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1.
为筛选番鸭下丘脑组织中的基因组信息,本研究以NCBI数据库中已标注的绿头鸭基因组（登录号：BGI_duck_1.0）为参照,利用RNA-Seq技术对番鸭下丘脑组织基因表达水平,以及可变剪切事件、SNPs及InDel进行筛选。结果显示,共鉴定出14 619个基因表达（FPKM ≥ 1）,占筛选出总基因数的72.7%。共有5 034个基因发生了7 528次可变剪切,其中外显子跳跃占92.76%,第一个外显子可变剪切和内含子滞留所占比例最小,共占总数的0.027%。通过RNA-Seq技术,本研究还筛选到646 423个SNP位点和77 712个InDel位点。对SNPs和InDel所在的基因进行功能注释发现,这些基因主要参与分子功能、生物过程和细胞组成过程。通过KEGG通路分析发现,出现SNPs和InDel所在基因主要富集在内分泌调节和神经行为调节的相关通路上,表明下丘脑既可参与内分泌调节,又参与动物的神经行为调节。本研究筛选出的数据不仅丰富了番鸭的遗传信息,而且也建立了番鸭相关基因的SNPs和InDel的数据库,这为番鸭的遗传育种工作及相关功能基因的具体定位提供了可靠依据,同时也为以后番鸭行为的研究提供了一定的参考价值。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2020,(1)
为了对肥肝用骡鸭肝脏组织RNA-Seq数据特征进行分析,试验利用Trinity等软件和Samtools等工具对肝脏组织转录组数据进行基因表达鉴定,并对表达的基因进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)、插入缺失标记(insertion-deletion,InDels)挖掘及功能分析。结果表明:在表达基因内可筛选出197 965个SNPs位点和93 990个InDels位点,这些基因涉及分子功能、生物学过程以及细胞组分三大类别的广泛生物学功能,SNPs所在基因除了富集在脂肪、能量代谢相关通路上,更多富集在免疫和内分泌等相关通路上。说明利用骡鸭肝脏组织转录组数据进行特征分析,筛选并探究表达基因的SNPs和InDels特征及相关基因的功能,可用于鸭肥肝生产相关基因的多态性检测、鸭肥肝形成机理等研究。 相似文献
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《中国家禽》2016,(12)
试验以禽白血病病毒感染汶上芦花鸡和正常汶上芦花鸡肝脏为研究对象,利用RNA-Seq技术对其进行高通量转录组测序,分析基因组结构信息及挖掘新转录本及新基因的功能,6个样品共获得254 413 928条有效数据(Clean Reads),总计32.05 Gb。得到可靠的SNP位点673 689个,其中位于基因区的SNP位点469 160个,基因间的SNP位点204 544个。6个样品中平均8 249个基因涉及可变剪接,其中外显子跳跃事件比例最大,其次为第一个外显子可变剪接事件,并对6 283个基因结构进行了优化,修正基因的边界。与所选鸡的参考基因组序列进行对比,共发掘新基因1 446个,其中1 058个新基因得到功能注释。研究进一步完善汶上芦花鸡的基因结构信息,为发掘潜在的新抗白血病基因提供分子水平依据。 相似文献
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《畜牧与兽医》2020,(10)
为了初步筛选与犬恐惧行为相关的变异位点,对6～8月龄的犬进行严格的恐惧行为测试,根据测试结果选取恐惧行为极端差异的史宾格犬20头,分为高恐惧行为组(FBH)和低恐惧行为组(FBL),每组各10头,采用混池测序的方法检测史宾格犬全基因组的单核苷酸多态性位点(SNP)和插入缺失位点(InDel),筛选与史宾格犬恐惧行为相关的变异位点。结果显示:通过特定条件的筛选,FBH组和FBL组存在差异的SNPs共14个,InDels共2个,这16个位点位于9个基因上。研究表明,通过混池测序的方法可以初步筛选出与犬恐惧行为相关的变异位点,进一步分析确定与恐惧行为遗传效应相关的变异位点,可以为犬遗传育种改良提供理论依据。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2016,(2)
本研究测定了288头来自白色杜洛克×二花脸F2群体的母猪杀婴行为表型,旨在定位出影响母猪杀婴行为的QTL。基于整个家系及已经扫描个体的60KSNP芯片信息推测出本试验288头个体60K的基因型。随后,我们利用R语言GenABEL软件包的广义混合线性模型对母猪杀婴行为表型进行全基因组关联分析,定位影响母猪杀婴行为的显著关联SNP位点。结果,在SSC2和SSC8上共发现50个与母猪杀婴显著关联的SNPs位点,其中有21个SNPs位于SSC8:35.05~47.54 Mb区域达到基因组显著水平,在SSC2上只有1个SNP位点达到染色体显著水平。通过搜寻显著相关SNP所在区域内的注释基因,发现了12个可能影响母猪杀婴行为的重要位置候选基因。该研究为进一步鉴别影响母猪杀婴行为的主效基因和因果突变位点提供了研究基础。 相似文献
8.
为了获得狼山鸡性腺轴组织基因组DNA甲基化水平和模式等表观遗传信息,试验采用全基因组重亚硫酸盐测序（whole genome bisulfite sequencing,WGBS）技术检测狼山鸡下丘脑和卵巢组织基因组DNA甲基化状态,分析两组织DNA甲基化水平及特异甲基化模式。结果表明,狼山鸡下丘脑和卵巢基因组整体甲基化水平分别为4.35%和3.48%,差异显著（P<0.05）;下丘脑和卵巢中分别检测到6 150 000和10 320 000个甲基化胞嘧啶（mC）位点,其中mCG类型位点分别占69.99%和87.88%,下丘脑中非mCG位点占比约为卵巢中的2.5倍;与各染色体不同,两组织线粒体基因组中mCHH位点占比最高,其次是mCHG位点;卵巢基因组启动子区DNA甲基化水平极显著低于内含子和外显子区（P<0.01）,极显著高于基因间区（P<0.01）;下丘脑基因组启动子区DNA甲基化水平与内含子和外显子区相比差异不显著（P>0.05）,却显著高于基因间区（P<0.05）;下丘脑基因组各功能元件DNA甲基化水平均显著或极显著高于卵巢基因组（P<0.05;P<0.01）。综上,狼山鸡下丘脑和卵巢组织具有不同的DNA甲基化模式和特征,下丘脑中较高的非mCG位点比例可能在中枢神经系统发育中发挥重要作用,本研究结果为进一步分析鸡卵巢和下丘脑基因组DNA甲基化对其繁殖性能调控机制提供参考依据。 相似文献
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【目的】探究晋南牛优势性状所基于的遗传基础，为后续晋南牛种质资源利用以及分子育种提供参考。【方法】采集12头健康的纯种晋南牛耳缘组织，提取基因组DNA进行全基因组重测序，将测序数据以及NCBI数据库12头红安格斯牛基因组数据比对到牛参考基因组(ARS-UCD1.2),检测群体SNPs位点，采用ANNOVAR软件对变异位点进行注释；对晋南牛与红安格斯牛变异基因进行韦恩分析，筛选晋南牛特异性变异基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析，采用Cytoscape软件将显著富集的变异基因进行功能互作分析。【结果】晋南牛基因组DNA测序共获取clean reads 2 621 153 222条，Q30平均值达93.5%,碱基分布均匀且无明显偏向性，平均测序深度11.19×,覆盖率(≥4×)平均值为92.64%;检测到SNPs位点117 773 201个，注释外显子区域获得nonsynonymous、stopgain/stoploss SNPs共405 506个，覆盖于16 690个基因，筛选出晋南牛特异性变异基因5 289个。GO功能和KEGG通路分析表明，基因广泛富集于线粒体、核糖体、细胞器膜相... 相似文献
10.
【目的】构建产蛋前后各期伊犁鹅卵巢转录组文库,结合生物信息学分析揭示不同产蛋期伊犁鹅卵巢组织差异表达基因,并鉴定出影响鹅卵巢发育的关键基因,为伊犁鹅的繁殖调控提供理论参考。【方法】选择处于开产期（KL组）、产蛋期（CL组）及休产期（XL组）的伊犁鹅各4只,屠宰后取其卵巢组织,用于构建卵巢转录组文库。通过新基因挖掘、基因差异表达、基因注释以及蛋白互作网络分析筛选出与鹅卵泡发育相关的候选基因;随机挑选8个差异表达基因,应用实时荧光定量PCR验证其表达情况。【结果】伊犁鹅卵巢组织学结果表明,在开产期时,伊犁鹅卵巢表面有大量初级卵泡,而产蛋期卵巢则显示出卵泡的层级性,在休产期卵巢中可观察到卵泡出现向内凹陷、闭锁的现象。通过转录组测序（RNA-Seq）,从构建的12个伊犁鹅卵巢cDNA文库中获得有效读数57 811 186~85 328 377条,Q30值均>93.38%,每个样品所产的测序读数于鹅参考基因组上的比对率在82.79%~89.24%。在卵巢中注释的新基因共有1 112个,单核苷酸多态性（SNP）位点总数为1 642 273~2 425 069个;SNP和插入缺失（InDel）均主要注释于内含子区域;各时期的可变剪切类型主要集中为最后1个外显子可变剪切（TSS）及第1个外显子可变剪切（TTS）。在KL vs CL、XL vs CL及XL vs KL组中分别有337、1 136和525个差异表达基因,共有差异表达基因为α2A肾上腺素能受体（ADRA2A）、表皮蛋白（CP）、非转移性黑色素瘤糖蛋白B （GPNMB）及α-1-抗胰蛋白酶样（LOC106033756）。GO功能富集分析发现,差异表达基因主要富集在肽基酪氨酸磷酸化的正调控、细胞黏附及质膜外侧等过程。KEGG通路富集分析发现,差异表达基因主要显著富集于神经活性配体-受体相互作用、ECM-受体相互作用及类固醇生物合成等。结合蛋白互作网络分析,筛选到与鹅卵巢发育相关的潜在调控因子Bruton’s酪氨酸激酶（BTK）、血小板源性生长因子受体α（PDGFRA）、整合素β3（ITGB3）等。实时荧光定量PCR结果显示,RNA-Seq结果准确可靠。【结论】本研究揭示了产蛋前后各期伊犁鹅卵巢组织中的基因表达差异,筛选到影响伊犁鹅卵巢发育的神经活性配体-受体相互作用、ECM-受体相互作用、类固醇生物合成等重要通路与BTK、PDGFRA和ITGB3等关键候选基因,为了解鹅卵巢组织调控产蛋性能的分子机制提供了理论支撑。 相似文献
11.
基于全基因组信息鉴定中国荷斯坦牛产奶性状基因及功能注释 总被引：1，自引：1，他引：0
前期研究基于中国荷斯坦牛女儿设计资源群体,采用Illumina公司Bovine50K微珠芯片对产奶性状进行了全基因组关联分析(GWAS),利用传递不平衡(L1-TDT)和回归分析(MMRA)2种统计分析方法共同检测到35个显著SNPs位点。本研究旨在基于该GWAS结果进一步对产奶性状基因进行鉴定及功能注释。基于牛基因组序列草图(Btau4.2),采用生物信息学和比较基因组学方法进行显著SNPs位置候选基因筛查和功能预测。分析发现,12个SNPs位点位于基因内部,23个位于基因侧翼,最终鉴定到28个位置候选基因,并确定了其物理位置、基因类型及潜在功能。基因功能可归纳为6种类型:调节机体营养成分代谢和平衡、细胞骨架或基质成分、调节细胞增殖和周期及凋亡、参与细胞信号转导和盐离子通道构成、具有激酶活性、参与mRNA转录调控或翻译调控。该研究为进一步鉴定中国荷斯坦牛产奶性状主效基因及功能验证打下了基础。 相似文献
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《中国家禽》2020,(2)
为分析不同产蛋期金定鸭卵巢组织的SNPs和可变剪接,试验选取开产期和产蛋高峰期金定鸭各3只,对其卵巢转录组进行测序,得到299 927 852条高质量序列(Clean reads)。对筛选的SNPs进行了功能统计、位点区域统计和影响统计。功能统计结果显示,开产期共获得错义突变71 276个、无义突变153个、同义突变共287 148个,产蛋高峰期共获得错义突变65 620个、无义突变138个、同义突变共269 749个;位点区域统计结果显示,开产期外显子区域共获得401 030个SNPs、内含子区域共242 685个SNPs,产蛋高峰期外显子区域共获得362 557个SNPs、内含子区域共219 548个SNPs。影响统计结果显示,开产期共获得3 141个危害程度高的SNPs,294 815个危害程度低的SNPs和72 772个危害程度中等的SNPs。高产期共获得2 583个危害程度高的SNPs,276 568个危害程度低的SNPs和67 024个危害程度中等的SNPs。对开产期与产蛋高峰期进行可变剪接(AS)分类及差异AS分析。结果表明,SE事件最多涉及到15 419个基因,MXE涉及到1 601个基因,A5SS涉及到1 211个基因,A3SS涉及到1 740个基因,RI涉及到653个基因。进一步对差异AS进行显著性分析,开产期与产蛋高峰期显著差异的SE有1 085个基因,MXE有219个,A5SS有199个,A3SS有288个,RI有136个。研究结果为进一步完善蛋鸭的基因组信息提供基础数据。 相似文献
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《中国畜牧兽医》2019,(12)
试验旨在进一步完善高邮鸭基因组结构信息,探索高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制。通过高通量测序技术对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织转录组进行RNA-Seq测序,对测序数据进行质控和注释,筛选与高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关的SNP位点。测序获得的初始数据(raw reads)进行系列质控筛选,6个高邮鸭卵巢组织分别获得84 540 140～87 479 660个有效数据(clean data),70.79%以上的测序数据被已注释的鸭基因组数据覆盖;在所覆盖的基因组数据中,检测到位于基因外显子区域的108 260～116 478个SNP位点(转换和颠换类型),转换类型总数极显著高于颠换类型总数(P0.01)。利用KEGG数据库对筛选出的SNP位点所在基因进行信号通路分析,筛选出前20条信号通路,其中包括核糖体信号通路、碳代谢信号通路和氨基酸生物合成信号通路等。试验对双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢进行了RNA-Seq测序分析,为发掘高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关SNP位点提供了基础,为进一步研究高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制提供了新的数据支撑。 相似文献
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试验旨在进一步完善高邮鸭基因组结构信息,探索高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制。通过高通量测序技术对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织转录组进行RNA-Seq测序,对测序数据进行质控和注释,筛选与高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关的SNP位点。测序获得的初始数据（raw reads）进行系列质控筛选,6个高邮鸭卵巢组织分别获得84 540 140~87 479 660个有效数据（clean data）,70.79%以上的测序数据被已注释的鸭基因组数据覆盖;在所覆盖的基因组数据中,检测到位于基因外显子区域的108 260~116 478个SNP位点（转换和颠换类型）,转换类型总数极显著高于颠换类型总数（P<0.01）。利用KEGG数据库对筛选出的SNP位点所在基因进行信号通路分析,筛选出前20条信号通路,其中包括核糖体信号通路、碳代谢信号通路和氨基酸生物合成信号通路等。试验对双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢进行了RNA-Seq测序分析,为发掘高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关SNP位点提供了基础,为进一步研究高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制提供了新的数据支撑。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2017,(23)
为了探讨盐皮质激素受体基因(NR3C2基因)作为半番鸭异常行为研究候选基因的可能性,试验以半番鸭为材料,设计9对引物对NR3C2基因遗传多态性进行研究,其PCR产物经测序后,利用生物信息学软件分析SNPs位点突变前后NR3C2基因及其蛋白结构的变化。结果表明:在扩增的NR3C2基因中筛选出7个SNPs,即Intron2-G13 928T、Intron2-A13 972G、Intron2-T14 336C、Intron4-A34 930G、Intron4-T35 157G、Exon8-C198 088T和Exon9-G199 134C,其中Exon8-C198 088T为同义突变,Exon9-G199 134C为错义突变,导致编码的亮氨酸(Leu)突变为缬氨酸(Val)。说明NR3C2基因在半番鸭中存在突变位点,可能与半番鸭异常行为有关。 相似文献
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【目的】 筛选出塔河马鹿高质量的单核苷酸多态性位点(SNP),构建特异性分子遗传标记,为塔河马鹿的纯种鉴别提供参考。【方法】 对国家特种经济动物资源共享平台1999年收集整理的32份塔河马鹿血液DNA样本进行全基因组重测序,与梅花鹿染色体级别的参考基因组进行比对,统计比对率、覆盖度和测序深度。用SNPEff统计每条染色体上SNP位点的分布,用SNPhylo基于位点构建分子进化树,用VCFTOOLS计算遗传分化指数(Fst),按降序排序并设定阈值Fst≥0.25,淘汰不符合条件位点,用R语言进行主成分分析(PCA),统计33条染色体排名前1 500的SNPs位点,提取前100个SNPs集合的特征值,分别进行主成分分析。【结果】 全基因组重测序结果表明,32份质检合格的塔河马鹿血液基因组DNA有效数据量为868 791 354 600 bp,测序质量均符合后续数据分析要求。32份样品测序数据的平均比对率为98.06%,平均覆盖度为97.66%,平均深度为6.787。过滤后得到20 139 122个高质量的SNPs位点,其中4号染色体上SNPs分布最多,90%以上的变异位于基因间和外显子区域。建树后候选特异性SNPs位点数为12 050 781个。使用VCFTOOLS筛选得到544 717个SNPs位点。选取每条染色体排名前1 500的SNPs位点进行主成分分析,主成分分析结果显示,当SNPs从49 500降至100时区分效力没有下降,最终筛选出100个特异性强、稳定性高的塔河马鹿SNPs位点。【结论】 通过全基因组重测序技术和生物信息学分析得到了100个塔河马鹿特异性SNPs位点,为塔河马鹿的纯种鉴别以及核心种质的筛选工作提供了理论依据。 相似文献
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为了探究赤水乌骨鸡SLCO1B3基因外显子上的遗传变异位点对蛋壳颜色、蛋品质指标的影响，对300只赤水乌骨鸡SLCO1B3基因的功能突变位点EAV-HP进行基因分型，筛选出109只绿壳纯合基因型(SL/SL)的母鸡。通过直接测序方法鉴定纯合子基因型(SL/SL)个体的SLCO1B3基因外显子上存在的SNPs,并构建这些SNPs的双倍型，再与蛋品质指标进行相关性分析。结果表明：在赤水乌骨鸡SLCO1B3基因外显子上共检测到3个SNPs,第5外显子上的g.65235858G>A位点为非同义突变，突变后mRNA二级结构发生改变；关联性分析表明，赤水乌骨鸡SLCO1B3基因的这3个SNPs构建的双倍型对蛋壳颜色ΔL*值、蛋壳颜色Δb*值、蛋形指数有显著影响(P<0.05)。结果表明，SLCO1B3基因的遗传变异与蛋壳颜色、蛋形指数存在显著相关。 相似文献
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旨在开展GREB1L和MIB1基因多态性与肋骨数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)关联分析,筛选关键功能位点。本研究选取屠宰日龄为215天的317头健康北京黑猪,并提取耳组织DNA,对GREB1L和MIB1基因进行引物设计、并利用聚合酶链式反应(PCR)技术和Sanger测序技术等对SNPs进行基因分型,计算变异位点基因型频率以及等位基因频率分布,并与肋骨数和胴体性状进行关联分析。试验共筛选到6个SNPs,包括GREB1L基因的3个同义突变、MIB1基因的2个同义突变和1个内含子区的可变剪切突变。将6个SNPs分别对肋骨数和胴体性状使用Duncan’s多重检验统计分析发现,GREB1L基因上的3个同义突变6:106574972 G>A、6:106648540 C>T、6:106648558 A>G与性状关联均不显著(P>0.05);MIB1基因上的1个同义突变6:106936590 C>T与胴体长显著相关(P<0.05);而内含子15～16的6:107016475 A>G可变剪切突变与肋骨数显著相关(P<0.05);第三个同... 相似文献
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为了解兴义鸭肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因SNPs与屠宰性状的相关性,本研究采用基因克隆及PCR产物直接测序的方法,将MSTN基因作为鸭屠宰性状的候选基因,对兴义鸭的MSTN基因外显子进行多态性检测.结果表明,在60个兴义鸭个体中筛选出8个SNPs,其中,第1外显子有5个突变位点:SNP1(G77A)、SNP2(A91G)、SNP3(G130A)、SNP4(C325T)和SNP5(C331T);在第2外显子中并未发现突变位点;第3外显子有3个突变位点:SNP6(C206T)、SNP7(A235G)和SNP8(C256A);对这8个SNPs与屠宰性状进行关联性分析,结果并未达到显著水平(P>0.05).本研究结果可丰富MSTN基因的研究数据,为鸭的育种提供参考. 相似文献
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旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异。本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康(10公,20母)五指山猪的耳组织进行全基因组重测序(whole genome sequencing,WGS),从NCBI数据库下载29头杜洛克猪全基因组重测序数据(SRA：PRJNA378496);通过生物信息学方法分析59个样本WGS数据的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),进行SNPs过滤,定位SNPs在基因组的位置,分析其结构特征和基因型频率,并注释对应基因的功能;使用XP-CLR方法筛选五指山猪基因组受到强烈选择的区域,分析两个品种相关通路基因的功能差异。结果表明,五指山猪平均每个样本共筛选到36 961 902个SNPs位点,内含子区域分布最多,平均每个样本16 729 364个,约占45.26%,编码区(起始、终止密码子)平均有2 073个SNPs;五指山猪受选择的基因组区域主要集中在免疫、代谢和神经功能相关通路;免疫反应通路中,9个基因(TGFBR2、IL26、IL15、BMPR2、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、ACKR4、TNFRSF11B)功能区域SNPs位点在五指山猪中只存在一种突变纯合基因型,而在杜洛克猪大部分个体中存在3种基因型(野生纯合基因型、杂合子、突变纯合基因型),其中野生纯合基因型比例最高;脂类代谢通路中,关键调节基因IRS2、PRKG1、ADCY5的基因型频率与免疫反应基因类似。在五指山猪中突变纯合基因型比例为100%,在杜洛克猪中野生纯合基因型所占比例为48%~93%(14/29-27/29)。本研究筛选出与五指山猪免疫性状相关的候选基因9个、与脂类代谢相关的候选基因3个,发现五指山猪免疫、代谢和神经功能相关基因的受选择程度强于杜洛克猪,为揭示五指山猪特色性状形成的分子机制提供参考。 相似文献