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基于转录组454 GS FLX测序结果,利用RACE和RT-PCR技术克隆了海蜇(Rhopilema esculentum) Notch基因的cDNA全长,并分析了其mRNA在海蜇不同发育阶段的表达差异,以探讨Notch基因对海蜇无性生殖的影响.结果显示,海蜇Notch基因的cDNA全长为6768 bp,包括90 bp的5'非编码区、6066 bp的开放阅读框及612 bp包含AATAAA加尾信号的3'非翻译区.SMART分析表明,海蜇Notch为分泌蛋白,其信号肽由21个氨基酸组成.成熟肽由2000个氨基酸组成,包括37个结构域、26个表皮生长因子样结构域、3个富含半胱氨酸的Notch/Lin-12(NL)结构域、1个NOD结构域、1个NODP结构域、1个跨膜结构域和6个锚蛋白结构域ANK,并含有25个N-糖基化位点.同源分析表明,海蜇Notch与来自刺胞动物门的海葵(Nematostella vectensis)的Notch相似性为39％,与无脊椎动物和脊椎动物的氨基酸相似度分别为35％-37％和34％-38％.RT-PCR分析表明,Notch基因在海蜇无性繁殖的4个发育时期均有表达,螅状体阶段的表达量最高,横裂体阶段表达量最低,螅状体的表达量是横裂体的1.85倍.这些研究结果为进一步研究Notch信号通路在海蜇无性繁殖中的调控作用奠定了基础. 相似文献
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本研究利用RACE和RT-PCR技术克隆了海蜇(Rhopilema esculentum)磷脂酶A2基因(Re-PLA2-1)的cDNA及基因组序列,并分析了其mRNA在海蜇不同发育阶段的表达.Re-PLA2-1基因的cDNA全长为824 bp,包括了48 bp的5'非编码区、504 bp的开放阅读框及272 bp的3'非翻译区.SMART分析显示,Re-PLA2-1为分泌蛋白,包括了一个由19个氨基酸组成的信号肽和一个由118个氨基酸组成的磷脂酶A2结构域.多序列比对和系统进化分析显示,Re-PLA2-1基因与来自星状海葵(Nematostella vectensis)、僧袍芋螺(Conus magus)、长牡蛎(Crassostrea gigas)等磷脂酶A2的相似性较高,共同聚类为pfam09056 GIX PLA2分支,均包含pfam09056家族成员酶活性所必需的Ca2+结合位点、活性催化位点和PLA2结构域所必需形成二硫键的半胱氨酸.Re-PLA2-1基因组全长为2671 bp,由4个外显子和3个内含子组成.RT-PCR结果显示,Re-PLA2-1基因在海蜇4个发育阶段均有表达,其中,横裂体阶段的表达量最高,碟状体阶段最低.这些研究结果为进一步了解海蜇磷脂酶A2毒素的生物功能奠定了基础. 相似文献
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《渔业科学进展》2016,(6)
本研究利用RACE和RT-PCR技术克隆了海蜇(Rhopilema esculentum)磷脂酶A_2基因(Re-PLA_2-1)的cDNA及基因组序列,并分析了其m RNA在海蜇不同发育阶段的表达。Re-PLA_2-1基因的cDNA全长为824 bp,包括了48 bp的5?非编码区、504 bp的开放阅读框及272 bp的3'非翻译区。SMART分析显示,Re-PLA_2-1为分泌蛋白,包括了一个由19个氨基酸组成的信号肽和一个由118个氨基酸组成的磷脂酶A_2结构域。多序列比对和系统进化分析显示,Re-PLA_2-1基因与来自星状海葵(Nematostella vectensis)、僧袍芋螺(Conus magus)、长牡蛎(Crassostrea gigas)等磷脂酶A_2的相似性较高,共同聚类为pfam09056 GIX PLA_2分支,均包含pfam09056家族成员酶活性所必需的Ca~(2+)结合位点、活性催化位点和PLA_2结构域所必需形成二硫键的半胱氨酸。Re-PLA_2-1基因组全长为2671 bp,由4个外显子和3个内含子组成。RT-PCR结果显示,Re-PLA_2-1基因在海蜇4个发育阶段均有表达,其中,横裂体阶段的表达量最高,碟状体阶段最低。这些研究结果为进一步了解海蜇磷脂酶A_2毒素的生物功能奠定了基础。 相似文献
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采用RACE技术解析了海蜇(Rhopilema esculentum)Frizzled1基因的cDNA和基因组结构:Re-Fzd1基因的全长cDNA为2387 bp,其中编码区为1761bp,编码586个氨基酸的多肽。SMART分析表明,Re-Fzd1基因具备Fzd家族共同的结构特征,包括:一个由23个氨基酸组成的信号肽,一个位于N-末端富含10个保守半胱氨酸残基的半胱氨酸富集域(CRD),一个含有7个跨膜片段的跨膜结构域,以及一个含有5个重要的磷酸化位点的C端尾巴。多序列比对表明,Re-Fzd1基因与刺胞动物贝螅(Hydra echinata)、水螅(Hydra vulgaris)、半球美螅水母(Clytia hemisphaerica)和海葵(Nematostella vectensis)Fzd1具有高度相似性,与来自脊椎动物人(Homo sapiens)、鼠(Mus musculus)、爪蟾(Xenopus laevis)和斑马鱼(Danio rerio)的Fzd1、Fzd2和Fzd7家族基因也具有较高的同源性。基于N-J法,将人、鼠、爪蟾、斑马鱼和果蝇(Drosophila melanogaster)所有Fzd家族基因系统进化分析显示,除果蝇外,所有Fzd家族成员聚类成4个类群,11个亚家族,海蜇Re-Fzd1基因首先与刺胞动物门的Fzd1聚类在一起,然后与脊椎动物Fzd1、Fzd2和Fzd7三个家族聚成一个类群,表明脊椎动物Fzd1、Fzd2和Fzd7家族可能与刺胞动物门的Fzd1起源于同一个共同祖先。Re-Fzd1基因组序列中不含有内含子。实时荧光定量PCR结果显示,Re-Fzd1基因在海蜇无性繁殖的4个发育阶段均有表达,其中,表达量最高的横裂体阶段是表达量最低的稚水母阶段的3.67倍。整体原位杂交显示,在海蜇横裂体时期,Re-Fzd1原位表达在触手、基座及发生横裂的部位。这些结果都表明,Re-Fzd1不但参与了海蜇的早期发育过程,还调控了海蜇无性繁殖的发生。 相似文献
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不同环境对海蜇螅状幼体足囊繁殖和横裂生殖影响的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
研究了不同温度，光照条件对海蜇螅状体生长及足囊繁殖和横裂生殖的影响。结果表明，适宜的营养和环境条件有利于海蜇螅状体足囊繁殖，2组实验中螅状幼体出现横裂的个数均随实验天数的增加有增长趋势。2组实验最后的横裂率分别达到83.33％和87．50％；形成4-6个碟状体的螅状幼体在Ⅰ、Ⅱ组中所占比例均在50％左右；Ⅰ组横裂过程经历时间集中在4—6天，Ⅱ组横裂过程经历时间多为2～4天。横裂释放完毕之后在最后一个裂节下方的亲本螅状体再生的触手数目可基本确定为8个，由8触手到16触手的转变过程中长势显著。 相似文献
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为探究近交对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)氧化磷酸化代谢的影响,首先克隆了三疣梭子蟹线粒体呼吸链4个复合体关键亚基基因的c DNA全长,分别命名为pt Ndufv2、pt SDHC、pt Cytochrome c1与pt COX6B。pt Ndufv2基因c DNA全长1005 bp,编码234个氨基酸,该蛋白是复合体Ⅰ的核心亚基Ndufv2;pt SDHC基因全长915 bp,编码由179个氨基酸组成的复合体Ⅱ关键亚基SDHC;pt Cytochrome c1基因全长2371 bp,编码由313个氨基酸组成的亚基Cyt c1;pt COX6B基因全长1171 bp,编码由105个氨基酸组成的COX6B亚基。生物信息学分析显示,这些复合体亚基基因进化上比较保守。酶活检测及RT-PCR结果表明,随着近交系数的增加,三疣梭子蟹肝胰腺中复合体Ⅰ、复合体Ⅲ活力分别从F4、F2开始呈现显著下降趋势(P0.05);F10复合体Ⅳ酶活力显著低于其余各代(P0.05);4个复合体基因表达量均显著下降,且各代表达量显著低于F0(P0.05)。在心脏中,复合体Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ活力分别从F2、F2、F6开始显著下降(P0.05);pt Ndufv2与pt Cytochrome c1基因表达量分别从F2、F4开始显著下降(P0.05),这一结果证实近交衰退已出现在三疣梭子蟹氧化磷酸化代谢通路。 相似文献
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安朵仙水母在固着的无性繁殖螅状体和浮游的有性繁殖水母体间交替,其生活史中绝大多数环节并不是自发进行的,而是受特定的物理、化学或生物因素的影响。静止水流和雌雄个体间的交互作用对于产卵和受精是非常重要的,受精卵在64h内可经浮浪幼虫阶段变态为4触手螅状体。螅状体能通过单碟型横裂产生水母体,但对温度和光照要求严格。出芽生殖是螅状体无性繁殖的唯一方式,出芽率与温度关系最为密切。大多数碟状体在横裂的过程中生长出口腕,并在脱离螅状体12～24h内翻转为口腕向上、外伞向下的倒立形态。水母体可通过食物和体内的共生藻获得能量。人工条件下,螅状体可长期保存,水母体可以饲养两年以上。 相似文献
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以日本白令海引进的咖啡金黄水母为亲本,通过人工繁殖的方法获得受精卵.在实验室培育条件下,对浮浪幼虫、螅状体、碟状体和水母幼体等多次变态发育过程进行了系统观察,描述了各发育阶段形态变化,首次报告了咖啡金黄水母的生活史.咖啡金黄水母为体外受精,卵为沉性,受精后6h内发育为浮浪幼虫,浮浪幼虫有明显的趋光性,在54 h内变态附着为4触手螅状体.螅状体能通过多种方式进行无性繁殖,于20℃横裂生殖,每个螅状体每次横裂产生8～21个碟状体,碟状体的数量和质量与横裂前螅状体的状态有关.合适的水流和充足的食物保证了碟状体在60 d内变态为伞径10cm的育成体.人工条件下,螅状体可长期保存,水母体能饲养8～10个月. 相似文献
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半滑舌鳎TRAF6 基因和TAK1 基因的克隆及表达分析 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究通过同源克隆和RACE技术获得了半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)肿瘤坏死因子受体相关因子6(tumor necrosis factor receptor-associated factor 6,TRAF6)和转化生长因子β激活激酶1(transforming growth factor-β-activated kinase 1,TAK1)的c DNA全长,并分析了其在不同组织和早期胚胎发育时期的表达情况。结果表明,TRAF6 c DNA全长1956 bp,开放阅读框(ORF)为1731 bp,编码576个氨基酸。二级结构预测显示TRAF6具有保守的蛋白结构域:N端的RING结构,两个锌指结构以及C端的环–环(coiled-coil)α螺旋结构和高度保守的MATH同源结构。TAK1 c DNA全长2519 bp,ORF为1731 bp,编码576个氨基酸。TAK1的蛋白结构域包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶激活结构域和C端的环–环(coiled-coil)α螺旋结构域。系统进化树分析表明,半滑舌鳎TRAF6和TAK1分别与牙鲆(Paralichthys olivaceus)TRAF6和TAK1聚为一支,亲缘关系最近。荧光定量PCR结果显示,TRAF6和TAK1在所检测的8种组织中都有表达,TRAF6在鳃中的表达最高,肠中也有较高的表达;TAK1在心脏中的表达量最高,其次是肾。TRAF6和TAK1在鳃、肾等免疫器官中的高表达,与其在Toll样受体信号通路中的重要作用是一致的。对TRAF6和TAK1在早期胚胎发育时期的表达情况进行检测,结果显示,在未受精卵中可检测到TRAF6和TAK1,提示了这两种免疫分子的母源性m RNA遗传的可能性。免疫分子母源性m RNA可能参与发育过程,也可能参与构建免疫体系,以保护胚胎或仔鱼免受病原体的侵袭。 相似文献
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为研究草鱼抗菌肽NK-lysin基因的组成结构、在组织中的表达差异及其抑菌活性,实验根据已知鱼类NK-lysin基因保守区序列设计上下游引物,采用RT-PCR和RACEPCR技术克隆草鱼NK-lysin基因(Cinkl),RT-PCR进行各组织间的表达分析,并构建Cinkl成熟肽的原核表达载体,采用琼脂糖孔穴扩散法检测重组蛋白的抑菌活性。结果显示,Cinkl c DNA全长768 bp,编码121个氨基酸;基因组DNA全长3 361 bp,包含4个外显子和3个内含子。经多序列比对分析和结构域预测表明,Ci Nkl氨基酸序列具有SAPLIP家族的特征:含有6个保守的半胱氨酸和saposin B蛋白结构域,与斑马鱼Nklc、Nkld的相似性分别为57.98%和63.03%。构建NK-lysin氨基酸序列系统进化树,发现Ci Nkl与斑马鱼Nklc、Nkld聚为一支。RT-PCR检测结果显示,Cinkl m RNA在所有检测的草鱼组织中均有表达,在脾脏中表达量最高,心脏、鳃、中肾和头肾的表达量次之,皮肤、脑、肝脏和肠有微量表达。p ET-28b-MBP与Ci Nkl成熟肽序列构建的原核表达质粒在宿主菌Rosetta(DE3)表达出约57 ku的可溶性融合蛋白,利用Ni-NTA His·Bind树脂进行纯化,Ci Nkl重组蛋白对G–细菌如大肠杆菌M15株、嗜水气单胞菌,以及G+细菌如金黄色葡萄球菌均具有抑菌活性。基于草鱼NK-lysin的组织表达特征和重组蛋白的抑菌活性,推测NK-lysin在草鱼的先天性免疫防御中发挥调节作用。 相似文献
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利用RT-PCR和RACE方法克隆得到镜鲤Cyprinus carpio肝脏中高不饱和脂肪酸(HUFA)合成代谢的脂肪酸去饱和酶(△6FAD)基因c DNA全序列。结果表明:镜鲤△6FAD基因c DNA全长为1 446bp,开放阅读框(ORF)为1 332bp,编码444个氨基酸。编码的蛋白序列包含FAD全部特征结构区,包括1个细胞色素b5结构域、2个跨膜区和3个组氨酸簇,与其他鱼类的Δ6FAD氨基酸序列具有69.0%~92.0%的同源性。系统树分析显示:与斑马鱼Danio rerio的亲缘关系最近。实时荧光定量PCR(RT-q PCR)检测发现:脂肪酸延长酶基因在镜鲤肝脏中表达量最高,背部肌次之,在血液中表达最低。本研究结果为进一步研究镜鲤HUFA的合成途径及调控机理提供了基础资料。 相似文献
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镜鲤脂肪酸延长酶5基因的克隆和表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
脂肪酸延长酶5(ELOVL5)是高不饱和脂肪酸(HUFA)合成的关键酶之一。为了研究鲤HUFA合成的能力和机制,本研究采用RT-PCR和RACE技术获得镜鲤ELOVL5全长c DNA序列。ELOVL5基因c DNA全长1 121 bp,开放阅读框为876 bp,编码291个氨基酸。序列分析显示,镜鲤ELOVL5氨基酸序列包含1个组氨酸簇(HXXHH),1个典型的内质网驻留信号,多个跨膜区域和多个保守区域(KXXEXXDT、QXXFLHXYHH、NXXXHXXMYXYY、TXXQXXQ),具有典型的脂肪酸延长酶的结构特征。氨基酸同源性分析结果显示,镜鲤ELOVL5基因与其他鱼类同源性为79.0%~93.1%,与人同源性为69.0%。通过实时荧光定量PCR(RT-q PCR)检测该基因在镜鲤不同组织中的表达量,发现脂肪酸延长酶基因在镜鲤肝中表达量最高,其次为脑,在背部肌肉中表达量最低。镜鲤ELOVL5基因的获得为进一步研究镜鲤HUFA的合成途径及调控机理奠定了基础。 相似文献
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为研究海蜇(Rhopilema esculenta Kishinouye)同一螅状体后代的生物学特征,将由海蜇单个螅状体通过无性繁殖所产生的同母本水母体分组进行室内水泥池人工培育,观察同母本及不同母本水母体的性别分化及生长速度、体色变化、健康状况等。通过3个多月的室内养殖,6个试验组中,有4组水母体生长良好,秋季达到了性成熟。在显微镜下观察其性腺以辨别雌雄,对同母本的水母体进行了性别分析。结果表明:在人工养殖条件下,海蜇单个螅状体产生的一组后代,其个体间的生长状况存在明显差异,但体色基本相同,性别完全一致,即同母本水母体之间没有出现性别分化；而不同螅状体产生的水母体之间则存在性别差异。 相似文献
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在200m^3水体培育出海蜇16触手螅状体600万个，关键技术在于育苗用水严格砂滤防止藻类和固着纤毛虫进入；育苗池中防止裸露的钢筋铁管严禁重金属离子污染；亲蜇成熟度好；采苗器严格消毒；4触手期保证适口饵料供应；防止高温季节螅状体与饵料一起死亡。另外，根据上年的经验，今年春这些螅状体要想生产出更多的幼蜇需掌握以下关键技术：培养大规格的螅状体；控光控温诱导横裂生殖集中释放碟状体；光线控制在500—1000lx；保持水质新鲜。 相似文献
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为了研究团头鲂(Megalobrama amblycephala)TLR2(ma TLR2)在抗嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染中的作用,本实验克隆了ma TLR2基因的c DNA全长。结果显示:ma TLR2基因c DNA的全长包括2923 bp,编码792个氨基酸。预测得到的ma TLR2的结构域包括一个信号肽、氨基端的亮氨酸重复基序(LRRs)、跨膜结构域(TM)和一个胞内的Toll/白介素(IL)-1受体区(TIR)。在嗜水气单胞菌感染后,团头鲂头肾中,TLR2的表达量在6 h时显著升高。TLR2下游相关的炎症细胞因子TNF-α的表达量也显著上调。结果表明ma TLR2在嗜水气单胞菌感染团头鲂后的免疫应答中起到了重要作用。 相似文献
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为了研究对虾免疫致敏过程中Dscam基因的表达规律,实验采用同源克隆和RACE技术获得了中国明对虾Dscam基因c DNA全长序列,并对该序列进行生物信息学分析。结果显示,中国明对虾Dscam基因的c DNA全长为6 624 bp,其中包括171 bp的5′端非编码区,459 bp的3′端非编码区,开放阅读框的长度为5 994 bp,编码1 996个氨基酸。推测该基因编码的蛋白含有一个信号肽、10个Ig结构域、6个FNIII功能区、1个胞质尾区和1个跨膜结构域。同源性分析及系统进化分析表明,Dscam基因与节肢动物的Dscam基因首先聚为一类,且与凡纳滨对虾的同源性最高,为92.4%。连续投喂6 d热灭活白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)饵料来诱导免疫致敏反应,在0、6和12 d及二次感染后的12、24、48、72和168 h分别取样,用RT-PCR的方法检测中国明对虾Dscam的相对表达量。结果显示,诱导感染组Dscam基因在第12天开始上调,且与阴性对照组和未诱导感染组差异显著;二次感染后24 h,Dscam基因的相对表达量达到最大值,与阴性对照组和未诱导感染组差异显著;48 h后基因表达量开始下降,但表达量仍高于阴性对照组和未诱导感染组。实验表明,中国明对虾存在Dscam基因,并在免疫致敏过程中发挥重要作用。 相似文献