北麻羊5个器官中均有表达,在下丘脑中的表达量最高,在输卵管中的表达量最低,且卵巢、下丘脑中的表达量极显著高于输卵管、子宫(P0.01),垂体中的表达量显著高于子宫和输卵管(P0.05)。说明NCOA1基因对黔北麻羊繁殖性能有一定影响,有G155A突变位点的GG基因型也对黔北麻羊高产有一定影响,可作为筛选黔北麻羊高繁殖力品系的一个潜在指标。 相似文献
9.
[目的]预测南阳牛BoLA-DRA编码蛋白区的理化性质和结构特征.[方法]运用生物信息学分析软件.[结果]DRA基因与其它物种核苷酸序列的同源性均在90％以上.进化树分析羊与牛在同一个分支上,亲缘关系最近.BoLA-DRA编码蛋白为疏水性蛋白,1个跨膜螺旋的膜蛋白,7个功能结构域,6个翻译后修饰位点.预测N末端包含信号肽序列,其切割位点位于26～27位的氨基酸之间.亚细胞定位该蛋白定位在细胞膜上,由α螺旋结构,β折叠结构、β转角结构和无规则卷曲结构形成二级结构.[结论]本试验初步获得了BoLA-DRA编码蛋白区生物信息学分析数据. 相似文献
10.
《畜牧兽医学报》2020,(7)
旨在对黔北麻羊视黄酸受体应答蛋白1(retinoic acid receptor responder 1,RARRES1)基因的功能进行初步探究。本研究首先利用PCR扩增克隆得到黔北麻羊RARRES1基因编码的完整序列,应用生物信息学方法分析黔北麻羊RARRES1蛋白理化性质、高级结构、疏水性、氨基酸同源性及亚细胞定位,并构建系统进化树,同时应用qRT-PCR法检测RARRES1基因在单、多羔黔北麻羊不同组织中的表达水平,随后构建目的基因pEGFP-N3-RARRES1真核表达载体与pGPH1/GFP/Neo-RARRES1 RNA干扰载体,并转染至黔北麻羊卵泡颗粒细胞,利用qRT-PCR法从细胞水平检测并分析目的基因真核表达载体与RNA干扰载体对目的基因RARRES1及多胎性状候选基因BMPR-IB mRNA表达的影响。qRT-PCR结果显示,RARRES1 mRNA在卵巢中的表达量最高,单羔组黔北麻羊卵巢组织中的表达量极显著高于多羔组(P0.01)。生物信息学分析表明,黔北麻羊RARRES1基因共编码289个氨基酸,RARRES1是一种定位在细胞质中的亲水性蛋白,蛋白质二级结构分析显示,其主要是由α-螺旋与无规则卷曲构成,三级结构预测与二级结构分析一致;同源性以及系统进化树结果显示,黔北麻羊RARRES1基因序列与绵羊、牛的同源性高、遗传距离近,与鸡的同源性最低、遗传距离最远。经双酶切、测序验证后,表明目的基因pEGFP-N3-RARRES1真核表达载体与pGPH1/GFP/Neo-RARRES1干扰载体构建成功。将各载体转染至黔北麻羊卵泡颗粒细胞后,与空白对照相比,重组质粒pEGFP-N3-RARRES1能极显著提高RARRES1与BMPR-IB的表达量(P0.01)。在各干扰载体中,重组质粒pGPH1/GFP/Neo-RARRES1-4的抑制效率最好,能够显著与极显著下调RARRES1与BMPR-IB mRNA在卵泡颗粒细胞中的表达量(P0.05,P0.01)。本研究克隆了黔北麻羊RARRES1基因编码的完整序列并进行了生物信息学分析。将重组质粒pEGFP-N3-RARRES1、pGPH1/GFP/Neo-RARRES1成功转染至黔北麻羊卵泡颗粒细胞并验证其表达变化。结果表明,RARRES1可能对山羊多胎性状具有促进作用,为进一步探究RARRES1基因对山羊多胎性状的调控机理提供依据。 相似文献
11.
《中国畜牧杂志》2019,(8)
为分析贵州地方黄牛GH基因多态性,筛选出对本地黄牛生长性状有显著影响的SNPs位点,本研究以贵州4个地方牛种(关岭牛、思南牛、威宁牛、黎平牛)为研究对象,采用直接测序法检测贵州地方黄牛GH基因多态性,利用生物信息学软件对贵州黄牛GH基因进行分析。结果显示:4个地方牛种中共发现2个SNPs,分别为Exon5-G1570C和Exon5-A1720C,Exon5-G1570C为错义突变,Exon5-A1720C为同义突变;其中黎平牛仅存在1个SNPs位点(Exon5-A1720C),其余3个品种均有2个SNPs位点;生物信息学分析表明,牛GH蛋白相对分子质量为27 385.45,理论等电点为6.90,疏水值最大为3.133,亲水值最小为-2.767,属于跨膜蛋白,稳定性较高;突变前后GH基因mRNA二级结构发生改变,Exon5-G1570C位点mRNA自由能升高,稳定性降低;Exon5-A1720C位点mRNA自由能降低,稳定性升高。本实验成功筛选出贵州地方黄牛GH基因的多态位点,可为筛选贵州地方黄牛与生长相关的分子遗传标记奠定理论基础。 相似文献
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贵州地方猪脂肪特异蛋白27基因SNPs筛查与生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以3个贵州地方猪种(可乐猪、贵州白香猪、黔北黑猪)为试验素材构建品种DNA池,采用直接测序技术对猪脂肪特异蛋白27(fat-specific protein 27,Fsp27)基因的第4~5外显子区域进行SNPs快速筛查,共检测出4个SNPs位点:intron3-T2169C,exon4-G5A,intron4-G21C和exon5-C5G,其中exon4-G5A和exon5-C5G使编码氨基酸发生Arg→Gln,Thr→Ser的改变。进一步的生物信息学分析显示,exon4-G5A位点的变异导致mRNA的二级结构改变,exon5-C5G多态位点使蛋白质的二级结构发生变化,且当exon4-G5A和exon5-C5G位点的碱基分别为A和G时蛋白质三级结构与其它3种碱基组合(G与G,G与C,A与C)的三级结构明显不同。 相似文献
13.
黔北麻羊RARRES1基因的克隆表达及功能初步研究 总被引：1，自引：0，他引：1
旨在对黔北麻羊视黄酸受体应答蛋白1（retinoic acid receptor responder 1,RARRES1）基因的功能进行初步探究。本研究首先利用PCR扩增克隆得到黔北麻羊RARRES1基因编码的完整序列,应用生物信息学方法分析黔北麻羊RARRES1蛋白理化性质、高级结构、疏水性、氨基酸同源性及亚细胞定位,并构建系统进化树,同时应用qRT-PCR法检测RARRES1基因在单、多羔黔北麻羊不同组织中的表达水平,随后构建目的基因pEGFP-N3-RARRES1真核表达载体与pGPH1/GFP/Neo-RARRES1 RNA干扰载体,并转染至黔北麻羊卵泡颗粒细胞,利用qRT-PCR法从细胞水平检测并分析目的基因真核表达载体与RNA干扰载体对目的基因RARRES1及多胎性状候选基因BMPR-IB mRNA表达的影响。qRT-PCR结果显示,RARRES1 mRNA在卵巢中的表达量最高,单羔组黔北麻羊卵巢组织中的表达量极显著高于多羔组（P<0.01）。生物信息学分析表明,黔北麻羊RARRES1基因共编码289个氨基酸,RARRES1是一种定位在细胞质中的亲水性蛋白,蛋白质二级结构分析显示,其主要是由α-螺旋与无规则卷曲构成,三级结构预测与二级结构分析一致;同源性以及系统进化树结果显示,黔北麻羊RARRES1基因序列与绵羊、牛的同源性高、遗传距离近,与鸡的同源性最低、遗传距离最远。经双酶切、测序验证后,表明目的基因pEGFP-N3-RARRES1真核表达载体与pGPH1/GFP/Neo-RARRES1干扰载体构建成功。将各载体转染至黔北麻羊卵泡颗粒细胞后,与空白对照相比,重组质粒pEGFP-N3-RARRES1能极显著提高RARRES1与BMPR-IB的表达量（P<0.01）。在各干扰载体中,重组质粒pGPH1/GFP/Neo-RARRES1-4的抑制效率最好,能够显著与极显著下调RARRES1与BMPR-IB mRNA在卵泡颗粒细胞中的表达量（P<0.05,P<0.01）。本研究克隆了黔北麻羊RARRES1基因编码的完整序列并进行了生物信息学分析。将重组质粒pEGFP-N3-RARRES1、pGPH1/GFP/Neo-RARRES1成功转染至黔北麻羊卵泡颗粒细胞并验证其表达变化。结果表明,RARRES1可能对山羊多胎性状具有促进作用,为进一步探究RARRES1基因对山羊多胎性状的调控机理提供依据。 相似文献
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旨在探究脂肪酸结合蛋白(FABP3)基因在黔北麻羊中的遗传多态性,进一步揭示FABP3基因与黔北麻羊生长性状间的关联性,为今后运用分子标记辅助育种方法提高黔北麻羊的生长性状提供理论依据。本研究以120只6月龄黔北麻羊为试验对象,采用PCR产物直接测序技术检测FABP3基因全部外显子区的遗传多态性,并与体重、体高、体斜长、胸围、管围等生长性状进行关联性分析。结果:在黔北麻羊FABP3基因第5外显子和3′非翻译区筛选出2个SNPs位点,分别为g.13665051C>T和g.13664737G>A,其中g.13665051C>T位点为同义突变,产生3种基因型:CC、CT和TT,g.13664737G>A位点产生3种基因型:GG、AG和AA,卡方(χ2)检验结果显示,这2个SNPs位点处于中度多态且在黔北麻羊群体中均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。关联分析显示,g.13665051C>T位点中CT基因型个体的体高、体斜长、胸宽和管围显著高于CC和TT基因型个体(P<0.05);CT基因型个体的胸深、胸围显著高于TT基因型个体(P<0.05),g.13664737G>A位点中不同基因型的生长性状指标均未达到差异显著(P>0.05)。因此,推测黔北麻羊FABP3基因外显子5的g.13665051C>T突变位点可能是影响个体生长性状的重要位点。 相似文献
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《中国畜牧杂志》2021,(10)
为克隆获得黔北麻羊PPP3CA基因的编码序列进行生物信息学分析并探究PPP3CA基因在黔北麻羊不同组织中的表达情况,本实验应用RT-PCR克隆PPP3CA基因的CDS区序列,构建pMD19-T-PPP3CA亚克隆载体,用实时荧光定量PCR法检测黔北麻羊PPP3CA基因在心、肝、脾、肺、肾、背最长肌6个组织中的表达水平。结果显示:黔北麻羊PPP3CA基因CDS区序列全长为1 566 bp,编码521个氨基酸,理论等电点为5.58;黔北麻羊PPP3CA蛋白属亲水性、非跨膜蛋白,二级结构分析显示其主要由α-螺旋和无规则卷曲构成,三级结构预测与二级结构结果相符。黔北麻羊PPP3CA基因核苷酸序列与绵羊同源性最高;PPP3CA基因在黔北麻羊不同组织中均有表达,在背最长肌组织中表达量极显著高于其他组织,背最长肌组织表达量极显著高于其他组织。本实验揭示了PPP3CA基因在黔北麻羊的表达差异并初步分析了其生物学功能,为进一步探究PPP3CA基因对山羊的生长发育奠定基础。 相似文献
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《中国畜牧杂志》2020,(7)
为探究黔北麻羊基质金属蛋白酶抑制剂1(TIMP1)基因的表达水平和蛋白结构功能。本研究选取3岁两胎次的单、多羔健康黔北麻羊母羊各3只,采集子宫、输卵管、垂体、下丘脑、卵巢5个组织并提取组织中的总RNA反转录为第一链cDNA,克隆了黔北麻羊TIMP1基因CDS区全长序列,对TIMP1蛋白的理化性质、蛋白质结构等进行预测分析,并进行同源性分析和系统进化树构建;同时采用qRT-PCR检测TIMP1基因mRNA在不同产羔性状的黔北麻羊性腺轴组织中的表达水平。结果发现:T-克隆的黔北麻羊TIMP1基因CDS区为624 bp,编码207个氨基酸,与NCBI上山羊mRNA序列相同;蛋白预测分析结果显示:黔北麻羊TIMP1蛋白的分子式为C_(1020)H_(1581)N_(283)O_(291)S_(19),相对分子质量为23.073 64 ku,等电点为8.62,不稳定系数为64.5;遗传进化树分析得出,与其他9个物种相比较,黔北麻羊TIMP1基因与绵羊和牛的遗传距离最近;qRT-PCR结果显示,垂体、卵巢和输卵管在多羔组中的表达高于单羔组(P0.01)。本研究揭示了TIMP1基因在单、多羔黔北麻羊5个组织中的表达差异性,对TIMP1基因的T-克隆和蛋白的结构功能预测也丰富了相关研究数据,为进一步探索黔北麻羊产羔性状的分子机制提供参考。 相似文献
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【目的】探究黔北麻羊黑素皮质素受体-4（melanocortin receptor-4,MC4R）基因多态性及其与生长性状的关联性,为黔北麻羊的选种选育提供理论依据。【方法】选取196只6月龄黔北麻羊,利用DNA混合池结合Sanger测序筛选MC4R基因单核苷酸多态性（SNP）位点,并采用SPSS 22.0软件中的一般线性模型（GLM）对MC4R基因SNP位点与黔北麻羊生长性状进行关联分析。【结果】在黔北麻羊MC4R基因中发现4个SNPs位点：g.59345469 C>A和g.59346773 T>C位点分别位于5'-和3'-端非编码区（UTR）;g.59345871 A>C位点突变导致第37位天冬氨酸（Asp）变为丙氨酸（Ala）,引起RNA二级结构及蛋白质二级结构、三级结构发生明显改变;g.59346263 A>G位点突变导致第168位异亮氨酸（Ile）变为缬氨酸（Val）,对RNA二级结构和蛋白质二级结构有明显影响。关联分析结果显示,g.59345469 C>A位点对黔北麻羊体重、胸围和管围均有显著影响（P<0.05）;g.59345871 A>C位点对黔北麻羊体重、体高、管围和胸围均有显著影响（P<0.05）;g.59346263 A>G位点对黔北麻羊体高、体重和胸围均有显著影响（P<0.05）;g.59346773 T>C位点对黔北麻羊体重和胸围均有显著影响（P<0.05）。4个SNPs位点联合共检测到9种单倍型和21种双倍型,其联合对黔北麻羊体重、体高、胸围和管围均产生显著遗传效应（P<0.05）,纯合双倍型H5H5（AAAAGGCC）个体的生长性状优于其他双倍型。【结论】黔北麻羊MC4R基因存在4个SNPs位点,与黔北麻羊体重和胸围均存在显著关联,可作为黔北麻羊体重和胸围的遗传标记用于分子育种。 相似文献
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《中国畜牧兽医》2020,(7)
本研究旨在探讨黔北麻羊解耦联蛋白2(uncoupling protein 2,UCP2)基因的遗传多态性及其与生长性状的关联性,以期为黔北麻羊的育种改良提供理论依据。以200头6月龄黔北麻羊为研究对象,采用直接测序法检测黔北麻羊UCP2基因的SNP位点,并将其与黔北麻羊生长性状进行关联分析;实时荧光定量PCR检测UCP2基因在黔北麻羊不同组织中的表达水平。结果显示,UCP2基因存在4个SNPs位点,分别为:g.29614172 AG、g.29619320 GT、g.29619721 CT和g.29620037 AG,均产生3种基因型,其中g.29619320 GT和g.29620037 AG为错义突变,g.29619320 GT突变导致甘氨酸(Gly)变为半胱氨酸(Cys),g.29620037 AG突变导致苏氨酸(Thr)突变为丙氨酸(Ala)。多态信息含量显示,4个SNPs位点均表现为中度多态(0.25PIC0.5)。χ~2检验结果表明,g.29614172 AG、g.29619721 CT和g.29620037 AG突变位点在黔北麻羊群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),g.29619320 GT突变位点极显著偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。连锁不平衡分析显示,g.29619320 GT和g.29619721 CT位点具有强连锁效应。实时荧光定量PCR结果表明,UCP2基因在黔北麻羊各组织中均有不同程度的表达,其在肺脏中的表达量最高,其次是脾脏、肝脏和心脏,其余组织表达量较低。关联性分析结果表明,g.29614172 AG位点AG和GG基因型个体体重、体斜长、胸宽、胸深、胸围及管围均显著高于AA基因型,g.29619320 GT位点TT基因型个体胸深、胸围及管围均显著高于GT和GG基因型,g.29619721 CT位点CT基因型个体体高显著高于CC和TT基因型,g.29620037 AG位点GG基因型个体体重、胸深及管围均显著高于AG和AA基因型个体(P0.05)。本试验结果初步揭示UCP2基因对黔北麻羊部分生长性状有显著影响,发现的4个SNPs位点可作为黔北麻羊经济性状选择的遗传标记。 相似文献