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1.
试验旨在研究Toll样受体2（Toll-like receptor,TLR2）基因的多态性及其与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性的相关性。利用生物信息学方法对NCBI上公布的绵羊TLR2基因序列进行比对,选出多态位点丰富的片段进行扩增,运用PCR-SSCP的方法对206个中国美利奴布鲁氏菌病阴性样本和80个中国美利奴羊布鲁氏菌病阳性样本进行TLR2基因的多态性检测,然后对不同等位基因的PCR产物进行测序,确定该基因的多态性位点,经卡方检验分析每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,利用生物信息学软件分析RNA二级结构及蛋白质的二级结构。结果表明,在279 bp的序列中共检测到3个SNPs,分别为：C1731T、G1737C和G1749T,均未引起对应氨基酸的改变,属于无义突变。这些位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及基因型频率均不存在显著差异（P>0.05）。各突变位点均能引起RNA二级结构和最小自由能的改变,而蛋白质的二级结构均未改变。由此得出,中国美利奴羊TLR2基因的3个SNPs位点（C1731T、G1737C和G1749T）与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性无相关性。 相似文献
2.
本试验采用PCR-SSCP方法对148只布鲁氏菌阴性和60只布鲁氏菌阳性中国美利奴羊白细胞表面抗原DQB1(OLA-DQB1)基因exon 2单核苷酸多态性(SNPs)进行了检测,之后挑选不同等位基因进行PCR产物测序,旨在确定该基因的多态性位点,并对每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率进行统计分析,从而分析其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性.测序结果表明,在270 bp的序列内共检测到43个SNPs,其中G196A位点的等位基因频率在病例组和对照组中的分布存在极显著差异(P< 0.01),其基因型频率存在显著差异(P< 0.05);C211T位点的等位基因频率在病例组和对照组中存在显著差异(P< 0.05).由此表明,OLA-DQB1基因exon 2多态性与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性呈显著相关. 相似文献
3.
本试验旨在研究内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因exon8多态性与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性的相关性。利用生物信息学方法对人和中国美利奴羊eNOS基因exon8序列进行比对,并对NCBI SNP数据库上人eNOS基因exon8多态性进行了统计分析。通过PCR-SSCP对101只中国美利奴羊阴性样本和61只中国美利奴羊阳性样本eNOS基因exon8的多态性进行检测,然后对不同等位基因进行PCR产物测序,旨在确定该基因exon8多态性位点,并对SNP位点的等位基因频率、基因型频率进行统计分析。在eNOS基因exon8序列142 bp处检测到一个新的SNP位点(ss974768653:A142G),该位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及各基因型间不存在显著差异性(P >0.05)。eNOS基因exon8 A142G多态性位点与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性可能无相关性。 相似文献
4.
试验旨在研究DQB2基因外显子2多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。通过PCR-SSCP技术对146只布鲁氏菌阴性哈萨克羊血液样本和28只布鲁氏菌阳性哈萨克羊血液样本中的白细胞表面抗原DQB2基因外显子2的多态性进行研究,挑取不同的等位基因进行克隆测序,经卡方检验分析每个SNP位点的基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,应用生物信息学软件分析与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性相关的不同等位基因的mRNA二级结构及蛋白质的二级结构、三级结构和抗原表位。结果发现,在270 bp的外显子2序列中共检测到33个SNPs,其中C9G、A180G位点的基因频率在病例组和对照组中的分布具有极显著性差异（P<0.01）,其基因型频率在病例组和对照组中存在显著差异（P<0.05）;A13T、C133G位点的基因频率在病例组和对照组中存在显著差异（P<0.05）;进一步分析发现,A180G突变位点的最小自由能最低,其mRNA二级结构最稳定;A13T和C133G 2个突变位点均引起mRNA二级结构及蛋白质二级结构、三级结构和抗原表位的改变。本试验结果表明DQB2基因外显子2多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性呈显著相关。 相似文献
5.
试验旨在研究白细胞表面抗原DRB1基因外显子3多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法,对哈萨克羊DRB1基因外显子3进行多态性分析,经卡方检验分析每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行RNA二级结构及蛋白质的二级结构和抗原表位分析。结果表明,在282bp的外显子3序列中共检测到7个SNPs,分别为:T10C、C119T(Trp→Arg)、G215C(Gln→Glu)、A238G、T245G(Ser→Ala)、G256A、C259T,这些位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及各基因型间不存在显著性差异(P0.05);进一步分析发现,各突变位点均引起RNA二级结构和最小自由能的改变,各错义突变位点均未引起蛋白质二级结构和抗原表位的改变。由此得出,DRB1基因外显子3的7个SNPs位点(T10C、C119T、G215C、A238G、T245G、G256A和C259T)与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性无相关性。 相似文献
6.
试验旨在研究白细胞表面抗原DRB1基因外显子3多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法,对哈萨克羊DRB1基因外显子3进行多态性分析,经卡方检验分析每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行RNA二级结构及蛋白质的二级结构和抗原表位分析。结果表明,在282 bp的外显子3序列中共检测到7个SNPs,分别为：T10C、C119T（Trp→Arg）、G215C（Gln→Glu）、A238G、T245G（Ser→Ala）、G256A、C259T,这些位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及各基因型间不存在显著性差异（P > 0.05）;进一步分析发现,各突变位点均引起RNA二级结构和最小自由能的改变,各错义突变位点均未引起蛋白质二级结构和抗原表位的改变。由此得出,DRB1基因外显子3的7个SNPs位点（T10C、C119T、G215C、A238G、T245G、G256A和C259T）与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性无相关性。 相似文献
7.
试验旨在探讨哈萨克羊诱导型一氧化氮合酶（iNOS）基因多态性与布鲁氏菌病的相关性。使用虎红平板凝集试验（RBPT）方法对231只哈萨克羊血清进行布鲁氏菌病血清学检测,参考GenBank中绵羊iNOS基因序列,针对其第6、7、8外显子及其邻近内含子片段设计引物,利用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对231只哈萨克羊的iNOS基因进行多态性检测,分析其SNPs与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。结果表明,67只哈萨克羊为布鲁氏菌感染阳性,阳性检出率为29.00%。在哈萨克羊iNOS基因的外显子6和8片段上未检测到多态位点,在外显子7片段上检测出F7-T18054C和F7-C18084T 2个多态位点,在F7-T18054C多态位点上检测到3种基因型（TC、TT、CC）,优势等位基因和基因型分别是C型和CT型,其等位基因频率和基因型频率分别是0.660和0.446。在F7-C18084T多态位点上检测到2种基因型（CT、CC）,优势等位基因频率和基因型分别是C和CC型,其等位基因和基因型频率分别是0.946和0.892。F7-C18084T属于低度多态（PIC<0.25）,F7-T18054C属于中度多态（0.25 < PIC < 0.5）。相关性分析表明,F7-T18054C和F7-C18084T多态位点与布鲁氏菌病易感性无显著相关性（P>0.05）。试验结果表明,哈萨克羊iNOS基因F7-T18054C和F7-C18084T多态位点与布鲁氏菌病易感性不存在相关性。 相似文献
8.
不同绵羊品种FGF5基因的多态性分析 总被引：10，自引：0，他引：10
根据人和小鼠成纤维细胞生长因子5（FGFS）基因的同源序列设计引物对绵羊基因组进行PCR扩增，将扩增片段进行克隆和测序，并与人和小鼠的成纤维细胞生长因子5基因序列进行同源性比较，确定扩增的片段为绵羊的FGF5基因片段。采用PCR-SSCP技术分析了FGF5基因外显子在小尾寒羊、湖羊、藏羊、中国美利奴等4个绵羊品种的多态性。结果表明：FGF5基因在P1和P2引物扩增片段中存在PCR-SSCP多态性。经克隆测序分析，位于外显子1的引物1扩增产物存在G→T突变，该突变位点使编码的氨基酸发生A→S的改变；引物2扩增产物发生了碱基序列C→T的突变，这一突变位点没有引起编码氨基酸的改变，属于同义突变。对不同绵羊品种的基因型和基因频率统计结果表明，引物1扩增产物小尾寒羊、湖羊、藏羊以等位基因A为主，而中国美利奴羊则以等位基因B为主，且各群体均处于Hardy-Weinberg平衡；引物2扩增产物小尾寒羊、湖羊、中国美利奴羊均以等位基因E为主，而藏羊的基因型频率与其它品种有显著差异，中国美利奴羊在引物2位点的基因频率处于Hardy-Weinberg不平衡状态。 相似文献
9.
本试验旨在研究中国美利奴羊内皮型一氧化氮合酶（endothelial nitric oxide synthase,eNOS）基因第7、13、14外显子上的单核苷酸多态性（SNPs）和单氨基酸多态性（SAPs）。利用生物信息学方法对人、小鼠和中国美利奴羊eNOS基因上的第7、13、14外显子进行了相似性比较,并对GenBank SNP数据库上已公布的人和小鼠eNOS基因外显子多态性进行了统计分析,然后采用PCR-SSCP方法对120只中国美利奴羊eNOS基因的这3个外显子的扩增片段进行分析,通过分析发现在120只中国美利奴羊这3个外显子上并没有SNPs位点,说明中国美利奴羊eNOS基因上的这3个外显子区域相对保守。 相似文献
10.
为了探讨中国荷斯坦奶牛隐性乳房炎相关基因NOD2c.4500、CXCR1+777、SPP1-1301、 TLR4+2021、CXCR2+777、 BRCA1c.46126单核苷酸多态性(SNPs)位点与体细胞评分的关联性，试验利用PCR-SSCP及Sanger测序技术对135头中国荷斯坦奶牛的6个SNPs位点进行基因分型，分析SNPs位点与中国荷斯坦奶牛体细胞评分的相关性，并运用多座位外显方差分析法(MPVA)对不同多基因聚合与奶牛体细胞数的相关性进行研究。结果表明：在6个SNPs位点上均检测到碱基突变，在NOD2c.4500 C>A、CXCR1+777 G>C、SPP1-1301 G>A、TLR4+2021 C>T位点上均检测到3种基因型，其中优势基因型分别为CA、CC、AA、CC,优势等位基因分别为A、G、A、C。在CXCR2+777 G>C、BRCA1c.46126 G>T位点上均检测到2种基因型，其中优势基因型均为GG,优势等位基因均为G。SPP1-1301 G>A、TLR4+2021 C>T位点均处于低度多态(PIC<0.... 相似文献
11.
试验旨在对哈萨克绵羊DRB1基因外显子1和4多态性与布鲁氏菌病的相关性进行研究。使用虎红平板凝集试验（RBPT）对试羊的血清进行血清学检测，参考GenBank中绵羊MHC ClassⅡ区DRB1基因序列（登录号：NC_040271.1），对其外显子1和4片段设计引物，采用PCR-SSCP和DNA测序技术对230只哈萨克绵羊的DRB1基因进行多态性检测，分析其多态位点与哈萨克绵羊布鲁氏菌易感性之间的关系。RBPT检测发现66只哈萨克绵羊为布鲁氏菌感染阳性，阳性检出率为28.7%。外显子1片段存在一个SNP位点（F1-G22A），测序确定两种基因型（GG、GA），优势等位基因和基因型分别为G、GG，F1-G22A多态位点的易感基因型为GA。卡方检验表明，哈萨克绵羊DRB1基因F1-G22A多态位点与布鲁氏菌易感性的相关性不显著（P>0.05）。通过生物信息学在线软件分析得出，F1-G22A多态位点导致了RNA二级结构的改变和最小自由能的降低，引起了蛋白质二级结构的改变。DRB1基因外显子4片段未发现SNPs。由此得出，哈萨克绵羊DRB1基因F1-G22A多态位点与布鲁氏菌易感性可能存在一定的相关性。 相似文献
12.
《中国畜牧兽医》2019,(11)
为探索胰高血糖素样肽-2受体(glucagon-like peptide-2 receptor,GLP2R)基因多态性与绵羊肉质性状的相关性,试验选用68只南非肉用美利奴羊×东北细毛羊和102只杜泊羊×小尾寒羊的杂交后代为研究对象,采用Sanger测序方法寻找GLP2R基因外显子11序列的突变位点,根据测序结果分析该突变位点的基因型频率和基因频率及卡方适合性检验、纯合度(Ho)、杂合度(He)和多态信息含量(PIC)。结果显示,绵羊GLR2R基因外显子11处存在C/T突变,存在3种基因型:CC、TC和TT,2种等位基因:C和T,其中在南非肉用美利奴羊×东北细毛羊群体中,TC基因型为优势基因型,在杜泊羊×小尾寒羊群体中,CC基因型为优势基因型;2个群体中C均为优势等位基因。卡方适合性检验结果显示,2个群体的C/T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);C/T突变位点在群体内变异较小且处于中度多态(0.25PIC0.5),有一定遗传学意义。不同基因型肉质性状差异结果显示,南非肉用美利奴羊×东北细毛羊TC基因型剪切力显著高于CC和TT基因型,TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型(P0.05);杜泊羊×小尾寒羊CC基因型剪切力显著高于TC和TT基因型,TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型(P0.05)。本研究在GLP2R基因外显子处发现C/T突变,可能是影响肉质性状的潜在位点,是否能够作为遗传标记还需要进一步探索。 相似文献
13.
中国美利奴羊MHC-DRB1基因PCR-RFLP多态性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
应用巢式PCR-RFLP方法,对211只中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1外显子2的遗传多态性进行检测,并对基因型频率和等位基因频率进行了统计,结果表明,中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1基因外显子2在SacⅠ、Hin1Ⅰ和HaeⅢ的酶切位点存在多态性,这些酶切位点分别受2、2和6个等位基因控制,由于MHC-DRB1为多碱基突变的基因位点,综合3种限制性内切酶的酶切结果,在中国美利奴(新疆军垦型)羊中共发现24种等位基因;χ2适合性检验结果表明,中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1外显子2在SacⅠ和Hin1Ⅰ酶切位点均达到Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05),但在HaeⅢ酶切位点未达到Hardy-Weinberg平衡(P＜0.01). 相似文献
14.
中国美利奴羊MHC-DQB1基因多态性与包虫病的抗性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR-RFLP方法对103只包虫病(细粒棘球蚴病)阴性和101只阳性中国美利奴(新疆军垦型)羊MHC-DQB1 第2外显子遗传多态性进行了检测.结果表明,中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DQB1 基因外显子2在Mrox Ⅰ、Sca Ⅰ、Sacl Ⅰ、Taq Ⅰ、Hae Ⅲ和Mva Ⅰ酶切位点存在丰富的多态性,分别检测出2、2、4、3、3、6种等位基因,3、3、7、4、6、16种基因型.克隆测序分析表明,Hae Ⅲ m、Hae Ⅲ n、Mva Ⅰ y和Mva Ⅰz 是由碱基突变而产生的新等位基因.将包虫病阴性和阳性中国美利奴(新疆军垦型)羊的等位基因频率和基因型频率分别进行比较分析,发现Mva Ⅰ D(P＜0.05)、Sacl Ⅰ b、Taq Ⅰ A、Hae Ⅲ N(P＜0.01)为中国美利奴(新疆军垦型)羊包虫病的抗性基因,Taq Ⅰ B、Mva Ⅰ C、Hae Ⅲ M(P＜0.01)是易感性基因.Mva Ⅰ DZ(P＜0.05)、Taq ⅠAA和Hae Ⅲ NN (P＜0.01)是中国美利奴(新疆军垦型)羊包虫病的抗性基因型,而Mva Ⅰ CZ(P＜0.05)、Taq ⅠAB和Hae Ⅲ MN(P＜0.01)是易感性基因型. 相似文献
15.
为了解贵州省不同品种羊TLR2基因序列的多态性特征,本研究以不同品种羊血液DNA为模板,对TLR2基因完整ORF进行PCR扩增、测序及序列分析。结果显示,5种羊TLR2基因扩增长度均为2 355 bp。对贵州黑山羊、黔北麻羊、贵州白山羊、波尔山羊和湖羊5种羊TLR2基因进行种内比对结果显示,贵州黑山羊、黔北麻羊、波尔山羊种内TLR2基因序列保守,贵州白山羊种内A1732T位点存在多态性,湖羊种内在G1133A、T1162G、A1949G等位点存在基因多态性;种间比对结果显示,4种山羊有16个核苷酸位点存在多态性,其中有10个错义突变。4种山羊与湖羊进行比对结果显示,湖羊存在较多的多态性位点,其中有11处位点的差异导致氨基酸的变化。蛋白质结构预测分析显示,不同品种羊TLR2基因呈现的错义突变位点引起了其蛋白质二级结构和三级结构的变化,提示可能存在TLR2参与免疫相关信号通路水平的变化。本研究填补了贵州地方山羊品种TLR2基因多态性空白,为探究TLR多态性与羊疫病易感性关系提供基础研究资料。 相似文献
16.
本研究旨在检测水牛二酰甘油酰基转移酶2（diacylglycerolacylt-ransferase,DGAT2）基因的单核苷酸多态性（SNP）,探究摩拉水牛多态性位点的群体遗传特征。以广西水牛研究所的57头摩拉水牛为材料,PCR扩增DGAT2基因的部分序列（外显子2及内含子2、3）,通过常规测序法检测其SNP,并运用遗传多样性分析软件（POPGENE）和SPSS软件对群体的多态性位点进行基因频率、基因型频率、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数（Ne）及遗传杂合度（He）的检测。结果表明,在摩拉水牛DGAT2基因外显子2和内含子2、3上共发现了9个SNPs位点（IVS2.54 G > A、IVS2.158 A > G、EVS2.191 A > G、EVS2.228 A > G、IVS3.311 C > T、IVS3.444 A > G、IVS3.451 A > C、IVS3.466 C > T、IVS3.521 C > T）,其中EVS2.191 A > G位点的突变导致氨基酸由异亮氨酸突变为缬氨酸,突变位点间存在一定程度的连锁遗传但接近连锁平衡状态。从基因频率上看,IVS2.158 A > G、EVS2.191 A > G、IVS3.311 C > T、IVS3.451 A > C、IVS3.466 C > T和IVS3.521 C > T 6个SNPs位点的两个等位基因频率有较大差异,提示等位基因频率较大的基因个体可能更适合生存。9个SNPs位点在摩拉水牛品种上多处于高度多态,杂合度在0.1744~0.4975之间,说明摩拉水牛群体中DGAT2基因遗传多态性丰富,具有较大的育种价值和性状改良潜力。 相似文献
17.
通过研究促生长激素分泌素受体（growth hormone secretagogue receptor,GHSR）基因多态性,为贵州半细毛羊选种选育提供进一步的分子生物学依据。试验选取36只贵州半细毛羊构建DNA池,设计1对引物扩增其GHSR基因第2外显子及第1、2内含子部分序列并进行双向测序,对SNPs位点等位基因频率进行估算,利用在线生物信息学软件分析SNPs位点对GHSR基因RNA二级结构的影响。结果发现,在贵州半细毛羊GHSR基因中筛选到2个SNPs：T70G和G229A,均为同义突变,SNPs位点导致GHSR基因mRNA二级结构发生变化。GHSR基因多态性可能影响贵州半细毛羊的生长。 相似文献
18.
绵羊跨膜蛋白154基因(Transmembrane protein 154,TMEM154)多态性与进行性肺炎的易感或抗性有关。本研究以绵羊TEME154基因第2外显子G103A(E35/K35)位点SNP为候选分子标记,利用PCR直接测序法检测TEME154基因型,对该基因在新疆地区8个绵羊品种(阿勒泰羊、哈萨克羊、巴音布鲁克羊、多浪羊、策勒黑羊、巴什拜羊、德国美利奴羊和中国美利奴羊)的遗传多态性进行分析。结果表明:绵羊TMEM154基因在第2外显子103bp处发生了G-A突变,PCR测序共检测到3种基因型;即AA、AG和GG,G103A位点的GG(E35)基因型与绵羊进行性肺炎的高敏感性相关,在阿勒泰羊、哈萨克羊、巴音布鲁克羊、多浪羊、策勒黑羊和巴什拜羊群体中属于优势基因型,而在中国美利奴羊和德国美利奴羊群体中比例较低。方差分析表明,该位点的基因型频率在阿勒泰羊、哈萨克羊、巴音布鲁克羊、多浪羊、策勒黑羊和巴什拜羊等进行性肺炎高敏感群体和中国美利奴羊和德国美利奴羊等低敏感群体间存在显著差异(P0.05)。本研究结果提示,绵羊TMEM154基因第2外显子G103A位点多态性在进行性肺炎高敏感与低敏感的绵羊群体中分布存在较大差异,该SNP可作为一个理想的分子标记应用于绵羊的抗病育种。 相似文献
19.
为了探讨MC4R和PROPI基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,寻找与绵羊生长性状相关的分子标记.本研究采用PCR-SSCP方法检测中国美利奴羊和德国美利奴羊MC4R和PROP1基因的多态性,分析了多态位点不同基因型及合并基因型与中国美利奴羊生长性状的关联性.结果表明:MC4R基因MC4R-3位点存在G894C突变,MC4R-4位点3′侧翼区存在A1223G、G1229A和T1307G 3个突变位点;PROP1基因在外显子3上存在A2660G突变,导致Thr181Ala改变.关联分析表明,在中国美利奴羊群体中,MC4R-4位点不同基因型个体体斜长和腰角宽差异显著(P＜o.05),优良基因型为BB; PROP1基因不同基因型个体尻宽和胸围差异显著(P＜o.05),优良基因型为BB; PROPl-MC4R-4优良基因型聚合体BB-BB个体体斜长高于其它合并基因型个体(P＜o.05).结果提示绵羊MC4R和PROP1基因单核苷酸多态性及合并基因型对中国美利奴羊生长性状有一定的影响,可以作为进行绵羊生长性状分子标记辅助选择的候选基因. 相似文献
20.
本研究针对在绵羊IGFBP-3基因内含子4区新发现的1个SNP位点（C218T）,建立了PCR-RFLP的基因分型方法。利用该方法对353只中国美利奴羊（新疆军垦型）进行了多态性检测,结果显示,有CC（249bp）、CT（249/216/33bp）和TT（216/33bp）3种基因型,基因型频率分别为0.52、0.41和0.07;有C、T2种等位基因,等位基因频率分别为0.72、0.28。多重比较结果表明,不同基因型对中国美利奴部分羊毛生产性能有一定的影响,CC基因型个体的毛丛长度显著短于TT基因型个体（P〈0.05）,其毛囊密度显著高于CT和TT基因型个体（P〈0.05）。 相似文献